Mercurial > repos > lomereiter > sambamba_filter

comparison test-data/c1215_fixmate_filtered.sam @ 3:a03e95059256

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
Uploaded
author lparsons
date Wed, 24 Jul 2013 13:33:06 -0400
parents 806b3253c996
children
comparison
equal deleted inserted replaced
2:930c9fd5eeab 3:a03e95059256
1 @HD VN:1.3 SO:coordinate
2 AL096846_1043_1176_1df2 83 AL096846 1142 60 35M = 1043 -134 AAGGCACCTACTTTGACATTCGCGTCTCTCTTAGC <2<<).<<4<5<<<<;<<<<<<77<;<<<<<<<<< XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:4T8A21
3 AL096846_1080_1249_1915 83 AL096846 1215 60 35M = 1080 -170 CTGACTTGTCGACGGATTTGACTAAGAAAATTTTA <<<:5:;77;<<&&<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:2T9A22
4 AL096846_1123_1300_24a3 83 AL096846 1268 37 2S33M = 1123 -178 TGCCGTTATCGCTTAGCAGATTCTAGTCAATTGCC :<:5<:;&..<7;<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<< XT:A:M NM:i:2 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:5T8A18
5 AL096846_1243_1428_10f2 83 AL096846 1394 60 35M = 1243 -186 TTAAATAGTTTTTGAATTGAATATAAATATCAATT :<(1(%1;<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:2T2A29
6 AL096846_1416_1591_243b 99 AL096846 1416 60 35M = 1557 176 ATAAATATCAATTGTTTGATTCCTTTTAGGATTCC <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:6<<)<<<<;.2&( XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:33T0A0
7 AL096846_1474_1657_a28 99 AL096846 1474 60 35M = 1623 184 CGATTGAATCTTGGATTCCTGTCTAGCTTGTTTTG <<<<<<<<<<<<;81<<<<<7<<<6&/))58(5-: XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:25T1A7
8 AL096846_1672_1856_10fe 83 AL096846 1822 60 35M = 1672 -185 TAAAGCTAACTTAATCACTTAGAGAGCAAGATACA &&)/2<<<<<&;;0*<<<<<<<<7<<<<<<<<<<< XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:1T8A24
9 AL096846_1730_1901_15fc 83 AL096846 1867 37 35M = 1730 -172 AGTGGACATCGGTTTTGCTTCATGGTGTGTTTTGT <8<:<9&&&&0<8<<<<<;+%%%8<<<<<<<<<<8 XT:A:M NM:i:4 XM:i:4 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:7T0A0G11G13
10 AL096846_2233_2441_22fa 99 AL096846 2233 60 35M = 2407 209 TTACACCGTTGCAAGAAGCCGAGCATGTTTAGAGA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<6<;(<<<(27,2:28. XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:22T6A5
11 AL096846_2323_2487_e93 99 AL096846 2323 60 35M = 2453 165 ATAGTATCACTTGGTATTCTCTAAGTGTGGTGTCA <<<<<9<<<;<<<;<<<297;<<;<<<;97+/;<& XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:3T27A3
12 AL096846_2333_2512_1e12 99 AL096846 2333 60 35M = 2478 180 TTGGTATGCTCTAAGTGTGGTATCAGCTATAGTGC <<<<<<<+<<<<<</<<<72797<<<:<:<;.37< XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:7T23A3
13 AL096846_2202_2396_2370 83 AL096846 2362 60 35M = 2202 -195 TAATGCTTTACGTCTATTGTGAGAGAGGTTCAGGC :<;;:1.;<1<<<<<;<<<<-<<<<<<<<<<<<<< XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:18T1A14
14 AL096846_2481_2600_30 99 AL096846 2481 60 35M = 2566 120 TAAATATTATCTACCTAAAAATTTACAATTTTTGG <<<<<<<<<17<<<<<<;<;,9<<<:5:&<-:;48 XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:20T7A6
15 AL096846_2553_2701_2372 83 AL096846 2667 60 35M = 2553 -149 GCTTCCGATAAATTGCTCAGCCAAGAGTTTGACAA 8);.&&46<3<:<<4;<<<<<:<<<<<<<<<<<<< XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:1T3A29
16 AL096846_2674_2838_1c01 99 AL096846 2674 37 35M = 2804 165 ATAAATTGCTCAGCCAAGAGTCTGACGACAATACT <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<4&&5)3-<6<5<49: XT:A:M NM:i:3 XM:i:3 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:21T4A5T2
17 AL096846_3076_3258_9 99 AL096846 3076 60 35M = 3224 183 TAATCCCAGTTGGATCAATAACTTCATATGATCAA <<<<<<<<<<<<;(:<<<<;.&<<<655<<68;;< XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:21T9A3
18 AL096846_2940_3123_2559 83 AL096846 3089 60 35M = 2940 -184 ATCAATAATTTCATAGGATCAATTTCTTCCGAAGT 51;;*<<)&<<<<<:)49:<;<<<<<<<<<<7<<< XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:15T2A16
19 AL096846_3046_3204_b51 83 AL096846 3170 60 35M = 3046 -159 ATTGCACTTAAAACGGCCTTTTCAAAATCGCCGTT (5(<<<<;<<;;<<<<<;<<5<<<<<;6<<<<<<< XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:0T1A32
20 AL096846_3197_3382_e42 99 AL096846 3197 60 35M = 3348 186 TCGCCGTTTACTATGCTGTCTGGAACGGGAGAATG 99<<<<<<<<<<7<8<:<<<-)<<<<:+<<898<( XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:21T5A7
21 AL096846_3084_3238_81a 83 AL096846 3204 60 35M = 3084 -155 TTACTATGCAGTCTTGAACGGGAGAATGACCAATG 66<3;<<<,&<<<<3-<<<<<<<<<<<<<<<<<<< XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:9T10A14
22 AL096846_3223_3369_7cf 83 AL096846 3335 60 35M = 3223 -147 TTCGAATCTCGATTATCTTTCGGAGATGAACATTT ;;1(3:<4;;<<<<;<<<<<<<<7<7<<<<<<<<< XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:2T0A31
23 AL096846_3409_3567_1d5d 83 AL096846 3533 60 35M = 3409 -159 TCTGGTGTTTCAAACTCATCCGAACCATGTATTTT 8:<<<<<<<<<:;:<<<<6&;<<<<<<<<<<<<<< XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:19T8A6
24 AL096846_3468_3617_26aa 83 AL096846 3584 37 1S34M = 3468 -150 TTAGTGAGAAGCAACTGAAGATGGATAATAGGTAG 94/<:5;<<73&<<-&9;<<<<<<<<<<<<<<<<< XT:A:M NM:i:2 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:10T3A19
25 AL096846_4024_4157_53b 99 AL096846 4024 60 35M = 4123 134 GATCTTCAGAAGCAAAACCTCAGCATAATATTTAT <<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<:78<&<<<<<< XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:27T0A6
26 AL096846_4087_4249_b46 99 AL096846 4087 60 35M = 4215 163 AATGAAAGATGAATAACTACTTACTTCATTGGATT <<<:6;<<<<<<<<8<+2<<<<<<<<<):89<891 XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:1T14A18
27 AL096846_4048_4222_c82 83 AL096846 4188 60 35M = 4048 -175 GAGAAGGTCTCCAATCTTCAAAAACAATTGGTTTC 7&(<<7;<<:<-<;<<<<<<<8<<<<<<<<;<<<< XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:2T8A23
28 AL096846_4195_4357_1ffa 99 AL096846 4195 60 35M = 4323 163 TCTCAAATCTTCAAAAACAATCGGTTTCATATACT <<<<<<<<<<<<<9.(<<;;:%<<<<<88<:<8;& XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:21T12A0
29 AL096846_4281_4459_2018 83 AL096846 4425 60 35M = 4281 -179 TGGGTAGCACTATCCAGCAAAGCTTTGCAAACCTT .)<<))7<;7:<<<<<<;<<<<<<<<<9<<<<<<< XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:1T2A30
30 AL096846_4675_4848_795 99 AL096846 4675 60 35M = 4814 174 AATCGACATCACCTGTTGGTTTTTCGAAAATGAGT <<<<<<9<</<<5;<<<7<<<,<<<1;<<22<..& XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:6T2A25
31 AL096846_4708_4889_21f7 99 AL096846 4708 60 35M = 4855 182 GTTTAGCAGTTTTTTCAGCTAGTGCTCTCAGCCAA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<&1-<<2<<<5-8 XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:26T5A2
32 AL096846_4715_4910_2396 83 AL096846 4876 60 35M = 4715 -196 ATAAAGATCTTACCTTTCTTTGGTGAGACTATGAT :9+<<<<<<7;9:<<<<<<<<<<<<<<<2&<<<<< XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:2T26A5
33 AL096846_4891_5068_fcd 99 AL096846 4891 25 35M = 5034 178 TTCTTTGGGGAGACCATGATTTGTTGCGAATAGAT 2<<<<<<<<<<<<<<<<137<<<<<<<<3.<<<<< XT:A:M NM:i:3 XM:i:3 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:8T5A8A11
34 AL096846_4762_4965_1f7d 83 AL096846 4931 60 35M = 4762 -204 GAAGTAAGCGCATAAGTTTTTTTCCTGCTTTCCAT ;;,773<::)&8<<<<<.73<<<<<;<<<<<<<<< XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:9T0A24
35 AL096846_4779_4974_c25 83 AL096846 4940 60 35M = 4779 -196 TAATAAGCTTTTTTCCTGCTTTCCTTAAGTTTGCA :8:05+<&::<<<<<<:<<<<<<<<<<<<<<<<<< XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:7T16A10