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author mvdbeek
date Wed, 04 Nov 2015 06:57:32 -0500
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files LICENSE README.md README.txt datatypes_conf.xml fastq_dump.xml sam_dump.xml sra.py sra_macros.xml sra_pileup.xml test-data/bam_dump_result.bam test-data/fastq_dump_result.fastq test-data/sam_dump_result.sam test-data/sra_pileup_result.pileup tool_dependencies.xml
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--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/LICENSE	Wed Nov 04 06:57:32 2015 -0500
@@ -0,0 +1,60 @@
+CONTENTS
+
+  Public Domain Notice
+  Exceptions (for bundled 3rd-party code)
+  Copyright F.A.Q.
+
+
+==============================================================
+                     PUBLIC DOMAIN NOTICE
+         National Center for Biotechnology Information
+
+With the exception of certain third-party files summarized below, this
+software is a "United States Government Work" under the terms of the
+United States Copyright Act.  It was written as part of the authors'
+official duties as United States Government employees and thus cannot
+be copyrighted.  This software is freely available to the public for
+use. The National Library of Medicine and the U.S. Government have not
+placed any restriction on its use or reproduction.
+
+Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
+and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
+Government do not and cannot warrant the performance or results that
+may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
+Government disclaim all warranties, express or implied, including
+warranties of performance, merchantability or fitness for any
+particular purpose.
+
+Please cite the authors in any work or product based on this material.
+
+
+==============================================================
+Copyright F.A.Q.
+
+
+--------------------------------------------------------------
+Q. Our product makes use of the NCBI source code, and we made changes
+   and additions to that version of the NCBI code to better fit it to
+   our needs. Can we copyright the code, and how?
+
+A. You can copyright only the *changes* or the *additions* you made to the
+   NCBI source code. You should identify unambiguously those sections of
+   the code that were modified, e.g. by commenting any changes you made
+   in the code you distribute. Therefore, your license has to make clear
+   to users that your product is a combination of code that is public domain
+   within the U.S. (but may be subject to copyright by the U.S. in foreign
+   countries) and code that has been created or modified by you.
+
+--------------------------------------------------------------
+Q. Can we (re)license all or part of the NCBI source code?
+
+A. No, you cannot license or relicense the source code written by NCBI
+   since you cannot claim any copyright in the software that was developed
+   at NCBI as a 'government work' and consequently is in the public domain
+   within the U.S.
+
+--------------------------------------------------------------
+Q. What if these copyright guidelines are not clear enough or are not
+   applicable to my particular case?
+
+A. Contact us. Send your questions to 'sra-tools@ncbi.nlm.nih.gov'.
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/README.md	Wed Nov 04 06:57:32 2015 -0500
@@ -0,0 +1,32 @@
+[![Build Status](https://travis-ci.org/mdshw5/sra-tools-galaxy.svg?branch=master)](https://travis-ci.org/mdshw5/sra-tools-galaxy)
+
+The Galaxy tool wrappers contained in this tool shed repository rely on software developed by
+the NCBI: http://github.com/ncbi/sra-tools.
+
+# INSTALLATION
+
+Please use the Galaxy admin interface to install from the toolshed: https://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/matt-shirley/ncbi_sra_toolkit
+
+This software release was designed to install using the Galaxy toolshed under Linux and MacOS operating systems on Intel x86-compatible 32/64 bit architectures.
+
+*Build Requirements*
+
+- bash
+- git
+- make
+- gcc
+- g++
+- perl
+- libxml2
+
+On a Debian OS use:
+
+    apt-get install build-essential libxml2-dev git
+
+On a Mac with [command line tools](https://developer.apple.com/downloads/index.action) installed:
+
+    brew install git libxml2
+
+CONTROLLED-ACCESS DATA
+
+Encrypted, controlled-access data is not supported.
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/README.txt	Wed Nov 04 06:57:32 2015 -0500
@@ -0,0 +1,39 @@
+The Galaxy tool wrappers contained in this tool shed repository rely on software developed by 
+the NCBI Sequence Read Archive: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software. 
+Use of SRA Toolkit software herin should comply with the GPL v2 or greater.
+
+Copyright (C) 2013  Matthew Shirley
+
+    This program is free software: you can redistribute it and/or modify
+    it under the terms of the GNU General Public License as published by
+    the Free Software Foundation, either version 2 of the License, or
+    (at your option) any later version.
+
+    This program is distributed in the hope that it will be useful,
+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+    GNU General Public License for more details.
+
+    You should have received a copy of the GNU General Public License
+    along with this program.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+    
+INSTALLATION
+
+This software release was designed to run under Linux, MacOSX operating systems on Intel x86-compatible 64 bit architectures.
+
+Build Requirements:
+  ar 
+  bash
+  make
+  gcc, g++
+  libxml2
+  libcurl4
+  zlib
+  
+On a debian based Linux OS use:
+
+  apt-get install build-essential libxml2-dev libcurl4-openssl-dev zlib-dev
+  
+CONTROLLED-ACCESS DATA
+
+Encrypted, controlled-access data is not supported in this version of the SRA Toolkit Galaxy tool shed.
\ No newline at end of file
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/datatypes_conf.xml	Wed Nov 04 06:57:32 2015 -0500
@@ -0,0 +1,12 @@
+<?xml version="1.0"?>
+<datatypes>
+  <datatype_files>
+    <datatype_file name="sra.py"/>
+  </datatype_files>
+  <registration>
+    <datatype extension="sra" type="galaxy.datatypes.sra:Sra" mimetype="application/octet-stream" display_in_upload="true"/>
+  </registration>
+  <sniffers>
+    <sniffer type="galaxy.datatypes.sra:Sra"/>
+  </sniffers>
+</datatypes>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/fastq_dump.xml	Wed Nov 04 06:57:32 2015 -0500
@@ -0,0 +1,142 @@
+<tool id="fastq_dump" name="Extract reads" version="1.2.4">
+    <description>in FASTQ/A format from NCBI SRA.</description>
+    <macros>
+        <import>sra_macros.xml</import>
+    </macros>
+    <expand macro="requirements"/>
+    <command>
+        <![CDATA[
+    ## Need to set the home directory to the current working directory,
+    ## else the tool tries to write to home/.ncbi and fails when used 
+    ## with a cluster manager. 
+    export HOME=\$PWD;
+    vdb-config --restore-defaults;
+    #if $input.input_select == "file":
+        fastq-dump --log-level fatal --accession '${input.file.name}'
+    #else:
+        vdb-config -s "/repository/user/main/public/root=\$PWD";
+        ## Do not use prefetch if region is specified, to avoid downloading
+        ## the complete sra file.
+        #if ( str( $adv.region ) == "" ) and ( str( $adv.minID ) == "" ) and ( str( $adv.maxID ) == "" ):
+            ASCP_PATH=`which ascp`;
+            ASCP_KEY=`dirname \$ASCP_PATH`/asperaweb_id_dsa.openssh;
+            prefetch --ascp-path "\$ASCP_PATH|\$ASCP_KEY" $input.accession;
+        #end if
+        ## Duplicate vdb-config, in case settings changed between prefetch and
+        ## dump command.
+        vdb-config -s "/repository/user/main/public/root=\$PWD";
+        fastq-dump --accession "$input.accession"
+    #end if
+    --defline-seq '@\$sn[_\$rn]/\$ri'
+    --stdout
+    #if str( $adv.split ) == "yes":
+        --split-spot
+    #end if
+    #if str( $adv.alignments ) == "aligned":
+        --aligned
+    #end if
+    #if str( $adv.alignments ) == "unaligned":
+        --unaligned
+    #end if
+    #if str( $adv.minID ) != "":
+        --minSpotId "$adv.minID"
+    #end if
+    #if str( $adv.maxID ) != "":
+        --maxSpotId "$adv.maxID"
+    #end if
+    #if str( $adv.minlen ) != "":
+        --minReadLen "$adv.minlen"
+    #end if
+    #if str( $adv.readfilter ) != "":
+        --read-filter "$adv.readfilter"
+    #end if
+    #if str( $adv.region ) != "":
+        --aligned-region "$adv.region"
+    #end if
+    #if str( $adv.spotgroups ) != "":
+        --spot-groups "$adv.spotgroups"
+    #end if
+    #if str( $adv.matepairDist ) != "":
+        --matepair-distance "$adv.matepairDist"
+    #end if
+    #if $adv.clip == "yes":
+        --clip
+    #end if
+    #if str( $outputformat ) == "fasta":
+        --fasta
+    #end if
+    #if $input.input_select=="file":
+        "$input.file" > "$output_file"
+    #else:
+        "$input.accession" > "$output_accession"
+    #end if
+    ]]>
+    </command>
+    <version_string>fastq-dump --version</version_string>
+    <inputs>
+        <expand macro="input_conditional"/>
+        <param name="outputformat" type="select" label="select output format">
+            <option value="fastqsanger">fastq</option>
+            <option value="fasta">fasta</option>
+        </param>
+        <section name="adv" title="Advanced Options" expanded="False">
+            <param name="minID" type="integer" label="minimum spot ID" optional="true"/>
+            <param name="maxID" type="integer" label="maximum spot ID" optional="true"/>
+            <param name="minlen" type="integer" label="minimum read length" optional="true"/>
+            <param name="split" type="select" value="yes">
+                <label>split spot by read pairs</label>
+                <option value="yes">Yes</option>
+                <option value="no">No</option>
+            </param>
+            <expand macro="alignments"/>
+            <expand macro="region"/>
+            <expand macro="matepairDist"/>
+            <param name="readfilter" type="select" value="">
+                <label>filter by value</label>
+                <option value="">None</option>
+                <option value="pass">pass</option>
+                <option value="reject">reject</option>
+                <option value="criteria">criteria</option>
+                <option value="redacted">redacted</option>
+            </param>
+            <param name="spotgroups" type="text" label="filter by spot-groups" optional="true"/>
+            <param name="clip" type="select" value="no">
+                <label>apply left and right clips</label>
+                <option value="no">No</option>
+                <option value="yes">Yes</option>
+            </param>
+        </section>
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data format="fastq" name="output_accession" label="${input.accession}.${outputformat}">
+            <filter>input['input_select'] == "accession_number"</filter>
+            <change_format>
+                <when input="outputformat" value="fasta" format="fasta"/>
+            </change_format>
+        </data>
+        <data format="fastq" name="output_file" label="${input.file.name}.${outputformat}">
+            <filter>input['input_select'] == "file"</filter>
+            <change_format>
+                <when input="outputformat" value="fasta" format="fasta"/>
+            </change_format>
+        </data>
+    </outputs>
+    <stdio>
+        <exit_code range="127" level="fatal" description="Could not locate fastq-dump binary"/>
+    </stdio>
+    <tests>
+        <test>
+            <param name="input_select" value="accession_number"/>
+            <param name="outputformat" value="fastqsanger"/>
+            <param name="accession" value="SRR925743"/>
+            <param name="maxID" value="5"/>
+            <output name="output_accession" file="fastq_dump_result.fastq" ftype="fastq"/>
+        </test>
+    </tests>
+    <help>
+        This tool extracts reads from SRA archives using fastq-dump.
+        The fastq-dump program is developed at NCBI, and is available at
+        http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software.
+        @SRATOOLS_ATTRRIBUTION@
+    </help>
+</tool>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/sam_dump.xml	Wed Nov 04 06:57:32 2015 -0500
@@ -0,0 +1,117 @@
+<tool id="sam_dump" name="Extract reads" version="1.2.4">
+    <description>in SAM or BAM format from NCBI SRA.</description>
+    <macros>
+        <import>sra_macros.xml</import>
+    </macros>
+    <expand macro="requirements"/>
+    <command>
+        <![CDATA[
+        ## Need to set the home directory to the current working directory,
+        ## else the tool tries to write to home/.ncbi and fails when used 
+        ## with a cluster manager. 
+        export HOME=\$PWD;
+        vdb-config --restore-defaults;
+        vdb-config -s "/repository/user/main/public/root=\$PWD";
+        ## Do not use prefetch if region is specified, to avoid downloading
+        ## the complete sra file.
+        #if ( str( $adv.region ) == "" ):
+            ASCP_PATH=`which ascp`;
+            ASCP_KEY=`dirname \$ASCP_PATH`/asperaweb_id_dsa.openssh;
+            prefetch --ascp-path "\$ASCP_PATH|\$ASCP_KEY" "$input.accession";
+        ##Duplicate vdb-config, in case settings changed between prefetch and
+        ##dump command.
+        #end if
+        vdb-config -s "/repository/user/main/public/root=\$PWD";
+        sam-dump --log-level fatal --disable-multithreading
+        #if str( $adv.region ) != "":
+        --aligned-region "$adv.region"
+        #end if
+        #if str( $adv.matepairDist ) != "":
+        --matepair-distance "$adv.matepairDist"
+        #end if
+        #if str( $adv.minMapq ) != "":
+        --min-mapq "$adv.minMapq"
+        #end if
+        #if str( $adv.header ) == "yes":
+        --header
+        #else:
+        --no-header
+        #end if
+        #if str( $adv.alignments ) == "both":
+        --unaligned
+        #end if
+        #if str( $adv.alignments ) == "unaligned":
+        --unaligned-spots-only
+        #end if
+        #if (str( $adv.primary ) == "yes") and (str ( $adv.alignments != "unaligned") ):
+        --primary
+        #end if
+        #if $input.input_select == "file":
+        "$input.file"
+        #elif $input.input_select == "accession_number":
+        "$input.accession"
+        #end if
+        #if str( $outputformat ) == "bam":
+            | samtools view -Sb - 2> /dev/null
+        #end if
+        #if $input.input_select == "file":
+        > "$output_file"
+        #elif $input.input_select == "accession_number":
+        > "$output_accession"
+        #end if
+        ]]>
+    </command>
+    <version_string>sam-dump --version</version_string>
+    <inputs>
+        <expand macro="input_conditional"/>
+        <param name="outputformat" type="select" label="select output format">
+            <option value="bam">bam</option>
+            <option value="sam">sam</option>
+        </param>
+        <section name="adv" title="Advanced Options" expanded="False">
+            <param name="header" type="select" value="yes">
+                <label>output header</label>
+                <option value="yes">Yes</option>
+                <option value="no">No</option>
+            </param>
+            <expand macro="alignments"/>
+            <expand macro="region"/>
+            <expand macro="matepairDist"/>
+            <param name="primary" type="select" value="no">
+                <label>only primary aligments</label>
+                <option value="no">No</option>
+                <option value="yes">Yes</option>
+            </param>
+            <expand macro="minMapq"></expand>
+        </section>
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data name="output_accession" format="bam" label="${input.accession}.${outputformat}">
+            <filter>input['input_select'] == "accession_number"</filter>
+            <change_format>
+                <when input="outputformat" value="sam" format="sam"/>
+            </change_format>
+        </data>
+        <data name="output_file" format="bam" label="${input.file.name}.${outputformat}">
+            <filter>input['input_select'] == "file"</filter>
+            <change_format>
+                <when input="outputformat" value="sam" format="sam"/>
+            </change_format>
+        </data>
+    </outputs>
+    <tests>
+        <test>
+            <param name="input_select" value="accession_number"/>
+            <param name="accession" value="SRR925743"/>
+            <param name="outputformat" value="sam"/>
+            <param name="region" value="17:41243452-41277500"/>
+            <output name="output_accession" file="sam_dump_result.sam" ftype="sam"/>
+        </test>
+    </tests>
+    <help>
+        This tool extracts reads from sra archives using sam-dump.
+        The sam-dump program is developed at NCBI, and is available at
+        http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software.
+        @SRATOOLS_ATTRRIBUTION@
+    </help>
+</tool>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/sra.py	Wed Nov 04 06:57:32 2015 -0500
@@ -0,0 +1,45 @@
+"""
+NCBI sra class
+"""
+import logging
+import binascii
+from galaxy.datatypes.data import nice_size
+from galaxy.datatypes.binary import Binary
+
+log = logging.getLogger(__name__)
+
+class Sra(Binary):
+    """ Sequence Read Archive (SRA) """
+    file_ext = 'sra'
+
+    def __init__( self, **kwd ):
+        Binary.__init__( self, **kwd )
+
+    def sniff( self, filename ):
+        """ The first 8 bytes of any NCBI sra file is 'NCBI.sra', and the file is binary.
+        For details about the format, see http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/n/helpsra/SRA_Overview_BK/#SRA_Overview_BK.4_SRA_Data_Structure
+        """
+        try:
+            header = open(filename).read(8)
+            if binascii.b2a_hex(header) == binascii.hexlify('NCBI.sra'):
+                return True
+            else:
+                return False
+        except:
+            return False
+
+    def set_peek(self, dataset, is_multi_byte=False):
+        if not dataset.dataset.purged:
+            dataset.peek  = 'Binary sra file'
+            dataset.blurb = nice_size(dataset.get_size())
+        else:
+            dataset.peek = 'file does not exist'
+            dataset.blurb = 'file purged from disk'
+
+    def display_peek(self, dataset):
+        try:
+            return dataset.peek
+        except:
+            return 'Binary sra file (%s)' % (nice_size(dataset.get_size()))
+            
+Binary.register_sniffable_binary_format('sra', 'sra', Sra)
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/sra_macros.xml	Wed Nov 04 06:57:32 2015 -0500
@@ -0,0 +1,48 @@
+<macros>
+    <macro name="requirements">
+        <requirements>
+            <requirement type="package" version="1.1.3">ngs_sdk</requirement>
+            <requirement type="package" version="2.5.2">ncbi_vdb</requirement>
+            <requirement type="package" version="2.5.2">sra_toolkit</requirement>
+            <requirement type="package" version="3">ascp</requirement>
+            <requirement type="package" version="5.18.1">perl</requirement>
+        </requirements>
+    </macro>
+    <macro name="input_conditional">
+        <conditional name="input">
+            <param name="input_select" type="select" label="select input type">
+                <option value="accession_number">SRR accession</option>
+                <option value="file">SRA archive in current history</option>
+            </param>
+            <when value="accession_number">
+                <param name="accession" type="text" label="accession"/>
+            </when>
+            <when value="file">
+                <param format="sra" name="file" type="data" label="sra archive"/>
+            </when>
+        </conditional>
+    </macro>
+    <macro name="alignments">
+        <param name="alignments" type="select" value="both">
+            <label>aligned or unaligned reads</label>
+            <option value="both">both</option>
+            <option value="aligned">aligned only</option>
+            <option value="unaligned">unaligned only</option>
+        </param>
+    </macro>
+    <macro name="minMapq">
+        <param name="minMapq" type="integer" min="0" max="42" label="minimum mapping quality" optional="true"/>
+    </macro>
+    <macro name="region">
+        <param format="text" name="region" type="text" label="aligned region" optional="true"
+               help="Filter by position on genome. Name can  either be accession.version (ex: NC_000001.10) or file specific name (ex:chr1 or 1). from and to are 1-based coordinates"/>
+    </macro>
+    <macro name="matepairDist">
+        <param name="matepairDist" type="text" label="mate-pair distance (from-to|unknown)" optional="true"
+               help="Filter by distance between matepairs. Use unknown to find matepairs split between the references. Use from-to (inclusive) to limit matepair distance on the same reference"/>
+    </macro>
+    <token name="@SRATOOLS_ATTRRIBUTION@">Browse the NCBI SRA for SRR accessions at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=studies.
+        Galaxy tool wrapper originally written by Matt Shirley (mdshw5 at gmail.com).
+        Tool dependencies, clean-up and bug-fixes by Marius van den Beek (m.vandenbeek at gmail.com).
+        For support and bug reports contact Matt Shirley or Marius van den Beek or go to https://github.com/mdshw5/sra-tools-galaxy.</token>
+</macros>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/sra_pileup.xml	Wed Nov 04 06:57:32 2015 -0500
@@ -0,0 +1,89 @@
+<tool id="sra_pileup" name="Generate pileup format" version="1.2.4">
+    <description>from NCBI sra.</description>
+    <macros>
+        <import>sra_macros.xml</import>
+    </macros>
+    <expand macro="requirements"/>
+    <command>
+        <![CDATA[
+        ## Need to set the home directory to the current working directory,
+        ## else the tool tries to write to home/.ncbi and fails when used 
+        ## with a cluster manager. 
+        export HOME=\$PWD;
+        vdb-config --restore-defaults;
+        vdb-config -s "/repository/user/main/public/root=\$PWD";
+         #if ( str( $adv.region ) == "" ):
+            ASCP_PATH=`which ascp`;
+            ASCP_KEY=`dirname \$ASCP_PATH`/asperaweb_id_dsa.openssh;
+            prefetch --ascp-path "\$ASCP_PATH|\$ASCP_KEY" "$input.accession";
+        ##Duplicate vdb-config, in case settings changed between prefetch and
+        ##dump command.
+        #end if
+        vdb-config -s "/repository/user/main/public/root=\$PWD";
+        sra-pileup --log-level fatal
+        #if str( $adv.region ) != "":
+
+        --aligned-region "$adv.region"
+
+        #end if
+        #if str( $adv.minMapq ) != "":
+        --minmapq "$adv.minMapq"
+        #end if
+        #if $input.input_select == "file":
+        "$input.file" > "$output_file"
+        #elif $input.input_select == "accession_number":
+        "$input.accession" > "$output_accession"
+        #elif $input.input_select == "text":
+        `cat $input.text` > "$output_text"
+        #end if
+        ]]>
+    </command>
+    <version_string>sra-pileup --version</version_string>
+    <inputs>
+        <conditional name="input">
+            <param name="input_select" type="select" label="select input type">
+                <option value="accession_number">SRR accession</option>
+                <option value="file">SRA archive in current history</option>
+                <option value="text">text file containing SRR accession</option>
+            </param>
+            <when value="file">
+                <param format="sra" name="file" type="data" label="sra archive"/>
+            </when>
+            <when value="accession_number">
+                <param format="text" name="accession" type="text" label="accession"/>
+            </when>
+            <when value="text">
+                <param format="txt" name="text" type="data" label="text file"/>
+            </when>
+        </conditional>
+        <section name="adv" title="Advanced Options" expanded="False">
+            <expand macro="region"/>
+          <expand macro="minMapq"/>
+        </section>
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data format="pileup" name="output_accession" label="${input.accession}.pileup">
+            <filter>input['input_select'] == "accession_number"</filter>
+        </data>
+        <data format="pileup" name="output_file" label="${input.file.name}.pileup">
+            <filter>input['input_select'] == "file"</filter>
+        </data>
+        <data format="pileup" name="output_text" label="${input.text.name}.pileup">
+            <filter>input['input_select'] == "text"</filter>
+        </data>
+    </outputs>
+    <tests>
+        <test>
+            <param name="input_select" value="accession_number"/>
+            <param name="accession" value="SRR925743"/>
+            <param name="region" value="17:41243452-41277500"/>
+            <output name="output_accession" file="sra_pileup_result.pileup" ftype="pileup"/>
+        </test>
+    </tests>
+    <help>
+        This tool produces pileup format from sra archives using sra-pileup.
+        The sra-pileup program is developed at NCBI, and is available at
+        http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software.
+        @SRATOOLS_ATTRRIBUTION@
+    </help>
+</tool>
Binary file test-data/bam_dump_result.bam has changed
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/fastq_dump_result.fastq	Wed Nov 04 06:57:32 2015 -0500
@@ -0,0 +1,40 @@
+@1/1
+AGGGATGTGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGT
++SRR925743.1 1 length=100
+EGGEGGGDFGEEEAEECGDEGGFEEGEFGBEEDDECFEFDD@CDD<EDDE?2@?AEEDEED=D+C?5@A=6:>BA8:>@:4+36945&4354445>/B>@
+@1/2
+CCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTA
++SRR925743.1 1 length=100
+GHHHDFDFGFGEGFBGEGGEGEGGGHGFGHFHFHHHHHHHEF?EFEFF?EHGGHHHGHFHEHDEHGHFFEEE9BDDBEBAD.AD:ACBBC=4@>?5>=+?
+@2/1
+AGGGATGTGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGGTAGGGTTAGGGT
++SRR925743.2 2 length=100
+HHHHHHEGFHEEFEEHEEHHGGEGGGGEFGFGGGGHHHHFBEEEEEFGGEEAEEEDD0ADDBD9BDBDDA@6?BA;?CD=:-7<<::)1;5,6-6A@?=9
+@2/2
+CCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTA
++SRR925743.2 2 length=100
+HHHHHHHHHHHHHGHHHHHHGHHHHHHHHHHHFHHHFHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHGHHBHGHHFDBDDED5FCFCEEGF<@>>>@,<5<@@?>;D
+@3/1
+CCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCCA
++SRR925743.3 3 length=100
+HHHHFHHHHHHHHHHHFHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGEFHGEGGFGGGGGGHHHHEFEIDDEEEEEDD4DD;??:6>6<@.<==@?.@@<?#####
+@3/2
+ATGGATGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGT
++SRR925743.3 3 length=100
+HHHHHHHHHFIEGFHFHDHHHHGFFHGEGDIGGEGGHHHAGEGGGDHHHHHHHHHHHFGDGGGEGDFFF>BEEEE3B;BB;>B7C@DA=DFBDD.BEE=9
+@4/1
+CCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACACTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTA
++SRR925743.4 4 length=100
+HHGBHHHHGFHHHHHFDHHFHGEHHHHHEFHHHHEGEGEFFFAFFFDCFGF?@GCDFGFEFHHEFDF*F6DC4DD:A8>@D@CD8->=>=<@CB@#####
+@4/2
+ATGGATGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGT
++SRR925743.4 4 length=100
+GFFFHHFFHHHFHHFEFGGBGEEEE?<9?6=>>:=DDDD@DBGDB;DBDBA.ADD8<2<>6A@=A5>550=>>>>BE;EEEDEEE79+336<68=BCEB@
+@5/1
+CCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACACTAACCCTCACACTCACCCTA
++SRR925743.5 5 length=100
+GGGFGFFGGGFBGGEGGFFGGGCFFGGGGGEGFFFFFGFFGFFFDFFB+FGGFEE?FCF::7B5A?+BB###############################
+@5/2
+ATGGATGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGGTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGGTAGGGT
++SRR925743.5 5 length=100
+479<.>><:<A7BABBE8@=:<<:@BB?C75:2?;.5<<3FEFGEEC88FEDEE=AB><AA@B<ABDC8.27<9:58.58??6<:@>+?=9@########
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/sam_dump_result.sam	Wed Nov 04 06:57:32 2015 -0500
@@ -0,0 +1,3025 @@
+@HD	VN:1.3
+@SQ	SN:1	AS:CM000663.1	LN:249250621
+@SQ	SN:2	AS:CM000664.1	LN:243199373
+@SQ	SN:3	AS:CM000665.1	LN:198022430
+@SQ	SN:4	AS:CM000666.1	LN:191154276
+@SQ	SN:5	AS:CM000667.1	LN:180915260
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+@SQ	SN:7	AS:CM000669.1	LN:159138663
+@SQ	SN:8	AS:CM000670.1	LN:146364022
+@SQ	SN:9	AS:CM000671.1	LN:141213431
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+@SQ	SN:X	AS:CM000685.1	LN:155270560
+@SQ	SN:Y	AS:CM000686.1	LN:59373566
+@SQ	SN:M	AS:J01415.2	LN:16569
+@SQ	SN:1_gl000191_random	AS:NT_113878.1	LN:106433
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+@SQ	SN:6_cox_hap2	AS:NT_113891.2	LN:4795371
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+@SQ	SN:Un_gl000244	AS:NT_167238.1	LN:39929
+@SQ	SN:Un_gl000245	AS:NT_167239.1	LN:36651
+@SQ	SN:Un_gl000246	AS:NT_167240.1	LN:38154
+@SQ	SN:Un_gl000247	AS:NT_167241.1	LN:36422
+@SQ	SN:Un_gl000248	AS:NT_167242.1	LN:39786
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