diff metaMS/INFO_structure_of_LC.txt @ 6:4393f982d18f

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author pieter.lukasse@wur.nl
date Thu, 19 Mar 2015 12:22:23 +0100
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+++ b/metaMS/INFO_structure_of_LC.txt	Thu Mar 19 12:22:23 2015 +0100
@@ -0,0 +1,532 @@
+str(LC)
+List of 4
+ $ PeakTable :'data.frame':     1828 obs. of  12 variables:
+  ..$ ChemSpiderID   : chr [1:1828] "" "" "" "" ...
+  ..$ compound       : chr [1:1828] "" "" "" "" ...
+  ..$ pcgroup        : num [1:1828] 187 226 226 226 226 226 226 306 154 154 ...
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+  ..$ rt             : num [1:1828] 1.27 1.57 1.59 1.59 1.59 ...
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+  ..$ STDmix_GC_01   : num [1:1828] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
+  ..$ STDmix_GC_02   : num [1:1828] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
+  ..$ STDmix_RP_pos01: num [1:1828] 144.5 32.6 58.5 38.4 152.3 ...
+  ..$ STDmix_RP_pos02: num [1:1828] 343.4 54.5 79.1 64.9 210.8 ...
+ $ xset      :Formal class 'xsAnnotate' [package "CAMERA"] with 15 slots
+  .. ..@ groupInfo        : num [1:1828, 1:13] 30.2 30.5 31.4 32.4 33.4 ...
+  .. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
+  .. .. .. ..$ : NULL
+  .. .. .. ..$ : chr [1:13] "mz", "mzmin", "mzmax", "rt", "rtmin", "rtmax", "npeaks",  "CLASS1", "CLASS2", "STDmix_GC_01", "STDmix_GC_02", "STDmix_RP_pos01", "STDmix_RP_pos02"
+  
+  and groups() function:
+  "mzmed", "mzmin", "mzmax", "rtmed", "rtmin", "rtmax",  "npeaks", "CLASS1", "CLASS2"
+  
+  .. ..@ pspectra         :List of 340
+  .. .. ..$ : num [1:12] 2 4 5 10 11 13 14 15 16 38 ...
+  .. .. ..$ : num [1:11] 3 12 45 76 99 ...
+  .. .. ..$ : num [1:15] 7 8 9 113 162 ...
+  .. .. ..$ : Named num 1
+  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
+  .. .. ..$ : num [1:5] 6 150 473 478 802
+  .. .. ..$ : num [1:5] 18 28 40 64 85
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+  .. .. ..$ : Named num 23
+  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
+  .. .. ..$ : num [1:4] 21 34 496 1497
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+  .. .. ..$ : num [1:33] 65 72 134 139 196 200 235 299 355 361 ...
+  .. .. ..$ : num [1:2] 135 234
+  .. .. ..$ : num [1:4] 95 326 330 465
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+  .. .. ..$ : Named num 388
+  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
+  .. .. ..$ : Named num 249
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+  .. .. ..$ : num [1:4] 425 485 636 698
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+  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
+  .. .. ..$ : num [1:2] 310 429
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+  .. .. ..$ : Named num 436
+  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
+  .. .. ..$ : num [1:3] 583 790 1029
+  .. .. ..$ : Named num 593
+  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
+  .. .. ..$ : num [1:2] 558 745
+  .. .. ..$ : Named num 543
+  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
+  .. .. ..$ : num [1:44] 43 60 101 121 124 179 211 214 257 263 ...
+  .. .. ..$ : num [1:2] 243 941
+  .. .. ..$ : num [1:4] 657 996 1286 1344
+  .. .. ..$ : num [1:21] 145 195 199 217 230 268 271 279 665 743 ...
+  .. .. ..$ : Named num 836
+  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
+  .. .. ..$ : Named num 694
+  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
+  .. .. ..$ : Named num 578
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+  .. .. ..$ : Named num 612
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+  .. .. ..$ : Named num 684
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+  .. .. ..$ : num [1:2] 79 282
+  .. .. ..$ : Named num 297
+  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
+  .. .. ..$ : num [1:10] 167 169 281 284 750 ...
+  .. .. ..$ : num [1:30] 165 796 812 821 829 ...
+  .. .. ..$ : num [1:4] 112 566 733 1552
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+  .. .. ..$ : num [1:14] 183 188 435 960 1036 ...
+  .. .. ..$ : Named num 763
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+  .. .. ..$ : Named num 704
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+  .. .. ..$ : num [1:2] 693 797
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+  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
+  .. .. ..$ : num [1:45] 62 100 115 128 132 178 327 366 430 492 ...
+  .. .. ..$ : Named num 838
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+  .. .. ..$ : Named num 653
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+  .. .. ..$ : num [1:9] 182 186 1035 1040 1045 ...
+  .. .. ..$ : Named num 250
+  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
+  .. .. ..$ : num [1:2] 144 935
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+  .. .. ..$ : Named num 77
+  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
+  .. .. ..$ : num [1:27] 19 46 49 107 110 157 159 233 265 314 ...
+  .. .. ..$ : num [1:4] 253 410 777 991
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+  .. .. ..$ : Named num 978
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+  .. .. ..$ : num [1:7] 513 545 770 773 1080 ...
+  .. .. ..$ : num [1:4] 70 295 634 1665
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+  .. .. ..$ : Named num 287
+  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
+  .. .. ..$ : num [1:2] 964 970
+  .. .. ..$ : num [1:153] 20 22 36 37 39 53 56 58 59 61 ...
+  .. .. ..$ : num [1:9] 317 323 420 886 1022 ...
+  .. .. ..$ : Named num 149
+  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
+  .. .. ..$ : num [1:6] 487 549 609 623 728 ...
+  .. .. ..$ : num [1:6] 315 476 1265 1272 1634 ...
+  .. .. ..$ : num [1:5] 378 383 495 734 1063
+  .. .. ..$ : num [1:10] 645 818 823 914 919 ...
+  .. .. ..$ : num [1:7] 815 1388 1457 1539 1555 ...
+  .. .. ..$ : Named num 1019
+  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
+  .. .. ..$ : num [1:6] 391 398 491 742 982 ...
+  .. .. ..$ : Named num 546
+  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
+  .. .. ..$ : num [1:12] 794 804 811 820 828 ...
+  .. .. ..$ : num [1:24] 1089 1475 1481 1484 1491 ...
+  .. .. ..$ : num [1:2] 148 151
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+  .. .. ..$ : num [1:17] 293 332 394 447 449 552 619 622 680 805 ...
+  .. .. ..$ : Named num 309
+  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
+  .. .. ..$ : Named num 207
+  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
+  .. .. ..$ : Named num 584
+  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
+  .. .. ..$ : num [1:2] 637 865
+  .. .. ..$ : Named num 143
+  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
+  .. .. ..$ : num [1:18] 1737 1738 1741 1757 1758 ...
+  .. .. ..$ : num [1:29] 261 352 360 363 402 408 416 419 456 507 ...
+  .. .. .. [list output truncated]
+  .. ..@ psSamples        : int [1:340] 1 1 1 2 2 2 2 1 2 1 ...
+  .. ..@ isotopes         :List of 1828
+  .. .. ..$ : NULL
+  .. .. ..$ : NULL
+  .. .. ..$ : NULL
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+  .. .. ..$ : NULL
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+  .. .. ..$ :List of 4
+  .. .. .. ..$ y     : num 1
+  .. .. .. ..$ iso   : num 0
+  .. .. .. ..$ charge: Named num 1
+  .. .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr "charge"
+  .. .. .. ..$ val   : Named num 0
+  .. .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr "intrinsic"
+  .. .. ..$ :List of 4
+  .. .. .. ..$ y     : num 1
+  .. .. .. ..$ iso   : Named num 1
+  .. .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr "iso"
+  .. .. .. ..$ charge: Named num 1
+  .. .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr "charge"
+  .. .. .. ..$ val   : Named num 0
+  .. .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr "intrinsic"
+  .. .. ..$ : NULL
+  .. .. ..$ : NULL
+  .. .. ..$ : NULL
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+  .. .. .. ..$ iso   : num 0
+  .. .. .. ..$ charge: Named num 1
+  .. .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr "charge"
+  .. .. .. ..$ val   : Named num 0
+  .. .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr "intrinsic"
+  .. .. ..$ : NULL
+  .. .. ..$ :List of 4
+  .. .. .. ..$ y     : num 2
+  .. .. .. ..$ iso   : Named num 1
+  .. .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr "iso"
+  .. .. .. ..$ charge: Named num 1
+  .. .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr "charge"
+  .. .. .. ..$ val   : Named num 0
+  .. .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr "intrinsic"
+  .. .. ..$ : NULL
+  .. .. ..$ : NULL
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+  .. .. ..$ : NULL
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+  .. .. .. [list output truncated]
+  .. ..@ derivativeIons   : list()
+  .. ..@ formula          : list()
+  .. ..@ sample           : num NA
+  .. ..@ xcmsSet          :Formal class 'xcmsSet' [package "xcms"] with 12 slots
+  .. .. .. ..@ peaks           : num [1:9826, 1:13] 30.2 30.5 31.4 32.4 33.3 ...
+  .. .. .. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
+  .. .. .. .. .. ..$ : NULL
+  .. .. .. .. .. ..$ : chr [1:13] "mz", "mzmin", "mzmax", "rt", "rtmin", "rtmax", "into", "intf", "maxo", "maxf", "i", "sn", "sample"  (found with dput)
+  From http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/xcms/man/xcms.pdf:
+  
+  mz weighted (by intensity) mean of peak m/z across scans
+mzmin m/z of minimum step
+mzmax m/z of maximum step
+rt retention time of peak midpoint
+rtmin leading edge of peak retention time
+rtmax trailing edge of peak retention time
+into integrated area of original (raw) peak
+intf integrated area of filtered peak
+maxo maximum intensity of original (raw) peak
+maxf maximum intensity of filtered peak
+i rank of peak identified in merged EIC (<= max)
+sn signal to noise ratio of the peak
+
+  .. .. .. ..@ groups          : num [1:1828, 1:9] 30.2 30.5 31.4 32.4 33.4 ...
+  .. .. .. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
+  .. .. .. .. .. ..$ : NULL
+  .. .. .. .. .. ..$ : chr [1:9] "mzmed" "mzmin" "mzmax" "rtmed" ...
+  .. .. .. ..@ groupidx        :List of 1828
+  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1 674 9671 9749
+  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 2 675 9672 9750
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+  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 19 691 9681 9759
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+  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 23 695 9683 9761
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+  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1364 3940 6192 7935
+  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1369 3941 6193 7936
+  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 58 739 9693 9771
+  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1370 3942 6194 7937
+  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1371 3943 6195 7938
+  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1374 3944 6196 7939
+  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 65 748 9694 9772
+  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1375 3946 6197 7940
+  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 71 755 9695 9773
+  .. .. .. .. ..$ : int [1:5] 72 756 1376 1377 3947
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+  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1379 3950 6199 7942
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+  .. .. .. .. .. ..$ : num [1:2613] 40.7 42 43.3 44.6 45.9 ...
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+  .. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
+  .. .. .. ..$ : NULL
+  .. .. .. ..$ : chr [1:4] "mpeak" "isopeak" "iso" "charge"
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+  .. .. .. ..@ .Data:List of 1
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+  .. ..@ chrom                             : chr "LC"
+  .. ..@ PeakPicking                       :List of 5
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