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changeset 5:378565f5a875 draft
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| author | petr-novak |
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+<hr size=1> +<font size=-1> + Generated on: <i>Fri Nov 22 12:59:10 2019</i> - <b>R2HTML</b> +<hr size=1> + </body> +</html> \ No newline at end of file
--- a/paired_fastq_filtering.R Wed Sep 18 06:30:04 2019 -0400 +++ b/paired_fastq_filtering.R Fri Nov 22 07:56:48 2019 -0500 @@ -75,7 +75,7 @@ make_option(c("-C", "--cutadapt_options"), action = "store", type = "character", help = "file specifying cutadapt options", default = NULL), make_option(c("-j", "--chunk_size"), action = "store", type = "numeric", help = "Number of sequences processed in single step. This option affect speed of processing and memory usage [default %default]", - default = 1e+06), + default = 1000000), make_option(c('-F', '--filter_seq'),action='store',type='character',help='file specifying sequences for filtering (e.g. plastid DNA)',default=NULL) ) @@ -241,16 +241,24 @@ number_of_chunks = round(n1/CHUNK_SIZE) +## adjust chunk size to make last chunk of the same size is all other +## this is to avoid small last chunk +CHUNK_SIZE = round(n1/number_of_chunks) + if (number_of_chunks == 0) { CHUNK_SIZE = n1 number_of_chunks = 1 } if (!is.null(opt$sample_size)) { - sample_size_in_chunk = opt$sample_size/number_of_chunks + sample_size_in_chunk = round(opt$sample_size/number_of_chunks) + n_missing = opt$sample_size - sample_size_in_chunk * number_of_chunks } else { - sample_size_in_chunk = CHUNK_SIZE + sample_size_in_chunk = CHUNK_SIZE + n_missing = 0 } +cat("number chunks ", number_of_chunks, "\n") +cat("chunks size ", CHUNK_SIZE, "\n") # adjust the chunk size to get exact count of sequences: CHUNK_SIZE = ceiling(n1/number_of_chunks) F_id = ifelse(opt$rename, "/1", "1") @@ -263,11 +271,14 @@ nucleotideFrequenciesForward = nucleotideFrequenciesReverse = matrix(0) while (TRUE) { chunk = chunk + 1 + cat("chunk number ", chunk, "\n") fq1 <- yield(f1) fq2 <- yield(f2) if (length(fq1) == 0) { break } + cat("chunk number ", chunk, " imported\n") + cat("chunk size", length(fq1), "\n") ## rename chunk_id = sprintf(paste0("%0", round(log10(number_of_chunks)) + 1, "d"), chunk) cat("chunk id ", chunk_id, "\n") @@ -341,7 +352,7 @@ - # remove sequences similar to filter database (e.g. plastid DNA) + ## remove sequences similar to filter database (e.g. plastid DNA) if (!is.null(opt$filter_seq)){ blast_results1 = megablast(fqF1, database=opt$filter_seq) blast_results2 = megablast(fqF2, database=opt$filter_seq) @@ -374,8 +385,9 @@ fqF2@id = BStringSet(paste0(id(fqF2), R_id)) - if (sum(inc1) > sample_size_in_chunk) { - smp = sort(sample(sum(inc1), sample_size_in_chunk)) + if (sum(inc1) > (sample_size_in_chunk + n_missing)) { + smp = sort(sample(sum(inc1), sample_size_in_chunk + n_missing)) + n_missing = 0 ## this was to correct rounding error writeFun(fqF1[inc1][smp], file = f1out, mode = "a") writeFun(fqF2[inc2][smp], file = f2out, mode = "a") nfrq1 = alphabetByCycle(sread(fqF1[inc1][smp]))
--- a/paired_fastq_filtering.xml Wed Sep 18 06:30:04 2019 -0400 +++ b/paired_fastq_filtering.xml Fri Nov 22 07:56:48 2019 -0500 @@ -1,4 +1,7 @@ <tool id="paired_fastq_filtering" name="Preprocessing of fastq paired-reads"> + <stdio> + <exit_code range="1:" level="fatal" description="Error" /> + </stdio> <description> Preprocessing of paired reads fastq files including trimming, quality filtering, cutadapt filtering and interlacing. Broken
--- a/single_fastq_filtering.R Wed Sep 18 06:30:04 2019 -0400 +++ b/single_fastq_filtering.R Fri Nov 22 07:56:48 2019 -0500 @@ -201,25 +201,25 @@ number_of_chunks=round(n1/CHUNK_SIZE) +CHUNK_SIZE = round(n1/number_of_chunks) + if (number_of_chunks==0){ CHUNK_SIZE=n1 number_of_chunks=1 } if (!is.null(opt$sample_size)){ - sample_size_in_chunk=opt$sample_size/number_of_chunks + sample_size_in_chunk=round(opt$sample_size/number_of_chunks) + n_missing = opt$sample_size - sample_size_in_chunk * number_of_chunks }else{ sample_size_in_chunk=CHUNK_SIZE + n_missing = 0 } # adjust the chunk size to get exact count of sequences: CHUNK_SIZE = ceiling(n1/number_of_chunks) save.image("tmp.RData") -print("--------------------------------") -print (sample_size_in_chunk) -print (opt$sample_size) -print (CHUNK_SIZE) -print("--------------------------------") + f1 <- FastqStreamer(opt$fastqA, CHUNK_SIZE) total=0 nucleotideFrequenciesForward = matrix(0) @@ -291,8 +291,9 @@ # filter complete pairs again: # create new id - last character must differentiate pair - for interlacig - if (length(fqF1)>sample_size_in_chunk){ - smp=sort(sample(seq_along(fqF1),sample_size_in_chunk)) + if (length(fqF1)>(sample_size_in_chunk + n_missing)){ + smp=sort(sample(seq_along(fqF1),sample_size_in_chunk + n_missing)) + n_missing = 0 writeFun(fqF1[smp],file=f1out,mode='a') nfrq1 = alphabetByCycle(sread(fqF1[smp]))
--- a/single_fastq_filtering.xml Wed Sep 18 06:30:04 2019 -0400 +++ b/single_fastq_filtering.xml Fri Nov 22 07:56:48 2019 -0500 @@ -1,4 +1,7 @@ <tool id="single_fastq_filtering" name="Preprocessing of fastq reads"> + <stdio> + <exit_code range="1:" level="fatal" description="Error" /> + </stdio> <description> Preprocessing of fastq files including trimming, quality filtering, cutadapt filtering and sampling
--- a/test_data/seq_C_10k Wed Sep 18 06:30:04 2019 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,30000 +0,0 @@ ->2000001 -GTTTATCTGATTTGGCATGAGTATTTCATGGTGTACAATGCATTTGATGTATCTGAGAAT -TCTCTTAGCTACAAGTATAAATTGTATGATCTTGGTTCCT ->2000002 -TGATCTACCAAATTATCTAATGAGGCTTTATAGAAGCTAGCATATAGGAAGAAGATATTG -TTTCCTGAGAGATCTAGTTGGCAAGATCGGAAGAGCACAC ->2000003 -GTTCAATATGGTGAAGTATTGATATTTCTTTTCATCAATACCGTGAGGTATTGATCTTTC -TTTTTCTTCAAAACCGTGAAGTATTGATCTTCCCTAGATC ->2000004 -TGCAACACTAGATCTTTTACTTGTCATATTGCGGGCTTATTAAGCAGATAGATGGAGGAA -CCAAGATCATACAATTTATAGTTTGAGCTAAAAGATTCCT ->2000005 -CTTTTTGGTTTATTACGGTTTTGGATTTTGCTTACACGGGATTGACCTTTCAACGACTCA -TGTTATGTAATGTAGTTCTTTGTTCATCGAGTACTGGACC ->2000006 -GAATATTGGAAGACTGAGCTACAACTTGCAGATTTTCTAACCAAGCCATCAAAGAAAACA -AGACTTGAGGGTTTTAAAATACTTATGTAAATGAGAAGAC ->2000007 -TCCCGGTAGATTGAAAACCCGAAAGGGCAATCTAGGAAAAAGTTAGGGATTCATGGCAAG -TAACTGCATCATAAGACTTGATCGCCCGCAACGTCGAGAT ->2000008 -TAAAGAGAACTACGTTACATAACATGAGCAGTTGAAAGGTCAATCCCAAGTAAGCAAAAT -CAAAGCCATAATAAGCCAAAGAGAAAAGAAAGGAAGATCG ->2000009 -GACAAAGACTCAACCATAAAGAAGAAGTTGCAGAGAAAAGAAGTGCTTTACATACTATGA -GTAGTTGAAACGTACCTTATCTGTAGACCAAATAGCTAGT ->2000010 -TATAAAATCATAAAAACGTAACGATTTGTTATCTCGTTGTCATTCTGACTTCCTCTCAAA -CTCTGAATTGGAATAGCTAGATGCAAGATCGGAAGAGCAC ->2000011 -TGCCAAATAAGAAAAACTCAAGAAAGGGGAGGGAAATGCATATGTCTATTCTAATTCAGA -TATAAAAGAAAGACAACATGACATGTTGCAGCCTCTAGAT ->2000012 -CTTTCTATCGAAATCTTTACTTCATTGCTTTATCGCTTTTCTTAACCTTTTTTATTGTCA -AACTGTTCATAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAG ->2000013 -GGATGGGTAGTCGATTTATCCGCCAATTGCAATGTCATTTTTGTTGCTTTCATATCAATG -CTCCCTAATCTTTTCACAATCGACAATAGAATCAAGTTTA ->2000014 -GACTCGTAGATGGAACCTTGTACAAGCAGATCATCAATTCACTAAAGTACATATGCAACA -CGAGACATTATATTTGTCATAGTGTGGTCTTAGTAAGCAG ->2000015 -GTACTAGTATGATATCATGCTCGTTATTCTTGATGAAAAGAGTGTTATCAACCTGTCCTC -CATGTAACATTTTTTCAGGCGGGAATTTAATTAAAGTGGC ->2000016 -GAGTTTTTGAAAGGATCAATCCTTATCTACCAAAGACTCAACCATAAAGAAGAAGTTGCA -GAGAAAAGAAGTGCTTTACATACTATGAGTAGTTGAAGCG ->2000017 -GAGCCCAATTCCTATATTCCGATGAAGCTCTTCATTAGAGCTTTAATTGGAAGAGCTAAG -ACTCATCCTCTCTCTCAACACAGATAAAAAACCACACATT ->2000018 -CTCTTTTTAACCTTTGTAACACATTCACGTCATTCCAATAAACATTATTTTTACCTTGAT -TTCAGTCTAAGACATTATAAATTCCATGGAGTCTGTAAAA ->2000019 -ACTAAATGAAGAAAAGAAACTACATTACACAACATGAGTAGTTGAAAGGGCCAACCCTTG -TTAATTAAAGACTTAAGCCTAGTAAACCAAAAACAGAGAA ->2000020 -CCATTCATCAAGCTACGGTACATACTTTGACTTAGCTTATAGGTAAATTCATCAAGGTAA -CGTAGATATTTTGACTTAGTGTAAGGTCGAATCCTCAACG ->2000021 -CGTCAAAAAATGTACATTTCAACTACTCAAACTATGTAATGTACTTTCAATCCTCTTTAT -TTGTTTTCTTATTGTTAAGTCTTTGATCAACATCGGTCAG ->2000022 -GTGATTAGGGATTTCGTCGACAAGGAAGAGACGTTTCAACTAATAAAATTATGTAAGTCA -CTTATTTTCTCTTCATTTGCTTCTTTAAGTTTGAGTCTCT ->2000023 -TACTTAGAGTTAAGAAAATTCTCACATACATCAAATGCACTCTAGACCCTGAAATACTCA -TGCCAAATCTGATAAACTCAAGAAGGGAAGCAAATGCATC ->2000024 -CCATGACATGATGCACAGGGAAATTGAAGTGTATGTTGATGACATGATTGCCAAATCTCG -ATCTGAAGAGGGCCATCTTGATGATTTGTTAAAACTGTTT ->2000025 -CTGCTTGTACAAGGTTCCATCTACCCTTCTATCAATTGAGTCCTTATTCAGTTCGATTGA -TGTTTTAATGGAATTTATAACGTCTTAGAATGAAATCGAG ->2000026 -GCCATCAAAGAAAACAAGACTTGAGGGTTTTAAAATACTTATGTAAATGAGAAGACTGGA -TGATCCGAATTAAAATGAGTATTGGCAATGTAATTCAATT ->2000027 -AGGACATTTTGCAGGGCTTCCCGGTGGGCTTCTGAGTGCAGTAGCAAAGAGAGTATTGAT -ATTCTAGAAGGTGTTTGTAACAGTTGATAGATCGGAAGAG ->2000028 -GTGACTTTGTGGCTTTATTTCACAAATTGAGCCAACGGAAATTAGTGAAGCTATAGTCGA -CAAACATTGGTATCTTGCAAGATCGGAAGAGCACACGTCT ->2000029 -CTTCATTTTCTTTCTAATAATTATTAGGTCTTTCTTCATCAACATATGGATCTTTCAACT -ACTCAAAGTATGTAATGTACTCTCTTTTATTAGATCGGAA ->2000030 -GAGATGGTGAATTGACTGGTTATCTTGGGTGACAACAATTCACAATTTGGATTCGGCCGA -GTGAAAGCTTTGAAGAACGGTGATTTCTTGCAAAGGTGTA ->2000031 -AACTAGAGGAATGGCCTTGATAAATTTACCTTTACGTTATGTTAAAGTACATATTCTACA -TTGATGAAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA ->2000032 -GGTTTCTTTTATCTCAAAGTATAAATTGTATGATCTTGGTTCCTCCGTCTATCTGCTTAC -TAAGCCCGCATTATGATAAATAAAAGGTCTAGATCGGAAG ->2000033 -GGATAGGTCCATCCATTCTAAACCTAATCCTAAACTATAGGAAACCAAATGAAAAGAGAG -GAAATATTACACATGAAATGCGTAGTTGAAAGGATCAATC ->2000034 -GCTCATGGATCAGTTTGAACAGACTCAGAAGATGCTTAGGGACGAAGTAAATGTCATGTT -TGGTAAACTTGTGGAAGCTCTCTCGAGATCGGAAGAGCAC ->2000035 -CCTAAAAGACGAAAGAAAGTACGTTACAAACTTGGAGTAGTTAAAAGGTTCATTCCTCGT -TGAACAAAGACCTAGTAATTAAAAAACAAATGAAGAGAAA ->2000036 -TGCCAATACTCATTTTAATTCGGATCATCCAGTCTTCTCATTTCCTTAAATATTTTAAAA -CCATCAAGTCATGTTTTCTTTGATGGCCTGGTTAGAATGT ->2000037 -CACATACATCAAATGCACTCTAGACCCTGAAATACTCATGCCAAATCTGATAAACTCAAG -AAGGGAAGCAAATGCATCTAGCTATTCCAATTCAGAGTTT ->2000038 -GGAACCTTGTACAAGCAGATCATCGATTCCCTAAAGAACATATGAAACACTAGACCTTTT -ATTTATCATAATGCGGGCTTAGTAAGCAGATAGACGGAGG ->2000039 -ACAATTTATAGTTTGAGCTAAAAGATTCCTCAGATAGATAAAATGCACTATAGACCTTGA -AATAATCATGCCAAATAAGAAAAACTCATGAAAGGGGAGG ->2000040 -GGTTTTGATCATCACGAAATTGACCTTTCGACTACTCAGAGTATGTAATGTACTTTAGTT -CCTAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACACT ->2000041 -CTTCTCATTTCCACCGATATTTTAACACCTCTAAGTTTTGTTTTCTTTAATGGTTTGGTT -AGAATATCTGCAAGTTGTAGCTCAGTCTTGCAATAATCAA ->2000042 -TCCACAATGCTTGGTAGGTTGAATAAGAGGCTGCAACATTTTCTGCTTCACATGATGATA -ACACCATTGTTCCTTCCTTCTTATAGCTCTATGAAATTGG ->2000043 -CAAGGTTCCATCTACCCGTCTATCATTTGAGTCCTTATTCAATTCGATTCACGTTTCAAT -GGAGTAATTACAGGGTTGCAATTTACTCTTCTTGAGCTTC ->2000044 -GTTGCATTTTTTGAGAAAAAAAAGTTACAGTAACACGATGAAGAAGATGAAGTGGGAAAT -CTGTTTTTTTTTTAAAAATTGATTTAATAAGATCGGAAGA ->2000045 -CTTGGTTCCTCCGTCTATCTGCTTACTAAGCCCGCATTATGATAAATAAAAGGTCTAGTG -TTTCATAAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA ->2000046 -GGTTCTATTTTTGGTGGAATGTTTATACTCGATGGTTGTAGTCTTTTGCCATTTATGGTT -TCTAATTGTTGATTTGATGCTTAGATCGGAAGAGCACACG ->2000047 -CATCCAAGAAGAGGTATTCGTTAATTAACCTCCAGGTTTTATCAACCTCACTTTTTCAAA -CCATGTCTTCAAGCTTAAAAAGGCACTACACGGTCTGAAA ->2000048 -AGCAGTTAGTTGTGTTGCAAGTCGTGTTGCAGGTATTAGACTTGCAATAATACTTGCAAC -ACAACAAAATGTCACCACTGAACCATTTAAAAGTTTAGTT ->2000049 -GAAAAGAAAAGAAGAAAAAGAATAGAAAAAGACCAAAAGAAAAGAAAAGAAGAAAAAGAA -AAGAAAAGCTTTAAAAGAAATTTGTTCAATGGTGTAACAA ->2000050 -TGTCCGACCCTTGTTTATCAAAAGACTTAACCATAAGAAACCAAATCAAGAGGAAATAAA -GTACATTACATACTTTGATTAGTTGAAAGGTCCATTCCTT ->2000051 -AGCAAATGAAGAGAAAATGAATACATTACATAAAATTATTAGTTTAAAAGTGAACCCCTA -TTTGATCGAAGACATAACAAGATCGGAAGAGCACACGTCT ->2000052 -GAATGACCGTCTGGTGGTGTCTCCTTTAGATATGTATTGGATGATCTTCTGTTAGTTTTC -ATTCTTTTGGGAGATCTGCATTTTCCTGTGGAGTGTATGG ->2000053 -TGCAACACAATTAAACTGCCAATATAGTTGAATTACATTGCCAATACTCATTTTAATTCG -GACCATCCAGTCTTCTCATTTCCATAAATATTTTAAAACC ->2000054 -TGTACCGTAGCTTGATGAATGGATATGTACACAAAGTCAAAGTATGTAATATACATTAAT -AAATGAACCTTTATACTAAGTCAAAGTATGTATTGTACCT ->2000055 -GAACCTTTATACTAAGTCAAAGTATGTATTGTACCTTGATGATAAGAACTTTTCACTAAG -TCGATGTATGTGGTCTAACTAGAGGAATGGCCTAGATCGG ->2000056 -GACTGGGTCATTAGTCAACAAGGAAGGTAGGTACCTTTCAAATACTCATAGAATGTAAAT -CTCTTCCTTTCTCTTCATACGCTTCTATATGGTTGAGTCT ->2000057 -TGTCTTAGTTTTCCTTTCTTTTTATTCGGTTTATTAGTTTAATATGGTTTTGTGTTTGGT -TTACATGGGATTGACCTTTCAACTGCTCATGTTATGTAAC ->2000058 -GGCATGTTAGAAGCAAGCATATAGAAAGAAGATATTGTTTCCCGAGAGATCTATTTGGAA -AAAAAAGAAGTTTGAAGACTGAATATTGCACGACATTCTA ->2000059 -GTCTGACCGATGTTGATCAAAGACATAACAATAAGAAAACAAATAAAGAGGATTCAAAGT -ACATTACATACTTTAAGTAGTTGAAATGTCTGACCGATGT ->2000060 -AGTCTTTTCATGGGTATGTTGGTCACACGGGTCTTGGTTTTGAGTTGCCTTGGATTAGAA -CGAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACACTT ->2000061 -CATTCACGTCATTCCAATAAACATTATTTTTACCTTGATTTCAGTCTAAGACATTATAAA -TTCCATGGAGTCTGTAAAACCAAAAACAAGGAGTTTTTTT ->2000062 -GAATTACTTTAAATAATATGATTAGTTCAATCAAAGACTTAACTCTAGTAACACAAATAA -TGGGAAAAAATAACATTACATACTACGTGTAGTTGATAGA ->2000063 -TCAACACCCAAAGTCCATTGAAATTAATGAAACTATGGATCAAACAAATCACAATTCAAG -GAAAACAGCAAATAAGAGGTATGGATCAGAGAACAAGATC ->2000064 -GGAGTTTTTTTTCCCACTAGAAGTAATATACAAAAGATATCTTGAAGAAGTTCAAGAACA -GTATTTGCAACCCTACAATTACTCCATTAAAACATCAATC ->2000065 -TCAACTTGTCAGTTGTTTTTCCTTAAAGAGTACGGTATAGTCAGATTCTCAAGAAGACAT -TGACAGTAGGTCTTTGTGTTTGTAATCAGTTTGGTTATAG ->2000066 -AAGGCCTCCATCAGTAAACATTTATACTAACTCAAAGTATGTAGCGTACTTTGAGAAATG -GCCTCGATAAATGGGCTCTTACACTCAGTCTAAGTATATA ->2000067 -ATGGTCTAGAGTGCATTTGATGTATCTGAGAATTTTCTTAACTCTAAGTATAAATTGTAT -GATCTTGGTTCCTCCATGTATCTGCTTACTAAGACCACAC ->2000068 -AGGCTTGGTAGGTTGAATAAGAGGCCGCAACATATTCTACTTCACACGATGGATGATAAG -ACAATTGTACCTTAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTC ->2000069 -GCTTCTTCAAGATATCTTTTGCATATTACTTCTAGTAAAAAAAAACCCCATGTTTTTTGG -GTTGACACACTCCATGGAAGATCGGAAGAGCACACGTCTG ->2000070 -GGAGGACAGGTTGATAACACTCTTTTCATCAAGAATAACGAGCATGATATCATACTAGTA -CAAATCTATATTGATGATATTATCTTCGGTACAGCATCGT ->2000071 -TGGCACTGTAATTCAACTATATTAGCATTTAGTTGTGTTGCAAGAATGAGACTTGCAACA -CAACAAACTGTCACCACTGAACCATTTAAAAGAAGATCGG ->2000072 -ACATTGCCAATACTCATTTTAATTCGGATCATCCAGTCTTCTCATTTAAATAAGTATTTT -AAAACCCTCAAGTCTTGTTTTCTTTGATGGGTTGGTTAGA ->2000073 -AGGAATTGAAGTTGATCCTGAAAAAGTCAAAGCCATTCAGGAAATGCCAACGCCCAAAAC -TGAGAAGTAAGTAAGAATATTATTGGACCGTTTAAACTAC ->2000074 -GCAAGACTGAGCTACAACTTGCAGATATTCTAACCAAGCCATTAAAGAAAACAAGACTTG -GAGGTGTTAAAATATCGGTGGAAATGAGAAGATTGCATGA ->2000075 -GCGGGCTTAGTAAGCAGATAGACGGAGGAACCAAGATCATACAATTTATACTTTGCGATA -AAAGAAACCTCATATACATAAAATGCACTAGATCGGAAGA ->2000076 -GGGGATCGAGGCATAATCATCCTCATACAATGTAGGAATACCGATACACTCGCTCTAAAG -TACAATGTACACCTCGTGAGACTTCTAGCCACGTGGAACA ->2000077 -TTGATTTTCATGGTTGCAACTTGCATCCAACGTCACGGTAAACGAAACAATAAGAAAACA -AATTTTCCAATTTATGGCGACGCTAGACATAAATATTCAA ->2000078 -TGCCAATTTTTTTATCCAATTGCATAAAAATAGTTACAACAAAAATATAAAATATATAGT -TTAGTAACAATTTCAACTCATATCGTTGCATCAGTAATTT ->2000079 -TGCACTCTAGACCATGAAATACTCATGCCAAATCAGATAAACTCAAGAAGGGAAGCAAAT -GCATCTAGCTATTCCAATTCAGAGTTTGAGAGGAAGTCAG ->2000080 -ACTCAAAATCTAGTGATATCAAGTATCTTGTTCTGAATGAAATAGTTCAAGAGGAGCAGA -ATTTGATAGAACAAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTC ->2000081 -GGACTCAAATGATAGACGGGTAGATGGAACCTTGTACAAGCAGATCATCGATTCCCTAAA -GTACATATGAAACACTAGACCTTTTATTTATCATAATGCG ->2000082 -AGATCAATACCTCCCCGTATTGAGGAAAAATAAAGATCAATACCTCACAGTATTGAAGAA -AAGGAAAGTCAATACTTCACCGTATTGAAGAAAAGGAAAG ->2000083 -ACATTGCCAATCCTCATTTCAATTCAGATCATCCAATCTTTTCATTTCAACTGATATGTT -AACACCTTCAAGTCTTGTTTTCTTTAATGGCTTGGTTAGA ->2000084 -TAAAGCAAATGAAGAAAATCATTACATACTACGAGTAATTGAAATGTATGACCCTCGTTG -ATCAAAGAATTGACAATAATAAACCAAATAAAGAGGAACT ->2000085 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