--- a/pangenomeCogAnalysis_V1.pl	Fri Jul 02 17:32:59 2021 +0000
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 # STEP 1 : CORRESPONDANCE ENTRE LES DIFFERENTS FICHIERS DE COG ET L'ORDRE --------------------------------------------
 my @files = split(',', $annotation); # liste des différents fichiers COG (qui se retrouvent dans le dossier Naegleria)
 my @list = split(',', $order); # liste de l'ordre des souches 
-my ($f,$l);
+#my ($f,$l);
 
 my %hCorrespondance = (); #HASH -> key: un fichier COG ; val: un nom de souche (ces 2 données sont entrées en input = $annotation et $order)
 
 # ++++++++++++ parcours de 2 listes en même temps ++++++++++++ # 
-foreach $f (@files){
-    $hCorrespondance{$f} = $list[$l++]; # on fait correspondre pour chaque fichier de COG, un nom de souche
+my $l = 0;
+foreach my $f (@files){
+    $hCorrespondance{$f} = $list[$l]; # on fait correspondre pour chaque fichier de COG, un nom de souche
+    $l++;
 }
 
 # #Affichage du hash
-# foreach $f (keys %hCorrespondance){
+# foreach my $f (keys %hCorrespondance){
 #     print $f."=>".$hCorrespondance{$f}."\n"
 # }
+# exit;
 
 # STEP 2 : POUR CHAQUE FICHIER DE COG, FAIRE CORRESPONDRE L'ESPECE (ET NON LA SOUCHE) -------------------------------------
 my %hCorresp_file_species = (); # HASH -> key: un fichier de COG ; val: une espèce