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view tool-data/BL80.txt.sample @ 16:0e820310d4dc draft

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author petr-novak
date Wed, 04 Sep 2019 06:45:18 -0400
parents d0431a839606
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line source

# Entries for the BLOSUM80 matrix at a scale of ln(2)/2.0.
   A  R  N  D  C  Q  E  G  H  I  L  K  M  F  P  S  T  W  Y  V  B  J  Z  X  *
A  5 -2 -2 -2 -1 -1 -1  0 -2 -2 -2 -1 -1 -3 -1  1  0 -3 -2  0 -2 -2 -1 -1 -6
R -2  6 -1 -2 -4  1 -1 -3  0 -3 -3  2 -2 -4 -2 -1 -1 -4 -3 -3 -1 -3  0 -1 -6
N -2 -1  6  1 -3  0 -1 -1  0 -4 -4  0 -3 -4 -3  0  0 -4 -3 -4  5 -4  0 -1 -6
D -2 -2  1  6 -4 -1  1 -2 -2 -4 -5 -1 -4 -4 -2 -1 -1 -6 -4 -4  5 -5  1 -1 -6
C -1 -4 -3 -4  9 -4 -5 -4 -4 -2 -2 -4 -2 -3 -4 -2 -1 -3 -3 -1 -4 -2 -4 -1 -6
Q -1  1  0 -1 -4  6  2 -2  1 -3 -3  1  0 -4 -2  0 -1 -3 -2 -3  0 -3  4 -1 -6
E -1 -1 -1  1 -5  2  6 -3  0 -4 -4  1 -2 -4 -2  0 -1 -4 -3 -3  1 -4  5 -1 -6
G  0 -3 -1 -2 -4 -2 -3  6 -3 -5 -4 -2 -4 -4 -3 -1 -2 -4 -4 -4 -1 -5 -3 -1 -6
H -2  0  0 -2 -4  1  0 -3  8 -4 -3 -1 -2 -2 -3 -1 -2 -3  2 -4 -1 -4  0 -1 -6
I -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -5 -4  5  1 -3  1 -1 -4 -3 -1 -3 -2  3 -4  3 -4 -1 -6
L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -4 -3  1  4 -3  2  0 -3 -3 -2 -2 -2  1 -4  3 -3 -1 -6
K -1  2  0 -1 -4  1  1 -2 -1 -3 -3  5 -2 -4 -1 -1 -1 -4 -3 -3 -1 -3  1 -1 -6
M -1 -2 -3 -4 -2  0 -2 -4 -2  1  2 -2  6  0 -3 -2 -1 -2 -2  1 -3  2 -1 -1 -6
F -3 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -2 -1  0 -4  0  6 -4 -3 -2  0  3 -1 -4  0 -4 -1 -6
P -1 -2 -3 -2 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -3 -1 -3 -4  8 -1 -2 -5 -4 -3 -2 -4 -2 -1 -6
S  1 -1  0 -1 -2  0  0 -1 -1 -3 -3 -1 -2 -3 -1  5  1 -4 -2 -2  0 -3  0 -1 -6
T  0 -1  0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -2 -1 -1 -2 -2  1  5 -4 -2  0 -1 -1 -1 -1 -6
W -3 -4 -4 -6 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -2 -4 -2  0 -5 -4 -4 11  2 -3 -5 -3 -3 -1 -6
Y -2 -3 -3 -4 -3 -2 -3 -4  2 -2 -2 -3 -2  3 -4 -2 -2  2  7 -2 -3 -2 -3 -1 -6
V  0 -3 -4 -4 -1 -3 -3 -4 -4  3  1 -3  1 -1 -3 -2  0 -3 -2  4 -4  2 -3 -1 -6
B -2 -1  5  5 -4  0  1 -1 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -2  0 -1 -5 -3 -4  5 -4  0 -1 -6
J -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4  3  3 -3  2  0 -4 -3 -1 -3 -2  2 -4  3 -3 -1 -6
Z -1  0  0  1 -4  4  5 -3  0 -4 -3  1 -1 -4 -2  0 -1 -3 -3 -3  0 -3  5 -1 -6
X -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -6
* -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6  1