Mercurial > repos > pmac > reformatplateslineartotabular

comparison reformatPlatesLinearToTabular.xml @ 0:2aafe60f2fad draft default tip

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author pmac
date Wed, 01 Jun 2016 03:55:27 -0400
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equal deleted inserted replaced
-1:000000000000 0:2aafe60f2fad
1 <tool id="reformatPlatesLinearToTabular" name="Reformat Plates Linear To Tabular" version="1.0.0">
2
3 <command interpreter="perl">
4 reformatPlatesLinearToTabular.pl $inputFile1 $outputFile1
5 </command>
6
7 <inputs>
8 <param format="tabular" name="inputFile1" type="data" label="Select the linear plates file"/>
9 </inputs>
10
11 <outputs>
12 <data format="tabular" name="outputFile1"/>
13 </outputs>
14
15 <tests>
16 <test>
17 <param name="inputFile1" value="150615-HR-12015-01A.linear" />
18 <output name="outputFile1" file="150615-HR-12015-01A.tabular" />
19 </test>
20 </tests>
21
22 <help>
23
24 .. class:: infomark
25
26 **What it does**
27
28 This program converts a plates table from a linear format to a tabular format.
29
30
31 **Example**
32
33 If the plates table consisted of::
34
35 #Well Table_1 Table_2
36 A01 1654 6
37 A02 1719 8
38 A03 1624 19
39 A04 1518 6
40 A05 1587 12
41 A06 1517 8
42 A07 1638 9
43 A08 1733 7
44 A09 1617 6
45 A10 1722 8
46 A11 1665 7
47 A12 1536 9
48 A13 1636 13
49 A14 1691 8
50 A15 1773 8
51 A16 1554 12
52 A17 1651 13
53 A18 1670 7
54 A19 1748 7
55 A20 1541 7
56 A21 1549 9
57 A22 1550 8
58 A23 1615 6
59 A24 NA NA
60 B01 1553 5
61 B02 1588 8
62 B03 1557 6
63 B04 1786 7
64 B05 1635 6
65 B06 1679 6
66 B07 1533 6
67 B08 1720 7
68 B09 1562 6
69 B10 1577 6
70 B11 1713 6
71 B12 1526 6
72 B13 1559 7
73 B14 1706 7
74 B15 1690 6
75 B16 1707 6
76 B17 1651 6
77 B18 1687 7
78 B19 1584 6
79 B20 1638 6
80 B21 1722 6
81 B22 1562 6
82 B23 1696 9
83 B24 NA NA
84 C01 1579 6
85 C02 1568 14
86 C03 1684 8
87 C04 1501 12
88 C05 1546 22
89 C06 1718 9
90 C07 1569 11
91 C08 1532 8
92 C09 1530 11
93 C10 1572 12
94 C11 1517 12
95 C12 1573 8
96 C13 1518 21
97 C14 1585 16
98 C15 1595 17
99 C16 1505 9
100 C17 1593 10
101 C18 1735 7
102 C19 1548 8
103 C20 1534 10
104 C21 1512 6
105 C22 1577 17
106 C23 1519 19
107 C24 NA NA
108 D01 1551 7
109 D02 502 25
110 D03 1764 6
111 D04 1827 7
112 D05 1587 6
113 D06 1655 6
114 D07 1625 7
115 D08 1549 6
116 D09 1798 7
117 D10 1689 6
118 D11 1588 7
119 D12 1630 7
120 D13 1620 7
121 D14 1595 6
122 D15 1711 6
123 D16 1504 6
124 D17 1511 6
125 D18 1645 6
126 D19 1608 6
127 D20 1745 7
128 D21 1525 5
129 D22 1646 7
130 D23 674 25
131 D24 NA NA
132 E01 1809 7
133 E02 1624 8
134 E03 1791 6
135 E04 1556 17
136 E05 1530 7
137 E06 1604 10
138 E07 1610 14
139 E08 1620 11
140 E09 1506 7
141 E10 1609 15
142 E11 1620 7
143 E12 1531 19
144 E13 1534 8
145 E14 1723 7
146 E15 1600 15
147 E16 1480 25
148 E17 1714 7
149 E18 1574 9
150 E19 1658 8
151 E20 1634 7
152 E21 1632 10
153 E22 1671 8
154 E23 1639 8
155 E24 NA NA
156 F01 1804 6
157 F02 1815 6
158 F03 1644 7
159 F04 1618 6
160 F05 1686 6
161 F06 1523 8
162 F07 1501 6
163 F08 1587 7
164 F09 1502 6
165 F10 1742 6
166 F11 1621 6
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168 F13 1640 7
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170 F15 1542 6
171 F16 1720 6
172 F17 1503 7
173 F18 1788 6
174 F19 1571 6
175 F20 1547 5
176 F21 1653 8
177 F22 1752 6
178 F23 1687 7
179 F24 NA NA
180 G01 1540 6
181 G02 1567 22
182 G03 1587 7
183 G04 1564 18
184 G05 1671 9
185 G06 1552 18
186 G07 1555 7
187 G08 1571 11
188 G09 1693 7
189 G10 1692 7
190 G11 1617 11
191 G12 1590 7
192 G13 1589 16
193 G14 1546 8
194 G15 1648 8
195 G16 1583 10
196 G17 1538 17
197 G18 1560 9
198 G19 1553 6
199 G20 1598 9
200 G21 1561 16
201 G22 1523 11
202 G23 1599 13
203 G24 NA NA
204 H01 1700 6
205 H02 513 25
206 H03 1615 6
207 H04 1656 6
208 H05 1796 6
209 H06 1547 6
210 H07 1563 7
211 H08 1598 6
212 H09 1555 6
213 H10 1621 6
214 H11 1644 7
215 H12 1760 7
216 H13 1525 6
217 H14 1541 7
218 H15 1635 6
219 H16 1527 6
220 H17 1651 6
221 H18 1643 7
222 H19 1593 5
223 H20 1551 8
224 H21 1507 6
225 H22 1504 5
226 H23 522 25
227 H24 NA NA
228 I01 1604 7
229 I02 1591 9
230 I03 1626 11
231 I04 1585 11
232 I05 1522 17
233 I06 1546 9
234 I07 1520 6
235 I08 1582 9
236 I09 1664 9
237 I10 1589 10
238 I11 1508 10
239 I12 1505 23
240 I13 1577 7
241 I14 1657 12
242 I15 1560 7
243 I16 1561 12
244 I17 1597 14
245 I18 1505 13
246 I19 1646 9
247 I20 1579 15
248 I21 1602 13
249 I22 1621 12
250 I23 1583 6
251 I24 NA NA
252 J01 1520 6
253 J02 1577 17
254 J03 1692 8
255 J04 1510 5
256 J05 1691 7
257 J06 1747 7
258 J07 1744 7
259 J08 1724 8
260 J09 1666 6
261 J10 1645 6
262 J11 1637 6
263 J12 1706 7
264 J13 1672 6
265 J14 1522 7
266 J15 1535 5
267 J16 1528 6
268 J17 1569 6
269 J18 1592 8
270 J19 1812 7
271 J20 1806 7
272 J21 1525 6
273 J22 1675 7
274 J23 1540 22
275 J24 NA NA
276 K01 1626 6
277 K02 1513 6
278 K03 1624 7
279 K04 1530 7
280 K05 1650 11
281 K06 1610 11
282 K07 1644 11
283 K08 1522 11
284 K09 1544 14
285 K10 1532 7
286 K11 1229 25
287 K12 1520 11
288 K13 1540 9
289 K14 1630 10
290 K15 1668 8
291 K16 1519 17
292 K17 1657 8
293 K18 1509 21
294 K19 1543 7
295 K20 1513 12
296 K21 1564 7
297 K22 1660 10
298 K23 1632 6
299 K24 NA NA
300 L01 1676 7
301 L02 507 25
302 L03 1682 6
303 L04 1595 7
304 L05 1557 6
305 L06 1593 7
306 L07 1734 6
307 L08 1519 6
308 L09 1550 6
309 L10 1528 6
310 L11 1781 7
311 L12 1500 6
312 L13 1573 6
313 L14 1524 6
314 L15 1735 7
315 L16 1523 5
316 L17 1503 6
317 L18 1621 6
318 L19 1559 6
319 L20 1795 6
320 L21 1667 6
321 L22 1560 8
322 L23 420 25
323 L24 NA NA
324 M01 1625 6
325 M02 1548 19
326 M03 1538 25
327 M04 1731 7
328 M05 1607 14
329 M06 1637 7
330 M07 1544 9
331 M08 1703 9
332 M09 1617 6
333 M10 1635 8
334 M11 1528 16
335 M12 1532 6
336 M13 1583 7
337 M14 1555 8
338 M15 1551 9
339 M16 1580 15
340 M17 1655 6
341 M18 1662 7
342 M19 1591 8
343 M20 1758 8
344 M21 1623 8
345 M22 1597 6
346 M23 1561 18
347 M24 NA NA
348 N01 1660 6
349 N02 592 25
350 N03 1595 7
351 N04 1527 5
352 N05 1745 6
353 N06 1543 6
354 N07 1529 5
355 N08 1691 6
356 N09 1705 7
357 N10 1612 6
358 N11 1769 7
359 N12 1624 6
360 N13 1673 7
361 N14 1683 7
362 N15 1637 6
363 N16 1786 7
364 N17 1593 6
365 N18 1636 6
366 N19 1614 6
367 N20 1650 6
368 N21 1553 6
369 N22 1671 6
370 N23 628 25
371 N24 NA NA
372 O01 1692 6
373 O02 1701 8
374 O03 1611 10
375 O04 1370 25
376 O05 1537 10
377 O06 1538 14
378 O07 1582 8
379 O08 1515 11
380 O09 1587 6
381 O10 1582 6
382 O11 1660 10
383 O12 1544 10
384 O13 1544 8
385 O14 1603 9
386 O15 1592 12
387 O16 1518 11
388 O17 1606 6
389 O18 1565 10
390 O19 1617 6
391 O20 1543 18
392 O21 1649 7
393 O22 1710 8
394 O23 1788 7
395 O24 NA NA
396 P01 1818 7
397 P02 1611 5
398 P03 1736 7
399 P04 1642 6
400 P05 1557 5
401 P06 1606 6
402 P07 1558 6
403 P08 1627 6
404 P09 1579 6
405 P10 1733 6
406 P11 1520 6
407 P12 1558 7
408 P13 1804 7
409 P14 1630 6
410 P15 1576 6
411 P16 1740 7
412 P17 1578 6
413 P18 1544 6
414 P19 1692 6
415 P20 1560 6
416 P21 1552 6
417 P22 1790 7
418 P23 1537 6
419 P24 NA NA
420
421 Running the program will give the following output::
422
423
424 Table_1
425
426 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24
427 A 1654 1719 1624 1518 1587 1517 1638 1733 1617 1722 1665 1536 1636 1691 1773 1554 1651 1670 1748 1541 1549 1550 1615
428 B 1553 1588 1557 1786 1635 1679 1533 1720 1562 1577 1713 1526 1559 1706 1690 1707 1651 1687 1584 1638 1722 1562 1696
429 C 1579 1568 1684 1501 1546 1718 1569 1532 1530 1572 1517 1573 1518 1585 1595 1505 1593 1735 1548 1534 1512 1577 1519
430 D 1551 502 1764 1827 1587 1655 1625 1549 1798 1689 1588 1630 1620 1595 1711 1504 1511 1645 1608 1745 1525 1646 674
431 E 1809 1624 1791 1556 1530 1604 1610 1620 1506 1609 1620 1531 1534 1723 1600 1480 1714 1574 1658 1634 1632 1671 1639
432 F 1804 1815 1644 1618 1686 1523 1501 1587 1502 1742 1621 1638 1640 1588 1542 1720 1503 1788 1571 1547 1653 1752 1687
433 G 1540 1567 1587 1564 1671 1552 1555 1571 1693 1692 1617 1590 1589 1546 1648 1583 1538 1560 1553 1598 1561 1523 1599
434 H 1700 513 1615 1656 1796 1547 1563 1598 1555 1621 1644 1760 1525 1541 1635 1527 1651 1643 1593 1551 1507 1504 522
435 I 1604 1591 1626 1585 1522 1546 1520 1582 1664 1589 1508 1505 1577 1657 1560 1561 1597 1505 1646 1579 1602 1621 1583
436 J 1520 1577 1692 1510 1691 1747 1744 1724 1666 1645 1637 1706 1672 1522 1535 1528 1569 1592 1812 1806 1525 1675 1540
437 K 1626 1513 1624 1530 1650 1610 1644 1522 1544 1532 1229 1520 1540 1630 1668 1519 1657 1509 1543 1513 1564 1660 1632
438 L 1676 507 1682 1595 1557 1593 1734 1519 1550 1528 1781 1500 1573 1524 1735 1523 1503 1621 1559 1795 1667 1560 420
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443
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449 C 6 14 8 12 22 9 11 8 11 12 12 8 21 16 17 9 10 7 8 10 6 17 19
450 D 7 25 6 7 6 6 7 6 7 6 7 7 7 6 6 6 6 6 6 7 5 7 25
451 E 7 8 6 17 7 10 14 11 7 15 7 19 8 7 15 25 7 9 8 7 10 8 8
452 F 6 6 7 6 6 8 6 7 6 6 6 8 7 6 6 6 7 6 6 5 8 6 7
453 G 6 22 7 18 9 18 7 11 7 7 11 7 16 8 8 10 17 9 6 9 16 11 13
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457 K 6 6 7 7 11 11 11 11 14 7 25 11 9 10 8 17 8 21 7 12 7 10 6
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461 O 6 8 10 25 10 14 8 11 6 6 10 10 8 9 12 11 6 10 6 18 7 8 7
462 P 7 5 7 6 5 6 6 6 6 6 6 7 7 6 6 7 6 6 6 6 6 7 6
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