--- a/test-data/illuminaPE_r2.fq	Mon Mar 23 07:01:37 2015 -0400
+++ b/test-data/illuminaPE_r2.fq	Fri Dec 04 07:43:30 2015 -0500
@@ -1,40 +1,40 @@
-@ILLUMINA-545855_0049_FC61RLR:2:1:10979:1695#0/2
+@ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:10979:1695 2:N:0:TCCTGA
 TACTGTTTAGAAAGCCTGTTCCAGAACTTGATCACTGTCACAGAAAATCTTTCTTACTATCCAGACTGAAGCTACCCTGGTGCAGCTTTGTGCTGTTACCTTGAGTCATGTCATCA
 +
-hhhhhghhhhhghhhhghghhhhhhhghhhghhhghgfhhhhhhgdgggggggghhghhgeggdgghfggfgfhgfggef`fhdggfdfgaehecagggfcegacagffefcWda_
-@ILLUMINA-545855_0049_FC61RLR:2:1:17449:1584#0/2
+IIIIIHIIIIIHIIIIHIHIIIIIIIHIIIHIIIHIHGIIIIIIHEHHHHHHHHIIHIIHFHHEHHIGHHGHGIHGHHFGAGIEHHGEGHBFIFDBHHHGDFHBDBHGGFGD8EB@
+@ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:17449:1584 2:N:0:TCCTGA
 TCTGTGTGTGAGCACACACACACACACACACACACACACACACACACATGCAGGTACTTGCTCTGCCACCCCTGGCGGGCTGCGTGGTGTGCCTGACGACGTATTCTAATCCTACA
 +
-fffff^bcbdbdaded`ffafdcfcff]cffccccaffffffedcafaR_BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
-@ILLUMINA-545855_0049_FC61RLR:2:1:19063:1614#0/2
+GGGGG?CDCECEBEFEAGGBGEDGDGG>DGGDDDDBGGGGGGFEDBGB3@##################################################################
+@ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:19063:1614 2:N:0:TCCTGA
 TATATATATATATAAACATATATATATATATTTTTTTCTCATTTCAGAACAAAAGTGAGATGAACTTTAATATGGTGGGGTGTATTTTGAGAGACTCTCTAGTTTGGGAGGAGTGA
 +
-ccccccccccccYc_cJccccccccccccUccccc]`_YT]_BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
-@ILLUMINA-545855_0049_FC61RLR:2:1:1978:1220#0/2
+DDDDDDDDDDDD:D@D+DDDDDDDDDDDD6DDDDD>A@:5>@##########################################################################
+@ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:1978:1220 2:N:0:TCCTGA
 TCCTCTGACTAGGCAACAACAGCTTTTTTGCTCCTGGGCAGAGGTGTTCCGAGTGTATATTTTTTATAATTACGGCGCGCATTGGAAATTGATGTTATTTTATTTTGCGTGTGTGT
 +
-a^N^BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
-@ILLUMINA-545855_0049_FC61RLR:2:1:5626:1554#0/2
+B?/?################################################################################################################
+@ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:5626:1554 2:N:0:TCCTGA
 TCTAATATTATATATATCTGTGTGTGTATATATATATATACACACACACACACACATTGACATAAAAGCGAAATATAAACATTAGCAGCTGGGGCTAAAATAAAAGCAGGAAGGTT
 +
-hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhgggghghhghhghghghghhhhhghhfgQeWdQd\URUY^aa[^\\K`JL\\[W``dQ`BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
-@ILLUMINA-545855_0049_FC61RLR:2:1:5879:1238#0/2
+IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIHHHHIHIIHIIHIHIHIHIIIIIHIIGH2F8E2E=636:?BB<?==,A+-==<8AAE2A###################################
+@ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:5879:1238 2:N:0:TCCTGA
 TCCCCACCCTGTCATGGTTCTATGTATATATATATAGCCATGTGTGTGGTACCAGGGATAGGTACCTGGGATTGGGGCAGTGACACTTTAGTGCCCCGTACACTACATGATGTTTT
 +
-gggggggggggggggggdggffffecgfgfggggggegggggfgdgdgdadgdeaWdddedc`fdcabdaaa_]adb]_a_cbaaadbaa[`dbaaab]a`]a[Za`_`_BBBBBB
-@ILLUMINA-545855_0049_FC61RLR:2:1:6204:1090#0/2
+HHHHHHHHHHHHHHHHHEHHGGGGFDHGHGHHHHHHFHHHHHGHEHEHEBEHEFB8EEEFEDAGEDBCEBBB@>BEC>@B@DCBBBECBB<AECBBBC>BA>B<;BA@A@######
+@ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:6204:1090 2:N:0:TCCTGA
 TGCTTTGGTTCTAAGAGAAAAACAAGTGATGCACAAGCAATTCCTCGCCACCACCCAACTGATGCCCAGCCACCCCCCCAAGCAGTGAAAGAGAGAGAGAGATGAACCCCCTTCAA
 +
-gggcagggdefggggdgegdgccccc_ggdggddgdeedddfcdffffdfda]dab]______aa_edaeaaa_`]```[Z]`]ZR]\^^]]aa]^]_^P^]YXI_BBBBBBBBBB
-@ILLUMINA-545855_0049_FC61RLR:2:1:8044:1926#0/2
+HHHDBHHHEFGHHHHEHFHEHDDDDD@HHEHHEEHEFFEEEGDEGGGGEGEB>EBC>@@@@@@BB@FEBFBBB@A>AAA<;>A>;3>=??>>BB>?>@?1?>:9*@##########
+@ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:8044:1926 2:N:0:TCCTGA
 TCAGGCAAGGTCACTGCCACCACTGGGGAGTGCCTGTTTCTGAAGGGCCCAGCCAACTCTGTCACAAGCTTTAACCATAATAAATCAGGAGGAGAGACAGGAGGATGCTGTGCTTT
 +
-hhhhhhhhhhghhhhhhhhhhhhhhfhhhhehhhhhfgghhhhhffdhgfgfgggffbggbffffffgfgfdfdfdfffcfadbbaffdcfaZW^aaaac`ab_YR\\Z\Y[ROYU
-@ILLUMINA-545855_0049_FC61RLR:2:1:8157:1636#0/2
+IIIIIIIIIIHIIIIIIIIIIIIIIGIIIIFIIIIIGHHIIIIIGGEIHGHGHHHGGCHHCGGGGGGHGHGEGEGEGGGDGBECCBGGEDGB;8?BBBBDABC@:3==;=:<30:6
+@ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:8157:1636 2:N:0:TCCTGA
 TAAACAACCAAATGAAACCATCTTTTCTACACAGCTCAAGTAGCCCTACATACAACACAAGCCACCTACAAATCAGGACTGATGGTAAGGCTGACAATCCAATCCACCACAACAAC
 +
-geggggggggggggcgfggcggggggggggggggggggfffggfgggggggggggfggggg_gggegfgeggdggggggcgaedaageecgd]degadecBBBBBBBBBBBBBBBB
-@ILLUMINA-545855_0049_FC61RLR:2:1:8899:1514#0/2
+HFHHHHHHHHHHHHDHGHHDHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGHHGHHHHHHHHHHHGHHHHH@HHHFHGHFHHEHHHHHHDHBFEBBHFFDHE>EFHBEFD################
+@ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:8899:1514 2:N:0:TCCTGA
 TATCATTGAAATTTTTATAAAAACTGTGAAGAGAAAAATGTAACACTTCAGAAACGCAATTATTTTGAGATGTCCAGATTTTTTTTTATACTTCCACTGCTGTGTGTGTGTGTAAC
 +
-hfJfffhhhhhhhhhhchhhhhhfgghhghhhhhdfghghghhghhhhhhhhhhhhhhghhchhhhhdchhhchgfgehhhhhhhhhgheeagfhfaffgacaedfdfbfdhdcda
+IG+GGGIIIIIIIIIIDIIIIIIGHHIIHIIIIIEGHIHIHIIHIIIIIIIIIIIIIIHIIDIIIIIEDIIIDIHGHFIIIIIIIIIHIFFBHGIGBGGHBDBFEGEGCGEIEDEB