Mercurial > repos > mvdbeek > sra_tools
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planemo upload for repository https://github.com/ARTbio/tools-artbio/tree/master/tools/sra-tools commit 70fadb7e8972b1db550d0e067584930ce1ec8673-dirty
| author | mvdbeek |
|---|---|
| date | Wed, 04 Nov 2015 06:57:32 -0500 |
| parents | |
| children | |
| files | LICENSE README.md README.txt datatypes_conf.xml fastq_dump.xml sam_dump.xml sra.py sra_macros.xml sra_pileup.xml test-data/bam_dump_result.bam test-data/fastq_dump_result.fastq test-data/sam_dump_result.sam test-data/sra_pileup_result.pileup tool_dependencies.xml |
| diffstat | 14 files changed, 11016 insertions(+), 0 deletions(-) [+] |
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/LICENSE Wed Nov 04 06:57:32 2015 -0500 @@ -0,0 +1,60 @@ +CONTENTS + + Public Domain Notice + Exceptions (for bundled 3rd-party code) + Copyright F.A.Q. + + +============================================================== + PUBLIC DOMAIN NOTICE + National Center for Biotechnology Information + +With the exception of certain third-party files summarized below, this +software is a "United States Government Work" under the terms of the +United States Copyright Act. It was written as part of the authors' +official duties as United States Government employees and thus cannot +be copyrighted. This software is freely available to the public for +use. The National Library of Medicine and the U.S. Government have not +placed any restriction on its use or reproduction. + +Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy +and reliability of the software and data, the NLM and the U.S. +Government do not and cannot warrant the performance or results that +may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S. +Government disclaim all warranties, express or implied, including +warranties of performance, merchantability or fitness for any +particular purpose. + +Please cite the authors in any work or product based on this material. + + +============================================================== +Copyright F.A.Q. + + +-------------------------------------------------------------- +Q. Our product makes use of the NCBI source code, and we made changes + and additions to that version of the NCBI code to better fit it to + our needs. Can we copyright the code, and how? + +A. You can copyright only the *changes* or the *additions* you made to the + NCBI source code. You should identify unambiguously those sections of + the code that were modified, e.g. by commenting any changes you made + in the code you distribute. Therefore, your license has to make clear + to users that your product is a combination of code that is public domain + within the U.S. (but may be subject to copyright by the U.S. in foreign + countries) and code that has been created or modified by you. + +-------------------------------------------------------------- +Q. Can we (re)license all or part of the NCBI source code? + +A. No, you cannot license or relicense the source code written by NCBI + since you cannot claim any copyright in the software that was developed + at NCBI as a 'government work' and consequently is in the public domain + within the U.S. + +-------------------------------------------------------------- +Q. What if these copyright guidelines are not clear enough or are not + applicable to my particular case? + +A. Contact us. Send your questions to 'sra-tools@ncbi.nlm.nih.gov'.
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/README.md Wed Nov 04 06:57:32 2015 -0500 @@ -0,0 +1,32 @@ +[](https://travis-ci.org/mdshw5/sra-tools-galaxy) + +The Galaxy tool wrappers contained in this tool shed repository rely on software developed by +the NCBI: http://github.com/ncbi/sra-tools. + +# INSTALLATION + +Please use the Galaxy admin interface to install from the toolshed: https://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/matt-shirley/ncbi_sra_toolkit + +This software release was designed to install using the Galaxy toolshed under Linux and MacOS operating systems on Intel x86-compatible 32/64 bit architectures. + +*Build Requirements* + +- bash +- git +- make +- gcc +- g++ +- perl +- libxml2 + +On a Debian OS use: + + apt-get install build-essential libxml2-dev git + +On a Mac with [command line tools](https://developer.apple.com/downloads/index.action) installed: + + brew install git libxml2 + +CONTROLLED-ACCESS DATA + +Encrypted, controlled-access data is not supported.
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/README.txt Wed Nov 04 06:57:32 2015 -0500 @@ -0,0 +1,39 @@ +The Galaxy tool wrappers contained in this tool shed repository rely on software developed by +the NCBI Sequence Read Archive: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software. +Use of SRA Toolkit software herin should comply with the GPL v2 or greater. + +Copyright (C) 2013 Matthew Shirley + + This program is free software: you can redistribute it and/or modify + it under the terms of the GNU General Public License as published by + the Free Software Foundation, either version 2 of the License, or + (at your option) any later version. + + This program is distributed in the hope that it will be useful, + but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + GNU General Public License for more details. + + You should have received a copy of the GNU General Public License + along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. + +INSTALLATION + +This software release was designed to run under Linux, MacOSX operating systems on Intel x86-compatible 64 bit architectures. + +Build Requirements: + ar + bash + make + gcc, g++ + libxml2 + libcurl4 + zlib + +On a debian based Linux OS use: + + apt-get install build-essential libxml2-dev libcurl4-openssl-dev zlib-dev + +CONTROLLED-ACCESS DATA + +Encrypted, controlled-access data is not supported in this version of the SRA Toolkit Galaxy tool shed. \ No newline at end of file
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes_conf.xml Wed Nov 04 06:57:32 2015 -0500 @@ -0,0 +1,12 @@ +<?xml version="1.0"?> +<datatypes> + <datatype_files> + <datatype_file name="sra.py"/> + </datatype_files> + <registration> + <datatype extension="sra" type="galaxy.datatypes.sra:Sra" mimetype="application/octet-stream" display_in_upload="true"/> + </registration> + <sniffers> + <sniffer type="galaxy.datatypes.sra:Sra"/> + </sniffers> +</datatypes>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/fastq_dump.xml Wed Nov 04 06:57:32 2015 -0500 @@ -0,0 +1,142 @@ +<tool id="fastq_dump" name="Extract reads" version="1.2.4"> + <description>in FASTQ/A format from NCBI SRA.</description> + <macros> + <import>sra_macros.xml</import> + </macros> + <expand macro="requirements"/> + <command> + <![CDATA[ + ## Need to set the home directory to the current working directory, + ## else the tool tries to write to home/.ncbi and fails when used + ## with a cluster manager. + export HOME=\$PWD; + vdb-config --restore-defaults; + #if $input.input_select == "file": + fastq-dump --log-level fatal --accession '${input.file.name}' + #else: + vdb-config -s "/repository/user/main/public/root=\$PWD"; + ## Do not use prefetch if region is specified, to avoid downloading + ## the complete sra file. + #if ( str( $adv.region ) == "" ) and ( str( $adv.minID ) == "" ) and ( str( $adv.maxID ) == "" ): + ASCP_PATH=`which ascp`; + ASCP_KEY=`dirname \$ASCP_PATH`/asperaweb_id_dsa.openssh; + prefetch --ascp-path "\$ASCP_PATH|\$ASCP_KEY" $input.accession; + #end if + ## Duplicate vdb-config, in case settings changed between prefetch and + ## dump command. + vdb-config -s "/repository/user/main/public/root=\$PWD"; + fastq-dump --accession "$input.accession" + #end if + --defline-seq '@\$sn[_\$rn]/\$ri' + --stdout + #if str( $adv.split ) == "yes": + --split-spot + #end if + #if str( $adv.alignments ) == "aligned": + --aligned + #end if + #if str( $adv.alignments ) == "unaligned": + --unaligned + #end if + #if str( $adv.minID ) != "": + --minSpotId "$adv.minID" + #end if + #if str( $adv.maxID ) != "": + --maxSpotId "$adv.maxID" + #end if + #if str( $adv.minlen ) != "": + --minReadLen "$adv.minlen" + #end if + #if str( $adv.readfilter ) != "": + --read-filter "$adv.readfilter" + #end if + #if str( $adv.region ) != "": + --aligned-region "$adv.region" + #end if + #if str( $adv.spotgroups ) != "": + --spot-groups "$adv.spotgroups" + #end if + #if str( $adv.matepairDist ) != "": + --matepair-distance "$adv.matepairDist" + #end if + #if $adv.clip == "yes": + --clip + #end if + #if str( $outputformat ) == "fasta": + --fasta + #end if + #if $input.input_select=="file": + "$input.file" > "$output_file" + #else: + "$input.accession" > "$output_accession" + #end if + ]]> + </command> + <version_string>fastq-dump --version</version_string> + <inputs> + <expand macro="input_conditional"/> + <param name="outputformat" type="select" label="select output format"> + <option value="fastqsanger">fastq</option> + <option value="fasta">fasta</option> + </param> + <section name="adv" title="Advanced Options" expanded="False"> + <param name="minID" type="integer" label="minimum spot ID" optional="true"/> + <param name="maxID" type="integer" label="maximum spot ID" optional="true"/> + <param name="minlen" type="integer" label="minimum read length" optional="true"/> + <param name="split" type="select" value="yes"> + <label>split spot by read pairs</label> + <option value="yes">Yes</option> + <option value="no">No</option> + </param> + <expand macro="alignments"/> + <expand macro="region"/> + <expand macro="matepairDist"/> + <param name="readfilter" type="select" value=""> + <label>filter by value</label> + <option value="">None</option> + <option value="pass">pass</option> + <option value="reject">reject</option> + <option value="criteria">criteria</option> + <option value="redacted">redacted</option> + </param> + <param name="spotgroups" type="text" label="filter by spot-groups" optional="true"/> + <param name="clip" type="select" value="no"> + <label>apply left and right clips</label> + <option value="no">No</option> + <option value="yes">Yes</option> + </param> + </section> + </inputs> + <outputs> + <data format="fastq" name="output_accession" label="${input.accession}.${outputformat}"> + <filter>input['input_select'] == "accession_number"</filter> + <change_format> + <when input="outputformat" value="fasta" format="fasta"/> + </change_format> + </data> + <data format="fastq" name="output_file" label="${input.file.name}.${outputformat}"> + <filter>input['input_select'] == "file"</filter> + <change_format> + <when input="outputformat" value="fasta" format="fasta"/> + </change_format> + </data> + </outputs> + <stdio> + <exit_code range="127" level="fatal" description="Could not locate fastq-dump binary"/> + </stdio> + <tests> + <test> + <param name="input_select" value="accession_number"/> + <param name="outputformat" value="fastqsanger"/> + <param name="accession" value="SRR925743"/> + <param name="maxID" value="5"/> + <output name="output_accession" file="fastq_dump_result.fastq" ftype="fastq"/> + </test> + </tests> + <help> + This tool extracts reads from SRA archives using fastq-dump. + The fastq-dump program is developed at NCBI, and is available at + http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software. + @SRATOOLS_ATTRRIBUTION@ + </help> +</tool>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/sam_dump.xml Wed Nov 04 06:57:32 2015 -0500 @@ -0,0 +1,117 @@ +<tool id="sam_dump" name="Extract reads" version="1.2.4"> + <description>in SAM or BAM format from NCBI SRA.</description> + <macros> + <import>sra_macros.xml</import> + </macros> + <expand macro="requirements"/> + <command> + <![CDATA[ + ## Need to set the home directory to the current working directory, + ## else the tool tries to write to home/.ncbi and fails when used + ## with a cluster manager. + export HOME=\$PWD; + vdb-config --restore-defaults; + vdb-config -s "/repository/user/main/public/root=\$PWD"; + ## Do not use prefetch if region is specified, to avoid downloading + ## the complete sra file. + #if ( str( $adv.region ) == "" ): + ASCP_PATH=`which ascp`; + ASCP_KEY=`dirname \$ASCP_PATH`/asperaweb_id_dsa.openssh; + prefetch --ascp-path "\$ASCP_PATH|\$ASCP_KEY" "$input.accession"; + ##Duplicate vdb-config, in case settings changed between prefetch and + ##dump command. + #end if + vdb-config -s "/repository/user/main/public/root=\$PWD"; + sam-dump --log-level fatal --disable-multithreading + #if str( $adv.region ) != "": + --aligned-region "$adv.region" + #end if + #if str( $adv.matepairDist ) != "": + --matepair-distance "$adv.matepairDist" + #end if + #if str( $adv.minMapq ) != "": + --min-mapq "$adv.minMapq" + #end if + #if str( $adv.header ) == "yes": + --header + #else: + --no-header + #end if + #if str( $adv.alignments ) == "both": + --unaligned + #end if + #if str( $adv.alignments ) == "unaligned": + --unaligned-spots-only + #end if + #if (str( $adv.primary ) == "yes") and (str ( $adv.alignments != "unaligned") ): + --primary + #end if + #if $input.input_select == "file": + "$input.file" + #elif $input.input_select == "accession_number": + "$input.accession" + #end if + #if str( $outputformat ) == "bam": + | samtools view -Sb - 2> /dev/null + #end if + #if $input.input_select == "file": + > "$output_file" + #elif $input.input_select == "accession_number": + > "$output_accession" + #end if + ]]> + </command> + <version_string>sam-dump --version</version_string> + <inputs> + <expand macro="input_conditional"/> + <param name="outputformat" type="select" label="select output format"> + <option value="bam">bam</option> + <option value="sam">sam</option> + </param> + <section name="adv" title="Advanced Options" expanded="False"> + <param name="header" type="select" value="yes"> + <label>output header</label> + <option value="yes">Yes</option> + <option value="no">No</option> + </param> + <expand macro="alignments"/> + <expand macro="region"/> + <expand macro="matepairDist"/> + <param name="primary" type="select" value="no"> + <label>only primary aligments</label> + <option value="no">No</option> + <option value="yes">Yes</option> + </param> + <expand macro="minMapq"></expand> + </section> + </inputs> + <outputs> + <data name="output_accession" format="bam" label="${input.accession}.${outputformat}"> + <filter>input['input_select'] == "accession_number"</filter> + <change_format> + <when input="outputformat" value="sam" format="sam"/> + </change_format> + </data> + <data name="output_file" format="bam" label="${input.file.name}.${outputformat}"> + <filter>input['input_select'] == "file"</filter> + <change_format> + <when input="outputformat" value="sam" format="sam"/> + </change_format> + </data> + </outputs> + <tests> + <test> + <param name="input_select" value="accession_number"/> + <param name="accession" value="SRR925743"/> + <param name="outputformat" value="sam"/> + <param name="region" value="17:41243452-41277500"/> + <output name="output_accession" file="sam_dump_result.sam" ftype="sam"/> + </test> + </tests> + <help> + This tool extracts reads from sra archives using sam-dump. + The sam-dump program is developed at NCBI, and is available at + http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software. + @SRATOOLS_ATTRRIBUTION@ + </help> +</tool>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/sra.py Wed Nov 04 06:57:32 2015 -0500 @@ -0,0 +1,45 @@ +""" +NCBI sra class +""" +import logging +import binascii +from galaxy.datatypes.data import nice_size +from galaxy.datatypes.binary import Binary + +log = logging.getLogger(__name__) + +class Sra(Binary): + """ Sequence Read Archive (SRA) """ + file_ext = 'sra' + + def __init__( self, **kwd ): + Binary.__init__( self, **kwd ) + + def sniff( self, filename ): + """ The first 8 bytes of any NCBI sra file is 'NCBI.sra', and the file is binary. + For details about the format, see http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/n/helpsra/SRA_Overview_BK/#SRA_Overview_BK.4_SRA_Data_Structure + """ + try: + header = open(filename).read(8) + if binascii.b2a_hex(header) == binascii.hexlify('NCBI.sra'): + return True + else: + return False + except: + return False + + def set_peek(self, dataset, is_multi_byte=False): + if not dataset.dataset.purged: + dataset.peek = 'Binary sra file' + dataset.blurb = nice_size(dataset.get_size()) + else: + dataset.peek = 'file does not exist' + dataset.blurb = 'file purged from disk' + + def display_peek(self, dataset): + try: + return dataset.peek + except: + return 'Binary sra file (%s)' % (nice_size(dataset.get_size())) + +Binary.register_sniffable_binary_format('sra', 'sra', Sra)
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/sra_macros.xml Wed Nov 04 06:57:32 2015 -0500 @@ -0,0 +1,48 @@ +<macros> + <macro name="requirements"> + <requirements> + <requirement type="package" version="1.1.3">ngs_sdk</requirement> + <requirement type="package" version="2.5.2">ncbi_vdb</requirement> + <requirement type="package" version="2.5.2">sra_toolkit</requirement> + <requirement type="package" version="3">ascp</requirement> + <requirement type="package" version="5.18.1">perl</requirement> + </requirements> + </macro> + <macro name="input_conditional"> + <conditional name="input"> + <param name="input_select" type="select" label="select input type"> + <option value="accession_number">SRR accession</option> + <option value="file">SRA archive in current history</option> + </param> + <when value="accession_number"> + <param name="accession" type="text" label="accession"/> + </when> + <when value="file"> + <param format="sra" name="file" type="data" label="sra archive"/> + </when> + </conditional> + </macro> + <macro name="alignments"> + <param name="alignments" type="select" value="both"> + <label>aligned or unaligned reads</label> + <option value="both">both</option> + <option value="aligned">aligned only</option> + <option value="unaligned">unaligned only</option> + </param> + </macro> + <macro name="minMapq"> + <param name="minMapq" type="integer" min="0" max="42" label="minimum mapping quality" optional="true"/> + </macro> + <macro name="region"> + <param format="text" name="region" type="text" label="aligned region" optional="true" + help="Filter by position on genome. Name can either be accession.version (ex: NC_000001.10) or file specific name (ex:chr1 or 1). from and to are 1-based coordinates"/> + </macro> + <macro name="matepairDist"> + <param name="matepairDist" type="text" label="mate-pair distance (from-to|unknown)" optional="true" + help="Filter by distance between matepairs. Use unknown to find matepairs split between the references. Use from-to (inclusive) to limit matepair distance on the same reference"/> + </macro> + <token name="@SRATOOLS_ATTRRIBUTION@">Browse the NCBI SRA for SRR accessions at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=studies. + Galaxy tool wrapper originally written by Matt Shirley (mdshw5 at gmail.com). + Tool dependencies, clean-up and bug-fixes by Marius van den Beek (m.vandenbeek at gmail.com). + For support and bug reports contact Matt Shirley or Marius van den Beek or go to https://github.com/mdshw5/sra-tools-galaxy.</token> +</macros>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/sra_pileup.xml Wed Nov 04 06:57:32 2015 -0500 @@ -0,0 +1,89 @@ +<tool id="sra_pileup" name="Generate pileup format" version="1.2.4"> + <description>from NCBI sra.</description> + <macros> + <import>sra_macros.xml</import> + </macros> + <expand macro="requirements"/> + <command> + <![CDATA[ + ## Need to set the home directory to the current working directory, + ## else the tool tries to write to home/.ncbi and fails when used + ## with a cluster manager. + export HOME=\$PWD; + vdb-config --restore-defaults; + vdb-config -s "/repository/user/main/public/root=\$PWD"; + #if ( str( $adv.region ) == "" ): + ASCP_PATH=`which ascp`; + ASCP_KEY=`dirname \$ASCP_PATH`/asperaweb_id_dsa.openssh; + prefetch --ascp-path "\$ASCP_PATH|\$ASCP_KEY" "$input.accession"; + ##Duplicate vdb-config, in case settings changed between prefetch and + ##dump command. + #end if + vdb-config -s "/repository/user/main/public/root=\$PWD"; + sra-pileup --log-level fatal + #if str( $adv.region ) != "": + + --aligned-region "$adv.region" + + #end if + #if str( $adv.minMapq ) != "": + --minmapq "$adv.minMapq" + #end if + #if $input.input_select == "file": + "$input.file" > "$output_file" + #elif $input.input_select == "accession_number": + "$input.accession" > "$output_accession" + #elif $input.input_select == "text": + `cat $input.text` > "$output_text" + #end if + ]]> + </command> + <version_string>sra-pileup --version</version_string> + <inputs> + <conditional name="input"> + <param name="input_select" type="select" label="select input type"> + <option value="accession_number">SRR accession</option> + <option value="file">SRA archive in current history</option> + <option value="text">text file containing SRR accession</option> + </param> + <when value="file"> + <param format="sra" name="file" type="data" label="sra archive"/> + </when> + <when value="accession_number"> + <param format="text" name="accession" type="text" label="accession"/> + </when> + <when value="text"> + <param format="txt" name="text" type="data" label="text file"/> + </when> + </conditional> + <section name="adv" title="Advanced Options" expanded="False"> + <expand macro="region"/> + <expand macro="minMapq"/> + </section> + </inputs> + <outputs> + <data format="pileup" name="output_accession" label="${input.accession}.pileup"> + <filter>input['input_select'] == "accession_number"</filter> + </data> + <data format="pileup" name="output_file" label="${input.file.name}.pileup"> + <filter>input['input_select'] == "file"</filter> + </data> + <data format="pileup" name="output_text" label="${input.text.name}.pileup"> + <filter>input['input_select'] == "text"</filter> + </data> + </outputs> + <tests> + <test> + <param name="input_select" value="accession_number"/> + <param name="accession" value="SRR925743"/> + <param name="region" value="17:41243452-41277500"/> + <output name="output_accession" file="sra_pileup_result.pileup" ftype="pileup"/> + </test> + </tests> + <help> + This tool produces pileup format from sra archives using sra-pileup. + The sra-pileup program is developed at NCBI, and is available at + http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software. + @SRATOOLS_ATTRRIBUTION@ + </help> +</tool>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/fastq_dump_result.fastq Wed Nov 04 06:57:32 2015 -0500 @@ -0,0 +1,40 @@ +@1/1 +AGGGATGTGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGT ++SRR925743.1 1 length=100 +EGGEGGGDFGEEEAEECGDEGGFEEGEFGBEEDDECFEFDD@CDD<EDDE?2@?AEEDEED=D+C?5@A=6:>BA8:>@:4+36945&4354445>/B>@ +@1/2 +CCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTA ++SRR925743.1 1 length=100 +GHHHDFDFGFGEGFBGEGGEGEGGGHGFGHFHFHHHHHHHEF?EFEFF?EHGGHHHGHFHEHDEHGHFFEEE9BDDBEBAD.AD:ACBBC=4@>?5>=+? +@2/1 +AGGGATGTGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGGTAGGGTTAGGGT ++SRR925743.2 2 length=100 +HHHHHHEGFHEEFEEHEEHHGGEGGGGEFGFGGGGHHHHFBEEEEEFGGEEAEEEDD0ADDBD9BDBDDA@6?BA;?CD=:-7<<::)1;5,6-6A@?=9 +@2/2 +CCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTA ++SRR925743.2 2 length=100 +HHHHHHHHHHHHHGHHHHHHGHHHHHHHHHHHFHHHFHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHGHHBHGHHFDBDDED5FCFCEEGF<@>>>@,<5<@@?>;D +@3/1 +CCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCCA ++SRR925743.3 3 length=100 +HHHHFHHHHHHHHHHHFHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGEFHGEGGFGGGGGGHHHHEFEIDDEEEEEDD4DD;??:6>6<@.<==@?.@@<?##### +@3/2 +ATGGATGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGT ++SRR925743.3 3 length=100 +HHHHHHHHHFIEGFHFHDHHHHGFFHGEGDIGGEGGHHHAGEGGGDHHHHHHHHHHHFGDGGGEGDFFF>BEEEE3B;BB;>B7C@DA=DFBDD.BEE=9 +@4/1 +CCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACACTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTA ++SRR925743.4 4 length=100 +HHGBHHHHGFHHHHHFDHHFHGEHHHHHEFHHHHEGEGEFFFAFFFDCFGF?@GCDFGFEFHHEFDF*F6DC4DD:A8>@D@CD8->=>=<@CB@##### +@4/2 +ATGGATGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGT ++SRR925743.4 4 length=100 +GFFFHHFFHHHFHHFEFGGBGEEEE?<9?6=>>:=DDDD@DBGDB;DBDBA.ADD8<2<>6A@=A5>550=>>>>BE;EEEDEEE79+336<68=BCEB@ +@5/1 +CCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACACTAACCCTCACACTCACCCTA ++SRR925743.5 5 length=100 +GGGFGFFGGGFBGGEGGFFGGGCFFGGGGGEGFFFFFGFFGFFFDFFB+FGGFEE?FCF::7B5A?+BB############################### +@5/2 +ATGGATGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGGTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGGTAGGGT ++SRR925743.5 5 length=100 +479<.>><:<A7BABBE8@=:<<:@BB?C75:2?;.5<<3FEFGEEC88FEDEE=AB><AA@B<ABDC8.27<9:58.58??6<:@>+?=9@########
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/sam_dump_result.sam Wed Nov 04 06:57:32 2015 -0500 @@ -0,0 +1,3025 @@ +@HD VN:1.3 +@SQ SN:1 AS:CM000663.1 LN:249250621 +@SQ SN:2 AS:CM000664.1 LN:243199373 +@SQ SN:3 AS:CM000665.1 LN:198022430 +@SQ SN:4 AS:CM000666.1 LN:191154276 +@SQ SN:5 AS:CM000667.1 LN:180915260 +@SQ SN:6 AS:CM000668.1 LN:171115067 +@SQ SN:7 AS:CM000669.1 LN:159138663 +@SQ SN:8 AS:CM000670.1 LN:146364022 +@SQ SN:9 AS:CM000671.1 LN:141213431 +@SQ SN:10 AS:CM000672.1 LN:135534747 +@SQ SN:11 AS:CM000673.1 LN:135006516 +@SQ SN:12 AS:CM000674.1 LN:133851895 +@SQ SN:13 AS:CM000675.1 LN:115169878 +@SQ SN:14 AS:CM000676.1 LN:107349540 +@SQ SN:15 AS:CM000677.1 LN:102531392 +@SQ SN:16 AS:CM000678.1 LN:90354753 +@SQ SN:17 AS:CM000679.1 LN:81195210 +@SQ SN:18 AS:CM000680.1 LN:78077248 +@SQ SN:19 AS:CM000681.1 LN:59128983 +@SQ SN:20 AS:CM000682.1 LN:63025520 +@SQ SN:21 AS:CM000683.1 LN:48129895 +@SQ SN:22 AS:CM000684.1 LN:51304566 +@SQ SN:X AS:CM000685.1 LN:155270560 +@SQ SN:Y AS:CM000686.1 LN:59373566 +@SQ SN:M AS:J01415.2 LN:16569 +@SQ SN:1_gl000191_random AS:NT_113878.1 LN:106433 +@SQ SN:4_gl000193_random AS:NT_113885.1 LN:189789 +@SQ SN:4_gl000194_random AS:NT_113888.1 LN:191469 +@SQ SN:Un_gl000218 AS:NT_113889.1 LN:161147 +@SQ SN:6_cox_hap2 AS:NT_113891.2 LN:4795371 +@SQ SN:7_gl000195_random AS:NT_113901.1 LN:182896 +@SQ SN:8_gl000197_random AS:NT_113907.1 LN:37175 +@SQ SN:8_gl000196_random AS:NT_113909.1 LN:38914 +@SQ SN:9_gl000201_random AS:NT_113911.1 LN:36148 +@SQ SN:9_gl000198_random AS:NT_113914.1 LN:90085 +@SQ SN:9_gl000200_random AS:NT_113915.1 LN:187035 +@SQ SN:9_gl000199_random AS:NT_113916.2 LN:169874 +@SQ SN:11_gl000202_random AS:NT_113921.2 LN:40103 +@SQ SN:Un_gl000212 AS:NT_113923.1 LN:186858 +@SQ SN:17_gl000205_random AS:NT_113930.1 LN:174588 +@SQ SN:17_gl000203_random AS:NT_113941.1 LN:37498 +@SQ SN:17_gl000204_random AS:NT_113943.1 LN:81310 +@SQ SN:17_gl000206_random AS:NT_113945.1 LN:41001 +@SQ SN:18_gl000207_random 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41245810 A 7 .....,, GDG9FHH +CM000679.1 41245811 A 7 .....,, EEG+AFF +CM000679.1 41245812 G 7 ..$.$.$.$,, D=G9BHH +CM000679.1 41245813 C 7 .,,^>,^>,^>,^>, FHHEA@H +CM000679.1 41245814 A 7 .,,,,,, 7HHDB?@ +CM000679.1 41245815 G 7 .,,,,,, @GHAD>= +CM000679.1 41245816 A 7 .,,,,,, =HHFB=H +CM000679.1 41245817 T 7 .,,,,,, ?HHFD?H +CM000679.1 41245818 T 7 .,,,,,, BHHHF1H +CM000679.1 41245819 C 7 .,,,,,, HHFBE+F +CM000679.1 41245820 T 7 .,,,,,, DHHEB.H +CM000679.1 41245821 T 7 .,,,,,, HHHDE9H +CM000679.1 41245822 T 7 .,,,,,, EHHDF<H +CM000679.1 41245823 T 7 .,,,,,, HHHFDEH +CM000679.1 41245824 T 7 .,,,,,, GHHBHDH +CM000679.1 41245825 C 7 .,,,,,, DHHEHHH +CM000679.1 41245826 G 7 .,,,,,, .HHHHGH +CM000679.1 41245827 A 7 .,,,,,, FHHHHHG +CM000679.1 41245828 G 7 .$,,,,,, <HHFHHH +CM000679.1 41245829 T 6 ,,,,,, HHHHHH +CM000679.1 41245830 G 6 ,,,,,, HHHHFH +CM000679.1 41245831 A 6 ,,,,,, HHEHHG +CM000679.1 41245832 T 6 ,,,,,, HHGHHH +CM000679.1 41245833 T 6 ,,,,,, HHHHHF +CM000679.1 41245834 C 6 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+CM000679.1 41245861 G 5 ,,,,, GHGHA +CM000679.1 41245862 A 5 ,,,,, HHGH8 +CM000679.1 41245863 A 5 ,,,,, FHEH@ +CM000679.1 41245864 T 5 ,,,,, FHEH4 +CM000679.1 41245865 A 5 ,,,,, BFEH< +CM000679.1 41245866 G 5 ,,,,, FHGH@ +CM000679.1 41245867 A 5 ,,,,, FHEF@ +CM000679.1 41245868 A 5 ,,,,, HFEH; +CM000679.1 41245869 T 5 ,,,,, HFFH@ +CM000679.1 41245870 C 5 ,,,,, HGFH< +CM000679.1 41245871 A 5 ,,,,, EB=E; +CM000679.1 41245872 C 5 ,,,,, HFFHB +CM000679.1 41245873 C 5 ,,,,, HHHH= +CM000679.1 41245874 T 5 ,,,,, GHGHE +CM000679.1 41245875 T 5 ,,,,, HHEHE +CM000679.1 41245876 T 5 ,,,,, HHHHE +CM000679.1 41245877 T 5 ,,,,, HHEEE +CM000679.1 41245878 G 5 ,,,,, HGHHF +CM000679.1 41245879 T 5 ,,,,, DHHH? +CM000679.1 41245880 T 5 ,,,,, HHEH@ +CM000679.1 41245881 T 5 ,,,,, HHGH@ +CM000679.1 41245882 T 5 ,,,,, FGHHE +CM000679.1 41245883 A 5 ,,,,, HHEHG +CM000679.1 41245884 T 5 ,,,,, GHEHF +CM000679.1 41245885 T 5 ,,,,, HHDHF +CM000679.1 41245886 C 5 ,,,,, HHGHG +CM000679.1 41245887 T 5 ,,,,, EE@HD +CM000679.1 41245888 C 5 ,,,,, FHEHH +CM000679.1 41245889 A 5 ,,,,, HHEHH +CM000679.1 41245890 T 5 ,,,,, GHBHF +CM000679.1 41245891 G 5 ,,,,, HHEHH +CM000679.1 41245892 A 5 ,,,,, EHEHH +CM000679.1 41245893 C 5 ,,,,, HHGHF +CM000679.1 41245894 C 5 ,,,,, GHGHG +CM000679.1 41245895 A 5 ,,,,, FBDHE +CM000679.1 41245896 C 5 ,,,,, HGFHH +CM000679.1 41245897 T 5 ,,,,, HHGHH +CM000679.1 41245898 A 5 ,,,,, HHHHH +CM000679.1 41245899 T 5 ,,,,, FHGH= +CM000679.1 41245900 T 5 ,,,,, HHDHH +CM000679.1 41245901 A 5 ,,,,, HHHHE +CM000679.1 41245902 G 5 ,,,,, HHHHH +CM000679.1 41245903 T 5 ,,c,, HHGHF +CM000679.1 41245904 A 5 ,,,,, HGGHH +CM000679.1 41245905 A 5 ,,,,, HHGHF +CM000679.1 41245906 T 5 ,,,,, HHHHH +CM000679.1 41245907 A 5 ,,,,, HHGHH +CM000679.1 41245908 T 5 ,,,,, HHFHG +CM000679.1 41245909 T 5 ,,,,, HHFHH +CM000679.1 41245910 C 5 ,,,,, HHFHH +CM000679.1 41245911 A 5 ,,,,, HHDHG +CM000679.1 41245912 T 5 ,$,$,$,$, HHGHH +CM000679.1 41245913 C 1 , H +CM000679.1 41245914 A 1 , H +CM000679.1 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DEHHH +CM000679.1 41246008 G 5 ..... EEHHH +CM000679.1 41246009 A 5 ..... FFHHH +CM000679.1 41246010 T 5 ..... DEHHH +CM000679.1 41246011 G 5 ..... DHHHH +CM000679.1 41246012 A 5 ..... @EHHH +CM000679.1 41246013 A 5 ..... EEHHH +CM000679.1 41246014 G 5 ..... CEFHH +CM000679.1 41246015 G 5 ..... EEHHH +CM000679.1 41246016 C 5 ..... DBHHH +CM000679.1 41246017 C 5 ..... CHHHH +CM000679.1 41246018 T 5 ..... HFHHH +CM000679.1 41246019 G 5 ..... ?FHHH +CM000679.1 41246020 A 5 ..... CFHFH +CM000679.1 41246021 T 5 ..... ?CHEH +CM000679.1 41246022 G 5 ..... FFHFH +CM000679.1 41246023 T 5 ..... DDHBF +CM000679.1 41246024 A 5 ..... AFHGD +CM000679.1 41246025 G 5 ..... E9HHG +CM000679.1 41246026 G 5 ..... E?HHG +CM000679.1 41246027 T 5 ..... B<HFE +CM000679.1 41246028 C 5 ..... +DHHH +CM000679.1 41246029 T 5 ..... C6HHH +CM000679.1 41246030 C 5 ..... BCHHH +CM000679.1 41246031 C 5 ..... >AHHH +CM000679.1 41246032 T 5 ..... DDHHH +CM000679.1 41246033 T 5 ..... 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+CM000679.1 41252835 A 5 ...c, FGF%2 +CM000679.1 41252836 C 5 ...,, H>HAG +CM000679.1 41252837 C 5 ...,, GDHDF +CM000679.1 41252838 T 5 ...,, HEH@D +CM000679.1 41252839 C 5 ...,, FBHDG +CM000679.1 41252840 C 5 ...,, HEHHH +CM000679.1 41252841 C 5 ...,, <FHHD +CM000679.1 41252842 T 5 ...,, :FHAF +CM000679.1 41252843 G 5 ...,, :AHHH +CM000679.1 41252844 G 5 ...,, ?FHHF +CM000679.1 41252845 T 5 ...,, <5HFE +CM000679.1 41252846 T 5 ...,, DCHFE +CM000679.1 41252847 C 5 ...,, DCHFB +CM000679.1 41252848 A 5 ...,, ;DHFE +CM000679.1 41252849 G 5 ...,, DDHFC +CM000679.1 41252850 T 5 ...,, D=HAE +CM000679.1 41252851 T 5 ...,, DEHCC +CM000679.1 41252852 G 5 ...,, BBHCC +CM000679.1 41252853 A 5 ...,, @EF;? +CM000679.1 41252854 T 5 ...,, ABHFE +CM000679.1 41252855 T 5 ...,, DEE@? +CM000679.1 41252856 C 5 ...,, E8HEF +CM000679.1 41252857 T 5 ...,, E>H@= +CM000679.1 41252858 C 5 ...,, E7HDH +CM000679.1 41252859 C 5 ...,, E7HFH +CM000679.1 41252860 T 5 .$.$.,, @7HHH +CM000679.1 41252861 G 3 .,, HHH +CM000679.1 41252862 C 3 .,, EHH +CM000679.1 41252863 C 3 .,, HHH +CM000679.1 41252864 T 3 .,, FFH +CM000679.1 41252865 C 3 .,, FHH +CM000679.1 41252866 A 3 .,, CHH +CM000679.1 41252867 G 3 .,, AHH +CM000679.1 41252868 C 3 .,, FHH +CM000679.1 41252869 C 3 .,, CHH +CM000679.1 41252870 T 3 .,, CFH +CM000679.1 41252871 C 3 .,, DEH +CM000679.1 41252872 C 3 .,, FHH +CM000679.1 41252873 C 3 .,, GHG +CM000679.1 41252874 G 3 .,, ?HH +CM000679.1 41252875 A 3 .,, ;HH +CM000679.1 41252876 G 3 .,, AFH +CM000679.1 41252877 T 3 .,, 6HH +CM000679.1 41252878 A 3 .,, =FH +CM000679.1 41252879 G 3 .,, AFH +CM000679.1 41252880 C 3 .,, DHH +CM000679.1 41252881 T 3 .,, CFH +CM000679.1 41252882 G 3 .,, BFH +CM000679.1 41252883 G 3 .,, AFH +CM000679.1 41252884 G 3 .,, DHH +CM000679.1 41252885 A 3 .$,, #FH +CM000679.1 41252886 C 2 ,, HH +CM000679.1 41252887 T 2 ,, HG +CM000679.1 41252888 A 2 ,, HH +CM000679.1 41252889 C 2 ,, HH +CM000679.1 41252890 A 2 ,, GH +CM000679.1 41252891 G 2 ,, GH +CM000679.1 41252892 G 2 ,, HH +CM000679.1 41252893 C 2 ,, HH +CM000679.1 41252894 G 2 ,, HH +CM000679.1 41252895 T 2 ,, GH +CM000679.1 41252896 A 2 ,, EH +CM000679.1 41252897 C 2 ,, HH +CM000679.1 41252898 A 2 ,, FH +CM000679.1 41252899 C 2 ,$,$ HH +CM000679.1 41252909 T 1 ^], # +CM000679.1 41252910 A 1 , F +CM000679.1 41252911 G 1 , . +CM000679.1 41252912 T 1 , E +CM000679.1 41252913 T 1 , F +CM000679.1 41252914 A 1 , F +CM000679.1 41252915 A 1 , B +CM000679.1 41252916 T 1 , H +CM000679.1 41252917 T 1 , H +CM000679.1 41252918 T 1 , H +CM000679.1 41252919 T 1 , H +CM000679.1 41252920 T 1 , F +CM000679.1 41252921 G 1 , F +CM000679.1 41252922 T 1 , F +CM000679.1 41252923 A 1 , F +CM000679.1 41252924 T 1 , F +CM000679.1 41252925 T 1 , B +CM000679.1 41252926 T 1 , C +CM000679.1 41252927 T 1 , A +CM000679.1 41252928 T 1 , A +CM000679.1 41252929 A 1 , C +CM000679.1 41252930 G 1 , 5 +CM000679.1 41252931 T 1 , < +CM000679.1 41252932 A 1 , F +CM000679.1 41252933 G 1 , B +CM000679.1 41252934 A 1 , D +CM000679.1 41252935 G 1 , D +CM000679.1 41252936 A 1 , C +CM000679.1 41252937 C 1 , F +CM000679.1 41252938 A 1 , E +CM000679.1 41252939 G 1 , 9 +CM000679.1 41252940 G 1 , H +CM000679.1 41252941 T 1 , E +CM000679.1 41252942 T 1 , H +CM000679.1 41252943 T 1 , H +CM000679.1 41252944 C 1 , H +CM000679.1 41252945 G 1 , F +CM000679.1 41252946 C 1 , F +CM000679.1 41252947 C 1 , B +CM000679.1 41252948 A 1 , D +CM000679.1 41252949 T 1 , D +CM000679.1 41252950 G 1 , G +CM000679.1 41252951 T 1 , G +CM000679.1 41252952 T 1 , E +CM000679.1 41252953 G 1 , F +CM000679.1 41252954 G 1 , @ +CM000679.1 41252955 C 1 , E +CM000679.1 41252956 C 1 , < +CM000679.1 41252957 A 1 , B +CM000679.1 41252958 G 1 , B +CM000679.1 41252959 G 1 , D +CM000679.1 41252960 C 1 , C +CM000679.1 41252961 T 1 , B +CM000679.1 41252962 G 1 , H +CM000679.1 41252963 G 1 , < +CM000679.1 41252964 T 1 , E +CM000679.1 41252965 C 1 , F +CM000679.1 41252966 T 1 , H +CM000679.1 41252967 C 1 , F +CM000679.1 41252968 A 1 , E +CM000679.1 41252969 C 1 , G +CM000679.1 41252970 A 1 , D +CM000679.1 41252971 C 1 , G +CM000679.1 41252972 T 1 , E +CM000679.1 41252973 C 1 , G +CM000679.1 41252974 C 1 , F +CM000679.1 41252975 T 1 , F +CM000679.1 41252976 G 1 , F +CM000679.1 41252977 A 1 , E +CM000679.1 41252978 C 1 , G +CM000679.1 41252979 C 1 , G +CM000679.1 41252980 T 1 , D +CM000679.1 41252981 C 1 , E +CM000679.1 41252982 A 1 , E +CM000679.1 41252983 G 1 , F +CM000679.1 41252984 G 1 , C +CM000679.1 41252985 T 1 , E +CM000679.1 41252986 G 1 , C +CM000679.1 41252987 A 1 , F +CM000679.1 41252988 T 1 , G +CM000679.1 41252989 C 1 , G +CM000679.1 41252990 T 1 , H +CM000679.1 41252991 G 1 , B +CM000679.1 41252992 C 1 , H +CM000679.1 41252993 C 1 , H +CM000679.1 41252994 T 1 , H +CM000679.1 41252995 G 1 , H +CM000679.1 41252996 C 1 , H +CM000679.1 41252997 C 1 , H +CM000679.1 41252998 T 1 , H +CM000679.1 41252999 C 1 ,$ H +CM000679.1 41253448 G 2 ^].^]. HH +CM000679.1 41253449 A 2 .. HH +CM000679.1 41253450 G 2 .. HH +CM000679.1 41253451 A 2 .. HH +CM000679.1 41253452 T 2 .. HH +CM000679.1 41253453 C 2 .. HH +CM000679.1 41253454 C 2 .. HH +CM000679.1 41253455 A 2 .. HH +CM000679.1 41253456 C 2 .. HH +CM000679.1 41253457 C 2 .. HH +CM000679.1 41253458 C 2 .. HH +CM000679.1 41253459 G 2 .. HH +CM000679.1 41253460 C 2 .. HG +CM000679.1 41253461 C 2 .. HH +CM000679.1 41253462 T 2 .. HH +CM000679.1 41253463 T 2 .. HH +CM000679.1 41253464 G 2 .. GF +CM000679.1 41253465 G 2 .. HH +CM000679.1 41253466 C 2 .. HH +CM000679.1 41253467 C 2 .. HH +CM000679.1 41253468 T 2 .. HH +CM000679.1 41253469 C 2 .. HH +CM000679.1 41253470 C 2 .. HH +CM000679.1 41253471 C 2 .. GG +CM000679.1 41253472 A 2 .. GG +CM000679.1 41253473 A 2 .. GF +CM000679.1 41253474 A 2 .. HG +CM000679.1 41253475 G 2 .. HF +CM000679.1 41253476 T 2 .. BE +CM000679.1 41253477 G 2 .. HG +CM000679.1 41253478 C 2 .. HH +CM000679.1 41253479 T 2 .. HH +CM000679.1 41253480 G 2 .. 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FB +CM000679.1 41253538 G 2 ..$ ># +CM000679.1 41253539 A 1 . < +CM000679.1 41253540 G 1 . @ +CM000679.1 41253541 A 1 . @ +CM000679.1 41253542 C 1 .$ # +CM000679.1 41253549 T 1 ^], ? +CM000679.1 41253550 C 1 , > +CM000679.1 41253551 A 1 , . +CM000679.1 41253552 C 1 , E +CM000679.1 41253553 T 1 , B +CM000679.1 41253554 C 2 ,^], D# +CM000679.1 41253555 T 2 ,, E? +CM000679.1 41253556 A 2 ,, BD +CM000679.1 41253557 C 2 ,, EC +CM000679.1 41253558 G 2 ,, FD +CM000679.1 41253559 G 2 ,, FF +CM000679.1 41253560 C 2 ,, FB +CM000679.1 41253561 C 2 ,, CF +CM000679.1 41253562 C 2 ,, C> +CM000679.1 41253563 A 2 ,, EF +CM000679.1 41253564 G 2 ,, D= +CM000679.1 41253565 G 2 ,, FE +CM000679.1 41253566 C 2 ,, >B +CM000679.1 41253567 T 2 ,, <8 +CM000679.1 41253568 G 2 ,, HD +CM000679.1 41253569 G 2 ,, HC +CM000679.1 41253570 A 2 ,, ;D +CM000679.1 41253571 G 2 ,, HA +CM000679.1 41253572 T 2 ,, H/ +CM000679.1 41253573 G 2 ,, HF +CM000679.1 41253574 C 2 ,, FG +CM000679.1 41253575 A 2 ,, DB +CM000679.1 41253576 G 2 ,, FF +CM000679.1 41253577 T 2 ,, B; +CM000679.1 41253578 G 2 ,, FF +CM000679.1 41253579 G 2 ,, 09 +CM000679.1 41253580 C 2 ,, =E +CM000679.1 41253581 G 2 ,, 7E +CM000679.1 41253582 C 2 ,, >B +CM000679.1 41253583 G 2 ,, @E +CM000679.1 41253584 A 2 ,, 6B +CM000679.1 41253585 T 2 ,, EF +CM000679.1 41253586 C 2 ,, DE +CM000679.1 41253587 T 2 ,, FG +CM000679.1 41253588 T 2 ,, @G +CM000679.1 41253589 G 2 ,, FC +CM000679.1 41253590 G 2 ,, H> +CM000679.1 41253591 C 2 ,, HG +CM000679.1 41253592 T 2 ,, EG +CM000679.1 41253593 C 2 ,, HF +CM000679.1 41253594 G 2 ,, GE +CM000679.1 41253595 C 2 ,, GF +CM000679.1 41253596 T 2 ,, GG +CM000679.1 41253597 G 2 ,, FG +CM000679.1 41253598 C 2 ,, GG +CM000679.1 41253599 A 2 ,, FF +CM000679.1 41253600 A 2 ,, ?6 +CM000679.1 41253601 C 2 ,, FH +CM000679.1 41253602 C 2 ,, GH +CM000679.1 41253603 T 2 ,, EF +CM000679.1 41253604 C 2 ,, GH +CM000679.1 41253605 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253606 G 2 ,, HH +CM000679.1 41253607 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253608 G 2 ,, FH +CM000679.1 41253609 T 2 ,, HF +CM000679.1 41253610 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253611 C 2 ,, HF +CM000679.1 41253612 T 2 ,, HF +CM000679.1 41253613 A 2 ,, EH +CM000679.1 41253614 G 2 ,, HH +CM000679.1 41253615 G 2 ,, HH +CM000679.1 41253616 T 2 ,, HH +CM000679.1 41253617 T 2 ,, HF +CM000679.1 41253618 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253619 A 2 ,, HH +CM000679.1 41253620 A 2 ,, HH +CM000679.1 41253621 G 2 ,, HH +CM000679.1 41253622 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253623 A 2 ,, HH +CM000679.1 41253624 A 2 ,, HG +CM000679.1 41253625 T 2 ,, GH +CM000679.1 41253626 T 2 ,, HH +CM000679.1 41253627 C 2 ,, EF +CM000679.1 41253628 T 2 ,, HH +CM000679.1 41253629 T 2 ,, HH +CM000679.1 41253630 G 2 ,, HH +CM000679.1 41253631 T 2 ,, @H +CM000679.1 41253632 G 2 ,, ED +CM000679.1 41253633 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253634 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253635 T 2 ,, HH +CM000679.1 41253636 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253637 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253638 G 2 ,, HH +CM000679.1 41253639 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253640 C 2 ,, GH +CM000679.1 41253641 T 2 ,, HH +CM000679.1 41253642 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253643 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253644 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253645 G 2 ,, HH +CM000679.1 41253646 A 2 ,, HH +CM000679.1 41253647 G 2 ,, HH +CM000679.1 41253648 T 2 ,$,$ HH +CM000679.1 41253695 T 2 ^].^]. HH +CM000679.1 41253696 T 2 .. HH +CM000679.1 41253697 T 2 .. HH +CM000679.1 41253698 T 2 .. HH +CM000679.1 41253699 T 2 .. HH +CM000679.1 41253700 A 2 .. HH +CM000679.1 41253701 G 2 .. HH +CM000679.1 41253702 T 2 .. HH +CM000679.1 41253703 A 2 .. HH +CM000679.1 41253704 G 2 .. HH +CM000679.1 41253705 A 2 .. HH +CM000679.1 41253706 G 2 .. HH +CM000679.1 41253707 A 2 .. HH +CM000679.1 41253708 T 2 .. DH +CM000679.1 41253709 G 2 .. HH +CM000679.1 41253710 G 2 .. HH +CM000679.1 41253711 G 2 .. HH +CM000679.1 41253712 T 2 .. @H +CM000679.1 41253713 T 2 .. HH +CM000679.1 41253714 T 2 .. HH +CM000679.1 41253715 C 2 .. HH +CM000679.1 41253716 A 2 .. HH +CM000679.1 41253717 C 2 .. HH +CM000679.1 41253718 C 2 .. HH +CM000679.1 41253719 A 2 .. DH +CM000679.1 41253720 T 2 .. GH +CM000679.1 41253721 G 2 .. HH +CM000679.1 41253722 T 2 .. FH +CM000679.1 41253723 T 2 .. GH +CM000679.1 41253724 G 2 .. HH +CM000679.1 41253725 G 2 .. HH +CM000679.1 41253726 C 2 .. FH +CM000679.1 41253727 C 2 .. 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HH +CM000679.1 41253752 C 4 ..^],^], HH## +CM000679.1 41253753 A 4 ..,, HHA? +CM000679.1 41253754 A 4 ..,, HD7A +CM000679.1 41253755 A 4 ..,, HH<, +CM000679.1 41253756 T 4 ..,, HHA< +CM000679.1 41253757 T 4 ..,, HH:< +CM000679.1 41253758 A 4 ..,, HG1C +CM000679.1 41253759 T 4 ..,, FH-9 +CM000679.1 41253760 C 4 ..,, GH>E +CM000679.1 41253761 T 4 ..,, HH5E +CM000679.1 41253762 G 4 ..,, @E4? +CM000679.1 41253763 C 4 ..,, HHDH +CM000679.1 41253764 C 4 ..,, FHEH +CM000679.1 41253765 T 4 ..,, HH>C +CM000679.1 41253766 G 4 ..,, HHAH +CM000679.1 41253767 C 4 ..,, HHBH +CM000679.1 41253768 C 4 ..,, HHFH +CM000679.1 41253769 T 4 ..,, BDBH +CM000679.1 41253770 C 4 ..,, G>EB +CM000679.1 41253771 A 4 ..,, @4BH +CM000679.1 41253772 G 4 ..,, =>?E +CM000679.1 41253773 C 4 ..,, G?HG +CM000679.1 41253774 C 4 ..,, E?HH +CM000679.1 41253775 T 4 ..,, H1HF +CM000679.1 41253776 C 4 ..,, F-BH +CM000679.1 41253777 C 4 ..,, H;HH +CM000679.1 41253778 C 4 ..,, H:FH +CM000679.1 41253779 G 4 ..,, D.FG +CM000679.1 41253780 A 4 ..,, B<HG +CM000679.1 41253781 A 4 ..,, H;HH +CM000679.1 41253782 G 4 ..,, F<FH +CM000679.1 41253783 T 4 ..,, C;BH +CM000679.1 41253784 G 4 ..,, F:HH +CM000679.1 41253785 C 4 ..,, E<HH +CM000679.1 41253786 T 4 ..,, EDFH +CM000679.1 41253787 G 4 ..,, FAHH +CM000679.1 41253788 G 4 ..,, FAHE +CM000679.1 41253789 G 4 ..,, FDHH +CM000679.1 41253790 A 4 ..,, EBHG +CM000679.1 41253791 T 4 ..,, B=HH +CM000679.1 41253792 T 4 ..,, FFHH +CM000679.1 41253793 A 4 ..,, E>HF +CM000679.1 41253794 C 4 .$.$,, H?HG +CM000679.1 41253795 A 2 ,, HG +CM000679.1 41253796 G 2 ,, HG +CM000679.1 41253797 G 2 ,, HG +CM000679.1 41253798 T 2 ,, HF +CM000679.1 41253799 G 2 ,, FF +CM000679.1 41253800 C 2 ,, GE +CM000679.1 41253801 A 2 ,, HH +CM000679.1 41253802 A 2 ,, HH +CM000679.1 41253803 G 2 ,, HH +CM000679.1 41253804 C 2 ,, GH +CM000679.1 41253805 T 2 ,, HH +CM000679.1 41253806 A 2 ,, HH +CM000679.1 41253807 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253808 T 2 ,, HH +CM000679.1 41253809 A 2 ,, FH +CM000679.1 41253810 C 2 ,, GH +CM000679.1 41253811 G 2 ,, HH +CM000679.1 41253812 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253813 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253814 C 2 ,, HH +CM000679.1 41253815 A 2 ,, HH +CM000679.1 41253816 G 2 ,, HH +CM000679.1 41253817 C 2 ,$,$ HH +CM000679.1 41255927 C 4 ^].^].^].^]. HHHH +CM000679.1 41255928 A 4 .... HHHH +CM000679.1 41255929 G 4 .... HHHH +CM000679.1 41255930 C 4 .... HHHH +CM000679.1 41255931 C 4 .... HHHH +CM000679.1 41255932 T 4 .... HHHH +CM000679.1 41255933 G 4 .... HHHH +CM000679.1 41255934 G 4 .... HHHH +CM000679.1 41255935 C 4 .... HGHH +CM000679.1 41255936 C 4 .... HGHH +CM000679.1 41255937 A 4 .... HHHH +CM000679.1 41255938 A 4 .... HHHH +CM000679.1 41255939 C 4 .... HHHH +CM000679.1 41255940 A 4 .... HGHH +CM000679.1 41255941 T 4 .... HHHH +CM000679.1 41255942 G 4 .... HHHH +CM000679.1 41255943 A 4 .... HHHH +CM000679.1 41255944 T 4 .... HHHH +CM000679.1 41255945 G 4 .... HHHH +CM000679.1 41255946 A 4 .... HGHH +CM000679.1 41255947 A 4 .... DDFE +CM000679.1 41255948 A 4 .... HGGH +CM000679.1 41255949 C 4 .... HGHH +CM000679.1 41255950 C 4 .... HFFH +CM000679.1 41255951 C 4 .... HGHH +CM000679.1 41255952 C 4 .... HHHH +CM000679.1 41255953 G 4 .... HHHH +CM000679.1 41255954 T 4 .... HHHH +CM000679.1 41255955 C 5 ....^]. 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HHHAH +CM000679.1 41277103 A 5 ...,. BFH>H +CM000679.1 41277104 G 5 ...,. HHB?H +CM000679.1 41277105 C 5 ...,. HHFFH +CM000679.1 41277106 G 5 ...,. FHH@H +CM000679.1 41277107 C 5 ...,. EHHEH +CM000679.1 41277108 T 5 ...,. DAFAH +CM000679.1 41277109 T 5 ...,. EFH@H +CM000679.1 41277110 C 5 ...,. HHACH +CM000679.1 41277111 C 5 ...,. HHHFH +CM000679.1 41277112 C 5 ...,. HHHFH +CM000679.1 41277113 T 5 ...,. HBC3H +CM000679.1 41277114 C 5 ...,. HFH@H +CM000679.1 41277115 G 5 ...,. H8A>G +CM000679.1 41277116 C 5 ...,. HFF?H +CM000679.1 41277117 G 5 ...,. H?C4H +CM000679.1 41277118 A 5 ...,. >CEBH +CM000679.1 41277119 C 5 ...,. FFH=H +CM000679.1 41277120 C 5 ...,. FFFGH +CM000679.1 41277121 T 5 ...,. FDCCH +CM000679.1 41277122 A 5 ...,. DBD>F +CM000679.1 41277123 C 5 ...,. GEGFH +CM000679.1 41277124 A 7 ...,.^].^]. EBFEHHH +CM000679.1 41277125 A 7 ...,... 6EFFFHH +CM000679.1 41277126 A 7 ...,... E?@EHHH +CM000679.1 41277127 C 7 ...,... EGFGHHH +CM000679.1 41277128 T 7 ...,... EB=?HHH +CM000679.1 41277129 G 7 ...,... D>@DCHH +CM000679.1 41277130 C 7 ...,... EA@HEFH +CM000679.1 41277131 C 7 ...,... CDEHEFH +CM000679.1 41277132 C 7 ...,... EECHDHH +CM000679.1 41277133 C 9 ...,...^],^], FCFEEHH@B +CM000679.1 41277134 C 11 ...,...,,^].^]. HFAHHHH38HH +CM000679.1 41277135 C 11 ...,...,,.. GEGHDHH<=HH +CM000679.1 41277136 T 11 ...,...,,.. ?/9?H@H+(HH +CM000679.1 41277137 C 11 ...,...,,.. HEDHHHH@CHH +CM000679.1 41277138 C 11 ...,...,,.. H6EHHHH=GHH +CM000679.1 41277139 C 11 ...,...,,.. D>EHHHH;EHH +CM000679.1 41277140 C 11 ...,...,,.. HBCHHHH;GHH +CM000679.1 41277141 A 11 ...,...,,.. 48/HCBE@@HH +CM000679.1 41277142 G 11 ...,...,,.. B1?H<EHBGHH +CM000679.1 41277143 G 11 ...,...,,.. 977HBHHDCHH +CM000679.1 41277144 G 11 ...,...,,.. <7:HBGHDEHH +CM000679.1 41277145 T 11 ...,...,,.. '-'H<@FDEHH +CM000679.1 41277146 T 11 ...,...,,.. ;5;HFFH?DHH +CM000679.1 41277147 C 11 ...,...,,.. >:>HFFHDCHH +CM000679.1 41277148 A 11 ...,...,,.. 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HHHHHHH +CM000679.1 41277240 C 7 ,,,,,.. HHHHHHH +CM000679.1 41277241 C 7 ,,,,,.. HHHHHHH +CM000679.1 41277242 C 7 ,,,,,.. HHHHHHH +CM000679.1 41277243 A 7 ,,,,,.. HHGHHHH +CM000679.1 41277244 G 7 ,,,,,.. HHHHHHH +CM000679.1 41277245 A 7 ,,,,,.. HHHHHHH +CM000679.1 41277246 G 7 ,,,,,.. HHHHHHH +CM000679.1 41277247 C 7 ,,,,,.. HHHHHHH +CM000679.1 41277248 A 7 ,,,,,.. HHHHHHH +CM000679.1 41277249 T 7 ,,,,,.. HHGHHHH +CM000679.1 41277250 C 7 ,,,,,.. HHHHHHH +CM000679.1 41277251 A 7 ,,,,,.. HHHFFHH +CM000679.1 41277252 C 7 ,,,,,.. HHHHHHH +CM000679.1 41277253 T 7 ,,,,,.. HHHHHHH +CM000679.1 41277254 T 7 ,,,,,.. HHHHHHH +CM000679.1 41277255 G 7 ,,,,,.. HHHHHFH +CM000679.1 41277256 G 7 ,,,,,.. HHHHHHH +CM000679.1 41277257 G 7 ,,,,,.. GHHHFHH +CM000679.1 41277258 C 7 ,,,,,.. HHHHHHG +CM000679.1 41277259 C 7 ,,,,,.. HHHHHHH +CM000679.1 41277260 C 7 ,,,,,.. HHHHHHH +CM000679.1 41277261 C 7 ,,,,,.. HHHHHHH +CM000679.1 41277262 C 7 ,$,$,$,,.. HHHHHHF +CM000679.1 41277263 T 4 ,,.. HHHH +CM000679.1 41277264 G 4 ,,.. HHHE +CM000679.1 41277265 T 4 ,,.. HHHG +CM000679.1 41277266 C 4 ,,.. HHHG +CM000679.1 41277267 C 4 ,,.. HHFD +CM000679.1 41277268 C 4 ,,.. HHHG +CM000679.1 41277269 T 4 ,,.. HHHH +CM000679.1 41277270 T 4 ,,.. HHHH +CM000679.1 41277271 T 4 ,,.. HHHH +CM000679.1 41277272 C 4 ,,.. HHHH +CM000679.1 41277273 C 4 ,$,$.. HHHH +CM000679.1 41277274 C 2 .. HH +CM000679.1 41277275 G 2 .. FH +CM000679.1 41277276 G 2 .. EF +CM000679.1 41277277 G 2 .. HE +CM000679.1 41277278 A 2 .. HH +CM000679.1 41277279 C 2 .. HH +CM000679.1 41277280 T 2 .. HH +CM000679.1 41277281 C 2 .. HH +CM000679.1 41277282 T 2 .. HH +CM000679.1 41277283 A 2 .. HH +CM000679.1 41277284 C 2 .. HH +CM000679.1 41277285 T 2 .. HH +CM000679.1 41277286 A 2 .. HH +CM000679.1 41277287 C 2 .. HH +CM000679.1 41277288 C 2 .. HH +CM000679.1 41277289 T 2 .. HH +CM000679.1 41277290 T 2 .. HH +CM000679.1 41277291 T 2 .. HH +CM000679.1 41277292 A 3 ..^], HG# +CM000679.1 41277293 C 3 .., HH@ +CM000679.1 41277294 C 3 .., HG: +CM000679.1 41277295 C 3 .., HF+ +CM000679.1 41277296 A 3 .., EHA +CM000679.1 41277297 G 3 .., HED +CM000679.1 41277298 A 3 .., ?H8 +CM000679.1 41277299 G 3 .., FHD +CM000679.1 41277300 C 3 .., GHD +CM000679.1 41277301 A 4 ..,^], GHC# +CM000679.1 41277302 G 4 ..,, GHDF +CM000679.1 41277303 A 4 ..,, CHCF +CM000679.1 41277304 G 4 ..,, HGCF +CM000679.1 41277305 G 4 ..,, HG9F +CM000679.1 41277306 G 4 ..,, F?DF +CM000679.1 41277307 T 4 ..,, C@<A +CM000679.1 41277308 G 4 ..,, FG>6 +CM000679.1 41277309 A 4 ..,, @F>> +CM000679.1 41277310 A 4 ..,, AF.: +CM000679.1 41277311 G 4 ..,, =G5@ +CM000679.1 41277312 G 4 ..,, CAA+ +CM000679.1 41277313 C 4 ..,, BDDC +CM000679.1 41277314 C 4 ..,, HFAA +CM000679.1 41277315 T 4 ..,, FDA? +CM000679.1 41277316 C 4 ..,, F@AC +CM000679.1 41277317 C 4 ..,, EFA> +CM000679.1 41277318 T 4 ..,, HB66 +CM000679.1 41277319 G 4 ..,, HF@; +CM000679.1 41277320 A 4 ..,, HB<? +CM000679.1 41277321 G 4 ..,, FFD? +CM000679.1 41277322 C 4 ..,, GF:C +CM000679.1 41277323 G 4 ..,, H>B1 +CM000679.1 41277324 C 4 ..,, DH;8 +CM000679.1 41277325 A 4 ..,, 2H@@ +CM000679.1 41277326 G 4 ..,, EF>@ +CM000679.1 41277327 G 4 ..,, ?FBD +CM000679.1 41277328 G 4 ..,, BE;A +CM000679.1 41277329 G 4 ..,, FF@? +CM000679.1 41277330 C 4 ..,, BD@D +CM000679.1 41277331 C 4 ..,, FF5A +CM000679.1 41277332 C 4 ..,, GGC6 +CM000679.1 41277333 A 4 ..,, CGB? +CM000679.1 41277334 G 4 ..,, ?B<3 +CM000679.1 41277335 T 4 ..,, =DDD +CM000679.1 41277336 T 4 ..,, A;C9 +CM000679.1 41277337 A 4 ..,, AE;E +CM000679.1 41277338 T 4 .$.$,, DCDB +CM000679.1 41277339 C 2 ,, DE +CM000679.1 41277340 T 2 ,, D? +CM000679.1 41277341 G 2 ,, @? +CM000679.1 41277342 A 2 ,, BE +CM000679.1 41277343 G 2 ,, ?D +CM000679.1 41277344 A 2 ,, BF +CM000679.1 41277345 A 2 ,, >E +CM000679.1 41277346 A 2 ,, %9 +CM000679.1 41277347 C 2 ,, BE +CM000679.1 41277348 C 2 ,, DE +CM000679.1 41277349 C 2 ,, DE +CM000679.1 41277350 C 2 ,, D? +CM000679.1 41277351 A 2 ,, >C +CM000679.1 41277352 C 2 ,, FG +CM000679.1 41277353 A 2 ,, GG +CM000679.1 41277354 G 2 ,, GG +CM000679.1 41277355 C 2 ,, FG +CM000679.1 41277356 C 2 ,, FG +CM000679.1 41277357 T 2 ,, HF +CM000679.1 41277358 G 2 ,, HG +CM000679.1 41277359 T 2 ,, HE +CM000679.1 41277360 C 2 ,, HG +CM000679.1 41277361 C 2 ,, HE +CM000679.1 41277362 C 2 ,, HH +CM000679.1 41277363 C 2 ,, HG +CM000679.1 41277364 C 2 ,, HH +CM000679.1 41277365 G 2 ,, HH +CM000679.1 41277366 T 2 ,, HH +CM000679.1 41277367 C 2 ,, HH +CM000679.1 41277368 C 2 ,, HF +CM000679.1 41277369 A 2 ,, HH +CM000679.1 41277370 G 2 ,, HH +CM000679.1 41277371 G 2 ,, HH +CM000679.1 41277372 A 2 ,, HE +CM000679.1 41277373 A 2 ,, HH +CM000679.1 41277374 G 2 ,, GH +CM000679.1 41277375 T 2 ,, HH +CM000679.1 41277376 C 2 ,, HH +CM000679.1 41277377 T 2 ,, FH +CM000679.1 41277378 C 2 ,, HH +CM000679.1 41277379 A 2 ,, HH +CM000679.1 41277380 G 2 ,, HH +CM000679.1 41277381 C 2 ,, HH +CM000679.1 41277382 G 2 ,, HH +CM000679.1 41277383 A 2 ,, HH +CM000679.1 41277384 G 2 ,, HH +CM000679.1 41277385 C 2 ,, HH +CM000679.1 41277386 T 2 ,$,$ HG +CM000679.1 41277419 T 4 ^].^].^].^]. 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