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--- a/Bam.py Mon Jul 10 17:08:38 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,86 +0,0 @@ -#!/usr/bin/python -# -*- coding: utf8 -*- - -""" -Class to handle Bam files to UCSC TrackHub -""" - -import logging -import os -import shutil - -from Datatype import Datatype -from Track import Track -from TrackDb import TrackDb - - - -class Bam( Datatype ): - def __init__(self, input_bam_false_path, data_bam): - super(Bam, self).__init__() - - self.track = None - - self.input_bam_false_path = input_bam_false_path - - self.data_bam = data_bam - # TODO: Check if it already contains the .bam extension / Do a function in Datatype which check the extension - if ".bam" not in self.data_bam["name"]: - self.name_bam = self.data_bam["name"] + ".bam" - else: - self.name_bam = self.data_bam["name"] - - self.priority = self.data_bam["order_index"] - self.index_bam = self.data_bam["index"] - # TODO: Think about how to avoid repetition of the color treatment - self.track_color = self.data_bam["track_color"] - - # TODO: Think about how to avoid repetition of the group_name everywhere - self.group_name = self.data_bam["group_name"] - self.database = self.data_bam["database"] - if self.data_bam["long_label"]: - self.long_label = self.data_bam["long_label"] - else: - self.long_label = self.name_bam - # First: Add the bam file - # Second: Add the bam index file, in the same folder (https://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/bam.html) - - bam_file_path = os.path.join(self.myTrackFolderPath, self.name_bam) - shutil.copyfile(self.input_bam_false_path, bam_file_path) - - # Create and add the bam index file to the same folder - name_index_bam = self.name_bam + ".bai" - bam_index_file_path = os.path.join(self.myTrackFolderPath, name_index_bam) - shutil.copyfile(self.index_bam, bam_index_file_path) - - # Create the Track Object - self.createTrack(file_path=self.name_bam, - track_name=self.name_bam, - long_label=self.long_label, track_type='bam', visibility='pack', priority=self.priority, - track_file=bam_index_file_path, - track_color=self.track_color, - group_name=self.group_name, - database=self.database - ) - # - # dataURL = "tracks/%s" % self.name_bam - # - # trackDb = TrackDb( - # trackName=self.name_bam, - # longLabel=self.name_bam, - # shortLabel=self.getShortName( self.name_bam ), - # trackDataURL=dataURL, - # trackType='bam', - # visibility='pack', - # priority=self.priority, - # ) - # - # # Return the Bam Track Object - # self.track = Track( - # trackFile=bam_index_file_path, - # trackDb=trackDb, - # ) - - print("- Bam %s created" % self.name_bam) - #print("- %s created in %s" % (self.name_bam, bam_file_path)) - #print("- %s created in %s" % (self.index_bam, bam_index_file_path))
--- a/Bed.py Mon Jul 10 17:08:38 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,82 +0,0 @@ -#!/usr/bin/python - -import os -import tempfile - -# Internal dependencies -from Datatype import Datatype -from Track import Track -from TrackDb import TrackDb -from util import subtools - - -class Bed( Datatype ): - def __init__( self, inputBedGeneric, data_bed_generic): - super(Bed, self).__init__() - - self.track = None - - self.inputBedGeneric = inputBedGeneric - - self.sortedBedFile = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".sortedBed") - - self.data_bed_generic = data_bed_generic - self.name_bed_generic = self.data_bed_generic["name"] - self.priority = self.data_bed_generic["order_index"] - self.track_color = self.data_bed_generic["track_color"] - # TODO: Think about how to avoid repetition of the group_name everywhere - self.group_name = self.data_bed_generic["group_name"] - self.database = self.data_bed_generic["database"] - if self.data_bed_generic["long_label"]: - self.long_label = self.data_bed_generic["long_label"] - else: - self.long_label = self.name_bed_generic - - # Sort processing - subtools.sort(self.inputBedGeneric, self.sortedBedFile.name) - - # bedToBigBed processing - # TODO: Change the name of the bb, to tool + genome + possible adding if multiple + .bb - trackName = "".join( ( self.name_bed_generic, ".bb") ) - - myBigBedFilePath = os.path.join(self.myTrackFolderPath, trackName) - with open(myBigBedFilePath, 'w') as self.bigBedFile: - subtools.bedToBigBed(self.sortedBedFile.name, - self.chromSizesFile.name, - self.bigBedFile.name, - typeOption='bed4', - tab='True', - extraIndex='name' - ) - - # Create the Track Object - self.createTrack(file_path=trackName, - track_name=trackName, - long_label=self.long_label, track_type='bigBed', visibility='dense', - priority=self.priority, - track_file=myBigBedFilePath, - track_color=self.track_color, - group_name=self.group_name, - database=self.database) - - # dataURL = "tracks/%s" % trackName - # - # trackDb = TrackDb( - # trackName=trackName, - # longLabel=self.name_bed_generic, - # shortLabel=self.getShortName(self.name_bed_generic), - # trackDataURL=dataURL, - # trackType='bigBed', - # visibility='dense', - # thickDrawItem='on', - # priority=self.priority, - # ) - # - # # Return the BigBed track - # self.track = Track( - # trackFile=myBigBedFilePath, - # trackDb=trackDb, - # ) - - print("- Bed %s created" % self.name_bed_generic) - #print("- %s created in %s" % (trackName, myBigBedFilePath))
--- a/BedBlastAlignments.py Mon Jul 10 17:08:38 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,80 +0,0 @@ -#!/usr/bin/python - -import os -import tempfile -import string - -from Datatype import Datatype -from Track import Track -from TrackDb import TrackDb -from util import subtools - - -class BedBlastAlignments( Datatype ): - def __init__(self, input_bed_blast_alignments_false_path, data_bed_blast_alignments): - - super(BedBlastAlignments, self).__init__() - - self.input_bed_blast_alignments_false_path = input_bed_blast_alignments_false_path - self.name_bed_blast_alignments = data_bed_blast_alignments["name"] - self.priority = data_bed_blast_alignments["order_index"] - self.track_color = data_bed_blast_alignments["track_color"] - # TODO: Think about how to avoid repetition of the group_name everywhere - self.group_name = data_bed_blast_alignments["group_name"] - self.database = data_bed_blast_alignments["database"] - if data_bed_blast_alignments["long_label"]: - self.long_label = data_bed_blast_alignments["long_label"] - else: - self.long_label = self.name_bed_blast_alignments - #sortedBedFile = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".sortedBed") - - # Sort processing - #subtools.sort(self.input_bigpsl_false_path, sortedBedFile.name) - - # bedToBigBed processing - # TODO: Change the name of the bb, to tool + genome + .bb - trackName = "".join( ( self.name_bed_blast_alignments, '.bb' ) ) - - myBigBedFilePath = os.path.join(self.myTrackFolderPath, trackName) - - auto_sql_option = os.path.join(self.tool_directory, 'bigPsl.as') - - with open(myBigBedFilePath, 'w') as bigBedFile: - subtools.bedToBigBed(self.input_bed_blast_alignments_false_path, - self.chromSizesFile.name, - bigBedFile.name, - typeOption='bed12+12', - tab='True', - autoSql=auto_sql_option, - extraIndex='name') - - self.createTrack(file_path=trackName, - track_name=trackName, - long_label=self.long_label, track_type='bigBed 12 +', visibility='dense', - priority=self.priority, - track_file=myBigBedFilePath, - track_color=self.track_color, - group_name=self.group_name, - database=self.database - ) - - - # dataURL = "tracks/%s" % trackName - # - # trackDb = TrackDb( - # trackName=trackName, - # longLabel=self.name_bed_simple_repeats, - # shortLabel=self.getShortName( self.name_bed_simple_repeats ), - # trackDataURL=dataURL, - # trackType='bigBed 4 +', - # visibility='dense', - # priority=self.priority, - # ) - # - # self.track = Track( - # trackFile=myBigBedFilePath, - # trackDb=trackDb, - # ) - - print("- Bed Blast alignments %s created" % self.name_bed_blast_alignments) - #print("- %s created in %s" % (trackName, myBigBedFilePath))
--- a/BedSimpleRepeats.py Mon Jul 10 17:08:38 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,78 +0,0 @@ -#!/usr/bin/python - -import os -import tempfile - -from Datatype import Datatype -from Track import Track -from TrackDb import TrackDb -from util import subtools - - -class BedSimpleRepeats( Datatype ): - def __init__(self, input_bed_simple_repeats_false_path, data_bed_simple_repeats): - - super(BedSimpleRepeats, self).__init__() - - self.input_bed_simple_repeats_false_path = input_bed_simple_repeats_false_path - self.name_bed_simple_repeats = data_bed_simple_repeats["name"] - self.priority = data_bed_simple_repeats["order_index"] - self.track_color = data_bed_simple_repeats["track_color"] - # TODO: Think about how to avoid repetition of the group_name everywhere - self.group_name = data_bed_simple_repeats["group_name"] - self.database = data_bed_simple_repeats["database"] - if data_bed_simple_repeats["long_label"]: - self.long_label = data_bed_simple_repeats["long_label"] - else: - self.long_label = self.name_bed_simple_repeats - - sortedBedFile = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".sortedBed") - - # Sort processing - subtools.sort(self.input_bed_simple_repeats_false_path, sortedBedFile.name) - - # bedToBigBed processing - # TODO: Change the name of the bb, to tool + genome + .bb - trackName = "".join( ( self.name_bed_simple_repeats, '.bb' ) ) - myBigBedFilePath = os.path.join(self.myTrackFolderPath, trackName) - - auto_sql_option = os.path.join(self.tool_directory, 'trf_simpleRepeat.as') - - with open(myBigBedFilePath, 'w') as bigBedFile: - subtools.bedToBigBed(sortedBedFile.name, - self.chromSizesFile.name, - bigBedFile.name, - typeOption='bed4+12', - autoSql=auto_sql_option, - extraIndex='name' - ) - - # Create the Track Object - self.createTrack(file_path=trackName, - track_name=trackName, - long_label=self.long_label, track_type='bigBed 4 +', visibility='dense', - priority=self.priority, - track_file=myBigBedFilePath, - track_color=self.track_color, - group_name=self.group_name, - database=self.database) - - # dataURL = "tracks/%s" % trackName - # - # trackDb = TrackDb( - # trackName=trackName, - # longLabel=self.name_bed_simple_repeats, - # shortLabel=self.getShortName( self.name_bed_simple_repeats ), - # trackDataURL=dataURL, - # trackType='bigBed 4 +', - # visibility='dense', - # priority=self.priority, - # ) - # - # self.track = Track( - # trackFile=myBigBedFilePath, - # trackDb=trackDb, - # ) - - print("- Bed simple repeats %s created" % self.name_bed_simple_repeats) - #print("- %s created in %s" % (trackName, myBigBedFilePath))
--- a/BedSpliceJunctions.py Mon Jul 10 17:08:38 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,77 +0,0 @@ -#!/usr/bin/python - -import os -import tempfile - -from Datatype import Datatype -from Track import Track -from TrackDb import TrackDb -from util import subtools - - -class BedSpliceJunctions( Datatype ): - def __init__(self, input_bed_splice_junctions_false_path, data_bed_splice_junctions): - - super(BedSpliceJunctions, self).__init__() - - self.input_bed_splice_junctions_false_path = input_bed_splice_junctions_false_path - self.name_bed_splice_junctions = data_bed_splice_junctions["name"] - self.priority = data_bed_splice_junctions["order_index"] - self.track_color = data_bed_splice_junctions["track_color"] - # TODO: Think about how to avoid repetition of the group_name everywhere - self.group_name = data_bed_splice_junctions["group_name"] - self.database = data_bed_splice_junctions["database"] - if data_bed_splice_junctions["long_label"]: - self.long_label = data_bed_splice_junctions["long_label"] - else: - self.long_label = self.name_bed_splice_junctions - sortedBedFile = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".sortedBed") - - # Sort processing - subtools.sort(self.input_bed_splice_junctions_false_path, sortedBedFile.name) - - # bedToBigBed processing - # TODO: Change the name of the bb, to tool + genome + .bb - trackName = "".join( ( self.name_bed_splice_junctions, '.bb' ) ) - myBigBedFilePath = os.path.join(self.myTrackFolderPath, trackName) - - auto_sql_option = os.path.join(self.tool_directory, 'spliceJunctions.as') - - with open(myBigBedFilePath, 'w') as bigBedFile: - subtools.bedToBigBed(sortedBedFile.name, - self.chromSizesFile.name, - bigBedFile.name, - typeOption='bed12+1', - autoSql=auto_sql_option, - extraIndex='name' - ) - - # Create the Track Object - self.createTrack(file_path=trackName, - track_name=trackName, - long_label=self.long_label, track_type='bigBed 12 +', visibility='dense', - priority=self.priority, - track_file=myBigBedFilePath, - track_color=self.track_color, - group_name=self.group_name, - database=self.database) - - # dataURL = "tracks/%s" % trackName - # - # trackDb = TrackDb( - # trackName=trackName, - # longLabel=self.name_bed_simple_repeats, - # shortLabel=self.getShortName( self.name_bed_simple_repeats ), - # trackDataURL=dataURL, - # trackType='bigBed 4 +', - # visibility='dense', - # priority=self.priority, - # ) - # - # self.track = Track( - # trackFile=myBigBedFilePath, - # trackDb=trackDb, - # ) - - print("- Bed splice junctions %s created" % self.name_bed_splice_junctions) - #print("- %s created in %s" % (trackName, myBigBedFilePath))
--- a/BigBed.py Mon Jul 10 17:08:38 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,81 +0,0 @@ -#!/usr/bin/python - -import os -import shutil -from subprocess import Popen, PIPE -import re - -# Internal dependencies -from Datatype import Datatype - -class BigBed(Datatype): - """ Configurations for creating the bigBed evidence track """ - - def __init__(self, input_bigbed_path, data_bigbed): - super(BigBed, self).__init__() - - self.track = None - - self.input_bigbed_path = input_bigbed_path - self.name_bigbed = data_bigbed["name"] - self.priority = data_bigbed["order_index"] - self.track_color = data_bigbed["track_color"] - self.group_name = data_bigbed["group_name"] - self.database = data_bigbed["database"] - - track_name = "".join((self.name_bigbed, ".bigbed")) - if data_bigbed["long_label"]: - self.long_label = data_bigbed["long_label"] - else: - self.long_label = self.name_bigbed - - bigbed_file_path = os.path.join(self.myTrackFolderPath, track_name) - - track_type = self.determine_track_type(input_bigbed_path) - - shutil.copy(self.input_bigbed_path, bigbed_file_path) - - # Create the Track Object - self.createTrack(file_path=track_name, - track_name=track_name, - long_label=self.long_label, - track_type=track_type, - visibility='hide', - priority=self.priority, - track_file=bigbed_file_path, - track_color=self.track_color, - group_name=self.group_name, - database=self.database) - - print "- BigBed %s created" % self.name_bigbed - - - def determine_track_type(self, bb_file): - """ - Determine the number of standard and extra fields using bigBedSummary - - Implementation of reading from stdout is based on a Stackoverflow post: - http://stackoverflow.com/questions/2715847/python-read-streaming-input-from-subprocess-communicate - - :param bb_file: path to a bigBed file - - :returns: the bigBed track type - """ - - cmd_ph = Popen(["bigBedSummary", "-fields", bb_file, "stdout"], - stdout=PIPE, bufsize=1) - - pattern = r"(\d+) bed definition fields, (\d+) total fields" - - with cmd_ph.stdout: - for line in iter(cmd_ph.stdout.readline, b''): - match = re.match(pattern, line) - - if match: - extra_mark = "." if match.group(1) == match.group(2) else "+" - bed_type = "bigBed %s %s" % (match.group(1), extra_mark) - break - - cmd_ph.wait() - - return bed_type
--- a/BigWig.py Mon Jul 10 17:08:38 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,76 +0,0 @@ -#!/usr/bin/python - -import os -import shutil -from subprocess import Popen, PIPE -import re - -# Internal dependencies -from Datatype import Datatype -from Track import Track -from TrackDb import TrackDb - - -class BigWig( Datatype ): - def __init__(self, input_bigwig_path, data_bigwig): - super(BigWig, self).__init__() - - self.track = None - - self.input_bigwig_path = input_bigwig_path - self.name_bigwig = data_bigwig["name"] - self.priority = data_bigwig["order_index"] - self.track_color = data_bigwig["track_color"] - # TODO: Think about how to avoid repetition of the group_name everywhere - self.group_name = data_bigwig["group_name"] - self.database = data_bigwig["database"] - if data_bigwig["long_label"]: - self.long_label = data_bigwig["long_label"] - else: - self.long_label = self.name_bigwig - #print "Creating TrackHub BigWig from (falsePath: %s; name: %s)" % ( self.input_bigwig_path, self.name_bigwig ) - - trackName = "".join( ( self.name_bigwig, ".bigwig" ) ) - - myBigWigFilePath = os.path.join(self.myTrackFolderPath, trackName) - shutil.copy(self.input_bigwig_path, myBigWigFilePath) - - # Create the Track Object - self.createTrack(file_path=trackName, - track_name=trackName, - long_label=self.long_label, - track_type=self.determine_track_type(myBigWigFilePath), - visibility='full', - priority=self.priority, - track_file=myBigWigFilePath, - track_color=self.track_color, - group_name=self.group_name, - database = self.database) - - print("- BigWig %s created" % self.name_bigwig) - #print("- %s created in %s" % (trackName, myBigWigFilePath)) - - def determine_track_type(self, bw_file): - """ - bigWig tracks must declare the expected signal range for the data - (See https://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/trackDb/trackDbHub.html). - This method determines the range of values for a bigWig file using - the bigWigInfo program. - - Implementation of reading from stdout is based on a Stackoverflow post: - http://stackoverflow.com/questions/2715847/python-read-streaming-input-from-subprocess-communicate - - :param bw_file: path to a bigWig file - - :returns: the bigWig track type - """ - cmd_ph = Popen(["bigWigInfo", "-minMax", bw_file], - stdout=PIPE, bufsize=1) - - with cmd_ph.stdout: - for line in iter(cmd_ph.stdout.readline, b''): - bw_type = "bigWig %s" % line.rstrip() - - cmd_ph.wait() - - return bw_type
--- a/Datatype.py Mon Jul 10 17:08:38 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,118 +0,0 @@ -#!/usr/bin/python -# -*- coding: utf8 -*- - -""" -Super Class of the managed datatype -""" - -import os -import tempfile - -from util import subtools -from Track import Track -from TrackDb import TrackDb - - -class Datatype(object): - - twoBitFile = None - - input_fasta_file = None - extra_files_path = None - tool_directory = None - - mySpecieFolderPath = None - myTrackFolderPath = None - - twoBitFile = None - chromSizesFile = None - - track = None - - def __init__(self): - - not_init_message = "The {0} is not initialized." \ - "Did you use pre_init static method first?" - if Datatype.input_fasta_file is None: - raise TypeError(not_init_message.format('reference genome')) - if Datatype.extra_files_path is None: - raise TypeError(not_init_message.format('track Hub path')) - if Datatype.tool_directory is None: - raise TypeError(not_init_message.format('tool directory')) - - @staticmethod - def pre_init(reference_genome, two_bit_path, chrom_sizes_file, - extra_files_path, tool_directory, specie_folder, tracks_folder): - Datatype.extra_files_path = extra_files_path - Datatype.tool_directory = tool_directory - - # TODO: All this should be in TrackHub and not in Datatype - Datatype.mySpecieFolderPath = specie_folder - Datatype.myTrackFolderPath = tracks_folder - - Datatype.input_fasta_file = reference_genome - - # 2bit file creation from input fasta - Datatype.twoBitFile = two_bit_path - Datatype.chromSizesFile = chrom_sizes_file - - @staticmethod - def get_largest_scaffold_name(self): - # We can get the biggest scaffold here, with chromSizesFile - with open(Datatype.chromSizesFile.name, 'r') as chrom_sizes: - # TODO: Check if exists - return chrom_sizes.readline().split()[0] - - # TODO: Rename for PEP8 - def getShortName( self, name_to_shortify ): - # Slice to get from Long label the short label - short_label_slice = slice(0, 17) - - return name_to_shortify[short_label_slice] - - # TODO: Better handle parameters, use heritance mecanism - # TODO: Use default parameters for some, like visibility - def createTrack(self, - file_path=None, - track_name=None, long_label=None, thick_draw_item='off', - short_label=None, track_type=None, visibility=None, priority=None, - track_file=None, track_color='#000000', group_name="Default", database=""): - - # TODO: Remove the hardcoded "tracks" by the value used as variable from myTrackFolderPath - data_url = "tracks/%s" % file_path - - if not short_label: - short_label = self.getShortName(long_label) - - # Replace '_' by ' ', to invert the sanitization mecanism - # TODO: Find a better way to manage the sanitization of file path - long_label = long_label.replace("_", " ") - short_label = short_label.replace("_", " ") - - #TODO: Check if rgb or hexa - # Convert hexa to rgb array - hexa_without_sharp = track_color.lstrip('#') - rgb_array = [int(hexa_without_sharp[i:i+2], 16) for i in (0, 2, 4)] - rgb_ucsc = ','.join(map(str, rgb_array)) - - #sanitize the track_name - sanitized_name = subtools.fixName(track_name) - track_db = TrackDb( - trackName=sanitized_name, - longLabel=long_label, - shortLabel=short_label, - trackDataURL=data_url, - trackType=track_type, - visibility=visibility, - thickDrawItem=thick_draw_item, - priority=priority, - track_color=rgb_ucsc, - group_name=group_name, - database=database - ) - - # Return the Bam Track Object - self.track = Track( - trackFile=track_file, - trackDb=track_db, - )
--- a/Gff3.py Mon Jul 10 17:08:38 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,73 +0,0 @@ -#!/usr/bin/python - -import os -import tempfile - -# Internal dependencies -from Datatype import Datatype -from Track import Track -from TrackDb import TrackDb -from util import subtools - - -class Gff3( Datatype ): - def __init__(self, input_Gff3_false_path, data_gff3): - super( Gff3, self ).__init__() - - self.track = None - - self.input_Gff3_false_path = input_Gff3_false_path - self.name_gff3 = data_gff3["name"] - self.priority = data_gff3["order_index"] - self.track_color = data_gff3["track_color"] - # TODO: Think about how to avoid repetition of the group_name everywhere - self.group_name = data_gff3["group_name"] - self.database = data_gff3["database"] - if data_gff3["long_label"]: - self.long_label = data_gff3["long_label"] - else: - self.long_label = self.name_gff3 - # TODO: See if we need these temporary files as part of the generated files - unsorted_genePred_file = tempfile.NamedTemporaryFile(bufsize=0, suffix=".genePred") - unsorted_bigGenePred_file = tempfile.NamedTemporaryFile(bufsize=0, suffix=".unsorted.bigGenePred") - sorted_biGenePred_file = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".sorted.bigGenePred") - - # gff3ToGenePred processing - subtools.gff3ToGenePred(self.input_Gff3_false_path, unsorted_genePred_file.name) - - # genePredToBigGenePred - subtools.genePredToBigGenePred(unsorted_genePred_file.name, unsorted_bigGenePred_file.name) - - # Sort processing - subtools.sort(unsorted_bigGenePred_file.name, sorted_biGenePred_file.name) - - # TODO: Check if no errors - - # bedToBigBed processing - trackName = "".join( (self.name_gff3, ".bb" ) ) - - auto_sql_option = os.path.join(self.tool_directory, 'bigGenePred.as') - - myBigBedFilePath = os.path.join(self.myTrackFolderPath, trackName) - - with open(myBigBedFilePath, 'w') as bigBedFile: - subtools.bedToBigBed(sorted_biGenePred_file.name, - self.chromSizesFile.name, - bigBedFile.name, - autoSql=auto_sql_option, - typeOption='bed12+8', - tab=True, - extraIndex='name') - - # Create the Track Object - self.createTrack(file_path=trackName, - track_name=trackName, - long_label=self.long_label, - track_type='bigGenePred', visibility='dense', - priority=self.priority, - track_file=myBigBedFilePath, - track_color=self.track_color, - group_name=self.group_name, - database=self.database) - - print("- Gff3 %s created" % self.name_gff3)
--- a/Gtf.py Mon Jul 10 17:08:38 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,162 +0,0 @@ -#!/usr/bin/python - -import os -import tempfile - -# Internal dependencies -from Datatype import Datatype -from util import subtools - -class InfoModifiedGtf(): - def __init__(self, is_modified=False, array_modified_lines=[]): - self.is_modified = is_modified - self.array_modified_lines = array_modified_lines - - def get_str_modified_lines(self): - return ','.join(map(str, self.array_modified_lines)) - -class Gtf( Datatype ): - def __init__( self, input_gtf_false_path, data_gtf): - - super(Gtf, self).__init__() - - self.track = None - - self.input_gtf_false_path = input_gtf_false_path - self.name_gtf = data_gtf["name"] - self.priority = data_gtf["order_index"] - self.track_color = data_gtf["track_color"] - # TODO: Think about how to avoid repetition of the group_name everywhere - self.group_name = data_gtf["group_name"] - self.database = data_gtf["database"] - if data_gtf["long_label"]: - self.long_label = data_gtf["long_label"] - else: - self.long_label = self.name_gtf - #print "Creating TrackHub GTF from (falsePath: %s; name: %s)" % ( self.input_gtf_false_path, self.name_gtf) - - # TODO: See if we need these temporary files as part of the generated files - genePredFile = tempfile.NamedTemporaryFile(bufsize=0, suffix=".genePred") - unsorted_bigGenePred_file = tempfile.NamedTemporaryFile(bufsize=0, suffix=".unsorted.bigGenePred") - sorted_bigGenePred_file = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".sortedBed.bigGenePred") - - # GtfToGenePred - ## Checking the integrity of the inputs - modified_gtf = self._checkAndFixGtf() - - ## Processing the gtf - subtools.gtfToGenePred(self.input_gtf_false_path, genePredFile.name) - - # TODO: From there, refactor because common use with Gff3.py - # genePredToBigGenePred processing - subtools.genePredToBigGenePred(genePredFile.name, unsorted_bigGenePred_file.name) - - # Sort processing - subtools.sort(unsorted_bigGenePred_file.name, sorted_bigGenePred_file.name) - - # bedToBigBed processing - trackName = "".join( ( self.name_gtf, ".bb") ) - - auto_sql_option = os.path.join(self.tool_directory, 'bigGenePred.as') - - myBigBedFilePath = os.path.join(self.myTrackFolderPath, trackName) - - with open(myBigBedFilePath, 'w') as bigBedFile: - subtools.bedToBigBed(sorted_bigGenePred_file.name, - self.chromSizesFile.name, - bigBedFile.name, - autoSql=auto_sql_option, - typeOption='bed12+8', - tab=True, - extraIndex='name') - - - # Create the Track Object - self.createTrack(file_path=trackName, - track_name=trackName, - long_label=self.long_label, track_type='bigGenePred', - visibility='dense', priority=self.priority, - track_file=myBigBedFilePath, - track_color=self.track_color, - group_name=self.group_name, - database=self.database) - - # TODO: Use Logging instead of print - if modified_gtf.is_modified: - print("- Warning: Gtf %s created with a modified version of your Gtf because of start/end coordinates issues." - % self.name_gtf) - print("Here are the lines removed: " + modified_gtf.get_str_modified_lines()) - else: - print("- Gtf %s created" % self.name_gtf) - - def _checkAndFixGtf(self): - """ - Call _checkAndFixGtf, check the integrity of gtf file, - if coordinates exceed chromosome size, either removed the whole line(s) or truncated to the end of the scaffold - depending on the user choice - default: remove the whole line(s) - """ - # Set the boolean telling if we had to modify the file - modified_gtf = InfoModifiedGtf() - - # Create a temp gtf just in case we have issues - temp_gtf = tempfile.NamedTemporaryFile(bufsize=0, suffix=".gtf", delete=False) - - # TODO: Get the user choice and use it - # TODO: Check if the start > 0 and the end <= chromosome size - # Get the chrom.sizes into a dictionary to have a faster access - # TODO: Think about doing this in Datatype.py, so everywhere we have access to this read-only dictionary - dict_chrom_sizes = {} - with open(self.chromSizesFile.name, 'r') as chromSizes: - lines = chromSizes.readlines() - for line in lines: - fields = line.split() - # fields[1] should be the name of the scaffold - # fields[2] should be the size of the scaffold - # TODO: Ensure this is true for all lines - dict_chrom_sizes[fields[0]] = fields[1] - - # Parse the GTF and check each line using the chrom sizes dictionary - with open(temp_gtf.name, 'a+') as tmp: - with open(self.input_gtf_false_path, 'r') as gtf: - lines = gtf.readlines() - for index, line in enumerate(lines): - # If this is not a comment, we check the fields - if not line.startswith('#'): - fields = line.split() - # We are interested in fields[0] => Seqname (scaffold) - # We are interested in fields[3] => Start of the scaffold - # We are interested in fields[4] => End of the scaffold - scaffold_size = dict_chrom_sizes[fields[0]] - start_position = fields[3] - end_position = fields[4] - - if start_position > 0 and end_position <= scaffold_size: - # We are good, so we copy this line - tmp.write(line) - tmp.write(os.linesep) - - - # The sequence is not good, we are going to process it regarding the user choice - # TODO: Process the user choice - # By default, we are assuming the user choice is to remove the lines: We don't copy it - - # If we are here, it means the gtf has been modified - else: - # We save the line for the feedback to the user - modified_gtf.array_modified_lines.append(index + 1) - - if modified_gtf.is_modified is False: - modified_gtf.is_modified = True - else: - pass - else: - tmp.write(line) - tmp.write(os.linesep) - - # Once the process it completed, we just replace the path of the gtf - self.input_gtf_false_path = temp_gtf.name - - # TODO: Manage the issue with the fact the dataset is going to still exist on the disk because of delete=False - - return modified_gtf
--- a/Psl.py Mon Jul 10 17:08:38 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,66 +0,0 @@ -import logging -import os -import tempfile - -# Internal dependencies -from Datatype import Datatype -from util import subtools - - -class Psl(Datatype): - def __init__(self, input_psl_path, data_psl): - super(Psl, self).__init__() - - self.track = None - - self.input_psl_path = input_psl_path - self.name_psl = data_psl["name"] - self.priority = data_psl["order_index"] - self.track_color = data_psl["track_color"] - # TODO: Think about how to avoid repetition of the group_name everywhere - self.group_name = data_psl["group_name"] - self.database = data_psl["database"] - if data_psl["long_label"]: - self.long_label = data_psl["long_label"] - else: - self.long_label = self.name_psl - # Temporary files - unsorted_bed_formatted_psl_file = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix='.psl') - sorted_bed_formatted_psl_file = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix='psl') - - # Get the bed12+12 with pslToBigPsl - subtools.pslToBigPsl(input_psl_path, unsorted_bed_formatted_psl_file.name) - - # Sort the formatted psl into sorted_bed_formatted_psl_file - subtools.sort(unsorted_bed_formatted_psl_file.name, sorted_bed_formatted_psl_file.name) - - # Get the binary indexed bigPsl with bedToBigBed - trackName = "".join((self.name_psl, ".bb")) - - auto_sql_option = os.path.join(self.tool_directory, 'bigPsl.as') - - my_big_psl_file_path = os.path.join(self.myTrackFolderPath, trackName) - - logging.debug("Hello") - - with open(my_big_psl_file_path, 'w') as big_psl_file: - subtools.bedToBigBed(sorted_bed_formatted_psl_file.name, - self.chromSizesFile.name, - big_psl_file.name, - autoSql=auto_sql_option, - typeOption='bed12+12', - tab=True, - extraIndex='name') - - # Create the Track Object - self.createTrack(file_path=trackName, - track_name=trackName, - long_label=self.long_label, - track_type='bigPsl', visibility='dense', - priority=self.priority, - track_file=my_big_psl_file_path, - track_color=self.track_color, - group_name=self.group_name, - database=self.database) - - print("- BigPsl %s created" % self.name_psl) \ No newline at end of file
--- a/Track.py Mon Jul 10 17:08:38 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,10 +0,0 @@ -#!/usr/bin/python - -# TODO: Is this still useful? -class Track(object): - """Class to manage the track informations needed for Track Hub, in the TrackDb text file""" - - def __init__(self, trackFile=None, trackDb=None): - self.trackFile = trackFile - - self.trackDb = trackDb
--- a/TrackDb.py Mon Jul 10 17:08:38 2017 -0400 +++ b/TrackDb.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -1,21 +1,80 @@ #!/usr/bin/python +import collections +from util import santitizer class TrackDb(object): """docstring for TrackDb""" + def __init__(self, trackName="", longLabel="", shortLabel="", trackDataURL="", trackType="", extraSettings=None): + #super(TrackDb, self).__init__() + not_init_message = "The {0} is not initialized." + if trackName is None: + raise TypeError(not_init_message.format('trackName')) + if longLabel is None: + raise TypeError(not_init_message.format('longLabel')) + if trackType is None: + raise TypeError(not_init_message.format('trackType')) + if trackDataURL is None: + raise TypeError(not_init_message.format('trackDataURL')) + + self.createTrackDb(trackName, longLabel, shortLabel, trackDataURL, trackType, extraSettings) - def __init__(self, trackName="", longLabel="", shortLabel="", trackDataURL="", trackType="", visibility="", - thickDrawItem='off', priority="0", track_color="#000000", group_name="Default", database=""): - super(TrackDb, self).__init__() + def createTrackDb(self, track_name, long_label, short_label, file_path, track_type, extraSettings = None): + + # TODO: Remove the hardcoded "tracks" by the value used as variable from myTrackFolderPath + data_url = "tracks/%s" % track_name + if not short_label: + short_label = TrackDb.getShortName(long_label) + # Replace '_' by ' ', to invert the sanitization mecanism + # TODO: Find a better way to manage the sanitization of file path + long_label = long_label.replace("_", " ") + short_label = short_label.replace("_", " ") + + #sanitize the track_name + sanitized_name = santitizer.prefixTrackName(track_name) - self.trackName = trackName - self.longLabel = longLabel - self.shortLabel = shortLabel - self.trackDataURL = trackDataURL - self.trackType = trackType - self.visibility = visibility - self.thickDrawItem = thickDrawItem - self.priority = priority - self.track_color = track_color - self.group_name = group_name - self.database = database - \ No newline at end of file + self.track_db = collections.OrderedDict([("track",sanitized_name), + ("type",track_type), + ("shortLabel",short_label), + ("longLabel",long_label), + ("bigDataUrl",data_url)] + ) + + + TrackDb.prepareExtraSetting(extraSettings) + self.track_db.update(extraSettings) + #print self.track_db + + # TODO: Rename for PEP8 + @staticmethod + def getShortName(name_to_shortify): + # Slice to get from Long label the short label + short_label_slice = slice(0, 17) + return name_to_shortify[short_label_slice] + + @staticmethod + def getRgb(track_color): + #TODO: Check if rgb or hexa + # Convert hexa to rgb array + hexa_without_sharp = track_color.lstrip('#') + rgb_array = [int(hexa_without_sharp[i:i+2], 16) for i in (0, 2, 4)] + rgb_ucsc = ','.join(map(str, rgb_array)) + return rgb_ucsc + + @staticmethod + def prepareExtraSetting(extraSettings): + if not extraSettings: + extraSettings = collections.OrderedDict() + if not "color" in extraSettings: + extraSettings["color"] = "#000000" + extraSettings["color"] = TrackDb.getRgb(extraSettings["color"]) + if not "group" in extraSettings or not extraSettings["group"]: + extraSettings["group"] = "Default group" + if not "thickDrawItem" in extraSettings: + extraSettings["thickDrawItem"] = "off" + + def get(self, item_name): + if item_name in self.track_db: + return self.track_db[item_name] + return None + + \ No newline at end of file
--- a/TrackHub.py Mon Jul 10 17:08:38 2017 -0400 +++ b/TrackHub.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -6,12 +6,14 @@ import tempfile import shutil import zipfile +from mako.lookup import TemplateLookup # Internal dependencies -from Datatype import Datatype +from datatypes.Datatype import Datatype from util import subtools +from util import santitizer -from mako.lookup import TemplateLookup + class TrackHub(object): @@ -19,7 +21,6 @@ def __init__(self, inputFastaFile, user_email, outputFile, extra_files_path, tool_directory): super(TrackHub, self).__init__() - self.rootAssemblyHub = None self.mySpecieFolderPath = None @@ -68,7 +69,7 @@ Datatype.pre_init(self.reference_genome, self.two_bit_final_path, self.chromSizesFile, self.extra_files_path, self.tool_directory, self.mySpecieFolderPath, self.myTracksFolderPath) - + ''' def createZip(self): for root, dirs, files in os.walk(self.rootAssemblyHub): # Get all files and construct the dir at the same time @@ -76,29 +77,30 @@ self.outputZip.write(os.path.join(root, file)) self.outputZip.close() - + ''' def addTrack(self, trackDbObject=None): # Create the trackDb.txt file in the specie folder, if not exists # Else append the new track # TODO: Get this out of the function trackDbTxtFilePath = os.path.join(self.mySpecieFolderPath, 'trackDb.txt') - # Append to trackDbTxtFilePath the trackDbTemplate populate with the newTrack object with open(trackDbTxtFilePath, 'a+') as trackDbFile: + group_name = trackDbObject["group"] + trackDbObject["group"] = santitizer.sanitize_group_name(trackDbObject["group"]) trackDbs = [trackDbObject] - # TODO: The addGroup does not belong here. Move it when the group becomes more than just a label # Add the group as well, if exists in trackDbObject - self.addGroup(trackDbObject.group_name) + self.addGroup(group_name) htmlMakoRendered = self.trackDbTemplate.render( trackDbs=trackDbs ) trackDbFile.write(htmlMakoRendered) - logging.debug("We just added track {0} (in group {1})".format(trackDbObject.trackName, - trackDbObject.group_name.lower().replace(' ', '_'))) - + #logging.debug("We just added track {0} (in group {1})".format(trackDbObject.trackName, + # trackDbObject.group_name.lower().replace(' ', '_'))) + logging.debug("We just added track {0} (in group {1})".format(trackDbObject.get("track"), + trackDbObject.get("group").lower().replace(' ', '_'))) def addGroup(self, group_name="Default"): # If not already present in self.groups, add to groups.txt # Create the trackDb.txt file in the specie folder, if not exists @@ -168,6 +170,7 @@ ) htmlOutput.write(htmlMakoRendered) + def __createAssemblyHub__(self, extra_files_path): # Get all necessaries infos first # 2bit file creation from input fasta
--- a/bigPsl.py Mon Jul 10 17:08:38 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,79 +0,0 @@ -#!/usr/bin/python - -import os -import tempfile -import string - -from Datatype import Datatype -from Track import Track -from TrackDb import TrackDb -from util import subtools - - -class bigPsl( Datatype ): - def __init__(self, input_bigpsl_false_path, data_bigpsl): - - super(bigPsl, self).__init__() - - self.input_bigpsl_false_path = input_bigpsl_false_path - self.name_bigpsl = data_bigpsl["name"] - self.priority = data_bigpsl["order_index"] - self.track_color = data_bigpsl["track_color"] - # TODO: Think about how to avoid repetition of the group_name everywhere - self.group_name = data_bigpsl["group_name"] - self.database = data_bigpsl["database"] - if data_bigpsl["long_label"]: - self.long_label = data_bigpsl["long_label"] - else: - self.long_label = self.name_bigpsl - #sortedBedFile = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".sortedBed") - - # Sort processing - #subtools.sort(self.input_bigpsl_false_path, sortedBedFile.name) - - # bedToBigBed processing - # TODO: Change the name of the bb, to tool + genome + .bb - trackName = "".join( ( self.name_bigpsl, '.bb' ) ) - - myBigBedFilePath = os.path.join(self.myTrackFolderPath, trackName) - - auto_sql_option = os.path.join(self.tool_directory, 'bigPsl.as') - - with open(myBigBedFilePath, 'w') as bigBedFile: - subtools.bedToBigBed(self.input_bigpsl_false_path, - self.chromSizesFile.name, - bigBedFile.name, - typeOption='bed12+12', - tab='True', - autoSql=auto_sql_option, - extraIndex='name') - - self.createTrack(file_path=trackName, - track_name=trackName, - long_label=self.long_label, track_type='bigPsl', visibility='dense', - priority=self.priority, - track_file=myBigBedFilePath, - track_color=self.track_color, - group_name=self.group_name, - database=self.database) - - - # dataURL = "tracks/%s" % trackName - # - # trackDb = TrackDb( - # trackName=trackName, - # longLabel=self.name_bed_simple_repeats, - # shortLabel=self.getShortName( self.name_bed_simple_repeats ), - # trackDataURL=dataURL, - # trackType='bigBed 4 +', - # visibility='dense', - # priority=self.priority, - # ) - # - # self.track = Track( - # trackFile=myBigBedFilePath, - # trackDb=trackDb, - # ) - - print("- bigPsl %s created" % self.name_bigpsl) - #print("- %s created in %s" % (trackName, myBigBedFilePath))
--- a/cytoBand.py Mon Jul 10 17:08:38 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,78 +0,0 @@ -#!/usr/bin/python - -import os -import tempfile - -from Datatype import Datatype -from Track import Track -from TrackDb import TrackDb -from util import subtools - - -class cytoBand( Datatype ): - def __init__(self, input_bed_cytoBand_false_path, data_bed_cytoBand): - - super(cytoBand, self).__init__() - - self.input_bed_cytoBand_false_path = input_bed_cytoBand_false_path - self.name_bed_cytoBand = data_bed_cytoBand["name"] - self.priority = data_bed_cytoBand["order_index"] - self.track_color = data_bed_cytoBand["track_color"] - # TODO: Think about how to avoid repetition of the group_name everywhere - self.group_name = data_bed_cytoBand["group_name"] - self.database = data_bed_cytoBand["database"] - if data_bed_cytoBand["long_label"]: - self.long_label = data_bed_cytoBand["long_label"] - else: - self.long_label = self.name_bed_cytoBand - sortedBedFile = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".sortedBed") - - # Sort processing - subtools.sort(self.input_bed_cytoBand_false_path, sortedBedFile.name) - - # bedToBigBed processing - # TODO: Change the name of the bb, to tool + genome + .bb - trackName = "".join( ( self.name_bed_cytoBand, '.bb' ) ) - myBigBedFilePath = os.path.join(self.myTrackFolderPath, trackName) - - auto_sql_option = os.path.join(self.tool_directory, 'cytoBandIdeo.as') - - with open(myBigBedFilePath, 'w') as bigBedFile: - subtools.bedToBigBed(sortedBedFile.name, - self.chromSizesFile.name, - bigBedFile.name, - typeOption='bed4+1', - tab='True', - autoSql=auto_sql_option) - - # Create the Track Object - self.createTrack(file_path=trackName, - track_name='cytoBandIdeo', - long_label=self.long_label, - track_type='bigBed', - visibility='dense', - priority=self.priority, - track_file=myBigBedFilePath, - track_color=self.track_color, - group_name=self.group_name, - database=self.database) - - # dataURL = "tracks/%s" % trackName - # - # trackDb = TrackDb( - # trackName=trackName, - # longLabel=self.name_bed_simple_repeats, - # shortLabel=self.getShortName( self.name_bed_simple_repeats ), - # trackDataURL=dataURL, - # trackType='bigBed 4 +', - # visibility='dense', - # priority=self.priority, - # ) - # - # self.track = Track( - # trackFile=myBigBedFilePath, - # trackDb=trackDb, - # ) - - print("- Bed splice junctions %s created" % self.name_bed_cytoBand) - #print("- %s created in %s" % (trackName, myBigBedFilePath))
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/Datatype.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,98 @@ +#!/usr/bin/python +# -*- coding: utf8 -*- + +""" +Super Class of the managed datatype +""" + +import os +import tempfile +import collections +import util +import logging +import abc +from abc import ABCMeta +from TrackDb import TrackDb +from datatypes.validators.DataValidation import DataValidation + + +class Datatype(object): + __metaclass__ = ABCMeta + + twoBitFile = None + chromSizesFile = None + input_fasta_file = None + extra_files_path = None + tool_directory = None + + mySpecieFolderPath = None + myTrackFolderPath = None + + + def __init__(self): + not_init_message = "The {0} is not initialized." \ + "Did you use pre_init static method first?" + if Datatype.input_fasta_file is None: + raise TypeError(not_init_message.format('reference genome')) + if Datatype.extra_files_path is None: + raise TypeError(not_init_message.format('track Hub path')) + if Datatype.tool_directory is None: + raise TypeError(not_init_message.format('tool directory')) + self.inputFile = None + self.trackType = None + self.dataType = None + self.track = None + self.trackSettings = dict() + self.extraSettings = collections.OrderedDict() + + @staticmethod + def pre_init(reference_genome, two_bit_path, chrom_sizes_file, + extra_files_path, tool_directory, specie_folder, tracks_folder): + Datatype.extra_files_path = extra_files_path + Datatype.tool_directory = tool_directory + + # TODO: All this should be in TrackHub and not in Datatype + Datatype.mySpecieFolderPath = specie_folder + Datatype.myTrackFolderPath = tracks_folder + + Datatype.input_fasta_file = reference_genome + + # 2bit file creation from input fasta + Datatype.twoBitFile = two_bit_path + Datatype.chromSizesFile = chrom_sizes_file + + def generateCustomTrack(self): + self.validateData() + self.initSettings() + #Create the track file + self.createTrack() + # Create the TrackDb Object + self.createTrackDb() + logging.debug("- %s %s created", self.dataType, self.trackName) + + + @abc.abstractmethod + def validateData(self): + """validate the input data with DataValidation""" + + def initSettings(self): + #Initialize required fields: trackName, longLabel, shortLable + self.trackName = self.trackSettings["name"] + if self.trackSettings["long_label"]: + self.longLabel = self.trackSettings["long_label"] + else: + self.longLabel = self.trackName + if not "short_label" in self.trackSettings: + self.shortLabel = "" + else: + self.shortLabel = self.trackSettings["short_label"] + self.trackDataURL = os.path.join(self.myTrackFolderPath, self.trackName) + + + @abc.abstractmethod + def createTrack(self): + """Create the final track file""" + + def createTrackDb(self): + self.track = TrackDb(self.trackName, self.longLabel, self.shortLabel, self.trackDataURL, self.trackType, self.extraSettings) +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/binary/Bam.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,53 @@ +#!/usr/bin/python +# -*- coding: utf8 -*- + +""" +Class to handle Bam files to UCSC TrackHub +""" + +import logging +import os +import shutil + +from Binary import Binary +from datatypes.validators.DataValidation import DataValidation + + + +class Bam(Binary): + def __init__(self, input_bam_false_path, data_bam): + super(Bam, self).__init__() + self.inputFile = input_bam_false_path + self.trackSettings = data_bam + self.dataType = "bam" + self.trackType = "bam" + + + def initSettings(self): + super(Bam, self).initSettings() + if ".bam" not in self.trackName: + self.trackName = self.trackName + ".bam" + self.trackDataURL = os.path.join(self.myTrackFolderPath, self.trackName) + if "track_color" in self.trackSettings: + self.extraSettings["color"] = self.trackSettings["track_color"] + if "group_name" in self.trackSettings: + self.extraSettings["group"] = self.trackSettings["group_name"] + self.extraSettings["visibility"] = "pack" + self.extraSettings["priority"] = self.trackSettings["order_index"] + + def validateData(self): + self.validator = DataValidation(self.inputFile, self.dataType, self.chromSizesFile.name) + self.validator.validate() + + def createTrack(self): + super(Bam, self).createTrack() + self._moveBamIndex() + + def _moveBamIndex(self): + # Create and add the bam index file to the same folder + self.index_bam = self.trackSettings["index"] + name_index_bam = self.trackName + ".bai" + bam_index_file_path = os.path.join(self.myTrackFolderPath, name_index_bam) + shutil.copyfile(self.index_bam, bam_index_file_path) + +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/binary/BigBed.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,83 @@ +#!/usr/bin/python + +import os +import shutil +from subprocess import Popen, PIPE +import re +import logging + +# Internal dependencies +from Binary import Binary +from datatypes.validators.DataValidation import DataValidation +from util.index.DatabaseIndex import DatabaseIndex +from util.index.TrixIndex import TrixIndex + + +class BigBed(Binary): + def __init__(self, input_bigbed_path, data_bigbed): + super(BigBed, self).__init__() + self.inputFile = input_bigbed_path + self.trackSettings = data_bigbed + self.trackType = self._determine_track_type(self.inputFile) + self.dataType = self.trackType.replace(' ', '') + self.seqType = None + self.logger = logging.getLogger(__name__) + + def initSettings(self): + super(BigBed, self).initSettings() + self.trackName = "".join( ( self.trackName, ".bigbed" ) ) + self.trackDataURL = os.path.join(self.myTrackFolderPath, self.trackName) + if "track_color" in self.trackSettings: + self.extraSettings["color"] = self.trackSettings["track_color"] + if "group_name" in self.trackSettings: + self.extraSettings["group"] = self.trackSettings["group_name"] + self.extraSettings["visibility"] = "dense" + self.extraSettings["priority"] = self.trackSettings["order_index"] + if "database" in self.trackSettings: + self.database_settings = DatabaseIndex(database=self.trackSettings["database"], seqType=self.seqType).setExtLink() + self.extraSettings.update(self.database_settings) + if "index_ix" in self.trackSettings and "index_ixx" in self.trackSettings: + self.trix_id = self.trackSettings.get("trix_id") + if not self.trix_id: + self.logger.info("Didn't specify the ID for Trix index for BigBed file: %s. \n Will use \"name\" as default", self.trackName) + self.trix_id = "name" + self.trix_settings = TrixIndex(indexIx=self.trackSettings["index_ix"], indexIxx=self.trackSettings["index_ixx"], trackName=self.trackName, mySpecieFolderPath=self.mySpecieFolderPath, trixId=self.trix_id).setExtLink() + self.extraSettings.update(self.trix_settings) + + def validateData(self): + self.validator = DataValidation(self.inputFile, self.dataType, self.chromSizesFile.name) + self.validator.validate() + + + def getValidateType(self): + return self._determine_track_type(self.inputFile) + + def _determine_track_type(self, bb_file): + """ + Determine the number of standard and extra fields using bigBedSummary + + Implementation of reading from stdout is based on a Stackoverflow post: + http://stackoverflow.com/questions/2715847/python-read-streaming-input-from-subprocess-communicate + + :param bb_file: path to a bigBed file + + :returns: the bigBed track type + """ + + cmd_ph = Popen(["bigBedSummary", "-fields", bb_file, "stdout"], + stdout=PIPE, bufsize=1) + + pattern = r"(\d+) bed definition fields, (\d+) total fields" + + with cmd_ph.stdout: + for line in iter(cmd_ph.stdout.readline, b''): + match = re.match(pattern, line) + + if match: + extra_mark = "." if match.group(1) == match.group(2) else "+" + bed_type = "bigBed %s %s" % (match.group(1), extra_mark) + break + + cmd_ph.wait() + + return bed_type
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/binary/BigWig.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,65 @@ +#!/usr/bin/python + +import os +import shutil +from subprocess import Popen, PIPE +import re + +# Internal dependencies +from Binary import Binary +from datatypes.validators.DataValidation import DataValidation + + + +class BigWig(Binary): + def __init__(self, input_bigwig_path, data_bigwig): + super(BigWig, self).__init__() + self.inputFile = input_bigwig_path + self.trackSettings = data_bigwig + self.dataType = "bigWig" + self.trackType=self._determine_track_type(self.inputFile) + + def initSettings(self): + super(BigWig, self).initSettings() + self.trackName = "".join( ( self.trackName, ".bigwig" ) ) + self.trackDataURL = os.path.join(self.myTrackFolderPath, self.trackName) + if "track_color" in self.trackSettings: + self.extraSettings["color"] = self.trackSettings["track_color"] + if "group_name" in self.trackSettings: + self.extraSettings["group"] = self.trackSettings["group_name"] + self.extraSettings["visibility"] = "dense" + self.extraSettings["priority"] = self.trackSettings["order_index"] + self.extraSettings["autoScale"] = "on" + self.extraSettings["maxHeightPixels"] = "100:32:8" + self.extraSettings["windowingFunction"] = "mean+whiskers" + + def validateData(self): + self.validator = DataValidation(self.inputFile, self.dataType, self.chromSizesFile.name) + self.validator.validate() + + def _determine_track_type(self, bw_file): + """ + bigWig tracks must declare the expected signal range for the data + (See https://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/trackDb/trackDbHub.html). + This method determines the range of values for a bigWig file using + the bigWigInfo program. + + Implementation of reading from stdout is based on a Stackoverflow post: + http://stackoverflow.com/questions/2715847/python-read-streaming-input-from-subprocess-communicate + + :param bw_file: path to a bigWig file + + :returns: the bigWig track type + """ + cmd_ph = Popen(["bigWigInfo", "-minMax", bw_file], + stdout=PIPE, bufsize=1) + + with cmd_ph.stdout: + for line in iter(cmd_ph.stdout.readline, b''): + bw_type = "bigWig %s" % line.rstrip() + + cmd_ph.wait() + + return bw_type + +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/binary/Binary.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,31 @@ +#!/usr/bin/python +# -*- coding: utf8 -*- + +""" +Super Class of the managed datatype +""" + +import os +import tempfile +import collections +import shutil +import util +from TrackDb import TrackDb +from datatypes.Datatype import Datatype + + +class Binary(Datatype): + + def __init__(self): + super(Binary, self).__init__() + + + def createTrack(self): + shutil.copy(self.inputFile, self.trackDataURL) + + + + + + + \ No newline at end of file
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/converters/DataConversion.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,75 @@ +#!/usr/bin/python +# -*- coding: utf8 -*- + +""" +This class handles the subprocess calls of the different tools used +in HubArchiveCreator +""" + +import logging +import os +import subprocess +import sys +import string +import tempfile + +from util import subtools + +class DataConversion(object): + + CONVERT_OPERATIONS = {("bed", "bigbed"): "bedtobigbed", + ("bed", "bigpsl"): "bedtobigbed", + ("psl", "bigpsl"): "psltobigbed", + ("fasta", "twobit"): "fatotwobit", + ("gtf", "biggenepred"): "gtftobiggenepred", + ("gff3", "biggenepred"): "gff3tobiggenepred" + } + + + def __init__(self, inputFile, outputFile, chromSizesFile, operateType, options=None): + self.chromSizesFile = chromSizesFile + self.inputFile = inputFile + self.outputFile = outputFile + self.operateType = operateType + self.options = options + if not self.operateType or not self.inputFile: + raise TypeError("the operateType or the input file is not specified!\n") + + def convertFormats(self): + convertMethod = self.CONVERT_OPERATIONS[self.operateType] + if convertMethod == "bedtobigbed": + sortedBedFile = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".sortedBed") + subtools.sort(self.inputFile, sortedBedFile.name) + subtools.bedToBigBed(sortedBedFile.name, self.chromSizesFile, self.outputFile, self.options) + + elif convertMethod == "psltobigbed": + unsorted_bed_formatted_psl_file = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix='.psl') + sorted_bed_formatted_psl_file = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix='psl') + subtools.pslToBigPsl(self.inputFile, unsorted_bed_formatted_psl_file.name) + subtools.sort(unsorted_bed_formatted_psl_file.name, sorted_bed_formatted_psl_file.name) + subtools.bedToBigBed(sorted_bed_formatted_psl_file.name, self.chromSizesFile, self.outputFile, self.options) + + elif convertMethod == "fatotwobit": + subtools.faToTwoBit(self.inputFile, self.outputFile) + + elif convertMethod == "gtftobiggenepred": + unsorted_genePred_file = tempfile.NamedTemporaryFile(bufsize=0, suffix=".genePred") + unsorted_bigGenePred_file = tempfile.NamedTemporaryFile(bufsize=0, suffix=".unsorted.bigGenePred") + sorted_bigGenePred_file = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".sorted.bigGenePred") + subtools.gtfToGenePred(self.inputFile, unsorted_genePred_file.name) + subtools.genePredToBigGenePred(unsorted_genePred_file.name, unsorted_bigGenePred_file.name) + subtools.sort(unsorted_bigGenePred_file.name, sorted_bigGenePred_file.name) + subtools.bedToBigBed(sorted_bigGenePred_file.name, self.chromSizesFile, self.outputFile, self.options) + + elif convertMethod == "gff3tobiggenepred": + unsorted_genePred_file = tempfile.NamedTemporaryFile(bufsize=0, suffix=".genePred") + unsorted_bigGenePred_file = tempfile.NamedTemporaryFile(bufsize=0, suffix=".unsorted.bigGenePred") + sorted_bigGenePred_file = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".sorted.bigGenePred") + subtools.gff3ToGenePred(self.inputFile, unsorted_genePred_file.name) + subtools.genePredToBigGenePred(unsorted_genePred_file.name, unsorted_bigGenePred_file.name) + subtools.sort(unsorted_bigGenePred_file.name, sorted_bigGenePred_file.name) + subtools.bedToBigBed(sorted_bigGenePred_file.name, self.chromSizesFile, self.outputFile, self.options) + + else: + raise Exception("the operation is not defined!\n") +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/interval/Bed.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,70 @@ +#!/usr/bin/python + +import os +import tempfile +import logging + +# Internal dependencies +from Interval import Interval +from datatypes.validators.DataValidation import DataValidation +from datatypes.converters.DataConversion import DataConversion + +class Bed(Interval): + def __init__(self, inputBedGeneric, data_bed_generic): + super(Bed, self).__init__() + self.inputFile = inputBedGeneric + self.trackSettings = data_bed_generic + self.bedFields = None + self.extFields = None + self.dataType = "bed" + + + def initSettings(self): + super(Bed, self).initSettings() + self.trackType = self._determine_track_type() + self.trackName = "".join( ( self.trackName, ".bb") ) + self.trackDataURL = os.path.join(self.myTrackFolderPath, self.trackName) + if "track_color" in self.trackSettings: + self.extraSettings["color"] = self.trackSettings["track_color"] + if "group_name" in self.trackSettings: + self.extraSettings["group"] = self.trackSettings["group_name"] + self.extraSettings["visibility"] = "dense" + self.extraSettings["priority"] = self.trackSettings["order_index"] + + def createTrack(self): + #self.sortedBedFile = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".sortedBed") + #subtools.sort(self.inputFile, self.sortedBedFile.name) + self.convertType = self.getConvertType() + self.converter = DataConversion(self.inputFile, self.trackDataURL, self.chromSizesFile.name, self.convertType) + self.converter.convertFormats() + + def validateData(self): + self.validator = DataValidation(self.inputFile, self.getValidateType(), self.chromSizesFile.name) + self.validator.validate() + + def _getBedFields(self): + """count number of bed fields for generic bed format""" + with open(self.inputFile, 'r') as bed: + l = bed.readline().split() + return len(l) + + def getValidateType(self): + if not self.bedFields: + logging.debug("bedFields is not defined, consider the file as Bed generic format, datatype = bed%s", str(self.bedFields)) + self.bedFields = self._getBedFields() + return self.dataType + str(self.bedFields) + elif not self.extFields: + return self.dataType + str(self.bedFields) + else: + return self.dataType + str(self.bedFields) + "+" + str(self.extFields) + + def _determine_track_type(self): + if not self.bedFields: + return "bigBed" + else: + if not self.extFields: + extra_mark = "." + else: + extra_mark = "+" + return "bigBed %s %s" % (str(self.bedFields), extra_mark) +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/interval/BedBlastAlignments.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,17 @@ +#!/usr/bin/python + +import os +import tempfile +import string + +from BigPsl import BigPsl +from util import subtools + + +class BedBlastAlignments( BigPsl ): + def __init__(self, input_bed_blast_alignments_false_path, data_bed_blast_alignments): + + super(BedBlastAlignments, self).__init__(input_bed_blast_alignments_false_path, data_bed_blast_alignments) + self.seqType = 2 + self.trackType = "bigBed 12 +" +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/interval/BedBlatAlignments.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,17 @@ +#!/usr/bin/python + +import os +import tempfile +import string + +from BigPsl import BigPsl +from util import subtools + + +class BedBlatAlignments( BigPsl ): + def __init__(self, input_bed_blast_alignments_false_path, data_bed_blast_alignments): + + super(BedBlatAlignments, self).__init__(input_bed_blast_alignments_false_path, data_bed_blast_alignments) + self.seqType = 1 + + \ No newline at end of file
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/interval/BedSimpleRepeats.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,30 @@ +#!/usr/bin/python + +import os +import tempfile + +from Bed import Bed +from datatypes.validators.DataValidation import DataValidation +from datatypes.converters.DataConversion import DataConversion + + +class BedSimpleRepeats( Bed ): + def __init__(self, input_bed_simple_repeats_false_path, data_bed_simple_repeats): + + super(BedSimpleRepeats, self).__init__(input_bed_simple_repeats_false_path, data_bed_simple_repeats) + self.bedFields = 4 + self.extFields = 12 + self.autoSql = os.path.join(self.tool_directory, 'trf_simpleRepeat.as') + + def validateData(self): + self.validateOptions = self.getValidateOptions(tab="True", autoSql=self.autoSql) + self.validator = DataValidation(self.inputFile, self.getValidateType(), self.chromSizesFile.name, self.validateOptions) + self.validator.validate() + + + def createTrack(self): + self.convertType = self.getConvertType() + self.options = self.getConvertOptions(typeOption=self.getValidateType(), tab="True", autoSql=self.autoSql) + self.converter = DataConversion(self.inputFile, self.trackDataURL, self.chromSizesFile.name, self.convertType, self.options) + self.converter.convertFormats() +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/interval/BedSpliceJunctions.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,30 @@ +#!/usr/bin/python + +import os +import tempfile + +from Bed import Bed +from datatypes.validators.DataValidation import DataValidation +from datatypes.converters.DataConversion import DataConversion + + + +class BedSpliceJunctions( Bed ): + def __init__(self, input_bed_splice_junctions_false_path, data_bed_splice_junctions): + + super(BedSpliceJunctions, self).__init__(input_bed_splice_junctions_false_path, data_bed_splice_junctions) + self.bedFields = 12 + self.extFields = 1 + self.autoSql = os.path.join(self.tool_directory, 'spliceJunctions.as') + + def validateData(self): + self.validateOptions = self.getValidateOptions(tab="True", autoSql=self.autoSql) + self.validator = DataValidation(self.inputFile, self.getValidateType(), self.chromSizesFile.name, self.validateOptions) + self.validator.validate() + + def createTrack(self): + self.convertType = self.getConvertType() + self.options = self.getConvertOptions(typeOption=self.getValidateType(), tab="True", autoSql=self.autoSql) + self.converter = DataConversion(self.inputFile, self.trackDataURL, self.chromSizesFile.name, self.convertType, self.options) + self.converter.convertFormats() +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/interval/BigPsl.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,79 @@ +#!/usr/bin/python + +import os +import tempfile +import string +import logging + +from Interval import Interval +from util.index.DatabaseIndex import DatabaseIndex +from util.index.TrixIndex import TrixIndex +from datatypes.validators.DataValidation import DataValidation +from datatypes.converters.DataConversion import DataConversion + + +class BigPsl(Interval): + def __init__(self, input_bigpsl_false_path, data_bigpsl): + + super(BigPsl, self).__init__() + self.inputFile = input_bigpsl_false_path + self.trackSettings = data_bigpsl + self.trackType = "bigPsl" + self.dataType = "bed" + self.bedFields = 12 + self.extFields = 12 + self.seqType = None + self.autoSql = os.path.join(self.tool_directory, 'bigPsl.as') + self.logger = logging.getLogger(__name__) + + def initSettings(self): + super(BigPsl, self).initSettings() + self.trackName = "".join( ( self.trackName, ".bb") ) + self.trackDataURL = os.path.join(self.myTrackFolderPath, self.trackName) + if "track_color" in self.trackSettings: + self.extraSettings["color"] = self.trackSettings["track_color"] + if "group_name" in self.trackSettings: + self.extraSettings["group"] = self.trackSettings["group_name"] + self.extraSettings["visibility"] = "dense" + self.extraSettings["priority"] = self.trackSettings["order_index"] + if self.seqType is None: + self.seqType = self._getSeqType() + if "database" in self.trackSettings: + self.database_settings = DatabaseIndex(database=self.trackSettings["database"], seqType=self.seqType).setExtLink() + self.extraSettings.update(self.database_settings) + if "index_ix" in self.trackSettings and "index_ixx" in self.trackSettings: + self.trix_id = self.extraSettings.get("trix_id") + if not self.trix_id: + self.logger.info("Didn't specify the ID for Trix index for BigBed file: %s. \n Will use \"name\" as default", self.trackName) + self.trix_id = "name" + self.trix_settings = TrixIndex(indexIx=self.trackSettings["index_ix"], indexIxx=self.trackSettings["index_ixx"], trackName=self.trackName, mySpecieFolderPath=self.mySpecieFolderPath, trixId=self.trix_id).setExtLink() + self.extraSettings.update(self.trix_settings) + self.extraIndex = self.trix_id + else: + self.extraIndex = "name" + self.extraSettings["searchIndex"] = "name" + + + def validateData(self): + self.validateOptions = self.getValidateOptions(tab="True", autoSql=self.autoSql) + self.validator = DataValidation(self.inputFile, self.getValidateType(), self.chromSizesFile.name, self.validateOptions) + self.validator.validate() + + def createTrack(self): + self.convertType = self.getConvertType() + self.options = self.getConvertOptions(typeOption=self.getValidateType(), tab="True", autoSql=self.autoSql, extraIndex=self.extraIndex) + self.converter = DataConversion(self.inputFile, self.trackDataURL, self.chromSizesFile.name, self.convertType, self.options) + self.converter.convertFormats() + + def getValidateType(self): + if not self.bedFields or not self.extFields: + raise Exception("Invalid bigPsl format, no {0} or {1}".format("bedFields", "extFields")) + return self.dataType + str(self.bedFields) + "+" + str(self.extFields) + + def _getSeqType(self): + with open(self.inputFile, "r") as bigpsl: + sampleSeq = bigpsl.readline().split() + if len(sampleSeq) == 25: + return sampleSeq[-1] + else: + return None
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/interval/CytoBand.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,32 @@ +#!/usr/bin/python + +import os +import tempfile + +from Bed import Bed +from TrackDb import TrackDb +from datatypes.validators.DataValidation import DataValidation +from datatypes.converters.DataConversion import DataConversion + + +class CytoBand( Bed ): + def __init__(self, input_bed_cytoBand_false_path, data_bed_cytoBand): + + super(CytoBand, self).__init__(input_bed_cytoBand_false_path, data_bed_cytoBand) + self.bedFields = 4 + self.extFields = 1 + self.autoSql = os.path.join(self.tool_directory, 'cytoBandIdeo.as') + + def validateData(self): + self.validateOptions = self.getValidateOptions(tab="True", autoSql=self.autoSql) + self.validator = DataValidation(self.inputFile, self.getValidateType(), self.chromSizesFile.name, self.validateOptions) + self.validator.validate() + + def createTrack(self): + self.convertType = self.getConvertType() + self.options = self.getConvertOptions(typeOption=self.getValidateType(), tab="True", autoSql=self.autoSql) + self.converter = DataConversion(self.inputFile, self.trackDataURL, self.chromSizesFile.name, self.convertType, self.options) + self.converter.convertFormats() + + def createTrackDb(self): + self.track = TrackDb('cytoBandIdeo', self.longLabel, self.shortLabel, self.trackDataURL, self.trackType, self.extraSettings)
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/interval/Gff.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,52 @@ +#!/usr/bin/python + +import os +import tempfile +import abc + +# Internal dependencies +from Interval import Interval +from datatypes.validators.DataValidation import DataValidation +from datatypes.converters.DataConversion import DataConversion + +class Gff(Interval): + def __init__(self): + super(Gff, self).__init__() + self.trackType = "bigGenePred" + self.autoSql = os.path.join(self.tool_directory, 'bigGenePred.as') + + def initSettings(self): + super(Gff, self).initSettings() + self.trackName = "".join( ( self.trackName, ".bb") ) + self.trackDataURL = os.path.join(self.myTrackFolderPath, self.trackName) + if "track_color" in self.trackSettings: + self.extraSettings["color"] = self.trackSettings["track_color"] + if "group_name" in self.trackSettings: + self.extraSettings["group"] = self.trackSettings["group_name"] + self.extraSettings["visibility"] = "dense" + self.extraSettings["priority"] = self.trackSettings["order_index"] + + def createTrack(self): + self.convertType = self.getConvertType() + self.options = self.getConvertOptions(typeOption="bed12+8", tab="True", autoSql=self.autoSql) + self.converter = DataConversion(self.inputFile, self.trackDataURL, self.chromSizesFile.name, self.convertType, self.options) + self.converter.convertFormats() + + + @abc.abstractmethod + def getConvertType(self): + """return tuple: (dataType, trackType)""" + return (self.dataType.lower(), self.trackType.lower()) + + + def getConvertOptions(self, typeOption=None, tab=None, autoSql=None, extraIndex=None): + options = dict() + if typeOption: + options["typeOption"] = typeOption + if tab: + options["tab"] = tab + if autoSql: + options["autoSql"] = autoSql + if extraIndex: + options["extraIndex"] = extraIndex + return options \ No newline at end of file
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/interval/Gff3.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,24 @@ +#!/usr/bin/python + +import os +import tempfile + +# Internal dependencies +from Gff import Gff +from datatypes.validators.Gff3Validation import Gff3Validation + + +class Gff3( Gff ): + def __init__(self, input_Gff3_false_path, data_gff3): + super( Gff3, self ).__init__() + self.inputFile = input_Gff3_false_path + self.trackSettings = data_gff3 + self.dataType = "gff3" + + def getConvertType(self): + return (self.dataType.lower(), self.trackType.lower()) + + def validateData(self): + self.validator = Gff3Validation(self.inputFile, self.dataType, self.chromSizesFile.name) + self.inputFile = self.validator.validate() +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/interval/Gtf.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,25 @@ +#!/usr/bin/python + +import os +import tempfile + +# Internal dependencies +from Gff import Gff +from datatypes.validators.GtfValidation import GtfValidation + + +class Gtf(Gff): + def __init__( self, input_gtf_false_path, data_gtf): + + super(Gtf, self).__init__() + self.inputFile = input_gtf_false_path + self.trackSettings = data_gtf + self.dataType = "gtf" + + def getConvertType(self): + return (self.dataType.lower(), self.trackType.lower()) + + def validateData(self): + self.validator = GtfValidation(self.inputFile, self.dataType, self.chromSizesFile.name) + self.inputFile = self.validator.validate() +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/interval/Interval.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,50 @@ +#!/usr/bin/python +# -*- coding: utf8 -*- + +""" +Super Class of the managed datatype +""" + +import os +import tempfile +import collections +import shutil +import abc +import util +from TrackDb import TrackDb +from datatypes.Datatype import Datatype + + +class Interval(Datatype): + + def __init__(self): + super(Interval, self).__init__() + + def getConvertType(self): + return (self.dataType.lower(), self.trackType.split()[0].lower()) + + def getValidateOptions(self, tab=None, autoSql=None): + options = dict() + if tab: + options["tab"] = tab + if autoSql: + options["autoSql"] = autoSql + return options + + def getConvertOptions(self, typeOption=None, tab=None, autoSql=None, extraIndex=None): + options = dict() + if typeOption: + options["typeOption"] = typeOption + if tab: + options["tab"] = tab + if autoSql: + options["autoSql"] = autoSql + if extraIndex: + options["extraIndex"] = extraIndex + return options + + + + + + \ No newline at end of file
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/interval/Psl.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,42 @@ +import logging +import os +import tempfile + +# Internal dependencies +from Interval import Interval +from datatypes.validators.PslValidation import PslValidation +from datatypes.converters.DataConversion import DataConversion + + +class Psl(Interval): + def __init__(self, input_psl_path, data_psl): + super(Psl, self).__init__() + self.inputFile = input_psl_path + self.trackSettings = data_psl + self.dataType = "psl" + self.trackType = "bigPsl" + self.autoSql = os.path.join(self.tool_directory, 'bigPsl.as') + + def initSettings(self): + super(Psl, self).initSettings() + self.trackName = "".join( ( self.trackName, ".bb") ) + self.trackDataURL = os.path.join(self.myTrackFolderPath, self.trackName) + if "track_color" in self.trackSettings: + self.extraSettings["color"] = self.trackSettings["track_color"] + if "group_name" in self.trackSettings: + self.extraSettings["group"] = self.trackSettings["group_name"] + self.extraSettings["visibility"] = "dense" + self.extraSettings["priority"] = self.trackSettings["order_index"] + + def validateData(self): + self.validator = PslValidation(self.inputFile, self.dataType, self.chromSizesFile) + self.validator.validate() + + def createTrack(self): + self.convertType = self.getConvertType() + self.options = self.getConvertOptions("bed12+12", tab="True", autoSql=self.autoSql, extraIndex="name") + self.converter = DataConversion(self.inputFile, self.trackDataURL, self.chromSizesFile.name, self.convertType, self.options) + self.converter.convertFormats() + + def getConvertType(self): + return (self.dataType.lower(), self.trackType.lower())
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/sequence/Fasta.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,16 @@ +#!/usr/bin/python +# -*- coding: utf8 -*- + +""" +Class describing the Fasta format +(As of the 07/20/2016, only used with the reference genome) +""" + +class Fasta(object): + def __init__(self, false_path, name, assembly_id): + self.false_path = false_path + self.name = name + + if not assembly_id: + assembly_id = "unknown" + self.assembly_id = assembly_id \ No newline at end of file
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/validators/DataValidation.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,43 @@ +#!/usr/bin/python +# -*- coding: utf8 -*- + +""" +This class handles the subprocess calls of the different tools used +in HubArchiveCreator +""" + +import logging +import os +import subprocess +import sys +import string +import tempfile +import re + +from util import subtools + + +class DataValidation(object): + BED_TYPE = re.compile(r'bed([1-9][0-9]?)\+?([1-9][0-9]?)?$') + BIGBED_TYPE = re.compile(r'bigBed([1-9][0-9]?)\+?([1-9][0-9]?)?$') + FILE_TYPE = ["fasta", "fastq", "bam", "bigwig", "bed", "bigbed", "bedgraph"] + + def __init__(self, inputFile, fileType, chromSizesFile, options=None): + self.inputFile = inputFile + self.fileType = fileType + self.chromSizesFile = chromSizesFile + self.options = options + + def validate(self): + """validate input file format""" + if self._checkDatatype(): + subtools.validateFiles(self.inputFile, self.chromSizesFile, self.fileType, self.options) + else: + raise TypeError("validateFiles cannot validate format {0}. Only the following formats can be validated by this tool: \n{1}\n".format(self.fileType, self.FILE_TYPE)) + + def _checkDatatype(self): + if re.match(self.BED_TYPE, self.fileType) or re.match(self.BIGBED_TYPE, self.fileType): + return True + elif self.fileType.lower() in self.FILE_TYPE: + return True + return False
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/validators/Gff3Validation.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,48 @@ +#!/usr/bin/python +# -*- coding: utf8 -*- + +""" +This class handles the subprocess calls of the different tools used +in HubArchiveCreator +""" + +import logging +import os +import subprocess +import sys +import string +import tempfile +import re + +from DataValidation import DataValidation + + + +class Gff3Validation(DataValidation): + + def __init__(self, inputFile, fileType, chromSizesFile, options=None): + super(Gff3Validation, self).__init__(inputFile, fileType, chromSizesFile, options) + + def validate(self): + """validate input file format""" + if self._removeExtraHeader() > 1: + print("- Warning: Gff3 created with a modified version of your Gff3 by removing extra headers '##gff-version 3'.") + return self.inputFile + + def _removeExtraHeader(self): + """ + Remove extra meta line: ##gff-version 3 + """ + valid_gff3_file = tempfile.NamedTemporaryFile(bufsize=0, suffix=".gff3", delete=False) + valid = open(valid_gff3_file.name, 'w') + num = 0 + with open(self.inputFile, 'r') as f: + for line in f: + if '##gff-version 3' in line: + if num == 0: + num += 1 + else: + continue + valid.write(line) + self.inputFile = valid_gff3_file.name + return num
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/validators/GtfValidation.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,108 @@ +#!/usr/bin/python +# -*- coding: utf8 -*- + +""" +This class handles the subprocess calls of the different tools used +in HubArchiveCreator +""" + +import logging +import os +import subprocess +import sys +import string +import tempfile +import re + +from DataValidation import DataValidation + + +class GtfValidation(DataValidation): + + def __init__(self, inputFile, fileType, chromSizesFile, options=None): + super(GtfValidation, self).__init__(inputFile, fileType, chromSizesFile, options) + + def validate(self): + """validate input file format""" + self._checkAndFixGtf() + if self.is_modified: + print("- Warning: Gtf created with a modified version of your Gtf because of start/end coordinates issues.") + print("Here are the lines removed: " + self._get_str_modified_lines()) + return self.inputFile + + + + def _checkAndFixGtf(self): + """ + Call _checkAndFixGtf, check the integrity of gtf file, + if coordinates exceed chromosome size, either removed the whole line(s) or truncated to the end of the scaffold + depending on the user choice + default: remove the whole line(s) + """ + # Set the boolean telling if we had to modify the file + self.is_modified = False + self.array_modified_lines = [] + # Create a temp gtf just in case we have issues + temp_gtf = tempfile.NamedTemporaryFile(bufsize=0, suffix=".gtf", delete=False) + + # TODO: Get the user choice and use it + # TODO: Check if the start > 0 and the end <= chromosome size + # Get the chrom.sizes into a dictionary to have a faster access + # TODO: Think about doing this in Datatype.py, so everywhere we have access to this read-only dictionary + dict_chrom_sizes = {} + with open(self.chromSizesFile, 'r') as chromSizes: + lines = chromSizes.readlines() + for line in lines: + fields = line.split() + # fields[1] should be the name of the scaffold + # fields[2] should be the size of the scaffold + # TODO: Ensure this is true for all lines + dict_chrom_sizes[fields[0]] = fields[1] + + # Parse the GTF and check each line using the chrom sizes dictionary + with open(temp_gtf.name, 'a+') as tmp: + with open(self.inputFile, 'r') as gtf: + lines = gtf.readlines() + for index, line in enumerate(lines): + # If this is not a comment, we check the fields + if not line.startswith('#'): + fields = line.split() + # We are interested in fields[0] => Seqname (scaffold) + # We are interested in fields[3] => Start of the scaffold + # We are interested in fields[4] => End of the scaffold + scaffold_size = dict_chrom_sizes[fields[0]] + start_position = fields[3] + end_position = fields[4] + + if start_position > 0 and end_position <= scaffold_size: + # We are good, so we copy this line + tmp.write(line) + tmp.write(os.linesep) + + + # The sequence is not good, we are going to process it regarding the user choice + # TODO: Process the user choice + # By default, we are assuming the user choice is to remove the lines: We don't copy it + + # If we are here, it means the gtf has been modified + else: + # We save the line for the feedback to the user + self.array_modified_lines.append(index + 1) + + if self.is_modified is False: + self.is_modified = True + else: + pass + else: + tmp.write(line) + tmp.write(os.linesep) + + # Once the process it completed, we just replace the path of the gtf + self.inputFile = temp_gtf.name + + # TODO: Manage the issue with the fact the dataset is going to still exist on the disk because of delete=False + #return modified_gtf + + def _get_str_modified_lines(self): + return ','.join(map(str, self.array_modified_lines)) + \ No newline at end of file
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/datatypes/validators/PslValidation.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,31 @@ +#!/usr/bin/python +# -*- coding: utf8 -*- + +""" +This class handles the subprocess calls of the different tools used +in HubArchiveCreator +""" + +import logging +import os +import subprocess +import sys +import string +import tempfile +import re + +from util import subtools +from datatypes.validators.DataValidation import DataValidation + + +class PslValidation(DataValidation): + + def __init__(self, inputFile, fileType, chromSizesFile, options=None): + super(PslValidation, self).__init__(inputFile, fileType, chromSizesFile, options) + + def validate(self): + """validate input file format""" + self.pslCheck() + + def pslCheck(self): + subtools.pslCheck(self.inputFile)
--- a/hubArchiveCreator.py Mon Jul 10 17:08:38 2017 -0400 +++ b/hubArchiveCreator.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -5,7 +5,7 @@ This Galaxy tool permits to prepare your files to be ready for Assembly Hub visualization. Program test arguments: -hubArchiveCreator.py -g test-data/augustusDbia3.gff3 -f test-data/dbia3.fa -d . -u ./tools -o output.html +hubArchiveCreator.py -g test-data/augustusDbia3.gff3 -f '{"false_path": "./test-data/common/dbia3.fa", "name":"dbia3"}' -d . -u ./tools -o output.html """ import argparse @@ -16,324 +16,75 @@ import sys # Internal dependencies -from Bam import Bam -from BedSimpleRepeats import BedSimpleRepeats -from BedSpliceJunctions import BedSpliceJunctions -from Bed import Bed -from cytoBand import cytoBand -from BigWig import BigWig -from util.Fasta import Fasta -from util.Filters import TraceBackFormatter -from Gff3 import Gff3 -from Gtf import Gtf -from Psl import Psl +from util.Reader import Reader +from util.Logger import Logger from TrackHub import TrackHub -from bigPsl import bigPsl -from BedBlastAlignments import BedBlastAlignments -from BigBed import BigBed + + # TODO: Verify each subprocessed dependency is accessible [gff3ToGenePred, genePredToBed, twoBitInfo, faToTwoBit, bedToBigBed, sort def main(argv): + # Command Line parsing init parser = argparse.ArgumentParser(description='Create a foo.txt inside the given folder.') - - # Reference genome mandatory - parser.add_argument('-f', '--fasta', help='Fasta file of the reference genome') - - # GFF3 Management - parser.add_argument('--gff3', action='append', help='GFF3 format') - - # GTF Management - parser.add_argument('--gtf', action='append', help='GTF format') - - # Bed4+12 (TrfBig) - parser.add_argument('--bedSimpleRepeats', action='append', help='Bed4+12 format, using simpleRepeats.as') - - # Bed12+1 (regtools) - parser.add_argument('--bedSpliceJunctions', action='append', help='Bed12+1 format, using spliceJunctions.as') - - # Generic Bed (Blastx transformed to bed) - parser.add_argument('--bed', action='append', help='Bed generic format') - - #cytoBandIdeo - parser.add_argument('--cytoBand', action='append', help='Cytoband Track, using cytoBandIdeo.as') - - # BigPsl (blat alignment) - parser.add_argument('--bigpsl', action='append', help='bigPsl format, using bigPsl.as') - - # Bed12+12 (tblastn alignment) - parser.add_argument('--bedBlastAlignments', action='append', help='Bed12+12 format, using bigPsl.as') + parser.add_argument('-j', '--data_json', help='JSON file containing the metadata of the inputs') + parser.add_argument('-o', '--output', help='Name of the HTML summarizing the content of the Track Hub Archive') + + # Get the args passed in parameter + args = parser.parse_args() + json_inputs_data = args.data_json + outputFile = args.output - # BigWig Management - parser.add_argument('--bigwig', action='append', help='BigWig format') - - # Bam Management - parser.add_argument('--bam', action='append', help='Bam format') - - # Psl Management - parser.add_argument('--psl', action='append', help='Psl format') - - # BigBed Management - parser.add_argument('--bigbed', action='append', help='BigBed format') - - # TODO: Check if the running directory can have issues if we run the tool outside - parser.add_argument('-d', '--directory', - help='Running tool directory, where to find the templates. Default is running directory') - parser.add_argument('-u', '--ucsc_tools_path', - help='Directory where to find the executables needed to run this tool') - parser.add_argument('-e', '--extra_files_path', - help='Name, in galaxy, of the output folder. Where you would want to build the Track Hub Archive') - parser.add_argument('-o', '--output', help='Name of the HTML summarizing the content of the Track Hub Archive') - - parser.add_argument('-j', '--data_json', help='Json containing the metadata of the inputs') - - parser.add_argument('--user_email', help='Email of the user who launched the Hub Archive Creation') - - parser.add_argument('--genome_name', help='UCSC Genome Browser assembly ID') - - parser.add_argument('--debug_mode', action='store_true', help='Allow more details about the errors') + ##Parse JSON file with Reader + reader = Reader(json_inputs_data) # Begin init variables - - toolDirectory = '.' - extra_files_path = '.' - - # Get the args passed in parameter - args = parser.parse_args() - - extra_files_path = args.extra_files_path - toolDirectory = args.directory + extra_files_path = reader.getExtFilesPath() + toolDirectory = reader.getToolDir() + #outputFile = reader.getOutputDir() + user_email = reader.getUserEmail() + reference_genome = reader.getRefGenome() + debug_mode = reader.getDebugMode() #### Logging management #### # If we are in Debug mode, also print in stdout the debug dump - - configure_logger(extra_files_path=extra_files_path, debug=args.debug_mode) - + log = Logger(tool_directory=toolDirectory, debug=debug_mode, extra_files_path=extra_files_path) + log.setup_logging() + logging.info('#### HubArchiveCreator: Start ####\n') + logging.debug('---- Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode ----\n') + logging.debug('JSON parameters: %s\n\n', json.dumps(reader.args)) #### END Logging management #### - array_inputs_reference_genome = json.loads(args.fasta) - - # TODO: Replace these with the object Fasta - input_fasta_file = array_inputs_reference_genome["false_path"] - input_fasta_file_name = sanitize_name_input(array_inputs_reference_genome["name"]) - genome_name = sanitize_name_input(args.genome_name) - - reference_genome = Fasta(input_fasta_file, - input_fasta_file_name, genome_name) - - user_email = args.user_email - - - # TODO: Use a class to have a better management of the structure of these inputs - # These inputs are populated in the Galaxy Wrapper xml and are in this format: - # ARRAY[DICT{FILE_PATH: DICT{NAME: NAME_VALUE, EXTRA_DATA: EXTRA_DATA_VALUE}}] - # EXTRA_DATA could be anything, for example the index of a BAM => {"index", FILE_PATH} - array_inputs_bam = args.bam - array_inputs_bed_generic = args.bed - array_inputs_bed_cytoBand = args.cytoBand - array_inputs_bed_simple_repeats = args.bedSimpleRepeats - array_inputs_bed_splice_junctions = args.bedSpliceJunctions - array_inputs_bigwig = args.bigwig - array_inputs_gff3 = args.gff3 - array_inputs_gtf = args.gtf - array_inputs_psl = args.psl - array_inputs_bigpsl = args.bigpsl - array_inputs_bed_blast_alignments = args.bedBlastAlignments - array_inputs_bigbed = args.bigbed - - outputFile = args.output - - json_inputs_data = args.data_json - - # TODO: Instead use a class to properly store the objects, with object_hook - inputs_data = json.loads(json_inputs_data) - # We remove the spaces in ["name"] of inputs_data - sanitize_name_inputs(inputs_data) - - # TODO: Check here all the binaries / tools we need. Exception if missing - # Create the Track Hub folder + logging.info('#### HubArchiveCreator: Creating the Track Hub folder ####\n') trackHub = TrackHub(reference_genome, user_email, outputFile, extra_files_path, toolDirectory) - all_datatype_dictionary = {} - - for (inputs, datatype_class) in [ - (array_inputs_bam, Bam), - (array_inputs_bed_generic, Bed), - (array_inputs_bed_cytoBand, cytoBand), - (array_inputs_bigwig, BigWig), - (array_inputs_bed_simple_repeats, BedSimpleRepeats), - (array_inputs_bed_splice_junctions, BedSpliceJunctions), - (array_inputs_gff3, Gff3), - (array_inputs_gtf, Gtf), - (array_inputs_psl, Psl), - (array_inputs_bigpsl, bigPsl), - (array_inputs_bed_blast_alignments, BedBlastAlignments), - (array_inputs_bigbed, BigBed)]: - if inputs: - all_datatype_dictionary.update(create_ordered_datatype_objects(datatype_class, inputs, inputs_data)) - # Create Ordered Dictionary to add the tracks in the tool form order + logging.info('#### HubArchiveCreator: Preparing track data ####\n') + all_datatype_dictionary = reader.getTracksData() all_datatype_ordered_dictionary = collections.OrderedDict(all_datatype_dictionary) logging.debug("----- End of all_datatype_dictionary processing -----") - logging.debug("all_datatype_ordered_dictionary keys are: {0}".format(all_datatype_ordered_dictionary.values())) + #logging.debug("all_datatype_ordered_dictionary are: %s", json.dumps(all_datatype_ordered_dictionary)) + logging.info('#### HubArchiveCreator: Adding tracks to Track Hub ####\n') logging.debug("----- Beginning of Track adding processing -----") + for index, datatypeObject in all_datatype_ordered_dictionary.iteritems(): - trackHub.addTrack(datatypeObject.track.trackDb) + trackHub.addTrack(datatypeObject.track.track_db) + logging.debug("----- End of Track adding processing -----") - # We process all the modifications to create the zip file - #trackHub.createZip() - - # We terminate le process and so create a HTML file summarizing all the files + # We terminate the process and so create a HTML file summarizing all the files + logging.info('#### HubArchiveCreator: Creating the HTML file ####\n') trackHub.terminate() - logging.debug('#### End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! ####') + logging.debug('---- End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! ----\n') + logging.info('#### HubArchiveCreator: Congratulation! Assembly Hub is created! ####\n') sys.exit(0) - -def sanitize_name_input(string_to_sanitize): - """ - Sanitize the string passed in parameter by replacing '/' and ' ' by '_' - - :param string_to_sanitize: - :return : - - :Example: - - >>> sanitize_name_input('this/is an//example') - this_is_an__example - """ - return string_to_sanitize \ - .replace("/", "_") \ - .replace(" ", "_") - - -def sanitize_name_inputs(inputs_data): - """ - Sanitize value of the keys "name" of the dictionary passed in parameter. - - Because sometimes output from Galaxy, or even just file name, from user inputs, have spaces. - Also, it can contain '/' character and could break the use of os.path function. - - :param inputs_data: dict[string, dict[string, string]] - """ - for key in inputs_data: - inputs_data[key]["name"] = sanitize_name_input(inputs_data[key]["name"]) - - -def create_ordered_datatype_objects(ExtensionClass, array_inputs, inputs_data): - """ - Function which executes the creation all the necessary files / folders for a special Datatype, for TrackHub - and update the dictionary of datatype - - :param ExtensionClass: - :param array_inputs: - :param inputs_data: - :type ExtensionClass: Datatype - :type array_inputs: list[string] - :type inputs_data: dict - :rtype: dict - """ - - datatype_dictionary = {} - - # TODO: Optimize this double loop - for input_false_path in array_inputs: - for key, data_value in inputs_data.items(): - if key == input_false_path: - logging.debug("input_false_path: " + input_false_path) - logging.debug("data_value: " + str(data_value)) - extensionObject = ExtensionClass(input_false_path, data_value) - datatype_dictionary.update({data_value["order_index"]: extensionObject}) - return datatype_dictionary - -def configure_logger(extra_files_path=None, debug=False): - if not extra_files_path: - raise Exception("Extra files path is not set. Stopping the application") - - - # All case log: log everything in a .log file - logger_file_name = ''.join([__name__, '.log']) - logging_file_path = os.path.join(extra_files_path, logger_file_name) - - logging.basicConfig(filename=logging_file_path, level=logging.DEBUG) - - log_stdout = logging.StreamHandler(sys.stdout) - if not debug: - configure_logger_user(log_stdout) - else: - configure_logger_dev(log_stdout) - - # stderr configuration - configure_logger_stderr() - - logging.debug('#### Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode ####\n') - -def configure_logger_user(log_stdout=None): - """ - User Logger is defined as following: - - User needs to have WARN, ERROR and CRITICAL but well formatted / without traceback - in STDOUT - - Still access to full, brute and traceback for errors - in STDERR - - And further access to debug if needed - in .log - - """ - - if not log_stdout: - raise Exception("No log_stdout given. Stopping the application") - - # stdout for INFO / WARN / ERROR / CRITICAL - log_stdout.setLevel(logging.INFO) - - formatter = TraceBackFormatter('%(message)s') - - log_stdout.setFormatter(formatter) - - logging.getLogger().addHandler(log_stdout) - -def configure_logger_dev(log_stdout=None): - """ - Dev Logger is defined as following: - - Dev needs to have WARN, ERROR and CRITICAL but well formatted / without traceback, in stdout - - Still access to full, brute and traceback in stderr for errors - - And further access to debug if needed - - """ - if not log_stdout: - raise Exception("No log_stdout given. Stopping the application") - log_format = '%(message)s' - - # stdout and stderr and both identical for INFO / WARN / ERROR / CRITICAL - log_stdout.setLevel(logging.DEBUG) - - formatter = logging.Formatter(log_format) - - log_stdout.setFormatter(formatter) - - logging.getLogger().addHandler(log_stdout) - -def configure_logger_stderr(): - """ - Configure what should be logged in stderr - """ - log_error = logging.StreamHandler(sys.stderr) - log_error.setLevel(logging.ERROR) - log_error_format = '%(message)s' - - formatter_error = logging.Formatter(log_error_format) - - log_error.setFormatter(formatter_error) - - logging.getLogger().addHandler(log_error) - if __name__ == "__main__": - logging.getLogger(__name__) main(sys.argv)
--- a/hubArchiveCreator.xml Mon Jul 10 17:08:38 2017 -0400 +++ b/hubArchiveCreator.xml Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -1,8 +1,11 @@ -<tool id="hubArchiveCreator" name="Hub Archive Creator" version="2.4.2"> +<tool id="hubArchiveCreator" name="Hub Archive Creator" version="2.5.0"> <description> This Galaxy tool permits to prepare your files to be ready for Assembly Hub visualization. </description> + <macros> + <import>macros.xml</import> + </macros> <requirements> <requirement type="package" version="340">ucsc_hac</requirement> @@ -23,156 +26,192 @@ <!-- Idea: python \ -augustus [parameters] \ -trfBig [parameters] --> <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[ mkdir -p $output.extra_files_path; + + ## Dump the tool parameters into a JSON file + python $json_file parameters.json; - python $__tool_directory__/hubArchiveCreator.py + python $__tool_directory__/hubArchiveCreator.py --data_json parameters.json -o $output; + - ## Ask the user to enter the genome name - --genome_name '$genome_name' + ]]></command> + <configfiles> + <configfile name="json_file"> +import json +import sys - #import json +file_path = sys.argv[1] +#set global $data_parameter_dict = {} - #set global data_parameter_dict = {} +## Ask the user to enter the genome name +#silent $data_parameter_dict.update({"genome_name": str($genome_name)}) + +## Function to retrieve the data of the inputs +#def prepare_json($datatype, $input_to_prepare, $order_index, $extra_data_dict={}) + #set false_path = str($input_to_prepare) + #set $data_dict = {"false_path": $false_path} - ## Function to retrieve the data of the inputs - #def prepare_json($input_to_prepare, $order_index, $extra_data_dict={}) - #set false_path = str($input_to_prepare) - #set name = $input_to_prepare.name + #set name = str($input_to_prepare.name) + #silent $data_dict.update({"name": $name}) + #silent $data_dict.update($extra_data_dict) + ## Add the ordering by taking the tool form indexes + #silent $data_dict.update({"order_index": $order_index}) - #set data_dict = {"name": $name} - #silent data_dict.update($extra_data_dict) + #if $datatype in $data_parameter_dict + #silent $data_parameter_dict[$datatype].append($data_dict) + #else + #set array_inputs = [] + #silent $array_inputs.append($data_dict) + #silent $data_parameter_dict.update({$datatype: $array_inputs}) + #end if +#end def - ## Add the ordering by taking the tool form indexes - #silent $data_dict.update({"order_index": $order_index}) +## Get the number of digits from tracks, to have a unique integer from group index and track index + +#set temp_max_digit = 0 - #silent $data_parameter_dict.update({$false_path: $data_dict}) - - #end def +#for $g in $group + #if len($g.format) > $temp_max_digit + #silent temp_max_digit = len($g.format) + #end if +#end for - ## Get the number of digits from tracks, to have a unique integer from group index and track index +#set nb_digits_max_track = len(str($temp_max_digit)) - #set temp_max_digit = 0 +## END Get the number of digits - #for $g in $group - #if len($g.format) > $temp_max_digit - #silent temp_max_digit = len($g.format) - #end if - #end for - - #set nb_digits_max_track = len(str($temp_max_digit)) - - ## END Get the number of digits +#for $i_g, $g in enumerate( $group ) + #for $i, $f in enumerate( $g.format ) + ## Create the order index using index_group+1 concatenated with index_track + #set index_group_final = str($i_g + 1) + #set index_track_final = str($index_group_final) + str($i).zfill($nb_digits_max_track) - #for $i_g, $g in enumerate( $group ) - #for $i, $f in enumerate( $g.format ) - ## Create the order index using index_group+1 concatenated with index_track - #set index_group_final = str($i_g + 1) - #set index_track_final = str($index_group_final) + str($i).zfill($nb_digits_max_track) + ## For each format, we have a few mandatory fields we store in a dict + #set track_color = str($f.formatChoice.track_color) + #set group_name = str($g.group_name) + #set longLabel = str($f.formatChoice.longLabel) + #set extra_data_dict = {"track_color": $track_color, + "group_name": $group_name, + "long_label": $longLabel} - ## For each format, we have a few mandatory fields we store in a dict - #set track_color = str($f.formatChoice.track_color) - #set group_name = str($g.group_name) - #set longLabel = str($f.formatChoice.longLabel) - #set extra_data_dict = {"database": "", - "track_color": $track_color, - "group_name": $group_name, - "long_label": $longLabel} + #if $f.formatChoice.format_select == "bam" + #set bam_index = $f.formatChoice.BAM.metadata.bam_index + + ## Add Bam format specific fields + #silent $extra_data_dict.update({"index": $bam_index}) - #if $f.formatChoice.format_select == "bam" - --bam $f.formatChoice.BAM - #set bam_index = $f.formatChoice.BAM.metadata.bam_index - - ## Add Bam format specific fields - #silent extra_data_dict.update({"index": $bam_index}) - - #silent $prepare_json($f.formatChoice.BAM, $index_track_final, extra_data_dict) + #silent $prepare_json("Bam", $f.formatChoice.BAM, $index_track_final, $extra_data_dict) + #end if + #if $f.formatChoice.format_select == "bed" + #if $f.formatChoice.bedChoice.bed_select == "bed_generic" + #silent $prepare_json("Bed", $f.formatChoice.bedChoice.BED, $index_track_final, + $extra_data_dict) + #end if + #if $f.formatChoice.bedChoice.bed_select == "bed_cytoBand" + #silent $prepare_json("CytoBand", $f.formatChoice.bedChoice.BED_cytoBand, $index_track_final, + $extra_data_dict) + #end if + #if $f.formatChoice.bedChoice.bed_select == "bed_simple_repeats_option" + #silent $prepare_json("BedSimpleRepeats", $f.formatChoice.bedChoice.BED_simple_repeats, $index_track_final, + $extra_data_dict) + #end if + #if $f.formatChoice.bedChoice.bed_select == "bed_splice_junctions_option" + #silent $prepare_json("BedSpliceJunctions", $f.formatChoice.bedChoice.BED_splice_junctions, $index_track_final, + $extra_data_dict) + #end if + #if $f.formatChoice.bedChoice.bed_select == "bed_blast_alignment_option" + #set database = str($f.formatChoice.bedChoice.database) + #silent $extra_data_dict.update({"database": $database}) + #if $f.formatChoice.bedChoice.add_trix_index.add_trix_index_selector == "yes" + #for i in $f.formatChoice.bedChoice.add_trix_index.trix_index + #if $i.element_identifier.endswith("ix") + #$extra_data_dict.update({"index_ix": str($i)}) + #elif $i.element_identifier.endswith("ixx") + #$extra_data_dict.update({"index_ixx": str($i)}) + #end if + #end for + ##set ix_index = str($f.formatChoice.bedChoice.add_trix_index.trix_index.index_ix) + ##set ixx_index = str($f.formatChoice.bedChoice.add_trix_index.trix_index.index_ixx) + ##silent $extra_data_dict.update({"indexIx": $ix_index, "indexIxx": $ixx_index}) #end if - #if $f.formatChoice.format_select == "bed" - #if $f.formatChoice.bedChoice.bed_select == "bed_generic" - --bed $f.formatChoice.bedChoice.BED - #silent $prepare_json($f.formatChoice.bedChoice.BED, $index_track_final, - extra_data_dict) - #end if - #if $f.formatChoice.bedChoice.bed_select == "bed_cytoBand" - --cytoBand $f.formatChoice.bedChoice.BED_cytoBand - #silent $prepare_json($f.formatChoice.bedChoice.BED_cytoBand, $index_track_final, - extra_data_dict) - #end if - #if $f.formatChoice.bedChoice.bed_select == "bed_simple_repeats_option" - --bedSimpleRepeats $f.formatChoice.bedChoice.BED_simple_repeats - #silent $prepare_json($f.formatChoice.bedChoice.BED_simple_repeats, $index_track_final, - extra_data_dict) - #end if - #if $f.formatChoice.bedChoice.bed_select == "bed_splice_junctions_option" - --bedSpliceJunctions $f.formatChoice.bedChoice.BED_splice_junctions - #silent $prepare_json($f.formatChoice.bedChoice.BED_splice_junctions, $index_track_final, - extra_data_dict) + #silent $prepare_json("BedBlastAlignments", $f.formatChoice.bedChoice.BED_blast_alignment, $index_track_final, + $extra_data_dict) + #end if + #if $f.formatChoice.bedChoice.bed_select == "bed_blat_alignment_option" + #set database = str($f.formatChoice.bedChoice.database) + #silent $extra_data_dict.update({"database": $database}) + #if $f.formatChoice.bedChoice.add_trix_index.add_trix_index_selector == "yes" + #for i in $f.formatChoice.bedChoice.add_trix_index.trix_index + #if $i.element_identifier.endswith("ix") + #$extra_data_dict.update({"index_ix": str($i)}) + #elif $i.element_identifier.endswith("ixx") + #$extra_data_dict.update({"index_ixx": str($i)}) + #end if + #end for + ##set ix_index = str($f.formatChoice.bedChoice.add_trix_index.trix_index.index_ix) + ##set ixx_index = str($f.formatChoice.bedChoice.add_trix_index.trix_index.index_ixx) + ##silent $extra_data_dict.update({"indexIx": $ix_index, "indexIxx": $ixx_index}) + #end if + #silent $prepare_json("BedBlatAlignments", $f.formatChoice.bedChoice.BED_blat_alignment, $index_track_final, + $extra_data_dict) + #end if + #end if + #if $f.formatChoice.format_select == "psl" + #silent $prepare_json("Psl", $f.formatChoice.PSL, $index_track_final, + $extra_data_dict) + #end if + #if $f.formatChoice.format_select == "bigwig" + #silent $prepare_json("BigWig", $f.formatChoice.BIGWIG, $index_track_final, + $extra_data_dict) + #end if + #if $f.formatChoice.format_select == "bigbed" + #if $f.formatChoice.add_trix_index.add_trix_index_selector == "yes" + ##set ix_index = str($f.formatChoice.add_trix_index.trix_index.index_ix) + ##set ixx_index = str($f.formatChoice.add_trix_index.trix_index.index_ixx) + #for i in $f.formatChoice.add_trix_index.trix_index + #if $i.element_identifier.endswith("ix") + #$extra_data_dict.update({"index_ix": str($i)}) + #elif $i.element_identifier.endswith("ixx") + #$extra_data_dict.update({"index_ixx": str($i)}) #end if - #if $f.formatChoice.bedChoice.bed_select == "bed_blast_alignment_option" - --bedBlastAlignments $f.formatChoice.bedChoice.BED_blast_alignment - #set database = str($f.formatChoice.bedChoice.database) - #silent extra_data_dict.update({"database": $database}) - #silent $prepare_json($f.formatChoice.bedChoice.BED_blast_alignment, $index_track_final, - extra_data_dict) - #end if - #if $f.formatChoice.bedChoice.bed_select == "bed_blat_alignment_option" - --bigpsl $f.formatChoice.bedChoice.BED_blat_alignment - #set database = str($f.formatChoice.bedChoice.database) - #silent extra_data_dict.update({"database": $database}) - #silent $prepare_json($f.formatChoice.bedChoice.BED_blat_alignment, $index_track_final, - extra_data_dict) - #end if - #end if - #if $f.formatChoice.format_select == "psl" - --psl $f.formatChoice.PSL - #silent $prepare_json($f.formatChoice.PSL, $index_track_final, - extra_data_dict) - #end if - #if $f.formatChoice.format_select == "bigwig" - --bigwig $f.formatChoice.BIGWIG - #silent $prepare_json($f.formatChoice.BIGWIG, $index_track_final, - extra_data_dict) - #end if - #if $f.formatChoice.format_select == "bigbed" - --bigbed $f.formatChoice.BIGBED - #silent $prepare_json($f.formatChoice.BIGBED, $index_track_final, - extra_data_dict) - #end if - #if $f.formatChoice.format_select == "gff3" - --gff3 $f.formatChoice.GFF3 - #silent $prepare_json($f.formatChoice.GFF3, $index_track_final, - extra_data_dict) - #end if - #if $f.formatChoice.format_select == "gtf" - ## Add also GTF from Agustus? See https://github.com/ENCODE-DCC/kentUtils/issues/8 - --gtf $f.formatChoice.GTF - #silent $prepare_json($f.formatChoice.GTF, $index_track_final, - extra_data_dict) - #end if - #end for - #end for + #end for + #$extra_data_dict.update({"trix_id": str($f.formatChoice.add_trix_index.trix_id)}) + ##set trix_id = str($f.formatChoice.add_trix_index.trix_id) + ##silent $extra_data_dict.update({"indexIx": $ix_index, "indexIxx": $ixx_index, "trix_id": $trix_id}) + #end if + #silent $prepare_json("BigBed", $f.formatChoice.BIGBED, $index_track_final, + $extra_data_dict) + #end if + #if $f.formatChoice.format_select == "gff3" + #silent $prepare_json("Gff3", $f.formatChoice.GFF3, $index_track_final, + $extra_data_dict) + #end if + #if $f.formatChoice.format_select == "gtf" + ## Add also GTF from Agustus? See https://github.com/ENCODE-DCC/kentUtils/issues/8 + #silent $prepare_json("Gtf", $f.formatChoice.GTF, $index_track_final, + $extra_data_dict) + #end if + #end for +#end for - ## We combine the fasta file dataset name with his false path in a JSON object - #set fasta_json = json.dumps({"false_path": str($fasta_file), "name": $fasta_file.name}) - -f '$fasta_json' +## We combine the fasta file dataset name with his false path in a JSON object +#set fasta_json = {"false_path": str($fasta_file), "name": str($fasta_file.name)} +$data_parameter_dict.update({"fasta": $fasta_json}) - ## Dump the final json - #set all_data_json = json.dumps($data_parameter_dict) +## Retrieve the user email +#silent $data_parameter_dict.update({"user_email": str($__user_email__)}) - --data_json '$all_data_json' +#silent $data_parameter_dict.update({"tool_directory": str($__tool_directory__)}) - ## Retrieve the user email - --user_email $__user_email__ +#silent $data_parameter_dict.update({"extra_files_path": str($output.extra_files_path)}) - -d $__tool_directory__ +#silent $data_parameter_dict.update({"debug_mode": str($advanced_options.debug_mode)}) - -e $output.extra_files_path - - $advanced_options.debug_mode +with open(file_path, 'w') as f: + json.dump($data_parameter_dict, f) - -o $output; - - ]]></command> + </configfile> + </configfiles> <inputs> <param @@ -275,6 +314,7 @@ <option value="FlyBase">FlyBase</option> <option value="Others">Others</option> </param> + <expand macro="add_trix_file"/> </when> <when value="bed_blat_alignment_option"> <param @@ -287,6 +327,7 @@ <option value="NCBI" selected="true">NCBI</option> <option value="Others">Others</option> </param> + <expand macro="add_trix_file"/> </when> </conditional> <param name="longLabel" type="text" size="76" label="Track label" help="It is limited to 76 printable characters, the first 17 printable characters will be used as a short label of the track" /> @@ -337,6 +378,15 @@ type="data" label="BIGBED File" /> + <expand macro="add_trix_file"> + <param + name="trix_id" + value="name" + type="text" + size="30" + label="Specify Trix identifier (The default is name)" + /> + </expand> <param name="longLabel" type="text" size="76" label="Track label" help="It is limited to 76 printable characters, the first 17 printable characters will be used as a short label of the track" /> <param name="track_color" type="color" label="Track color" value="#000000"> <sanitizer> @@ -388,9 +438,9 @@ </param> <!-- TODO: Avoid redundancy here --> <when value="on"> - <param name="debug_mode" type="boolean" - label="Activate debug mode" checked="false" - truevalue="--debug_mode" falsevalue=""> + <param name="debug_mode" type="select" label="Activate debug mode"> + <option value="false" selected="true">No</option> + <option value="true">Yes</option> <help> Use this option if you are a G-OnRamp developer </help> @@ -398,34 +448,25 @@ </when> <when value="off"> <param name="debug_mode" type="hidden" - value=""> + value="false"> </param> </when> - </conditional> -</inputs> + </conditional> + </inputs> <outputs> <data format="trackhub" name="output"/> </outputs> <tests> - <!-- Test with only the fasta file --> + + <!-- Test with only the fasta file --> <test> <param name="genome_name" value="Dbia3"/> <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> <output name="output" file="only_genome/only_genome.html"> - <extra_files type="file" name="__main__.log" value="only_genome/__main__.log" /> - <extra_files type="file" name="myHub/genomes.txt" value="only_genome/myHub/genomes.txt" /> - <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3.html" value="only_genome/myHub/Dbia3.html"/> - <!-- Email could be different, but we need to ensure we still have the email line --> - <extra_files type="file" name="myHub/hub.txt" value="only_genome/myHub/hub.txt" lines_diff="2"> - <assert_contents> - <has_text text="email"/> - </assert_contents> - </extra_files> - <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit" value="common/Dbia3.2bit"> - </extra_files> - <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/description.html" value="only_genome/myHub/Dbia3/description.html"/> + <!-- Use macro to check the whole common structure without repeated code --> + <expand macro="verify_hub_structure_no_track" test="only_genome" /> </output> </test> @@ -439,6 +480,7 @@ <conditional name="formatChoice"> <param name="format_select" value="bam"/> <param name="BAM" value="bam/inputs/HISAT2_Accepted_Hits.bam" /> + <param name="longLabel" value="HISAT sequence alignment" /> <param name="track_color" value="#000000"/> </conditional> </repeat> @@ -455,22 +497,8 @@ value="bam/myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam.bai" compare="sim_size" /> - <!-- Verify trackDb.txt contains the basic fields for a bam --> - <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/trackDb.txt" value="bam/myHub/Dbia3/trackDb.txt"> - <assert_contents> - <has_text text="track"/> - <has_text text="longLabel"/> - <has_text text="shortLabel"/> - <has_text text="bigDataUrl"/> - <has_text text="type"/> - <has_text text="visibility"/> - <has_text text="thickDrawItem"/> - <has_text text="priority"/> - <has_text text="color"/> - <has_text text="group"/> - </assert_contents> - </extra_files> - <!-- TODO: Find a way to check also that the whole common structure is intact too, without too much repetition --> + <!-- Use macro to check the whole common structure without repeated code --> + <expand macro="verify_hub_structure" test="bam" /> </output> </test> @@ -486,18 +514,19 @@ <conditional name="bedChoice"> <param name="bed_select" value="bed_generic"/> <param name="BED" ftype="bed" value="bed_generic/inputs/TBLASTN_Alignment_to_proteins"/> + <param name="longLabel" value="TBLASTN alignment" /> <param name="track_color" value="#000000"/> </conditional> </conditional> </repeat> </repeat> <output name="output" file="bed_generic/bed_generic.html"> - <!-- Verify tracks folder contains bam and bai --> <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/tracks/TBLASTN_Alignment_to_proteins.bb" value="bed_generic/myHub/Dbia3/tracks/TBLASTN_Alignment_to_proteins.bb" compare="sim_size" /> + <expand macro="verify_hub_structure" test="bed_generic" /> </output> </test> @@ -513,22 +542,22 @@ <conditional name="bedChoice"> <param name="bed_select" value="bed_simple_repeats_option"/> <param name="BED_simple_repeats" ftype="bed" value="bed_simple_repeats/inputs/Repeating_Elements_by_TrfBig"/> + <param name="longLabel" value="Simple repeat" /> <param name="track_color" value="#000000"/> </conditional> </conditional> </repeat> </repeat> <output name="output" file="bed_simple_repeats/bed_simple_repeats_trackhub.html"> - <!-- Verify tracks folder contains bam and bai --> <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/tracks/Repeating_Elements_by_TrfBig.bb" value="bed_simple_repeats/myHub/Dbia3/tracks/Repeating_Elements_by_TrfBig.bb" compare="sim_size" /> + <expand macro="verify_hub_structure" test="bed_simple_repeats" /> </output> </test> - <!-- Test with Psl --> <test> <param name="genome_name" value="Dbia3"/> @@ -539,19 +568,18 @@ <conditional name="formatChoice"> <param name="format_select" value="psl"/> <param name="PSL" value="psl/inputs/blastXmlToPsl"/> + <param name="longLabel" value="BLAST Alignment" /> <param name="track_color" value="#000000"/> </conditional> </repeat> </repeat> <output name="output" file="psl/psl_trackhub.html"> - <!-- Verify tracks folder contains bam and bai --> <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/tracks/blastXmlToPsl.bb" value="psl/myHub/Dbia3/tracks/blastXmlToPsl.bb" compare="sim_size" /> - <!-- Verify trackDb.txt contains the basic fields for a bam --> - <!-- TODO: Find a way to check also that the whole common structure is intact too, without too much repetition --> + <expand macro="verify_hub_structure" test="psl" /> </output> </test> @@ -564,20 +592,27 @@ <repeat name="format"> <conditional name="formatChoice"> <param name="format_select" value="bigwig"/> - <param name="BIGWIG" value="bigwig/inputs/RNA-Seq_Alignment_Summary"/> + <param name="BIGWIG" value="bigwig/inputs/RNA-Seq_Alignment_Coverage"/> + <param name="longLabel" value="RNA-Seq Coverage" /> <param name="track_color" value="#000000"/> </conditional> </repeat> </repeat> <output name="output" file="bigwig/bigwig.html"> - <!-- Verify tracks folder contains bam and bai --> <extra_files type="file" - name="myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Summary.bigwig" - value="bigwig/myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Summary.bigwig" + name="myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig" + value="bigwig/myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig" compare="sim_size" /> - <!-- Verify trackDb.txt contains the basic fields for a bam --> - <!-- TODO: Find a way to check also that the whole common structure is intact too, without too much repetition --> + <expand macro="verify_hub_structure" test="bigwig" /> + <!-- check additional trackDb settings for BigWig --> + <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/trackDb.txt"> + <assert_contents> + <has_text text="autoScale"/> + <has_text text="maxHeightPixels"/> + <has_text text="windowingFunction"/> + </assert_contents> + </extra_files> </output> </test> @@ -591,19 +626,18 @@ <conditional name="formatChoice"> <param name="format_select" value="gff3"/> <param name="GFF3" value="gff3/inputs/Augustus_Gene_Predictions"/> + <param name="longLabel" value="Augustus" /> <param name="track_color" value="#000000"/> </conditional> </repeat> </repeat> <output name="output" file="gff3/gff3_trackhub.html"> - <!-- Verify tracks folder contains bam and bai --> <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/tracks/Augustus_Gene_Predictions.bb" value="gff3/myHub/Dbia3/tracks/Augustus_Gene_Predictions.bb" compare="sim_size" /> - <!-- Verify trackDb.txt contains the basic fields for a bam --> - <!-- TODO: Find a way to check also that the whole common structure is intact too, without too much repetition --> + <expand macro="verify_hub_structure" test="gff3" /> </output> </test> @@ -617,19 +651,182 @@ <conditional name="formatChoice"> <param name="format_select" value="gtf"/> <param name="GTF" value="gtf/inputs/StringTie_Assembled_Transcripts"/> + <param name="longLabel" value="StringTie transcripts" /> <param name="track_color" value="#000000"/> </conditional> </repeat> </repeat> <output name="output" file="gtf/gtf_trackhub.html"> - <!-- Verify tracks folder contains bam and bai --> <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb" value="gtf/myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb" compare="sim_size" /> - <!-- Verify trackDb.txt contains the basic fields for a bam --> - <!-- TODO: Find a way to check also that the whole common structure is intact too, without too much repetition --> + <expand macro="verify_hub_structure" test="gtf" /> + </output> + </test> + + <!-- Test with BLAT Alignment --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Default group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bed" /> + <conditional name="bedChoice"> + <param name="bed_select" value="bed_blat_alignment_option"/> + <param name="BED_blat_alignment" ftype="bed" value="bed_blat_alignment/inputs/BLAT_alignment_bigpsl"/> + <param name="longLabel" value="BLAT alignment" /> + <param name="track_color" value="#000000"/> + <param name="database" value="NCBI" /> + </conditional> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <output name="output" file="bed_blat_alignment/blat_alignment_trackhub.html"> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/BLAT_alignment_bigpsl.bb" + value="bed_blat_alignment/myHub/Dbia3/tracks/BLAT_alignment_bigpsl.bb" + compare="sim_size" + /> + <expand macro="verify_hub_structure" test="bed_blat_alignment" /> + <!-- check additional trackDb settings for BLAT --> + <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/trackDb.txt"> + <assert_contents> + <has_text text="searchIndex"/> + <has_text text="url"/> + <has_text text="urlLabel"/> + <has_text text="iframeUrl"/> + <has_text text="iframeOptions"/> + </assert_contents> + </extra_files> + </output> + </test> + + <!-- Test with BLAST Alignment --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Default group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bed" /> + <conditional name="bedChoice"> + <param name="bed_select" value="bed_blast_alignment_option"/> + <param name="BED_blast_alignment" ftype="bed" value="bed_blast_alignment/inputs/BLAST_alignment_bigpsl"/> + <param name="longLabel" value="BLAST alignment" /> + <param name="track_color" value="#000000"/> + <param name="database" value="NCBI" /> + </conditional> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <output name="output" file="bed_blast_alignment/blast_alignment_trackhub.html"> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/BLAST_alignment_bigpsl.bb" + value="bed_blast_alignment/myHub/Dbia3/tracks/BLAST_alignment_bigpsl.bb" + compare="sim_size" + /> + <expand macro="verify_hub_structure" test="bed_blast_alignment" /> + <!-- check additional trackDb settings for BLAST --> + <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/trackDb.txt"> + <assert_contents> + <has_text text="searchIndex"/> + <has_text text="url"/> + <has_text text="urlLabel"/> + <has_text text="iframeUrl"/> + <has_text text="iframeOptions"/> + </assert_contents> + </extra_files> + </output> + </test> + + <!-- Test with Regtools Splice Junctions --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Default group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bed" /> + <conditional name="bedChoice"> + <param name="bed_select" value="bed_splice_junctions_option"/> + <param name="BED_splice_junctions" ftype="bed" value="bed_splice_junctions/inputs/regtools_junctions"/> + <param name="longLabel" value="Splice junctions" /> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <output name="output" file="bed_splice_junctions/splice_junctions_trackhub.html"> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/regtools_junctions.bb" + value="bed_splice_junctions/myHub/Dbia3/tracks/regtools_junctions.bb" + compare="sim_size" + /> + <expand macro="verify_hub_structure" test="bed_splice_junctions" /> + </output> + </test> + + <!-- Test with Cytoband --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Default group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bed" /> + <conditional name="bedChoice"> + <param name="bed_select" value="bed_cytoBand"/> + <param name="BED_cytoBand" ftype="bed" value="bed_cytoband/inputs/Cytoband"/> + <param name="longLabel" value="Cytoband" /> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <output name="output" file="bed_cytoband/cytoband_trackhub.html"> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/Cytoband.bb" + value="bed_cytoband/myHub/Dbia3/tracks/Cytoband.bb" + compare="sim_size" + /> + <expand macro="verify_hub_structure" test="bed_cytoband" /> + <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/trackDb.txt"> + <assert_contents> + <has_text text="track cytoBandIdeo"/> + </assert_contents> + </extra_files> + </output> + </test> + + <!-- Test with bigBed --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Default group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bigbed"/> + <param name="BIGBED" value="big_bed/inputs/BLAT_alignment_bigbed" /> + <param name="longLabel" value="bigBed" /> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <output name="output" file="big_bed/bigbed_trackhub.html"> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/BLAT_alignment_bigbed.bigbed" + value="big_bed/myHub/Dbia3/tracks/BLAT_alignment_bigbed.bigbed" + compare="sim_size" + /> + <expand macro="verify_hub_structure" test="big_bed" /> </output> </test> @@ -655,7 +852,6 @@ </repeat> </repeat> <output name="output" file="gtf_gff/gtf_gff_trackhub.html"> - <!-- verify tracks folder contains bam and bai --> <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb" value="gtf/myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb" @@ -666,12 +862,11 @@ value="gff3/myHub/Dbia3/tracks/Augustus_Gene_Predictions.bb" compare="sim_size" /> - <!-- verify trackdb.txt contains the basic fields for a bam --> - <!-- todo: find a way to check also that the whole common structure is intact too, without too much repetition --> + <expand macro="verify_hub_structure" test="gtf_gff" /> </output> </test> - <!-- Test with one group and all the supported datatypes on 10/04/2016 --> + <!-- Test with one group and all the supported datatypes --> <test> <param name="genome_name" value="Dbia3"/> <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> @@ -715,7 +910,7 @@ <repeat name="format"> <conditional name="formatChoice"> <param name="format_select" value="bigwig"/> - <param name="BIGWIG" value="bigwig/inputs/RNA-Seq_Alignment_Summary"/> + <param name="BIGWIG" value="bigwig/inputs/RNA-Seq_Alignment_Coverage"/> <param name="track_color" value="#000000"/> </conditional> </repeat> @@ -733,6 +928,48 @@ <param name="track_color" value="#000000"/> </conditional> </repeat> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bed" /> + <conditional name="bedChoice"> + <param name="bed_select" value="bed_cytoBand"/> + <param name="BED_cytoBand" ftype="bed" value="bed_cytoband/inputs/Cytoband"/> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </conditional> + </repeat> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bed" /> + <conditional name="bedChoice"> + <param name="bed_select" value="bed_splice_junctions_option"/> + <param name="BED_splice_junctions" ftype="bed" value="bed_splice_junctions/inputs/regtools_junctions"/> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </conditional> + </repeat> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bed" /> + <conditional name="bedChoice"> + <param name="bed_select" value="bed_blast_alignment_option"/> + <param name="BED_blast_alignment" ftype="bed" value="bed_blast_alignment/inputs/BLAST_alignment_bigpsl"/> + <param name="track_color" value="#000000"/> + <param name="database" value="NCBI" /> + </conditional> + </conditional> + </repeat> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bed" /> + <conditional name="bedChoice"> + <param name="bed_select" value="bed_blat_alignment_option"/> + <param name="BED_blat_alignment" ftype="bed" value="bed_blat_alignment/inputs/BLAT_alignment_bigpsl"/> + <param name="track_color" value="#000000"/> + <param name="database" value="NCBI" /> + </conditional> + </conditional> + </repeat> </repeat> <output name="output" file="all_datatypes/all_datatypes_trackhub.html"> <!-- verify tracks folder contains all the files --> @@ -762,8 +999,8 @@ compare="sim_size" /> <extra_files type="file" - name="myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Summary.bigwig" - value="all_datatypes/myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Summary.bigwig" + name="myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig" + value="all_datatypes/myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig" compare="sim_size" /> <extra_files type="file" @@ -776,12 +1013,31 @@ value="all_datatypes/myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb" compare="sim_size" /> - <!-- verify trackdb.txt contains the basic fields for a bam --> - <!-- todo: find a way to check also that the whole common structure is intact too, without too much repetition --> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/Cytoband.bb" + value="all_datatypes/myHub/Dbia3/tracks/Cytoband.bb" + compare="sim_size" + /> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/regtools_junctions.bb" + value="all_datatypes/myHub/Dbia3/tracks/regtools_junctions.bb" + compare="sim_size" + /> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/BLAST_alignment_bigpsl.bb" + value="all_datatypes/myHub/Dbia3/tracks/BLAST_alignment_bigpsl.bb" + compare="sim_size" + /> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/BLAT_alignment_bigpsl.bb" + value="all_datatypes/myHub/Dbia3/tracks/BLAT_alignment_bigpsl.bb" + compare="sim_size" + /> + <expand macro="verify_hub_structure" test="all_datatypes" /> </output> </test> - <!-- Test with two groups and no tracks --> + <!-- Test with two groups and no tracks --> <test> <param name="genome_name" value="Dbia3"/> <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> @@ -792,18 +1048,7 @@ <param name="group_name" value="Other group"/> </repeat> <output name="output" file="two_groups_no_track/two_groups_no_track_trackhub.html"> - <extra_files type="file" name="myHub/genomes.txt" value="two_groups_no_track/myHub/genomes.txt"/> - <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3.html" value="two_groups_no_track/myHub/Dbia3.html"/> - <!-- Email could be different, but we need to ensure we still have the email line --> - <extra_files type="file" name="myHub/hub.txt" value="two_groups_no_track/myHub/hub.txt" lines_diff="2"> - <assert_contents> - <has_text text="email"/> - </assert_contents> - </extra_files> - <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit" value="common/Dbia3.2bit"> - </extra_files> - <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/description.html" - value="two_groups_no_track/myHub/Dbia3/description.html"/> + <expand macro="verify_hub_structure_no_track" test="two_groups_no_track" /> </output> </test> @@ -816,7 +1061,7 @@ <repeat name="format"> <conditional name="formatChoice"> <param name="format_select" value="bigwig"/> - <param name="BIGWIG" value="bigwig/inputs/RNA-Seq_Alignment_Summary"/> + <param name="BIGWIG" value="bigwig/inputs/RNA-Seq_Alignment_Coverage"/> <param name="track_color" value="#000000"/> </conditional> </repeat> @@ -825,28 +1070,13 @@ <param name="group_name" value="Other group"/> </repeat> <output name="output" file="two_groups_one_track_first/two_groups_one_track_first_trackhub.html"> - <!-- Check myHub structure --> - <extra_files type="file" name="myHub/genomes.txt" value="two_groups_one_track_first/myHub/genomes.txt"/> - <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3.html" value="two_groups_one_track_first/myHub/Dbia3.html"/> - <!-- Email could be different, but we need to ensure we still have the email line --> - <extra_files type="file" name="myHub/hub.txt" value="two_groups_one_track_first/myHub/hub.txt" lines_diff="2"> - <assert_contents> - <has_text text="email"/> - </assert_contents> - </extra_files> - <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit" value="common/Dbia3.2bit"> - </extra_files> - <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/description.html" - value="two_groups_one_track_first/myHub/Dbia3/description.html"/> - <!-- Check tracks exist --> <extra_files type="file" - name="myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Summary.bigwig" - value="bigwig/myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Summary.bigwig" + name="myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig" + value="bigwig/myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig" compare="sim_size" /> - - <!-- Check the groups.txt exists and is properly populated --> + <expand macro="verify_hub_structure" test="two_groups_one_track_first" /> </output> </test> @@ -859,7 +1089,7 @@ <repeat name="format"> <conditional name="formatChoice"> <param name="format_select" value="bigwig"/> - <param name="BIGWIG" value="bigwig/inputs/RNA-Seq_Alignment_Summary"/> + <param name="BIGWIG" value="bigwig/inputs/RNA-Seq_Alignment_Coverage"/> <param name="track_color" value="#000000"/> </conditional> </repeat> @@ -875,26 +1105,11 @@ </repeat> </repeat> <output name="output" file="two_groups_one_track_both/two_groups_one_track_both_trackhub.html"> - <!-- Check myHub structure --> - <extra_files type="file" name="myHub/genomes.txt" value="two_groups_one_track_both/myHub/genomes.txt"/> - <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3.html" value="two_groups_one_track_both/myHub/Dbia3.html"/> - <!-- Email could be different, but we need to ensure we still have the email line --> - <extra_files type="file" name="myHub/hub.txt" value="two_groups_one_track_both/myHub/hub.txt" - lines_diff="2"> - <assert_contents> - <has_text text="email"/> - </assert_contents> - </extra_files> - <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit" value="common/Dbia3.2bit"> - </extra_files> - <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/description.html" - value="two_groups_one_track_both/myHub/Dbia3/description.html"/> - <!-- Check tracks exist --> <!-- First group --> <extra_files type="file" - name="myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Summary.bigwig" - value="bigwig/myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Summary.bigwig" + name="myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig" + value="bigwig/myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig" compare="sim_size" /> @@ -904,6 +1119,7 @@ value="gtf/myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb" compare="sim_size" /> + <expand macro="verify_hub_structure" test="two_groups_one_track_both" /> <!-- Check the groups.txt exists and is properly populated --> </output> </test> @@ -917,7 +1133,7 @@ <repeat name="format"> <conditional name="formatChoice"> <param name="format_select" value="bigwig"/> - <param name="BIGWIG" value="bigwig/inputs/RNA-Seq_Alignment_Summary"/> + <param name="BIGWIG" value="bigwig/inputs/RNA-Seq_Alignment_Coverage"/> <param name="track_color" value="#000000"/> </conditional> </repeat> @@ -947,26 +1163,11 @@ </repeat> </repeat> <output name="output" file="two_groups_multiple_tracks/two_groups_multiple_tracks_trackhub.html"> - <!-- Check myHub structure --> - <extra_files type="file" name="myHub/genomes.txt" value="two_groups_multiple_tracks/myHub/genomes.txt"/> - <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3.html" value="two_groups_multiple_tracks/myHub/Dbia3.html"/> - <!-- Email could be different, but we need to ensure we still have the email line --> - <extra_files type="file" name="myHub/hub.txt" value="two_groups_multiple_tracks/myHub/hub.txt" - lines_diff="2"> - <assert_contents> - <has_text text="email"/> - </assert_contents> - </extra_files> - <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit" value="common/Dbia3.2bit"> - </extra_files> - <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/description.html" - value="two_groups_multiple_tracks/myHub/Dbia3/description.html"/> - <!-- Check tracks exist --> <!-- First group --> <extra_files type="file" - name="myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Summary.bigwig" - value="bigwig/myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Summary.bigwig" + name="myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig" + value="bigwig/myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig" compare="sim_size" /> <extra_files type="file" @@ -991,7 +1192,7 @@ value="gff3_multi_fasta/myHub/Dbia3/tracks/Multi-Fasta_GlimmerHMM_Gene_Predictions.bb" compare="sim_size" /> - <!-- Check the groups.txt exists and is properly populated --> + <expand macro="verify_hub_structure" test="two_groups_multiple_tracks" /> </output> </test> @@ -1010,8 +1211,9 @@ </repeat> </repeat> <output name="output" file="default_color/default_color_trackhub.html"> + <expand macro="verify_hub_structure" test="default_color" /> <!-- Verify trackDb.txt contains the color 0,0,0 --> - <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/trackDb.txt" value="default_color/myHub/Dbia3/trackDb.txt"> + <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/trackDb.txt"> <assert_contents> <has_text text="color 0,0,0"/> </assert_contents> @@ -1036,8 +1238,9 @@ </repeat> </repeat> <output name="output" file="changed_color/changed_color_trackhub.html"> + <expand macro="verify_hub_structure" test="changed_color" /> <!-- Verify trackDb.txt contains the color 128,100,162 --> - <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/trackDb.txt" value="changed_color/myHub/Dbia3/trackDb.txt"> + <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/trackDb.txt"> <assert_contents> <has_text text="color 128,100,162"/> </assert_contents> @@ -1067,15 +1270,207 @@ value="stringtie_chromosome_end_coordinates/myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb" compare="sim_size" /> + <expand macro="verify_hub_structure" test="stringtie_chromosome_end_coordinates" /> + + <!-- TODO: Find a way to check also that the whole common structure is intact too, without too much repetition --> + </output> + </test> + + <!-- Test default label in a track --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Default group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bam"/> + <param name="BAM" value="bam/inputs/HISAT2_Accepted_Hits.bam"/> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <output name="output" file="default_color/default_color_trackhub.html"> + <expand macro="verify_hub_structure" test="default_color" /> + <!-- Verify trackDb.txt contains default label --> + <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/trackDb.txt"> + <assert_contents> + <has_text text="longLabel HISAT2 Accepted Hits.bam"/> + </assert_contents> + </extra_files> + + <!-- TODO: Find a way to check also that the whole common structure is intact too, without too much repetition --> + </output> + </test> + + <!-- Test customized label in a track --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Default group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bam"/> + <param name="BAM" value="bam/inputs/HISAT2_Accepted_Hits.bam"/> + <param name="longLabel" value="HISAT sequence alignment" /> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <output name="output" file="changed_label/changed_label_trackhub.html"> + <expand macro="verify_hub_structure" test="changed_label" /> + <!-- Verify trackDb.txt contains the customized label --> + <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/trackDb.txt"> + <assert_contents> + <has_text text="longLabel HISAT sequence alignment"/> + </assert_contents> + </extra_files> <!-- TODO: Find a way to check also that the whole common structure is intact too, without too much repetition --> </output> </test> - <!-- Test for big files? --> + <!-- Test TrixIndex for Blat alignment track --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Default group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bed" /> + <conditional name="bedChoice"> + <param name="bed_select" value="bed_blat_alignment_option"/> + <param name="BED_blat_alignment" ftype="bed" value="bed_blat_alignment/inputs/BLAT_alignment_bigpsl"/> + <param name="longLabel" value="BLAT alignment" /> + <param name="track_color" value="#000000"/> + <param name="database" value="NCBI" /> + <conditional name="add_trix_index"> + <param name="add_trix_index_selector" value="yes" /> + <param name="trix_index" value="trix_index_files/blat_out.ix,trix_index_files/blat_out.ixx" /> + </conditional> + </conditional> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <param name="debug_mode" value="true" /> + <output name="output" file="trix_index_files/blat_alignment_trackhub.html"> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/BLAT_alignment_bigpsl.bb" + value="bed_blat_alignment/myHub/Dbia3/tracks/BLAT_alignment_bigpsl.bb" + compare="sim_size" + /> + <expand macro="verify_hub_structure" test="bed_blat_alignment" /> + <!-- check additional trackDb settings for BLAT --> + <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/trackDb.txt"> + <assert_contents> + <has_text text="searchIndex"/> + <has_text text="searchTrix"/> + <has_text text="url"/> + <has_text text="urlLabel"/> + <has_text text="iframeUrl"/> + <has_text text="iframeOptions"/> + </assert_contents> + </extra_files> + <!-- check Trix index directory --> + <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/trix/BLAT_alignment_bigpsl.bb.ix" + value="trix_index_files/blat_out.ix" /> + <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/trix/BLAT_alignment_bigpsl.bb.ixx" + value="trix_index_files/blat_out.ixx" /> + </output> + </test> - <!-- Find tests that should fail --> + <!-- Test TrixIndex for BLAST Alignment --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Default group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bed" /> + <conditional name="bedChoice"> + <param name="bed_select" value="bed_blast_alignment_option"/> + <param name="BED_blast_alignment" ftype="bed" value="bed_blast_alignment/inputs/BLAST_alignment_bigpsl"/> + <param name="longLabel" value="BLAST alignment" /> + <param name="track_color" value="#000000"/> + <param name="database" value="NCBI" /> + <conditional name="add_trix_index"> + <param name="add_trix_index_selector" value="yes" /> + <param name="trix_index" value="trix_index_files/blast_out.ix,trix_index_files/blast_out.ixx" /> + </conditional> + </conditional> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <param name="debug_mode" value="true" /> + <output name="output" file="trix_index_files/blast_alignment_trackhub.html"> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/BLAST_alignment_bigpsl.bb" + value="bed_blast_alignment/myHub/Dbia3/tracks/BLAST_alignment_bigpsl.bb" + compare="sim_size" + /> + <expand macro="verify_hub_structure" test="bed_blast_alignment" /> + <!-- check additional trackDb settings for BLAST --> + <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/trackDb.txt"> + <assert_contents> + <has_text text="searchIndex"/> + <has_text text="searchTrix"/> + <has_text text="url"/> + <has_text text="urlLabel"/> + <has_text text="iframeUrl"/> + <has_text text="iframeOptions"/> + </assert_contents> + </extra_files> + <!-- check Trix index directory --> + <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/trix/BLAST_alignment_bigpsl.bb.ix" + value="trix_index_files/blast_out.ix" /> + <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/trix/BLAST_alignment_bigpsl.bb.ixx" + value="trix_index_files/blast_out.ixx" /> + </output> + </test> + <!-- Test TrixIndex for BigBed --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Default group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bigbed"/> + <param name="BIGBED" value="big_bed/inputs/BLAT_alignment_bigbed" /> + <param name="longLabel" value="bigBed" /> + <param name="track_color" value="#000000"/> + <conditional name="add_trix_index"> + <param name="add_trix_index_selector" value="yes" /> + <param name="trix_index" value="trix_index_files/blat_out.ix,trix_index_files/blat_out.ixx" /> + <param name="trix_id" value="name" /> + </conditional> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <param name="debug_mode" value="true" /> + <output name="output" file="trix_index_files/bigbed_trackhub.html"> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/BLAT_alignment_bigbed.bigbed" + value="big_bed/myHub/Dbia3/tracks/BLAT_alignment_bigbed.bigbed" + compare="sim_size" + /> + <expand macro="verify_hub_structure" test="big_bed"> + <has_text text="searchIndex"/> + <has_text text="searchTrix"/> + </expand> + + <!-- check Trix index directory --> + <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/trix/BLAT_alignment_bigbed.bigbed.ix" + value="trix_index_files/blat_out.ix" /> + <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/trix/BLAT_alignment_bigbed.bigbed.ixx" + value="trix_index_files/blat_out.ixx" /> + </output> + </test> + </tests> <help>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/logging.json Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,48 @@ +{ + "version": 1, + "disable_existing_loggers": false, + "formatters": { + "simple": { + "format": "%(asctime)s - %(name)s - %(levelname)s - %(message)s" + } + }, + + "handlers": { + "console": { + "class": "logging.StreamHandler", + "level": "INFO", + "formatter": "simple", + "stream": "ext://sys.stdout" + }, + + "console_stderr": { + "class": "logging.StreamHandler", + "level": "ERROR", + "formatter": "simple", + "stream": "ext://sys.stderr" + }, + + "debug_file_handler": { + "class": "logging.handlers.RotatingFileHandler", + "level": "DEBUG", + "formatter": "simple", + "filename": "__main__.log", + "maxBytes": 10485760, + "backupCount": 20, + "encoding": "utf8" + } + }, + + "loggers": { + "Reader": { + "level": "INFO", + "handlers": ["console"], + "propagate": "yes" + } + }, + + "root": { + "level": "DEBUG", + "handlers": ["console", "console_stderr", "debug_file_handler"] + } +} \ No newline at end of file
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/macros.xml Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,79 @@ +<macros> + <xml name="verify_hub_structure" token_genome="Dbia3" token_test="common"> + <!--genomes.txt --> + <extra_files type="file" name="myHub/genomes.txt" value="@TEST@/myHub/genomes.txt" /> + + <extra_files type="file" name="myHub/@GENOME@.html" value="@TEST@/myHub/@GENOME@.html"/> + <!-- hub.txt --> + <extra_files type="file" name="myHub/hub.txt" value="@TEST@/myHub/hub.txt" lines_diff="2"> + <assert_contents> + <has_text text="email"/> + </assert_contents> + </extra_files> + <!-- 2bit file --> + <extra_files type="file" name="myHub/@GENOME@/@GENOME@.2bit" value="common/@GENOME@.2bit" /> + <!-- groups.txt --> + <extra_files type="file" name="myHub/@GENOME@/groups.txt" value="@TEST@/myHub/@GENOME@/groups.txt" /> + <!-- description.html --> + <extra_files type="file" name="myHub/@GENOME@/description.html" value="@TEST@/myHub/@GENOME@/description.html"/> + <!-- trackDb.txt --> + <extra_files type="file" name="myHub/@GENOME@/trackDb.txt"> + <assert_contents> + <has_text text="track"/> + <has_text text="longLabel"/> + <has_text text="shortLabel"/> + <has_text text="bigDataUrl"/> + <has_text text="type"/> + <has_text text="visibility"/> + <has_text text="thickDrawItem"/> + <has_text text="priority"/> + <has_text text="color"/> + <has_text text="group"/> + <yield /> + </assert_contents> + </extra_files> + </xml> + + <xml name="verify_hub_structure_no_track" token_genome="Dbia3" token_test="common"> + <!--genomes.txt --> + <extra_files type="file" name="myHub/genomes.txt" value="@TEST@/myHub/genomes.txt" /> + + <extra_files type="file" name="myHub/@GENOME@.html" value="@TEST@/myHub/@GENOME@.html"/> + <!-- hub.txt --> + <extra_files type="file" name="myHub/hub.txt" value="@TEST@/myHub/hub.txt" lines_diff="2"> + <assert_contents> + <has_text text="email"/> + </assert_contents> + </extra_files> + <!-- 2bit file --> + <extra_files type="file" name="myHub/@GENOME@/@GENOME@.2bit" value="common/@GENOME@.2bit" /> + <!-- description.html --> + <extra_files type="file" name="myHub/@GENOME@/description.html" value="@TEST@/myHub/@GENOME@/description.html"/> + </xml> + + + <xml name="add_trix_file"> + <conditional name="add_trix_index"> + <param name="add_trix_index_selector" type="select" label="Add Trix index that allow for fast look-up of free text associated with a list of identifiers." help="More about Trix index: https://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/trix.html"> + <option value="no" selected="true">No</option> + <option value="yes">Yes</option> + </param> + <when value="yes"> + <param name="trix_index" + type="data" + format="txt" + multiple="true" + min="2" + max="2" + label="Specify Trix index" + help="Dataset collection containing ix and ixx files generated by UCSC Trix Index Generator" + /> + <yield /> + </when> + <when value="no"> + </when> + </conditional> + </xml> + + +</macros> \ No newline at end of file
--- a/templates/trackDb/layout.txt Mon Jul 10 17:08:38 2017 -0400 +++ b/templates/trackDb/layout.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -1,92 +1,7 @@ % for trackDb in trackDbs: - % if "bigWig" in trackDb.trackType: - -track ${trackDb.trackName} -longLabel ${trackDb.longLabel} -shortLabel ${trackDb.shortLabel} -bigDataUrl ${trackDb.trackDataURL} -visibility ${trackDb.visibility} -priority ${trackDb.priority} -color ${trackDb.track_color} -group ${trackDb.group_name.lower().replace(' ', '_')} -type ${trackDb.trackType} -autoScale on -maxHeightPixels 100:32:8 -windowingFunction mean+whiskers - - % elif "bigBed 12 +" in trackDb.trackType and trackDb.database: +## See this http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/hgTrackHubHelp.html + % for key in trackDb: +${key} ${trackDb.get(key)} + % endfor -track ${trackDb.trackName} -longLabel ${trackDb.longLabel} -shortLabel ${trackDb.shortLabel} -bigDataUrl ${trackDb.trackDataURL} -type ${trackDb.trackType} -visibility ${trackDb.visibility} -thickDrawItem ${trackDb.thickDrawItem} -priority ${trackDb.priority} -color ${trackDb.track_color} -group ${trackDb.group_name.lower().replace(' ', '_')} -searchIndex name - % if "NCBI" in trackDb.database: -url https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/$$ -urlLabel ${trackDb.database} Details: -iframeUrl https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/$$ -iframeOptions height='600' width='800' - % elif "UniProt" in trackDb.database: -url http://www.uniprot.org/uniprot/$$ -urlLabel ${trackDb.database} Details: -iframeUrl http://www.uniprot.org/uniprot/$$ -iframeOptions height='600' width='800' - % elif "FlyBase" in trackDb.database: -url http://flybase.org/reports/$$ -urlLabel ${trackDb.database} Details: -iframeUrl http://flybase.org/reports/$$ -iframeOptions height='600' width='800' - % else: -url https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/?term=$$ -urlLabel NCBI Details: -iframeUrl https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/?term=$$ -iframeOptions height='600' width='800' - % endif - - % elif "bigPsl" in trackDb.trackType and trackDb.database: - -track ${trackDb.trackName} -longLabel ${trackDb.longLabel} -shortLabel ${trackDb.shortLabel} -bigDataUrl ${trackDb.trackDataURL} -type ${trackDb.trackType} -visibility ${trackDb.visibility} -thickDrawItem ${trackDb.thickDrawItem} -priority ${trackDb.priority} -color ${trackDb.track_color} -group ${trackDb.group_name.lower().replace(' ', '_')} -searchIndex name - % if "NCBI" in trackDb.database: -url https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/$$ -urlLabel NCBI Details: -iframeUrl https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/$$ -iframeOptions height='600' width='800' - % else: -url https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/?term=$$ -urlLabel NCBI Details: -iframeUrl https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/?term=$$ -iframeOptions height='600' width='800' - % endif - - % else: - -## See this http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/hgTrackHubHelp.html -track ${trackDb.trackName} -longLabel ${trackDb.longLabel} -shortLabel ${trackDb.shortLabel} -bigDataUrl ${trackDb.trackDataURL} -type ${trackDb.trackType} -visibility ${trackDb.visibility} -thickDrawItem ${trackDb.thickDrawItem} -priority ${trackDb.priority} -color ${trackDb.track_color} -group ${trackDb.group_name.lower().replace(' ', '_')} -searchIndex name - % endif % endfor
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/all_datatypes/__main__.log Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,178 @@ +DEBUG:root:#### Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode #### + +DEBUG:root:Calling faToTwoBit: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling twoBitInfo: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling sort: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:input_false_path: /home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dataset_154.dat +DEBUG:root:data_value: {u'index': u'/home/galaxy/galaxy/database/datasets/_metadata_files/000/metadata_6.dat', u'long_label': u'', u'name': u'HISAT2_Accepted_Hits', u'database': u'', u'track_color': u'#000000', u'group_name': u'Default group', u'order_index': u'100'} +DEBUG:root:input_false_path: /home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dataset_207.dat +DEBUG:root:data_value: {u'long_label': u'', u'name': u'TBLASTN_Alignment_to_proteins', u'database': u'', u'track_color': u'#000000', u'group_name': u'Default 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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/all_datatypes/all_datatypes_trackhub.html Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,103 @@ + +<html> + <body> + <p> + The following has been generated by Hub Archive Creator: + </p> + <ul> + + <li> + myHub + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> + </li> + <li> + Dbia3 + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> + </li> + <li> + tracks + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3/tracks/Cytoband.bb">Cytoband.bb</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig">RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/tracks/Repeating_Elements_by_TrfBig.bb">Repeating_Elements_by_TrfBig.bb</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/tracks/TBLASTN_Alignment_to_proteins.bb">TBLASTN_Alignment_to_proteins.bb</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/tracks/blastXmlToPsl.bb">blastXmlToPsl.bb</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/tracks/BLAT_alignment_bigpsl.bb">BLAT_alignment_bigpsl.bb</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam.bai">HISAT2_Accepted_Hits.bam.bai</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/tracks/BLAST_alignment_bigpsl.bb">BLAST_alignment_bigpsl.bb</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/tracks/Augustus_Gene_Predictions.bb">Augustus_Gene_Predictions.bb</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/tracks/regtools_junctions.bb">regtools_junctions.bb</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam">HISAT2_Accepted_Hits.bam</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb">StringTie_Assembled_Transcripts.bb</a> + </li> + + </ul> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> + </li> + + </ul> + + </ul> + <li> + . + </li> + <ul> + + <li> + <a href="./__main__.log">__main__.log</a> + </li> + + </ul> + + </ul> + </body> +</html> + + +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/all_datatypes/myHub/Dbia3/groups.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,5 @@ +name default_group +label Default group +priority 2 +defaultIsClosed 0 +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/all_datatypes/myHub/Dbia3/trackDb.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,144 @@ + +track gonramp_regtools_junctions_bb +longLabel regtools junctions +shortLabel regtools junction +bigDataUrl tracks/regtools_junctions.bb +type bigBed 12 + +visibility dense +thickDrawItem off +priority 108 +color 0,0,0 +group default_group +searchIndex name + +track gonramp_BLAST_alignment_bigpsl_bb +longLabel BLAST alignment bigpsl +shortLabel BLAST alignment b +bigDataUrl tracks/BLAST_alignment_bigpsl.bb +type bigBed 12 + +visibility dense +thickDrawItem off +priority 109 +color 0,0,0 +group default_group +searchIndex name +url https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/$$ +urlLabel NCBI Details: +iframeUrl https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/$$ +iframeOptions height='600' width='800' + + +track gonramp_BLAT_alignment_bigpsl_bb +longLabel BLAT alignment bigpsl +shortLabel BLAT alignment bi +bigDataUrl tracks/BLAT_alignment_bigpsl.bb +type bigPsl +visibility dense +thickDrawItem off +priority 110 +color 0,0,0 +group default_group +searchIndex name +url https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/$$ +urlLabel NCBI Details: +iframeUrl https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/$$ +iframeOptions height='600' width='800' + + +track gonramp_Repeating_Elements_by_TrfBig_bb +longLabel Repeating Elements by TrfBig +shortLabel Repeating Element +bigDataUrl tracks/Repeating_Elements_by_TrfBig.bb +type bigBed 4 + +visibility dense +thickDrawItem off +priority 102 +color 0,0,0 +group default_group +searchIndex name + +track gonramp_blastXmlToPsl_bb +longLabel blastXmlToPsl +shortLabel blastXmlToPsl +bigDataUrl tracks/blastXmlToPsl.bb +type bigPsl +visibility dense +thickDrawItem off +priority 103 +color 0,0,0 +group default_group +searchIndex name + +track gonramp_HISAT2_Accepted_Hits_bam +longLabel HISAT2 Accepted Hits.bam +shortLabel HISAT2 Accepted H +bigDataUrl tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam +type bam +visibility pack +thickDrawItem off +priority 100 +color 0,0,0 +group default_group +searchIndex name + +track gonramp_TBLASTN_Alignment_to_proteins_bb +longLabel TBLASTN Alignment to proteins +shortLabel TBLASTN Alignment +bigDataUrl tracks/TBLASTN_Alignment_to_proteins.bb +type bigBed +visibility dense +thickDrawItem off +priority 101 +color 0,0,0 +group default_group +searchIndex name + +track gonramp_StringTie_Assembled_Transcripts_bb +longLabel StringTie Assembled Transcripts +shortLabel StringTie Assembl +bigDataUrl tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb +type bigGenePred +visibility dense +thickDrawItem off +priority 106 +color 0,0,0 +group default_group +searchIndex name + +track cytoBandIdeo +longLabel Cytoband +shortLabel Cytoband +bigDataUrl tracks/Cytoband.bb +type bigBed +visibility dense +thickDrawItem off +priority 107 +color 0,0,0 +group default_group +searchIndex name + +track gonramp_RNA_Seq_Alignment_Coverage_bigwig +longLabel RNA-Seq Alignment Coverage +shortLabel RNA-Seq Alignment +bigDataUrl tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig +visibility full +priority 104 +color 0,0,0 +group default_group +type bigWig 1.000000 39.000000 +autoScale on +maxHeightPixels 100:32:8 +windowingFunction mean+whiskers + + +track gonramp_Augustus_Gene_Predictions_bb +longLabel Augustus Gene Predictions +shortLabel Augustus Gene Pre +bigDataUrl tracks/Augustus_Gene_Predictions.bb +type bigGenePred +visibility dense +thickDrawItem off +priority 105 +color 0,0,0 +group default_group +searchIndex name
Binary file test-data/all_datatypes/myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig has changed
Binary file test-data/all_datatypes/myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb has changed
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/bed_cytoband/inputs/Cytoband Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,70 @@ +contig1 0 45179 contig1 gneg +contig10 0 43013 contig10 gneg +contig11 0 35013 contig11 gneg +contig12 0 56019 contig12 gneg +contig13 0 45015 contig13 gneg +contig14 0 45010 contig14 gneg +contig15 0 50014 contig15 gneg +contig16 0 45017 contig16 gneg +contig17 0 40013 contig17 gneg +contig18 0 40012 contig18 gneg +contig19 0 45013 contig19 gneg +contig2 0 45017 contig2 gneg +contig20 0 50014 contig20 gneg +contig21 0 50011 contig21 gneg +contig22 0 60010 contig22 gneg +contig23 0 50012 contig23 gneg +contig24 0 40010 contig24 gneg +contig25 0 75023 contig25 gneg +contig26 0 40013 contig26 gneg +contig27 0 50016 contig27 gneg +contig28 0 50013 contig28 gneg +contig29 0 50006 contig29 gneg +contig3 0 40006 contig3 gneg +contig30 0 70018 contig30 gneg +contig31 0 40012 contig31 gneg +contig32 0 40014 contig32 gneg +contig33 0 40016 contig33 gneg +contig34 0 50012 contig34 gneg +contig35 0 48011 contig35 gneg +contig36 0 45010 contig36 gneg +contig37 0 50013 contig37 gneg +contig38 0 50017 contig38 gneg +contig39 0 45019 contig39 gneg +contig4 0 55011 contig4 gneg +contig40 0 60015 contig40 gneg +contig41 0 60014 contig41 gneg +contig42 0 70020 contig42 gneg +contig43 0 50016 contig43 gneg +contig44 0 50013 contig44 gneg +contig45 0 50013 contig45 gneg +contig46 0 50012 contig46 gneg +contig47 0 35007 contig47 gneg +contig48 0 65012 contig48 gneg +contig49 0 30003 contig49 gneg +contig5 0 50018 contig5 gneg +contig50 0 40009 contig50 gneg +contig51 0 50015 contig51 gneg +contig52 0 40012 contig52 gneg +contig53 0 50013 contig53 gneg +contig54 0 35008 contig54 gneg +contig55 0 40015 contig55 gneg +contig56 0 55020 contig56 gneg +contig57 0 60013 contig57 gneg +contig58 0 50011 contig58 gneg +contig59 0 40011 contig59 gneg +contig6 0 40015 contig6 gneg +contig60 0 50013 contig60 gneg +contig61 0 40008 contig61 gneg +contig62 0 50017 contig62 gneg +contig63 0 55021 contig63 gneg +contig64 0 40016 contig64 gneg +contig65 0 45013 contig65 gneg +contig66 0 45011 contig66 gneg +contig67 0 44531 contig67 gneg +contig68 0 25628 contig68 gneg +contig69 0 44962 contig69 gneg +contig7 0 50017 contig7 gneg +contig70 0 55020 contig70 gneg +contig8 0 35012 contig8 gneg +contig9 0 60018 contig9 gneg
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/bed_generic/bed_generic.html Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,70 @@ + +<html> + <body> + <p> + The following has been generated by Hub Archive Creator: + </p> + <ul> + + <li> + myHub + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> + </li> + <li> + Dbia3 + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> + </li> + <li> + tracks + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3/tracks/TBLASTN_Alignment_to_proteins.bb">TBLASTN_Alignment_to_proteins.bb</a> + </li> + + </ul> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> + </li> + + </ul> + + </ul> + <li> + . + </li> + <ul> + + <li> + <a href="./__main__.log">__main__.log</a> + </li> + + </ul> + + </ul> + </body> +</html> + + +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/bed_generic/inputs/TBLASTN_Alignment_to_proteins Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,40 @@ +contig2 16199 18659 ci-PA 358 - 16199 18659 0 18 126,114,27,174,186,84,69,45,204,108,117,144,123,150,24,48,495,165, 0,126,240,270,444,630,726,801,846,1056,1167,1290,1440,1566,1722,1746,1794,2295, +contig2 18939 20598 ci-PA 604 - 18939 20598 0 7 510,210,432,84,63,45,174, 0,564,774,1278,1368,1434,1485, +contig2 18712 18877 ci-PA 964 - 18712 18877 0 1 165, 0, +contig1 31366 33826 ci-PA 358 - 31366 33826 0 18 126,114,27,174,186,84,69,45,204,108,117,144,123,150,24,48,495,165, 0,126,240,270,444,630,726,801,846,1056,1167,1290,1440,1566,1722,1746,1794,2295, +contig1 34106 35765 ci-PA 604 - 34106 35765 0 7 510,210,432,84,63,45,174, 0,564,774,1278,1368,1434,1485, +contig1 33879 34044 ci-PA 964 - 33879 34044 0 1 165, 0, +contig24 12402 12561 ci-PA 0 - 12402 12561 0 2 63,96, 0,63, +contig24 12402 12570 ci-PA 0 - 12402 12570 0 4 21,42,90,15, 0,21,63,153, +contig23 32405 32564 ci-PA 0 - 32405 32564 0 2 63,96, 0,63, +contig23 32405 32573 ci-PA 0 - 32405 32573 0 4 21,42,90,15, 0,21,63,153, +contig67 20513 20759 ci-PA 0 - 20513 20759 0 4 81,51,21,93, 0,81,132,153, +contig67 20531 20753 ci-PA 0 - 20531 20753 0 4 111,24,51,36, 0,111,135,186, +contig67 18177 18309 ci-PA 0 - 18177 18309 0 1 132, 0, +contig67 20471 20660 ci-PA 0 - 20471 20660 0 1 189, 0, +contig66 35516 35762 ci-PA 0 - 35516 35762 0 4 81,51,21,93, 0,81,132,153, +contig66 35534 35756 ci-PA 0 - 35534 35756 0 4 111,24,51,36, 0,111,135,186, +contig66 33180 33312 ci-PA 0 - 33180 33312 0 1 132, 0, +contig66 35474 35663 ci-PA 0 - 35474 35663 0 1 189, 0, +contig2 18711 20598 ci-PC 584 - 18711 20598 0 8 99,510,210,432,84,63,48,171, 0,228,792,1002,1506,1596,1662,1716, +contig2 18601 18889 ci-PC 0 - 18601 18889 0 5 63,36,51,54,45, 0,75,123,180,243, +contig1 33878 35765 ci-PC 584 - 33878 35765 0 8 99,510,210,432,84,63,48,171, 0,228,792,1002,1506,1596,1662,1716, +contig1 33768 34056 ci-PC 0 - 33768 34056 0 5 63,36,51,54,45, 0,75,123,180,243, +contig2 16199 18659 ci-PB 358 - 16199 18659 0 18 126,114,27,174,186,84,69,45,204,108,117,144,123,150,24,48,495,165, 0,126,240,270,444,630,726,801,846,1056,1167,1290,1440,1566,1722,1746,1794,2295, +contig2 18939 20268 ci-PB 560 - 18939 20268 0 4 510,210,432,51, 0,564,774,1278, +contig2 18712 18877 ci-PB 964 - 18712 18877 0 1 165, 0, +contig1 31366 33826 ci-PB 358 - 31366 33826 0 18 126,114,27,174,186,84,69,45,204,108,117,144,123,150,24,48,495,165, 0,126,240,270,444,630,726,801,846,1056,1167,1290,1440,1566,1722,1746,1794,2295, +contig1 34106 35435 ci-PB 560 - 34106 35435 0 4 510,210,432,51, 0,564,774,1278, +contig1 33879 34044 ci-PB 964 - 33879 34044 0 1 165, 0, +contig24 12402 12561 ci-PB 0 - 12402 12561 0 2 63,96, 0,63, +contig24 12402 12570 ci-PB 0 - 12402 12570 0 4 21,42,90,15, 0,21,63,153, +contig23 32405 32564 ci-PB 0 - 32405 32564 0 2 63,96, 0,63, +contig23 32405 32573 ci-PB 0 - 32405 32573 0 4 21,42,90,15, 0,21,63,153, +contig67 20513 20759 ci-PB 0 - 20513 20759 0 4 81,51,21,93, 0,81,132,153, +contig67 20531 20753 ci-PB 0 - 20531 20753 0 4 111,24,51,36, 0,111,135,186, +contig67 18177 18309 ci-PB 0 - 18177 18309 0 1 132, 0, +contig67 20471 20660 ci-PB 0 - 20471 20660 0 1 189, 0, +contig66 35516 35762 ci-PB 0 - 35516 35762 0 4 81,51,21,93, 0,81,132,153, +contig66 35534 35756 ci-PB 0 - 35534 35756 0 4 111,24,51,36, 0,111,135,186, +contig66 33180 33312 ci-PB 0 - 33180 33312 0 1 132, 0, +contig66 35474 35663 ci-PB 0 - 35474 35663 0 1 189, 0,
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/bed_generic/myHub/hub.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,6 @@ +hub gonrampDbia3 +shortLabel Dbia3 +longLabel Dbia3 +genomesFile genomes.txt +email rmarenco@gwu.edu +descriptionUrl Dbia3.html
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/bed_simple_repeats/__main__.log Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,32 @@ +DEBUG:root:#### Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode #### + +DEBUG:root:Calling faToTwoBit: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling twoBitInfo: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling sort: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:input_false_path: /home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dataset_146.dat +DEBUG:root:data_value: {u'long_label': u'Simple repeat', u'name': u'TrfBig_on_data_1', u'database': u'', u'track_color': u'#f79646', u'group_name': u'Simple repeats', u'order_index': u'10'} +DEBUG:root:Calling sort: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:sorted_bed_file_name: /tmp/tmptOTxHF.sortedBed +DEBUG:root:chrom_sizes_file_name: /tmp/tmpr8MCAz.chrom.sizes +DEBUG:root:big_bed_file_name: /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/142/dataset_169_files/myHub/Dbia3/tracks/TrfBig_on_data_1.bb +DEBUG:root:typeOption: bed4+12 +DEBUG:root:autoSql: /home/galaxy/shed_tools/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/rmarenco/hubarchivecreator/6aa28a85cc38/hubarchivecreator/trf_simpleRepeat.as +DEBUG:root:tab option: False +DEBUG:root:Calling bedToBigBed: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:----- End of all_datatype_dictionary processing ----- +DEBUG:root:all_datatype_ordered_dictionary keys are: [<BedSimpleRepeats.BedSimpleRepeats object at 0x7f4713fe8690>] +DEBUG:root:----- Beginning of Track adding processing ----- +DEBUG:root:We just added in /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/142/dataset_169_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group Simple repeats +DEBUG:root:We just added track gonramp_TrfBig_on_data_1_bb (in group simple_repeats) +DEBUG:root:----- End of Track adding processing ----- +DEBUG:root:#### End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! ####
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/bed_simple_repeats/bed_simple_repeats_trackhub.html Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,70 @@ + +<html> + <body> + <p> + The following has been generated by Hub Archive Creator: + </p> + <ul> + + <li> + myHub + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> + </li> + <li> + Dbia3 + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> + </li> + <li> + tracks + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3/tracks/Repeating_Elements_by_TrfBig.bb">Repeating_Elements_by_TrfBig.bb</a> + </li> + + </ul> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> + </li> + + </ul> + + </ul> + <li> + . + </li> + <ul> + + <li> + <a href="./__main__.log">__main__.log</a> + </li> + + </ul> + + </ul> + </body> +</html> + + +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/bed_simple_repeats/inputs/Repeating_Elements_by_TrfBig Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,602 @@ +contig1 9130 9428 trf 163 1.8 164 86 2 438 36 12 13 37 1.82 AAAAAAAATTATATCTTCGGTGTTTTTCAACATACAACCTCCTAAGCTTGGAAATAACATTTCTTAATCAGTTCTGAATTTCGAATTAAATTTTTATCAAAATCGGACAACTATACCATATAGCTGTCATAGGAAGGATTGGATAATTAGTGGTAAAATAATAT +contig1 15707 15757 trf 20 2.5 19 83 9 55 32 12 2 54 1.49 TATATCATTTATATCTCAG +contig1 16261 16302 trf 12 3.4 12 89 0 64 2 36 24 36 1.69 TCCGTCTGTCCG +contig1 23387 23483 trf 45 2.2 45 92 1 158 19 22 30 27 1.98 TCGGCGAAGAAATGTGCCACTTCGGCGGCACTTCTTGGAGTCACT +contig1 23451 23520 trf 24 2.9 24 80 0 75 15 26 27 30 1.96 TTCGGCGACACTTCTTGAAGTCAG +contig1 24200 24233 trf 15 2.2 15 94 0 57 51 12 15 21 1.75 AAACAATGGAATGCT +contig1 29159 29628 trf 162 2.9 160 80 8 518 37 12 11 38 1.80 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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/bed_splice_junctions/inputs/regtools_junctions Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,38 @@ +contig16 1843 11364 JUNC00000001 1000 - 1843 11364 255,0,0 2 54,80 0,9441 13 +contig16 11386 11595 JUNC00000003 1000 - 11386 11595 255,0,0 2 77,78 0,131 13 +contig16 11617 11783 JUNC00000004 1000 - 11617 11783 255,0,0 2 65,25 0,141 1 +contig16 11624 11834 JUNC00000005 1000 - 11624 11834 255,0,0 2 81,76 0,134 20 +contig16 11782 11975 JUNC00000006 1000 - 11782 11975 255,0,0 2 76,54 0,139 10 +contig16 11806 11956 JUNC00000007 1000 - 11806 11956 255,0,0 2 55,35 0,115 1 +contig16 11921 12673 JUNC00000008 1000 - 11921 12673 255,0,0 2 54,73 0,679 13 +contig16 11939 17275 JUNC00000009 1000 - 11939 17275 255,0,0 2 36,54 0,5282 1 +contig16 12733 17294 JUNC00000011 1000 - 12733 17294 255,0,0 2 78,73 0,4488 10 +contig16 12782 21003 JUNC00000012 1000 - 12782 21003 255,0,0 2 29,61 0,8160 1 +contig16 12796 21322 JUNC00000013 1000 - 12796 21322 255,0,0 2 15,75 0,8451 1 +contig16 17254 17474 JUNC00000014 1000 - 17254 17474 255,0,0 2 83,69 0,151 15 +contig16 17307 21307 JUNC00000015 1000 - 17307 21307 255,0,0 2 30,60 0,3940 1 +contig16 21007 21283 JUNC00000016 1000 - 21007 21283 255,0,0 2 54,36 0,240 1 +contig16 21263 22512 JUNC00000017 1000 - 21263 22512 255,0,0 2 73,58 0,1191 7 +contig16 21316 23083 JUNC00000018 1000 - 21316 23083 255,0,0 2 20,70 0,1697 1 +contig16 22206 25361 JUNC00000019 1000 + 22206 25361 255,0,0 2 39,51 0,3104 1 +contig16 27016 27178 JUNC00000021 1000 + 27016 27178 255,0,0 2 33,70 0,92 2 +contig16 27196 34369 JUNC00000022 1000 + 27196 34369 255,0,0 2 57,32 0,7141 1 +contig16 29358 34416 JUNC00000023 1000 + 29358 34416 255,0,0 2 11,79 0,4979 1 +contig16 34568 34752 JUNC00000024 1000 + 34568 34752 255,0,0 2 51,68 0,116 2 +contig16 34573 34763 JUNC00000025 1000 + 34573 34763 255,0,0 2 46,44 0,146 1 +contig16 34782 34954 JUNC00000026 1000 + 34782 34954 255,0,0 2 53,66 0,106 4 +contig16 35110 42519 JUNC00000027 1000 + 35110 42519 255,0,0 2 64,64 0,7345 4 +contig16 42508 43097 JUNC00000029 1000 + 42508 43097 255,0,0 2 82,65 0,524 6 +contig16 43274 43495 JUNC00000030 1000 + 43274 43495 255,0,0 2 80,75 0,146 10 +contig17 1255 2504 JUNC00000031 1000 - 1255 2504 255,0,0 2 73,58 0,1191 7 +contig17 1308 3075 JUNC00000032 1000 - 1308 3075 255,0,0 2 20,70 0,1697 1 +contig17 2198 5353 JUNC00000033 1000 + 2198 5353 255,0,0 2 39,51 0,3104 1 +contig17 7008 7170 JUNC00000035 1000 + 7008 7170 255,0,0 2 33,70 0,92 2 +contig17 7188 14361 JUNC00000036 1000 + 7188 14361 255,0,0 2 57,32 0,7141 1 +contig17 9350 14408 JUNC00000037 1000 + 9350 14408 255,0,0 2 11,79 0,4979 1 +contig17 14560 14744 JUNC00000038 1000 + 14560 14744 255,0,0 2 51,68 0,116 2 +contig17 14565 14755 JUNC00000039 1000 + 14565 14755 255,0,0 2 46,44 0,146 1 +contig17 14774 14946 JUNC00000040 1000 + 14774 14946 255,0,0 2 53,66 0,106 4 +contig17 15102 22511 JUNC00000041 1000 + 15102 22511 255,0,0 2 64,64 0,7345 4 +contig17 22500 23089 JUNC00000043 1000 + 22500 23089 255,0,0 2 82,65 0,524 6 +contig17 23265 23487 JUNC00000044 1000 + 23265 23487 255,0,0 2 81,75 0,147 11
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/bed_splice_junctions/splice_junctions_trackhub.html Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,70 @@ + +<html> + <body> + <p> + The following has been generated by Hub Archive Creator: + </p> + <ul> + + <li> + myHub + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> + </li> + <li> + Dbia3 + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> + </li> + <li> + tracks + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3/tracks/regtools_junctions.bb">regtools_junctions.bb</a> + </li> + + </ul> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> + </li> + + </ul> + + </ul> + <li> + . + </li> + <ul> + + <li> + <a href="./__main__.log">__main__.log</a> + </li> + + </ul> + + </ul> + </body> +</html> + + +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/big_bed/__main__.log Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,20 @@ +DEBUG:root:#### Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode #### + +DEBUG:root:Calling faToTwoBit: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling twoBitInfo: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling sort: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:input_false_path: /home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dataset_205.dat +DEBUG:root:data_value: {u'long_label': u'bigBed ', u'name': u'BLAT_alignment_bigbed', u'database': u'', u'track_color': u'#000000', u'group_name': u'Default group', u'order_index': u'10'} +DEBUG:root:----- End of all_datatype_dictionary processing ----- +DEBUG:root:all_datatype_ordered_dictionary keys are: [<BigBed.BigBed object at 0x7fe280ba0710>] +DEBUG:root:----- Beginning of Track adding processing ----- +DEBUG:root:We just added in /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/180/dataset_206_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group Default group +DEBUG:root:We just added track gonramp_BLAT_alignment_bigbed_bigbed (in group default_group) +DEBUG:root:----- End of Track adding processing ----- +DEBUG:root:#### End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! ####
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/big_bed/bigbed_trackhub.html Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,70 @@ + +<html> + <body> + <p> + The following has been generated by Hub Archive Creator: + </p> + <ul> + + <li> + myHub + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> + </li> + <li> + Dbia3 + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> + </li> + <li> + tracks + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3/tracks/BLAT_alignment_bigbed.bigbed">BLAT_alignment_bigbed.bigbed</a> + </li> + + </ul> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> + </li> + + </ul> + + </ul> + <li> + . + </li> + <ul> + + <li> + <a href="./__main__.log">__main__.log</a> + </li> + + </ul> + + </ul> + </body> +</html> + + +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/big_bed/myHub/Dbia3/groups.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,5 @@ +name default_group +label Default group +priority 2 +defaultIsClosed 0 +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/big_bed/myHub/Dbia3/trackDb.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,12 @@ + +track gonramp_BLAT_alignment_bigbed_bigbed +longLabel bigBed +shortLabel bigBed +bigDataUrl tracks/BLAT_alignment_bigbed.bigbed +type bigBed 12 + +visibility hide +thickDrawItem off +priority 10 +color 0,0,0 +group default_group +searchIndex name
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/big_bed/myHub/genomes.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,10 @@ +genome Dbia3 +trackDb Dbia3/trackDb.txt +groups Dbia3/groups.txt +description Dbia3 +twoBitPath Dbia3/Dbia3.2bit +organism Dbia3 +defaultPos contig25 +orderKey 4500 +scientificName Dbia3 +htmlPath Dbia3/description.html
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/bigwig/bigwig.html Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,70 @@ + +<html> + <body> + <p> + The following has been generated by Hub Archive Creator: + </p> + <ul> + + <li> + myHub + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> + </li> + <li> + Dbia3 + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> + </li> + <li> + tracks + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig">RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig</a> + </li> + + </ul> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> + </li> + + </ul> + + </ul> + <li> + . + </li> + <ul> + + <li> + <a href="./__main__.log">__main__.log</a> + </li> + + </ul> + + </ul> + </body> +</html> + + +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/bigwig/myHub/Dbia3/groups.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,5 @@ +name default_group +label Default group +priority 2 +defaultIsClosed 0 +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/bigwig/myHub/Dbia3/trackDb.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,14 @@ + +track gonramp_RNA_Seq_Alignment_Coverage_bigwig +longLabel RNA-Seq Coverage +shortLabel RNA-Seq Coverage +bigDataUrl tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig +visibility full +priority 10 +color 0,0,0 +group default_group +type bigWig 1.000000 39.000000 +autoScale on +maxHeightPixels 100:32:8 +windowingFunction mean+whiskers +
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/default_color/__main__.log Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,20 @@ +DEBUG:root:#### Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode #### + +DEBUG:root:Calling faToTwoBit: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling twoBitInfo: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling sort: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:input_false_path: /home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dataset_154.dat +DEBUG:root:data_value: {u'index': u'/home/galaxy/galaxy/database/datasets/_metadata_files/000/metadata_6.dat', u'long_label': u'', u'name': u'HISAT2_Accepted_Hits', u'database': u'', u'track_color': u'#000000', u'group_name': u'Default group', u'order_index': u'10'} +DEBUG:root:----- End of all_datatype_dictionary processing ----- +DEBUG:root:all_datatype_ordered_dictionary keys are: [<Bam.Bam object at 0x7ff90b812650>] +DEBUG:root:----- Beginning of Track adding processing ----- +DEBUG:root:We just added in /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/189/dataset_214_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group Default group +DEBUG:root:We just added track gonramp_HISAT2_Accepted_Hits_bam (in group default_group) +DEBUG:root:----- End of Track adding processing ----- +DEBUG:root:#### End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! ####
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/default_color/default_color_trackhub.html Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,73 @@ + +<html> + <body> + <p> + The following has been generated by Hub Archive Creator: + </p> + <ul> + + <li> + myHub + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> + </li> + <li> + Dbia3 + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> + </li> + <li> + tracks + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam.bai">HISAT2_Accepted_Hits.bam.bai</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam">HISAT2_Accepted_Hits.bam</a> + </li> + + </ul> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> + </li> + + </ul> + + </ul> + <li> + . + </li> + <ul> + + <li> + <a href="./__main__.log">__main__.log</a> + </li> + + </ul> + + </ul> + </body> +</html> + + +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/default_color/myHub/Dbia3/groups.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,5 @@ +name default_group +label Default group +priority 2 +defaultIsClosed 0 +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/default_color/myHub/Dbia3/trackDb.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,12 @@ + +track gonramp_HISAT2_Accepted_Hits_bam +longLabel HISAT2 Accepted Hits.bam +shortLabel HISAT2 Accepted H +bigDataUrl tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam +type bam +visibility pack +thickDrawItem off +priority 10 +color 0,0,0 +group default_group +searchIndex name
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/default_color/myHub/genomes.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,10 @@ +genome Dbia3 +trackDb Dbia3/trackDb.txt +groups Dbia3/groups.txt +description Dbia3 +twoBitPath Dbia3/Dbia3.2bit +organism Dbia3 +defaultPos contig25 +orderKey 4500 +scientificName Dbia3 +htmlPath Dbia3/description.html
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/default_color/myHub/hub.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,6 @@ +hub gonrampDbia3 +shortLabel Dbia3 +longLabel Dbia3 +genomesFile genomes.txt +email gonramp@temporary.domain +descriptionUrl Dbia3.html
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gff3/__main__.log Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,38 @@ +DEBUG:root:#### Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode #### + +DEBUG:root:Calling faToTwoBit: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling twoBitInfo: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling sort: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:input_false_path: /home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dataset_147.dat +DEBUG:root:data_value: {u'long_label': u'Augustus', u'name': u'Augustus_Gene_Predictions', u'database': u'', u'track_color': u'#000000', u'group_name': u'Default group', u'order_index': u'10'} +DEBUG:root:Calling gff3ToGenePred: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling genePredToBigGenePred: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling sort: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:sorted_bed_file_name: /tmp/tmpzTV91Q.sorted.bigGenePred +DEBUG:root:chrom_sizes_file_name: /tmp/tmpfTKTZ_.chrom.sizes +DEBUG:root:big_bed_file_name: /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/168/dataset_194_files/myHub/Dbia3/tracks/Augustus_Gene_Predictions.bb +DEBUG:root:typeOption: bed12+8 +DEBUG:root:autoSql: /home/galaxy/shed_tools/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/rmarenco/hubarchivecreator/6aa28a85cc38/hubarchivecreator/bigGenePred.as +DEBUG:root:tab option: True +DEBUG:root:Calling bedToBigBed: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:----- End of all_datatype_dictionary processing ----- +DEBUG:root:all_datatype_ordered_dictionary keys are: [<Gff3.Gff3 object at 0x7f8d7b8a7710>] +DEBUG:root:----- Beginning of Track adding processing ----- +DEBUG:root:We just added in /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/168/dataset_194_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group Default group +DEBUG:root:We just added track gonramp_Augustus_Gene_Predictions_bb (in group default_group) +DEBUG:root:----- End of Track adding processing ----- +DEBUG:root:#### End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! ####
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gff3/gff3_trackhub.html Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,70 @@ + +<html> + <body> + <p> + The following has been generated by Hub Archive Creator: + </p> + <ul> + + <li> + myHub + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> + </li> + <li> + Dbia3 + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> + </li> + <li> + tracks + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3/tracks/Augustus_Gene_Predictions.bb">Augustus_Gene_Predictions.bb</a> + </li> + + </ul> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> + </li> + + </ul> + + </ul> + <li> + . + </li> + <ul> + + <li> + <a href="./__main__.log">__main__.log</a> + </li> + + </ul> + + </ul> + </body> +</html> + + +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gff3/inputs/Augustus_Gene_Predictions Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,6937 @@ +##gff-version 3 +# This output was generated with AUGUSTUS (version 3.1.0). +# AUGUSTUS is a gene prediction tool written by Mario Stanke (mario.stanke@uni-greifswald.de), +# Oliver Keller, Stefanie König and Lizzy Gerischer. +# Please cite: Mario Stanke, Mark Diekhans, Robert Baertsch, David Haussler (2008), +# Using native and syntenically mapped cDNA alignments to improve de novo gene finding +# Bioinformatics 24: 637-644, doi 10.1093/bioinformatics/btn013 +# No extrinsic information on sequences given. +# Initialising the parameters using config directory /home/svc_galaxy/new/galaxy/tool_dependency/augustus/3.1/iuc/package_augustus_3_1/24009970003a/config/ ... +# fly version. Using default transition matrix. +# Looks like /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/files/000/dataset_98.dat is in fasta format. +# We have hints for 0 sequences and for 0 of the sequences in the input set. +# +# ----- prediction on sequence number 1 (length = 45179, name = contig1) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 1 on both strands +# start gene contig1.g1 +contig1 AUGUSTUS gene 553 34688 0.03 - . ID=contig1.g1 +contig1 AUGUSTUS transcript 553 34688 0.03 - . ID=contig1.g1.t1;Parent=contig1.g1 +contig1 AUGUSTUS CDS 553 578 0.41 - 2 ID=contig1.g1.t1.cds;Parent=contig1.g1.t1 +contig1 AUGUSTUS CDS 652 1047 0.25 - 2 ID=contig1.g1.t1.cds;Parent=contig1.g1.t1 +contig1 AUGUSTUS CDS 12541 12968 0.87 - 1 ID=contig1.g1.t1.cds;Parent=contig1.g1.t1 +contig1 AUGUSTUS CDS 32202 33826 0.89 - 0 ID=contig1.g1.t1.cds;Parent=contig1.g1.t1 +contig1 AUGUSTUS CDS 33880 34044 0.98 - 0 ID=contig1.g1.t1.cds;Parent=contig1.g1.t1 +contig1 AUGUSTUS CDS 34107 34619 0.99 - 0 ID=contig1.g1.t1.cds;Parent=contig1.g1.t1 +contig1 AUGUSTUS CDS 34674 34688 0.45 - 0 ID=contig1.g1.t1.cds;Parent=contig1.g1.t1 +contig1 AUGUSTUS start_codon 34686 34688 . - 0 Parent=contig1.g1.t1 +# coding sequence = [atggcagcactctcgcaaaaggactttaatgacggaaaccagagaaatcgtcagaggaaaagtactgtcactgagcagc +# cctcatcaacatcaggaagcgtggcccaagtagaagcggacagcgcatcgtcacatttgtctgatcgctgttataacaacatagcaagtactaccaaa +# agtattgttggtgatgtgaaaacaagcagacgctgtgaagactttataagtagtggatcagcttcgactccattaaatgaatatgattgtgccaacgc +# tgatacgacggatattaaagatgaacctggagattttatagaaacaaattgtcattggcgaagttgttgtattgaatttaatacgcaagatgagcttg +# ttaaacatatcaataatgaccatatccaaaccaataagaaggcctttgtctgtcgatgggaaaattgtacccgtggtgaaaaacctttcaaagcgcag +# tatatgctagttgtgcatatgcgtcgtcataccggcgaaaagccacataaatgcacatttgaaggctgttttaaggcatattcacgcttggaaaacct +# aaaaacacatttacggtcacacacaggtgaaaaaccctatatgtgcgagtatccgggatgcagcaaggcgtttagtaatgcaagcgatcgtgcaaagc +# atcaaaatcgtactcacagtaatgagaaaccgtacatttgtaaagctcctggttgcacgaaacgttacaccgacccaagttctttgcgtaaacatgtt +# aaaacagttcatggtgctgagttttatgctaataaaaaacacaagggattgcccctaaatgatgcgaactctcgcctccaccgagacagtggccaagg +# tcggcataatcttcaagagcataatattgactctagcccttgcagcgaagaacttcaggtgggaaaacttataggcatgtctagtcccagtattaaat +# ctgaatctgatgaaagttcaccacatcatcagttgttaagtggagttcgagcttcagactgttttttaacatattcacaagatggtgccgccgaacat +# ataactttagatgacggctgggattgtgacgatgacgttgacgtggccgacttaccaattgtcttgcgtgctatggtaaatgttggcagcggaaattc +# gatggccccgaccattggagggggtgttgttgcgaggcagcgatttagaagtcgtttgcaaactaaaggaataaactctagtatggttatgcttggca +# acatccccgaaagcaatcgcaccattggaataagcgaacttaaccagcgtataacagaacttaagatggagcctggtaccgcttgtgatattacagtt +# ccattgaatacggggctggaaaggatttcagaagacttatcacaaaatcaatcaaatataacattaaataagcaaagcttctttaccgcttccggctc +# tctccaaggacattttcgtcgcgatagccagaactccactgcaagtacatattatggtagcatgcaaagtcgccgcagtagtcaatcatctcaggtgt +# cttctatatctacaatgcgtccaggcccatcgtacaacacaaccacagcttccctctatgatccaatttccccaggatgctctcgacgctctagccaa +# atgtctaatgtagtcaactcctacgcacttacatcaacatcaggattgactgcaattaacaaggacttaaatgcaaacagcagcccaaatgcttctat +# taataaaccgggtcttggtggtcagtactttggtttttacaataacagtcttcctccacctccatcgtctcatttaattgccaccaatttgaagcatc +# tgcaggacacagactctaggagttgttatcacaacacaactggcggtcgattttccattcccaattgtacgccatctctacatttagactacaatgga +# ccggctggagagcaggaaattgataaagaaatcccgaataacatattacgacgtcaatctgagccaatgccaaacataagtttggatacactaacaaa +# tgtttctcctttaagtggcccactgcaaaatttgcagtttcccattggaaaggctaggaacgtgaatataacatcgtctagtaacgagaatactttaa +# gaaagggaccttgccatgctacaatgaagactgaaatgacaatgaccagcgagcagcatccaaatgagagaataaatttggatgaagttgaagagctt +# atacttcccgatgagatgcttcagtatttaaatttggtgaaggacgatcaaaattatatggagaaagatgatgttgctataagtacgcatcatcaatc +# cgtaaattgcacaaaagaatcgccggctcagttatcttctccctcaaatgatattgtcgcccagtttaaccttccttcaataacgtcagcatctaact +# atggaaatcgctcaaaaggatataatggagaaaacggtgaagactctcaatctaagaactattttacgcatctgagcttcgattttatgaacaatgtc +# ttgtttgcgggtgccacaaataaaatacttaaacttaacgagaacctgcgtgtgctgtctgaggctgtcactggacccgtaaatgattcaccacaatg +# tcatgcaggaggttgcccggaggacatagagacatcgctggtcaacaattacaataaaattctcgtagtaagctacgctcacgatggcattcttatat +# cgtgtggtagcattcgacaagaggaacgacttctccacgaacaagttacccattctgttgtaattttgcacattttacaagatgatcttgatgaaaaa +# gtccaatgtcgtgtaaacgatttggataccatatcgcaagttaaattaaaaattttggacgcaatttttaaaaatactccgttttctatgagaccatc +# tgtgcacgaagttgacttagaatggaggcatggaagaggaggtcatctcacattacaagatgaagacctaactacaaaaacaataaatggatggaaac +# gcctcaacacattggcccattatggagtaaaagaatcggctgtgatgtcacttatagcacggcaaaatgataactaccacataccgtatggcaaaaac +# caaaatcaggcaccttaccataattttataagcaattttcaatgctactaa] +# protein sequence = [MAALSQKDFNDGNQRNRQRKSTVTEQPSSTSGSVAQVEADSASSHLSDRCYNNIASTTKSIVGDVKTSRRCEDFISSG +# SASTPLNEYDCANADTTDIKDEPGDFIETNCHWRSCCIEFNTQDELVKHINNDHIQTNKKAFVCRWENCTRGEKPFKAQYMLVVHMRRHTGEKPHKCT +# FEGCFKAYSRLENLKTHLRSHTGEKPYMCEYPGCSKAFSNASDRAKHQNRTHSNEKPYICKAPGCTKRYTDPSSLRKHVKTVHGAEFYANKKHKGLPL +# NDANSRLHRDSGQGRHNLQEHNIDSSPCSEELQVGKLIGMSSPSIKSESDESSPHHQLLSGVRASDCFLTYSQDGAAEHITLDDGWDCDDDVDVADLP +# IVLRAMVNVGSGNSMAPTIGGGVVARQRFRSRLQTKGINSSMVMLGNIPESNRTIGISELNQRITELKMEPGTACDITVPLNTGLERISEDLSQNQSN +# ITLNKQSFFTASGSLQGHFRRDSQNSTASTYYGSMQSRRSSQSSQVSSISTMRPGPSYNTTTASLYDPISPGCSRRSSQMSNVVNSYALTSTSGLTAI +# NKDLNANSSPNASINKPGLGGQYFGFYNNSLPPPPSSHLIATNLKHLQDTDSRSCYHNTTGGRFSIPNCTPSLHLDYNGPAGEQEIDKEIPNNILRRQ +# SEPMPNISLDTLTNVSPLSGPLQNLQFPIGKARNVNITSSSNENTLRKGPCHATMKTEMTMTSEQHPNERINLDEVEELILPDEMLQYLNLVKDDQNY +# MEKDDVAISTHHQSVNCTKESPAQLSSPSNDIVAQFNLPSITSASNYGNRSKGYNGENGEDSQSKNYFTHLSFDFMNNVLFAGATNKILKLNENLRVL +# SEAVTGPVNDSPQCHAGGCPEDIETSLVNNYNKILVVSYAHDGILISCGSIRQEERLLHEQVTHSVVILHILQDDLDEKVQCRVNDLDTISQVKLKIL +# DAIFKNTPFSMRPSVHEVDLEWRHGRGGHLTLQDEDLTTKTINGWKRLNTLAHYGVKESAVMSLIARQNDNYHIPYGKNQNQAPYHNFISNFQCY] +# end gene contig1.g1 +### +# +# ----- prediction on sequence number 2 (length = 45017, name = contig2) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 2 on both strands +# start gene contig2.g2 +contig2 AUGUSTUS gene 7855 39627 0.09 - . ID=contig2.g2 +contig2 AUGUSTUS transcript 7855 39627 0.09 - . ID=contig2.g2.t1;Parent=contig2.g2 +contig2 AUGUSTUS CDS 7855 7969 0.61 - 1 ID=contig2.g2.t1.cds;Parent=contig2.g2.t1 +contig2 AUGUSTUS CDS 17035 18659 0.78 - 0 ID=contig2.g2.t1.cds;Parent=contig2.g2.t1 +contig2 AUGUSTUS CDS 18713 18877 0.99 - 0 ID=contig2.g2.t1.cds;Parent=contig2.g2.t1 +contig2 AUGUSTUS CDS 18940 19452 0.98 - 0 ID=contig2.g2.t1.cds;Parent=contig2.g2.t1 +contig2 AUGUSTUS CDS 19507 20144 0.39 - 2 ID=contig2.g2.t1.cds;Parent=contig2.g2.t1 +contig2 AUGUSTUS CDS 39396 39481 0.69 - 1 ID=contig2.g2.t1.cds;Parent=contig2.g2.t1 +contig2 AUGUSTUS CDS 39575 39627 0.77 - 0 ID=contig2.g2.t1.cds;Parent=contig2.g2.t1 +contig2 AUGUSTUS start_codon 39625 39627 . - 0 Parent=contig2.g2.t1 +# coding sequence = [atgccatcggccaagaagccgccctccattctccattggggaaccactggagaccatgacaacaccgttggcatattgg +# gaatcggagttgaatggccaggagaagatgtggaagcatccgcgacactagaagcaggacatccttatgttaactgtgcgtcagcttttcaccttgcg +# ggactggggttgggatcaggagattttttgggcacccgaggaatgggctcactgggtgatctccatcatgcggctgtagcagcagcggctgcaggatc +# tctagccagcactgattttcacttcagcattgatggcaacaggcgattaagtagtcctcggccgcccggcggaagtattcgtgcaagcatcagcagaa +# aacgagcgctttcctcatcgccttattcggattcgtttgacattaactcaatgattcgattttcaccaaactccttagccacaattatgaatggctct +# cgaggaagcagcgcggcaagtggttcatatggtcatatttcagctagtgctattaatcctatatctcatgcacattcaacattggcaccacgtctaca +# gcatttgttacgtgcaagtgcaggtcttttaaatccgatgaatacacaacaagcagctgcggccgggttttctataagccacgctgcaagcgctgcag +# ccttaagcctcaacgacgttcatggtaatctaaatgatttaccaggccaaataacaccatcttcaacagcaagactagtagcggatgaacataaaatg +# gcagcactctcgcaaaaggactttaatgacggaaaccagagaaatcgtcagaggaaaagtactgtcactgagcagccctcatcaacatcaggaagcgt +# ggcccaagtagaagcggacagcgcatcgtcacatttgtctgatcgctgttataacaacatagcaagtactaccaaaagtattgttggtgatgtgaaaa +# caagcagacgctgtgaagactttataagtagtggatcagcttcgactccattaaatgaatatgattgtgccaacgctgatacgacggatattaaagat +# gaacctggagattttatagaaacaaattgtcattggcgaagttgttgtattgaatttaatacgcaagatgagcttgttaaacatatcaataatgacca +# tatccaaaccaataagaaggcctttgtctgtcgatgggaaaattgtacccgtggtgaaaaacctttcaaagcgcagtatatgctagttgtgcatatgc +# gtcgtcataccggcgaaaagccacataaatgcacatttgaaggctgttttaaggcatattcacgcttggaaaacctaaaaacacatttacggtcacac +# acaggtgaaaaaccctatatgtgcgagtatccgggatgcagcaaggcgtttagtaatgcaagcgatcgtgcaaagcatcaaaatcgtactcacagtaa +# tgagaaaccgtacatttgtaaagctcctggttgcacgaaacgttacaccgacccaagttctttgcgtaaacatgttaaaacagttcatggtgctgagt +# tttatgctaataaaaaacacaagggattgcccctaaatgatgcgaactctcgcctccaccgagacagtggccaaggtcggcataatcttcaagagcat +# aatattgactctagcccttgcagcgaagaacttcaggtgggaaaacttataggcatgtctagtcccagtattaaatctgaatctgatgaaagttcacc +# acatcatcagttgttaagtggagttcgagcttcagactgttttttaacatattcacaagatggtgccgccgaacatataactttagatgacggctggg +# attgtgacgatgacgttgacgtggccgacttaccaattgtcttgcgtgctatggtaaatgttggcagcggaaattcgatggccccgaccattggaggg +# ggtgttgttgcgaggcagcgatttagaagtcgtttgcaaactaaaggaataaactctagtatggttatgcttggcaacatccccgaaagcaatcgcac +# cattggaataagcgaacttaaccagcgtataacagaacttaagatggagcctggtaccgcttgtgatattacagttccattgaatacggggctggaaa +# ggatttcagaagacttatcacaaaatcaatcaaatataacattaaataagcaaagcttctttaccgcttccggctctctccaaggacattttcgtcgc +# gatagccagaactccactgcaagtacatattatggtagcatgcaaagtcgccgcagtagtcaatcatctcaggtgtcttctatatctacaatgcgtcc +# aggcccatcgtacaacacaaccacagcttccctctatgatccaatttccccaggatgctctcgacgctctagccaaatgtctaatgtagtcaactcct +# acgcacttacatcaacatcaggattgactgcaattaacaaggacttaaatgcaaacagcagcccaaatgcttctattaataaaccgggtcttggtggt +# cagtactttggtttttacaataacagtcttcctccacctccatcgtctcatttaattgccaccaatttgaagcatctgcaggacacagactctaggag +# ttgttatcacaacacaactggcggtcgattttccattcccaattgtacgccatctctacatttagactacaatggaccggctggagagcaggaaattg +# ataaagaaatcccgaataacatattacgacgtcaatctgagccaatgccaaacataagtttggatacactaacaaatgtttctcctttaagtggccca +# ctgcaaaatttgcagtttcccattggaaaggctaggaacgtgaatataacatcgtctagtaacgagaatactttaagaaagggaccttgccatgctac +# aatgaagactgaaatgacaatgaccagcgagcagcatccaaatgagagaataaatttggatgaagttgaagagcttatacttcccgatgagatgcttc +# agtatttaaatttggtgaaggacgatcaaaattatatggagaaagatgatgttgctataaggttcagactgcagatgagttcgtcgtcgatgcgcgtg +# atagacgatccttcatccagcgcaggtgtcgacctgcgaattctctccgtacagcgtcacgggaagaatccggaatag] +# protein sequence = [MPSAKKPPSILHWGTTGDHDNTVGILGIGVEWPGEDVEASATLEAGHPYVNCASAFHLAGLGLGSGDFLGTRGMGSLG +# DLHHAAVAAAAAGSLASTDFHFSIDGNRRLSSPRPPGGSIRASISRKRALSSSPYSDSFDINSMIRFSPNSLATIMNGSRGSSAASGSYGHISASAIN +# PISHAHSTLAPRLQHLLRASAGLLNPMNTQQAAAAGFSISHAASAAALSLNDVHGNLNDLPGQITPSSTARLVADEHKMAALSQKDFNDGNQRNRQRK +# STVTEQPSSTSGSVAQVEADSASSHLSDRCYNNIASTTKSIVGDVKTSRRCEDFISSGSASTPLNEYDCANADTTDIKDEPGDFIETNCHWRSCCIEF +# NTQDELVKHINNDHIQTNKKAFVCRWENCTRGEKPFKAQYMLVVHMRRHTGEKPHKCTFEGCFKAYSRLENLKTHLRSHTGEKPYMCEYPGCSKAFSN +# ASDRAKHQNRTHSNEKPYICKAPGCTKRYTDPSSLRKHVKTVHGAEFYANKKHKGLPLNDANSRLHRDSGQGRHNLQEHNIDSSPCSEELQVGKLIGM +# SSPSIKSESDESSPHHQLLSGVRASDCFLTYSQDGAAEHITLDDGWDCDDDVDVADLPIVLRAMVNVGSGNSMAPTIGGGVVARQRFRSRLQTKGINS +# SMVMLGNIPESNRTIGISELNQRITELKMEPGTACDITVPLNTGLERISEDLSQNQSNITLNKQSFFTASGSLQGHFRRDSQNSTASTYYGSMQSRRS +# SQSSQVSSISTMRPGPSYNTTTASLYDPISPGCSRRSSQMSNVVNSYALTSTSGLTAINKDLNANSSPNASINKPGLGGQYFGFYNNSLPPPPSSHLI +# ATNLKHLQDTDSRSCYHNTTGGRFSIPNCTPSLHLDYNGPAGEQEIDKEIPNNILRRQSEPMPNISLDTLTNVSPLSGPLQNLQFPIGKARNVNITSS +# SNENTLRKGPCHATMKTEMTMTSEQHPNERINLDEVEELILPDEMLQYLNLVKDDQNYMEKDDVAIRFRLQMSSSSMRVIDDPSSSAGVDLRILSVQR +# HGKNPE] +# end gene contig2.g2 +### +# start gene contig2.g3 +contig2 AUGUSTUS gene 41706 42608 0.66 - . ID=contig2.g3 +contig2 AUGUSTUS transcript 41706 42608 0.66 - . ID=contig2.g3.t1;Parent=contig2.g3 +contig2 AUGUSTUS CDS 41706 42171 0.93 - 1 ID=contig2.g3.t1.cds;Parent=contig2.g3.t1 +contig2 AUGUSTUS CDS 42268 42608 0.7 - 0 ID=contig2.g3.t1.cds;Parent=contig2.g3.t1 +contig2 AUGUSTUS start_codon 42606 42608 . - 0 Parent=contig2.g3.t1 +# coding sequence = [atggcagtcggcaaaaataaaggtctttccaagggtggcaagaagggtggtaaaaagaaggtagtggaccccttttcac +# gcaaggattggtacgatgtgaaagccccgaatatgttccaaacccgtcaaatcggtaaaacgcttgtgaaccgcacccagggccaaagaatagcgtcg +# gactatctaaagggtcgcgtttttgaagtgtctctggcagatttgcaaaaggatatagatccggagcgctcattccgcaagttccgtcttattgccga +# agacgttcaagaccgaaacgtgctttgcaacttccatggcatggatctaactacagacaagtacaggtcaatggttaaaaagtggcaaactcttattg +# aagcgattgttgaagccaagactgtcgatggttaccttctgcgagtgttttgcattggatttactgccaaggatcagcagtctcagcgcaaaacatgc +# tatgctcaacagtcgcaggtccgcaagattcgcgctcgcatgactgacattattactaacgaagttagtggtgctgatttgaagcagcttgttaacaa +# actggcattggattccattgcaaaagatattgaaaaaagctgccagcgtatctatccattacatgatgtttacattcgtaaagtcaaggtattgaaga +# agccgcgtttcgatgtctcaaagctcttggagttgcatggtgatggtggcggcaaatctgtcgatgccgtcgtttccaccgaaggagccgtagttgac +# cgccccgagggttatgagcccccagtgcaggaagctgtctaa] +# protein sequence = [MAVGKNKGLSKGGKKGGKKKVVDPFSRKDWYDVKAPNMFQTRQIGKTLVNRTQGQRIASDYLKGRVFEVSLADLQKDI +# DPERSFRKFRLIAEDVQDRNVLCNFHGMDLTTDKYRSMVKKWQTLIEAIVEAKTVDGYLLRVFCIGFTAKDQQSQRKTCYAQQSQVRKIRARMTDIIT +# NEVSGADLKQLVNKLALDSIAKDIEKSCQRIYPLHDVYIRKVKVLKKPRFDVSKLLELHGDGGGKSVDAVVSTEGAVVDRPEGYEPPVQEAV] +# end gene contig2.g3 +### +# +# ----- prediction on sequence number 3 (length = 40006, name = contig3) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 3 on both strands +# start gene contig3.g4 +contig3 AUGUSTUS gene 6691 7593 0.64 - . 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ID=contig3.g4.t1;Parent=contig3.g4 +contig3 AUGUSTUS CDS 6691 7156 0.95 - 1 ID=contig3.g4.t1.cds;Parent=contig3.g4.t1 +contig3 AUGUSTUS CDS 7253 7593 0.67 - 0 ID=contig3.g4.t1.cds;Parent=contig3.g4.t1 +contig3 AUGUSTUS start_codon 7591 7593 . - 0 Parent=contig3.g4.t1 +# coding sequence = [atggcagtcggcaaaaataaaggtctttccaagggtggcaagaagggtggtaaaaagaaggtagtggaccccttttcac +# gcaaggattggtacgatgtgaaagccccgaatatgttccaaacccgtcaaatcggtaaaacgcttgtgaaccgcacccagggccaaagaatagcgtcg +# gactatctaaagggtcgcgtttttgaagtgtctctggcagatttgcaaaaggatatagatccggagcgctcattccgcaagttccgtcttattgccga +# agacgttcaagaccgaaacgtgctttgcaacttccatggcatggatctaactacagacaagtacaggtcaatggttaaaaagtggcaaactcttattg +# aagcgattgttgaagccaagactgtcgatggttaccttctgcgagtgttttgcattggatttactgccaaggatcagcagtctcagcgcaaaacatgc +# tatgctcaacagtcgcaggtccgcaagattcgcgctcgcatgactgacattattactaacgaagttagtggtgctgatttgaagcagcttgttaacaa +# actggcattggattccattgcaaaagatattgaaaaaagctgccagcgtatctatccattacatgatgtttacattcgtaaagtcaaggtattgaaga +# agccgcgtttcgatgtctcaaagctcttggagttgcatggtgatggtggcggcaaatctgtcgatgccgtcgtttccaccgaaggagccgtagttgac +# cgccccgagggttatgagcccccagtgcaggaagctgtctaa] +# protein sequence = [MAVGKNKGLSKGGKKGGKKKVVDPFSRKDWYDVKAPNMFQTRQIGKTLVNRTQGQRIASDYLKGRVFEVSLADLQKDI +# DPERSFRKFRLIAEDVQDRNVLCNFHGMDLTTDKYRSMVKKWQTLIEAIVEAKTVDGYLLRVFCIGFTAKDQQSQRKTCYAQQSQVRKIRARMTDIIT +# NEVSGADLKQLVNKLALDSIAKDIEKSCQRIYPLHDVYIRKVKVLKKPRFDVSKLLELHGDGGGKSVDAVVSTEGAVVDRPEGYEPPVQEAV] +# end gene contig3.g4 +### +# start gene contig3.g5 +contig3 AUGUSTUS gene 29077 31134 0.18 + . ID=contig3.g5 +contig3 AUGUSTUS transcript 29077 31134 0.18 + . 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ID=contig4.g6 +contig4 AUGUSTUS transcript 19075 51981 0.04 + . ID=contig4.g6.t1;Parent=contig4.g6 +contig4 AUGUSTUS start_codon 19075 19077 . + 0 Parent=contig4.g6.t1 +contig4 AUGUSTUS CDS 19075 19109 0.47 + 0 ID=contig4.g6.t1.cds;Parent=contig4.g6.t1 +contig4 AUGUSTUS CDS 19167 19247 0.44 + 1 ID=contig4.g6.t1.cds;Parent=contig4.g6.t1 +contig4 AUGUSTUS CDS 20791 20940 0.57 + 1 ID=contig4.g6.t1.cds;Parent=contig4.g6.t1 +contig4 AUGUSTUS CDS 31331 31523 0.57 + 1 ID=contig4.g6.t1.cds;Parent=contig4.g6.t1 +contig4 AUGUSTUS CDS 36906 37059 0.52 + 0 ID=contig4.g6.t1.cds;Parent=contig4.g6.t1 +contig4 AUGUSTUS CDS 37833 37902 0.74 + 2 ID=contig4.g6.t1.cds;Parent=contig4.g6.t1 +contig4 AUGUSTUS CDS 50913 51073 0.7 + 1 ID=contig4.g6.t1.cds;Parent=contig4.g6.t1 +contig4 AUGUSTUS CDS 51131 51361 0.58 + 2 ID=contig4.g6.t1.cds;Parent=contig4.g6.t1 +contig4 AUGUSTUS CDS 51833 51981 0.41 + 2 ID=contig4.g6.t1.cds;Parent=contig4.g6.t1 +# coding sequence = [atgctaagttctgatatgtctcaagtggcttcatggcacacgccctctgtatactctgcatctagttttaggactcctt +# atccttcctccttaccgataaatactacactttcaagtgacttccctttccgattttcgcctagccttttaccttcagtgcacgccacgtcgcaccat +# gttttaaatgcgcatactgctattgtgggagttaactccaaacaagaatgtggtgttcaggatacaacaacgaacaatagatatccaagaaacttgga +# tacaaaaaattcatcgaatacacaatcaaacgacgctaaggagacatcaaatgataaaaaaaaaccgcatatcaaaaaaccactaaatgcgtttatgc +# tctatatgaaggaaatgcgcgctaaagttgttgccgaatgtacactaaaagaatcggctgctattaatcagattttgggaagacggtggcatgccttg +# gggcgtgaagagcaagcgaagtattacgagttggcgcgaagggagcgacaactgcacatgcaaatgtatcccgattggagctctcgtacaaatgcctc +# tcggggcaagaaacggaagcggaagcaagataccaacgacggaggtaacaatatgaaaaaatgccgagctcgatttggtctggatcaacagaatcaat +# ggtgcaaaccttgcaggcgcaaaaagaaatgcattcgttatatggaagcactaaatgaaaatgggcccaccgaagacgggagcggtattgatgaacac +# ggaagccagctaagtgatgacgacgatgacgactacgatgatgataaactgggaggaagttgtggaagcgctgacgaaagctgtctaagtggattgtc +# cagtttacagagcccatcgacaacaatgagtttggcgagcccacttaatatgaataccaacactgcaactaatgctcttttgatcgtcaacgcagatc +# cgccgacttcacaacaacggccaacatctgtgtctacatcaggatcgagtagtgggtcaactagtagcatcagcacaaccccaaatacctcaagtaca +# gtttcgccagttacagctaaaatgattgagccgacaatgttgtcggtgagtactcatgctgtaaatagcactgagtgccataaaggatcagatccaca +# agcaaatgcatctgtaaagactacaagcgctggcgcttccgaaactggcgtcattagcgtttcataa] +# protein sequence = [MLSSDMSQVASWHTPSVYSASSFRTPYPSSLPINTTLSSDFPFRFSPSLLPSVHATSHHVLNAHTAIVGVNSKQECGV +# QDTTTNNRYPRNLDTKNSSNTQSNDAKETSNDKKKPHIKKPLNAFMLYMKEMRAKVVAECTLKESAAINQILGRRWHALGREEQAKYYELARRERQLH +# MQMYPDWSSRTNASRGKKRKRKQDTNDGGNNMKKCRARFGLDQQNQWCKPCRRKKKCIRYMEALNENGPTEDGSGIDEHGSQLSDDDDDDYDDDKLGG +# SCGSADESCLSGLSSLQSPSTTMSLASPLNMNTNTATNALLIVNADPPTSQQRPTSVSTSGSSSGSTSSISTTPNTSSTVSPVTAKMIEPTMLSVSTH +# AVNSTECHKGSDPQANASVKTTSAGASETGVISVS] +# end gene contig4.g6 +### +# +# ----- prediction on sequence number 5 (length = 50018, name = contig5) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 5 on both strands +# start gene contig5.g7 +contig5 AUGUSTUS gene 43345 45058 0.19 - . 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ID=contig5.g7.t1;Parent=contig5.g7 +contig5 AUGUSTUS CDS 43345 44665 0.2 - 1 ID=contig5.g7.t1.cds;Parent=contig5.g7.t1 +contig5 AUGUSTUS CDS 44724 44948 0.88 - 1 ID=contig5.g7.t1.cds;Parent=contig5.g7.t1 +contig5 AUGUSTUS CDS 45006 45058 0.94 - 0 ID=contig5.g7.t1.cds;Parent=contig5.g7.t1 +contig5 AUGUSTUS start_codon 45056 45058 . - 0 Parent=contig5.g7.t1 +# coding sequence = [atggaactaaaacccgataatgtccccattgcccgaccccgggtgcaactagggttcctcgtatcatttttagtagacg +# cacgtggtggatcaatgcgcggatatcggcacagtggcgtgagaataatcgttcccccaaaggcctgtgctgaacccacaagactaacatgtcgttat +# gttaaaccgcatagggtagtcaaccctcctcctttaatggagggggaagcacttgtgagtcgtatattggaaatgtcacctgttgatggaattttttt +# aagtccgatcactctagaagttcctcatttcggcacccttagagaaaacgagcgcgaaattattatactgcgttccgacgacggagaaagttggcgag +# agcataacctatacgaaagtgagggaaatataaacgatttttataaaggcgaacacgttggcgactttaatcaaatggatgaattacatacagatcgt +# atcgttcgaatagtaacgcaaaacataccgcacttttttgctgttgtttcacgtgttcgtcaagaagtccacgctatcggacctgatggtggcacagt +# tttctctacagcagtaccgcaggttcaagctatatttccacctcatgccttgaccaagaaaattcgagtcggccttcaggcacagccggtggacttgg +# ttggatgttctaagctgcttggccaaggtgttgctgtctcaccaatagtcactgtggaaccacgccgaagaaaatttcataaggcaattacacttagt +# attcctgctccaaaagcttgtaccaaaagtatggttaatgcatgctacggtaatggaaattcgaattcgcctactcttagactactgtgttccattac +# cggtggtcaaacgcgtgcaacttgggaggatgttactggatcaactccgctttcttttgttaaagatagtattacatttacaactacagtttcagccc +# gtttttggctgatggattgtcgcaatgttgtagacgccggacgaatggcaagcgaactttacagtcatttgaccaaagttccttttcttgtaaagttt +# gttgtcttcgctaaacgtctctctaaaatagaagcaaaattttcagtgttttgtatgacagatgataaagaggacaagacgcttgaacaacaggaata +# ctttacagaggttgcaaaaagtagggatattgaagtattgcaggatcaaaatatatacctagaatttgctggtagtatcgtccctgttttaaaaaccg +# gtgagcaacttagtaccaaattccaagcattttgcgaaaatcgtctctcatttattgctcatattaaagatccagaatttccacaaggtcgtatctgt +# tttatgaccaatccaaaggctgggcctgatgaattgccacagaatcctctttgtactttgaatgtgtcagtagatttaaaaactatgacaaagcatct +# ggaaaacataaatgagagtgtgagtttgagtggtaacatgaactataatgatctgctaagttcagaaaaaagaacagaaacagcgccgtctgagaaag +# atataaaaaaattgattttaccggagtttataagaaattcagcgaaatga] +# protein sequence = [MELKPDNVPIARPRVQLGFLVSFLVDARGGSMRGYRHSGVRIIVPPKACAEPTRLTCRYVKPHRVVNPPPLMEGEALV +# SRILEMSPVDGIFLSPITLEVPHFGTLRENEREIIILRSDDGESWREHNLYESEGNINDFYKGEHVGDFNQMDELHTDRIVRIVTQNIPHFFAVVSRV +# RQEVHAIGPDGGTVFSTAVPQVQAIFPPHALTKKIRVGLQAQPVDLVGCSKLLGQGVAVSPIVTVEPRRRKFHKAITLSIPAPKACTKSMVNACYGNG +# NSNSPTLRLLCSITGGQTRATWEDVTGSTPLSFVKDSITFTTTVSARFWLMDCRNVVDAGRMASELYSHLTKVPFLVKFVVFAKRLSKIEAKFSVFCM +# TDDKEDKTLEQQEYFTEVAKSRDIEVLQDQNIYLEFAGSIVPVLKTGEQLSTKFQAFCENRLSFIAHIKDPEFPQGRICFMTNPKAGPDELPQNPLCT +# LNVSVDLKTMTKHLENINESVSLSGNMNYNDLLSSEKRTETAPSEKDIKKLILPEFIRNSAK] +# end gene contig5.g7 +### +# +# ----- prediction on sequence number 6 (length = 40015, name = contig6) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 6 on both strands +# start gene contig6.g8 +contig6 AUGUSTUS gene 13336 15049 0.08 - . ID=contig6.g8 +contig6 AUGUSTUS transcript 13336 15049 0.08 - . ID=contig6.g8.t1;Parent=contig6.g8 +contig6 AUGUSTUS CDS 13336 14656 0.17 - 1 ID=contig6.g8.t1.cds;Parent=contig6.g8.t1 +contig6 AUGUSTUS CDS 14715 14939 0.91 - 1 ID=contig6.g8.t1.cds;Parent=contig6.g8.t1 +contig6 AUGUSTUS CDS 14997 15049 0.42 - 0 ID=contig6.g8.t1.cds;Parent=contig6.g8.t1 +contig6 AUGUSTUS start_codon 15047 15049 . - 0 Parent=contig6.g8.t1 +# coding sequence = [atggaactaaaacccgataatgtccccattgcccgaccccgggtgcaactagggttcctcgtatcatttttagtagacg +# cacgtggtggatcaatgcgcggatatcggcacagtggcgtgagaataatcgttcccccaaaggcctgtgctgaacccacaagactaacatgtcgttat +# gttaaaccgcatagggtagtcaaccctcctcctttaatggagggggaagcacttgtgagtcgtatattggaaatgtcacctgttgatggaattttttt +# aagtccgatcactctagaagttcctcatttcggcacccttagagaaaacgagcgcgaaattattatactgcgttccgacgacggagaaagttggcgag +# agcataacctatacgaaagtgagggaaatataaacgatttttataaaggcgaacacgttggcgactttaatcaaatggatgaattacatacagatcgt +# atcgttcgaatagtaacgcaaaacataccgcacttttttgctgttgtttcacgtgttcgtcaagaagtccacgctatcggacctgatggtggcacagt +# tttctctacagcagtaccgcaggttcaagctatatttccacctcatgccttgaccaagaaaattcgagtcggccttcaggcacagccggtggacttgg +# ttggatgttctaagctgcttggccaaggtgttgctgtctcaccaatagtcactgtggaaccacgccgaagaaaatttcataaggcaattacacttagt +# attcctgctccaaaagcttgtaccaaaagtatggttaatgcatgctacggtaatggaaattcgaattcgcctactcttagactactgtgttccattac +# cggtggtcaaacgcgtgcaacttgggaggatgttactggatcaactccgctttcttttgttaaagatagtattacatttacaactacagtttcagccc +# gtttttggctgatggattgtcgcaatgttgtagacgccggacgaatggcaagcgaactttacagtcatttgaccaaagttccttttcttgtaaagttt +# gttgtcttcgctaaacgtctctctaaaatagaagcaaaattttcagtgttttgtatgacagatgataaagaggacaagacgcttgaacaacaggaata +# ctttacagaggttgcaaaaagtagggatattgaagtattgcaggatcaaaatatatacctagaatttgctggtagtatcgtccctgttttaaaaaccg +# gtgagcaacttagtaccaaattccaagcattttgcgaaaatcgtctctcatttattgctcatattaaagatccagaatttccacaaggtcgtatctgt +# tttatgaccaatccaaaggctgggcctgatgaattgccacagaatcctctttgtactttgaatgtgtcagtagatttaaaaactatgacaaagcatct +# ggaaaacataaatgagagtgtgagtttgagtggtaacatgaactataatgatctgctaagttcagaaaaaagaacagaaacagcgccgtctgagaaag +# atataaaaaaattgattttaccggagtttataagaaattcagcgaaatga] +# protein sequence = [MELKPDNVPIARPRVQLGFLVSFLVDARGGSMRGYRHSGVRIIVPPKACAEPTRLTCRYVKPHRVVNPPPLMEGEALV +# SRILEMSPVDGIFLSPITLEVPHFGTLRENEREIIILRSDDGESWREHNLYESEGNINDFYKGEHVGDFNQMDELHTDRIVRIVTQNIPHFFAVVSRV +# RQEVHAIGPDGGTVFSTAVPQVQAIFPPHALTKKIRVGLQAQPVDLVGCSKLLGQGVAVSPIVTVEPRRRKFHKAITLSIPAPKACTKSMVNACYGNG +# NSNSPTLRLLCSITGGQTRATWEDVTGSTPLSFVKDSITFTTTVSARFWLMDCRNVVDAGRMASELYSHLTKVPFLVKFVVFAKRLSKIEAKFSVFCM +# TDDKEDKTLEQQEYFTEVAKSRDIEVLQDQNIYLEFAGSIVPVLKTGEQLSTKFQAFCENRLSFIAHIKDPEFPQGRICFMTNPKAGPDELPQNPLCT +# LNVSVDLKTMTKHLENINESVSLSGNMNYNDLLSSEKRTETAPSEKDIKKLILPEFIRNSAK] +# end gene contig6.g8 +### +# +# ----- prediction on sequence number 7 (length = 50017, name = contig7) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 7 on both strands +# start gene contig7.g9 +contig7 AUGUSTUS gene 3332 5045 0.23 - . ID=contig7.g9 +contig7 AUGUSTUS transcript 3332 5045 0.23 - . ID=contig7.g9.t1;Parent=contig7.g9 +contig7 AUGUSTUS CDS 3332 4652 0.41 - 1 ID=contig7.g9.t1.cds;Parent=contig7.g9.t1 +contig7 AUGUSTUS CDS 4711 4935 0.85 - 1 ID=contig7.g9.t1.cds;Parent=contig7.g9.t1 +contig7 AUGUSTUS CDS 4993 5045 0.52 - 0 ID=contig7.g9.t1.cds;Parent=contig7.g9.t1 +contig7 AUGUSTUS start_codon 5043 5045 . - 0 Parent=contig7.g9.t1 +# coding sequence = [atggaactaaaacccgataatgtccccattgcccgaccccgggtgcaactagggttcctcgtatcatttttagtagacg +# cacgtggtggatcaatgcgcggatatcggcacagtggcgtgagaataatcgttcccccaaaggcctgtgctgaacccacaagactaacatgtcgttat +# gttaaaccgcatagggtagtcaaccctcctcctttaatggagggggaagcacttgtgagtcgtatattggaaatgtcacctgttgatggaattttttt +# aagtccgatcactctagaagttcctcatttcggcacccttagagaaaacgagcgcgaaattattatactgcgttccgacgacggagaaagttggcgag +# agcataacctatacgaaagtgagggaaatataaacgatttttataaaggcgaacacgttggcgactttaatcaaatggatgaattacatacagatcgt +# atcgttcgaatagtaacgcaaaacataccgcacttttttgctgttgtttcacgtgttcgtcaagaagtccacgctatcggacctgatggtggcacagt +# tttctctacagcagtaccgcaggttcaagctatatttccacctcatgccttgaccaagaaaattcgagtcggccttcaggcacagccggtggacttgg +# ttggatgttctaagctgcttggccaaggtgttgctgtctcaccaatagtcactgtggaaccacgccgaagaaaatttcataaggcaattacacttagt +# attcctgctccaaaagcttgtaccaaaagtatggttaatgcatgctacggtaatggaaattcgaattcgcctactcttagactactgtgttccattac +# cggtggtcaaacgcgtgcaacttgggaggatgttactggatcaactccgctttcttttgttaaagatagtattacatttacaactacagtttcagccc +# gtttttggctgatggattgtcgcaatgttgtagacgccggacgaatggcaagcgaactttacagtcatttgaccaaagttccttttcttgtaaagttt +# gttgtcttcgctaaacgtctctctaaaatagaagcaaaattttcagtgttttgtatgacagatgataaagaggacaagacgcttgaacaacaggaata +# ctttacagaggttgcaaaaagtagggatattgaagtattgcaggatcaaaatatatacctagaatttgctggtagtatcgtccctgttttaaaaaccg +# gtgagcaacttagtaccaaattccaagcattttgcgaaaatcgtctctcatttattgctcatattaaagatccagaatttccacaaggtcgtatctgt +# tttatgaccaatccaaaggctgggcctgatgaattgccacagaatcctctttgtactttgaatgtgtcagtagatttaaaaactatgacaaagcatct +# ggaaaacataaatgagagtgtgagtttgagtggtaacatgaactataatgatctgctaagttcagaaaaaagaacagaaacagcgccgtctgagaaag +# atataaaaaaattgattttaccggagtttataagaaattcagcgaaatga] +# protein sequence = [MELKPDNVPIARPRVQLGFLVSFLVDARGGSMRGYRHSGVRIIVPPKACAEPTRLTCRYVKPHRVVNPPPLMEGEALV +# SRILEMSPVDGIFLSPITLEVPHFGTLRENEREIIILRSDDGESWREHNLYESEGNINDFYKGEHVGDFNQMDELHTDRIVRIVTQNIPHFFAVVSRV +# RQEVHAIGPDGGTVFSTAVPQVQAIFPPHALTKKIRVGLQAQPVDLVGCSKLLGQGVAVSPIVTVEPRRRKFHKAITLSIPAPKACTKSMVNACYGNG +# NSNSPTLRLLCSITGGQTRATWEDVTGSTPLSFVKDSITFTTTVSARFWLMDCRNVVDAGRMASELYSHLTKVPFLVKFVVFAKRLSKIEAKFSVFCM +# TDDKEDKTLEQQEYFTEVAKSRDIEVLQDQNIYLEFAGSIVPVLKTGEQLSTKFQAFCENRLSFIAHIKDPEFPQGRICFMTNPKAGPDELPQNPLCT +# LNVSVDLKTMTKHLENINESVSLSGNMNYNDLLSSEKRTETAPSEKDIKKLILPEFIRNSAK] +# end gene contig7.g9 +### +# start gene contig7.g10 +contig7 AUGUSTUS gene 38941 46896 0.08 + . 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ID=contig7.g10.t1;Parent=contig7.g10 +contig7 AUGUSTUS start_codon 38941 38943 . + 0 Parent=contig7.g10.t1 +contig7 AUGUSTUS CDS 38941 39182 0.69 + 0 ID=contig7.g10.t1.cds;Parent=contig7.g10.t1 +contig7 AUGUSTUS CDS 39248 39354 0.65 + 1 ID=contig7.g10.t1.cds;Parent=contig7.g10.t1 +contig7 AUGUSTUS CDS 39978 40351 0.32 + 2 ID=contig7.g10.t1.cds;Parent=contig7.g10.t1 +contig7 AUGUSTUS CDS 40423 40623 0.3 + 0 ID=contig7.g10.t1.cds;Parent=contig7.g10.t1 +contig7 AUGUSTUS CDS 44971 46896 0.35 + 0 ID=contig7.g10.t1.cds;Parent=contig7.g10.t1 +# coding sequence = [atgaacgtaagcggatatcgtcgttcccatatacgaactgcaatttgctgggcctgtattattttaactggtggcctac +# tacgcctcgtcttacattggtggcgtcatttgtatctatatgccacatgctctcgatgtcccttggaggaggcagaacaagttttggtaaccgaggat +# tatcaaggaaagcacaaggtgtaccacgtaaagcaaattcgagtacttactgcgaaccactttgaggccctattgaaaaaggaacggccggacgcaga +# actcatgaatgtagggagtgatgcagaacacgccgtgcaactatcggttcatttcacctcagcgcaattcaaaaggtgtactatgcagtgcgatgcag +# tattactatcaggaaattgcattttagatgagtctatgcttaccggcgaaagtgtgccagtcacgaaaactcctttaccatcaaagcgtgacatgata +# tttgataaaaccgaacatgccaggcatacacttttttgtgggacaaaggtcattcagactcgctatattggatcaaaaaaagtattggcgttcgtaat +# aaacactggaaacataacagctaagggagaactaatacgatctattctttatcccccacctgttgactacaaatttgagcaagattcctataaattta +# ttcagttcctggcagtaattgcttgtgtcggatttatttatacgcttgtaacaaaaataatgcgtggcacggatcccgtaaaaatagcagtagaatct +# ctggaccttattactatcgtagtcccaccagcactgccagctgcaatgaccgtcggtcgtttctatgcacaaaagcggttaaaggctagtgaaatatt +# ttgcatttcccctcggtccataaatgtagccggaggcataaattgctgctgttttgacaagaccggtactctgacagaagatggacttgatatgtggg +# gggtggtgcccaaatcatcaacaaatcagtttcaaatacctttaaaaaccgtggaccgcctgccttacgatcattttctttttggcatggtaacgtgt +# cactctataacaataatgaacggtatattgatgggggatcctttggatttgaaaatgtttaattctacgggttggacaatagaagattcaaataacat +# accagataatgaaaaatatggtattctttatccaactattttaagacaaccaaggatttgctcttccgacttgagatcatcggattcaaaaaaaaaga +# gtcaaatcagccgtcaatcgtctgtagacgatttattagcaactgttggtatctcgcaaaatcaaaaaaattttgatcatggaattgttcgagaattt +# ccatttacgtcgagtcttcagcgaatgtccgttattactcgttgtctcagcgaccaagtatttaatgtttactgcaaaggttccccagagatgttaca +# gacactttgcacaccgcaaagcctacccgataactattccgaacagctatcgacatttgctaaaagaggataccgaattattgccattgcattcaaac +# ctcttgtgcaaaaaatgaactattcaaaaatacagcgcctatcccgcgaagaggttgaaagcaacttggaatttcttggttttgtggtactcgaaaat +# cgccttaagccagatactgctaaagtaatcaaagcgttaaactcagcaaagattcgaactattatgattactggcgataatattttaactgctatgag +# tgttgcacgtgattgtggtattgtaagtgcatcacaagctgttataacagtgcatgcagatccgcttggaaatagtggaaatatacaaagcaataata +# cagatagcattgttgataagaaaacagccagactctataagctgcagtacacattagatttggggagtaaaatatcttctccatctcttttaacaaca +# aagtgcaatagtaaccatattcccaaggaaaatcgtgaggataaatttagtaccgttggtgatcaaactctgtttcgccttgagtcgacgaattcatt +# agttaacgaatcgagttccagttatgcagaaagtattctgccgacgagcgatagtttggccagtgtaaagaccacagacacatggacccataatgagc +# caacagatgtagatgctgagctaggaataaaccgcactcaggacgaaagctggcgccaacactacatattcgcaatggatggcggaacttggcaaatt +# ataaaagatcactttccagatgaaatggccattcttttaacacggggatcgatttacgcccgaatgtcacccgatcagaaacaggcactagttataga +# acttcaaaatttggactactgtgttgccatgtgcggtgatggtgccaacgattgcggtgcgctaaaggtggctcatgctggtatttcgctaagtgaga +# ccgaagcatccattgcgtcgccctttacttcacgtaatcccacgatttcggctgttttaaaagttattaaggaaggacgtgccgcattagtcacatcc +# tttggaatttttaaatatatggcagcatattcattggttcagtttatatctgttatggttctttattctatcgactcgaatttgacagacaagcagta +# tctttacgtagaccttggacttatatcaatttttgccttcttttttggtaaaactggatcatttgatggaaatttggtcgaacaagtgcctctcagtt +# cattgatatcttctactccattagcatcccttttacttcatctcactgttgtaactggatttcaagtaattggtaaggatattaatagtactagttta +# caaaataaaattcataaacccggttga] +# protein sequence = [MNVSGYRRSHIRTAICWACIILTGGLLRLVLHWWRHLYLYATCSRCPLEEAEQVLVTEDYQGKHKVYHVKQIRVLTAN +# HFEALLKKERPDAELMNVGSDAEHAVQLSVHFTSAQFKRCTMQCDAVLLSGNCILDESMLTGESVPVTKTPLPSKRDMIFDKTEHARHTLFCGTKVIQ +# TRYIGSKKVLAFVINTGNITAKGELIRSILYPPPVDYKFEQDSYKFIQFLAVIACVGFIYTLVTKIMRGTDPVKIAVESLDLITIVVPPALPAAMTVG +# RFYAQKRLKASEIFCISPRSINVAGGINCCCFDKTGTLTEDGLDMWGVVPKSSTNQFQIPLKTVDRLPYDHFLFGMVTCHSITIMNGILMGDPLDLKM +# FNSTGWTIEDSNNIPDNEKYGILYPTILRQPRICSSDLRSSDSKKKSQISRQSSVDDLLATVGISQNQKNFDHGIVREFPFTSSLQRMSVITRCLSDQ +# VFNVYCKGSPEMLQTLCTPQSLPDNYSEQLSTFAKRGYRIIAIAFKPLVQKMNYSKIQRLSREEVESNLEFLGFVVLENRLKPDTAKVIKALNSAKIR +# TIMITGDNILTAMSVARDCGIVSASQAVITVHADPLGNSGNIQSNNTDSIVDKKTARLYKLQYTLDLGSKISSPSLLTTKCNSNHIPKENREDKFSTV +# GDQTLFRLESTNSLVNESSSSYAESILPTSDSLASVKTTDTWTHNEPTDVDAELGINRTQDESWRQHYIFAMDGGTWQIIKDHFPDEMAILLTRGSIY +# ARMSPDQKQALVIELQNLDYCVAMCGDGANDCGALKVAHAGISLSETEASIASPFTSRNPTISAVLKVIKEGRAALVTSFGIFKYMAAYSLVQFISVM +# VLYSIDSNLTDKQYLYVDLGLISIFAFFFGKTGSFDGNLVEQVPLSSLISSTPLASLLLHLTVVTGFQVIGKDINSTSLQNKIHKPG] +# end gene contig7.g10 +### +# +# ----- prediction on sequence number 8 (length = 35012, name = contig8) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 8 on both strands +# start gene contig8.g11 +contig8 AUGUSTUS gene 8930 26669 0.02 + . ID=contig8.g11 +contig8 AUGUSTUS transcript 8930 26669 0.02 + . ID=contig8.g11.t1;Parent=contig8.g11 +contig8 AUGUSTUS start_codon 8930 8932 . + 0 Parent=contig8.g11.t1 +contig8 AUGUSTUS CDS 8930 9171 0.51 + 0 ID=contig8.g11.t1.cds;Parent=contig8.g11.t1 +contig8 AUGUSTUS CDS 9237 9343 0.59 + 1 ID=contig8.g11.t1.cds;Parent=contig8.g11.t1 +contig8 AUGUSTUS CDS 9967 10340 0.24 + 2 ID=contig8.g11.t1.cds;Parent=contig8.g11.t1 +contig8 AUGUSTUS CDS 10412 10612 0.22 + 0 ID=contig8.g11.t1.cds;Parent=contig8.g11.t1 +contig8 AUGUSTUS CDS 14960 16832 0.58 + 0 ID=contig8.g11.t1.cds;Parent=contig8.g11.t1 +contig8 AUGUSTUS CDS 26515 26669 0.46 + 2 ID=contig8.g11.t1.cds;Parent=contig8.g11.t1 +# coding sequence = [atgaacgtaagcggatatcgtcgttcccatatacgaactgcaatttgctgggcctgtattattttaactggtggcctac +# tacgcctcgtcttacattggtggcgtcatttgtatctatatgccacatgctctcgatgtcccttggaggaggcagaacaagttttggtaaccgaggat +# tatcaaggaaagcacaaggtgtaccacgtaaagcaaattcgagtacttactgcgaaccactttgaggccctattgaaaaaggaacggccggacgcaga +# 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accagataatgaaaaatatggtattctttatccaactattttaagacaaccaaggatttgctcttccgacttgagatcatcggattcaaaaaaaaaga +# gtcaaatcagccgtcaatcgtctgtagacgatttattagcaactgttggtatctcgcaaaatcaaaaaaattttgatcatggaattgttcgagaattt +# ccatttacgtcgagtcttcagcgaatgtccgttattactcgttgtctcagcgaccaagtatttaatgtttactgcaaaggttccccagagatgttaca +# gacactttgcacaccgcaaagcctacccgataactattccgaacagctatcgacatttgctaaaagaggataccgaattattgccattgcattcaaac +# ctcttgtgcaaaaaatgaactattcaaaaatacagcgcctatcccgcgaagaggttgaaagcaacttggaatttcttggttttgtggtactcgaaaat +# cgccttaagccagatactgctaaagtaatcaaagcgttaaactcagcaaagattcgaactattatgattactggcgataatattttaactgctatgag +# tgttgcacgtgattgtggtattgtaagtgcatcacaagctgttataacagtgcatgcagatccgcttggaaatagtggaaatatacaaagcaataata +# cagatagcattgttgataagaaaacagccagactctataagctgcagtacacattagatttggggagtaaaatatcttctccatctcttttaacaaca +# aagtgcaatagtaaccatattcccaaggaaaatcgtgaggataaatttagtaccgttggtgatcaaactctgtttcgccttgagtcgacgaattcatt +# 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[MNVSGYRRSHIRTAICWACIILTGGLLRLVLHWWRHLYLYATCSRCPLEEAEQVLVTEDYQGKHKVYHVKQIRVLTAN +# HFEALLKKERPDAELMNVGSDAEHAVQLSVHFTSAQFKRCTMQCDAVLLSGNCILDESMLTGESVPVTKTPLPSKRDMIFDKTEHARHTLFCGTKVIQ +# TRYIGSKKVLAFVINTGNITAKGELIRSILYPPPVDYKFEQDSYKFIQFLAVIACVGFIYTLVTKIMRGTDPVKIAVESLDLITIVVPPALPAAMTVG +# RFYAQKRLKASEIFCISPRSINVAGGINCCCFDKTGTLTEDGLDMWGVVPKSSTNQFQIPLKTVDRLPYDHFLFGMVTCHSITIMNGILMGDPLDLKM +# FNSTGWTIEDSNNIPDNEKYGILYPTILRQPRICSSDLRSSDSKKKSQISRQSSVDDLLATVGISQNQKNFDHGIVREFPFTSSLQRMSVITRCLSDQ +# VFNVYCKGSPEMLQTLCTPQSLPDNYSEQLSTFAKRGYRIIAIAFKPLVQKMNYSKIQRLSREEVESNLEFLGFVVLENRLKPDTAKVIKALNSAKIR +# TIMITGDNILTAMSVARDCGIVSASQAVITVHADPLGNSGNIQSNNTDSIVDKKTARLYKLQYTLDLGSKISSPSLLTTKCNSNHIPKENREDKFSTV +# GDQTLFRLESTNSLVNESSSSYAESILPTSDSLASVKTTDTWTHNEPTDVDAELGINRTQDESWRQHYIFAMDGGTWQIIKDHFPDEMAILLTRGSIY +# ARMSPDQKQALVIELQNLDYCVAMCGDGANDCGALKVAHAGISLSETEASIASPFTSRNPTISAVLKVIKEGRAALVTSFGIFKYMAAYSLVQFISVM +# VLYSIDSNLTDKQYLYVDLGLISIFAFFFGKTGSFDGNLVEQVPLSSLISSTPLASLLLHLTVVTGFQVIDSWAFTEVDDDDMLIVKYADDTAVMVRS +# PSIDIATLGLPEYVTKNGQPKGK] +# end gene contig8.g11 +### +# +# ----- prediction on sequence number 9 (length = 60018, name = contig9) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 9 on both strands +# start gene contig9.g12 +contig9 AUGUSTUS gene 8930 48218 0.01 + . 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[atgaacgtaagcggatatcgtcgttcccatatacgaactgcaatttgctgggcctgtattattttaactggtggcctac +# tacgcctcgtcttacattggtggcgtcatttgtatctatatgccacatgctctcgatgtcccttggaggaggcagaacaagttttggtaaccgaggat +# tatcaaggaaagcacaaggtgtaccacgtaaagcaaattcgagtacttactgcgaaccactttgaggccctattgaaaaaggaacggccggacgcaga +# actcatgaatgtagggagtgatgcagaacacgccgtgcaactatcggttcatttcacctcagcgcaattcaaaaggtgtactatgcagtgcgatgcag +# tattactatcaggaaattgcattttagatgagtctatgcttaccggcgaaagtgtgccagtcacgaaaactcctttaccatcaaagcgtgacatgata +# tttgataaaaccgaacatgccaggcatacacttttttgtgggacaaaggtcattcagactcgctatattggatcaaaaaaagtattggcgttcgtaat +# aaacactggaaacataacagctaagggagaactaatacgatctattctttatcccccacctgttgactacaaatttgagcaagattcctataaattta +# ttcagttcctggcagtaattgcttgtgtcggatttatttatacgcttgtaacaaaaataatgcgtggcacggatcccgtaaaaatagcagtagaatct +# ctggaccttattactatcgtagtcccaccagcactgccagctgcaatgaccgtcggtcgtttctatgcacaaaagcggttaaaggctagtgaaatatt +# ttgcatttcccctcggtccataaatgtagccggaggcataaattgctgctgttttgacaagaccggtactctgacagaagatggacttgatatgtggg 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ID=contig10.g13 +contig10 AUGUSTUS transcript 850 15075 0.07 + . ID=contig10.g13.t1;Parent=contig10.g13 +contig10 AUGUSTUS start_codon 850 852 . + 0 Parent=contig10.g13.t1 +contig10 AUGUSTUS CDS 850 1074 0.57 + 0 ID=contig10.g13.t1.cds;Parent=contig10.g13.t1 +contig10 AUGUSTUS CDS 1132 1326 0.85 + 0 ID=contig10.g13.t1.cds;Parent=contig10.g13.t1 +contig10 AUGUSTUS CDS 14537 14774 0.61 + 0 ID=contig10.g13.t1.cds;Parent=contig10.g13.t1 +contig10 AUGUSTUS CDS 14882 15075 0.44 + 2 ID=contig10.g13.t1.cds;Parent=contig10.g13.t1 +# coding sequence = [atggaagaagcaaggtataatcttgccactcacgttatgtcaaatggagtagaactaattattgcctgtgaaagggaaa +# aacctatggaaaagatcgtggcaactacccaaaaacttacaaatgttattagtcgactgataatacaacaattcgacaagccctcgactctggctcca +# agtacattaaaaaatcagatgattttaacattgccttcaattaaacaggaaaccattttacttcctcataattcttttattacaaacatttttctaac +# cacgtgcacctatatcacaacatatgtggaaaatggaagctcgaatgtagtaaaagaaaaaatggttatatcaaacaccattacgcaagatcgaaagt +# atttgcatgcaagtaatcctatgataatagacatcactttttcaaggccaatagaacctcagaaatactcgaagccttactgcgcaacgcatgtcacc +# acatatgtaaacacaaaggagaatccggcggactgcgccactcgagtgaagaccaccgcattaaccaaccactcaggaagtgtgctcatggtcaacaa +# tcgaagcacaaaactggtacgcgttgtagcttacgccttacgcatcatccaaaagaccaaggacattaaatctctaacgctgacaaatgccatacatt +# tggaaatggccaccgatcttagcatagacacattcctggcatgtcttcggcgtttcatgtcccttcgaggaaagtgctcacagatcttcagcgacaat +# ggaacgaatttagttgatcccaaacacgctttagatgagatgcaccgcaggagcacaaagcaatgtaacacaatcgttggccaatga] +# protein sequence = [MEEARYNLATHVMSNGVELIIACEREKPMEKIVATTQKLTNVISRLIIQQFDKPSTLAPSTLKNQMILTLPSIKQETI +# LLPHNSFITNIFLTTCTYITTYVENGSSNVVKEKMVISNTITQDRKYLHASNPMIIDITFSRPIEPQKYSKPYCATHVTTYVNTKENPADCATRVKTT +# ALTNHSGSVLMVNNRSTKLVRVVAYALRIIQKTKDIKSLTLTNAIHLEMATDLSIDTFLACLRRFMSLRGKCSQIFSDNGTNLVDPKHALDEMHRRST +# KQCNTIVGQ] +# end gene contig10.g13 +### +# start gene contig10.g14 +contig10 AUGUSTUS gene 21687 22382 0.44 - . ID=contig10.g14 +contig10 AUGUSTUS transcript 21687 22382 0.44 - . ID=contig10.g14.t1;Parent=contig10.g14 +contig10 AUGUSTUS CDS 21687 22382 0.44 - 0 ID=contig10.g14.t1.cds;Parent=contig10.g14.t1 +contig10 AUGUSTUS start_codon 22380 22382 . - 0 Parent=contig10.g14.t1 +# coding sequence = [atggtggtgatgacgttcggagcggcttgttcgccgtgctcagtgaagaccataaatccttcaagatacgtccaagcag +# aacattgcgcggtgcaggccatcagtgcgtatcactggcacccagcgacggatgactttaaattcagcgtaaaataccaccaagaccaccaagagcaa +# attcttaagtctagctatgacgacattcgacccgataggattcttgagcttcttcatggtaaccgccaaattgctgatgaacgaggtttggaggagag +# gagtttaatgagacgagccgctgataagttagccaaagcgtttgagaactggaggcttgaaatgaattacgtgagcgatttccgctgtccactctact +# tctttggcacgggatgcgtacgtgaactgcagctacatttgtttgtggactccagccgatcggcgttcgcagcagttgcattttgtagggcgacttat +# gacgacaatgatgtgccgtcttacttcatgtgttccaagacgaaatgcttcccgatgaactatcccacgcctggagctccaagcagccgtattaggaa +# ccaggcagacggtcaggttcatacgatcctaatcctcaggtttatacgacggtgtcgtggattaaaggacgagtgtgaggtcgaggtcttacagcttc +# tgagtgcttggaggcagaacggaaactga] +# protein sequence = [MVVMTFGAACSPCSVKTINPSRYVQAEHCAVQAISAYHWHPATDDFKFSVKYHQDHQEQILKSSYDDIRPDRILELLH +# GNRQIADERGLEERSLMRRAADKLAKAFENWRLEMNYVSDFRCPLYFFGTGCVRELQLHLFVDSSRSAFAAVAFCRATYDDNDVPSYFMCSKTKCFPM +# NYPTPGAPSSRIRNQADGQVHTILILRFIRRCRGLKDECEVEVLQLLSAWRQNGN] +# end gene contig10.g14 +### +# +# ----- prediction on sequence number 11 (length = 35013, name = contig11) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 11 on both strands +# start gene contig11.g15 +contig11 AUGUSTUS gene 682 1377 0.49 - . ID=contig11.g15 +contig11 AUGUSTUS transcript 682 1377 0.49 - . ID=contig11.g15.t1;Parent=contig11.g15 +contig11 AUGUSTUS CDS 682 1377 0.49 - 0 ID=contig11.g15.t1.cds;Parent=contig11.g15.t1 +contig11 AUGUSTUS start_codon 1375 1377 . - 0 Parent=contig11.g15.t1 +# coding sequence = [atggtggtgatgacgttcggagcggcttgttcgccgtgctcagtgaagaccataaatccttcaagatacgtccaagcag +# aacattgcgcggtgcaggccatcagtgcgtatcactggcacccagcgacggatgactttaaattcagcgtaaaataccaccaagaccaccaagagcaa +# attcttaagtctagctatgacgacattcgacccgataggattcttgagcttcttcatggtaaccgccaaattgctgatgaacgaggtttggaggagag +# gagtttaatgagacgagccgctgataagttagccaaagcgtttgagaactggaggcttgaaatgaattacgtgagcgatttccgctgtccactctact +# tctttggcacgggatgcgtacgtgaactgcagctacatttgtttgtggactccagccgatcggcgttcgcagcagttgcattttgtagggcgacttat +# gacgacaatgatgtgccgtcttacttcatgtgttccaagacgaaatgcttcccgatgaactatcccacgcctggagctccaagcagccgtattaggaa +# ccaggcagacggtcaggttcatacgatcctaatcctcaggtttatacgacggtgtcgtggattaaaggacgagtgtgaggtcgaggtcttacagcttc +# tgagtgcttggaggcagaacggaaactga] +# protein sequence = [MVVMTFGAACSPCSVKTINPSRYVQAEHCAVQAISAYHWHPATDDFKFSVKYHQDHQEQILKSSYDDIRPDRILELLH +# GNRQIADERGLEERSLMRRAADKLAKAFENWRLEMNYVSDFRCPLYFFGTGCVRELQLHLFVDSSRSAFAAVAFCRATYDDNDVPSYFMCSKTKCFPM +# NYPTPGAPSSRIRNQADGQVHTILILRFIRRCRGLKDECEVEVLQLLSAWRQNGN] +# end gene contig11.g15 +### +# +# ----- prediction on sequence number 12 (length = 56019, name = contig12) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 12 on both strands +# start gene contig12.g16 +contig12 AUGUSTUS gene 11355 43960 0.01 - . 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tctgtttgtactactggccgcccttcaaatattcggtgccatatgtatttcatcgtctcgtcaaaataatatagtagatgtcgactggcttcaatggg +# gatatcagttctctctacgtcttatagagatagcgataattactttaatatcgtgggtaactgggcttaaaaccagtgccgggcatgatacattaaat +# gctgtaaatgtggatgttcgaatggttggttccggagtgggacctatgggtgcgtatagcccggaaaatggcggctcaactaacaatgccatcagaga +# aaaaaatgttggaaacggcaccggcactcacaactcaaatatgacaaatttttttctgccgtgcacgtcaagctctagtcaggagcaatttgaaggcg +# actatccagctatttgcaatgctaataccaatcttcatacatacacaatgcgcacaggtaaactaatatatgacgacagctatgccctgaattctata +# gggcccacacccactggatcttcaaacagtcgcccctgcgaatatcaactgcaggagcctatgtatcagaggccttatgatacgggttcaattggaag +# tgctgtaaatagtcagaacgggacagattatggaaataaagctactcagaactacaagcaacaacatcaaatgcactttcacgagcagcccacgtata +# tgagtacagactacatgacggatgctgcatcagaccattacgaaaatccgaattttaatttgcgaaccgctaacagtacaaaagctgaacaaatgcaa +# aaagaaatgtatgataataatggagttggttctaccttaggatccggatctacacagcaccaagtggtacttttgaaaaatgacaattgctattctga +# accacatgagcaggaaaacaagaggtatgaatttaacatctttgagcgtcctgtgtttaaagacaaatcaggtcacaacatacagtccaacagtgact +# gctttgaagaccgtcaaaagataacgaatggtcgagtatgtgaaaggaaatttgctggtaatgggacgctggaacgtaatttttacgaaaacaagcat +# cccgagcgccgcagttctaactccaaaaattcctgctcctcatcaaatggaggagggcgatatgcaagctatagttcgtatgagcgcggatttttcaa +# cggcgtttgtaagagtggaactttaggcagtattgctggtggtggaataacattgagcggagctgttccaggtcgtagtctagaagtaccaagtcctc +# ctactggatctcaacgaataatagccaatggagcacagacgttagggatatcagatagagacagagcccaatattatcagagagtaagtggacgtact +# tccaatttaagatcattgcaggatggtactggaactgacagttttacaagtgtacccgtaaggcagcatcaactaaaaccgttatcgtatgagcataa +# ttcggaagatgaagaagaagaggaggaagacgatataatatcaggaagcaatgtagagtgtaccaacttgataaacaacgataatggttctgtcattg +# ccgatgacagcgctccatcttctatttccattattggcaaaacgtcattatataccagcacagcagcaactaaaaatttgtcgaatgacccgctttta +# catgcaaatgtaaacgcacaactgaatattcaaaatactggaaagcttcgttctgagttgtgcactgcctcatcagcttcggttgcttctgcatcttc +# 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LTHLFAQSYFVCIHLILILTCIMRIFFLCFDAYNVHGSFNIFSSELLLNLPSTFLTVAFSVLMLFLFLKSLNHKNNRYSALIRPLTVIVGCGVHVVLC +# ITLHYVESYTLKNHHLYFQQQQQQQYFRRQHLHNQQGQLIATITPSAILPPPPRVLTLICQIIYIFICLSLGLLYLYLYRILKRILRSKSQNYIHGYQ +# NLSYAIHITIATALLFVLLAALQIFGAICISSSRQNNIVDVDWLQWGYQFSLRLIEIAIITLISWVTGLKTSAGHDTLNAVNVDVRMVGSGVGPMGAY +# SPENGGSTNNAIREKNVGNGTGTHNSNMTNFFLPCTSSSSQEQFEGDYPAICNANTNLHTYTMRTGKLIYDDSYALNSIGPTPTGSSNSRPCEYQLQE +# PMYQRPYDTGSIGSAVNSQNGTDYGNKATQNYKQQHQMHFHEQPTYMSTDYMTDAASDHYENPNFNLRTANSTKAEQMQKEMYDNNGVGSTLGSGSTQ +# HQVVLLKNDNCYSEPHEQENKRYEFNIFERPVFKDKSGHNIQSNSDCFEDRQKITNGRVCERKFAGNGTLERNFYENKHPERRSSNSKNSCSSSNGGG +# RYASYSSYERGFFNGVCKSGTLGSIAGGGITLSGAVPGRSLEVPSPPTGSQRIIANGAQTLGISDRDRAQYYQRVSGRTSNLRSLQDGTGTDSFTSVP +# VRQHQLKPLSYEHNSEDEEEEEEDDIISGSNVECTNLINNDNGSVIADDSAPSSISIIGKTSLYTSTAATKNLSNDPLLHANVNAQLNIQNTGKLRSE +# LCTASSASVASASSNSCTTSSASDSMLVADQGFLRFRSIEDQNSAQNGNNLDGERAAISSLRLKSCSATNRRMSIAQELLDDVNDDPDLLKRVITGDE +# 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ID=contig12.g17 +contig12 AUGUSTUS transcript 51846 54525 0.42 + . 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ID=contig13.g18 +contig13 AUGUSTUS transcript 5833 21375 0.37 + . ID=contig13.g18.t1;Parent=contig13.g18 +contig13 AUGUSTUS start_codon 5833 5835 . + 0 Parent=contig13.g18.t1 +contig13 AUGUSTUS CDS 5833 5864 0.99 + 0 ID=contig13.g18.t1.cds;Parent=contig13.g18.t1 +contig13 AUGUSTUS CDS 5926 6048 0.94 + 1 ID=contig13.g18.t1.cds;Parent=contig13.g18.t1 +contig13 AUGUSTUS CDS 8287 8491 0.58 + 1 ID=contig13.g18.t1.cds;Parent=contig13.g18.t1 +contig13 AUGUSTUS CDS 8553 8681 0.61 + 0 ID=contig13.g18.t1.cds;Parent=contig13.g18.t1 +contig13 AUGUSTUS CDS 11775 11852 0.66 + 0 ID=contig13.g18.t1.cds;Parent=contig13.g18.t1 +contig13 AUGUSTUS CDS 11914 12134 0.55 + 0 ID=contig13.g18.t1.cds;Parent=contig13.g18.t1 +contig13 AUGUSTUS CDS 21090 21375 0.7 + 1 ID=contig13.g18.t1.cds;Parent=contig13.g18.t1 +# coding sequence = [atggatccgttcgatgtttcagataggaacagctggtactttggtcccatgtcccgacaagaagccactgaagtattaa +# tgaatgagcgtgaacgaggggtatttttggttcgcgacagtaactcaatagcaggggattacgtcctttgcgtaagagaagatacaaaagttagcaac +# tacatcattaacaaagttcaacaacaggatcacttcgtttaccgcataggggatcaatcttttgataatctaccgaaactattaacattttacacact +# tcattacttggatacaacccctctaagaagacctgctctcaaaaaagaggaaaaagttataggaaagttcgattttcatggcagcgaccaagatgatc +# tgccgtttcaaagaggtgaaattcttactgtaattcgaaaagacgaagatcaatggtggactgcccgaaattcgtctgggaaaattgggcaaataccg +# gttccttatatatgtcggcatgatgatgatgaagatccccttaaaaatgttgacttaaattttcgtggaagcacactaaagaggacggatttaaaccg +# aaaactgcctgcatacgcccgcgtaaaacagtcaagagttccaaacgcctatgataagactgcattgaaattggaaattggtgatataattaaagtca +# ctaaaacaaatattaatggacaatgggagggggaattaaatggaagaaatggtcacttcccattcacgcacgttgaatttgtcgatgattgtgattta +# ggcaataactccacagaaatacgaagtgactcgggaagaaatgtgccaattcggcgtcacttctcggagtcacttcggcgaaacttccaaaatcattt +# cggcgatatcgcattcggatcgcagaaacgactaccgtcgggaaaaaaatttgcctcttcggcggcccttgtcgaagtcacgaagacacttccaggag +# ttacttttgcgacacttcttgaagtgacttcggtgacacttccaggagacttttctttccgacgggagtcacttccgaatgcgatatctcgtacgaca +# gttttcaccttttag] +# protein sequence = [MDPFDVSDRNSWYFGPMSRQEATEVLMNERERGVFLVRDSNSIAGDYVLCVREDTKVSNYIINKVQQQDHFVYRIGDQ +# SFDNLPKLLTFYTLHYLDTTPLRRPALKKEEKVIGKFDFHGSDQDDLPFQRGEILTVIRKDEDQWWTARNSSGKIGQIPVPYICRHDDDEDPLKNVDL +# NFRGSTLKRTDLNRKLPAYARVKQSRVPNAYDKTALKLEIGDIIKVTKTNINGQWEGELNGRNGHFPFTHVEFVDDCDLGNNSTEIRSDSGRNVPIRR +# HFSESLRRNFQNHFGDIAFGSQKRLPSGKKFASSAALVEVTKTLPGVTFATLLEVTSVTLPGDFSFRRESLPNAISRTTVFTF] +# end gene contig13.g18 +### +# +# ----- prediction on sequence number 14 (length = 45010, name = contig14) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 14 on both strands +# start gene contig14.g19 +contig14 AUGUSTUS gene 27307 36522 0.16 + . 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ID=contig14.g20 +contig14 AUGUSTUS transcript 36874 37842 0.96 + . 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ID=contig15.g21 +contig15 AUGUSTUS transcript 2942 6515 0.26 + . ID=contig15.g21.t1;Parent=contig15.g21 +contig15 AUGUSTUS start_codon 2942 2944 . + 0 Parent=contig15.g21.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 2942 2977 0.74 + 0 ID=contig15.g21.t1.cds;Parent=contig15.g21.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 3367 3482 0.76 + 0 ID=contig15.g21.t1.cds;Parent=contig15.g21.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 4221 4570 0.84 + 1 ID=contig15.g21.t1.cds;Parent=contig15.g21.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 5195 5408 0.57 + 2 ID=contig15.g21.t1.cds;Parent=contig15.g21.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 5651 6515 0.88 + 1 ID=contig15.g21.t1.cds;Parent=contig15.g21.t1 +# coding sequence = [atgaaagtaaagaacgcgttgcatcatattttcattctgtacgatacaccgacatcaacttcaagcagtcgggattttt +# tgggtttccatgtgcctcccagtttggatacggtcttattgctggacttgactctgttggaggaaatggaatggcgcgaccgattggccgatttggaa +# aagaaaattagggacctgatagattatcacgacggagctctcgacgcgttggatggaaagatcgtcaaaccggatccattgccaaaaggtgcctcagc +# agcagatgaaaagcagcacaaggagaagagcgacttttttcgtaaggccaacagctatgcaaaatccatgattaccactgcggtcacggactcggtgt +# accagaagatcatggacaaggagacagcacacgatacgtgggaagccctgaaaaatcagtttgaagcaacagcgaaagaccaggtattcaggatatgc +# aacgagtttttcgctttctcttggaatccagttttggctgcccaagacaataatccaaatagtcgttttgagtcgttagcaaccgagtgcaccctcaa +# aataaacgacaatattgtcctcgttggagccagagacgttggaggaacactctacagagcagcgatcgagcccatactttcagaacgaaacgtcgatg +# tcaacgtcgcaacttcaggaacttcaattctccaactctatcacgagaggtttcgatatgggtacatcgtcaagcagaaatcagaggtcaaggacgtg +# ctgcgacacatggtttttcacgccaagcaacaagggcacacaattcgagaactcctgagcgacaatggaggagaattcgactgtgcagaagtgagaga +# aactcttcaggaagctggtataacttttcgactcaccgctccgtatactccagaacaaaatagtggtgtcgagagagagaatcgaacgatagtcaaaa +# tggcgagaactttcaagtattctaatccagaaataaaatttccagaagcaatttgggccgagttggtcagcacagcagtctacgttctcaataggacg +# ggcaaatcttcgttgaagggtctgagcccttaccaactttggctgggcaagaaaccaagaatcaaacatcttcgaatcgtaggatcgacgtgctacgt +# acacattccatgccaaaaaaaggagaatatggacgaaaaagctgaaaaagggtacctggtgggttacgagggcgatgagagatatcgtatttacttac +# cagagaagcacaaagtagtcgtgtcgagggacgtaaaatttcaagagaaattcagcaattgtgaaccaggcgtcaacctaccattccaagattttgga +# tccaaggacgtcgtagaagacaaggaagaagaagacgtgagcttgcaccagagcaaggacgaggataaggaagaagaagacgcggatttgcacaagag +# cgaggacgaagacacacttcatgagcaagacttgaaagaagacacaaccgaaacaggaagcgaagacaattacgaaaccggagtagaaacaagctttg +# acgaagaaaacaacaagagaaaaccgcaataa] +# protein sequence = [MKVKNALHHIFILYDTPTSTSSSRDFLGFHVPPSLDTVLLLDLTLLEEMEWRDRLADLEKKIRDLIDYHDGALDALDG +# KIVKPDPLPKGASAADEKQHKEKSDFFRKANSYAKSMITTAVTDSVYQKIMDKETAHDTWEALKNQFEATAKDQVFRICNEFFAFSWNPVLAAQDNNP +# NSRFESLATECTLKINDNIVLVGARDVGGTLYRAAIEPILSERNVDVNVATSGTSILQLYHERFRYGYIVKQKSEVKDVLRHMVFHAKQQGHTIRELL +# SDNGGEFDCAEVRETLQEAGITFRLTAPYTPEQNSGVERENRTIVKMARTFKYSNPEIKFPEAIWAELVSTAVYVLNRTGKSSLKGLSPYQLWLGKKP +# RIKHLRIVGSTCYVHIPCQKKENMDEKAEKGYLVGYEGDERYRIYLPEKHKVVVSRDVKFQEKFSNCEPGVNLPFQDFGSKDVVEDKEEEDVSLHQSK +# DEDKEEEDADLHKSEDEDTLHEQDLKEDTTETGSEDNYETGVETSFDEENNKRKPQ] +# end gene contig15.g21 +### +# start gene contig15.g22 +contig15 AUGUSTUS gene 6867 7835 0.91 + . ID=contig15.g22 +contig15 AUGUSTUS transcript 6867 7835 0.91 + . 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ID=contig15.g23 +contig15 AUGUSTUS transcript 18680 42088 0.05 + . ID=contig15.g23.t1;Parent=contig15.g23 +contig15 AUGUSTUS start_codon 18680 18682 . + 0 Parent=contig15.g23.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 18680 18703 0.86 + 0 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 20847 21365 0.44 + 0 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 22142 22216 0.74 + 0 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 25912 25977 1 + 0 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 26035 26127 0.97 + 0 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 28671 28925 0.78 + 0 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 29386 29481 0.68 + 0 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 31952 32036 0.94 + 0 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 36538 36768 0.63 + 2 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 37576 38003 0.64 + 2 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 38052 38166 0.94 + 0 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 41530 41966 0.76 + 2 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 +contig15 AUGUSTUS CDS 42029 42088 0.72 + 0 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 +# coding sequence = [atggatcccgcttcaaatattgtggaaaatgtagttgaaccaaaaaatgacagtgctggtgtaattcaaatggctcctg +# aaaatattgaccactctatcgaaaatcagagcactacatcaacagatgataaagacgatgccgatttaataattgatgatagcgaatctgatgaatat +# agttcagatagcaaaaaaactgcagatgtagcagaaactgaggatttaattaaggttacagaaactgctaagacctcattgttatcagatgcggatgg +# cacagttgaaataaatgaaaacacagaaatgaaatctgaggaccccatcatagaagccttatctattaaatcagaccaggaaacttcggtttcagcca +# atacaaaagtcgataaaagctccaccgtttcggaggagaatccaaaggtggatgtaatagatgcgaataccataagtgtaatcttacccaatgcttca +# aaagcaaatgttccacaagatacatcaacaattataattgaagacgacgaagttaaaagaactgaagaagtggaagccgatgaacctaaaacatgtga +# actggctgccgaaaactctaaaaatgaagttgcgtcctctattgaaaacgttaatgaatttaaagaagttggtaaaaatgctgttgaagacaaagact +# taaatgtatttaatgagacacagcaaggcaaggaggcggaacaagtcactaaccaatctgaccttttaaatgacgacactacagaaagggatctaaga +# ttgtctagtcaggctgacttcaataaccaaattctggacattatatcggacattgatataaatataaaggcccaggaaaaaataactcaacttaaaga +# gcaagaactgaagcttatacagaaacagaacgaattggcaaatcaaatacatcagcaacaaatcttagctcagcagctgaatgccaaaaatacaaata +# aacaaagtcaatgccaacaacaaaatgcgcgtgatgtactaacactacatcaaaataatttcgtcgttaaatgccgccagtacacacgggtactgaat +# gctctcgaagacaaggcaagtcagcaagaggggtcaaacaatacgaagcttacggtgcctataggtaaagaatccacaaatatatcaaagaacattga +# tttgcgcaaaatatttactcctgcgaccgatgctactgaaatattgcctaaaaataggaatgagagctccagtgacgttgtagatccatataaagaga +# attccgaaacgaattccacattggaacttagaaagttggaaaaaatgccgctaaagcttataatgaacccaaacggaagagtccgtgattataattcg +# ctcaaagatttaattaacgttgaaactggcctgttatcgcctgacaattgcgctgaactaataactgcacttcaacttcatcaaggacgaggtgccga +# actgtttgcaaaacgccgcagaaaggctgataattggatagtcgatgaaaccaatttagagactcaaaatcctccgtctggtattccagattaccagc +# agtatcaacaaaaaccggctacatcaccaaacattttgccagcatattctgatgcaggaaaacatcgcgttcagttgaatattcatcaaaatcagtta +# attgaaaaatattcaaagccaggattgcaggtggttcagtctccttgggatgcagctttacaaactggttcggccagtacggcgtttttggaagataa +# ggatagcaaaagtcaatgtctttcccctgctgccgtatcaccaacaccgtacttccaaagtggtaggagggatataacggatactgtggaacctacgc +# actatagtcctctgaaagattataaaaatgccaatgcttctacaccgcaatcaatcaatgtaccctcgaatccccaaagggatcttgcatatacacca +# gccgttgctcagggctggggaggtcgcaatgtgaaactacctaaaggcttatacgtaccgaaagagatatctctttctagctatgcagcacctccaca +# gcagtacgccggtcacgatgcacattttgagtcgccgaacaatggctctgcttcgcgccctttatcaaggaccaacttttctacataccaaagttctg +# ttggaaataatggaactggccagttcccaatatcaaaggcgttctcacccgaattaggcactgtaccgccaaggcagcagctgtacgcgccgtctagc +# tatcaaagaatacccgcatttgaaaacgtcgcgcctcaggttaactttaaccctgcgcctttgacctttgataaaatggcaagatacgaacaacccaa +# cagaaataattcgactagtgcaagctcacagtatcttaatgtgaaacaaaattcgcgagtgcgtaatgtttcgccaacaccatttggaattatgtgga +# ccattgcctggcaggccaacttctccactatcgaacaaagttccaatctttaa] +# protein sequence = [MDPASNIVENVVEPKNDSAGVIQMAPENIDHSIENQSTTSTDDKDDADLIIDDSESDEYSSDSKKTADVAETEDLIKV +# TETAKTSLLSDADGTVEINENTEMKSEDPIIEALSIKSDQETSVSANTKVDKSSTVSEENPKVDVIDANTISVILPNASKANVPQDTSTIIIEDDEVK +# RTEEVEADEPKTCELAAENSKNEVASSIENVNEFKEVGKNAVEDKDLNVFNETQQGKEAEQVTNQSDLLNDDTTERDLRLSSQADFNNQILDIISDID +# INIKAQEKITQLKEQELKLIQKQNELANQIHQQQILAQQLNAKNTNKQSQCQQQNARDVLTLHQNNFVVKCRQYTRVLNALEDKASQQEGSNNTKLTV +# PIGKESTNISKNIDLRKIFTPATDATEILPKNRNESSSDVVDPYKENSETNSTLELRKLEKMPLKLIMNPNGRVRDYNSLKDLINVETGLLSPDNCAE +# LITALQLHQGRGAELFAKRRRKADNWIVDETNLETQNPPSGIPDYQQYQQKPATSPNILPAYSDAGKHRVQLNIHQNQLIEKYSKPGLQVVQSPWDAA +# LQTGSASTAFLEDKDSKSQCLSPAAVSPTPYFQSGRRDITDTVEPTHYSPLKDYKNANASTPQSINVPSNPQRDLAYTPAVAQGWGGRNVKLPKGLYV +# PKEISLSSYAAPPQQYAGHDAHFESPNNGSASRPLSRTNFSTYQSSVGNNGTGQFPISKAFSPELGTVPPRQQLYAPSSYQRIPAFENVAPQVNFNPA +# PLTFDKMARYEQPNRNNSTSASSQYLNVKQNSRVRNVSPTPFGIMWTIAWQANFSTIEQSSNL] +# end gene contig15.g23 +### +# start gene contig15.g24 +contig15 AUGUSTUS gene 44931 45338 0.66 - . ID=contig15.g24 +contig15 AUGUSTUS transcript 44931 45338 0.66 - . ID=contig15.g24.t1;Parent=contig15.g24 +contig15 AUGUSTUS CDS 44931 45338 0.66 - 0 ID=contig15.g24.t1.cds;Parent=contig15.g24.t1 +contig15 AUGUSTUS start_codon 45336 45338 . - 0 Parent=contig15.g24.t1 +# coding sequence = [atgagcatagctaaagagctgttggatgacgtcaacgacgacccagatttactcaaaagggtcataactggtgacgact +# catgggtatatggttatgatatcgaaaccaaagcccaatcgtcacaatggaagagcccaggtgagccaagaccgaaaaaagcaccccaagttcgatca +# aatgtcaaagttttgatcactgtattcttcgattaccatggcgtggtgcatctggagttcttaccatatggtcgtacggttaataaacagtattatct +# ggaagttatgcgccgtttgcaagaagcaatacgaaagaaacgtccagaattgtggaaaaacaattcatggcttttagatcacgataatgcccctgatc +# actcatctttgcttatgagcgattttttggcctaa] +# protein sequence = [MSIAKELLDDVNDDPDLLKRVITGDDSWVYGYDIETKAQSSQWKSPGEPRPKKAPQVRSNVKVLITVFFDYHGVVHLE +# FLPYGRTVNKQYYLEVMRRLQEAIRKKRPELWKNNSWLLDHDNAPDHSSLLMSDFLA] +# end gene contig15.g24 +### +# +# ----- prediction on sequence number 16 (length = 45017, name = contig16) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 16 on both strands +# start gene contig16.g25 +contig16 AUGUSTUS gene 23971 43623 0.15 + . ID=contig16.g25 +contig16 AUGUSTUS transcript 23971 43623 0.15 + . ID=contig16.g25.t1;Parent=contig16.g25 +contig16 AUGUSTUS start_codon 23971 23973 . + 0 Parent=contig16.g25.t1 +contig16 AUGUSTUS CDS 23971 24235 0.79 + 0 ID=contig16.g25.t1.cds;Parent=contig16.g25.t1 +contig16 AUGUSTUS CDS 24335 25126 0.53 + 2 ID=contig16.g25.t1.cds;Parent=contig16.g25.t1 +contig16 AUGUSTUS CDS 26889 27049 0.75 + 2 ID=contig16.g25.t1.cds;Parent=contig16.g25.t1 +contig16 AUGUSTUS CDS 27109 27253 0.91 + 0 ID=contig16.g25.t1.cds;Parent=contig16.g25.t1 +contig16 AUGUSTUS CDS 30805 30886 0.81 + 2 ID=contig16.g25.t1.cds;Parent=contig16.g25.t1 +contig16 AUGUSTUS CDS 38071 38214 0.61 + 1 ID=contig16.g25.t1.cds;Parent=contig16.g25.t1 +contig16 AUGUSTUS CDS 42456 42590 0.98 + 1 ID=contig16.g25.t1.cds;Parent=contig16.g25.t1 +contig16 AUGUSTUS CDS 43033 43110 1 + 1 ID=contig16.g25.t1.cds;Parent=contig16.g25.t1 +contig16 AUGUSTUS CDS 43167 43354 1 + 1 ID=contig16.g25.t1.cds;Parent=contig16.g25.t1 +contig16 AUGUSTUS CDS 43421 43623 0.94 + 2 ID=contig16.g25.t1.cds;Parent=contig16.g25.t1 +# coding sequence = [atgtcctcggacatgactcttcaaaaagagctcatttgccgtctgaaacttctgtctagttgcattaattttgcacaag +# tgggaattaagttggaaattagcgatttatccgagactatacttgaggacaaagttctattgaaaaaaatctacagcgccctcaagaaacaacaactt +# catcggaccctacattccaaagaaccgaataaaaaaagtgttaacaggtcttcttcattgtctagcctaaaaattggtgaacatgaaaatctcaactg +# tgttataaaaagcatcgagtttccaaacaagtgtcttttgagcgatcaaaaaattgaaagaagcgtgaaaacttgtggaactcaaactagttttattc +# aacttagcgaactaaaaagtttggcggaacagtataagtgtatggttcaaaactgcgataataatttacaagtattccaagaatttgataaacaggat +# ggtttaacttcttcacgctcgacctgtagaaaaagttcgatagacgaagacatttctcagtcagtaagcgatacgattaagcgttatctaaaaatggc +# aagaaagaaaagtgtacaaggttctgactcaaatcgatttaagtcagttaactatgatcaaaatctcaaaaatattaaagcaaagggcgaaattaatc +# caccagcactcaatgatggattgaataaggctgtacaaactttagatgcttggccagttattgcattggattttattaagggaaacgaaagttctata +# tatctgcaaaacgctcacttagaatggataagatctgaagatgaacgagaacagaaacaattagaatggaacaaaaaacaaaaacaaattgataaaga +# agagcatactcctcatgaaatcaataggggaaacgcctcacattattcaacctgcacatctgctcccacatcgccaaccagccattccaagttggaaa +# aagctataaggacttctagcgggttgctttcttcaagttctcagtttatttcgagcattttgcacgggcatagcagtgcaggaagtcagtactcgaat +# cttgggaatgactcagtaaatatgcaaaaatcaaaatcactatctaatgttggacaatttgtaagtaaaaaaatttggggaagtcgtttcaaaagcca +# aagtaaacgcaatttttcgaaaggactaaaggatttgccttctgtaaaatggcatccttcggacaattgtatatggatttccgaagatggcgaaaggt +# ttcaaattgttgatactttattgataaggctgtcgaaaagagaaacagatttagttaaagattttgcattagaaaaaattgaggaactaaatattgga +# aatattgatgcggatatccgaaccggggacctctcgcatcagaggcagatgccataccagttgagctatcgcgtcatgttacgcgcggtcgtgattgt +# agacatgaaaatcatagaggtggattgcctggtggataccggagctgctgtctccatattgagcaacagggtctttgatcaaattccgaacgtcaccc +# ttgagggatgttcgtcaaagctgcgcagattggtaaaaaggaccatgatcaatcactatgaagaaatttttaagatatcagcagaattgcttgatgtt +# atctatacccgagtgatggaagcttgccccgaacagttatacgagttgatatcaatgaaattaaatggatacgaatggaacctaaatcaattagacga +# tccgcagccaagcagtttaggagatgtcatgtttgagcctgcagttcaagaaaaacgcctggatcatattaatcatttaaatggaaatcaagaaaaaa +# agaatgttctaaaaaaatcttctaaaagtagtttaattaatacaaagagatgtcaagaagaaaactttgaaattttcaccgctagtctgaaaatacct +# gtgccggaaaaagcgcacatacatagtaaagagtctatagaatgtagagatgataaaacggcacgccgaagaatttgtcagcctcgaataccaacaga +# cattactacaatgagttcagatgtcgtcgaactggaaaaaaaaacgaaagcagctacatcagatgatatctatcaatcagaattgcgggaaaaggcca +# tttataagcagcagcacttaaaatctagcacaaggccagtaaatcaagggctctaa] +# protein sequence = [MSSDMTLQKELICRLKLLSSCINFAQVGIKLEISDLSETILEDKVLLKKIYSALKKQQLHRTLHSKEPNKKSVNRSSS +# LSSLKIGEHENLNCVIKSIEFPNKCLLSDQKIERSVKTCGTQTSFIQLSELKSLAEQYKCMVQNCDNNLQVFQEFDKQDGLTSSRSTCRKSSIDEDIS +# QSVSDTIKRYLKMARKKSVQGSDSNRFKSVNYDQNLKNIKAKGEINPPALNDGLNKAVQTLDAWPVIALDFIKGNESSIYLQNAHLEWIRSEDEREQK +# QLEWNKKQKQIDKEEHTPHEINRGNASHYSTCTSAPTSPTSHSKLEKAIRTSSGLLSSSSQFISSILHGHSSAGSQYSNLGNDSVNMQKSKSLSNVGQ +# FVSKKIWGSRFKSQSKRNFSKGLKDLPSVKWHPSDNCIWISEDGERFQIVDTLLIRLSKRETDLVKDFALEKIEELNIGNIDADIRTGDLSHQRQMPY +# QLSYRVMLRAVVIVDMKIIEVDCLVDTGAAVSILSNRVFDQIPNVTLEGCSSKLRRLVKRTMINHYEEIFKISAELLDVIYTRVMEACPEQLYELISM +# KLNGYEWNLNQLDDPQPSSLGDVMFEPAVQEKRLDHINHLNGNQEKKNVLKKSSKSSLINTKRCQEENFEIFTASLKIPVPEKAHIHSKESIECRDDK +# TARRRICQPRIPTDITTMSSDVVELEKKTKAATSDDIYQSELREKAIYKQQHLKSSTRPVNQGL] +# end gene contig16.g25 +### +# +# ----- prediction on sequence number 17 (length = 40013, name = contig17) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 17 on both strands +# start gene contig17.g26 +contig17 AUGUSTUS gene 3963 23615 0.14 + . ID=contig17.g26 +contig17 AUGUSTUS transcript 3963 23615 0.14 + . ID=contig17.g26.t1;Parent=contig17.g26 +contig17 AUGUSTUS start_codon 3963 3965 . + 0 Parent=contig17.g26.t1 +contig17 AUGUSTUS CDS 3963 4227 0.84 + 0 ID=contig17.g26.t1.cds;Parent=contig17.g26.t1 +contig17 AUGUSTUS CDS 4327 5118 0.47 + 2 ID=contig17.g26.t1.cds;Parent=contig17.g26.t1 +contig17 AUGUSTUS CDS 6881 7041 0.78 + 2 ID=contig17.g26.t1.cds;Parent=contig17.g26.t1 +contig17 AUGUSTUS CDS 7101 7245 0.95 + 0 ID=contig17.g26.t1.cds;Parent=contig17.g26.t1 +contig17 AUGUSTUS CDS 10797 10878 0.81 + 2 ID=contig17.g26.t1.cds;Parent=contig17.g26.t1 +contig17 AUGUSTUS CDS 18063 18206 0.61 + 1 ID=contig17.g26.t1.cds;Parent=contig17.g26.t1 +contig17 AUGUSTUS CDS 22448 22582 1 + 1 ID=contig17.g26.t1.cds;Parent=contig17.g26.t1 +contig17 AUGUSTUS CDS 23025 23102 1 + 1 ID=contig17.g26.t1.cds;Parent=contig17.g26.t1 +contig17 AUGUSTUS CDS 23159 23346 0.98 + 1 ID=contig17.g26.t1.cds;Parent=contig17.g26.t1 +contig17 AUGUSTUS CDS 23413 23615 0.74 + 2 ID=contig17.g26.t1.cds;Parent=contig17.g26.t1 +# coding sequence = [atgtcctcggacatgactcttcaaaaagagctcatttgccgtctgaaacttctgtctagttgcattaattttgcacaag +# tgggaattaagttggaaattagcgatttatccgagactatacttgaggacaaagttctattgaaaaaaatctacagcgccctcaagaaacaacaactt +# catcggaccctacattccaaagaaccgaataaaaaaagtgttaacaggtcttcttcattgtctagcctaaaaattggtgaacatgaaaatctcaactg +# tgttataaaaagcatcgagtttccaaacaagtgtcttttgagcgatcaaaaaattgaaagaagcgtgaaaacttgtggaactcaaactagttttattc +# aacttagcgaactaaaaagtttggcggaacagtataagtgtatggttcaaaactgcgataataatttacaagtattccaagaatttgataaacaggat +# ggtttaacttcttcacgctcgacctgtagaaaaagttcgatagacgaagacatttctcagtcagtaagcgatacgattaagcgttatctaaaaatggc +# aagaaagaaaagtgtacaaggttctgactcaaatcgatttaagtcagttaactatgatcaaaatctcaaaaatattaaagcaaagggcgaaattaatc +# caccagcactcaatgatggattgaataaggctgtacaaactttagatgcttggccagttattgcattggattttattaagggaaacgaaagttctata +# tatctgcaaaacgctcacttagaatggataagatctgaagatgaacgagaacagaaacaattagaatggaacaaaaaacaaaaacaaattgataaaga +# agagcatactcctcatgaaatcaataggggaaacgcctcacattattcaacctgcacatctgctcccacatcgccaaccagccattccaagttggaaa +# aagctataaggacttctagcgggttgctttcttcaagttctcagtttatttcgagcattttgcacgggcatagcagtgcaggaagtcagtactcgaat +# cttgggaatgactcagtaaatatgcaaaaatcaaaatcactatctaatgttggacaatttgtaagtaaaaaaatttggggaagtcgtttcaaaagcca +# aagtaaacgcaatttttcgaaaggactaaaggatttgccttctgtaaaatggcatccttcggacaattgtatatggatttccgaagatggcgaaaggt +# ttcaaattgttgatactttattgataaggctgtcgaaaagagaaacagatttagttaaagattttgcattagaaaaaattgaggaactaaatattgga +# aatattgatgcggatatccgaaccggggacctctcgcatcagaggcagatgccataccagttgagctatcgcgtcatgttacgcgcggtcgtgattgt +# agacatgaaaatcatagaggtggattgcctggtggataccggagctgctgtctccatattgagcaacagggtctttgatcaaattccgaacgtcaccc +# ttgagggatgttcgtcaaagctgcgcagattggtaaaaaggaccatgatcaatcactatgaagaaatttttaagatatcagcagaattgcttgatgtt +# atctatacccgagtgatggaagcttgccccgaacagttatacgagttgatatcaatgaaattaaatggatacgaatggaacctaaatcaattagacga +# tccgcagccaagcagtttaggagatgtcatgtttgagcctgcagttcaagaaaaacgcctggatcatattaatcatttaaatggaaatcaagaaaaaa +# agaatgttctaaaaaaatcttctaaaagtagtttaattaatacaaagagatgtcaagaagaaaactttgaaattttcaccgctagtctgaaaatacct +# gtgccggaaaaagcgcacatacatagtaaagagtctatagaatgtagagatgataaaacggcacgccgaagaatttgtcagcctcgaataccaacaga +# cattactacaatgagttcagatgtcgtcgaactggaaaaaaaaacgaaagcagctacatcagatgatatctatcaatcagaattgcgggaaaaggcca +# tttataagcagcagcacttaaaatctagcacaaggccagtaaatcaagggctctaa] +# protein sequence = [MSSDMTLQKELICRLKLLSSCINFAQVGIKLEISDLSETILEDKVLLKKIYSALKKQQLHRTLHSKEPNKKSVNRSSS +# LSSLKIGEHENLNCVIKSIEFPNKCLLSDQKIERSVKTCGTQTSFIQLSELKSLAEQYKCMVQNCDNNLQVFQEFDKQDGLTSSRSTCRKSSIDEDIS +# QSVSDTIKRYLKMARKKSVQGSDSNRFKSVNYDQNLKNIKAKGEINPPALNDGLNKAVQTLDAWPVIALDFIKGNESSIYLQNAHLEWIRSEDEREQK +# QLEWNKKQKQIDKEEHTPHEINRGNASHYSTCTSAPTSPTSHSKLEKAIRTSSGLLSSSSQFISSILHGHSSAGSQYSNLGNDSVNMQKSKSLSNVGQ +# FVSKKIWGSRFKSQSKRNFSKGLKDLPSVKWHPSDNCIWISEDGERFQIVDTLLIRLSKRETDLVKDFALEKIEELNIGNIDADIRTGDLSHQRQMPY +# QLSYRVMLRAVVIVDMKIIEVDCLVDTGAAVSILSNRVFDQIPNVTLEGCSSKLRRLVKRTMINHYEEIFKISAELLDVIYTRVMEACPEQLYELISM +# KLNGYEWNLNQLDDPQPSSLGDVMFEPAVQEKRLDHINHLNGNQEKKNVLKKSSKSSLINTKRCQEENFEIFTASLKIPVPEKAHIHSKESIECRDDK +# TARRRICQPRIPTDITTMSSDVVELEKKTKAATSDDIYQSELREKAIYKQQHLKSSTRPVNQGL] +# end gene contig17.g26 +### +# +# ----- prediction on sequence number 18 (length = 40012, name = contig18) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 18 on both strands +# (none) +# +# ----- prediction on sequence number 19 (length = 45013, name = contig19) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 19 on both strands +# start gene contig19.g27 +contig19 AUGUSTUS gene 29061 34294 0.14 + . ID=contig19.g27 +contig19 AUGUSTUS transcript 29061 34294 0.14 + . ID=contig19.g27.t1;Parent=contig19.g27 +contig19 AUGUSTUS start_codon 29061 29063 . + 0 Parent=contig19.g27.t1 +contig19 AUGUSTUS CDS 29061 29126 0.74 + 0 ID=contig19.g27.t1.cds;Parent=contig19.g27.t1 +contig19 AUGUSTUS CDS 29277 29928 0.98 + 0 ID=contig19.g27.t1.cds;Parent=contig19.g27.t1 +contig19 AUGUSTUS CDS 31020 31348 0.59 + 2 ID=contig19.g27.t1.cds;Parent=contig19.g27.t1 +contig19 AUGUSTUS CDS 33803 34126 0.31 + 0 ID=contig19.g27.t1.cds;Parent=contig19.g27.t1 +contig19 AUGUSTUS CDS 34184 34294 0.34 + 0 ID=contig19.g27.t1.cds;Parent=contig19.g27.t1 +# coding sequence = [atgattattactataaaaaatcttcaacagcaaacttttactattgagtttgcgccagaaaaaacggttttggacctga +# agaaaaaaatattcgacgagcgcggtgcggaatatgttgccgaaaagcagaaactcatttatgcaggcgtcattttgactgatgagcgtactattgga +# tcatacaatgtcgatgaaaagaagttcatagtagtgatgttgacacgcgattcatctagtgtaaagcacaatcaaaattgtccaaaggaaactgagaa +# gttgacaaccactaagaatgtaaagtccccagaaaacttaaacactaataacgcttctgccactgggattacagaagatcagttacctgtcccaacac +# gtgaaacaatagctccagttccaagaccaatttcccgtaacgatttgattggcgagttggccaatgcttccttacagtcgcgcgctgaatctaacttg +# ctaatgggtgacgaatacaaccaaactgttctgtcaatggtggaaatgggttacccccgcgagcaggtggaacgtgcgatggccgctagctacaataa +# cccagaaagagccgttgagtacctcattaatggaatacccgctgaggaggaagctatatataatgttgtggatgaatccacaaatccaagagtaatca +# cctccggacctcaagcgtcatctgtcgatcgtccaccagaatcaaattcagctgaacaggagaaacgtggaagaaagcgatccacttctacaaaattt +# gacacgagccttataaggaagtcgaaaaaggagccattcctttcttcgaaggatcttaaaaactacatgaacgcatccgtaacgagtcgcaccattcg +# caacagactgattgagcacggtttaaaagcgcattcagcaaggagagttccttttatgagcaagaggcatacagaaaggcgactctgctttgccaaaa +# accaccagacccgccagaactggaaaaatgtcctttggtccgatgaaacaaaaattgatttgtttggatctgatggtagaccccatattggtcagaca +# aacccagctcttttacaacttatttctgagaaccaagatgcgtttcttaacatgctaaatcaaccgattgaaagcgaatcagaaacaaatgagtcaga +# agcgcgcggttcaaacgctcgtacgcagtcgaattctgctgagattgaaagcctgttttcgtcagaattggaaggagctgttgcagcacaaagaacag +# ccgctggcggaagtgtgattcaaagagataacgcacataatattgaagatttggaacaaccttcaggagtctcaaccattcgtctaaatcgccaagac +# caggacgcaatagaaaggctgaaagcacttggattcccagaggctcttgtactgcaagcttacttcgcgtgtgaaaaggatgaggaacttgcagctaa +# tttcttactttcttctagctttgatgattag] +# protein sequence = [MIITIKNLQQQTFTIEFAPEKTVLDLKKKIFDERGAEYVAEKQKLIYAGVILTDERTIGSYNVDEKKFIVVMLTRDSS +# SVKHNQNCPKETEKLTTTKNVKSPENLNTNNASATGITEDQLPVPTRETIAPVPRPISRNDLIGELANASLQSRAESNLLMGDEYNQTVLSMVEMGYP +# REQVERAMAASYNNPERAVEYLINGIPAEEEAIYNVVDESTNPRVITSGPQASSVDRPPESNSAEQEKRGRKRSTSTKFDTSLIRKSKKEPFLSSKDL +# KNYMNASVTSRTIRNRLIEHGLKAHSARRVPFMSKRHTERRLCFAKNHQTRQNWKNVLWSDETKIDLFGSDGRPHIGQTNPALLQLISENQDAFLNML +# NQPIESESETNESEARGSNARTQSNSAEIESLFSSELEGAVAAQRTAAGGSVIQRDNAHNIEDLEQPSGVSTIRLNRQDQDAIERLKALGFPEALVLQ +# AYFACEKDEELAANFLLSSSFDD] +# end gene contig19.g27 +### +# +# ----- prediction on sequence number 20 (length = 50014, name = contig20) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 20 on both strands +# start gene contig20.g28 +contig20 AUGUSTUS gene 24058 29291 0.09 + . ID=contig20.g28 +contig20 AUGUSTUS transcript 24058 29291 0.09 + . 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ID=contig21.g29 +contig21 AUGUSTUS transcript 14668 45952 0.09 - . 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ID=contig22.g30 +contig22 AUGUSTUS transcript 4664 35948 0.14 - . ID=contig22.g30.t1;Parent=contig22.g30 +contig22 AUGUSTUS CDS 4664 4885 0.97 - 0 ID=contig22.g30.t1.cds;Parent=contig22.g30.t1 +contig22 AUGUSTUS CDS 25835 25973 0.99 - 1 ID=contig22.g30.t1.cds;Parent=contig22.g30.t1 +contig22 AUGUSTUS CDS 28416 28567 0.98 - 0 ID=contig22.g30.t1.cds;Parent=contig22.g30.t1 +contig22 AUGUSTUS CDS 28629 28840 0.91 - 2 ID=contig22.g30.t1.cds;Parent=contig22.g30.t1 +contig22 AUGUSTUS CDS 29229 29369 0.65 - 2 ID=contig22.g30.t1.cds;Parent=contig22.g30.t1 +contig22 AUGUSTUS CDS 30326 30413 1 - 0 ID=contig22.g30.t1.cds;Parent=contig22.g30.t1 +contig22 AUGUSTUS CDS 30470 30914 1 - 1 ID=contig22.g30.t1.cds;Parent=contig22.g30.t1 +contig22 AUGUSTUS CDS 31246 31924 0.76 - 2 ID=contig22.g30.t1.cds;Parent=contig22.g30.t1 +contig22 AUGUSTUS CDS 35241 35451 0.98 - 0 ID=contig22.g30.t1.cds;Parent=contig22.g30.t1 +contig22 AUGUSTUS CDS 35580 35855 0.46 - 0 ID=contig22.g30.t1.cds;Parent=contig22.g30.t1 +contig22 AUGUSTUS CDS 35943 35948 0.49 - 0 ID=contig22.g30.t1.cds;Parent=contig22.g30.t1 +contig22 AUGUSTUS start_codon 35946 35948 . - 0 Parent=contig22.g30.t1 +# coding sequence = [atgcgcgaggaagaggaacatcatggttggattgaaggattggccattcttatttctgttattgtagtagttatagtaa +# cagctttcaatgattactcaaaggaaagacaattccgaggtctgcaaaatcgtattgagggcgaacataagttttcagttatccgaggaggggaggtg +# tgccaaatttcagttggagatattctggttggagatattgctcaggtcaaatatggagacttgttgccggcagatggttgtctcattcaaagtaacga +# cctaaaggtggacgaatcgtccttaactggcgaatccgatcatgtcaaaaagggtgcagacgttgatcccatggttctatcaggcacgcatgttatgg +# aaggaagcggtaaaatggttgttactgccgtaggggttaactcccaagcaggcataatttttacgcttcttggcgccgcagttgatgagcaagaagca +# gaaattaaaaagatgaaaaagggtgaaaacgacggtcgcgcccaaacaaaagggacccaagcgctaactcaacgccaaccagtaccaagcgaaggaac +# aaaatctgaatctgagggaaatcatgtgccgcaatcctcctcgtcgtcagcagctgtagaaacaggacataagaaggaaaaatctgtgctacaagcaa +# agttgacaaaactagctatacagattggatatgctgggtctactattgccgtacttacagtcataattttgattattcagttttgtattaagacattc +# gttattgacgaaaaaccatggaagaacacttatgccaataacttggttaagcatttgataattggtgttacagtattagtagtagctgtaccagaggg +# acttcctctggccgttaccctatctttagcatactcggtcaagaaaatgatgaaggacaataatttagttcgccatttggatgcttgtgaaacaatgg +# gtaatgctactgccatttgctctgataaaaccggaactcttacgaccaatcgtatgactgttgtacaatcctacatatgtgaaaaattatgcaaggtt +# ttgccaacgctaagcgacataccacagcatgtgggaaacttgattacaatgggaatatctgttaactcagcttatacttcaaatataatggtaatagt +# ttttatttcatcccggtgtgcttttatctatggccatgagggtaccctggaaaagtttacaagggatatgcaggagcgtctaatacgggaagttattg +# aaccaatggcttgtgacggtctgcgcacaatatctgtggcgtaccgcgactttgtgcctggtaaagctgcaattaatgaagtgcatattgatggcgag +# cccaactgggacgacgaggaaaacattatgacgaatcttacgtgcctctgtgtggttggtatagaagatccagttcgtcccgaagtacctgacgccat +# tcgtaaatgccaacgagctggtataacggttcgcatggtaactggagacaacatcaacacagcacgatcaattgccagcaaatgtggtattttgcgtc +# ccaatgacgactttcttattctggaaggcaaagagtttaacaggcgtattcgggatagcaatggagatatccaacaacatcttattgataaagtatgg +# ccaaaattgagggttttagcacgatcatcaccaaccgacaagtatacgttggttaaagcaacagagtttccaactccagatctattactccgtaaacc +# ctatggccgcacaaaacccttaatatctcgcacaatgatgaaaaacatacttggtcaggcgctttatcagttggtaataatatttggactgctctttg +# tcggcgatttaattcttgatattgaatctggacgtggacaagaacttaatgctggaccaacacagcactttactattatctttaatacatttgtcatg +# atgacattatttaacgaaataaacgcaagaaaaattcacgggcaacgtaacgttattgaaggacttcttacaaatcccatattttacaccatatggat +# cttcactatgatatcacaggtgttaataattcaatatggaaaaatggctttctcgaccaaggctttgtctttagatcagtggctctggtgtatatttt +# ttggaatcggtactcttgtctggggtcagctgattacctcagtgcctaccagaaaattaccaaaaatattatcatggggtcgcggccatccagaggag +# tacacggatgccatgaacttgggcgaggaacgttttgattcaattgattctgataagaagccaagggctgggcaaatcctatggattcgtggacttac +# gcgcttgcaaactcaaattcgtgtggtgaacgcattccggcaaggtctggacgcccgttacggtgatcataccaacacgtccctggcagaggtactgc +# gtaagcagacttctctgagcaaacgcctttcggaaacatcctccattgagtatgccgacaatatacccgatgagctgaccataccagaaattgatgtc +# gaacgtttatcatcacacagtcacactgaaaccgctgtttaa] +# protein sequence = [MREEEEHHGWIEGLAILISVIVVVIVTAFNDYSKERQFRGLQNRIEGEHKFSVIRGGEVCQISVGDILVGDIAQVKYG +# DLLPADGCLIQSNDLKVDESSLTGESDHVKKGADVDPMVLSGTHVMEGSGKMVVTAVGVNSQAGIIFTLLGAAVDEQEAEIKKMKKGENDGRAQTKGT +# QALTQRQPVPSEGTKSESEGNHVPQSSSSSAAVETGHKKEKSVLQAKLTKLAIQIGYAGSTIAVLTVIILIIQFCIKTFVIDEKPWKNTYANNLVKHL +# IIGVTVLVVAVPEGLPLAVTLSLAYSVKKMMKDNNLVRHLDACETMGNATAICSDKTGTLTTNRMTVVQSYICEKLCKVLPTLSDIPQHVGNLITMGI +# SVNSAYTSNIMVIVFISSRCAFIYGHEGTLEKFTRDMQERLIREVIEPMACDGLRTISVAYRDFVPGKAAINEVHIDGEPNWDDEENIMTNLTCLCVV +# GIEDPVRPEVPDAIRKCQRAGITVRMVTGDNINTARSIASKCGILRPNDDFLILEGKEFNRRIRDSNGDIQQHLIDKVWPKLRVLARSSPTDKYTLVK +# ATEFPTPDLLLRKPYGRTKPLISRTMMKNILGQALYQLVIIFGLLFVGDLILDIESGRGQELNAGPTQHFTIIFNTFVMMTLFNEINARKIHGQRNVI +# EGLLTNPIFYTIWIFTMISQVLIIQYGKMAFSTKALSLDQWLWCIFFGIGTLVWGQLITSVPTRKLPKILSWGRGHPEEYTDAMNLGEERFDSIDSDK +# KPRAGQILWIRGLTRLQTQIRVVNAFRQGLDARYGDHTNTSLAEVLRKQTSLSKRLSETSSIEYADNIPDELTIPEIDVERLSSHSHTETAV] +# end gene contig22.g30 +### +# start gene contig22.g31 +contig22 AUGUSTUS gene 36900 58827 0.07 + . ID=contig22.g31 +contig22 AUGUSTUS transcript 36900 58827 0.07 + . ID=contig22.g31.t1;Parent=contig22.g31 +contig22 AUGUSTUS start_codon 36900 36902 . + 0 Parent=contig22.g31.t1 +contig22 AUGUSTUS CDS 36900 37419 0.7 + 0 ID=contig22.g31.t1.cds;Parent=contig22.g31.t1 +contig22 AUGUSTUS CDS 48394 48703 0.99 + 2 ID=contig22.g31.t1.cds;Parent=contig22.g31.t1 +contig22 AUGUSTUS CDS 48769 48980 1 + 1 ID=contig22.g31.t1.cds;Parent=contig22.g31.t1 +contig22 AUGUSTUS CDS 49745 49896 0.78 + 2 ID=contig22.g31.t1.cds;Parent=contig22.g31.t1 +contig22 AUGUSTUS CDS 50047 51108 0.88 + 0 ID=contig22.g31.t1.cds;Parent=contig22.g31.t1 +contig22 AUGUSTUS CDS 51770 52268 0.6 + 0 ID=contig22.g31.t1.cds;Parent=contig22.g31.t1 +contig22 AUGUSTUS CDS 52350 52879 0.45 + 2 ID=contig22.g31.t1.cds;Parent=contig22.g31.t1 +contig22 AUGUSTUS CDS 53483 53714 0.96 + 0 ID=contig22.g31.t1.cds;Parent=contig22.g31.t1 +contig22 AUGUSTUS CDS 53776 53942 0.77 + 2 ID=contig22.g31.t1.cds;Parent=contig22.g31.t1 +contig22 AUGUSTUS CDS 55547 55816 0.78 + 0 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ID=contig23.g34 +contig23 AUGUSTUS transcript 40426 45565 0.55 - . 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ID=contig24.g36 +contig24 AUGUSTUS transcript 20423 25562 0.54 - . ID=contig24.g36.t1;Parent=contig24.g36 +contig24 AUGUSTUS CDS 20423 20482 0.64 - 0 ID=contig24.g36.t1.cds;Parent=contig24.g36.t1 +contig24 AUGUSTUS CDS 20543 20620 0.84 - 0 ID=contig24.g36.t1.cds;Parent=contig24.g36.t1 +contig24 AUGUSTUS CDS 24621 25562 0.88 - 0 ID=contig24.g36.t1.cds;Parent=contig24.g36.t1 +contig24 AUGUSTUS start_codon 25560 25562 . - 0 Parent=contig24.g36.t1 +# coding sequence = [atgttcaagatggacgccgcagacttctggcagcatgcacgtgccccgttcagcctgcagtacaattcgccgaatcagc +# cgcaagcaccccaccacaccctgcaccaatcccttccgcaggagcacgaggtgttggccgacgtccatccaggaggcccagccaccggctcgggcgta +# gtaaacagcagcagctctattggcgtatccagcccccactctgctctgggcggcaaggccgagtccagccacattctgcagcagcactcagggcagca +# gtcctacgggggcgactccttccgaggctcacagtcgccccagctaagcagccaccacctgttgttcaacgcagctgcggcagctgctgcggcggccc +# acctgaagtccacggccatgcagaacaacctctcgccgatgagggaccaggcccagagtgaccatcgcaactatggccacagccccttgaccgccctg +# tgtgggatcaagcccaagcaggagatagacgccaagccgaccctccagccgctgaacgagtgccgccagccgctggcccaggcgcaatcgcaatccca +# gcctacgtacggaacaaacttttacgacgtgggcgaagcgacggcgggcgatgtctccgaggcggatggacgagcgctgaccattgggctcggcatcc +# caagtaagaggacctccgaggagacgcaggccggtctgcagacccaacagacgacgggggcagaccggggcttgcataccccgcagtgcccttctatg +# tctcccgggactgggggcagttccaactcaggtacgggaaccagacccgatccaatacagatcaacaagaccctgtcgcagggtcagcagtctcctca +# gcactccacaacggcgtccggcggcaccacgactcccgacattaagtacagcaacgacaaaatggctaacgaaattcagcttcagctatcccggtcga +# gcagcgcagccgcgatcagtgaacgcacccttgaagaatgttggtcaaccctgcaacgacttcagctgcagaacagcacatcccatcacatcaccgaa +# cacttacttaccaataactag] +# protein sequence = [MFKMDAADFWQHARAPFSLQYNSPNQPQAPHHTLHQSLPQEHEVLADVHPGGPATGSGVVNSSSSIGVSSPHSALGGK +# AESSHILQQHSGQQSYGGDSFRGSQSPQLSSHHLLFNAAAAAAAAAHLKSTAMQNNLSPMRDQAQSDHRNYGHSPLTALCGIKPKQEIDAKPTLQPLN +# ECRQPLAQAQSQSQPTYGTNFYDVGEATAGDVSEADGRALTIGLGIPSKRTSEETQAGLQTQQTTGADRGLHTPQCPSMSPGTGGSSNSGTGTRPDPI +# QINKTLSQGQQSPQHSTTASGGTTTPDIKYSNDKMANEIQLQLSRSSSAAAISERTLEECWSTLQRLQLQNSTSHHITEHLLTNN] +# end gene contig24.g36 +### +# +# ----- prediction on sequence number 25 (length = 75023, name = contig25) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 25 on both strands +# start gene contig25.g37 +contig25 AUGUSTUS gene 63496 72888 0.14 - . ID=contig25.g37 +contig25 AUGUSTUS transcript 63496 72888 0.14 - . ID=contig25.g37.t1;Parent=contig25.g37 +contig25 AUGUSTUS CDS 63496 64309 0.62 - 1 ID=contig25.g37.t1.cds;Parent=contig25.g37.t1 +contig25 AUGUSTUS CDS 64370 65052 0.57 - 0 ID=contig25.g37.t1.cds;Parent=contig25.g37.t1 +contig25 AUGUSTUS CDS 65106 65290 0.97 - 2 ID=contig25.g37.t1.cds;Parent=contig25.g37.t1 +contig25 AUGUSTUS CDS 65762 67777 0.42 - 2 ID=contig25.g37.t1.cds;Parent=contig25.g37.t1 +contig25 AUGUSTUS CDS 70910 71131 0.95 - 2 ID=contig25.g37.t1.cds;Parent=contig25.g37.t1 +contig25 AUGUSTUS CDS 72321 72656 0.99 - 2 ID=contig25.g37.t1.cds;Parent=contig25.g37.t1 +contig25 AUGUSTUS CDS 72717 72888 0.63 - 0 ID=contig25.g37.t1.cds;Parent=contig25.g37.t1 +contig25 AUGUSTUS start_codon 72886 72888 . - 0 Parent=contig25.g37.t1 +# coding sequence = [atgctctcgacaacaatgccccacagtccagcccaaacacagtcacagtcgcatccgaacgccgatgcttcaacaagtg +# catctggagtagggatcgggaatggggtcgccggcaccagcaggagctctccaaagaccactaaaaatgaaacctgttccactctgtctccggatcaa +# 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ID=contig26.g38 +contig26 AUGUSTUS transcript 13481 22873 0.21 - . ID=contig26.g38.t1;Parent=contig26.g38 +contig26 AUGUSTUS CDS 13481 14294 0.77 - 1 ID=contig26.g38.t1.cds;Parent=contig26.g38.t1 +contig26 AUGUSTUS CDS 14355 15037 0.73 - 0 ID=contig26.g38.t1.cds;Parent=contig26.g38.t1 +contig26 AUGUSTUS CDS 15091 15275 0.98 - 2 ID=contig26.g38.t1.cds;Parent=contig26.g38.t1 +contig26 AUGUSTUS CDS 15747 17762 0.44 - 2 ID=contig26.g38.t1.cds;Parent=contig26.g38.t1 +contig26 AUGUSTUS CDS 20895 21116 0.95 - 2 ID=contig26.g38.t1.cds;Parent=contig26.g38.t1 +contig26 AUGUSTUS CDS 22306 22641 1 - 2 ID=contig26.g38.t1.cds;Parent=contig26.g38.t1 +contig26 AUGUSTUS CDS 22702 22873 0.67 - 0 ID=contig26.g38.t1.cds;Parent=contig26.g38.t1 +contig26 AUGUSTUS start_codon 22871 22873 . - 0 Parent=contig26.g38.t1 +# coding sequence = [atgctctcgacaacaatgccccacagtccagcccaaacacagtcacagtcgcatccgaacgccgatgcttcaacaagtg +# catctggagtagggatcgggaatggggtcgccggcaccagcaggagctctccaaagaccactaaaaatgaaacctgttccactctgtctccggatcaa +# ataaaagttatgccagacgaaggagcagagaaaaacggactttcaagtagtgataaaggtgtgggcccttcggctggcagcagcggagccggaggagt +# tgcaaatattccatccgagggacaatcttcttccttgacgtctgctgttggtacaccgacactgaggcagaactcctcaaacagcgttaactcgtgcc +# tggctgcctcaccgaacaataccagtgaactctcgaatagcagtagtgtgcctgctacaatgggaatttctcaattggtcgatagtgacgagcatgct +# aagaaaaagaaaaacagtgtaaaggatgaggatgtcgaaacaggatctattaaagcgaaaggaatcgcttctggaagcggttgcggaacggggtcctc +# atctgctctttccgttggcattgttattaaggaagaaccttccgacgttttaagcaacttagtaaatatgaaaaaagaagaaagggaaaatcactctc +# caaacatgtcacctgtcggatttggttccattggtaactctcaggagaactccgctacgtcagtaaaaacagaaagaaattcgaccgatagtatcccc +# gaaaagaagccttcttccttggtgataagtaatgacgaaatgggcattgaaggagttaactgcaatccgttaaactcagatattgaatctttaaataa +# cccacctatctcaaacatattagcgatcggcatgaatgcgtcccaagcaacttctggtacgggagttggagctggaaccggaggtggggctggtaacc +# ttttgacaggaactggcaatctaccatcctctggtggcagcaattgcttagattacatgcaacagcagaatcacatatttgtattttcaactcaactg +# gctaacaaaggagccgaatcagttttgagtggtcagtttcaaaccattattgcgtatcactgcacccagccagcgacaaaaaactttctagaagactt +# tttcatgaaaaatcctctaaagatgaacaagttgcagcgccacagtgccttgggtatgccatggataggcatgggacccggaggacaaactcccccta +# atcctcctgtatcaaagataactcaacagcagccaaatctaaagcctgcaagtctcttgaaaaaccagttcaatcataacgaaaatagcaaacgtagt +# tctgtgccaagcaacacttttgtcgaccaagccgatcccttgtccaatgagggtgaactaatgtgctgggagagtggacccggaagcagcggtgccag +# tggtgccgcacaaaattcacgaaacaatatagacagtataagtacttccagtgagtcccaggcgataaagatactggaagcagctggtgttgatttgg +# gccaaggcacaaaagaaagcgacccaaattcgacgcacgaaaacaacattgtttcactgcaaggagttaaggttccagacgaaaaccttacaccacaa +# cagcgtcagcaccgggaagagcagctcgcgaaactaaagaaaatgaatcaatttctttttccagaaaatgaaaattcagtaggaacaattgtaagttc +# acagatgcagaaaataccaggtgacctgatgatgggtattccgggtggcggaggatctataataaattctcaattgcggcaaatgcatatgccaggaa +# acgcgaagcaggaactttcgacgggtacaagctcagggctcccagaggaggttatgcttcctgtcgatgtcatatcagatataaattctgcaatggga +# 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atttcgaacaaccctggagcgggcaacggcataaacttttttcaaaattgtaatcaaatgggtataatagatgatgaaggaggtttagccagccatga +# tgtggcaatgaatattggccaaccgtctatgatacggggcatgcgtccgcatggcatgcgaccacatgcaatggctccgcggatgcaagcttcagtca +# acagacagattccgtttgcacatgggccggatggtttggactgcgtcggagatacctctgcgttttttaataacgctacgtgcaacagcacgggaccg +# cctatgtttactgcatcacaacagtctaatcaggctaagccgcaacacctaaaaaacatacccaccggattatgtcaaaatcaaactggattgggagt +# tggacctgcagtttcacaaggacagatccagctccagggtcaaggtcaagggcagggccagggtcagacattaattgggcccagcaataataatttaa +# tgcccactgctggaaatgtcgttccaacgaacggagtttctggcattaatttcgtaggcccctcgtcaaatgatctgaagtacgcacagcaatatcac +# agtttccagcagcaattatacgcaacaaacaccaggagtcagcaacaacagcagatgcatcagcagcagcagagtaacatgttaaccatgccgcccaa +# cttatctccaactccagcgttctttgtgaacaaatga] +# protein sequence = [MLSTTMPHSPAQTQSQSHPNADASTSASGVGIGNGVAGTSRSSPKTTKNETCSTLSPDQIKVMPDEGAEKNGLSSSDK +# GVGPSAGSSGAGGVANIPSEGQSSSLTSAVGTPTLRQNSSNSVNSCLAASPNNTSELSNSSSVPATMGISQLVDSDEHAKKKKNSVKDEDVETGSIKA +# KGIASGSGCGTGSSSALSVGIVIKEEPSDVLSNLVNMKKEERENHSPNMSPVGFGSIGNSQENSATSVKTERNSTDSIPEKKPSSLVISNDEMGIEGV +# NCNPLNSDIESLNNPPISNILAIGMNASQATSGTGVGAGTGGGAGNLLTGTGNLPSSGGSNCLDYMQQQNHIFVFSTQLANKGAESVLSGQFQTIIAY +# HCTQPATKNFLEDFFMKNPLKMNKLQRHSALGMPWIGMGPGGQTPPNPPVSKITQQQPNLKPASLLKNQFNHNENSKRSSVPSNTFVDQADPLSNEGE +# LMCWESGPGSSGASGAAQNSRNNIDSISTSSESQAIKILEAAGVDLGQGTKESDPNSTHENNIVSLQGVKVPDENLTPQQRQHREEQLAKLKKMNQFL +# FPENENSVGTIVSSQMQKIPGDLMMGIPGGGGSIINSQLRQMHMPGNAKQELSTGTSSGLPEEVMLPVDVISDINSAMGCNNSQKSSLQCGSGGAAGP +# VTGTSTGAINVNMHCSSSVTSSGNMMGSSTNMLASFGNTNCNVNVIGSVPDMSKELSGQDSLLHPLQGTQIEWSKIQQQFFEERIKGGKARQATGPVA +# PPQHTNSGTGSNASSSQVRSLQGPPPPYHSTQRSASVPIATQSPNPSSPNNLSLPSPRTTGAAMGLPTNSPSMDGATSLSGSAPPAISTTSQGGTTGV +# LSVNKNCFQSDAPSPSNQNRNRNNGSSGVLTHNLNSNPSTPLSHLSPKEMESFGDNIKSRRPSPQGQRSPGNGLTEANTEARFAAASPGVIFNPHQHM +# QNNTNTYKIGTPNMQIERQAPAQGGSVQFSRRSDNIPLNPNSGNRPPQNKMTQNFDPISSLAQMSQQLTSCVSSMGSPAGSSGMSMMGGPTDINMEHA +# MISGLEGPGMDVINQNNCHPMNAVMNSMGQRMMNPKMCVPGGPSSLPGFNPNSPNGVLRESPLGPGPVPGPGPMNSPNFQGVLPPGARMMGRMPIGFG +# SNFNPNIQVKASTPNTIQYMPVRPQNASNNNNNGASNVRMPPSLEFLQSGDGGPGMPGMMVGSGSGPMLMNSSGDHQNKISNNPGAGNGINFFQNCNQ +# MGIIDDEGGLASHDVAMNIGQPSMIRGMRPHGMRPHAMAPRMQASVNRQIPFAHGPDGLDCVGDTSAFFNNATCNSTGPPMFTASQQSNQAKPQHLKN +# IPTGLCQNQTGLGVGPAVSQGQIQLQGQGQGQGQGQTLIGPSNNNLMPTAGNVVPTNGVSGINFVGPSSNDLKYAQQYHSFQQQLYATNTRSQQQQQM +# HQQQQSNMLTMPPNLSPTPAFFVNK] +# end gene contig26.g38 +### +# start gene contig26.g39 +contig26 AUGUSTUS gene 29102 36266 0.39 + . ID=contig26.g39 +contig26 AUGUSTUS transcript 29102 36266 0.39 + . ID=contig26.g39.t1;Parent=contig26.g39 +contig26 AUGUSTUS start_codon 29102 29104 . + 0 Parent=contig26.g39.t1 +contig26 AUGUSTUS CDS 29102 29217 0.99 + 0 ID=contig26.g39.t1.cds;Parent=contig26.g39.t1 +contig26 AUGUSTUS CDS 29275 29409 1 + 1 ID=contig26.g39.t1.cds;Parent=contig26.g39.t1 +contig26 AUGUSTUS CDS 31905 31949 0.84 + 1 ID=contig26.g39.t1.cds;Parent=contig26.g39.t1 +contig26 AUGUSTUS CDS 32205 32279 0.64 + 1 ID=contig26.g39.t1.cds;Parent=contig26.g39.t1 +contig26 AUGUSTUS CDS 32354 32492 0.97 + 1 ID=contig26.g39.t1.cds;Parent=contig26.g39.t1 +contig26 AUGUSTUS CDS 34887 35151 0.77 + 0 ID=contig26.g39.t1.cds;Parent=contig26.g39.t1 +contig26 AUGUSTUS CDS 35660 35786 0.95 + 2 ID=contig26.g39.t1.cds;Parent=contig26.g39.t1 +contig26 AUGUSTUS CDS 35888 35975 0.99 + 1 ID=contig26.g39.t1.cds;Parent=contig26.g39.t1 +contig26 AUGUSTUS CDS 36033 36266 0.98 + 0 ID=contig26.g39.t1.cds;Parent=contig26.g39.t1 +# coding sequence = [atgccgttgtttggcaaaaaggattccggcaagaaagccaaggcgaaggacataagggagctaaataagcaagtgtcaa +# tcgaggagaaatacaatcttcatgggcttttgggaactggggccttttcagaagtacgccttgccgaaagtaaagaaacccctggtgatcactttgct +# gttaaaattatcgacaaaaaagctcttaagggcaaggaggaatctctggagaatgaaattcgggttttaagaaggttcagtgcaaatcatttcgatgg +# caaatgtccaaacggaacgcgattaactcatccaaatatagtgcaactcctggaaacgtatgaagacaagtcgaaggtgtacctagttatggagttgg +# ttactggtggcgaactttttgaccgcattgtggaaaaggggtcctacactgaaaaggacgcttctcatctgataagacagattctagaagcggtagat +# tatatgcatgagcaaggtgtcgtccatcgtgaccttaagccggaaaacttactatactatagtcctgacgatgatagcaaaattatgattagcgactt +# tggattatctaaaatggaggattctggaattatggctacagcatgcggaactcccggatatgtcgctccagaagtgctggcacaaaaaccatatggaa +# aagccgttgatgtgtggagtattggagtaatatcgtatatcttattatgtggttaccctccgttttatgatgaaaatgatgctaatctgttcgctcag +# attttaaaaggagaatttgaattcgattcaccatattgggatgaaataagcgagtccgccaagcattttattaaaaatttgatgtgcgtatcagtaga +# gatgagatatacatgcaagcaagctctggctcatgcttggatttctggaaatgaggcaagtagcagaaacattcacggaaccgtgtcagagcaactaa +# agaaaaatttcgcaaaatcccgttggaagcaagcttactacgcggcgacagtgatccgacagatgcagcgaatggcgctaaacagcaatagcagtgca +# aattttgattctactggtgatttcagtaaccaaaaagactctaaaaactcaacagcagcgtctggatcacacatttccaatgttttatcagcgcagaa +# atcagcacaaagtgatgcacaagaagatggtgagacgctaggcagcacaaatggagcatcacagtag] +# protein sequence = [MPLFGKKDSGKKAKAKDIRELNKQVSIEEKYNLHGLLGTGAFSEVRLAESKETPGDHFAVKIIDKKALKGKEESLENE +# IRVLRRFSANHFDGKCPNGTRLTHPNIVQLLETYEDKSKVYLVMELVTGGELFDRIVEKGSYTEKDASHLIRQILEAVDYMHEQGVVHRDLKPENLLY +# YSPDDDSKIMISDFGLSKMEDSGIMATACGTPGYVAPEVLAQKPYGKAVDVWSIGVISYILLCGYPPFYDENDANLFAQILKGEFEFDSPYWDEISES +# AKHFIKNLMCVSVEMRYTCKQALAHAWISGNEASSRNIHGTVSEQLKKNFAKSRWKQAYYAATVIRQMQRMALNSNSSANFDSTGDFSNQKDSKNSTA +# ASGSHISNVLSAQKSAQSDAQEDGETLGSTNGASQ] +# end gene contig26.g39 +### +# +# ----- prediction on sequence number 27 (length = 50016, name = contig27) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 27 on both strands +# start gene contig27.g40 +contig27 AUGUSTUS gene 4094 11258 0.32 + . 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+contig31 AUGUSTUS CDS 25461 25510 0.28 + 2 ID=contig31.g47.t1.cds;Parent=contig31.g47.t1 +# coding sequence = [atgtttaattgtgcagctatacgctccaataatggtaatgactacggctctccaatgtccagttctgatgtggaaactt +# ttaacggcaaaatagtttacaatctcgatggcagtgcatacattattgccacagacaatgccaatggaagtgcatcggggtctgctaaaagttgttat +# gcctcaatttcgacatcagtaaaaaaacttttgaaggtcaaagatcgtggacaggaagaaaacgaaaaggaacaccagcatcaatatcatcaagatca +# aagcgaaacacaggagcaggaactagctgatgtggacgctggtcctggtgtcgaaaccttgggaggagcttcctacaaatcgagtccaaaaatacatt +# cctttcgtgttgtgtccgcgcaagatgcaaactctacttgccaggatcaaatcagagcatttaaaatccaaaaaccaattttaatgtgctttatttgc +# aagttgtcctttggcaacgttaagtcctttagcttgcatgcgaacagtgaacacagactcaacctggaagagctggaccagcagctacttaatcgcga +# gtactcgagtgccattattcagcgaaatatggatgaaaagccgcagatatcctttctacagcccttggataacaatgctgcctgtgctaccagcgatg +# acaccgataaggttcaaatagcccctgagggaagttgccccactcttactccatctccgcatccagttctcggtaatgaggatgaggtggagctagag +# 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ID=contig32.g50.t1;Parent=contig32.g50 +contig32 AUGUSTUS CDS 9315 9325 0.27 - 2 ID=contig32.g50.t1.cds;Parent=contig32.g50.t1 +contig32 AUGUSTUS CDS 9382 9437 0.39 - 1 ID=contig32.g50.t1.cds;Parent=contig32.g50.t1 +contig32 AUGUSTUS CDS 19927 22118 0.81 - 0 ID=contig32.g50.t1.cds;Parent=contig32.g50.t1 +contig32 AUGUSTUS CDS 24947 25309 0.99 - 0 ID=contig32.g50.t1.cds;Parent=contig32.g50.t1 +contig32 AUGUSTUS CDS 25407 25572 0.98 - 1 ID=contig32.g50.t1.cds;Parent=contig32.g50.t1 +contig32 AUGUSTUS CDS 26120 26752 0.96 - 1 ID=contig32.g50.t1.cds;Parent=contig32.g50.t1 +contig32 AUGUSTUS CDS 29696 29964 0.86 - 0 ID=contig32.g50.t1.cds;Parent=contig32.g50.t1 +contig32 AUGUSTUS CDS 30286 31071 0.8 - 0 ID=contig32.g50.t1.cds;Parent=contig32.g50.t1 +contig32 AUGUSTUS start_codon 31069 31071 . - 0 Parent=contig32.g50.t1 +# coding sequence = [atggcatcaaagcgtgatgtcagcttggcacagtcagatgggacagtgccgacggtgccattgacgccatcaaccccat +# 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ID=contig33.g51 +contig33 AUGUSTUS transcript 4558 16069 0.21 - . ID=contig33.g51.t1;Parent=contig33.g51 +contig33 AUGUSTUS CDS 4558 4630 0.27 - 1 ID=contig33.g51.t1.cds;Parent=contig33.g51.t1 +contig33 AUGUSTUS CDS 4925 7116 0.72 - 0 ID=contig33.g51.t1.cds;Parent=contig33.g51.t1 +contig33 AUGUSTUS CDS 9945 10307 0.99 - 0 ID=contig33.g51.t1.cds;Parent=contig33.g51.t1 +contig33 AUGUSTUS CDS 10405 10570 1 - 1 ID=contig33.g51.t1.cds;Parent=contig33.g51.t1 +contig33 AUGUSTUS CDS 11118 11750 0.96 - 1 ID=contig33.g51.t1.cds;Parent=contig33.g51.t1 +contig33 AUGUSTUS CDS 14694 14962 0.86 - 0 ID=contig33.g51.t1.cds;Parent=contig33.g51.t1 +contig33 AUGUSTUS CDS 15284 16069 0.82 - 0 ID=contig33.g51.t1.cds;Parent=contig33.g51.t1 +contig33 AUGUSTUS start_codon 16067 16069 . - 0 Parent=contig33.g51.t1 +# coding sequence = [atggcatcaaagcgtgatgtcagcttggcacagtcagatgggacagtgccgacggtgccattgacgccatcaaccccat +# acttaagtagttcagaaagtggcaacaatgaacaaggcaaatatatatctggcctgccgaataatcgtaaacgcctgaagctgtccactcttgaacta +# 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cagaatctcagtccgcgggtaggaaatcaaacccagcacaatactccccaaccaggacatatcgtctcagacgtttctcgcaagagcttgtgtggcct +# cgaatcgctggttgatcaaataccagcaataagggaacacgaatgcagcaatataccattggcaacagcagcggcagcagcggctgctgttgaaagtc +# gtcttttaggcttgcaacaacagcagcagcatcagcagcagcagcaacaacagcagcaggaacagcagcatatacagcagcaacaacaacaatcacaa +# caacagcaccagcagcaacaacaacatcaacaacagcaccagcaaccaaaacgctgcattccagagaattcggtgcaaacggaatcatgtagaccgtc +# aagagagaatagcaacgtcagcaacaacaatttttctgtaagcagtctagctgcatccgctttgactgcaagaactgagaacgaagctatatatggca +# acagtggagaaacccgagtcatcagtgaaagtagcaatagtaacaacaacaattgtggcaacagcatcgagtattctattcatagtccatccggatat +# catcatcatgcccctcacttaatgggcgctataggggcgaacattaacaactcagagcccaatccgcatcacctttcccatcctcatccacctcctca +# ctcacatccgcatacaattcatccctcacatcatctgagcgtatttgatcacttgaaaccgtccgacataagtgggtacggcggtttttga] +# protein sequence = [MASKRDVSLAQSDGTVPTVPLTPSTPYLSSSESGNNEQGKYISGLPNNRKRLKLSTLELNSSQGSDVDSPIEPDLDPN +# 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ID=contig34.g57 +contig34 AUGUSTUS transcript 39193 45655 0.2 - . ID=contig34.g57.t1;Parent=contig34.g57 +contig34 AUGUSTUS CDS 39193 39600 0.8 - 0 ID=contig34.g57.t1.cds;Parent=contig34.g57.t1 +contig34 AUGUSTUS CDS 41289 41467 0.85 - 2 ID=contig34.g57.t1.cds;Parent=contig34.g57.t1 +contig34 AUGUSTUS CDS 42321 43243 0.26 - 1 ID=contig34.g57.t1.cds;Parent=contig34.g57.t1 +contig34 AUGUSTUS CDS 43929 45655 0.33 - 0 ID=contig34.g57.t1.cds;Parent=contig34.g57.t1 +contig34 AUGUSTUS start_codon 45653 45655 . - 0 Parent=contig34.g57.t1 +# coding sequence = [atggagtccataagtgaaataattgaccaccagacttttagccaggatctggttgaagatgcaacagatttcatctctg +# tggggcacaactcggagcgtcagtctcatccgcaccacgaacatcaggagggagaacctgattccggcgaggacctggcgatttccctgcaaacgatg +# acttcctgcccaagaacggacggatctagtggagggaagaagcaccggcctggatctggatctggatccgggttggtttcgggatcgggatctgattc +# tgttgtgatggttatcgactcaatgggccacagcaatagacagacaacatttcaaattgtgtcccagcagatgcatccgagaatgccattgcccttcg +# ggttgctccagcaaaatagtcaaaacacgcagcaatgcccgcagcgcatagtgagtagcagcccagtggactttgtagcgtccgacattagcttggat +# 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tatgagaagctatcgtcaatgatttcacccccacccaatagctacttggtctcgtgcgatctgcatgcctcggcttcggcacgcgtctctaactcatc +# tcaactgcagctaaaccacaacgggcaaaaaaaagaatcagcaatagctcacgaacacccccatggtcatgccgatgtcaatggggggaagtttccct +# acaccggccacatatctggaggagatagtgcagataccgatgtcaatggcgagaagttttcatactctgatcacatctctggaggagacagcggagac +# gcagatgtcaatgcagaaaaattcgtttactctgatcacatctctggagcagaaagcgttcccggtgtcaacggaggaacgaattggctccaaatgca +# ccctgagcaggaggtgcggcttcatatgccggctgacctggaggctcggttccacattccgctagaacgaagatctcggcttaacatgccgcctgagc +# ggggacacatgaatcgccacctccctacggccactcctatttgccctgcggactggaagtcagatgattggaagcacggcaacggaagcgttgttagt +# ctgtctgccgatctgccagttgtagtgtctctcactccaacccctccccccgtaacagacgattcaggggccggactcaaactgaatgagcgactgtc +# cccagggcaaagaacaccttttttcctggacaaagatcaagaaagcaacaccgtgacgacagaacagtgtagcccgaacatccacggtaccccgcact +# cagtgtgtgccatccgcaaccagccccaatcagctctcctaaacggctttcaaggttccagccagcaggccaagatttctgtccctgcctcgccaaaa +# tcgtccgtaacctgtgcgggcggaggatcgagccgcaatggacacaccagcgacatggaggagatcaacacgaaagatctggctcagcgcatctcggc +# agaactgaaacggtacagcattccacaggcgatctttgcacagcgtgttctctgtcgctcgcaaggtactttgtccgatctactgcgcaacccgaagc +# cgtggtcgaagctcaagtccggcagggagacatttcgaaggatgtacaaatggctccaggagcccgagtttcagcgtatgtctgctctacggatggcc +# gctgcacaaattcctcagcgaactttggggcctgggctggcacttggaccaacaacgggctccacatccgtcataccgaccgatttggattctcatgc +# cgggccagcaatgacaccaaatgctccgcccaatgaatcggcctcttcgtctgcatctacacctgtcacaaacgtgtccgttgcgaacgtcgttagtt +# gtcgtcgaaaggaagagcctcagatcgagcaaatgcctcagccaaaaaaaccacgactggtctttaccgatcttcaacgacgaacactacaagctatt +# ttcaaagagaccaaaagaccttcgaaggagatgcaagtgacgatcgcgcggcagctgggactagagcctacaacagtaggcaatttctttatgaacgc +# acgtcggagatcgatggataagtggcgggacgacgactccaaaaccagcatgcatttatcgcatagccgccaacaacaacgggacgagcaggaagagg +# acgagagccacagtcaaagtcagattcaaattcagagccataatccggctagcttaacacaggaaaactactccagtctacatacaacggccatgtcg +# cctcttggagactttgacgaagaagctgatatggacttggagcttgaaagtcatgacttcgatttggtggacccagatgaccatggagataccaatga +# tccaaactgcgacatgttgtga] +# protein sequence = [MESISEIIDHQTFSQDLVEDATDFISVGHNSERQSHPHHEHQEGEPDSGEDLAISLQTMTSCPRTDGSSGGKKHRPGS +# GSGSGLVSGSGSDSVVMVIDSMGHSNRQTTFQIVSQQMHPRMPLPFGLLQQNSQNTQQCPQRIVSSSPVDFVASDISLDGLTVDSMSQSVLSQEMAIK +# QEQKLLIAQSKSVDQGHKRIRMHVEVANVNASLGVDVDEMDDISSDDVGCDDEGITLNQHHQQLLEQQQQYGLTSHHPHHQAHSQALHGLHHRSAQLE +# MGLEADHGEVLSVIVHSQDSDKEVDGEGDADGEGDGDPEDDDDRDSRSRGQMLSHSSYQTLTSVNDRLSPPGFSQTSYATLTPIQPLPPISTMSEKFA +# YSGHISGGDSGDADVNGGEGVGGVVDGGEVTNHSTDAAGTGLIISGNPASSSFPALTMPMGSGHLSLGVLSGVQSPYSSYEKLSSMISPPPNSYLVSC +# DLHASASARVSNSSQLQLNHNGQKKESAIAHEHPHGHADVNGGKFPYTGHISGGDSADTDVNGEKFSYSDHISGGDSGDADVNAEKFVYSDHISGAES +# VPGVNGGTNWLQMHPEQEVRLHMPADLEARFHIPLERRSRLNMPPERGHMNRHLPTATPICPADWKSDDWKHGNGSVVSLSADLPVVVSLTPTPPPVT +# DDSGAGLKLNERLSPGQRTPFFLDKDQESNTVTTEQCSPNIHGTPHSVCAIRNQPQSALLNGFQGSSQQAKISVPASPKSSVTCAGGGSSRNGHTSDM +# EEINTKDLAQRISAELKRYSIPQAIFAQRVLCRSQGTLSDLLRNPKPWSKLKSGRETFRRMYKWLQEPEFQRMSALRMAAAQIPQRTLGPGLALGPTT +# GSTSVIPTDLDSHAGPAMTPNAPPNESASSSASTPVTNVSVANVVSCRRKEEPQIEQMPQPKKPRLVFTDLQRRTLQAIFKETKRPSKEMQVTIARQL +# GLEPTTVGNFFMNARRRSMDKWRDDDSKTSMHLSHSRQQQRDEQEEDESHSQSQIQIQSHNPASLTQENYSSLHTTAMSPLGDFDEEADMDLELESHD +# FDLVDPDDHGDTNDPNCDML] +# end gene contig34.g57 +### +# +# ----- prediction on sequence number 35 (length = 48011, name = contig35) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 35 on both strands +# start gene contig35.g58 +contig35 AUGUSTUS gene 5595 8883 0.09 + . ID=contig35.g58 +contig35 AUGUSTUS transcript 5595 8883 0.09 + . ID=contig35.g58.t1;Parent=contig35.g58 +contig35 AUGUSTUS start_codon 5595 5597 . + 0 Parent=contig35.g58.t1 +contig35 AUGUSTUS CDS 5595 5643 0.26 + 0 ID=contig35.g58.t1.cds;Parent=contig35.g58.t1 +contig35 AUGUSTUS CDS 6642 6811 0.31 + 2 ID=contig35.g58.t1.cds;Parent=contig35.g58.t1 +contig35 AUGUSTUS CDS 6865 6983 0.72 + 0 ID=contig35.g58.t1.cds;Parent=contig35.g58.t1 +contig35 AUGUSTUS CDS 7293 7358 0.7 + 1 ID=contig35.g58.t1.cds;Parent=contig35.g58.t1 +contig35 AUGUSTUS CDS 8135 8609 0.57 + 1 ID=contig35.g58.t1.cds;Parent=contig35.g58.t1 +contig35 AUGUSTUS CDS 8675 8773 0.97 + 0 ID=contig35.g58.t1.cds;Parent=contig35.g58.t1 +contig35 AUGUSTUS CDS 8854 8883 0.72 + 0 ID=contig35.g58.t1.cds;Parent=contig35.g58.t1 +# coding sequence = [atggagggctgtacccgagtttctgaactgttatgtaaacgttactcagacctttgtcaattagatgaaagtttttccc +# gactggccggatatgggtccagtcctgacgtgggatcccgttccctctgggctggtcagggtgttttacggtcaggttctgtaatcagttgctttttg +# ttctgccaacaaagcctcaagcagtacatagcaaaacgcaagattgagcgaggaagacgtttatatgagcaaaacaaccaaacagaggccgtgcgtac +# ttggcgtagtgcccttaaaggaacctgtcagccagaggactgcttccagctactaggatacttgtaccaggcccacatggactggggcaaatttcgtg +# aagctattgaatttggccaccagcagcttggaatttcagaagaactggattcgccaaatatgcgtgctgagacgtacctaaacctcagcagagctcac +# gcttgtttgggaggcctggagcgatcactgagctatgctaggcactcactttacaatgagtgcggcactaaatgccgaagtggacttgtccatttgac +# ggttgcacgagtgtatcttgaaatgggtggattcaccagggcattggagggcttgcagggagcctacaagatagctacagccgttggagatccgtctc +# tagagttacaagtgtatgtcgcactgtctgagctttttggacggctccaggataacgataaaagcgcatcttatgcttctaaggcgtacgatttatct +# cgttccttacagctgggtgaccttaactcatgccaccatagagccgcgttattgcgaatggctgcatctctgcgaaagaagggcgagctcggagatgc +# acaggattattgcaaggaagccacaaagctgtcccttatatctggagatcaggccacatacacgcgaagtattcgcgttatgggtgacatttaccgga +# agaaaatggatatggactctagaaacggtaaaaaacttgaagaatag] +# protein sequence = [MEGCTRVSELLCKRYSDLCQLDESFSRLAGYGSSPDVGSRSLWAGQGVLRSGSVISCFLFCQQSLKQYIAKRKIERGR +# RLYEQNNQTEAVRTWRSALKGTCQPEDCFQLLGYLYQAHMDWGKFREAIEFGHQQLGISEELDSPNMRAETYLNLSRAHACLGGLERSLSYARHSLYN +# ECGTKCRSGLVHLTVARVYLEMGGFTRALEGLQGAYKIATAVGDPSLELQVYVALSELFGRLQDNDKSASYASKAYDLSRSLQLGDLNSCHHRAALLR +# MAASLRKKGELGDAQDYCKEATKLSLISGDQATYTRSIRVMGDIYRKKMDMDSRNGKKLEE] +# end gene contig35.g58 +### +# start gene contig35.g59 +contig35 AUGUSTUS gene 14188 20650 0.27 - . ID=contig35.g59 +contig35 AUGUSTUS transcript 14188 20650 0.27 - . ID=contig35.g59.t1;Parent=contig35.g59 +contig35 AUGUSTUS CDS 14188 14595 0.87 - 0 ID=contig35.g59.t1.cds;Parent=contig35.g59.t1 +contig35 AUGUSTUS CDS 16284 16462 0.91 - 2 ID=contig35.g59.t1.cds;Parent=contig35.g59.t1 +contig35 AUGUSTUS CDS 17316 18238 0.29 - 1 ID=contig35.g59.t1.cds;Parent=contig35.g59.t1 +contig35 AUGUSTUS CDS 18924 20650 0.38 - 0 ID=contig35.g59.t1.cds;Parent=contig35.g59.t1 +contig35 AUGUSTUS start_codon 20648 20650 . - 0 Parent=contig35.g59.t1 +# coding sequence = [atggagtccataagtgaaataattgaccaccagacttttagccaggatctggttgaagatgcaacagatttcatctctg +# tggggcacaactcggagcgtcagtctcatccgcaccacgaacatcaggagggagaacctgattccggcgaggacctggcgatttccctgcaaacgatg +# acttcctgcccaagaacggacggatctagtggagggaagaagcaccggcctggatctggatctggatccgggttggtttcgggatcgggatctgattc +# tgttgtgatggttatcgactcaatgggccacagcaatagacagacaacatttcaaattgtgtcccagcagatgcatccgagaatgccattgcccttcg +# ggttgctccagcaaaatagtcaaaacacgcagcaatgcccgcagcgcatagtgagtagcagcccagtggactttgtagcgtccgacattagcttggat +# ggtctgacagtagattcgatgtcccaatcggttctctcccaagagatggcgataaagcaggagcagaagctacttattgcccaatcgaagagcgtgga +# tcaaggccataagcgcattcgaatgcacgtggaagtggcgaatgtaaatgcaagtcttggcgtggacgtggatgaaatggatgatatttcctccgacg +# acgtcggctgcgacgatgaggggataacgctgaaccagcatcatcagcagctcttggaacagcagcagcaatacggcctaactagccaccatccgcat +# caccaagctcattctcaggcgcttcacggtctacaccacagatcagctcagctggaaatgggattggaggcggatcatggcgaggttctgtcggtcat +# cgtccactcgcaggacagcgacaaagaggtggacggcgaaggagatgccgatggagagggagacggggatccagaggacgacgatgatcgggactctc +# gcagtcgagggcagatgcttagccacagctcgtatcagacgctgacctcggtaaatgatcgactatcaccgcctgggttcagtcagacatcttacgcc +# accctgacccctatccaaccactcccgcctatatcgacaatgtccgaaaagttcgcgtactccggccacatctctggaggagacagcggcgacgcgga +# tgtcaatggtggagaaggagttggaggagtggtcgacggtggagaggttaccaaccattccaccgatgctgctgggacgggtttaatcattagtggta +# atccggcgtcctcctcattccctgcccttaccatgcccatgggaagtgggcacttaagtctgggcgtgttgagcggtgtacaatctccatattcctca +# tatgagaagctatcgtcaatgatttcacccccacccaatagctacttggtctcgtgcgatctgcatgcctcggcttcggcacgcgtctctaactcatc +# tcaactgcagctaaaccacaacgggcaaaaaaaagaatcagcaatagctcacgaacacccccatggtcatgccgatgtcaatggggggaagtttccct +# acaccggccacatatctggaggagatagtgcagataccgatgtcaatggcgagaagttttcatactctgatcacatctctggaggagacagcggagac +# gcagatgtcaatgcagaaaaattcgtttactctgatcacatctctggagcagaaagcgttcccggtgtcaacggaggaacgaattggctccaaatgca +# ccctgagcaggaggtgcggcttcatatgccggctgacctggaggctcggttccacattccgctagaacgaagatctcggcttaacatgccgcctgagc +# ggggacacatgaatcgccacctccctacggccactcctatttgccctgcggactggaagtcagatgattggaagcacggcaacggaagcgttgttagt +# ctgtctgccgatctgccagttgtagtgtctctcactccaacccctccccccgtaacagacgattcaggggccggactcaaactgaatgagcgactgtc +# cccagggcaaagaacaccttttttcctggacaaagatcaagaaagcaacaccgtgacgacagaacagtgtagcccgaacatccacggtaccccgcact +# cagtgtgtgccatccgcaaccagccccaatcagctctcctaaacggctttcaaggttccagccagcaggccaagatttctgtccctgcctcgccaaaa +# 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cctcttggagactttgacgaagaagctgatatggacttggagcttgaaagtcatgacttcgatttggtggacccagatgaccatggagataccaatga +# tccaaactgcgacatgttgtga] +# protein sequence = [MESISEIIDHQTFSQDLVEDATDFISVGHNSERQSHPHHEHQEGEPDSGEDLAISLQTMTSCPRTDGSSGGKKHRPGS +# GSGSGLVSGSGSDSVVMVIDSMGHSNRQTTFQIVSQQMHPRMPLPFGLLQQNSQNTQQCPQRIVSSSPVDFVASDISLDGLTVDSMSQSVLSQEMAIK +# QEQKLLIAQSKSVDQGHKRIRMHVEVANVNASLGVDVDEMDDISSDDVGCDDEGITLNQHHQQLLEQQQQYGLTSHHPHHQAHSQALHGLHHRSAQLE +# MGLEADHGEVLSVIVHSQDSDKEVDGEGDADGEGDGDPEDDDDRDSRSRGQMLSHSSYQTLTSVNDRLSPPGFSQTSYATLTPIQPLPPISTMSEKFA +# YSGHISGGDSGDADVNGGEGVGGVVDGGEVTNHSTDAAGTGLIISGNPASSSFPALTMPMGSGHLSLGVLSGVQSPYSSYEKLSSMISPPPNSYLVSC +# DLHASASARVSNSSQLQLNHNGQKKESAIAHEHPHGHADVNGGKFPYTGHISGGDSADTDVNGEKFSYSDHISGGDSGDADVNAEKFVYSDHISGAES +# VPGVNGGTNWLQMHPEQEVRLHMPADLEARFHIPLERRSRLNMPPERGHMNRHLPTATPICPADWKSDDWKHGNGSVVSLSADLPVVVSLTPTPPPVT +# DDSGAGLKLNERLSPGQRTPFFLDKDQESNTVTTEQCSPNIHGTPHSVCAIRNQPQSALLNGFQGSSQQAKISVPASPKSSVTCAGGGSSRNGHTSDM +# 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ID=contig36.g61.t1;Parent=contig36.g61 +contig36 AUGUSTUS start_codon 6039 6041 . + 0 Parent=contig36.g61.t1 +contig36 AUGUSTUS CDS 6039 6053 0.37 + 0 ID=contig36.g61.t1.cds;Parent=contig36.g61.t1 +contig36 AUGUSTUS CDS 6572 6752 0.93 + 0 ID=contig36.g61.t1.cds;Parent=contig36.g61.t1 +contig36 AUGUSTUS CDS 9124 9609 0.76 + 2 ID=contig36.g61.t1.cds;Parent=contig36.g61.t1 +contig36 AUGUSTUS CDS 11616 12503 0.27 + 2 ID=contig36.g61.t1.cds;Parent=contig36.g61.t1 +contig36 AUGUSTUS CDS 12564 12740 0.92 + 2 ID=contig36.g61.t1.cds;Parent=contig36.g61.t1 +contig36 AUGUSTUS CDS 19141 19269 0.99 + 2 ID=contig36.g61.t1.cds;Parent=contig36.g61.t1 +contig36 AUGUSTUS CDS 19333 19428 0.8 + 2 ID=contig36.g61.t1.cds;Parent=contig36.g61.t1 +contig36 AUGUSTUS CDS 19774 20144 0.54 + 2 ID=contig36.g61.t1.cds;Parent=contig36.g61.t1 +contig36 AUGUSTUS CDS 20992 21138 0.65 + 0 ID=contig36.g61.t1.cds;Parent=contig36.g61.t1 +contig36 AUGUSTUS CDS 21203 21532 0.57 + 0 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gttaccgagaattttgcccactttaacgagacacccacgggaaaagaaattactattattgagaagcaaaatggaacatgtgtcgaaaacgcggaacc +# gtacgaggccccaacatatttatgtaaaggtgatggaaaatggaccattcttactggtggctgtcgttgcaaggccggctatgaaccaaacaatttaa +# ataaaacttgcacagaatgtccccttggtacgtttaaatcaccagaggtaaccaaatgtacgccatgtccgcctaactcaaattcttcaaaaactgca +# tcaccattttgcaagtgtatgccgggatactatagacatccaagtgacggccgacatatgccttgttacagtccaccatctgcgcctacaaatctaac +# gttgttgtttgttgatcaaacgagtgccataatatcttggagcgctccaaccaagaataaaacgaacacgggcaaaacgctgtctaataagtaccaca +# gtgatattgtgtacaagatccggtgcaatatgtgcagcccaaatgttatgtacaatccgtcaagtgacacatttaacgaaacgaaaataacattaaca +# aatcttgaaccggttacgacatatacagtgcaagtacacgcaaccaatagcgtgtcgcatcttaccgacttaagccggcaccccaacgaatcgtcact +# aataacaaccaatgacacaccattttctaatgtgtcgtttttcaccattcccttggatttgaatgaaataaagaccagtcacgcagaaattgtgttta +# ctacagagtctgttttgctatctacagcttttaacttacgtatattggccataactagtaaagatgccgatttggagtgggacaagccaattcaaagt +# 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attgtctgcacagttaattctagcaccagtatgtttgctggattcgtaatattttctgtaataggatttatggctcacgaacagcagagaccagtagc +# tgaggtagcagcatcaggacctggactggcgtttcttgtttatccttcggcggttctgcagctgccaggttctccaatgtggtcttgtctctttttct +# ttatgctgttgctcatcggattggattcgcaattttgtacaatggaggggttcatcactgcgattattgatgaatggccacagctgctgcggaaacgc +# aaagaaatttttattgctattgtatgcgcacttagctatttagttggcttaacctgtattacacaaggcggcatgtatatatttcaaattttggattc +# gtatgcagttagcggcttctgcttactgtggctcatattctttgagtgcgtctcaatatcttggtgctacggagttgatcgattttatgatggaataa +# aggatatgatcggatactatcccacagtttggtggaaattctgttggtgtgttaccacccctgctatatgcttgggcgtcttcttctttaacatagtt +# cagtggaccccaattaaatatttggagtatagttacccatggtgggcgcacgcttttggttggtttacggctttgtcatccatgctatatataccaat +# atatatgttctggctgtggaaacgaactcctggtgacttgagtgaggtaccctaa] +# protein sequence = [MLFPNWVEESFTDFVKGINWRSYVVCDVAYHNVNNWLWSPFIDRGPANRLYIEIQFTIRDCSLFPGNALSCKETFSLL +# FYEFDAATREPPPWQTDSYRLIARIAAGEGRFNQNSDVDINTEVKSIAVNKKGVYFAFRDQGACISVLAVKVYYITCPAVTENFAHFNETPTGKEITI +# 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ID=contig37.g62.t1;Parent=contig37.g62 +contig37 AUGUSTUS start_codon 8638 8640 . + 0 Parent=contig37.g62.t1 +contig37 AUGUSTUS CDS 8638 8643 0.95 + 0 ID=contig37.g62.t1.cds;Parent=contig37.g62.t1 +contig37 AUGUSTUS CDS 8701 8987 0.52 + 0 ID=contig37.g62.t1.cds;Parent=contig37.g62.t1 +contig37 AUGUSTUS CDS 11885 12254 0.97 + 1 ID=contig37.g62.t1.cds;Parent=contig37.g62.t1 +contig37 AUGUSTUS CDS 12316 12519 0.99 + 0 ID=contig37.g62.t1.cds;Parent=contig37.g62.t1 +contig37 AUGUSTUS CDS 12580 12756 0.79 + 0 ID=contig37.g62.t1.cds;Parent=contig37.g62.t1 +# coding sequence = [atgaagttggttaaaattgaacagctccccgaacgcggatcatggtcatccaaaatggatttcatactatctgtagtag +# gtctagcaattggcttgggaaatgtttggcgatttccttatttgtgctataaaaatggaggaggcgcatttatattaccgtacatcataacgttgttc +# ctagctggaattccaatgttttttatggagttagctcttggtcaaatgttgacaattggtggtcttggtgtatttaaaattgcacccatatttaaagg +# taaggcctttttcatattggacgcgcttattgtctgcacagttaattctagcaccagtatgtttgctggattcgtaatattttctgtaataggattta +# tggctcacgaacagcagagaccagtagctgaggtagcagcatcaggacctggactggcgtttcttgtttatccttcggcggttctgcagctgccaggt +# tctccaatgtggtcttgtctctttttctttatgctgttgctcatcggattggattcgcaattttgtacaatggaggggttcatcactgcgattattga +# tgaatggccacagctgctgcggaaacgcaaagaaatttttattgctattgtatgcgcacttagctatttagttggcttaacctgtattacacaaggcg +# gcatgtatatatttcaaattttggattcgtatgcagttagcggcttctgcttactgtggctcatattctttgagtgcgtctcaatatcttggtgctac +# ggagttgatcgattttatgatggaataaaggatatgatcggatactatcccacagtttggtggaaattctgttggtgtgttaccacccctgctatatg +# cttgggcgtcttcttctttaacatagttcagtggaccccaattaaatatttggagtatagttacccatggtgggcgcacgcttttggttggtttacgg +# ctttgtcatccatgctatatataccaatatatatgttctggctgtggaaacgaactcctggtgacttgagtgaggtaccctaa] +# protein sequence = [MKLVKIEQLPERGSWSSKMDFILSVVGLAIGLGNVWRFPYLCYKNGGGAFILPYIITLFLAGIPMFFMELALGQMLTI +# GGLGVFKIAPIFKGKAFFILDALIVCTVNSSTSMFAGFVIFSVIGFMAHEQQRPVAEVAASGPGLAFLVYPSAVLQLPGSPMWSCLFFFMLLLIGLDS +# QFCTMEGFITAIIDEWPQLLRKRKEIFIAIVCALSYLVGLTCITQGGMYIFQILDSYAVSGFCLLWLIFFECVSISWCYGVDRFYDGIKDMIGYYPTV +# WWKFCWCVTTPAICLGVFFFNIVQWTPIKYLEYSYPWWAHAFGWFTALSSMLYIPIYMFWLWKRTPGDLSEVP] +# end gene contig37.g62 +### +# start gene contig37.g63 +contig37 AUGUSTUS gene 18828 41476 0.01 - . 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sequence number 41 on both strands +# start gene contig41.g71 +contig41 AUGUSTUS gene 4006 27824 0.06 + . ID=contig41.g71 +contig41 AUGUSTUS transcript 4006 27824 0.06 + . 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coding sequence = [atggtatcgacgcgaattgcaccgtcgccatctggacgaattcacttttcaaccttgattcgccctgcaaggacctgcg +# cagcgtgcatccggcggaaaacaatacattaccggattaagcttggatgggccaggcaaaagtcgatcacgaatagcagtgcatcgctcaaaaagttg +# agaatacaaggaggttcgaggagacctcgtcgtataatgtttacattgcaaccaactccgacggctataggcaccgtagttcctccctggtccgcggg +# aacattgatagagcgtcttccgtccttggaagacatggctcacaaggacaatgtgattgctctgagaaatttaccatgtttgggtgccgctggtggaa +# gcggactaggcggtattgccggaaagccttcccctacaatggaagctgtggaagccagcacagcgtcacagccccattcgacatcgtcctacttcgca +# acaacttactaccatttaactgatgatgaatgtcacagtggagtaaatcagttgggtggagttttcgttggcggaagacctttgccagactcgacacg +# acagaaaattgtcgaactggcccattctggagcaaggccctgtgatatttctcggattcttcaagtgtccaatggatgtgtgagcaaaattctcggaa +# gatactatgaaacgggcagtataagaccacgggctatcggtggttccaagccacgtgtggccacagccgaagtggttagcaaaatatcacaatataaa +# cgcgagtgcccgagtatatttgcttgggaaattcgggatagattacttcaggagaacgtttgcaccaacgataatattccaagtgtatcctccataaa +# ccgtgttttgcgaaacctggcggcccagaaggagcaacaaagctcgggaactagtagctctggagccggccccgcaaactcgagcagcggaaaactgg +# ccgccaacagcagtggaaacatcaccaacggctcgaacggcacgagagtcacattgacctcctccactgatctcatgcagacggccacgccgttaaac +# tcttcggaaagcggcggcgcgagcaattccgccgaggggagcgagcaggagtcgatttacgagaagcttaggctcctaaacacacagcacgccgccgg +# atcgggatcgggatcgctggacccagccatagcagtcccgttagtgggtcagtcgcccagccatttcggaccccattctagccacccactcaaccagc +# tggtgcacggtaaccagcaggctcttcagcagcagcagagctggccgccgcgccactactcctctgtaccttggtacccttcctccctgagtggcagt +# gaaattcccatatcatcggcttccaatgtcgcgccgatggcgtacacgtcggggccttcagtcgcccagcctctaagtccgtcgaacgacatcgcaag +# cctgggaagtgccggccacctgagaaactgccccgtgatcacggaggacattcatctaaagaaggaactcgatggtcatcagtccgatgaaacagcct +# ccggtgagggtgaaaactccaatggtggcgcttcaaatttaggaaacaatgaggatgatcaagctcggttaatattgaaaagaaagttgcaacgcaat +# cgaacatcttttacaaatgaccagatagacagtctagaaaaagagtttgaacgaacacactacccagatgtttttgcacgtgaacgattggctggaaa +# gattggtttgccagaggctaggattcaggtttggttctcgaaccgccgtgcaaaatggcgtcgagaggagaagctccgaaaccagagaagaacaccaa +# attccacaggagctagtggaacctcttcctcaacatcagccactgcctccttaacagatagtcccaacagcctaagtgcttgttcctctttgctgtcg +# ggatcagctgcgggtccttcagtcaataccattaatggtttatcctcgccgaattcattgcccaccgttgccagtgtcccagcggttggtactggcat +# tgagagtaccggcagtccaacaccgaccttgcatattcgatctgcctgctcctctgacacagccgctggacgtcacggtgaagactgtagaagagttt +# gttcaccgggcccccatggggttggaggccagcaaagtagccatcatcaccagagcaacgggcacgcccatgcccatgcacatgcgcttgttcctgct +# atttcgcccagactcaattttaacagtggcagttttggcgcgatgtattcaaacatgcatcacacggccttatctatgagcgacacttacggaacggt +# aacacccataccgagcttcaaccacgtcggatcgttggccccaccatcaccaatatcgcaacaaggcgatcttacgccaccatctttgtatccgtgcc +# acatgagtctacgaccgccgccaatcgcaccgccacaccaccacatagtggcgggtgagatgggaaaccctgcgggaggcgttggcaacgtccaaccg +# gccaatctgggagcaaactgcagtggatcgggatacgaagttctgtccgcctacgcgttgccccctcccccgttaccatcgagcagtgcatctgcatc +# aaacttctcaacatcatccagtactagcgctaatgtgacctcccatcacaacatgccccaagaaccatgcccctcaccatgcaactcaaactcaaacc +# acctgggtgttggacacagctcagtattcgcgaccgactcgatttcgccggctgtatcttcatatgcacatatgagctacaactacgcttcggctgcc +# aacaacgtgacatcttcctcttccggcgaagctccagcgcatgttgctccaggaaagcaacagttctttgcctcatgcttttattcaccttgggtata +# a] +# protein sequence = [MVSTRIAPSPSGRIHFSTLIRPARTCAACIRRKTIHYRIKLGWARQKSITNSSASLKKLRIQGGSRRPRRIMFTLQPT +# PTAIGTVVPPWSAGTLIERLPSLEDMAHKDNVIALRNLPCLGAAGGSGLGGIAGKPSPTMEAVEASTASQPHSTSSYFATTYYHLTDDECHSGVNQLG +# GVFVGGRPLPDSTRQKIVELAHSGARPCDISRILQVSNGCVSKILGRYYETGSIRPRAIGGSKPRVATAEVVSKISQYKRECPSIFAWEIRDRLLQEN +# VCTNDNIPSVSSINRVLRNLAAQKEQQSSGTSSSGAGPANSSSGKLAANSSGNITNGSNGTRVTLTSSTDLMQTATPLNSSESGGASNSAEGSEQESI +# YEKLRLLNTQHAAGSGSGSLDPAIAVPLVGQSPSHFGPHSSHPLNQLVHGNQQALQQQQSWPPRHYSSVPWYPSSLSGSEIPISSASNVAPMAYTSGP +# SVAQPLSPSNDIASLGSAGHLRNCPVITEDIHLKKELDGHQSDETASGEGENSNGGASNLGNNEDDQARLILKRKLQRNRTSFTNDQIDSLEKEFERT +# HYPDVFARERLAGKIGLPEARIQVWFSNRRAKWRREEKLRNQRRTPNSTGASGTSSSTSATASLTDSPNSLSACSSLLSGSAAGPSVNTINGLSSPNS +# LPTVASVPAVGTGIESTGSPTPTLHIRSACSSDTAAGRHGEDCRRVCSPGPHGVGGQQSSHHHQSNGHAHAHAHALVPAISPRLNFNSGSFGAMYSNM +# HHTALSMSDTYGTVTPIPSFNHVGSLAPPSPISQQGDLTPPSLYPCHMSLRPPPIAPPHHHIVAGEMGNPAGGVGNVQPANLGANCSGSGYEVLSAYA +# LPPPPLPSSSASASNFSTSSSTSANVTSHHNMPQEPCPSPCNSNSNHLGVGHSSVFATDSISPAVSSYAHMSYNYASAANNVTSSSSGEAPAHVAPGK +# QQFFASCFYSPWV] +# end gene contig41.g71 +### +# start gene contig41.g72 +contig41 AUGUSTUS gene 35171 58958 0.01 + . ID=contig41.g72 +contig41 AUGUSTUS transcript 35171 58958 0.01 + . ID=contig41.g72.t1;Parent=contig41.g72 +contig41 AUGUSTUS start_codon 35171 35173 . + 0 Parent=contig41.g72.t1 +contig41 AUGUSTUS CDS 35171 35483 0.31 + 0 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 +contig41 AUGUSTUS CDS 39079 39241 0.23 + 2 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 +contig41 AUGUSTUS CDS 40493 40693 0.94 + 1 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 +contig41 AUGUSTUS CDS 40765 41036 0.55 + 1 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 +contig41 AUGUSTUS CDS 43582 43805 1 + 2 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 +contig41 AUGUSTUS CDS 43867 44269 0.95 + 0 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 +contig41 AUGUSTUS CDS 44418 45247 0.49 + 2 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 +contig41 AUGUSTUS CDS 47876 47998 0.99 + 0 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 +contig41 AUGUSTUS CDS 50623 50937 0.99 + 0 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 +contig41 AUGUSTUS CDS 52323 52448 0.65 + 0 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 +contig41 AUGUSTUS CDS 52835 53011 0.57 + 0 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 +contig41 AUGUSTUS CDS 53321 53548 0.56 + 0 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 +contig41 AUGUSTUS CDS 54373 54546 0.95 + 0 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 +contig41 AUGUSTUS CDS 58917 58958 0.36 + 0 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 +# coding sequence = [atgggggtggctgaagatttcgctcccagctttgttaaaaagccgcaactgcatcaagaggatgatggcaatcgtttga +# tttttgagtgccagttattgtcgtctccaaaaccggacattgaatggtttcgaagtgacaataaactagtagaagatggccgaaccaaattcaaaatt +# caacccgttgaagataataaatatacggtagtattagagcttgacgatgtggttgaaacggatgctggactgtacaaagtcaaagccaagaacaagtc +# gggggaagtctctgcgtctattaatttaaatttcacacacaaatcgacggtttcgcgccgacattcgcgaaaaaacccgctatacgacaggaagaaga +# tggaaaacgactattatttgagtgccgcgttaacgctgatccaatacccaccattatttggttccacaacggagcagctgttaaggaatcaatacgcc +# ataaggtcccatggcgagactatactaaacgaatccaaacgctacaaaatgtcactgacaatggatcaaaaactatatcacatggcgtgtctcgagat +# aagcagtgtggtctcctctgaccaaggtgaatatcgcgcgcaagcgaaaaacaagcacggttctggagtcgcaactattaatcttaatttcgaaagtg +# gatcgaaaaaaattccagatggaaagtcgccacgctttccaaaaaaaccaacgatccgccaagaagaggacctactcatcatggaatgcgtattggaa +# gcgcatccggtcccagacattgtctggtattgctcagataaggaaatatccgataatcaaagaacgaaaatgacccgcaaggcaataactaaagacaa +# ctacgttttgaccctggaaatccaaaaccccacaaaagaagatggcggcaactatcgctgtaacgcaattaatatgtatggcgaaagtgcgagcgacg +# ccaatggttttgcaccatcatttatcgagaaaccaaggataatcccaaatgagtctggcacactaataacaatgaagtgcaagtgcaaggccaaacct +# gagccaaccgtaacttggtacaggggtcaagacatggtggagaagagtaagaagataaaaataaatacaacagttattgcggaagacacttacgaact +# gacattggaaataaaggatcccggggcaactgatggtggaacctacaggtgcaatgtcaaaaacgaatatggtgaatcaaacgccaatcttaacctta +# acattgaagcggagcctgagccggagggtgaggggccaacgttcattgaaaagccgcgcattgtatccgaaaacaacggtaaattggttataatggag +# tgcaaggtcaaggcagatccaaaaccagatgtaatttggttccgcaacggagaagtcataaaggaaagcaacaaaatcaaaacgtttattgagcagcg +# tggtgaccaatactacattaagctggagctattagatccccaactagaggactctggcctttacaagtgcaacattaagaacaccctcggcgagctga +# atgcgaatcttacattgaatatagaaattgttcccgtcattaaagataaacctaaaattattaagattatcaaaaaacgaactgttattatcgagtgc +# acagttgcatcaaagttcgaacctaagtgtacttggtataaggaaacaaacactgtaaaagaaagcaagagacacgtttacctggtggagcaaactaa +# ggacggagagtttgctgtcaaactagagataaacgatgttgaagagagtgataagggcgcttacaaattggtggctagtaacgaaaaaggacaagctg +# tatctcaagttgtcaatctcgttgatattcccgaggaggaacgcaagcccagcaagccggaaatctcccgaaagctcgttgatcaaaaggtttccgag +# tcaaagactttcgagcttttaatcagtctggcccagtcagatcgcaagtgcaaaatcgagtggtacaagggcagcaccttaatacgcgaaaccaaaga +# cattaccaccacgttcgatggaacaactgcacgactcacatttagctcggcaagaacggaacacacttcaaactataaagtcattgtgaccaacgaag +# taggcaaggccgaatcgtcgtgcaagattacagtggagaaaggcacaaagaagaaagaggaacaacccaaagaaaaggataagtcgaaggcagaaaag +# gaaaaagaggaaaaggtaaataaaaatataaatacatctaaatgtgtgcaggacacgcatcaggtcttagaatctgtaacggcacaggagattcaaag +# caaggaacgccaggtcgtagctaagatggaagagcattatataaatcagaaatctagcactcaactaaacactgcaagtattgtgtctgtcgaagaag +# agatctcggcagaagtacgacgccaatcagtagtcaaaatgcaggacgagatcacagtcgatgataaaagggtatcgtcgagaaggacatccctggct +# gtaatagaggagcaaaaacctgccgaagaactgccaaagctgcgtaaaacatctatcgctcaagtaaaagaagatgcaaagcctgaagttgcaaaacc +# aaaagcgaaagctaaagcaaaaccaaaaccaaaatacgaagagctcccagaaattccagactacgaacgtccacagctagaaaagtatgaaagatctg +# attttacgcccaccgactttggtcgtgaacttgaaataccaaacaaaatggaaaaacccatattagatagtggaaagaaggaatctgaggcaccagtc +# cagaaaaatggaattcctaaaaagtcggaaataattgaaaagcctgcagaggaacccaagggcttgaaaatcggcaaaggtaaactacccgatgaaga +# tgacagtcgagacggcgctattcttaagccagtcattattgagccagagcaggccgataaaccatctgtactagatattataaagcagcgacgtcgat +# cctctatcagaaatctgatgactaaggaaccaattcaaaatgaatcattccttggggtagttttaaagcccgtgataaaggatgctaaagagcaggtt +# gcgcctcagcaagctatacagttaacgaaggcaaatgcgacagagcagttatctcatacaaaggcaatcaaggcgaaagtttcggacctaaaaaagcc +# agaagctctagcgacccttgaggatgattatgagcggcccgtgttagaaaaatgtgaccctgtcaacttcgataacaacaaatcagagaaacctacac +# cagcaattatcacaccggacactaaacacccacaagtaaaattgccggtagaagaacctaaggaagagaagccaaaggtttccaggatgcaaccgcct +# tccccaggtgagccaccgaagatagaagtaatacgggagaagcgaccatctctagcaccggagccgccaagtcgccgtggatctcttatcccgccagc +# cgatactggacgtcggccgtctctgatcatcaatgatgagacccttagcatcatcgaaatcactgcgttggtcaaaatttag] +# protein sequence = [MGVAEDFAPSFVKKPQLHQEDDGNRLIFECQLLSSPKPDIEWFRSDNKLVEDGRTKFKIQPVEDNKYTVVLELDDVVE +# TDAGLYKVKAKNKSGEVSASINLNFTHKSTVSRRHSRKNPLYDRKKMENDYYLSAALTLIQYPPLFGSTTEQLLRNQYAIRSHGETILNESKRYKMSL +# TMDQKLYHMACLEISSVVSSDQGEYRAQAKNKHGSGVATINLNFESGSKKIPDGKSPRFPKKPTIRQEEDLLIMECVLEAHPVPDIVWYCSDKEISDN +# QRTKMTRKAITKDNYVLTLEIQNPTKEDGGNYRCNAINMYGESASDANGFAPSFIEKPRIIPNESGTLITMKCKCKAKPEPTVTWYRGQDMVEKSKKI +# KINTTVIAEDTYELTLEIKDPGATDGGTYRCNVKNEYGESNANLNLNIEAEPEPEGEGPTFIEKPRIVSENNGKLVIMECKVKADPKPDVIWFRNGEV +# IKESNKIKTFIEQRGDQYYIKLELLDPQLEDSGLYKCNIKNTLGELNANLTLNIEIVPVIKDKPKIIKIIKKRTVIIECTVASKFEPKCTWYKETNTV +# KESKRHVYLVEQTKDGEFAVKLEINDVEESDKGAYKLVASNEKGQAVSQVVNLVDIPEEERKPSKPEISRKLVDQKVSESKTFELLISLAQSDRKCKI +# EWYKGSTLIRETKDITTTFDGTTARLTFSSARTEHTSNYKVIVTNEVGKAESSCKITVEKGTKKKEEQPKEKDKSKAEKEKEEKVNKNINTSKCVQDT +# HQVLESVTAQEIQSKERQVVAKMEEHYINQKSSTQLNTASIVSVEEEISAEVRRQSVVKMQDEITVDDKRVSSRRTSLAVIEEQKPAEELPKLRKTSI +# AQVKEDAKPEVAKPKAKAKAKPKPKYEELPEIPDYERPQLEKYERSDFTPTDFGRELEIPNKMEKPILDSGKKESEAPVQKNGIPKKSEIIEKPAEEP +# KGLKIGKGKLPDEDDSRDGAILKPVIIEPEQADKPSVLDIIKQRRRSSIRNLMTKEPIQNESFLGVVLKPVIKDAKEQVAPQQAIQLTKANATEQLSH +# TKAIKAKVSDLKKPEALATLEDDYERPVLEKCDPVNFDNNKSEKPTPAIITPDTKHPQVKLPVEEPKEEKPKVSRMQPPSPGEPPKIEVIREKRPSLA +# PEPPSRRGSLIPPADTGRRPSLIINDETLSIIEITALVKI] +# end gene contig41.g72 +### +# +# ----- prediction on sequence number 42 (length = 70020, name = contig42) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 42 on both strands +# start gene contig42.g73 +contig42 AUGUSTUS gene 5165 63391 0.01 + . ID=contig42.g73 +contig42 AUGUSTUS transcript 5165 63391 0.01 + . ID=contig42.g73.t1;Parent=contig42.g73 +contig42 AUGUSTUS start_codon 5165 5167 . + 0 Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 5165 5477 0.8 + 0 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 9073 9235 0.38 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 10487 10687 0.89 + 1 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 10759 11030 0.75 + 1 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 13576 13799 1 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 13861 14263 0.95 + 0 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 14412 15241 0.54 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 17870 17992 0.99 + 0 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 20617 20931 1 + 0 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 22317 22442 0.68 + 0 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 22829 23005 0.6 + 0 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 23315 23542 0.48 + 0 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 24367 24540 0.99 + 0 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 30507 30654 0.95 + 0 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 31052 31425 0.95 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 33445 34090 0.3 + 0 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 34314 34667 0.62 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 35289 37001 0.84 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 38584 39303 0.66 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 39596 40359 0.57 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 40445 40580 1 + 0 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 40773 41663 1 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 41730 44402 1 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 45248 45529 1 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 45588 45887 0.77 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 45951 50220 0.4 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 50278 54041 0.5 + 1 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 54225 55421 0.91 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 55493 56471 0.51 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 56532 56873 1 + 1 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 57569 58611 0.9 + 1 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +contig42 AUGUSTUS CDS 62757 63391 0.99 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 +# coding sequence = [atgggggtggctgaagatttcgctcccagctttgttaaaaagccgcaactgcatcaagaggatgatggcaatcgtttga +# tttttgagtgccagttattgtcgtctccaaaaccggacattgaatggtttcgaagtgacaataaactagtagaagatggccgaaccaaattcaaaatt +# caacccgttgaagataataaatatacggtagtattagagcttgacgatgtggttgaaacggatgctggactgtacaaagtcaaagccaagaacaagtc +# gggggaagtctctgcgtctattaatttaaatttcacacacaaatcgacggtttcgcgccgacattcgcgaaaaaacccgctatacgacaggaagaaga +# tggaaaacgactattatttgagtgccgcgttaacgctgatccaatacccaccattatttggttccacaacggagcagctgttaaggaatcaatacgcc +# ataaggtcccatggcgagactatactaaacgaatccaaacgctacaaaatgtcactgacaatggatcaaaaactatatcacatggcgtgtctcgagat +# aagcagtgtggtctcctctgaccaaggtgaatatcgcgcgcaagcgaaaaacaagcacggttctggagtcgcaactattaatcttaatttcgaaagtg +# gatcgaaaaaaattccagatggaaagtcgccacgctttccaaaaaaaccaacgatccgccaagaagaggacctactcatcatggaatgcgtattggaa +# gcgcatccggtcccagacattgtctggtattgctcagataaggaaatatccgataatcaaagaacgaaaatgacccgcaaggcaataactaaagacaa +# ctacgttttgaccctggaaatccaaaaccccacaaaagaagatggcggcaactatcgctgtaacgcaattaatatgtatggcgaaagtgcgagcgacg 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SDIGNLKKTIPNSYVKDATKIRNTTHISMGKGKSISKTHRSAFRSRNTRYRQAVQKNVKGRIKTIDLELKHLFHLKPKANNHISDLKLHNKLFFHHEL +# CIENDVGIKEKIINYSSSSSSYDDDSEAENTSTEEEEKVKKSSSFGAHNLEFETETSAGAAVQVKFESENDSILTSSNDSDIADEGEREEINYTVDEC +# NDFRNNNMLQSFNSICAESTVASIKSAPPIASLESQTKYNSDDSNRCFNNNLHVGLTNEISNISQKSTESAELTNKLPLLGVEYRTGIRPSPDAAPTS +# LADKDIPRIQQFKEWHQVLQLKSYNNEPLIVLPYVLLE] +# end gene contig43.g75 +### +# +# ----- prediction on sequence number 44 (length = 50013, name = contig44) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 44 on both strands +# start gene contig44.g76 +contig44 AUGUSTUS gene 1472 4761 0.08 - . 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ID=contig44.g77 +contig44 AUGUSTUS transcript 11632 20182 0.11 - . 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ID=contig45.g78 +contig45 AUGUSTUS transcript 1628 10178 0.11 - . 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ID=contig46.g79 +contig46 AUGUSTUS transcript 42718 44481 0.73 - . ID=contig46.g79.t1;Parent=contig46.g79 +contig46 AUGUSTUS CDS 42718 44481 0.73 - 0 ID=contig46.g79.t1.cds;Parent=contig46.g79.t1 +contig46 AUGUSTUS start_codon 44479 44481 . - 0 Parent=contig46.g79.t1 +# coding sequence = [atggctcactctgacttgggtgcttcgcaggcgaccacggccgaccaggatcacggggccacatcgaacaacagtcatg +# tgcctaagcaaactgtgccgagcatatatccccttggaacctcgcgaaacccgcaagctcaagccacgacaatggctctagagcaataccggctgcag +# ctgtacaactacgcccttaatattgaacgatttagatgccctcaatacggtggcaccggaggcgccgccacaagtgctccatggctgcatttaagccc +# ctacggaccccatatatcgggcaatattccagcagtcaatcgaatggccgcgctctcaacgatttcactcttcccccaatcgcaacggatctttcaac +# ccgaggagcctaaaccgcaacacagttacattggtcttatagccatggccattttgagctcaacagagatgaagttggtcctgtcagacatttaccaa +# tatattttggataattatccgtattttagaagccgcggtccgggttggaggaactccatcagacataatctctcattgaatgattgtttcatcaaatc +# cggtcgcagtgcaaacggcaaggggcactactgggcaatacacccggcaaacatggatgattttcgcaaaggcgatttcagacgtcgcaaggctcagc +# gtaaagtccgaaaacacatgggtctgtcggtagatgatgccagcactgactcgcccagcccgccgcccttggatctcacaaccccacctccgcccaat +# tcccagtcggcactgcaactgtcgtctctggcatatccttaccaccatcagtatataggccagttctttaaccgcaactcagcacccggcctgtcaca +# gtactgcgcagagcctgcaattgtgatgcaacgacagcaggccaaccaggtggatcaggcgatccaaccagcccaacttcagcagcaacatggccagc +# atcagcacattgcttatatcaactccaccacgacaacaaccattgcaaatatgttctcgcagacacggaagcgccagttcgacgtggcgtcgctactg +# gcacccgatgtgcagatcgttgacattgtctccgaagatcaagagtcctctgtcaggccatcgagcacggcgaggactacgactcaaacgcaccacac +# agtcatcaccaagcaaaccatacaccgggaagtggtcttgggactggaacaacctgtgactgaggcagacattgacactgatgtcgatgtagaagtga +# atgtggatgtggtcgacgaaagcatcaatccagatcccgatgcttatccggagacggatgaccaagaaaatggcagaggaaccgtgaagcaaatattc +# tccgtggaggacaataactcgtaccttagcgacggcaggctgtcttcgttcgatgccgaccccgaccacgatcccgaagaccttgaacagcacaacta +# ttcaatttccagctcggcagcaaggtccttgggcagtagcagtagccaacacgaggagtccagctcactagaggaatgtccactggcagagtccactg +# cagggcccttgactgtagcgagaccgcccacccttacagcagccattccaaatgcatatattgaactcaaccatgttgatccccacatgcttagtagg +# tactacgggacatacatggccgccgctgcccgaagagctagtatagaggcgtcgaaagcagtaaggccatcctcaataacgccacctccgaaaatcga +# agtagtctcacggaagtaa] +# protein sequence = [MAHSDLGASQATTADQDHGATSNNSHVPKQTVPSIYPLGTSRNPQAQATTMALEQYRLQLYNYALNIERFRCPQYGGT +# GGAATSAPWLHLSPYGPHISGNIPAVNRMAALSTISLFPQSQRIFQPEEPKPQHSYIGLIAMAILSSTEMKLVLSDIYQYILDNYPYFRSRGPGWRNS +# IRHNLSLNDCFIKSGRSANGKGHYWAIHPANMDDFRKGDFRRRKAQRKVRKHMGLSVDDASTDSPSPPPLDLTTPPPPNSQSALQLSSLAYPYHHQYI +# GQFFNRNSAPGLSQYCAEPAIVMQRQQANQVDQAIQPAQLQQQHGQHQHIAYINSTTTTTIANMFSQTRKRQFDVASLLAPDVQIVDIVSEDQESSVR +# PSSTARTTTQTHHTVITKQTIHREVVLGLEQPVTEADIDTDVDVEVNVDVVDESINPDPDAYPETDDQENGRGTVKQIFSVEDNNSYLSDGRLSSFDA +# DPDHDPEDLEQHNYSISSSAARSLGSSSSQHEESSSLEECPLAESTAGPLTVARPPTLTAAIPNAYIELNHVDPHMLSRYYGTYMAAAARRASIEASK +# AVRPSSITPPPKIEVVSRK] +# end gene contig46.g79 +### +# +# ----- prediction on sequence number 47 (length = 35007, name = contig47) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 47 on both strands +# start gene contig47.g80 +contig47 AUGUSTUS gene 2708 4471 0.7 - . 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ID=contig47.g81 +contig47 AUGUSTUS transcript 22954 34914 0.22 - . ID=contig47.g81.t1;Parent=contig47.g81 +contig47 AUGUSTUS CDS 22954 23079 0.9 - 0 ID=contig47.g81.t1.cds;Parent=contig47.g81.t1 +contig47 AUGUSTUS CDS 23132 23286 1 - 2 ID=contig47.g81.t1.cds;Parent=contig47.g81.t1 +contig47 AUGUSTUS CDS 28046 28120 0.96 - 2 ID=contig47.g81.t1.cds;Parent=contig47.g81.t1 +contig47 AUGUSTUS CDS 28179 29141 0.91 - 2 ID=contig47.g81.t1.cds;Parent=contig47.g81.t1 +contig47 AUGUSTUS CDS 29810 32428 0.65 - 2 ID=contig47.g81.t1.cds;Parent=contig47.g81.t1 +contig47 AUGUSTUS CDS 34008 34293 0.9 - 0 ID=contig47.g81.t1.cds;Parent=contig47.g81.t1 +contig47 AUGUSTUS CDS 34351 34524 0.95 - 0 ID=contig47.g81.t1.cds;Parent=contig47.g81.t1 +contig47 AUGUSTUS CDS 34579 34914 0.91 - 0 ID=contig47.g81.t1.cds;Parent=contig47.g81.t1 +contig47 AUGUSTUS start_codon 34912 34914 . - 0 Parent=contig47.g81.t1 +# coding sequence = [atgacagattcaatgaaattcggtccggaatggttgcgcaatatgtcagccgagccctcgggctctcccagtacttaca +# 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ctgtacgactgttaagctcgaagacctcgccattgtgggctgtcaataatgtagttggtaatggtggcgatgacaatcttcctgaatgggctatggaa +# aatccatcagagttgggtggtagttttgatgctagtggagcctttcatggtgatgctgatcctcaaaataacaaaagtttaaaagccaaaggttttaa +# ctctgatcagagcttgtcaaaatctaaaagtgaaccccttaatgagaatgatagtgtaaacgataaaacttctgaagtctctttaacgaatttatcgg +# cttcgcaggaattacccgaaagccgtttgtctccagtaaactcaacaacaaaaacggatgtcatccatggggatatttcagatcgaatcaaagaagtt +# gccgatgaagtggaaaaacttataacagaagatgataataaaccctttacgaattcaaaccaacttcaaagtgatagcggtcactttcctgctgcgct +# gccaagcttgacagataatgagttgagcacgacaccgatttctgtgaatccttctatagtgcgacagcaagtagctaccaccatgcctatacaaatcg +# caactacaatttcagaagcaactcaaccatctcatcagcattcaactgttccgttttcaaatctggttgctatgcagcaccataacatgcaacatcag +# ccacatttttcaatggttcctacgccacatttgatcaatccaaatctcaatgaattatggttttatcgggatccccaggcaaatgtacagggtccatt +# cagtgcgatggagatgaccgaatggtaccgtgctgggtactttaatgaaaatttgttcgtgcgacgattctccgataataggtttagacccttgggcg +# 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NSTKQTQGQQMDPTPTFITTSAENFSSESSTANVTMTSPPRLYKNAEDTLYAATVSNITDVNHFYSEGLIDSNSALEGNISDTYDESYNEMILTDKLV +# DEQIVGRDSGYGLTENPYSYHVSCVGQDDTTKACSQLHDIPIDTSFVIEQAEIKSGLVHFPESTTKKGGTTSGGMFGSILGKAAAAVQSATHAVNQGA +# SSVASVVSQKQSVVPTAHNIRDLSPNAIKRDSNRDSVGFNVMNVDYSYQLGNEESLSSHYENTGDDYENSNIKMHEYGTYTDNKAFVNYHSNGNQSQF +# QDDTAIFGQSKVIGNGTKILPTVPPAGSTGKKLPTVNGKSGLLIKQMPTEIYDDESELDELDGSPLIGKKPSYHIDSEQDDYYLGLQQTTPSNQANGY +# YEHVNNGYDYREDYFNEEDEYKYLEQQREQEKLHQPKNKKYLKQTKGVLSTTQPQSSLDFIDEGQDDDFMYENYHSEEDSGNYLDESSSGSVGPSEGR +# NLKMDSNGDASLASTSNQMKRDSFTNNSLHKLDTVVGESTSNLTGIIKEKMCSDLDERSEDINDQLSDLTDINKLTLLKKKSLLRGETEEVVGGHMQM +# IRQPEITARQRWHWAYNKIIMQLNPLGQGIPKEKSQFQKRDSKPNTEERFAFAENALRSQIQIKEQLRHQQQSTMYATSLANTPAAASVEAQFLNQPT +# ERPNYPLRVNSLHHKNLTAAEKQQSQMQPPICKSPMGMDASYSSYQNTNGSMVSIKSEQQLCQIYNSQQHSDYIISDYMDKIATRISLLETELKFAWR +# ALDLLSTEYGKIWVRLEKLENISIEQQSVVSNLMDLIGAANQEQQQSDFEGLDYPLFQDEDQLLPLVMNDTMGLAMVLEAEQSDPDYNKELHFGDHNH +# 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ID=contig49.g84.t1;Parent=contig49.g84 +contig49 AUGUSTUS CDS 1470 1532 0.77 - 0 ID=contig49.g84.t1.cds;Parent=contig49.g84.t1 +contig49 AUGUSTUS CDS 1598 1672 0.97 - 0 ID=contig49.g84.t1.cds;Parent=contig49.g84.t1 +contig49 AUGUSTUS CDS 4928 5059 1 - 0 ID=contig49.g84.t1.cds;Parent=contig49.g84.t1 +contig49 AUGUSTUS CDS 6707 12505 0.93 - 0 ID=contig49.g84.t1.cds;Parent=contig49.g84.t1 +contig49 AUGUSTUS CDS 20638 24656 0.44 - 2 ID=contig49.g84.t1.cds;Parent=contig49.g84.t1 +contig49 AUGUSTUS CDS 24717 25701 0.61 - 0 ID=contig49.g84.t1.cds;Parent=contig49.g84.t1 +contig49 AUGUSTUS CDS 25755 25760 0.96 - 0 ID=contig49.g84.t1.cds;Parent=contig49.g84.t1 +contig49 AUGUSTUS start_codon 25758 25760 . - 0 Parent=contig49.g84.t1 +# coding sequence = [atgacgcactatgcaaggcatgattactttcataatacccaaaacggtgccttatcctctgacaccggtcgatcacctt +# atagtcatattccttacagagcacagaacagcagagaatattatgccgagccgtacgatttaggcaatcatggactagaggaatatagtagtgagtgc +# 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ccatatttcaacacgtggacgactagcggtggcaattacctaccattcgaagttggacaaggtgctaatatttcaactcaatcctacacagtcacgac +# taaagctgaatcagtaatgtcaccattaacaagtttcatccctcctctgttcatatcttcgaattttaattccaagaatttaacggaagatatcgtat +# tttcaacaacaagttctcctcacgacaaaaacacaactgttagttacagttcatctaacaacgcgttcacaaaaactgtttacgtaaataatcccgaa +# gaggtgccagttaccacaagcgaaaacgctataccgccgtcatcggacttaacgttaaggtcaccatcgtcattagttcctattctatcttacacgga +# ttacatgaagcaatttgagttaccagatttgcctcagccaatcatggaactttcagaaaatatacctgttactcacagtgattctaattctgttccta +# tcaatgatattgctactaatgccgaattttcctgtcctcccaatgagttggatgttacaagtaaatgtagtgacccattaccttcgtatttgggtgaa +# ctttttgatgcatataacgtgcccagcctttcgattgagaatcaagaatctcccatcaagggtcaaattggcgatttatttaacattgcaatcgtacc +# ccaggtaccaattaacaccatagaatgttcagtagaccctccgaatcgatttaatttattgccagaggctgatgcggtagaaaaccatgcggtagcat +# tcgatgataatttttacgatagttttaatgttgacataaaagaactgacggcatctgttgcaaacattgaaccagaaaatggttcacgcaacttccca +# 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cgccgcggctgtaacctgtcggactctgaattagatatgccggactttactccatcggataacgataaaagctctataaccggaagtaaaattttaag +# aaatcatttcgaggatgaagtggatgaagattttgaccaatccacctgtgcctatgaggataacaaggaattgggtggttcaatggaggagttaaagg +# acagtatgccacataatttgtttgctgttctaggcgacctcaaaaaagttcaaagccccacaacaactattgctgtctcggcgacaattcccgttaag +# aacagttccattacaaatagtaataaaataagcactctggaaaatgtaaccattaaaatgccagagattctcttggagacaaaatcacaggcgtgcct +# tcaaaaactgaactcagtttatgctgacgactttggcgatgagaacgtacttggaaactcggtcagcatggatgcgaatgtccccaccctaagcattc +# tggaaacaactgaagatgtcggggatacagcattaagtacattcctgacaacgccaacagcaacaacaacaacaacagtccctcgtaatctcagttcc +# aatggtgttttgtgggtcacgcagcagtgtttagaccttccaaacaatactggctatgggtcgcgggaagatgacgataatcgaagccagcattctgc +# tcgcactctctcttcttcgcgcaggcaaagcactgaggatagcatagacacagacgacgaatacttttattatgagcttcggcagctggaggagcagg +# aacagcgctgtgcggaactttctggaattgcatctgccgaatcgcatgatgataacgaggtgctattttcccagatagggcaacttgtccaaaacgat +# tttaacggaggagcccgatgtcgatctgatgtctgtgaaaatgacctagaaactattaatttttctccaagtgaaagtgtgaagttacggatgtctga +# agtatttattgagcttaaaagcgtcgttaaattacagtcagacgtatttgctgacgctgctgttaaagagttggttgttgcaaaggcagcaggtgaaa +# aatttgcggcagtatgtgacatgcatagtgcttggcaggacgtaaacggcgatttccaagagacagcctcagaaatggattcgactgacgatgccgag +# atcgaaaataaaaaccatcgaaagttgcgacgattaaagaaaacacgcgatcgaaatgttaatatttctgacgatgcagccagttcaagttcgtcatg +# cctttctgaaaatgaatgtgaacacaagagtaaaaatagacctattgatcattgtattaataaatccgatggagaaaaggatgaaataaatagaccaa +# tcaaatcgacggcttctagtgagacatctggacctgatacgccggcagagataagcgatgttgagataagcgagacagaaaatgatctgagagatgat +# ggaaacccattgcttgacaatccagagtttctattggatgtaaatgaaaaatcgaatccacaatctggaaacaatttaaaaaaagaggccctagaacc +# ggctcagagtaatatgcagtcaatggagaatattaaaaccgaaccagttccacctaacacccctaaaatgttaattagtcaagaatcagattttgatg +# gatcccaggttataggtagcaatggtgaagcgggtcttggcagtagcaagtggaaattattaaaaactttaaaggagcgcaagatcgaggagaaaaat +# aatcaagataaaattaaagaagatgaaatgaccaaggacagggagaagaatggcggtggtactggagatattggattacgtaccaatggacatcctgg +# tgacaatcctttctacagtaatattgacagcatgccggatattcggcctcgcagaaaatcaattccccttgtttctgagctgacaatggctgctacaa +# aacgaaatgctggacttacatctgctgttccacgtgcaacgcttaacgacgaagaactgctatcacacaccattttattttactacaatatcactgaa +# gcggtgcgacgcgaagcggcatga] +# protein sequence = [MTHYARHDYFHNTQNGALSSDTGRSPYSHIPYRAQNSREYYAEPYDLGNHGLEEYSSECHLTSDRVLTTIDKRNNSYE +# YDYIECYEAQEQRDVESESIDNWNENHSGVGAQYGFEYANQKCTSAKVLPTLPVNKTGSGPSKPSATQMDIIFKTKGMCIEKDQRFGVCMAKADEYDL +# RILPGDYQNIYADNLNGYAGFAYPSTFLNNAVPAAPSRALPQTNRSSFYLGQDIFGLNADEAQREEQSKCDFGMDQAVTMDSGSTSYDVLEKMSRPYT +# SMLPLDYSDYHDSYYNTDNLSTYSDTPPTTNSQLKLQKQRKLSLMMAMTTASVIASDSILGNNISTNAATKASDRFLETECSGGIVTLSGPGAVTGTP +# PVALSTIIKTRKLPKVLPAPQFNSSLHLNSSTANALSSPVYSSDTAAEKSHRPKQLPKLPTSLPQIKPYSIHNSNLTTLSAADELPSYSLKSNTASSP +# LAITETVATTSYLSSTETKTCPSKKPNEVYLTKSIDDGLTPPWTPSPPTQLKQYFSPSAELPSQIVQKNSPTSHLPDIEKAKSDIKPDLHENLNESIL +# 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+# ttgtactggagttggaatcactaataacagccaaattacattgaccagttcgcatataggaacaactatgggagtcgctctgggcacgactgcagcag +# gcacaacctacatgcacgagaaaaatattgttggcgttagcgtcagttgtgttgataccagtagaaagtatgatttcaaaaacagtagtttgataaaa +# aataatagcttccaagcagcggcagagtatgtttcaacgggaaacaatagttctggtaatagccgttcaaatccacaaagtggggcaatatttcgtgg +# accacctccaacggcgaataccccacgcggtgccaccagcggtgcaacacgccatgttcatgttcaacccatgtactcacagccccttcaccaaaata +# tggtgatacaacaatacacacaatataacccgcgacaacaaacatttccaacttctcacttgcaatatgcaccagccccaatgccctactaccagtac +# caatacgtgccaactattcaacagcagcctccgccacatactcgtagtgccgtatcggttagtacgaacgtcaatgtgggaaacactttgcaaccagt +# ccagtccggaccaaatgggcctctgacagctccaggatcaacttcgtcgcagctacaattgatcactagcacagtgcagccaggaacaaacaatgtaa +# tgggtgttggtggtcctggcagtggaatgggacagacaaactctaacacagataatgacttttcggagcaggttactcttccaaacactcccacagtt +# gtcttgtcagaaggtcaaatacgtattccacagcaagatactgttggaataaataatttaagcaatacaacatcacaaggatccgaaacacggacaaa +# 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number 51 (length = 50015, name = contig51) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 51 on both strands +# start gene contig51.g86 +contig51 AUGUSTUS gene 1559 30331 0.01 - . 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contig51.g87 +contig51 AUGUSTUS gene 36903 47091 0.01 + . ID=contig51.g87 +contig51 AUGUSTUS transcript 36903 47091 0.01 + . ID=contig51.g87.t1;Parent=contig51.g87 +contig51 AUGUSTUS start_codon 36903 36905 . + 0 Parent=contig51.g87.t1 +contig51 AUGUSTUS CDS 36903 37584 0.49 + 0 ID=contig51.g87.t1.cds;Parent=contig51.g87.t1 +contig51 AUGUSTUS CDS 39880 40423 0.97 + 2 ID=contig51.g87.t1.cds;Parent=contig51.g87.t1 +contig51 AUGUSTUS CDS 42313 42446 0.87 + 1 ID=contig51.g87.t1.cds;Parent=contig51.g87.t1 +contig51 AUGUSTUS CDS 45674 45733 0.63 + 2 ID=contig51.g87.t1.cds;Parent=contig51.g87.t1 +contig51 AUGUSTUS CDS 45795 46090 0.82 + 2 ID=contig51.g87.t1.cds;Parent=contig51.g87.t1 +contig51 AUGUSTUS CDS 46765 47091 0.33 + 0 ID=contig51.g87.t1.cds;Parent=contig51.g87.t1 +# coding sequence = [atgaaactaacaagagacaaaattataattctggccatcatgctgatgctgagtccagtagccaacttaaagagtctta +# ataacgtacatactcaggacactgtgtcggtgtctttgcctggcgatataatacttggtgggttatttcccgtccatgaaaaaggtgaaggtgctcca +# tgtggaccaaaagtatataacagaggagtacaacgcctggaggcaatgctctatgctatagatcgcgtaaataacgactctaatattcttcccggaat +# aacgataggggtgcatatacttgacacctgttcgagggacacatatgcccttaaccagtcacttcagtttgtaagagcttccctcaacaacttggaca +# cttctgtgtttgagtgttcagattcgtcaagcccacaaataagaaaaaacgcttcatcgggacccgttttcggagttattggtggatcctacagttca +# gtgtctctgcaagtagccaacttgctgcgtctgtttcatattccccaaatatcaccggcatcaactgctaaaacgctatcggacaaatcacgatttga +# tctatttgctagaacagtaccgccagacacttttcaatccgtagcccttgtagatatactcaaaaattttaattggtcctatgtatccacgatacact +# cggagggatcttatggtgaatatgggattgaagcttttcacaaggaagccaccgaacggcacgtatgcatagcggtagccgagaaagtgccaagcgca +# gcagacgataaagtttttgacttaataattggcaaacttcaaaagaagcccaacgcccgcggagttgtactctttacaagagccgaggatgcgcgccg +# cattcttcaggcagctaagcgcgctaatttatcacaaccgtttcactggatagcaagtgacggttggggcaagcaacaaaaacttcttgaaggcttgg +# aggatattgccgagggcgctataactgtagaactacagtcggaaataatcgaagattttgatcactatatgatgcagctgacgccggaaacaaatcaa +# aggaacccgtggtttgctgagtactgggaggacacgttcaattgcattctcgaaccagtgtcggatcaaacaaattccccaaccagtatcgattccac +# tgagataaagatcgctaccaagtctaaaacaacatgcgaagatagctttcggttatctgagaaagttggatacgaacaggagtccaaaactcaatttg +# ttgtggatgctgtatacgcatttgcctatgcacttcataatttacataatgatcgttgtaatacacaaagcgaccaaacgtcggaacaacgaaagcac +# caccatactcagcgccttaagtatattagtccacaatcccaggtggtaataacagcctctttaatcgcaatacaggttcttatcaccatgatttggat +# ggtagttgaacctccaggaactcgtttctattatccagaccgaacagaagtgatccttaagtgcaaaatacaggacatgtccttccttttttcacagt +# tgtataatatgattctcataacaatatgcacagtttatgctattaaaacgaggaaaataccagaaaattttaatgagtcaaagtttattggattcact +# atgtacaccacttgtataatctggctagcttttgtacccatatactttggaactggaaattcttatgaggtgtacatcctcgtctttcacccggataa +# aaacgtccgtaagttaaccatgaacagcaccgtctacaggcgttcagctgcaactggagctcagggtgcgcccagcagctccgtatatagtcgcacac +# aggcaggcaacactgtaccgacaggaggggcgttgggtactacagcatcaagtgcccttcaaacacaaaacagctctaatcttgacgagccttcgggc +# caatcagctgttgttcacaaaagcagtgattatagtaatggcgaattcatgcccgaggaatgcgaatgtgctgaggcattctgcaaccgagtaaaaaa +# ttaa] +# protein sequence = [MKLTRDKIIILAIMLMLSPVANLKSLNNVHTQDTVSVSLPGDIILGGLFPVHEKGEGAPCGPKVYNRGVQRLEAMLYA +# IDRVNNDSNILPGITIGVHILDTCSRDTYALNQSLQFVRASLNNLDTSVFECSDSSSPQIRKNASSGPVFGVIGGSYSSVSLQVANLLRLFHIPQISP +# ASTAKTLSDKSRFDLFARTVPPDTFQSVALVDILKNFNWSYVSTIHSEGSYGEYGIEAFHKEATERHVCIAVAEKVPSAADDKVFDLIIGKLQKKPNA +# RGVVLFTRAEDARRILQAAKRANLSQPFHWIASDGWGKQQKLLEGLEDIAEGAITVELQSEIIEDFDHYMMQLTPETNQRNPWFAEYWEDTFNCILEP +# VSDQTNSPTSIDSTEIKIATKSKTTCEDSFRLSEKVGYEQESKTQFVVDAVYAFAYALHNLHNDRCNTQSDQTSEQRKHHHTQRLKYISPQSQVVITA +# SLIAIQVLITMIWMVVEPPGTRFYYPDRTEVILKCKIQDMSFLFSQLYNMILITICTVYAIKTRKIPENFNESKFIGFTMYTTCIIWLAFVPIYFGTG +# NSYEVYILVFHPDKNVRKLTMNSTVYRRSAATGAQGAPSSSVYSRTQAGNTVPTGGALGTTASSALQTQNSSNLDEPSGQSAVVHKSSDYSNGEFMPE +# ECECAEAFCNRVKN] +# end gene contig51.g87 +### +# +# ----- prediction on sequence number 52 (length = 40012, name = contig52) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 52 on both strands +# start gene contig52.g88 +contig52 AUGUSTUS gene 6895 17083 0.02 + . ID=contig52.g88 +contig52 AUGUSTUS transcript 6895 17083 0.02 + . ID=contig52.g88.t1;Parent=contig52.g88 +contig52 AUGUSTUS start_codon 6895 6897 . + 0 Parent=contig52.g88.t1 +contig52 AUGUSTUS CDS 6895 7576 0.42 + 0 ID=contig52.g88.t1.cds;Parent=contig52.g88.t1 +contig52 AUGUSTUS CDS 9872 10415 0.97 + 2 ID=contig52.g88.t1.cds;Parent=contig52.g88.t1 +contig52 AUGUSTUS CDS 12305 12438 0.82 + 1 ID=contig52.g88.t1.cds;Parent=contig52.g88.t1 +contig52 AUGUSTUS CDS 15666 15725 0.52 + 2 ID=contig52.g88.t1.cds;Parent=contig52.g88.t1 +contig52 AUGUSTUS CDS 15787 16082 0.85 + 2 ID=contig52.g88.t1.cds;Parent=contig52.g88.t1 +contig52 AUGUSTUS CDS 16757 17083 0.33 + 0 ID=contig52.g88.t1.cds;Parent=contig52.g88.t1 +# coding sequence = [atgaaactaacaagagacaaaattataattctggccatcatgctgatgctgagtccagtagccaacttaaagagtctta +# ataacgtacatactcaggacactgtgtcggtgtctttgcctggcgatataatacttggtgggttatttcccgtccatgaaaaaggtgaaggtgctcca +# tgtggaccaaaagtatataacagaggagtacaacgcctggaggcaatgctctatgctatagatcgcgtaaataacgactctaatattcttcccggaat +# aacgataggggtgcatatacttgacacctgttcgagggacacatatgcccttaaccagtcacttcagtttgtaagagcttccctcaacaacttggaca +# cttctgtgtttgagtgttcagattcgtcaagcccacaaataagaaaaaacgcttcatcgggacccgttttcggagttattggtggatcctacagttca +# gtgtctctgcaagtagccaacttgctgcgtctgtttcatattccccaaatatcaccggcatcaactgctaaaacgctatcggacaaatcacgatttga +# tctatttgctagaacagtaccgccagacacttttcaatccgtagcccttgtagatatactcaaaaattttaattggtcctatgtatccacgatacact +# cggagggatcttatggtgaatatgggattgaagcttttcacaaggaagccaccgaacggcacgtatgcatagcggtagccgagaaagtgccaagcgca +# gcagacgataaagtttttgacttaataattggcaaacttcaaaagaagcccaacgcccgcggagttgtactctttacaagagccgaggatgcgcgccg +# cattcttcaggcagctaagcgcgctaatttatcacaaccgtttcactggatagcaagtgacggttggggcaagcaacaaaaacttcttgaaggcttgg +# aggatattgccgagggcgctataactgtagaactacagtcggaaataatcgaagattttgatcactatatgatgcagctgacgccggaaacaaatcaa +# aggaacccgtggtttgctgagtactgggaggacacgttcaattgcattctcgaaccagtgtcggatcaaacaaattccccaaccagtatcgattccac +# tgagataaagatcgctaccaagtctaaaacaacatgcgaagatagctttcggttatctgagaaagttggatacgaacaggagtccaaaactcaatttg +# ttgtggatgctgtatacgcatttgcctatgcacttcataatttacataatgatcgttgtaatacacaaagcgaccaaacgtcggaacaacgaaagcac +# caccatactcagcgccttaagtatattagtccacaatcccaggtggtaataacagcctctttaatcgcaatacaggttcttatcaccatgatttggat +# ggtagttgaacctccaggaactcgtttctattatccagaccgaacagaagtgatccttaagtgcaaaatacaggacatgtccttccttttttcacagt +# tgtataatatgattctcataacaatatgcacagtttatgctattaaaacgaggaaaataccagaaaattttaatgagtcaaagtttattggattcact +# atgtacaccacttgtataatctggctagcttttgtacccatatactttggaactggaaattcttatgaggtgtacatcctcgtctttcacccggataa +# aaacgtccgtaagttaaccatgaacagcaccgtctacaggcgttcagctgcaactggagctcagggtgcgcccagcagctccgtatatagtcgcacac +# aggcaggcaacactgtaccgacaggaggggcgttgggtactacagcatcaagtgcccttcaaacacaaaacagctctaatcttgacgagccttcgggc +# caatcagctgttgttcacaaaagcagtgattatagtaatggcgaattcatgcccgaggaatgcgaatgtgctgaggcattctgcaaccgagtaaaaaa +# ttaa] +# protein sequence = [MKLTRDKIIILAIMLMLSPVANLKSLNNVHTQDTVSVSLPGDIILGGLFPVHEKGEGAPCGPKVYNRGVQRLEAMLYA +# IDRVNNDSNILPGITIGVHILDTCSRDTYALNQSLQFVRASLNNLDTSVFECSDSSSPQIRKNASSGPVFGVIGGSYSSVSLQVANLLRLFHIPQISP +# ASTAKTLSDKSRFDLFARTVPPDTFQSVALVDILKNFNWSYVSTIHSEGSYGEYGIEAFHKEATERHVCIAVAEKVPSAADDKVFDLIIGKLQKKPNA +# RGVVLFTRAEDARRILQAAKRANLSQPFHWIASDGWGKQQKLLEGLEDIAEGAITVELQSEIIEDFDHYMMQLTPETNQRNPWFAEYWEDTFNCILEP +# VSDQTNSPTSIDSTEIKIATKSKTTCEDSFRLSEKVGYEQESKTQFVVDAVYAFAYALHNLHNDRCNTQSDQTSEQRKHHHTQRLKYISPQSQVVITA +# SLIAIQVLITMIWMVVEPPGTRFYYPDRTEVILKCKIQDMSFLFSQLYNMILITICTVYAIKTRKIPENFNESKFIGFTMYTTCIIWLAFVPIYFGTG +# NSYEVYILVFHPDKNVRKLTMNSTVYRRSAATGAQGAPSSSVYSRTQAGNTVPTGGALGTTASSALQTQNSSNLDEPSGQSAVVHKSSDYSNGEFMPE +# ECECAEAFCNRVKN] +# end gene contig52.g88 +### +# start gene contig52.g89 +contig52 AUGUSTUS gene 23254 30182 0.17 - . ID=contig52.g89 +contig52 AUGUSTUS transcript 23254 30182 0.17 - . ID=contig52.g89.t1;Parent=contig52.g89 +contig52 AUGUSTUS CDS 23254 23318 0.81 - 2 ID=contig52.g89.t1.cds;Parent=contig52.g89.t1 +contig52 AUGUSTUS CDS 23377 23658 0.38 - 2 ID=contig52.g89.t1.cds;Parent=contig52.g89.t1 +contig52 AUGUSTUS CDS 24806 25012 0.59 - 2 ID=contig52.g89.t1.cds;Parent=contig52.g89.t1 +contig52 AUGUSTUS CDS 27339 27713 0.95 - 2 ID=contig52.g89.t1.cds;Parent=contig52.g89.t1 +contig52 AUGUSTUS CDS 27778 27907 0.94 - 0 ID=contig52.g89.t1.cds;Parent=contig52.g89.t1 +contig52 AUGUSTUS CDS 29022 30182 0.7 - 0 ID=contig52.g89.t1.cds;Parent=contig52.g89.t1 +contig52 AUGUSTUS start_codon 30180 30182 . - 0 Parent=contig52.g89.t1 +# coding sequence = [atgagctcgcgtcgtgccatgagaaatagggagcgggcaaataactactatcagcgttttgtacctacagaatcccttc +# aaatgtgcggagaagataaagataaggataaggatgcgacgacgcaagggcagtcttttaagtcgcccgtcatcgatcatcgcagcatatcatcatct +# caccttatgccggcatttgcgaaaagacgtattgctgcatcgagcggtaccaacaacggggaaacaaacgaaacttcagtcagcacgtgtgatgctgc +# accaagtgcacatcaaagaagggaaagcaagggaaaagtccccagttcacctaatcgaaagagcagcgaacttgatatggcagaaacacgcttgaatt +# atgttcatcaggagcacgatcaatacatgtcatcatcgccaacgttttcgacttcccggcaggaaaggcggattggtagtggtcgcttgttgcccaga +# agtgataattgggaattcaaaagccaaaagactaaggagcccaacaccgagactgagaaggatgcgtctccaaatggaagtggaggtgcaagcgttgc +# taatcaacagaatcaaaaccaacaccaccaacgcgtattcagtgggaggttggtcgatcgtgttactgaacacacagatcgccgttttcaaaatgaca +# cgaagaggtcagttgaccgacagggcgtaggtaatcgacgcatatctaataaggagccttgtagtaatcaaaatcgtggcaagcgcgcaaactcctat +# cacgttcacgaagagccagaatggttcagtgcaggaccaacatcacagcttgaaactattgacttacacggctttgacgacctggacaacaatgaaga +# ccgttccgaaatggataatgaaaaatttctacaaattgatacaaatttagctgcgcaaacgacgattgatgaagcttcgagaagaaatagcaacgtca +# gtttaaatttgagcgacgcatatcaaagtgatgatataatagacactggtgaaaatatactgaaatgcattcaaaactcatcggaactctgcaaacaa +# aatcagaacgaacaaagtcaattccaatgcagccaaagtactgaaagtgaatttaattttgatgcctttcttaacatgcatcctttggataattccct +# aatgaataatgatgaaaacgaaaaaggtgaagcaacggggacatcacgctttagccgatggtttcgacataaggaaactgcaaataataatgaacttc +# caggtttgcaagactttaatgctcaagaaaaaattggtattccgagtgttaaggatttagaagcgcaaatgactaaagtagacatgcggccggattat +# gtaaacactgtaggaggaccattctctcaagttgtgcaagcggaaaaacctattcctagggacactgagggattcaaaaaattactgcaacagttggg +# ctatcaatctaggcagcatcatcctggcaatgacgtttaccatataataaatcattcaaatataactaatcatgaccatcttgagtcaaatcaacagc +# ataagataaacaactgccattcccaacactcagcgttaagtgtccacgggccaaacataccgagtaatagtcacatatttgcgcaaaaacgtttggaa +# acccatcacctaatgcaaagccttatttgcggggacgtttctctggacttcttggaaaaagagttgggtaatcctagcactgcaccttccacaaagga +# agttattgcgtcagtcctccgtgaatactcccataacaagagaaatcctgtgtccattggggatcacaaaatgtttacacattcaacgtttcttcaag +# ctcaaccagttcatccgcattattctgaagtactgaggaaaatgacagccgataaggaaacaactcaaacaccgagttcttctcatagccaacagcca +# caatatcaaatgcatccacagcatgccaagcaacttagtgagacgcagccaacagcacctatagccgtgcagcctcgaatgatattgggaggtggaaa +# ctttgtcattggcccaaataaccaaccaatatctcccaatttgcaacagtgccgaaatcaacagggaataaaatggactcctggtaatatgcagatgg +# tgcaagggaaatcatttggagtcaattttgccatgtccgtctgtctgtcttaccgtatgaatgctgagatctcggcaacttaa] +# protein sequence = [MSSRRAMRNRERANNYYQRFVPTESLQMCGEDKDKDKDATTQGQSFKSPVIDHRSISSSHLMPAFAKRRIAASSGTNN +# GETNETSVSTCDAAPSAHQRRESKGKVPSSPNRKSSELDMAETRLNYVHQEHDQYMSSSPTFSTSRQERRIGSGRLLPRSDNWEFKSQKTKEPNTETE +# KDASPNGSGGASVANQQNQNQHHQRVFSGRLVDRVTEHTDRRFQNDTKRSVDRQGVGNRRISNKEPCSNQNRGKRANSYHVHEEPEWFSAGPTSQLET +# IDLHGFDDLDNNEDRSEMDNEKFLQIDTNLAAQTTIDEASRRNSNVSLNLSDAYQSDDIIDTGENILKCIQNSSELCKQNQNEQSQFQCSQSTESEFN +# FDAFLNMHPLDNSLMNNDENEKGEATGTSRFSRWFRHKETANNNELPGLQDFNAQEKIGIPSVKDLEAQMTKVDMRPDYVNTVGGPFSQVVQAEKPIP +# RDTEGFKKLLQQLGYQSRQHHPGNDVYHIINHSNITNHDHLESNQQHKINNCHSQHSALSVHGPNIPSNSHIFAQKRLETHHLMQSLICGDVSLDFLE +# KELGNPSTAPSTKEVIASVLREYSHNKRNPVSIGDHKMFTHSTFLQAQPVHPHYSEVLRKMTADKETTQTPSSSHSQQPQYQMHPQHAKQLSETQPTA +# PIAVQPRMILGGGNFVIGPNNQPISPNLQQCRNQQGIKWTPGNMQMVQGKSFGVNFAMSVCLSYRMNAEISAT] +# end gene contig52.g89 +### +# start gene contig52.g90 +contig52 AUGUSTUS gene 32268 33026 0.91 - . 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ID=contig53.g92 +contig53 AUGUSTUS transcript 12261 24119 0.04 - . 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ID=contig55.g94 +contig55 AUGUSTUS transcript 6802 33037 0.13 + . 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ID=contig56.g95 +contig56 AUGUSTUS transcript 1802 28037 0.09 + . 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ID=contig56.g96 +contig56 AUGUSTUS transcript 38038 53620 0.04 - . ID=contig56.g96.t1;Parent=contig56.g96 +contig56 AUGUSTUS CDS 38038 38205 0.98 - 0 ID=contig56.g96.t1.cds;Parent=contig56.g96.t1 +contig56 AUGUSTUS CDS 38270 38415 1 - 2 ID=contig56.g96.t1.cds;Parent=contig56.g96.t1 +contig56 AUGUSTUS CDS 38468 38598 1 - 1 ID=contig56.g96.t1.cds;Parent=contig56.g96.t1 +contig56 AUGUSTUS CDS 38660 39046 0.99 - 1 ID=contig56.g96.t1.cds;Parent=contig56.g96.t1 +contig56 AUGUSTUS CDS 39119 39314 0.99 - 2 ID=contig56.g96.t1.cds;Parent=contig56.g96.t1 +contig56 AUGUSTUS CDS 46743 47855 0.2 - 2 ID=contig56.g96.t1.cds;Parent=contig56.g96.t1 +contig56 AUGUSTUS CDS 49901 51146 0.62 - 0 ID=contig56.g96.t1.cds;Parent=contig56.g96.t1 +contig56 AUGUSTUS CDS 52391 53620 0.35 - 0 ID=contig56.g96.t1.cds;Parent=contig56.g96.t1 +contig56 AUGUSTUS start_codon 53618 53620 . - 0 Parent=contig56.g96.t1 +# coding sequence = [atgaattttattcttagtgtgctgctaatagcaactctaggagataaatatgaccacaggctgaacttaatagcaggtt +# 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ID=contig57.g99.t1;Parent=contig57.g99 +contig57 AUGUSTUS CDS 45155 45219 0.46 - 2 ID=contig57.g99.t1.cds;Parent=contig57.g99.t1 +contig57 AUGUSTUS CDS 47394 47486 0.71 - 2 ID=contig57.g99.t1.cds;Parent=contig57.g99.t1 +contig57 AUGUSTUS CDS 49327 49453 0.99 - 0 ID=contig57.g99.t1.cds;Parent=contig57.g99.t1 +contig57 AUGUSTUS CDS 49515 49624 0.85 - 2 ID=contig57.g99.t1.cds;Parent=contig57.g99.t1 +contig57 AUGUSTUS CDS 49898 50170 0.92 - 2 ID=contig57.g99.t1.cds;Parent=contig57.g99.t1 +contig57 AUGUSTUS CDS 51823 51917 0.97 - 1 ID=contig57.g99.t1.cds;Parent=contig57.g99.t1 +contig57 AUGUSTUS CDS 51994 52058 0.99 - 0 ID=contig57.g99.t1.cds;Parent=contig57.g99.t1 +contig57 AUGUSTUS start_codon 52056 52058 . - 0 Parent=contig57.g99.t1 +# coding sequence = [atggctgcaccagcagcctgtacgcgtttttcggacaactacgacatcaaagaagaactgggaaaaggggcattttcaa +# tagtgaaaagatgcgtccaaaagtcaactggatttgaatttgctgcaaaaattataaatacaaaaaagttaactgcaagagaggctgatgcatcacat +# tgtattcaacaaatattggaatcggtcaatcactgccaccaaaatggtgtggtgcatcgagatctgaaaccagagaatttactattagctagtaaggc +# aaagggtgcagcagtgaaactcgctgactttggtctagccattgaagttcaaggcgatcatcaggcttggtttggatttgctggcactccaggatatc +# tgtcgccagaggtattgaaaaaggagccctatggcaaatcggtagatatatgggcatgtgaatgggatacggtcaccccagaagcaaaaaatcttatt +# aatcaaatgctcacagtaaatccaaacaaacgaataaccgccgccgaggctttaaagcacccatggatttgtcaacgagaacgcgttgcttccgttgt +# gcatcgacaagaaactgtggactgtctcaagaagttcaatgcgcgccggaagctaaagggagctatacttacaaccatgttggctaccagaaattttt +# ccagcagaagtatgatcaccaagaagggtgacggatctcaagtcaaggaatctaccgattcttctagcactacccttgaagacgatgatattaaagca +# atccagtattcgtcaacgaaaacagatattaccgatattacagatatcaccaagcggtggtag] +# protein sequence = [MAAPAACTRFSDNYDIKEELGKGAFSIVKRCVQKSTGFEFAAKIINTKKLTAREADASHCIQQILESVNHCHQNGVVH +# RDLKPENLLLASKAKGAAVKLADFGLAIEVQGDHQAWFGFAGTPGYLSPEVLKKEPYGKSVDIWACEWDTVTPEAKNLINQMLTVNPNKRITAAEALK +# HPWICQRERVASVVHRQETVDCLKKFNARRKLKGAILTTMLATRNFSSRSMITKKGDGSQVKESTDSSSTTLEDDDIKAIQYSSTKTDITDITDITKR +# W] +# end gene contig57.g99 +### +# +# ----- prediction on sequence number 58 (length = 50011, name = contig58) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 58 on both strands +# start gene contig58.g100 +contig58 AUGUSTUS gene 5202 7547 0.98 + . 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ID=contig58.g100.t1;Parent=contig58.g100 +contig58 AUGUSTUS start_codon 5202 5204 . + 0 Parent=contig58.g100.t1 +contig58 AUGUSTUS CDS 5202 5265 1 + 0 ID=contig58.g100.t1.cds;Parent=contig58.g100.t1 +contig58 AUGUSTUS CDS 6041 6352 1 + 2 ID=contig58.g100.t1.cds;Parent=contig58.g100.t1 +contig58 AUGUSTUS CDS 6406 7547 0.98 + 2 ID=contig58.g100.t1.cds;Parent=contig58.g100.t1 +# coding sequence = [atgttcgcgttacgtgctgcctccaaagccgataagaatttgcttccatttttggggcaactgtctcgtggccatgctg +# ccaaggctgcaaaggctgcggctgccgccaacggaaagattgtcgctgtaattggtgctgtcgtcgacgtgcagttcgatgataatttgccgccaatt +# ctgaacgccttggaagtcgacaaccgctctcctcggctcgtgctcgaagtggcccagcacctgggagaaaacactgtgcgcaccattgccatggacgg +# cactgagggcttggttcgcggacagaaggttctcgatactggttatccaattcgtattccagttggtgctgaaaccctgggtcgcattatcaatgtga +# ttggcgagcccatcgatgagcgtggaccaatcgaaaccgacaagaccgcagctattcacgctgaggcccctgaattcgttcagatgtccgttgagcag +# gagattctggtcactggaatcaaagtagttgatctcctggctccttatgcgaagggcggaaaaattggtttgtttggcggtgccggcgtgggtaaaac +# tgtgttaatcatggagttgattaacaacgtggctaaggcccacggtggatactctgtttttgctggagtcggcgaacgcacccgcgaaggaaacgatt +# tgtacaatgagatgatcgagggtggtgtcatttcactgaaggacaagacttccaaggtggccctggtttacggccaaatgaacgagccccctggtgcc +# cgtgcccgtgttgctcttactgggctgaccgttgccgagtacttccgtgatcaagaaggacaggatgtgttgctgtttatcgacaacattttccggtt +# tactcaagctgggtcagaggtgtccgctttgttgggccgtattccctccgccgtcggttaccaaccaactttagccactgatatgggttctatgcagg +# aacgtattaccaccaccaaaaagggatctattacttccgttcaggctatctatgtgcccgctgacgatttgactgatcctgctccagccactactttc +# gctcacttggacgccactactgtcctgtcgcgagcgattgccgaactgggtatttaccctgctgtggatcctttggattccacgtcaagaattatgga +# ccctaacattattggacaggaacattacaacgttgctcgtggtgtgcagaaaatcctacaggattacaaatcccttcaggatatcattgccattctgg +# gtatggatgagttgtctgaggaagataagctcacagttgctcgcgctcggaagattcagcgtttcttgtcgcagccattccaagttgctgaagtcttt +# actgggcatgctggtaaactggtgcctctggaacaaaccataaaaggtttttcatcgattctggctggggattatgatcatctgcctgaagttgcttt +# ctacatggttggcccaatcgaagaagttgtggagaaggctgaccgtctggcaaaggaagcagcttaa] +# protein sequence = [MFALRAASKADKNLLPFLGQLSRGHAAKAAKAAAAANGKIVAVIGAVVDVQFDDNLPPILNALEVDNRSPRLVLEVAQ +# HLGENTVRTIAMDGTEGLVRGQKVLDTGYPIRIPVGAETLGRIINVIGEPIDERGPIETDKTAAIHAEAPEFVQMSVEQEILVTGIKVVDLLAPYAKG +# GKIGLFGGAGVGKTVLIMELINNVAKAHGGYSVFAGVGERTREGNDLYNEMIEGGVISLKDKTSKVALVYGQMNEPPGARARVALTGLTVAEYFRDQE +# GQDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSALLGRIPSAVGYQPTLATDMGSMQERITTTKKGSITSVQAIYVPADDLTDPAPATTFAHLDATTVLSRAIAELGIY +# PAVDPLDSTSRIMDPNIIGQEHYNVARGVQKILQDYKSLQDIIAILGMDELSEEDKLTVARARKIQRFLSQPFQVAEVFTGHAGKLVPLEQTIKGFSS +# ILAGDYDHLPEVAFYMVGPIEEVVEKADRLAKEAA] +# end gene contig58.g100 +### +# start gene contig58.g101 +contig58 AUGUSTUS gene 20148 27051 0.14 - . ID=contig58.g101 +contig58 AUGUSTUS transcript 20148 27051 0.14 - . ID=contig58.g101.t1;Parent=contig58.g101 +contig58 AUGUSTUS CDS 20148 20212 0.52 - 2 ID=contig58.g101.t1.cds;Parent=contig58.g101.t1 +contig58 AUGUSTUS CDS 22387 22479 0.76 - 2 ID=contig58.g101.t1.cds;Parent=contig58.g101.t1 +contig58 AUGUSTUS CDS 24320 24446 0.97 - 0 ID=contig58.g101.t1.cds;Parent=contig58.g101.t1 +contig58 AUGUSTUS CDS 24508 24617 0.89 - 2 ID=contig58.g101.t1.cds;Parent=contig58.g101.t1 +contig58 AUGUSTUS CDS 24891 25163 0.92 - 2 ID=contig58.g101.t1.cds;Parent=contig58.g101.t1 +contig58 AUGUSTUS CDS 26816 26910 0.97 - 1 ID=contig58.g101.t1.cds;Parent=contig58.g101.t1 +contig58 AUGUSTUS CDS 26987 27051 0.66 - 0 ID=contig58.g101.t1.cds;Parent=contig58.g101.t1 +contig58 AUGUSTUS start_codon 27049 27051 . - 0 Parent=contig58.g101.t1 +# coding sequence = [atggctgcaccagcagcctgtacgcgtttttcggacaactacgacatcaaagaagaactgggaaaaggggcattttcaa +# tagtgaaaagatgcgtccaaaagtcaactggatttgaatttgctgcaaaaattataaatacaaaaaagttaactgcaagagaggctgatgcatcacat +# tgtattcaacaaatattggaatcggtcaatcactgccaccaaaatggtgtggtgcatcgagatctgaaaccagagaatttactattagctagtaaggc +# aaagggtgcagcagtgaaactcgctgactttggtctagccattgaagttcaaggcgatcatcaggcttggtttggatttgctggcactccaggatatc +# tgtcgccagaggtattgaaaaaggagccctatggcaaatcggtagatatatgggcatgtgaatgggatacggtcaccccagaagcaaaaaatcttatt +# aatcaaatgctcacagtaaatccaaacaaacgaataaccgccgccgaggctttaaagcacccatggatttgtcaacgagaacgcgttgcttccgttgt +# gcatcgacaagaaactgtggactgtctcaagaagttcaatgcgcgccggaagctaaagggagctatacttacaaccatgttggctaccagaaattttt +# ccagcagaagtatgatcaccaagaagggtgacggatctcaagtcaaggaatctaccgattcttctagcactacccttgaagacgatgatattaaagca +# atccagtattcgtcaacgaaaacagatattaccgatattacagatatcaccaagcggtggtag] +# protein sequence = [MAAPAACTRFSDNYDIKEELGKGAFSIVKRCVQKSTGFEFAAKIINTKKLTAREADASHCIQQILESVNHCHQNGVVH +# RDLKPENLLLASKAKGAAVKLADFGLAIEVQGDHQAWFGFAGTPGYLSPEVLKKEPYGKSVDIWACEWDTVTPEAKNLINQMLTVNPNKRITAAEALK +# HPWICQRERVASVVHRQETVDCLKKFNARRKLKGAILTTMLATRNFSSRSMITKKGDGSQVKESTDSSSTTLEDDDIKAIQYSSTKTDITDITDITKR +# W] +# end gene contig58.g101 +### +# +# ----- prediction on sequence number 59 (length = 40011, name = contig59) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 59 on both strands +# start gene contig59.g102 +contig59 AUGUSTUS gene 10148 17051 0.11 - . ID=contig59.g102 +contig59 AUGUSTUS transcript 10148 17051 0.11 - . ID=contig59.g102.t1;Parent=contig59.g102 +contig59 AUGUSTUS CDS 10148 10212 0.53 - 2 ID=contig59.g102.t1.cds;Parent=contig59.g102.t1 +contig59 AUGUSTUS CDS 12387 12479 0.65 - 2 ID=contig59.g102.t1.cds;Parent=contig59.g102.t1 +contig59 AUGUSTUS CDS 14320 14446 0.98 - 0 ID=contig59.g102.t1.cds;Parent=contig59.g102.t1 +contig59 AUGUSTUS CDS 14508 14617 0.88 - 2 ID=contig59.g102.t1.cds;Parent=contig59.g102.t1 +contig59 AUGUSTUS CDS 14891 15163 0.94 - 2 ID=contig59.g102.t1.cds;Parent=contig59.g102.t1 +contig59 AUGUSTUS CDS 16816 16910 0.96 - 1 ID=contig59.g102.t1.cds;Parent=contig59.g102.t1 +contig59 AUGUSTUS CDS 16987 17051 0.55 - 0 ID=contig59.g102.t1.cds;Parent=contig59.g102.t1 +contig59 AUGUSTUS start_codon 17049 17051 . - 0 Parent=contig59.g102.t1 +# coding sequence = [atggctgcaccagcagcctgtacgcgtttttcggacaactacgacatcaaagaagaactgggaaaaggggcattttcaa +# tagtgaaaagatgcgtccaaaagtcaactggatttgaatttgctgcaaaaattataaatacaaaaaagttaactgcaagagaggctgatgcatcacat +# tgtattcaacaaatattggaatcggtcaatcactgccaccaaaatggtgtggtgcatcgagatctgaaaccagagaatttactattagctagtaaggc +# aaagggtgcagcagtgaaactcgctgactttggtctagccattgaagttcaaggcgatcatcaggcttggtttggatttgctggcactccaggatatc +# tgtcgccagaggtattgaaaaaggagccctatggcaaatcggtagatatatgggcatgtgaatgggatacggtcaccccagaagcaaaaaatcttatt +# aatcaaatgctcacagtaaatccaaacaaacgaataaccgccgccgaggctttaaagcacccatggatttgtcaacgagaacgcgttgcttccgttgt +# gcatcgacaagaaactgtggactgtctcaagaagttcaatgcgcgccggaagctaaagggagctatacttacaaccatgttggctaccagaaattttt +# ccagcagaagtatgatcaccaagaagggtgacggatctcaagtcaaggaatctaccgattcttctagcactacccttgaagacgatgatattaaagca +# atccagtattcgtcaacgaaaacagatattaccgatattacagatatcaccaagcggtggtag] +# protein sequence = [MAAPAACTRFSDNYDIKEELGKGAFSIVKRCVQKSTGFEFAAKIINTKKLTAREADASHCIQQILESVNHCHQNGVVH +# RDLKPENLLLASKAKGAAVKLADFGLAIEVQGDHQAWFGFAGTPGYLSPEVLKKEPYGKSVDIWACEWDTVTPEAKNLINQMLTVNPNKRITAAEALK +# HPWICQRERVASVVHRQETVDCLKKFNARRKLKGAILTTMLATRNFSSRSMITKKGDGSQVKESTDSSSTTLEDDDIKAIQYSSTKTDITDITDITKR +# W] +# end gene contig59.g102 +### +# +# ----- prediction on sequence number 60 (length = 50013, name = contig60) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 60 on both strands +# start gene contig60.g103 +contig60 AUGUSTUS gene 22241 32526 0.14 + . ID=contig60.g103 +contig60 AUGUSTUS transcript 22241 32526 0.14 + . ID=contig60.g103.t1;Parent=contig60.g103 +contig60 AUGUSTUS start_codon 22241 22243 . + 0 Parent=contig60.g103.t1 +contig60 AUGUSTUS CDS 22241 22251 0.2 + 0 ID=contig60.g103.t1.cds;Parent=contig60.g103.t1 +contig60 AUGUSTUS CDS 22372 29494 0.15 + 1 ID=contig60.g103.t1.cds;Parent=contig60.g103.t1 +contig60 AUGUSTUS CDS 29560 29780 1 + 0 ID=contig60.g103.t1.cds;Parent=contig60.g103.t1 +contig60 AUGUSTUS CDS 29847 31965 0.97 + 1 ID=contig60.g103.t1.cds;Parent=contig60.g103.t1 +contig60 AUGUSTUS CDS 32025 32145 1 + 0 ID=contig60.g103.t1.cds;Parent=contig60.g103.t1 +contig60 AUGUSTUS CDS 32204 32526 0.98 + 2 ID=contig60.g103.t1.cds;Parent=contig60.g103.t1 +# coding sequence = [atgtacgaaattattctaaccattggactgagtagcggggctttcagtgaatccgatgacaccagtctgaaagtatccg +# ggtcagcaaaaatttattcgaagggaaactgtgggtatacgttgcagctaagttccgtgaaggtgtccaatacaaaagagtccgtagagaaaaggatt +# ttgaacaacattcaaaaaccagttcagttcacgctggttagtggacatctggagccacaaatttgttcagactccagcgacttggattactcgctgaa +# tattaagcgggcagttatatcattactgcaatctggaacaaagaccgaaaacgaagttgacgttttcggccagtgccccactcatacttcgacgtcca +# ctgtaggcaatgcaaacataataacgaaggttcgcaacttaaacagatgtgcacatagggagcagattaacagtggtctggtgtccgggaaagtgaac +# gagaaagctggtatcacgtctagcctactattgcaggcaaattatataaaagagtcaaagattgtgaacagtcttcttgaaaatgttcagctgacaga +# aacatacaagtttgttggaactactaaaggaaattcggaaattagtgcaaaggtagtcacaacattaaaactaaaaaatcctaccggaacaaaagcta +# actcgccatctactggctccactgttagaagcgtgattttccaaagaccagaaacctacacatcgaaaaatataaacgctctgaaaacgatactatct +# gatcttgtggatttgactggcgattatgtgaaaaaagatagcgctaaaaagtttgtagaatttattaggttgcttcgccaatctgatagtgagacttt +# attagagctggctgcatacccacatccaaacaaagtcttagcccgcaaggtatacttagatggattgttccgtactagtaccgcagagtcagccagag +# ttatattgaaacagcttcctaagtttgatgataaggagaaactactagcgatactgtctttaaacttggttaaaagtgtggacaaggagacactcaat +# caagcagctgctcagctgctaccgaacgctcctaaggaattgtatctagctgtgggtaccttggttgctaaattttgtttaggaaaaaattgccaagg +# acctgaaattgatgccatatctaaaaagtttacggatggcctaaaacggtgtaagccaaatactaagaaggaagaagaacggattgtctatattttaa +# agggaataggaaatgcaaagagcttaggtggcaacactgctgctgtccttagtgagtgcgcctccacgggccgttccaatcgtatacgtgtagcggct +# ttgagagcattttcaacaattgattgcaatggagcactgcgaactaaggctttggaactacttaagaaccgcaacgaggactcagagttacgtattga +# agcctatttgtcttcaatttcatgtcccaacgcagaggtggccaaccagatttcagatatagtcaattccgaaacagttaaccaggtaggaggattta +# tttcatctaatttaaaagccattcgggactcgacagacgccagccgtgagcagcaaaggtaccatttagggaacattcgagtgactaagaaatttcct +# gcggattacagacgatacagtttcaacaatgaagtttcctacaaactggaatcccttggccttggagctagttctgactatcaattaatttattcgca +# acatgggttcttaccccgatcatctcgtatcaatgttacaactgaaatttttggaactaacttcaacgtatttgaagcaagcgtacgtcaggaaaatt +# ttgaggatgtgctggaatattatctgggaccgaaggggttgttaaacaaagatttcaatgaaatagttaagatcattgaagttggaaacaacgcggct +# gctagtgctggtggtcgagcccgacgctcaattgccgacgatgttgctaagatatcgaaaaagtataaaacttacggtgctaaaagtgtgcaagatct +# 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ID=contig61.g105.t1;Parent=contig61.g105 +contig61 AUGUSTUS start_codon 7236 7238 . + 0 Parent=contig61.g105.t1 +contig61 AUGUSTUS CDS 7236 7246 0.37 + 0 ID=contig61.g105.t1.cds;Parent=contig61.g105.t1 +contig61 AUGUSTUS CDS 7367 14489 0.32 + 1 ID=contig61.g105.t1.cds;Parent=contig61.g105.t1 +contig61 AUGUSTUS CDS 14555 14775 1 + 0 ID=contig61.g105.t1.cds;Parent=contig61.g105.t1 +contig61 AUGUSTUS CDS 14842 16960 0.95 + 1 ID=contig61.g105.t1.cds;Parent=contig61.g105.t1 +contig61 AUGUSTUS CDS 17020 17140 1 + 0 ID=contig61.g105.t1.cds;Parent=contig61.g105.t1 +contig61 AUGUSTUS CDS 17199 17521 0.97 + 2 ID=contig61.g105.t1.cds;Parent=contig61.g105.t1 +# coding sequence = [atgtacgaaattattctaaccattggactgagtagcggggctttcagtgaatccgatgacaccagtctgaaagtatccg +# ggtcagcaaaaatttattcgaagggaaactgtgggtatacgttgcagctaagttccgtgaaggtgtccaatacaaaagagtccgtagagaaaaggatt +# ttgaacaacattcaaaaaccagttcagttcacgctggttagtggacatctggagccacaaatttgttcagactccagcgacttggattactcgctgaa +# 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ID=contig62.g107 +contig62 AUGUSTUS transcript 22556 47173 0.03 + . 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ID=contig63.g108 +contig63 AUGUSTUS transcript 4369 17721 0.09 + . ID=contig63.g108.t1;Parent=contig63.g108 +contig63 AUGUSTUS start_codon 4369 4371 . + 0 Parent=contig63.g108.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 4369 4421 0.53 + 0 ID=contig63.g108.t1.cds;Parent=contig63.g108.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 4822 5122 0.55 + 1 ID=contig63.g108.t1.cds;Parent=contig63.g108.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 5190 5442 0.77 + 0 ID=contig63.g108.t1.cds;Parent=contig63.g108.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 11546 11653 0.84 + 2 ID=contig63.g108.t1.cds;Parent=contig63.g108.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 11995 12117 0.56 + 2 ID=contig63.g108.t1.cds;Parent=contig63.g108.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 17609 17721 0.4 + 2 ID=contig63.g108.t1.cds;Parent=contig63.g108.t1 +# coding sequence = [atgatggcaaacggcagcgtatgggatacagtggcgatcctctttatccaaatcgctctgggcagtatgattttttgtg +# gccgagttttatcggacgccgccggcttcctattttggtatgccggggcctgcgatggtttcagcatcctggacagtgatggatccacctccatgggt +# tctggagtgcctccacagtgcccatcgctgtgtggatcaaggtgcacctgtgccttgttctgtttagtaaagtgtggactttttccagcacttacttg +# cgtgtatgcctggcgggacgtttgttggcgttcatgcgcccttggatttgttttcgtatccttctgttacaagctgaatatttggcctgggaagtggt +# gtatcaaggatgagcacaagctacttgccgagctaggcaacttgacagcaggcaccggaaactgtgcatcatcatattatgaggcttcaaacggattt +# tccacaaactcgatatctggatctggttcgggtccgacgccgtctagcagtgatacgtctatgttgtacgacagtatttcaacaatttcgcaatctca +# aagctcactttatacaccaacaattggaccatcaattggctgtagttcagttgtgcccagcacagattacgcctacaaccccgcctatacacaatatg +# gtggcgcatacggatcatatggctatggggctggtgggggcttgataaattcatcctactactacgagagcggacaacctcagtcgacattgacgcca +# gacctggtcaggtctcctttagctgcaactcgggccaactccctggcttccgctgcgtcgccaggaagtggaaagtccgagttttctgactcggaact +# atcctctgacaaagcatctgtttgcattggatttatagttatagtcaaagctgaatcatcccaaactaagccatcatcaacaatctaa] +# protein sequence = [MMANGSVWDTVAILFIQIALGSMIFCGRVLSDAAGFLFWYAGACDGFSILDSDGSTSMGSGVPPQCPSLCGSRCTCAL +# FCLVKCGLFPALTCVYAWRDVCWRSCALGFVFVSFCYKLNIWPGKWCIKDEHKLLAELGNLTAGTGNCASSYYEASNGFSTNSISGSGSGPTPSSSDT +# SMLYDSISTISQSQSSLYTPTIGPSIGCSSVVPSTDYAYNPAYTQYGGAYGSYGYGAGGGLINSSYYYESGQPQSTLTPDLVRSPLAATRANSLASAA +# SPGSGKSEFSDSELSSDKASVCIGFIVIVKAESSQTKPSSTI] +# end gene contig63.g108 +### +# start gene contig63.g109 +contig63 AUGUSTUS gene 20635 28361 0.05 - . ID=contig63.g109 +contig63 AUGUSTUS transcript 20635 28361 0.05 - . ID=contig63.g109.t1;Parent=contig63.g109 +contig63 AUGUSTUS CDS 20635 20703 0.21 - 0 ID=contig63.g109.t1.cds;Parent=contig63.g109.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 22334 22879 0.68 - 0 ID=contig63.g109.t1.cds;Parent=contig63.g109.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 26229 26336 0.84 - 0 ID=contig63.g109.t1.cds;Parent=contig63.g109.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 26403 26903 0.91 - 0 ID=contig63.g109.t1.cds;Parent=contig63.g109.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 26957 27099 0.99 - 2 ID=contig63.g109.t1.cds;Parent=contig63.g109.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 28214 28361 0.36 - 0 ID=contig63.g109.t1.cds;Parent=contig63.g109.t1 +contig63 AUGUSTUS start_codon 28359 28361 . - 0 Parent=contig63.g109.t1 +# coding sequence = [atgggcgagggccattgtttatcacctataatcatgactgtacacaaatacatgggctgcatttacattgcagtgatat +# tgtctgcacatctgtttgctggagttgtaacttcaagtgaaaatgatgatgaatacttaacacaaaaagaggtcatattagaaaagtcgtatcatggg +# ttgattcgagaaaacgaaacactagtggaaataactccattaataaaagtggatgaagaaaaaatttgcaactttcatattcttaaaaagccatatca +# tgagattccatttgaaattgaactggttaataacctggggattttaaaagctcgccggacgttaaattgcgagaaacgaaagagctatcatttcgaaa +# tcgttgcggtatattgcgatggaacaccttcaaatacagctaatgttcatattactgttatcgacataaatgaatatgcaccaacatttatagaaccg +# tcttacgtaacagaagtagacgaaggtcgtctttacaatgagatcttaagagtggaagctactgataaggactgtactccactttttggcgatgtttg +# caaatatgagatactaaacaatgacgaaccattctcaatagataacgagggcttaatcaaaaatactgaaccactttctcataaggcatcacataacc +# acatactatctgttgttgcgtacgactgtgcgatgaaagaatctgccgcaataatggttagcatcaaagttcgacgagtgtgtgagacgaagttctta +# ggcatgccagaacgtattgattatacgtccggtagcactgaaagccttcaactttttcccaacgcccgattggatttgtgtgatatttcttgtaagaa +# tgaataccttagtattcatgcatcgatagctcttaagacaaaacacatctcatttggatgcgatcgggacctatcaaattgtacttcgagccaaaaag +# tgaaagaccttttgccgcatggtgcagaatggaccaaagaattgagctacgacgaaggcgtagaacctatatttcactttgacgggtctactggagta +# gtggttcctgacactgttatcaatcattacgatttctcatcgcgtccttttagcattctcaccatgtttagacataatagtcaaggtgtggctaataa +# acatgttaaggaacatattgtctgcagtgctgatgaccacaaaatgaatcgccatcatatggcattgtttgttcgcaactgtcgtcttatacttttat +# taagaaaaaactttaacgagggtgatcttaatatctttagccctgctgaatggcgttggaaaatacctgaggtttgcgataatgaatggcatcactat +# gttcttaatgttgaagatccgtccaaagttgatttatttatcgatggcgtacgttttgaaaattctattgaggatcgacatagcaatccggagttcct +# atgggagctatatgatatagttgtcctatccggctggttccgacttatatacaacctgcaatag] +# protein sequence = [MGEGHCLSPIIMTVHKYMGCIYIAVILSAHLFAGVVTSSENDDEYLTQKEVILEKSYHGLIRENETLVEITPLIKVDE +# EKICNFHILKKPYHEIPFEIELVNNLGILKARRTLNCEKRKSYHFEIVAVYCDGTPSNTANVHITVIDINEYAPTFIEPSYVTEVDEGRLYNEILRVE +# ATDKDCTPLFGDVCKYEILNNDEPFSIDNEGLIKNTEPLSHKASHNHILSVVAYDCAMKESAAIMVSIKVRRVCETKFLGMPERIDYTSGSTESLQLF +# PNARLDLCDISCKNEYLSIHASIALKTKHISFGCDRDLSNCTSSQKVKDLLPHGAEWTKELSYDEGVEPIFHFDGSTGVVVPDTVINHYDFSSRPFSI +# LTMFRHNSQGVANKHVKEHIVCSADDHKMNRHHMALFVRNCRLILLLRKNFNEGDLNIFSPAEWRWKIPEVCDNEWHHYVLNVEDPSKVDLFIDGVRF +# ENSIEDRHSNPEFLWELYDIVVLSGWFRLIYNLQ] +# end gene contig63.g109 +### +# start gene contig63.g110 +contig63 AUGUSTUS gene 36899 51455 0.1 + . ID=contig63.g110 +contig63 AUGUSTUS transcript 36899 51455 0.1 + . ID=contig63.g110.t1;Parent=contig63.g110 +contig63 AUGUSTUS start_codon 36899 36901 . + 0 Parent=contig63.g110.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 36899 36901 0.99 + 0 ID=contig63.g110.t1.cds;Parent=contig63.g110.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 36954 37086 1 + 0 ID=contig63.g110.t1.cds;Parent=contig63.g110.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 37151 37311 0.95 + 2 ID=contig63.g110.t1.cds;Parent=contig63.g110.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 40574 40738 0.92 + 0 ID=contig63.g110.t1.cds;Parent=contig63.g110.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 40795 40953 0.7 + 0 ID=contig63.g110.t1.cds;Parent=contig63.g110.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 42037 42240 0.97 + 0 ID=contig63.g110.t1.cds;Parent=contig63.g110.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 45152 45256 0.84 + 0 ID=contig63.g110.t1.cds;Parent=contig63.g110.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 50734 51124 0.8 + 0 ID=contig63.g110.t1.cds;Parent=contig63.g110.t1 +contig63 AUGUSTUS CDS 51178 51455 0.33 + 2 ID=contig63.g110.t1.cds;Parent=contig63.g110.t1 +# coding sequence = [atggtacggaaaaaacgcgacactttagaaaagaaaaacataatagaccgaagcacccttaacaggatatgtttctcat +# acatgatattttcaatgcttataattgcaaccgcccttcctccagtgatacgcgtaggtgccatatttaccgaagatgagcgtgaaagcagtatcgaa +# tcggcctttaaatacgcgatttaccggatcaacaaggaaaaaaaccttcttcccaatacacaacttgtatacgatattgagtatgtgccccgagatga +# ttcgtttcgcaccactaaaaaggacttggaaacgtatgatcttgaggattttaggtataacagcgtaaatataactgcatttcgtttggtcgatgtca +# atagcaaaagatatctagaggttattgatcaaatgcagagattgcagcataatggattacaaagaatcaatggaattccttatatacagacagaatcc +# gctttaatgtttgattcggtatacgcctttgcttctgggttacactttttaaatttagatagccgtcccaatttttctgtcaaaaacctctcatgcac +# ctccgaccaaacttgggatgacggaatttctttgtataaccaaataaacgctgctattacagatggtttaacaggaaatattaattttgtggaaggtc +# gccgagacaagtttaaacttgatattctaaaattgaagcaagaaaaaattcaaaaggtgggatactggcagcccgaggtcggtattaacatttcggat +# ccaacggctttctacgattctaatattgcaaatataacattggtcgttatgacaagagagcgtgctgatctggctgtagcctcaatgacaattaacta +# tgctcgggaaagtgttatagactttacaaaaccatttatgaatttgggcattggtatcctttttaaggattctaaaattggtatatatcaaaaaatgt +# ggcgttatatggagaatcggaaagcagctgtatttgttaaaacgtacgaagatggaattaagcgtgtaatggaaggcagctatgcatttttaatggaa +# tccaccatgcttgactatgcagttcaacgcgattgtaatttaactcaaataggtggcttactggattctaaaggttacggcatcgccacaccaaaagg +# atctccttggagagataaaatttcactcgccattttagagctacaagaaaaaggtattattcaaatattatatgataaatggtggaaaaatacgggtg +# atgtttgcaacagagacgataagagcaaggagtccaaggccaatgcactaggagtagaaaatattggtggagtatttgttgtccttctctgtggactt +# gcacttgccgttgtcgtggctatatttgagttttgctggaactccagaaaaaatttaaataccgaaaatcaatctctgtgctcagaaatggcccaaga +# acttcgttttgcaatgcactgccacggatcaaaatcaaagcatagaccacgtaaacggaattgcttaaagtgctcatcaggaccaacatacgttccga +# gtaatatgagtattccaaatgtcggcgttcactataattattttaattaa] +# protein sequence = [MVRKKRDTLEKKNIIDRSTLNRICFSYMIFSMLIIATALPPVIRVGAIFTEDERESSIESAFKYAIYRINKEKNLLPN +# TQLVYDIEYVPRDDSFRTTKKDLETYDLEDFRYNSVNITAFRLVDVNSKRYLEVIDQMQRLQHNGLQRINGIPYIQTESALMFDSVYAFASGLHFLNL +# DSRPNFSVKNLSCTSDQTWDDGISLYNQINAAITDGLTGNINFVEGRRDKFKLDILKLKQEKIQKVGYWQPEVGINISDPTAFYDSNIANITLVVMTR +# ERADLAVASMTINYARESVIDFTKPFMNLGIGILFKDSKIGIYQKMWRYMENRKAAVFVKTYEDGIKRVMEGSYAFLMESTMLDYAVQRDCNLTQIGG +# LLDSKGYGIATPKGSPWRDKISLAILELQEKGIIQILYDKWWKNTGDVCNRDDKSKESKANALGVENIGGVFVVLLCGLALAVVVAIFEFCWNSRKNL +# NTENQSLCSEMAQELRFAMHCHGSKSKHRPRKRNCLKCSSGPTYVPSNMSIPNVGVHYNYFN] +# end gene contig63.g110 +### +# +# ----- prediction on sequence number 64 (length = 40016, name = contig64) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 64 on both strands +# start gene contig64.g111 +contig64 AUGUSTUS gene 5630 13356 0.04 - . ID=contig64.g111 +contig64 AUGUSTUS transcript 5630 13356 0.04 - . ID=contig64.g111.t1;Parent=contig64.g111 +contig64 AUGUSTUS CDS 5630 5698 0.11 - 0 ID=contig64.g111.t1.cds;Parent=contig64.g111.t1 +contig64 AUGUSTUS CDS 7329 7874 0.63 - 0 ID=contig64.g111.t1.cds;Parent=contig64.g111.t1 +contig64 AUGUSTUS CDS 11224 11331 0.83 - 0 ID=contig64.g111.t1.cds;Parent=contig64.g111.t1 +contig64 AUGUSTUS CDS 11398 11898 0.92 - 0 ID=contig64.g111.t1.cds;Parent=contig64.g111.t1 +contig64 AUGUSTUS CDS 11952 12094 0.98 - 2 ID=contig64.g111.t1.cds;Parent=contig64.g111.t1 +contig64 AUGUSTUS CDS 13209 13356 0.44 - 0 ID=contig64.g111.t1.cds;Parent=contig64.g111.t1 +contig64 AUGUSTUS start_codon 13354 13356 . - 0 Parent=contig64.g111.t1 +# coding sequence = [atgggcgagggccattgtttatcacctataatcatgactgtacacaaatacatgggctgcatttacattgcagtgatat +# tgtctgcacatctgtttgctggagttgtaacttcaagtgaaaatgatgatgaatacttaacacaaaaagaggtcatattagaaaagtcgtatcatggg +# ttgattcgagaaaacgaaacactagtggaaataactccattaataaaagtggatgaagaaaaaatttgcaactttcatattcttaaaaagccatatca +# tgagattccatttgaaattgaactggttaataacctggggattttaaaagctcgccggacgttaaattgcgagaaacgaaagagctatcatttcgaaa +# tcgttgcggtatattgcgatggaacaccttcaaatacagctaatgttcatattactgttatcgacataaatgaatatgcaccaacatttatagaaccg +# tcttacgtaacagaagtagacgaaggtcgtctttacaatgagatcttaagagtggaagctactgataaggactgtactccactttttggcgatgtttg +# caaatatgagatactaaacaatgacgaaccattctcaatagataacgagggcttaatcaaaaatactgaaccactttctcataaggcatcacataacc +# acatactatctgttgttgcgtacgactgtgcgatgaaagaatctgccgcaataatggttagcatcaaagttcgacgagtgtgtgagacgaagttctta +# ggcatgccagaacgtattgattatacgtccggtagcactgaaagccttcaactttttcccaacgcccgattggatttgtgtgatatttcttgtaagaa +# tgaataccttagtattcatgcatcgatagctcttaagacaaaacacatctcatttggatgcgatcgggacctatcaaattgtacttcgagccaaaaag +# tgaaagaccttttgccgcatggtgcagaatggaccaaagaattgagctacgacgaaggcgtagaacctatatttcactttgacgggtctactggagta +# gtggttcctgacactgttatcaatcattacgatttctcatcgcgtccttttagcattctcaccatgtttagacataatagtcaaggtgtggctaataa +# acatgttaaggaacatattgtctgcagtgctgatgaccacaaaatgaatcgccatcatatggcattgtttgttcgcaactgtcgtcttatacttttat +# taagaaaaaactttaacgagggtgatcttaatatctttagccctgctgaatggcgttggaaaatacctgaggtttgcgataatgaatggcatcactat +# gttcttaatgttgaagatccgtccaaagttgatttatttatcgatggcgtacgttttgaaaattctattgaggatcgacatagcaatccggagttcct +# atgggagctatatgatatagttgtcctatccggctggttccgacttatatacaacctgcaatag] +# protein sequence = [MGEGHCLSPIIMTVHKYMGCIYIAVILSAHLFAGVVTSSENDDEYLTQKEVILEKSYHGLIRENETLVEITPLIKVDE +# EKICNFHILKKPYHEIPFEIELVNNLGILKARRTLNCEKRKSYHFEIVAVYCDGTPSNTANVHITVIDINEYAPTFIEPSYVTEVDEGRLYNEILRVE +# ATDKDCTPLFGDVCKYEILNNDEPFSIDNEGLIKNTEPLSHKASHNHILSVVAYDCAMKESAAIMVSIKVRRVCETKFLGMPERIDYTSGSTESLQLF +# PNARLDLCDISCKNEYLSIHASIALKTKHISFGCDRDLSNCTSSQKVKDLLPHGAEWTKELSYDEGVEPIFHFDGSTGVVVPDTVINHYDFSSRPFSI +# LTMFRHNSQGVANKHVKEHIVCSADDHKMNRHHMALFVRNCRLILLLRKNFNEGDLNIFSPAEWRWKIPEVCDNEWHHYVLNVEDPSKVDLFIDGVRF +# ENSIEDRHSNPEFLWELYDIVVLSGWFRLIYNLQ] +# end gene contig64.g111 +### +# start gene contig64.g112 +contig64 AUGUSTUS gene 21894 36450 0.08 + . 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ID=contig65.g113 +contig65 AUGUSTUS transcript 1885 42915 0.02 + . ID=contig65.g113.t1;Parent=contig65.g113 +contig65 AUGUSTUS start_codon 1885 1887 . + 0 Parent=contig65.g113.t1 +contig65 AUGUSTUS CDS 1885 1887 0.99 + 0 ID=contig65.g113.t1.cds;Parent=contig65.g113.t1 +contig65 AUGUSTUS CDS 1940 2072 0.99 + 0 ID=contig65.g113.t1.cds;Parent=contig65.g113.t1 +contig65 AUGUSTUS CDS 2137 2297 0.9 + 2 ID=contig65.g113.t1.cds;Parent=contig65.g113.t1 +contig65 AUGUSTUS CDS 5560 5724 0.89 + 0 ID=contig65.g113.t1.cds;Parent=contig65.g113.t1 +contig65 AUGUSTUS CDS 5781 5939 0.71 + 0 ID=contig65.g113.t1.cds;Parent=contig65.g113.t1 +contig65 AUGUSTUS CDS 7023 7226 0.91 + 0 ID=contig65.g113.t1.cds;Parent=contig65.g113.t1 +contig65 AUGUSTUS CDS 10138 10242 0.84 + 0 ID=contig65.g113.t1.cds;Parent=contig65.g113.t1 +contig65 AUGUSTUS CDS 15720 16110 0.97 + 0 ID=contig65.g113.t1.cds;Parent=contig65.g113.t1 +contig65 AUGUSTUS CDS 42380 42915 0.14 + 2 ID=contig65.g113.t1.cds;Parent=contig65.g113.t1 +# coding sequence = [atggtacggaaaaaacgcgacactttagaaaagaaaaacataatagaccgaagcacccttaacaggatatgtttctcat +# acatgatattttcaatgcttataattgcaaccgcccttcctccagtgatacgcgtaggtgccatatttaccgaagatgagcgtgaaagcagtatcgaa +# tcggcctttaaatacgcgatttaccggatcaacaaggaaaaaaaccttcttcccaatacacaacttgtatacgatattgagtatgtgccccgagatga +# ttcgtttcgcaccactaaaaaggacttggaaacgtatgatcttgaggattttaggtataacagcgtaaatataactgcatttcgtttggtcgatgtca +# atagcaaaagatatctagaggttattgatcaaatgcagagattgcagcataatggattacaaagaatcaatggaattccttatatacagacagaatcc +# gctttaatgtttgattcggtatacgcctttgcttctgggttacactttttaaatttagatagccgtcccaatttttctgtcaaaaacctctcatgcac +# ctccgaccaaacttgggatgacggaatttctttgtataaccaaataaacgctgctattacagatggtttaacaggaaatattaattttgtggaaggtc +# gccgagacaagtttaaacttgatattctaaaattgaagcaagaaaaaattcaaaaggtgggatactggcagcccgaggtcggtattaacatttcggat +# ccaacggctttctacgattctaatattgcaaatataacattggtcgttatgacaagagagcgtgctgatctggctgtagcctcaatgacaattaacta +# tgctcgggaaagtgttatagactttacaaaaccatttatgaatttgggcattggtatcctttttaaggattctaaaattggtatatatcaaaaaatgt +# ggcgttatatggagaatcggaaagcagctgtatttgttaaaacgtacgaagatggaattaagcgtgtaatggaaggcagctatgcatttttaatggaa +# tccaccatgcttgactatgcagttcaacgcgattgtaatttaactcaaataggtggcttactggattctaaaggttacggcatcgccacaccaaaagg +# atctccttggagagataaaatttcactcgccattttagagctacaagaaaaaggtattattcaaatattatatgataaatggtggaaaaatacgggtg +# atgtttgcaacagagacgataagagcaaggagtccaaggccaatgcactaggagtagaaaatattgatgttaaaagtctaaattcaaagaaagaggtt +# caaataattgaatcaggtaaaaattctgatgttccgcgcaaaaccacaaattcattatcaatagagacaatacaattcaaggaagaaatgcaattgca +# agcccgaaatcgcatagactctattaaacgcactctagttggaggtgaacgtgttgatgacctaaaactaaaagaacagcaccaagctaaaaaaatgg +# cagcacaacgtcacttaagtgctatcgcctatgcattaaacagagttcaatgtgaggatcgtgatctcttgcagggacattatgctactataacccaa +# gaaataaatataaaaaataatcacattaagaagtgtaaagaaaaaattaaaatgcttgaaatggaagtttccgatttaaactctgagtttcaattgga +# tagagaggattatttggacgaaatacgaaatcttggtcgtcaaataaagttttatcaacaattggtttataaatttaatccaagttttcaaaaaaatg +# gaagaaactggtaa] +# protein sequence = [MVRKKRDTLEKKNIIDRSTLNRICFSYMIFSMLIIATALPPVIRVGAIFTEDERESSIESAFKYAIYRINKEKNLLPN +# TQLVYDIEYVPRDDSFRTTKKDLETYDLEDFRYNSVNITAFRLVDVNSKRYLEVIDQMQRLQHNGLQRINGIPYIQTESALMFDSVYAFASGLHFLNL +# DSRPNFSVKNLSCTSDQTWDDGISLYNQINAAITDGLTGNINFVEGRRDKFKLDILKLKQEKIQKVGYWQPEVGINISDPTAFYDSNIANITLVVMTR +# ERADLAVASMTINYARESVIDFTKPFMNLGIGILFKDSKIGIYQKMWRYMENRKAAVFVKTYEDGIKRVMEGSYAFLMESTMLDYAVQRDCNLTQIGG +# LLDSKGYGIATPKGSPWRDKISLAILELQEKGIIQILYDKWWKNTGDVCNRDDKSKESKANALGVENIDVKSLNSKKEVQIIESGKNSDVPRKTTNSL +# SIETIQFKEEMQLQARNRIDSIKRTLVGGERVDDLKLKEQHQAKKMAAQRHLSAIAYALNRVQCEDRDLLQGHYATITQEINIKNNHIKKCKEKIKML +# EMEVSDLNSEFQLDREDYLDEIRNLGRQIKFYQQLVYKFNPSFQKNGRNW] +# end gene contig65.g113 +### +# +# ----- prediction on sequence number 66 (length = 45011, name = contig66) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 66 on both strands +# (none) +# +# ----- prediction on sequence number 67 (length = 44531, name = contig67) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 67 on both strands +# start gene contig67.g114 +contig67 AUGUSTUS gene 7489 44111 0.03 + . 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ID=contig68.g115 +contig68 AUGUSTUS transcript 4505 24961 0.03 - . 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ID=contig69.g116.t1;Parent=contig69.g116 +contig69 AUGUSTUS start_codon 30000 30002 . + 0 Parent=contig69.g116.t1 +contig69 AUGUSTUS CDS 30000 30334 0.73 + 0 ID=contig69.g116.t1.cds;Parent=contig69.g116.t1 +contig69 AUGUSTUS CDS 31328 31448 1 + 1 ID=contig69.g116.t1.cds;Parent=contig69.g116.t1 +contig69 AUGUSTUS CDS 40335 40510 0.93 + 0 ID=contig69.g116.t1.cds;Parent=contig69.g116.t1 +contig69 AUGUSTUS CDS 40569 40800 0.98 + 1 ID=contig69.g116.t1.cds;Parent=contig69.g116.t1 +contig69 AUGUSTUS CDS 40859 41109 0.67 + 0 ID=contig69.g116.t1.cds;Parent=contig69.g116.t1 +contig69 AUGUSTUS CDS 41958 42188 0.57 + 1 ID=contig69.g116.t1.cds;Parent=contig69.g116.t1 +contig69 AUGUSTUS CDS 42238 42382 0.98 + 1 ID=contig69.g116.t1.cds;Parent=contig69.g116.t1 +contig69 AUGUSTUS CDS 42438 42544 0.99 + 0 ID=contig69.g116.t1.cds;Parent=contig69.g116.t1 +contig69 AUGUSTUS CDS 42702 42781 0.98 + 1 ID=contig69.g116.t1.cds;Parent=contig69.g116.t1 +contig69 AUGUSTUS CDS 42839 43045 0.24 + 2 ID=contig69.g116.t1.cds;Parent=contig69.g116.t1 +contig69 AUGUSTUS CDS 43387 43409 0.22 + 2 ID=contig69.g116.t1.cds;Parent=contig69.g116.t1 +# coding sequence = [atgattgatccaagttcgagtgaagaagaaggcgaagatgaccccattgctaatgtgtcatcgaaaggacgtcttacac +# atgcacccaagggcacaaacaccgtttccatattaggtggggtttcaggtcccggtgtaggatcaaatatggctatttctggttctaatggtgatttg +# gccgggaatcaaagacaatctaatataagttctattagtaaccgaaatgatgctggaaacgtggcaggagttggaggctcctctaacaaaaatgagca +# aatacatggtagccgagttgacggcggcaatcttgaggtgcccaacagctgtattcccagcggtgtttcgcaagaaactttaaatcaaagtattggat +# cgtcgagggccaactctttgccacggccattgtcaccatcaccatctttaaccagcgaaaagcctgacactggagatccacatgcttttcttaaaggt +# gaaactcaaataatggcggatgaagcctttcaaaatgctgtacagagttatcacgacgtgtttcttaaatcggagcgagttttaaagatggtccaatc +# tggagcatcatcgcaacatgattttcgcgaagtttttcgtaacaacatagaaaaacgagtcagatctttacctgagattgatggtcttagtaaggaaa +# ctgtactaacttcttggatggcaaaattcgacataatattaaaaggaactggagaagaggactcgaagcgaccatctcggatgcagcaatcacttaat +# agcgagttaattctttcaaaagagcaattgtatgatatgtttcaacaaatattgttagtaaagaaatttgagcatcaaattttgtataacgccttgat +# gctagactctgccgatgaacaagcagcggctataagacgggaattagatggaagaatgcaacgtgtaggagaaatggagaaaaatcgcaaacttatgc +# caaaatttgttcttaaagaaatggagtcactttacgtcgaggaacttaagtcgtcaatcaatcttttaatggctaatcttgaatctcttccagtatcg +# aaaggaaatatggatagtaaatatggacttcaaaaacttaaacgatataatcacaggaaattgatactgcggtctcacggatccttgtccaagttgga +# gggtgactctgaagatggttctacacaattaacaaagttggatgttgtacttacctttcaattggaagtgatcgttatggaggttaaaggtcttaaat +# cattagctcctaatcgcattgtgtactgcacaatggaagttgaaaatggagaaaagcttcaaacggatcaagcggaagcatcaaaaccaatgtgggat +# acgcaaggtgattttacaaccacacatccactgccagttgtcaaggtcaaattgtacacagagaaccccggaatgctggcattggaagataaggaact +# gggaaaagtaatccttaaacctacccctctttcatccaaatcacctgagtggcatcgaatggtcattccaaaaaaccttcctgaccaagatatacgga +# ttaagatagcttgccgacttgataaacctttaaatatgaaacactgtggttataaggaaaaaaaatccgagccgtctgagatgatgcagcttgatgga +# tatacagtagattacatagaagccgccagtgcaaatttgatgtttggcatcgatttaaacggtggacgatttttcttcaacgctgtacgtgagggtga +# tagtatttcctttgcttgcgatgatgagaatgaatgcagtttatgggtaatggccatgtacagggcaactggtcaatcccataagccaactccaccaa +# taacacaagataagaattcagcaatgtcaaaaattcaaggtgagtcacaagacaagtcgatctag] +# protein sequence = [MIDPSSSEEEGEDDPIANVSSKGRLTHAPKGTNTVSILGGVSGPGVGSNMAISGSNGDLAGNQRQSNISSISNRNDAG +# NVAGVGGSSNKNEQIHGSRVDGGNLEVPNSCIPSGVSQETLNQSIGSSRANSLPRPLSPSPSLTSEKPDTGDPHAFLKGETQIMADEAFQNAVQSYHD +# VFLKSERVLKMVQSGASSQHDFREVFRNNIEKRVRSLPEIDGLSKETVLTSWMAKFDIILKGTGEEDSKRPSRMQQSLNSELILSKEQLYDMFQQILL +# VKKFEHQILYNALMLDSADEQAAAIRRELDGRMQRVGEMEKNRKLMPKFVLKEMESLYVEELKSSINLLMANLESLPVSKGNMDSKYGLQKLKRYNHR +# KLILRSHGSLSKLEGDSEDGSTQLTKLDVVLTFQLEVIVMEVKGLKSLAPNRIVYCTMEVENGEKLQTDQAEASKPMWDTQGDFTTTHPLPVVKVKLY +# TENPGMLALEDKELGKVILKPTPLSSKSPEWHRMVIPKNLPDQDIRIKIACRLDKPLNMKHCGYKEKKSEPSEMMQLDGYTVDYIEAASANLMFGIDL +# NGGRFFFNAVREGDSISFACDDENECSLWVMAMYRATGQSHKPTPPITQDKNSAMSKIQGESQDKSI] +# end gene contig69.g116 +### +# +# ----- prediction on sequence number 70 (length = 55020, name = contig70) ----- +# +# Predicted genes for sequence number 70 on both strands +# start gene contig70.g117 +contig70 AUGUSTUS gene 47 47328 0.01 + . ID=contig70.g117 +contig70 AUGUSTUS transcript 47 47328 0.01 + . ID=contig70.g117.t1;Parent=contig70.g117 +contig70 AUGUSTUS start_codon 47 49 . + 0 Parent=contig70.g117.t1 +contig70 AUGUSTUS CDS 47 381 0.82 + 0 ID=contig70.g117.t1.cds;Parent=contig70.g117.t1 +contig70 AUGUSTUS CDS 1375 1495 0.97 + 1 ID=contig70.g117.t1.cds;Parent=contig70.g117.t1 +contig70 AUGUSTUS CDS 10382 10557 0.95 + 0 ID=contig70.g117.t1.cds;Parent=contig70.g117.t1 +contig70 AUGUSTUS CDS 10616 10847 0.99 + 1 ID=contig70.g117.t1.cds;Parent=contig70.g117.t1 +contig70 AUGUSTUS CDS 10906 11156 0.58 + 0 ID=contig70.g117.t1.cds;Parent=contig70.g117.t1 +contig70 AUGUSTUS CDS 12005 12235 0.46 + 1 ID=contig70.g117.t1.cds;Parent=contig70.g117.t1 +contig70 AUGUSTUS CDS 12285 12429 0.99 + 1 ID=contig70.g117.t1.cds;Parent=contig70.g117.t1 +contig70 AUGUSTUS CDS 12485 12591 1 + 0 ID=contig70.g117.t1.cds;Parent=contig70.g117.t1 +contig70 AUGUSTUS CDS 12749 12828 0.93 + 1 ID=contig70.g117.t1.cds;Parent=contig70.g117.t1 +contig70 AUGUSTUS CDS 12886 13092 0.66 + 2 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tatacagtagattacatagaagccgccagtgcaaatttgatgtttggcatcgatttaaacggtggacgatttttcttcaacgctgtacgtgagggtga +# tagtatttcctttgcttgcgatgatgagaatgaatgcagtttatgggtaatggccatgtacagggcaactggtcaatcccataagccaactccaccaa +# taacacaagataagaattcagcaatgtcaaaaattcaaggtgctcgcgttgcgccagacggcagcatttttctgtgggcgtcgttttttgttgcagct +# gcgacgcgaaactcctcgtcataccattggttccgtgtgggtgggcgcttgaacccaatggttgtttcagcagcagctcgcatggagtgggatatgtg +# cgcccagagtccgctggcatcaacatggagagggataggttggtggagcagttccgaaaggggacagccatatgaccttgtggatgtcgaggttccga +# aatctggtgctactcactaccatgtttcgtgccgtggcgaagtcaatcagcctgagaccgttgttcgagatggtctcatggaggctgaatcgaccgac +# ggtggggtcaaagatgcgttcgcgaccgagctttgcgttgaagtcccggaggataaacttcacgtcgtggtctggggatggtttagtcctggtcaagt +# tttcgtgttggacgaatattgcgctcgctatggtgtgcggggatgctaccgacatttatgctacctttctgatttactggatcgtgcagaaaagcaac +# acatgatagatccaacactaattcactattcatttgcgttttgcgcaagccacgttcacggaaatcgacctgatggggtaggaagcattacgcatgag +# gaaaaggaaaaattttctgaaatcaaagaacgcctacgtcagttactggagtttcaaataaccaattttagatactgttttcctttcggtcgccccga +# aggcgctcttaaagcgacattatctttactagagagagtgctaatgaaagacattgttacccctgttccacctgaagaagttcgtcaaatgattaaaa +# aaagtttagagacggcagcgcttgtaaattacacccgtctctccaataaagctaagattgaaggcacttttccgttcaagggacacgtgccagggaaa +# tcctatcggaatttcaaaatttttccaagcactttcctgtacacgggaaacgtcccagggaaagcctatcggaaaggtcccagggaaatcccgtcgga +# tattcaggatttgcgaggagaggttattgttccgcccccaaaaaaactagaggacctaattcacttagcagaactttgtgttgatctgttgcaacaaa +# atgaagagcactatggagaactgcgcaaacatgacaaaatggataaaattaaaatgcgtaaggaagatgatgatgtaccaaaaggccacaatgaaagc +# gatattgatttaaccgccaatactggactcagtagcacatcagacctggcttctgcagcatcaactaatggatcgtcatttcgttattataatttgag +# gaatgggcgttttcatcagcacctgcgagacacattcgcaccattagtcgtgcggtacgtggatctgatggaatcttcaatagctcagtcgattcata +# agggatttgaaaaagaacgctgggaaagtaaagggaacggatgtgccacctctgaagacttattttggaaactagatgctctacagtcgtttataaga +# 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aacgttgttgccggccgtgtgggtaatttactcggcaaaggcattggcggccttagttcaaagttgggaagtggaagttggttttaa] +# protein sequence = [MIDPSSSEEEGEDDPIANVSSKGRLTHAPKGTNTVSILGGVSGPGVGSNMAISGSNGDLAGNQRQSNISSISNRNDAG +# NVAGVGGSSNKNEQIHGSRVDGGNLEVPNSCIPSGVSQETLNQSIGSSRANSLPRPLSPSPSLTSEKPDTGDPHAFLKGETQIMADEAFQNAVQSYHD +# VFLKSERVLKMVQSGASSQHDFREVFRNNIEKRVRSLPEIDGLSKETVLTSWMAKFDIILKGTGEEDSKRPSRMQQSLNSELILSKEQLYDMFQQILL +# VKKFEHQILYNALMLDSADEQAAAIRRELDGRMQRVGEMEKNRKLMPKFVLKEMESLYVEELKSSINLLMANLESLPVSKGNMDSKYGLQKLKRYNHR +# KLILRSHGSLSKLEGDSEDGSTQLTKLDVVLTFQLEVIVMEVKGLKSLAPNRIVYCTMEVENGEKLQTDQAEASKPMWDTQGDFTTTHPLPVVKVKLY +# TENPGMLALEDKELGKVILKPTPLSSKSPEWHRMVIPKNLPDQDIRIKIACRLDKPLNMKHCGYKEKKSEPSEMMQLDGYTVDYIEAASANLMFGIDL +# NGGRFFFNAVREGDSISFACDDENECSLWVMAMYRATGQSHKPTPPITQDKNSAMSKIQGARVAPDGSIFLWASFFVAAATRNSSSYHWFRVGGRLNP +# MVVSAAARMEWDMCAQSPLASTWRGIGWWSSSERGQPYDLVDVEVPKSGATHYHVSCRGEVNQPETVVRDGLMEAESTDGGVKDAFATELCVEVPEDK +# 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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gff3/myHub/Dbia3/trackDb.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,12 @@ + +track gonramp_Augustus_Gene_Predictions_bb +longLabel Augustus +shortLabel Augustus +bigDataUrl tracks/Augustus_Gene_Predictions.bb +type bigGenePred +visibility dense +thickDrawItem off +priority 10 +color 0,0,0 +group default_group +searchIndex name
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gff3/myHub/genomes.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,10 @@ +genome Dbia3 +trackDb Dbia3/trackDb.txt +groups Dbia3/groups.txt +description Dbia3 +twoBitPath Dbia3/Dbia3.2bit +organism Dbia3 +defaultPos contig25 +orderKey 4500 +scientificName Dbia3 +htmlPath Dbia3/description.html
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gff3/myHub/hub.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,6 @@ +hub gonrampDbia3 +shortLabel Dbia3 +longLabel Dbia3 +genomesFile genomes.txt +email gonramp@temporary.domain +descriptionUrl Dbia3.html
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gff3_multi_fasta/__main__.log Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,38 @@ +DEBUG:root:#### Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode #### + +DEBUG:root:Calling faToTwoBit: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling twoBitInfo: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling sort: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:input_false_path: /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/files/001/dataset_1188.dat +DEBUG:root:data_value: {u'order_index': u'10', u'name': u'Multi-Fasta_GlimmerHMM_Gene_Predictions', u'track_color': u'#000000', u'group_name': u'Default group'} +DEBUG:root:Calling gff3ToGenePred: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling genePredToBigGenePred: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling sort: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:sorted_bed_file_name: /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/tmp/tmpESpr1K.sorted.bigGenePred +DEBUG:root:chrom_sizes_file_name: /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/tmp/tmpl9r8fF.chrom.sizes +DEBUG:root:big_bed_file_name: /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/jobs_directory/000/916/dataset_1284_files/myHub/Dbia3/tracks/Multi-Fasta_GlimmerHMM_Gene_Predictions.bb +DEBUG:root:typeOption: bed12+8 +DEBUG:root:autoSql: /home/svc_galaxy/new/shed_tools/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/rmarenco/hubarchivecreator/d786bca6a75d/hubarchivecreator/bigGenePred.as +DEBUG:root:tab option: True +DEBUG:root:Calling bedToBigBed: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:----- End of all_datatype_dictionary processing ----- +DEBUG:root:all_datatype_ordered_dictionary keys are: [<Gff3.Gff3 object at 0x1e8acd0>] +DEBUG:root:----- Beginning of Track adding processing ----- +DEBUG:root:We just added in /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/jobs_directory/000/916/dataset_1284_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group Default group +DEBUG:root:We just added track Multi-Fasta_GlimmerHMM_Gene_Predictions.bb (in group default_group) +DEBUG:root:----- End of Track adding processing ----- +DEBUG:root:#### End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! ####
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gff3_multi_fasta/gff3_multi_fasta_trackhub.html Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,70 @@ + +<html> + <body> + <p> + The following has been generated by Hub Archive Creator: + </p> + <ul> + + <li> + myHub + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> + </li> + <li> + Dbia3 + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> + </li> + <li> + tracks + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3/tracks/Multi-Fasta_GlimmerHMM_Gene_Predictions.bb">Multi-Fasta_GlimmerHMM_Gene_Predictions.bb</a> + </li> + + </ul> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> + </li> + + </ul> + + </ul> + <li> + . + </li> + <ul> + + <li> + <a href="./__main__.log">__main__.log</a> + </li> + + </ul> + + </ul> + </body> +</html> + + +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gff3_multi_fasta/inputs/Multi-Fasta_GlimmerHMM_Gene_Predictions Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,2081 @@ +##gff-version 3 +##sequence-region contig1 1 45179 +contig1 GlimmerHMM mRNA 641 20329 . - . 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ID=contig2.path1.gene1;Name=contig2.path1.gene1 +contig2 GlimmerHMM CDS 2231 2376 . - 2 ID=contig2.cds1.1;Parent=contig2.path1.gene1;Name=contig2.path1.gene1;Note=final-exon +contig2 GlimmerHMM CDS 2719 2819 . - 1 ID=contig2.cds1.2;Parent=contig2.path1.gene1;Name=contig2.path1.gene1;Note=internal-exon +contig2 GlimmerHMM CDS 5059 5162 . - 0 ID=contig2.cds1.3;Parent=contig2.path1.gene1;Name=contig2.path1.gene1;Note=initial-exon +contig2 GlimmerHMM mRNA 7745 11772 . - . ID=contig2.path1.gene2;Name=contig2.path1.gene2 +contig2 GlimmerHMM CDS 7745 7969 . - 0 ID=contig2.cds2.1;Parent=contig2.path1.gene2;Name=contig2.path1.gene2;Note=final-exon +contig2 GlimmerHMM CDS 8264 8538 . - 2 ID=contig2.cds2.2;Parent=contig2.path1.gene2;Name=contig2.path1.gene2;Note=internal-exon +contig2 GlimmerHMM CDS 11643 11772 . - 0 ID=contig2.cds2.3;Parent=contig2.path1.gene2;Name=contig2.path1.gene2;Note=initial-exon +contig2 GlimmerHMM mRNA 13934 36373 . - . 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ID=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1 +contig4 GlimmerHMM CDS 3984 4148 . + 0 ID=contig4.cds1.1;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=initial-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 6591 6636 . + 0 ID=contig4.cds1.2;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 7276 7394 . + 2 ID=contig4.cds1.3;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 8392 8432 . + 0 ID=contig4.cds1.4;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 9291 9307 . + 1 ID=contig4.cds1.5;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 9588 9685 . + 2 ID=contig4.cds1.6;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 13122 13233 . + 0 ID=contig4.cds1.7;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 13464 13533 . + 2 ID=contig4.cds1.8;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 18109 18283 . + 1 ID=contig4.cds1.9;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 18722 18782 . + 0 ID=contig4.cds1.10;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 19022 19109 . + 2 ID=contig4.cds1.11;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 20791 20940 . + 1 ID=contig4.cds1.12;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 24938 26941 . + 1 ID=contig4.cds1.13;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 28563 28613 . + 1 ID=contig4.cds1.14;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 31331 31523 . + 1 ID=contig4.cds1.15;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 31759 31924 . + 0 ID=contig4.cds1.16;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 35604 35644 . + 2 ID=contig4.cds1.17;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 36906 37059 . + 0 ID=contig4.cds1.18;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 37833 37902 . + 2 ID=contig4.cds1.19;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 39954 40085 . + 1 ID=contig4.cds1.20;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon +contig4 GlimmerHMM CDS 50913 51981 . + 1 ID=contig4.cds1.21;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=final-exon +##sequence-region contig5 1 50018 +contig5 GlimmerHMM mRNA 408 37153 . + . ID=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1 +contig5 GlimmerHMM CDS 408 1939 . + 0 ID=contig5.cds1.1;Parent=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1;Note=initial-exon +contig5 GlimmerHMM CDS 3561 3611 . + 1 ID=contig5.cds1.2;Parent=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1;Note=internal-exon +contig5 GlimmerHMM CDS 6329 6521 . + 1 ID=contig5.cds1.3;Parent=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1;Note=internal-exon +contig5 GlimmerHMM CDS 6757 6922 . + 0 ID=contig5.cds1.4;Parent=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1;Note=internal-exon +contig5 GlimmerHMM CDS 10602 10642 . + 2 ID=contig5.cds1.5;Parent=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1;Note=internal-exon +contig5 GlimmerHMM CDS 11904 12057 . + 0 ID=contig5.cds1.6;Parent=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1;Note=internal-exon +contig5 GlimmerHMM CDS 12831 12900 . + 2 ID=contig5.cds1.7;Parent=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1;Note=internal-exon +contig5 GlimmerHMM CDS 14952 15083 . + 1 ID=contig5.cds1.8;Parent=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1;Note=internal-exon +contig5 GlimmerHMM CDS 25911 26859 . + 1 ID=contig5.cds1.9;Parent=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1;Note=internal-exon +contig5 GlimmerHMM CDS 36466 36760 . + 0 ID=contig5.cds1.10;Parent=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1;Note=internal-exon +contig5 GlimmerHMM CDS 36969 37153 . + 2 ID=contig5.cds1.11;Parent=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1;Note=final-exon +contig5 GlimmerHMM mRNA 43345 44908 . - . ID=contig5.path1.gene2;Name=contig5.path1.gene2 +contig5 GlimmerHMM CDS 43345 44665 . - 1 ID=contig5.cds2.1;Parent=contig5.path1.gene2;Name=contig5.path1.gene2;Note=final-exon +contig5 GlimmerHMM CDS 44724 44908 . - 0 ID=contig5.cds2.2;Parent=contig5.path1.gene2;Name=contig5.path1.gene2;Note=initial-exon +##sequence-region contig6 1 40015 +contig6 GlimmerHMM mRNA 6658 7144 . + . ID=contig6.path1.gene1;Name=contig6.path1.gene1 +contig6 GlimmerHMM CDS 6658 6751 . + 0 ID=contig6.cds1.1;Parent=contig6.path1.gene1;Name=contig6.path1.gene1;Note=initial-exon +contig6 GlimmerHMM CDS 6960 7144 . + 2 ID=contig6.cds1.2;Parent=contig6.path1.gene1;Name=contig6.path1.gene1;Note=final-exon +contig6 GlimmerHMM mRNA 13336 36917 . - . ID=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2 +contig6 GlimmerHMM CDS 13336 14656 . - 1 ID=contig6.cds2.1;Parent=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2;Note=final-exon +contig6 GlimmerHMM CDS 14997 15090 . - 2 ID=contig6.cds2.2;Parent=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2;Note=internal-exon +contig6 GlimmerHMM CDS 18113 18398 . - 0 ID=contig6.cds2.3;Parent=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2;Note=internal-exon +contig6 GlimmerHMM CDS 19779 19872 . - 1 ID=contig6.cds2.4;Parent=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2;Note=internal-exon +contig6 GlimmerHMM CDS 20931 21078 . - 2 ID=contig6.cds2.5;Parent=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2;Note=internal-exon +contig6 GlimmerHMM CDS 21782 22112 . - 0 ID=contig6.cds2.6;Parent=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2;Note=internal-exon +contig6 GlimmerHMM CDS 26021 26962 . - 0 ID=contig6.cds2.7;Parent=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2;Note=internal-exon +contig6 GlimmerHMM CDS 27027 27130 . - 2 ID=contig6.cds2.8;Parent=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2;Note=internal-exon +contig6 GlimmerHMM CDS 28828 29941 . - 0 ID=contig6.cds2.9;Parent=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2;Note=internal-exon +contig6 GlimmerHMM CDS 32704 32811 . - 0 ID=contig6.cds2.10;Parent=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2;Note=internal-exon +contig6 GlimmerHMM CDS 36864 36917 . - 0 ID=contig6.cds2.11;Parent=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2;Note=initial-exon +##sequence-region contig7 1 50017 +contig7 GlimmerHMM mRNA 3332 26913 . - . ID=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1 +contig7 GlimmerHMM CDS 3332 4652 . - 1 ID=contig7.cds1.1;Parent=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1;Note=final-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 4993 5086 . - 2 ID=contig7.cds1.2;Parent=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1;Note=internal-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 8109 8394 . - 0 ID=contig7.cds1.3;Parent=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1;Note=internal-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 9775 9868 . - 1 ID=contig7.cds1.4;Parent=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1;Note=internal-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 10927 11074 . - 2 ID=contig7.cds1.5;Parent=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1;Note=internal-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 11778 12108 . - 0 ID=contig7.cds1.6;Parent=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1;Note=internal-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 16017 16958 . - 0 ID=contig7.cds1.7;Parent=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1;Note=internal-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 17023 17126 . - 2 ID=contig7.cds1.8;Parent=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1;Note=internal-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 18824 19937 . - 0 ID=contig7.cds1.9;Parent=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1;Note=internal-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 22700 22807 . - 0 ID=contig7.cds1.10;Parent=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1;Note=internal-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 26860 26913 . - 0 ID=contig7.cds1.11;Parent=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1;Note=initial-exon +contig7 GlimmerHMM mRNA 32769 33038 . - . ID=contig7.path1.gene2;Name=contig7.path1.gene2 +contig7 GlimmerHMM CDS 32769 33038 . - 0 ID=contig7.cds2.1;Parent=contig7.path1.gene2;Name=contig7.path1.gene2;Note=single-exon +contig7 GlimmerHMM mRNA 37329 49928 . + . ID=contig7.path1.gene3;Name=contig7.path1.gene3 +contig7 GlimmerHMM CDS 37329 37570 . + 0 ID=contig7.cds3.1;Parent=contig7.path1.gene3;Name=contig7.path1.gene3;Note=initial-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 38750 38793 . + 1 ID=contig7.cds3.2;Parent=contig7.path1.gene3;Name=contig7.path1.gene3;Note=internal-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 38894 39182 . + 2 ID=contig7.cds3.3;Parent=contig7.path1.gene3;Name=contig7.path1.gene3;Note=internal-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 39248 39354 . + 1 ID=contig7.cds3.4;Parent=contig7.path1.gene3;Name=contig7.path1.gene3;Note=internal-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 39429 39655 . + 2 ID=contig7.cds3.5;Parent=contig7.path1.gene3;Name=contig7.path1.gene3;Note=internal-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 39848 40351 . + 0 ID=contig7.cds3.6;Parent=contig7.path1.gene3;Name=contig7.path1.gene3;Note=internal-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 40423 40623 . + 0 ID=contig7.cds3.7;Parent=contig7.path1.gene3;Name=contig7.path1.gene3;Note=internal-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 44971 46843 . + 0 ID=contig7.cds3.8;Parent=contig7.path1.gene3;Name=contig7.path1.gene3;Note=internal-exon +contig7 GlimmerHMM CDS 49915 49928 . + 2 ID=contig7.cds3.9;Parent=contig7.path1.gene3;Name=contig7.path1.gene3;Note=final-exon +##sequence-region contig8 1 35012 +contig8 GlimmerHMM mRNA 2758 3027 . - . ID=contig8.path1.gene1;Name=contig8.path1.gene1 +contig8 GlimmerHMM CDS 2758 3027 . - 0 ID=contig8.cds1.1;Parent=contig8.path1.gene1;Name=contig8.path1.gene1;Note=single-exon +contig8 GlimmerHMM mRNA 7318 33446 . + . 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ID=contig9.path1.gene1;Name=contig9.path1.gene1 +contig9 GlimmerHMM CDS 2758 3027 . - 0 ID=contig9.cds1.1;Parent=contig9.path1.gene1;Name=contig9.path1.gene1;Note=single-exon +contig9 GlimmerHMM mRNA 7318 38632 . + . 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ID=contig10.path1.gene2;Name=contig10.path1.gene2 +contig10 GlimmerHMM CDS 17334 17563 . + 0 ID=contig10.cds2.1;Parent=contig10.path1.gene2;Name=contig10.path1.gene2;Note=initial-exon +contig10 GlimmerHMM CDS 17910 17940 . + 1 ID=contig10.cds2.2;Parent=contig10.path1.gene2;Name=contig10.path1.gene2;Note=final-exon +contig10 GlimmerHMM mRNA 21687 22382 . - . ID=contig10.path1.gene3;Name=contig10.path1.gene3 +contig10 GlimmerHMM CDS 21687 22382 . - 0 ID=contig10.cds3.1;Parent=contig10.path1.gene3;Name=contig10.path1.gene3;Note=single-exon +contig10 GlimmerHMM mRNA 24696 27471 . + . ID=contig10.path1.gene4;Name=contig10.path1.gene4 +contig10 GlimmerHMM CDS 24696 24708 . + 0 ID=contig10.cds4.1;Parent=contig10.path1.gene4;Name=contig10.path1.gene4;Note=initial-exon +contig10 GlimmerHMM CDS 25731 25835 . + 2 ID=contig10.cds4.2;Parent=contig10.path1.gene4;Name=contig10.path1.gene4;Note=internal-exon +contig10 GlimmerHMM CDS 27079 27199 . + 2 ID=contig10.cds4.3;Parent=contig10.path1.gene4;Name=contig10.path1.gene4;Note=internal-exon +contig10 GlimmerHMM CDS 27285 27471 . + 1 ID=contig10.cds4.4;Parent=contig10.path1.gene4;Name=contig10.path1.gene4;Note=final-exon +contig10 GlimmerHMM mRNA 30099 42172 . - . ID=contig10.path1.gene5;Name=contig10.path1.gene5 +contig10 GlimmerHMM CDS 30099 30244 . - 2 ID=contig10.cds5.1;Parent=contig10.path1.gene5;Name=contig10.path1.gene5;Note=final-exon +contig10 GlimmerHMM CDS 31348 31714 . - 0 ID=contig10.cds5.2;Parent=contig10.path1.gene5;Name=contig10.path1.gene5;Note=internal-exon +contig10 GlimmerHMM CDS 34057 34150 . - 1 ID=contig10.cds5.3;Parent=contig10.path1.gene5;Name=contig10.path1.gene5;Note=internal-exon +contig10 GlimmerHMM CDS 36047 36093 . - 0 ID=contig10.cds5.4;Parent=contig10.path1.gene5;Name=contig10.path1.gene5;Note=internal-exon +contig10 GlimmerHMM CDS 41616 41718 . - 1 ID=contig10.cds5.5;Parent=contig10.path1.gene5;Name=contig10.path1.gene5;Note=internal-exon +contig10 GlimmerHMM CDS 41777 41874 . - 0 ID=contig10.cds5.6;Parent=contig10.path1.gene5;Name=contig10.path1.gene5;Note=internal-exon +contig10 GlimmerHMM CDS 42107 42172 . - 0 ID=contig10.cds5.7;Parent=contig10.path1.gene5;Name=contig10.path1.gene5;Note=initial-exon +##sequence-region contig11 1 35013 +contig11 GlimmerHMM mRNA 682 1377 . - . ID=contig11.path1.gene1;Name=contig11.path1.gene1 +contig11 GlimmerHMM CDS 682 1377 . - 0 ID=contig11.cds1.1;Parent=contig11.path1.gene1;Name=contig11.path1.gene1;Note=single-exon +contig11 GlimmerHMM mRNA 3691 6466 . + . ID=contig11.path1.gene2;Name=contig11.path1.gene2 +contig11 GlimmerHMM CDS 3691 3703 . + 0 ID=contig11.cds2.1;Parent=contig11.path1.gene2;Name=contig11.path1.gene2;Note=initial-exon +contig11 GlimmerHMM CDS 4726 4830 . + 2 ID=contig11.cds2.2;Parent=contig11.path1.gene2;Name=contig11.path1.gene2;Note=internal-exon +contig11 GlimmerHMM CDS 6074 6194 . + 2 ID=contig11.cds2.3;Parent=contig11.path1.gene2;Name=contig11.path1.gene2;Note=internal-exon +contig11 GlimmerHMM CDS 6280 6466 . + 1 ID=contig11.cds2.4;Parent=contig11.path1.gene2;Name=contig11.path1.gene2;Note=final-exon +contig11 GlimmerHMM mRNA 9094 32965 . - . 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ID=contig15.path1.gene4;Name=contig15.path1.gene4 +contig15 GlimmerHMM CDS 44931 45401 . - 0 ID=contig15.cds4.1;Parent=contig15.path1.gene4;Name=contig15.path1.gene4;Note=single-exon +##sequence-region contig16 1 45017 +contig16 GlimmerHMM mRNA 5783 6209 . + . ID=contig16.path1.gene1;Name=contig16.path1.gene1 +contig16 GlimmerHMM CDS 5783 6209 . + 0 ID=contig16.cds1.1;Parent=contig16.path1.gene1;Name=contig16.path1.gene1;Note=final-exon +contig16 GlimmerHMM mRNA 10493 17535 . - . 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ID=contig16.path1.gene3;Name=contig16.path1.gene3 +contig16 GlimmerHMM CDS 20474 20749 . + 0 ID=contig16.cds3.1;Parent=contig16.path1.gene3;Name=contig16.path1.gene3;Note=single-exon +contig16 GlimmerHMM mRNA 23317 43623 . + . ID=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4 +contig16 GlimmerHMM CDS 23317 25126 . + 0 ID=contig16.cds4.1;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=initial-exon +contig16 GlimmerHMM CDS 26889 27049 . + 2 ID=contig16.cds4.2;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon +contig16 GlimmerHMM CDS 27109 27253 . + 0 ID=contig16.cds4.3;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon +contig16 GlimmerHMM CDS 29072 29164 . + 2 ID=contig16.cds4.4;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon +contig16 GlimmerHMM CDS 29221 29331 . + 2 ID=contig16.cds4.5;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon +contig16 GlimmerHMM CDS 30805 30886 . + 2 ID=contig16.cds4.6;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon +contig16 GlimmerHMM CDS 33017 33107 . + 1 ID=contig16.cds4.7;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon +contig16 GlimmerHMM CDS 34338 34619 . + 0 ID=contig16.cds4.8;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon +contig16 GlimmerHMM CDS 34685 34835 . + 0 ID=contig16.cds4.9;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon +contig16 GlimmerHMM CDS 34991 35174 . + 2 ID=contig16.cds4.10;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon +contig16 GlimmerHMM CDS 42456 42590 . + 1 ID=contig16.cds4.11;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon +contig16 GlimmerHMM CDS 43033 43110 . + 1 ID=contig16.cds4.12;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon +contig16 GlimmerHMM CDS 43293 43354 . + 1 ID=contig16.cds4.13;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon +contig16 GlimmerHMM CDS 43421 43623 . + 2 ID=contig16.cds4.14;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=final-exon +##sequence-region contig17 1 40013 +contig17 GlimmerHMM mRNA 466 741 . + . ID=contig17.path1.gene1;Name=contig17.path1.gene1 +contig17 GlimmerHMM CDS 466 741 . + 0 ID=contig17.cds1.1;Parent=contig17.path1.gene1;Name=contig17.path1.gene1;Note=single-exon +contig17 GlimmerHMM mRNA 3309 23615 . + . ID=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2 +contig17 GlimmerHMM CDS 3309 5118 . + 0 ID=contig17.cds2.1;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=initial-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 6881 7041 . + 2 ID=contig17.cds2.2;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 7101 7245 . + 0 ID=contig17.cds2.3;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 9064 9156 . + 2 ID=contig17.cds2.4;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 9213 9323 . + 2 ID=contig17.cds2.5;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 10797 10878 . + 2 ID=contig17.cds2.6;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 13009 13099 . + 1 ID=contig17.cds2.7;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 14330 14611 . + 0 ID=contig17.cds2.8;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 14677 14827 . + 0 ID=contig17.cds2.9;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 14983 15166 . + 2 ID=contig17.cds2.10;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 22448 22582 . + 1 ID=contig17.cds2.11;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 23025 23102 . + 1 ID=contig17.cds2.12;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 23285 23346 . + 1 ID=contig17.cds2.13;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 23413 23615 . + 2 ID=contig17.cds2.14;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=final-exon +contig17 GlimmerHMM mRNA 26312 36998 . - . ID=contig17.path1.gene3;Name=contig17.path1.gene3 +contig17 GlimmerHMM CDS 26312 26334 . - 2 ID=contig17.cds3.1;Parent=contig17.path1.gene3;Name=contig17.path1.gene3;Note=final-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 28963 29116 . - 0 ID=contig17.cds3.2;Parent=contig17.path1.gene3;Name=contig17.path1.gene3;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 30713 31824 . - 2 ID=contig17.cds3.3;Parent=contig17.path1.gene3;Name=contig17.path1.gene3;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 31877 32056 . - 2 ID=contig17.cds3.4;Parent=contig17.path1.gene3;Name=contig17.path1.gene3;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 33479 34076 . - 0 ID=contig17.cds3.5;Parent=contig17.path1.gene3;Name=contig17.path1.gene3;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 34131 34286 . - 0 ID=contig17.cds3.6;Parent=contig17.path1.gene3;Name=contig17.path1.gene3;Note=internal-exon +contig17 GlimmerHMM CDS 36948 36998 . - 0 ID=contig17.cds3.7;Parent=contig17.path1.gene3;Name=contig17.path1.gene3;Note=initial-exon +##sequence-region contig18 1 40012 +contig18 GlimmerHMM mRNA 1303 11989 . - . ID=contig18.path1.gene1;Name=contig18.path1.gene1 +contig18 GlimmerHMM CDS 1303 1325 . - 2 ID=contig18.cds1.1;Parent=contig18.path1.gene1;Name=contig18.path1.gene1;Note=final-exon +contig18 GlimmerHMM CDS 3954 4107 . - 0 ID=contig18.cds1.2;Parent=contig18.path1.gene1;Name=contig18.path1.gene1;Note=internal-exon +contig18 GlimmerHMM CDS 5704 6815 . - 2 ID=contig18.cds1.3;Parent=contig18.path1.gene1;Name=contig18.path1.gene1;Note=internal-exon +contig18 GlimmerHMM CDS 6868 7047 . - 2 ID=contig18.cds1.4;Parent=contig18.path1.gene1;Name=contig18.path1.gene1;Note=internal-exon +contig18 GlimmerHMM CDS 8470 9067 . - 0 ID=contig18.cds1.5;Parent=contig18.path1.gene1;Name=contig18.path1.gene1;Note=internal-exon +contig18 GlimmerHMM CDS 9122 9277 . - 0 ID=contig18.cds1.6;Parent=contig18.path1.gene1;Name=contig18.path1.gene1;Note=internal-exon +contig18 GlimmerHMM CDS 11939 11989 . - 0 ID=contig18.cds1.7;Parent=contig18.path1.gene1;Name=contig18.path1.gene1;Note=initial-exon +contig18 GlimmerHMM mRNA 18320 30118 . - . 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ID=contig20.path1.gene7;Name=contig20.path1.gene7 +contig20 GlimmerHMM CDS 46751 46866 . + 0 ID=contig20.cds7.1;Parent=contig20.path1.gene7;Name=contig20.path1.gene7;Note=initial-exon +contig20 GlimmerHMM CDS 46977 47075 . + 1 ID=contig20.cds7.2;Parent=contig20.path1.gene7;Name=contig20.path1.gene7;Note=internal-exon +contig20 GlimmerHMM CDS 47706 47868 . + 1 ID=contig20.cds7.3;Parent=contig20.path1.gene7;Name=contig20.path1.gene7;Note=internal-exon +contig20 GlimmerHMM CDS 49661 49963 . + 0 ID=contig20.cds7.4;Parent=contig20.path1.gene7;Name=contig20.path1.gene7;Note=final-exon +##sequence-region contig21 1 50011 +contig21 GlimmerHMM mRNA 2380 2466 . + . ID=contig21.path1.gene1;Name=contig21.path1.gene1 +contig21 GlimmerHMM CDS 2380 2466 . + 0 ID=contig21.cds1.1;Parent=contig21.path1.gene1;Name=contig21.path1.gene1;Note=final-exon +contig21 GlimmerHMM mRNA 6741 11405 . + . 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ID=contig22.path1.gene2;Name=contig22.path1.gene2 +contig22 GlimmerHMM CDS 36288 36369 . + 0 ID=contig22.cds2.1;Parent=contig22.path1.gene2;Name=contig22.path1.gene2;Note=initial-exon +contig22 GlimmerHMM CDS 36871 37530 . + 2 ID=contig22.cds2.2;Parent=contig22.path1.gene2;Name=contig22.path1.gene2;Note=internal-exon +contig22 GlimmerHMM CDS 38296 38457 . + 2 ID=contig22.cds2.3;Parent=contig22.path1.gene2;Name=contig22.path1.gene2;Note=internal-exon +contig22 GlimmerHMM CDS 44786 45091 . + 2 ID=contig22.cds2.4;Parent=contig22.path1.gene2;Name=contig22.path1.gene2;Note=internal-exon +contig22 GlimmerHMM CDS 48394 48703 . + 2 ID=contig22.cds2.5;Parent=contig22.path1.gene2;Name=contig22.path1.gene2;Note=internal-exon +contig22 GlimmerHMM CDS 48769 48980 . + 1 ID=contig22.cds2.6;Parent=contig22.path1.gene2;Name=contig22.path1.gene2;Note=internal-exon +contig22 GlimmerHMM CDS 49038 49226 . + 2 ID=contig22.cds2.7;Parent=contig22.path1.gene2;Name=contig22.path1.gene2;Note=internal-exon +contig22 GlimmerHMM CDS 49745 49896 . + 2 ID=contig22.cds2.8;Parent=contig22.path1.gene2;Name=contig22.path1.gene2;Note=internal-exon +contig22 GlimmerHMM CDS 50047 51108 . + 0 ID=contig22.cds2.9;Parent=contig22.path1.gene2;Name=contig22.path1.gene2;Note=internal-exon +contig22 GlimmerHMM CDS 51770 52879 . + 0 ID=contig22.cds2.10;Parent=contig22.path1.gene2;Name=contig22.path1.gene2;Note=internal-exon +contig22 GlimmerHMM CDS 53483 53714 . + 0 ID=contig22.cds2.11;Parent=contig22.path1.gene2;Name=contig22.path1.gene2;Note=internal-exon +contig22 GlimmerHMM CDS 53776 53942 . + 2 ID=contig22.cds2.12;Parent=contig22.path1.gene2;Name=contig22.path1.gene2;Note=internal-exon +contig22 GlimmerHMM CDS 55547 55816 . + 0 ID=contig22.cds2.13;Parent=contig22.path1.gene2;Name=contig22.path1.gene2;Note=internal-exon +contig22 GlimmerHMM CDS 58256 58619 . + 0 ID=contig22.cds2.14;Parent=contig22.path1.gene2;Name=contig22.path1.gene2;Note=internal-exon +contig22 GlimmerHMM CDS 58685 58827 . + 2 ID=contig22.cds2.15;Parent=contig22.path1.gene2;Name=contig22.path1.gene2;Note=final-exon +##sequence-region contig23 1 50012 +contig23 GlimmerHMM mRNA 3228 17635 . + . ID=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1 +contig23 GlimmerHMM CDS 3228 3333 . + 0 ID=contig23.cds1.1;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=initial-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 4779 5084 . + 2 ID=contig23.cds1.2;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 8387 8696 . + 2 ID=contig23.cds1.3;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 8762 8973 . + 1 ID=contig23.cds1.4;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 9031 9219 . + 2 ID=contig23.cds1.5;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 9738 9889 . + 2 ID=contig23.cds1.6;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 10040 11101 . + 0 ID=contig23.cds1.7;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 11763 12872 . + 0 ID=contig23.cds1.8;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 13476 13707 . + 0 ID=contig23.cds1.9;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 13769 13935 . + 2 ID=contig23.cds1.10;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 15540 15809 . + 0 ID=contig23.cds1.11;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 17576 17635 . + 0 ID=contig23.cds1.12;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=final-exon +contig23 GlimmerHMM mRNA 20555 32675 . - . ID=contig23.path1.gene2;Name=contig23.path1.gene2 +contig23 GlimmerHMM CDS 20555 21226 . - 0 ID=contig23.cds2.1;Parent=contig23.path1.gene2;Name=contig23.path1.gene2;Note=final-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 21361 21933 . - 0 ID=contig23.cds2.2;Parent=contig23.path1.gene2;Name=contig23.path1.gene2;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 22038 22105 . - 2 ID=contig23.cds2.3;Parent=contig23.path1.gene2;Name=contig23.path1.gene2;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 22166 22501 . - 2 ID=contig23.cds2.4;Parent=contig23.path1.gene2;Name=contig23.path1.gene2;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 23512 23677 . - 0 ID=contig23.cds2.5;Parent=contig23.path1.gene2;Name=contig23.path1.gene2;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 23850 24034 . - 2 ID=contig23.cds2.6;Parent=contig23.path1.gene2;Name=contig23.path1.gene2;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 26014 26138 . - 1 ID=contig23.cds2.7;Parent=contig23.path1.gene2;Name=contig23.path1.gene2;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 29840 29955 . - 0 ID=contig23.cds2.8;Parent=contig23.path1.gene2;Name=contig23.path1.gene2;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 30045 30130 . - 2 ID=contig23.cds2.9;Parent=contig23.path1.gene2;Name=contig23.path1.gene2;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 32411 32675 . - 0 ID=contig23.cds2.10;Parent=contig23.path1.gene2;Name=contig23.path1.gene2;Note=initial-exon +contig23 GlimmerHMM mRNA 38390 42829 . - . ID=contig23.path1.gene3;Name=contig23.path1.gene3 +contig23 GlimmerHMM CDS 38390 38648 . - 1 ID=contig23.cds3.1;Parent=contig23.path1.gene3;Name=contig23.path1.gene3;Note=final-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 40546 40623 . - 1 ID=contig23.cds3.2;Parent=contig23.path1.gene3;Name=contig23.path1.gene3;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 42558 42829 . - 0 ID=contig23.cds3.3;Parent=contig23.path1.gene3;Name=contig23.path1.gene3;Note=initial-exon +contig23 GlimmerHMM mRNA 45599 48088 . + . ID=contig23.path1.gene4;Name=contig23.path1.gene4 +contig23 GlimmerHMM CDS 45599 45652 . + 0 ID=contig23.cds4.1;Parent=contig23.path1.gene4;Name=contig23.path1.gene4;Note=initial-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 47100 47148 . + 0 ID=contig23.cds4.2;Parent=contig23.path1.gene4;Name=contig23.path1.gene4;Note=internal-exon +contig23 GlimmerHMM CDS 48036 48088 . + 2 ID=contig23.cds4.3;Parent=contig23.path1.gene4;Name=contig23.path1.gene4;Note=final-exon +##sequence-region contig24 1 40010 +contig24 GlimmerHMM mRNA 552 12672 . - . ID=contig24.path1.gene1;Name=contig24.path1.gene1 +contig24 GlimmerHMM CDS 552 1223 . - 0 ID=contig24.cds1.1;Parent=contig24.path1.gene1;Name=contig24.path1.gene1;Note=final-exon +contig24 GlimmerHMM CDS 1358 1930 . - 0 ID=contig24.cds1.2;Parent=contig24.path1.gene1;Name=contig24.path1.gene1;Note=internal-exon +contig24 GlimmerHMM CDS 2035 2102 . - 2 ID=contig24.cds1.3;Parent=contig24.path1.gene1;Name=contig24.path1.gene1;Note=internal-exon +contig24 GlimmerHMM CDS 2163 2498 . - 2 ID=contig24.cds1.4;Parent=contig24.path1.gene1;Name=contig24.path1.gene1;Note=internal-exon +contig24 GlimmerHMM CDS 3509 3674 . - 0 ID=contig24.cds1.5;Parent=contig24.path1.gene1;Name=contig24.path1.gene1;Note=internal-exon +contig24 GlimmerHMM CDS 3847 4031 . - 2 ID=contig24.cds1.6;Parent=contig24.path1.gene1;Name=contig24.path1.gene1;Note=internal-exon +contig24 GlimmerHMM CDS 6011 6135 . - 1 ID=contig24.cds1.7;Parent=contig24.path1.gene1;Name=contig24.path1.gene1;Note=internal-exon +contig24 GlimmerHMM CDS 9837 9952 . - 0 ID=contig24.cds1.8;Parent=contig24.path1.gene1;Name=contig24.path1.gene1;Note=internal-exon +contig24 GlimmerHMM CDS 10042 10127 . - 2 ID=contig24.cds1.9;Parent=contig24.path1.gene1;Name=contig24.path1.gene1;Note=internal-exon +contig24 GlimmerHMM CDS 12408 12672 . - 0 ID=contig24.cds1.10;Parent=contig24.path1.gene1;Name=contig24.path1.gene1;Note=initial-exon +contig24 GlimmerHMM mRNA 18387 22826 . - . ID=contig24.path1.gene2;Name=contig24.path1.gene2 +contig24 GlimmerHMM CDS 18387 18645 . - 1 ID=contig24.cds2.1;Parent=contig24.path1.gene2;Name=contig24.path1.gene2;Note=final-exon +contig24 GlimmerHMM CDS 20543 20620 . - 1 ID=contig24.cds2.2;Parent=contig24.path1.gene2;Name=contig24.path1.gene2;Note=internal-exon +contig24 GlimmerHMM CDS 22555 22826 . - 0 ID=contig24.cds2.3;Parent=contig24.path1.gene2;Name=contig24.path1.gene2;Note=initial-exon +contig24 GlimmerHMM mRNA 25596 28085 . + . ID=contig24.path1.gene3;Name=contig24.path1.gene3 +contig24 GlimmerHMM CDS 25596 25649 . + 0 ID=contig24.cds3.1;Parent=contig24.path1.gene3;Name=contig24.path1.gene3;Note=initial-exon +contig24 GlimmerHMM CDS 27097 27145 . + 0 ID=contig24.cds3.2;Parent=contig24.path1.gene3;Name=contig24.path1.gene3;Note=internal-exon +contig24 GlimmerHMM CDS 28033 28085 . + 2 ID=contig24.cds3.3;Parent=contig24.path1.gene3;Name=contig24.path1.gene3;Note=final-exon +contig24 GlimmerHMM mRNA 30126 38563 . + . 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ID=contig26.path1.gene3;Name=contig26.path1.gene3 +contig26 GlimmerHMM CDS 13481 15037 . - 0 ID=contig26.cds3.1;Parent=contig26.path1.gene3;Name=contig26.path1.gene3;Note=final-exon +contig26 GlimmerHMM CDS 15091 15275 . - 2 ID=contig26.cds3.2;Parent=contig26.path1.gene3;Name=contig26.path1.gene3;Note=internal-exon +contig26 GlimmerHMM CDS 15747 17762 . - 2 ID=contig26.cds3.3;Parent=contig26.path1.gene3;Name=contig26.path1.gene3;Note=internal-exon +contig26 GlimmerHMM CDS 20895 21116 . - 2 ID=contig26.cds3.4;Parent=contig26.path1.gene3;Name=contig26.path1.gene3;Note=internal-exon +contig26 GlimmerHMM CDS 22306 22641 . - 2 ID=contig26.cds3.5;Parent=contig26.path1.gene3;Name=contig26.path1.gene3;Note=internal-exon +contig26 GlimmerHMM CDS 22702 22858 . - 0 ID=contig26.cds3.6;Parent=contig26.path1.gene3;Name=contig26.path1.gene3;Note=initial-exon +contig26 GlimmerHMM mRNA 25946 38735 . + . 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ID=contig31.path1.gene2;Name=contig31.path1.gene2 +contig31 GlimmerHMM CDS 35323 35808 . - 0 ID=contig31.cds2.1;Parent=contig31.path1.gene2;Name=contig31.path1.gene2;Note=final-exon +contig31 GlimmerHMM CDS 35835 35987 . - 0 ID=contig31.cds2.2;Parent=contig31.path1.gene2;Name=contig31.path1.gene2;Note=initial-exon +contig31 GlimmerHMM mRNA 38034 39914 . - . ID=contig31.path1.gene3;Name=contig31.path1.gene3 +contig31 GlimmerHMM CDS 38034 38140 . - 2 ID=contig31.cds3.1;Parent=contig31.path1.gene3;Name=contig31.path1.gene3;Note=final-exon +contig31 GlimmerHMM CDS 39393 39448 . - 1 ID=contig31.cds3.2;Parent=contig31.path1.gene3;Name=contig31.path1.gene3;Note=internal-exon +contig31 GlimmerHMM CDS 39745 39914 . - 0 ID=contig31.cds3.3;Parent=contig31.path1.gene3;Name=contig31.path1.gene3;Note=initial-exon +##sequence-region contig32 1 40014 +contig32 GlimmerHMM mRNA 5312 5976 . - . ID=contig32.path1.gene1;Name=contig32.path1.gene1 +contig32 GlimmerHMM CDS 5312 5797 . - 0 ID=contig32.cds1.1;Parent=contig32.path1.gene1;Name=contig32.path1.gene1;Note=final-exon +contig32 GlimmerHMM CDS 5824 5976 . - 0 ID=contig32.cds1.2;Parent=contig32.path1.gene1;Name=contig32.path1.gene1;Note=initial-exon +contig32 GlimmerHMM mRNA 8023 9903 . - . ID=contig32.path1.gene2;Name=contig32.path1.gene2 +contig32 GlimmerHMM CDS 8023 8129 . - 2 ID=contig32.cds2.1;Parent=contig32.path1.gene2;Name=contig32.path1.gene2;Note=final-exon +contig32 GlimmerHMM CDS 9382 9437 . - 1 ID=contig32.cds2.2;Parent=contig32.path1.gene2;Name=contig32.path1.gene2;Note=internal-exon +contig32 GlimmerHMM CDS 9734 9903 . - 0 ID=contig32.cds2.3;Parent=contig32.path1.gene2;Name=contig32.path1.gene2;Note=initial-exon +contig32 GlimmerHMM mRNA 12268 14868 . + . ID=contig32.path1.gene3;Name=contig32.path1.gene3 +contig32 GlimmerHMM CDS 12268 12400 . + 0 ID=contig32.cds3.1;Parent=contig32.path1.gene3;Name=contig32.path1.gene3;Note=initial-exon +contig32 GlimmerHMM CDS 14432 14868 . + 2 ID=contig32.cds3.2;Parent=contig32.path1.gene3;Name=contig32.path1.gene3;Note=final-exon +contig32 GlimmerHMM mRNA 19560 21269 . - . ID=contig32.path1.gene4;Name=contig32.path1.gene4 +contig32 GlimmerHMM CDS 19560 21269 . - 0 ID=contig32.cds4.1;Parent=contig32.path1.gene4;Name=contig32.path1.gene4;Note=single-exon +contig32 GlimmerHMM mRNA 23284 39594 . - . ID=contig32.path1.gene5;Name=contig32.path1.gene5 +contig32 GlimmerHMM CDS 23284 23340 . - 0 ID=contig32.cds5.1;Parent=contig32.path1.gene5;Name=contig32.path1.gene5;Note=final-exon +contig32 GlimmerHMM CDS 24947 25309 . - 0 ID=contig32.cds5.2;Parent=contig32.path1.gene5;Name=contig32.path1.gene5;Note=internal-exon +contig32 GlimmerHMM CDS 25407 25572 . - 1 ID=contig32.cds5.3;Parent=contig32.path1.gene5;Name=contig32.path1.gene5;Note=internal-exon +contig32 GlimmerHMM CDS 26120 26752 . - 1 ID=contig32.cds5.4;Parent=contig32.path1.gene5;Name=contig32.path1.gene5;Note=internal-exon +contig32 GlimmerHMM CDS 29696 31284 . - 0 ID=contig32.cds5.5;Parent=contig32.path1.gene5;Name=contig32.path1.gene5;Note=internal-exon +contig32 GlimmerHMM CDS 35135 35187 . - 2 ID=contig32.cds5.6;Parent=contig32.path1.gene5;Name=contig32.path1.gene5;Note=internal-exon +contig32 GlimmerHMM CDS 39492 39594 . - 0 ID=contig32.cds5.7;Parent=contig32.path1.gene5;Name=contig32.path1.gene5;Note=initial-exon +##sequence-region contig33 1 40016 +contig33 GlimmerHMM mRNA 4558 6267 . - . ID=contig33.path1.gene1;Name=contig33.path1.gene1 +contig33 GlimmerHMM CDS 4558 6267 . - 0 ID=contig33.cds1.1;Parent=contig33.path1.gene1;Name=contig33.path1.gene1;Note=single-exon +contig33 GlimmerHMM mRNA 8282 22510 . - . ID=contig33.path1.gene2;Name=contig33.path1.gene2 +contig33 GlimmerHMM CDS 8282 8338 . - 0 ID=contig33.cds2.1;Parent=contig33.path1.gene2;Name=contig33.path1.gene2;Note=final-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 9945 10307 . - 0 ID=contig33.cds2.2;Parent=contig33.path1.gene2;Name=contig33.path1.gene2;Note=internal-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 10405 10570 . - 1 ID=contig33.cds2.3;Parent=contig33.path1.gene2;Name=contig33.path1.gene2;Note=internal-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 11118 11750 . - 1 ID=contig33.cds2.4;Parent=contig33.path1.gene2;Name=contig33.path1.gene2;Note=internal-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 14694 16282 . - 0 ID=contig33.cds2.5;Parent=contig33.path1.gene2;Name=contig33.path1.gene2;Note=internal-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 20938 20956 . - 1 ID=contig33.cds2.6;Parent=contig33.path1.gene2;Name=contig33.path1.gene2;Note=internal-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 22380 22510 . - 0 ID=contig33.cds2.7;Parent=contig33.path1.gene2;Name=contig33.path1.gene2;Note=initial-exon +contig33 GlimmerHMM mRNA 25242 30390 . + . ID=contig33.path1.gene3;Name=contig33.path1.gene3 +contig33 GlimmerHMM CDS 25242 25284 . + 0 ID=contig33.cds3.1;Parent=contig33.path1.gene3;Name=contig33.path1.gene3;Note=initial-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 25460 25572 . + 2 ID=contig33.cds3.2;Parent=contig33.path1.gene3;Name=contig33.path1.gene3;Note=internal-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 25920 26022 . + 0 ID=contig33.cds3.3;Parent=contig33.path1.gene3;Name=contig33.path1.gene3;Note=internal-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 26958 27076 . + 2 ID=contig33.cds3.4;Parent=contig33.path1.gene3;Name=contig33.path1.gene3;Note=internal-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 27141 27262 . + 0 ID=contig33.cds3.5;Parent=contig33.path1.gene3;Name=contig33.path1.gene3;Note=internal-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 30074 30179 . + 1 ID=contig33.cds3.6;Parent=contig33.path1.gene3;Name=contig33.path1.gene3;Note=internal-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 30235 30390 . + 0 ID=contig33.cds3.7;Parent=contig33.path1.gene3;Name=contig33.path1.gene3;Note=final-exon +contig33 GlimmerHMM mRNA 33024 37281 . - . ID=contig33.path1.gene4;Name=contig33.path1.gene4 +contig33 GlimmerHMM CDS 33024 33029 . - 0 ID=contig33.cds4.1;Parent=contig33.path1.gene4;Name=contig33.path1.gene4;Note=final-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 33092 33183 . - 2 ID=contig33.cds4.2;Parent=contig33.path1.gene4;Name=contig33.path1.gene4;Note=internal-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 33492 34143 . - 0 ID=contig33.cds4.3;Parent=contig33.path1.gene4;Name=contig33.path1.gene4;Note=internal-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 34200 34387 . - 2 ID=contig33.cds4.4;Parent=contig33.path1.gene4;Name=contig33.path1.gene4;Note=internal-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 36532 36733 . - 0 ID=contig33.cds4.5;Parent=contig33.path1.gene4;Name=contig33.path1.gene4;Note=internal-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 36795 36904 . - 2 ID=contig33.cds4.6;Parent=contig33.path1.gene4;Name=contig33.path1.gene4;Note=internal-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 36967 37091 . - 1 ID=contig33.cds4.7;Parent=contig33.path1.gene4;Name=contig33.path1.gene4;Note=internal-exon +contig33 GlimmerHMM CDS 37184 37281 . - 0 ID=contig33.cds4.8;Parent=contig33.path1.gene4;Name=contig33.path1.gene4;Note=initial-exon +##sequence-region contig34 1 50012 +contig34 GlimmerHMM mRNA 230 5378 . + . ID=contig34.path1.gene1;Name=contig34.path1.gene1 +contig34 GlimmerHMM CDS 230 272 . + 0 ID=contig34.cds1.1;Parent=contig34.path1.gene1;Name=contig34.path1.gene1;Note=initial-exon +contig34 GlimmerHMM CDS 448 560 . + 2 ID=contig34.cds1.2;Parent=contig34.path1.gene1;Name=contig34.path1.gene1;Note=internal-exon +contig34 GlimmerHMM CDS 908 1010 . + 0 ID=contig34.cds1.3;Parent=contig34.path1.gene1;Name=contig34.path1.gene1;Note=internal-exon +contig34 GlimmerHMM CDS 1946 2064 . + 2 ID=contig34.cds1.4;Parent=contig34.path1.gene1;Name=contig34.path1.gene1;Note=internal-exon +contig34 GlimmerHMM CDS 2129 2250 . + 0 ID=contig34.cds1.5;Parent=contig34.path1.gene1;Name=contig34.path1.gene1;Note=internal-exon +contig34 GlimmerHMM CDS 5062 5167 . + 1 ID=contig34.cds1.6;Parent=contig34.path1.gene1;Name=contig34.path1.gene1;Note=internal-exon +contig34 GlimmerHMM CDS 5223 5378 . + 0 ID=contig34.cds1.7;Parent=contig34.path1.gene1;Name=contig34.path1.gene1;Note=final-exon +contig34 GlimmerHMM mRNA 8012 12269 . - . 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ID=contig39.path1.gene3;Name=contig39.path1.gene3 +contig39 GlimmerHMM CDS 35574 36216 . + 0 ID=contig39.cds3.1;Parent=contig39.path1.gene3;Name=contig39.path1.gene3;Note=initial-exon +contig39 GlimmerHMM CDS 37575 38992 . + 2 ID=contig39.cds3.2;Parent=contig39.path1.gene3;Name=contig39.path1.gene3;Note=internal-exon +contig39 GlimmerHMM CDS 40979 41017 . + 0 ID=contig39.cds3.3;Parent=contig39.path1.gene3;Name=contig39.path1.gene3;Note=final-exon +##sequence-region contig40 1 60015 +contig40 GlimmerHMM mRNA 560 1677 . + . ID=contig40.path1.gene1;Name=contig40.path1.gene1 +contig40 GlimmerHMM CDS 560 1202 . + 0 ID=contig40.cds1.1;Parent=contig40.path1.gene1;Name=contig40.path1.gene1;Note=initial-exon +contig40 GlimmerHMM CDS 1580 1677 . + 2 ID=contig40.cds1.2;Parent=contig40.path1.gene1;Name=contig40.path1.gene1;Note=final-exon +contig40 GlimmerHMM mRNA 4227 16682 . - . 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ID=contig41.path1.gene3;Name=contig41.path1.gene3 +contig41 GlimmerHMM CDS 28424 28598 . - 1 ID=contig41.cds3.1;Parent=contig41.path1.gene3;Name=contig41.path1.gene3;Note=final-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 30447 30602 . - 1 ID=contig41.cds3.2;Parent=contig41.path1.gene3;Name=contig41.path1.gene3;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 31183 31508 . - 0 ID=contig41.cds3.3;Parent=contig41.path1.gene3;Name=contig41.path1.gene3;Note=initial-exon +contig41 GlimmerHMM mRNA 35171 58924 . + . ID=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4 +contig41 GlimmerHMM CDS 35171 35483 . + 0 ID=contig41.cds4.1;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=initial-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 36372 36508 . + 2 ID=contig41.cds4.2;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 37207 37228 . + 0 ID=contig41.cds4.3;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 37496 37526 . + 2 ID=contig41.cds4.4;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 39079 39241 . + 1 ID=contig41.cds4.5;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 39536 39677 . + 0 ID=contig41.cds4.6;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 40202 40343 . + 2 ID=contig41.cds4.7;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 40493 40693 . + 1 ID=contig41.cds4.8;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 40765 41066 . + 1 ID=contig41.cds4.9;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 41145 41247 . + 2 ID=contig41.cds4.10;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 41508 41608 . + 1 ID=contig41.cds4.11;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 42768 42957 . + 2 ID=contig41.cds4.12;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 43159 43291 . + 1 ID=contig41.cds4.13;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 43867 44269 . + 0 ID=contig41.cds4.14;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 44418 45091 . + 2 ID=contig41.cds4.15;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 45128 45343 . + 0 ID=contig41.cds4.16;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 46167 46307 . + 0 ID=contig41.cds4.17;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 46703 47044 . + 0 ID=contig41.cds4.18;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 47580 47624 . + 0 ID=contig41.cds4.19;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 47876 47998 . + 0 ID=contig41.cds4.20;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 48076 48135 . + 0 ID=contig41.cds4.21;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 48304 48399 . + 0 ID=contig41.cds4.22;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 50623 50937 . + 0 ID=contig41.cds4.23;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 52323 52448 . + 0 ID=contig41.cds4.24;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 52639 52674 . + 0 ID=contig41.cds4.25;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 52835 53011 . + 0 ID=contig41.cds4.26;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 53321 53548 . + 0 ID=contig41.cds4.27;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 54373 54546 . + 0 ID=contig41.cds4.28;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 58116 58263 . + 0 ID=contig41.cds4.29;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon +contig41 GlimmerHMM CDS 58917 58924 . + 2 ID=contig41.cds4.30;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=final-exon +##sequence-region contig42 1 70020 +contig42 GlimmerHMM mRNA 1140 1502 . - . ID=contig42.path1.gene1;Name=contig42.path1.gene1 +contig42 GlimmerHMM CDS 1140 1502 . - 0 ID=contig42.cds1.1;Parent=contig42.path1.gene1;Name=contig42.path1.gene1;Note=single-exon +contig42 GlimmerHMM mRNA 5165 63391 . + . ID=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2 +contig42 GlimmerHMM CDS 5165 5477 . + 0 ID=contig42.cds2.1;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=initial-exon +contig42 GlimmerHMM CDS 6366 6502 . + 2 ID=contig42.cds2.2;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon +contig42 GlimmerHMM CDS 7201 7222 . + 0 ID=contig42.cds2.3;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon +contig42 GlimmerHMM CDS 7490 7520 . + 2 ID=contig42.cds2.4;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon +contig42 GlimmerHMM CDS 9073 9235 . + 1 ID=contig42.cds2.5;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon +contig42 GlimmerHMM CDS 9530 9671 . + 0 ID=contig42.cds2.6;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon +contig42 GlimmerHMM CDS 10196 10337 . + 2 ID=contig42.cds2.7;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon +contig42 GlimmerHMM CDS 10487 10687 . + 1 ID=contig42.cds2.8;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon +contig42 GlimmerHMM CDS 10759 11060 . + 1 ID=contig42.cds2.9;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon +contig42 GlimmerHMM CDS 11139 11241 . + 2 ID=contig42.cds2.10;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon +contig42 GlimmerHMM CDS 11502 11602 . + 1 ID=contig42.cds2.11;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon +contig42 GlimmerHMM CDS 12762 12951 . + 2 ID=contig42.cds2.12;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon +contig42 GlimmerHMM CDS 13153 13285 . + 1 ID=contig42.cds2.13;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon +contig42 GlimmerHMM CDS 13861 14263 . + 0 ID=contig42.cds2.14;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon +contig42 GlimmerHMM CDS 14412 15085 . + 2 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ID=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1 +contig43 GlimmerHMM CDS 593 646 . + 0 ID=contig43.cds1.1;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=initial-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 983 1417 . + 0 ID=contig43.cds1.2;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 1628 1705 . + 0 ID=contig43.cds1.3;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 3383 4082 . + 0 ID=contig43.cds1.4;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 4306 4659 . + 2 ID=contig43.cds1.5;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 5281 6993 . + 2 ID=contig43.cds1.6;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 8396 9295 . + 2 ID=contig43.cds1.7;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 9588 10351 . + 2 ID=contig43.cds1.8;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 10437 10572 . + 0 ID=contig43.cds1.9;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 10765 11655 . + 2 ID=contig43.cds1.10;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 11722 14394 . + 2 ID=contig43.cds1.11;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 15580 25413 . + 2 ID=contig43.cds1.12;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 25485 26463 . + 2 ID=contig43.cds1.13;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 26524 26865 . + 1 ID=contig43.cds1.14;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 27561 28603 . + 1 ID=contig43.cds1.15;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 29343 29399 . + 2 ID=contig43.cds1.16;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 31746 32048 . + 2 ID=contig43.cds1.17;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 32749 33383 . + 2 ID=contig43.cds1.18;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=final-exon +contig43 GlimmerHMM mRNA 39583 49156 . - . ID=contig43.path1.gene2;Name=contig43.path1.gene2 +contig43 GlimmerHMM CDS 39583 42419 . - 2 ID=contig43.cds2.1;Parent=contig43.path1.gene2;Name=contig43.path1.gene2;Note=final-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 44160 44231 . - 2 ID=contig43.cds2.2;Parent=contig43.path1.gene2;Name=contig43.path1.gene2;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 44291 44971 . - 2 ID=contig43.cds2.3;Parent=contig43.path1.gene2;Name=contig43.path1.gene2;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 46441 47293 . - 0 ID=contig43.cds2.4;Parent=contig43.path1.gene2;Name=contig43.path1.gene2;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 48708 48891 . - 1 ID=contig43.cds2.5;Parent=contig43.path1.gene2;Name=contig43.path1.gene2;Note=internal-exon +contig43 GlimmerHMM CDS 49050 49156 . - 0 ID=contig43.cds2.6;Parent=contig43.path1.gene2;Name=contig43.path1.gene2;Note=initial-exon +##sequence-region contig44 1 50013 +contig44 GlimmerHMM mRNA 395 9144 . - . ID=contig44.path1.gene1;Name=contig44.path1.gene1 +contig44 GlimmerHMM CDS 395 520 . - 0 ID=contig44.cds1.1;Parent=contig44.path1.gene1;Name=contig44.path1.gene1;Note=final-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 1242 2407 . - 2 ID=contig44.cds1.2;Parent=contig44.path1.gene1;Name=contig44.path1.gene1;Note=internal-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 4148 4219 . - 2 ID=contig44.cds1.3;Parent=contig44.path1.gene1;Name=contig44.path1.gene1;Note=internal-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 4279 4959 . - 2 ID=contig44.cds1.4;Parent=contig44.path1.gene1;Name=contig44.path1.gene1;Note=internal-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 6429 7281 . - 0 ID=contig44.cds1.5;Parent=contig44.path1.gene1;Name=contig44.path1.gene1;Note=internal-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 8696 8879 . - 1 ID=contig44.cds1.6;Parent=contig44.path1.gene1;Name=contig44.path1.gene1;Note=internal-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 9038 9144 . - 0 ID=contig44.cds1.7;Parent=contig44.path1.gene1;Name=contig44.path1.gene1;Note=initial-exon +contig44 GlimmerHMM mRNA 11632 14837 . - . ID=contig44.path1.gene2;Name=contig44.path1.gene2 +contig44 GlimmerHMM CDS 11632 12468 . - 0 ID=contig44.cds2.1;Parent=contig44.path1.gene2;Name=contig44.path1.gene2;Note=final-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 13947 14837 . - 0 ID=contig44.cds2.2;Parent=contig44.path1.gene2;Name=contig44.path1.gene2;Note=initial-exon +contig44 GlimmerHMM mRNA 16854 18627 . + . ID=contig44.path1.gene3;Name=contig44.path1.gene3 +contig44 GlimmerHMM CDS 16854 16926 . + 0 ID=contig44.cds3.1;Parent=contig44.path1.gene3;Name=contig44.path1.gene3;Note=initial-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 16985 17067 . + 2 ID=contig44.cds3.2;Parent=contig44.path1.gene3;Name=contig44.path1.gene3;Note=internal-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 18082 18627 . + 0 ID=contig44.cds3.3;Parent=contig44.path1.gene3;Name=contig44.path1.gene3;Note=final-exon +contig44 GlimmerHMM mRNA 21455 27740 . + . ID=contig44.path1.gene4;Name=contig44.path1.gene4 +contig44 GlimmerHMM CDS 21455 21722 . + 0 ID=contig44.cds4.1;Parent=contig44.path1.gene4;Name=contig44.path1.gene4;Note=initial-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 21925 22013 . + 2 ID=contig44.cds4.2;Parent=contig44.path1.gene4;Name=contig44.path1.gene4;Note=internal-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 25199 25326 . + 0 ID=contig44.cds4.3;Parent=contig44.path1.gene4;Name=contig44.path1.gene4;Note=internal-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 25564 25722 . + 1 ID=contig44.cds4.4;Parent=contig44.path1.gene4;Name=contig44.path1.gene4;Note=internal-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 25885 25941 . + 1 ID=contig44.cds4.5;Parent=contig44.path1.gene4;Name=contig44.path1.gene4;Note=internal-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 27123 27162 . + 1 ID=contig44.cds4.6;Parent=contig44.path1.gene4;Name=contig44.path1.gene4;Note=internal-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 27693 27740 . + 0 ID=contig44.cds4.7;Parent=contig44.path1.gene4;Name=contig44.path1.gene4;Note=final-exon +contig44 GlimmerHMM mRNA 30550 47582 . - . ID=contig44.path1.gene5;Name=contig44.path1.gene5 +contig44 GlimmerHMM CDS 30550 30677 . - 2 ID=contig44.cds5.1;Parent=contig44.path1.gene5;Name=contig44.path1.gene5;Note=final-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 37567 37756 . - 0 ID=contig44.cds5.2;Parent=contig44.path1.gene5;Name=contig44.path1.gene5;Note=internal-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 37808 37912 . - 0 ID=contig44.cds5.3;Parent=contig44.path1.gene5;Name=contig44.path1.gene5;Note=internal-exon +contig44 GlimmerHMM CDS 47484 47582 . - 0 ID=contig44.cds5.4;Parent=contig44.path1.gene5;Name=contig44.path1.gene5;Note=initial-exon +##sequence-region contig45 1 50013 +contig45 GlimmerHMM mRNA 1628 4833 . - . ID=contig45.path1.gene1;Name=contig45.path1.gene1 +contig45 GlimmerHMM CDS 1628 2464 . - 0 ID=contig45.cds1.1;Parent=contig45.path1.gene1;Name=contig45.path1.gene1;Note=final-exon +contig45 GlimmerHMM CDS 3943 4833 . - 0 ID=contig45.cds1.2;Parent=contig45.path1.gene1;Name=contig45.path1.gene1;Note=initial-exon +contig45 GlimmerHMM mRNA 6850 8623 . + . ID=contig45.path1.gene2;Name=contig45.path1.gene2 +contig45 GlimmerHMM CDS 6850 6922 . + 0 ID=contig45.cds2.1;Parent=contig45.path1.gene2;Name=contig45.path1.gene2;Note=initial-exon +contig45 GlimmerHMM CDS 6981 7063 . + 2 ID=contig45.cds2.2;Parent=contig45.path1.gene2;Name=contig45.path1.gene2;Note=internal-exon +contig45 GlimmerHMM CDS 8078 8623 . + 0 ID=contig45.cds2.3;Parent=contig45.path1.gene2;Name=contig45.path1.gene2;Note=final-exon +contig45 GlimmerHMM mRNA 11451 17736 . + . ID=contig45.path1.gene3;Name=contig45.path1.gene3 +contig45 GlimmerHMM CDS 11451 11718 . + 0 ID=contig45.cds3.1;Parent=contig45.path1.gene3;Name=contig45.path1.gene3;Note=initial-exon +contig45 GlimmerHMM CDS 11921 12009 . + 2 ID=contig45.cds3.2;Parent=contig45.path1.gene3;Name=contig45.path1.gene3;Note=internal-exon +contig45 GlimmerHMM CDS 15195 15322 . + 0 ID=contig45.cds3.3;Parent=contig45.path1.gene3;Name=contig45.path1.gene3;Note=internal-exon +contig45 GlimmerHMM CDS 15560 15718 . + 1 ID=contig45.cds3.4;Parent=contig45.path1.gene3;Name=contig45.path1.gene3;Note=internal-exon +contig45 GlimmerHMM CDS 15881 15937 . + 1 ID=contig45.cds3.5;Parent=contig45.path1.gene3;Name=contig45.path1.gene3;Note=internal-exon +contig45 GlimmerHMM CDS 17119 17158 . + 1 ID=contig45.cds3.6;Parent=contig45.path1.gene3;Name=contig45.path1.gene3;Note=internal-exon +contig45 GlimmerHMM CDS 17689 17736 . + 0 ID=contig45.cds3.7;Parent=contig45.path1.gene3;Name=contig45.path1.gene3;Note=final-exon +contig45 GlimmerHMM mRNA 20546 37578 . - . ID=contig45.path1.gene4;Name=contig45.path1.gene4 +contig45 GlimmerHMM CDS 20546 20673 . - 2 ID=contig45.cds4.1;Parent=contig45.path1.gene4;Name=contig45.path1.gene4;Note=final-exon +contig45 GlimmerHMM CDS 27563 27752 . - 0 ID=contig45.cds4.2;Parent=contig45.path1.gene4;Name=contig45.path1.gene4;Note=internal-exon +contig45 GlimmerHMM CDS 27804 27908 . - 0 ID=contig45.cds4.3;Parent=contig45.path1.gene4;Name=contig45.path1.gene4;Note=internal-exon +contig45 GlimmerHMM CDS 37480 37578 . - 0 ID=contig45.cds4.4;Parent=contig45.path1.gene4;Name=contig45.path1.gene4;Note=initial-exon +contig45 GlimmerHMM mRNA 42096 44534 . - . ID=contig45.path1.gene5;Name=contig45.path1.gene5 +contig45 GlimmerHMM CDS 42096 42122 . - 0 ID=contig45.cds5.1;Parent=contig45.path1.gene5;Name=contig45.path1.gene5;Note=final-exon +contig45 GlimmerHMM CDS 43859 44007 . - 2 ID=contig45.cds5.2;Parent=contig45.path1.gene5;Name=contig45.path1.gene5;Note=internal-exon +contig45 GlimmerHMM CDS 44462 44534 . - 0 ID=contig45.cds5.3;Parent=contig45.path1.gene5;Name=contig45.path1.gene5;Note=initial-exon +contig45 GlimmerHMM mRNA 47223 48562 . + . ID=contig45.path1.gene6;Name=contig45.path1.gene6 +contig45 GlimmerHMM CDS 47223 47380 . + 0 ID=contig45.cds6.1;Parent=contig45.path1.gene6;Name=contig45.path1.gene6;Note=initial-exon +contig45 GlimmerHMM CDS 48457 48562 . + 1 ID=contig45.cds6.2;Parent=contig45.path1.gene6;Name=contig45.path1.gene6;Note=final-exon +##sequence-region contig46 1 50012 +contig46 GlimmerHMM mRNA 1660 12572 . - . 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ID=contig48.path1.gene3;Name=contig48.path1.gene3 +contig48 GlimmerHMM CDS 50694 50838 . - 1 ID=contig48.cds3.1;Parent=contig48.path1.gene3;Name=contig48.path1.gene3;Note=final-exon +contig48 GlimmerHMM CDS 50968 51077 . - 0 ID=contig48.cds3.2;Parent=contig48.path1.gene3;Name=contig48.path1.gene3;Note=internal-exon +contig48 GlimmerHMM CDS 55647 60710 . - 0 ID=contig48.cds3.3;Parent=contig48.path1.gene3;Name=contig48.path1.gene3;Note=internal-exon +contig48 GlimmerHMM CDS 62293 62424 . - 0 ID=contig48.cds3.4;Parent=contig48.path1.gene3;Name=contig48.path1.gene3;Note=initial-exon +##sequence-region contig49 1 30003 +contig49 GlimmerHMM mRNA 535 12520 . - . 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ID=contig52.path1.gene3;Name=contig52.path1.gene3 +contig52 GlimmerHMM CDS 31544 31650 . - 2 ID=contig52.cds3.1;Parent=contig52.path1.gene3;Name=contig52.path1.gene3;Note=final-exon +contig52 GlimmerHMM CDS 32567 32953 . - 2 ID=contig52.cds3.2;Parent=contig52.path1.gene3;Name=contig52.path1.gene3;Note=internal-exon +contig52 GlimmerHMM CDS 33271 33333 . - 2 ID=contig52.cds3.3;Parent=contig52.path1.gene3;Name=contig52.path1.gene3;Note=internal-exon +contig52 GlimmerHMM CDS 33606 33713 . - 2 ID=contig52.cds3.4;Parent=contig52.path1.gene3;Name=contig52.path1.gene3;Note=internal-exon +contig52 GlimmerHMM CDS 36161 36261 . - 1 ID=contig52.cds3.5;Parent=contig52.path1.gene3;Name=contig52.path1.gene3;Note=internal-exon +contig52 GlimmerHMM CDS 39006 39121 . - 0 ID=contig52.cds3.6;Parent=contig52.path1.gene3;Name=contig52.path1.gene3;Note=internal-exon +contig52 GlimmerHMM CDS 39218 39328 . - 0 ID=contig52.cds3.7;Parent=contig52.path1.gene3;Name=contig52.path1.gene3;Note=initial-exon +##sequence-region contig53 1 50013 +contig53 GlimmerHMM mRNA 2425 9302 . - . ID=contig53.path1.gene1;Name=contig53.path1.gene1 +contig53 GlimmerHMM CDS 2425 2666 . - 2 ID=contig53.cds1.1;Parent=contig53.path1.gene1;Name=contig53.path1.gene1;Note=final-exon +contig53 GlimmerHMM CDS 2725 3054 . - 2 ID=contig53.cds1.2;Parent=contig53.path1.gene1;Name=contig53.path1.gene1;Note=internal-exon +contig53 GlimmerHMM CDS 3370 3778 . - 0 ID=contig53.cds1.3;Parent=contig53.path1.gene1;Name=contig53.path1.gene1;Note=internal-exon +contig53 GlimmerHMM CDS 4799 5005 . - 0 ID=contig53.cds1.4;Parent=contig53.path1.gene1;Name=contig53.path1.gene1;Note=internal-exon +contig53 GlimmerHMM CDS 6122 6185 . - 1 ID=contig53.cds1.5;Parent=contig53.path1.gene1;Name=contig53.path1.gene1;Note=internal-exon +contig53 GlimmerHMM CDS 6277 6351 . - 1 ID=contig53.cds1.6;Parent=contig53.path1.gene1;Name=contig53.path1.gene1;Note=internal-exon +contig53 GlimmerHMM CDS 6471 6621 . - 2 ID=contig53.cds1.7;Parent=contig53.path1.gene1;Name=contig53.path1.gene1;Note=internal-exon +contig53 GlimmerHMM CDS 7332 7706 . - 2 ID=contig53.cds1.8;Parent=contig53.path1.gene1;Name=contig53.path1.gene1;Note=internal-exon +contig53 GlimmerHMM CDS 7771 7900 . - 0 ID=contig53.cds1.9;Parent=contig53.path1.gene1;Name=contig53.path1.gene1;Note=internal-exon +contig53 GlimmerHMM CDS 9015 9302 . - 0 ID=contig53.cds1.10;Parent=contig53.path1.gene1;Name=contig53.path1.gene1;Note=initial-exon +contig53 GlimmerHMM mRNA 11537 30690 . - . 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ID=contig54.path1.gene2;Name=contig54.path1.gene2 +contig54 GlimmerHMM CDS 17196 17269 . + 0 ID=contig54.cds2.1;Parent=contig54.path1.gene2;Name=contig54.path1.gene2;Note=initial-exon +contig54 GlimmerHMM CDS 20123 20333 . + 1 ID=contig54.cds2.2;Parent=contig54.path1.gene2;Name=contig54.path1.gene2;Note=internal-exon +contig54 GlimmerHMM CDS 20670 20812 . + 0 ID=contig54.cds2.3;Parent=contig54.path1.gene2;Name=contig54.path1.gene2;Note=internal-exon +contig54 GlimmerHMM CDS 21379 21449 . + 1 ID=contig54.cds2.4;Parent=contig54.path1.gene2;Name=contig54.path1.gene2;Note=internal-exon +contig54 GlimmerHMM CDS 21680 21870 . + 2 ID=contig54.cds2.5;Parent=contig54.path1.gene2;Name=contig54.path1.gene2;Note=final-exon +contig54 GlimmerHMM mRNA 23941 33010 . - . 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ID=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2 +contig56 GlimmerHMM CDS 34254 34259 . - 0 ID=contig56.cds2.1;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=final-exon +contig56 GlimmerHMM CDS 38270 38415 . - 2 ID=contig56.cds2.2;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon +contig56 GlimmerHMM CDS 38468 38598 . - 1 ID=contig56.cds2.3;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon +contig56 GlimmerHMM CDS 38660 39046 . - 1 ID=contig56.cds2.4;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon +contig56 GlimmerHMM CDS 39119 39314 . - 2 ID=contig56.cds2.5;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon +contig56 GlimmerHMM CDS 42325 42642 . - 2 ID=contig56.cds2.6;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon +contig56 GlimmerHMM CDS 42829 42845 . - 1 ID=contig56.cds2.7;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon +contig56 GlimmerHMM CDS 43625 43782 . - 0 ID=contig56.cds2.8;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon +contig56 GlimmerHMM CDS 44006 44091 . - 2 ID=contig56.cds2.9;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon +contig56 GlimmerHMM CDS 45924 47736 . - 0 ID=contig56.cds2.10;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon +contig56 GlimmerHMM CDS 47840 47992 . - 0 ID=contig56.cds2.11;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon +contig56 GlimmerHMM CDS 48826 49832 . - 2 ID=contig56.cds2.12;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon +contig56 GlimmerHMM CDS 49901 51146 . - 0 ID=contig56.cds2.13;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon +contig56 GlimmerHMM CDS 52391 53620 . - 0 ID=contig56.cds2.14;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=initial-exon +##sequence-region contig57 1 60013 +contig57 GlimmerHMM mRNA 4241 23607 . - . 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ID=contig60.path1.gene2;Name=contig60.path1.gene2 +contig60 GlimmerHMM CDS 6088 6219 . - 0 ID=contig60.cds2.1;Parent=contig60.path1.gene2;Name=contig60.path1.gene2;Note=final-exon +contig60 GlimmerHMM CDS 6286 6406 . - 1 ID=contig60.cds2.2;Parent=contig60.path1.gene2;Name=contig60.path1.gene2;Note=internal-exon +contig60 GlimmerHMM CDS 6466 6814 . - 2 ID=contig60.cds2.3;Parent=contig60.path1.gene2;Name=contig60.path1.gene2;Note=internal-exon +contig60 GlimmerHMM CDS 6867 7161 . - 0 ID=contig60.cds2.4;Parent=contig60.path1.gene2;Name=contig60.path1.gene2;Note=internal-exon +contig60 GlimmerHMM CDS 8050 8303 . - 2 ID=contig60.cds2.5;Parent=contig60.path1.gene2;Name=contig60.path1.gene2;Note=internal-exon +contig60 GlimmerHMM CDS 8356 8755 . - 0 ID=contig60.cds2.6;Parent=contig60.path1.gene2;Name=contig60.path1.gene2;Note=internal-exon +contig60 GlimmerHMM CDS 12696 12743 . - 0 ID=contig60.cds2.7;Parent=contig60.path1.gene2;Name=contig60.path1.gene2;Note=initial-exon +contig60 GlimmerHMM mRNA 18443 31744 . + . ID=contig60.path1.gene3;Name=contig60.path1.gene3 +contig60 GlimmerHMM CDS 18443 18518 . + 0 ID=contig60.cds3.1;Parent=contig60.path1.gene3;Name=contig60.path1.gene3;Note=initial-exon +contig60 GlimmerHMM CDS 22222 22251 . + 2 ID=contig60.cds3.2;Parent=contig60.path1.gene3;Name=contig60.path1.gene3;Note=internal-exon +contig60 GlimmerHMM CDS 22314 29494 . + 2 ID=contig60.cds3.3;Parent=contig60.path1.gene3;Name=contig60.path1.gene3;Note=internal-exon +contig60 GlimmerHMM CDS 29560 29780 . + 0 ID=contig60.cds3.4;Parent=contig60.path1.gene3;Name=contig60.path1.gene3;Note=internal-exon +contig60 GlimmerHMM CDS 29847 31557 . + 1 ID=contig60.cds3.5;Parent=contig60.path1.gene3;Name=contig60.path1.gene3;Note=internal-exon +contig60 GlimmerHMM CDS 31589 31744 . + 0 ID=contig60.cds3.6;Parent=contig60.path1.gene3;Name=contig60.path1.gene3;Note=final-exon +contig60 GlimmerHMM mRNA 33955 38754 . - . 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ID=contig61.path1.gene4;Name=contig61.path1.gene4 +contig61 GlimmerHMM CDS 38215 38467 . - 1 ID=contig61.cds4.1;Parent=contig61.path1.gene4;Name=contig61.path1.gene4;Note=final-exon +contig61 GlimmerHMM CDS 39745 39764 . - 0 ID=contig61.cds4.2;Parent=contig61.path1.gene4;Name=contig61.path1.gene4;Note=initial-exon +##sequence-region contig62 1 50017 +contig62 GlimmerHMM mRNA 1379 1393 . + . ID=contig62.path1.gene1;Name=contig62.path1.gene1 +contig62 GlimmerHMM CDS 1379 1393 . + 0 ID=contig62.cds1.1;Parent=contig62.path1.gene1;Name=contig62.path1.gene1;Note=final-exon +contig62 GlimmerHMM mRNA 8271 8417 . - . ID=contig62.path1.gene2;Name=contig62.path1.gene2 +contig62 GlimmerHMM CDS 8271 8417 . - 0 ID=contig62.cds2.1;Parent=contig62.path1.gene2;Name=contig62.path1.gene2;Note=single-exon +contig62 GlimmerHMM mRNA 10810 49021 . + . 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ID=contig63.path1.gene1;Name=contig63.path1.gene1 +contig63 GlimmerHMM CDS 1003 1486 . + 0 ID=contig63.cds1.1;Parent=contig63.path1.gene1;Name=contig63.path1.gene1;Note=final-exon +contig63 GlimmerHMM mRNA 4369 12161 . + . ID=contig63.path1.gene2;Name=contig63.path1.gene2 +contig63 GlimmerHMM CDS 4369 4421 . + 0 ID=contig63.cds2.1;Parent=contig63.path1.gene2;Name=contig63.path1.gene2;Note=initial-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 4822 5122 . + 1 ID=contig63.cds2.2;Parent=contig63.path1.gene2;Name=contig63.path1.gene2;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 5190 5442 . + 0 ID=contig63.cds2.3;Parent=contig63.path1.gene2;Name=contig63.path1.gene2;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 5599 5697 . + 2 ID=contig63.cds2.4;Parent=contig63.path1.gene2;Name=contig63.path1.gene2;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 7498 7920 . + 2 ID=contig63.cds2.5;Parent=contig63.path1.gene2;Name=contig63.path1.gene2;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 11546 11653 . + 2 ID=contig63.cds2.6;Parent=contig63.path1.gene2;Name=contig63.path1.gene2;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 11995 12161 . + 2 ID=contig63.cds2.7;Parent=contig63.path1.gene2;Name=contig63.path1.gene2;Note=final-exon +contig63 GlimmerHMM mRNA 15926 33054 . - . ID=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3 +contig63 GlimmerHMM CDS 15926 15960 . - 2 ID=contig63.cds3.1;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=final-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 17594 17717 . - 0 ID=contig63.cds3.2;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 19057 19187 . - 2 ID=contig63.cds3.3;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 19270 19353 . - 2 ID=contig63.cds3.4;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 19425 19979 . - 2 ID=contig63.cds3.5;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 21715 22879 . - 0 ID=contig63.cds3.6;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 24636 24897 . - 1 ID=contig63.cds3.7;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 25155 25472 . - 1 ID=contig63.cds3.8;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 25711 25784 . - 0 ID=contig63.cds3.9;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 26229 26336 . - 0 ID=contig63.cds3.10;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 26403 26903 . - 0 ID=contig63.cds3.11;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 26957 27099 . - 2 ID=contig63.cds3.12;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 28214 28374 . - 1 ID=contig63.cds3.13;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 31124 31349 . - 2 ID=contig63.cds3.14;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon +contig63 GlimmerHMM CDS 32955 33054 . - 0 ID=contig63.cds3.15;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=initial-exon +contig63 GlimmerHMM mRNA 36087 52795 . + . 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ID=contig64.path1.gene1;Name=contig64.path1.gene1 +contig64 GlimmerHMM CDS 921 955 . - 2 ID=contig64.cds1.1;Parent=contig64.path1.gene1;Name=contig64.path1.gene1;Note=final-exon +contig64 GlimmerHMM CDS 2589 2712 . - 0 ID=contig64.cds1.2;Parent=contig64.path1.gene1;Name=contig64.path1.gene1;Note=internal-exon +contig64 GlimmerHMM CDS 4052 4182 . - 2 ID=contig64.cds1.3;Parent=contig64.path1.gene1;Name=contig64.path1.gene1;Note=internal-exon +contig64 GlimmerHMM CDS 4265 4348 . - 2 ID=contig64.cds1.4;Parent=contig64.path1.gene1;Name=contig64.path1.gene1;Note=internal-exon +contig64 GlimmerHMM CDS 4420 4974 . - 2 ID=contig64.cds1.5;Parent=contig64.path1.gene1;Name=contig64.path1.gene1;Note=internal-exon +contig64 GlimmerHMM CDS 6710 7874 . - 0 ID=contig64.cds1.6;Parent=contig64.path1.gene1;Name=contig64.path1.gene1;Note=internal-exon +contig64 GlimmerHMM CDS 9631 9892 . - 1 ID=contig64.cds1.7;Parent=contig64.path1.gene1;Name=contig64.path1.gene1;Note=internal-exon +contig64 GlimmerHMM CDS 10150 10467 . - 1 ID=contig64.cds1.8;Parent=contig64.path1.gene1;Name=contig64.path1.gene1;Note=internal-exon +contig64 GlimmerHMM CDS 10706 10779 . - 0 ID=contig64.cds1.9;Parent=contig64.path1.gene1;Name=contig64.path1.gene1;Note=internal-exon +contig64 GlimmerHMM CDS 11224 11331 . - 0 ID=contig64.cds1.10;Parent=contig64.path1.gene1;Name=contig64.path1.gene1;Note=internal-exon +contig64 GlimmerHMM CDS 11398 11898 . - 0 ID=contig64.cds1.11;Parent=contig64.path1.gene1;Name=contig64.path1.gene1;Note=internal-exon +contig64 GlimmerHMM CDS 11952 12094 . - 2 ID=contig64.cds1.12;Parent=contig64.path1.gene1;Name=contig64.path1.gene1;Note=internal-exon +contig64 GlimmerHMM CDS 13209 13369 . - 1 ID=contig64.cds1.13;Parent=contig64.path1.gene1;Name=contig64.path1.gene1;Note=internal-exon +contig64 GlimmerHMM CDS 16119 16344 . - 2 ID=contig64.cds1.14;Parent=contig64.path1.gene1;Name=contig64.path1.gene1;Note=internal-exon +contig64 GlimmerHMM CDS 17950 18049 . - 0 ID=contig64.cds1.15;Parent=contig64.path1.gene1;Name=contig64.path1.gene1;Note=initial-exon +contig64 GlimmerHMM mRNA 21082 37790 . + . 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ID=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1 +contig65 GlimmerHMM CDS 1073 1364 . + 0 ID=contig65.cds1.1;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=initial-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 2137 2550 . + 2 ID=contig65.cds1.2;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 4510 4676 . + 2 ID=contig65.cds1.3;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 5388 5441 . + 0 ID=contig65.cds1.4;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 5560 5724 . + 0 ID=contig65.cds1.5;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 5781 5939 . + 0 ID=contig65.cds1.6;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 7023 7226 . + 0 ID=contig65.cds1.7;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 9847 9945 . + 0 ID=contig65.cds1.8;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 10138 10242 . + 0 ID=contig65.cds1.9;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 10357 10614 . + 0 ID=contig65.cds1.10;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 10747 11244 . + 0 ID=contig65.cds1.11;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 11392 11408 . + 0 ID=contig65.cds1.12;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 13020 13269 . + 1 ID=contig65.cds1.13;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 13705 13902 . + 0 ID=contig65.cds1.14;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 15720 16110 . + 0 ID=contig65.cds1.15;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 16164 16391 . + 2 ID=contig65.cds1.16;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 20682 20716 . + 2 ID=contig65.cds1.17;Parent=contig65.path1.gene1;Name=contig65.path1.gene1;Note=final-exon +contig65 GlimmerHMM mRNA 23382 33004 . - . ID=contig65.path1.gene2;Name=contig65.path1.gene2 +contig65 GlimmerHMM CDS 23382 23414 . - 0 ID=contig65.cds2.1;Parent=contig65.path1.gene2;Name=contig65.path1.gene2;Note=final-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 23537 23954 . - 1 ID=contig65.cds2.2;Parent=contig65.path1.gene2;Name=contig65.path1.gene2;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 24021 24422 . - 1 ID=contig65.cds2.3;Parent=contig65.path1.gene2;Name=contig65.path1.gene2;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 27407 27523 . - 1 ID=contig65.cds2.4;Parent=contig65.path1.gene2;Name=contig65.path1.gene2;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 27589 27830 . - 0 ID=contig65.cds2.5;Parent=contig65.path1.gene2;Name=contig65.path1.gene2;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 31753 31776 . - 0 ID=contig65.cds2.6;Parent=contig65.path1.gene2;Name=contig65.path1.gene2;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 33002 33004 . - 0 ID=contig65.cds2.7;Parent=contig65.path1.gene2;Name=contig65.path1.gene2;Note=initial-exon +contig65 GlimmerHMM mRNA 37164 44203 . + . ID=contig65.path1.gene3;Name=contig65.path1.gene3 +contig65 GlimmerHMM CDS 37164 37235 . + 0 ID=contig65.cds3.1;Parent=contig65.path1.gene3;Name=contig65.path1.gene3;Note=initial-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 38418 38642 . + 0 ID=contig65.cds3.2;Parent=contig65.path1.gene3;Name=contig65.path1.gene3;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 38929 38999 . + 0 ID=contig65.cds3.3;Parent=contig65.path1.gene3;Name=contig65.path1.gene3;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 39651 39735 . + 1 ID=contig65.cds3.4;Parent=contig65.path1.gene3;Name=contig65.path1.gene3;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 41433 42041 . + 0 ID=contig65.cds3.5;Parent=contig65.path1.gene3;Name=contig65.path1.gene3;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 42103 42911 . + 0 ID=contig65.cds3.6;Parent=contig65.path1.gene3;Name=contig65.path1.gene3;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 43509 43707 . + 1 ID=contig65.cds3.7;Parent=contig65.path1.gene3;Name=contig65.path1.gene3;Note=internal-exon +contig65 GlimmerHMM CDS 44192 44203 . + 0 ID=contig65.cds3.8;Parent=contig65.path1.gene3;Name=contig65.path1.gene3;Note=final-exon +##sequence-region contig66 1 45011 +contig66 GlimmerHMM mRNA 3375 12997 . - . ID=contig66.path1.gene1;Name=contig66.path1.gene1 +contig66 GlimmerHMM CDS 3375 3407 . - 0 ID=contig66.cds1.1;Parent=contig66.path1.gene1;Name=contig66.path1.gene1;Note=final-exon +contig66 GlimmerHMM CDS 3530 3947 . - 1 ID=contig66.cds1.2;Parent=contig66.path1.gene1;Name=contig66.path1.gene1;Note=internal-exon +contig66 GlimmerHMM CDS 4014 4415 . - 1 ID=contig66.cds1.3;Parent=contig66.path1.gene1;Name=contig66.path1.gene1;Note=internal-exon +contig66 GlimmerHMM CDS 7400 7516 . - 1 ID=contig66.cds1.4;Parent=contig66.path1.gene1;Name=contig66.path1.gene1;Note=internal-exon +contig66 GlimmerHMM CDS 7582 7823 . - 0 ID=contig66.cds1.5;Parent=contig66.path1.gene1;Name=contig66.path1.gene1;Note=internal-exon +contig66 GlimmerHMM CDS 11746 11769 . - 0 ID=contig66.cds1.6;Parent=contig66.path1.gene1;Name=contig66.path1.gene1;Note=internal-exon +contig66 GlimmerHMM CDS 12995 12997 . - 0 ID=contig66.cds1.7;Parent=contig66.path1.gene1;Name=contig66.path1.gene1;Note=initial-exon +contig66 GlimmerHMM mRNA 17157 30648 . + . 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Binary file test-data/gff3_multi_fasta/myHub/Dbia3/tracks/Multi-Fasta_GlimmerHMM_Gene_Predictions.bb has changed
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gff3_multi_fasta/myHub/genomes.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,10 @@ +genome Dbia3 +trackDb Dbia3/trackDb.txt +groups Dbia3/groups.txt +description Dbia3 +twoBitPath Dbia3/Dbia3.2bit +organism Dbia3 +defaultPos contig25 +orderKey 4500 +scientificName Dbia3 +htmlPath Dbia3/description.html
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gtf/__main__.log Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,38 @@ +DEBUG:root:#### Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode #### + +DEBUG:root:Calling faToTwoBit: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling twoBitInfo: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling sort: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:input_false_path: /home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dataset_158.dat +DEBUG:root:data_value: {u'long_label': u'StringTie transcripts', u'name': u'StringTie_Assembled_Transcripts', u'database': u'', u'track_color': u'#000000', u'group_name': u'Default group', u'order_index': u'10'} +DEBUG:root:Calling gtfToGenePred: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling genePredToBigGenePred: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling sort: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:sorted_bed_file_name: /tmp/tmpO0sxeA.sortedBed.bigGenePred +DEBUG:root:chrom_sizes_file_name: /tmp/tmp9W1pAA.chrom.sizes +DEBUG:root:big_bed_file_name: /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/169/dataset_195_files/myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb +DEBUG:root:typeOption: bed12+8 +DEBUG:root:autoSql: /home/galaxy/shed_tools/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/rmarenco/hubarchivecreator/6aa28a85cc38/hubarchivecreator/bigGenePred.as +DEBUG:root:tab option: True +DEBUG:root:Calling bedToBigBed: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:----- End of all_datatype_dictionary processing ----- +DEBUG:root:all_datatype_ordered_dictionary keys are: [<Gtf.Gtf object at 0x7f8acc88c650>] +DEBUG:root:----- Beginning of Track adding processing ----- +DEBUG:root:We just added in /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/169/dataset_195_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group Default group +DEBUG:root:We just added track gonramp_StringTie_Assembled_Transcripts_bb (in group default_group) +DEBUG:root:----- End of Track adding processing ----- +DEBUG:root:#### End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! ####
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gtf/gtf_trackhub.html Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,70 @@ + +<html> + <body> + <p> + The following has been generated by Hub Archive Creator: + </p> + <ul> + + <li> + myHub + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> + </li> + <li> + Dbia3 + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> + </li> + <li> + tracks + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb">StringTie_Assembled_Transcripts.bb</a> + </li> + + </ul> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> + </li> + + </ul> + + </ul> + <li> + . + </li> + <ul> + + <li> + <a href="./__main__.log">__main__.log</a> + </li> + + </ul> + + </ul> + </body> +</html> + + +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gtf/inputs/StringTie_Assembled_Transcripts Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,11 @@ +# stringtie /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/files/001/dataset_1193.dat -o /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/files/001/dataset_1197.dat -p 1 +# StringTie version 1.2.3 +contig16 StringTie transcript 1751 17824 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; cov "14.618678"; FPKM "322160.531250"; TPM "866155.937500"; +contig16 StringTie exon 1751 1897 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; exon_number "1"; cov "6.787892"; +contig16 StringTie exon 11285 11463 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; exon_number "2"; cov "19.860081"; +contig16 StringTie exon 11518 11705 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; exon_number "3"; cov "23.926477"; +contig16 StringTie exon 11759 11858 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; exon_number "4"; cov "17.452721"; +contig16 StringTie exon 11922 11975 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; exon_number "5"; cov "11.461867"; +contig16 StringTie exon 12601 12811 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; exon_number "6"; cov "11.876496"; +contig16 StringTie exon 17222 17337 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; exon_number "7"; cov "15.915709"; +contig16 StringTie exon 17406 17824 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; exon_number "8"; cov "11.738873";
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gtf/myHub/Dbia3/trackDb.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,12 @@ + +track gonramp_StringTie_Assembled_Transcripts_bb +longLabel StringTie transcripts +shortLabel StringTie transcr +bigDataUrl tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb +type bigGenePred +visibility dense +thickDrawItem off +priority 10 +color 0,0,0 +group default_group +searchIndex name
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gtf/myHub/genomes.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,10 @@ +genome Dbia3 +trackDb Dbia3/trackDb.txt +groups Dbia3/groups.txt +description Dbia3 +twoBitPath Dbia3/Dbia3.2bit +organism Dbia3 +defaultPos contig25 +orderKey 4500 +scientificName Dbia3 +htmlPath Dbia3/description.html
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gtf/myHub/hub.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,6 @@ +hub gonrampDbia3 +shortLabel Dbia3 +longLabel Dbia3 +genomesFile genomes.txt +email gonramp@temporary.domain +descriptionUrl Dbia3.html
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gtf_gff/gtf_gff_trackhub.html Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,73 @@ + +<html> + <body> + <p> + The following has been generated by Hub Archive Creator: + </p> + <ul> + + <li> + myHub + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> + </li> + <li> + Dbia3 + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> + </li> + <li> + tracks + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3/tracks/Augustus_Gene_Predictions.bb">Augustus_Gene_Predictions.bb</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb">StringTie_Assembled_Transcripts.bb</a> + </li> + + </ul> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> + </li> + + </ul> + + </ul> + <li> + . + </li> + <ul> + + <li> + <a href="./__main__.log">__main__.log</a> + </li> + + </ul> + + </ul> + </body> +</html> + + +
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gtf_gff/myHub/genomes.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,10 @@ +genome Dbia3 +trackDb Dbia3/trackDb.txt +groups Dbia3/groups.txt +description Dbia3 +twoBitPath Dbia3/Dbia3.2bit +organism Dbia3 +defaultPos contig25 +orderKey 4500 +scientificName Dbia3 +htmlPath Dbia3/description.html
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gtf_gff/myHub/hub.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,6 @@ +hub gonrampDbia3 +shortLabel Dbia3 +longLabel Dbia3 +genomesFile genomes.txt +email rmarenco@gwu.edu +descriptionUrl Dbia3.html
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/one_group_two_tracks/Hub_Archive_Creator_on_data_15,_data_19,_and_data_1_trackhub.html Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,76 @@ + +<html> + <body> + <p> + The following has been generated by Hub Archive Creator: + </p> + <ul> + + <li> + myHub + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> + </li> + <li> + Dbia3 + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> + </li> + <li> + tracks + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_on_data_1,_data_3,_and_data_2.bam">HISAT2_on_data_1,_data_3,_and_data_2.bam</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/tracks/StringTie_on_data_15:_Assembled_transcripts.bb">StringTie_on_data_15:_Assembled_transcripts.bb</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_on_data_1,_data_3,_and_data_2.bam.bai">HISAT2_on_data_1,_data_3,_and_data_2.bam.bai</a> + </li> + + </ul> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> + </li> + + </ul> + + </ul> + <li> + . + </li> + <ul> + + <li> + <a href="./__main__.log">__main__.log</a> + </li> + + </ul> + + </ul> + </body> +</html> + + +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/one_group_two_tracks/__main__.log Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,42 @@ +DEBUG:root:#### Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode #### + +DEBUG:root:Calling faToTwoBit: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling twoBitInfo: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling sort: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:input_false_path: /home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dataset_154.dat +DEBUG:root:data_value: {u'index': u'/home/galaxy/galaxy/database/datasets/_metadata_files/000/metadata_5.dat', u'long_label': u'HISAT sequence alignment', u'name': u'HISAT2_on_data_1,_data_3,_and_data_2', u'database': u'', u'track_color': u'#c0504d', u'group_name': u'RNA-Seq', u'order_index': u'11'} +DEBUG:root:input_false_path: /home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dataset_158.dat +DEBUG:root:data_value: {u'long_label': u'StringTie transcripts ', u'name': u'StringTie_on_data_15:_Assembled_transcripts', u'database': u'', u'track_color': u'#c0504d', u'group_name': u'RNA-Seq', u'order_index': u'10'} +DEBUG:root:Calling gtfToGenePred: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling genePredToBigGenePred: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling sort: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:sorted_bed_file_name: /tmp/tmpp_i4_J.sortedBed.bigGenePred +DEBUG:root:chrom_sizes_file_name: /tmp/tmpTsX28d.chrom.sizes +DEBUG:root:big_bed_file_name: /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/150/dataset_177_files/myHub/Dbia3/tracks/StringTie_on_data_15:_Assembled_transcripts.bb +DEBUG:root:typeOption: bed12+8 +DEBUG:root:autoSql: /home/galaxy/shed_tools/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/rmarenco/hubarchivecreator/6aa28a85cc38/hubarchivecreator/bigGenePred.as +DEBUG:root:tab option: True +DEBUG:root:Calling bedToBigBed: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:----- End of all_datatype_dictionary processing ----- +DEBUG:root:all_datatype_ordered_dictionary keys are: [<Bam.Bam object at 0x7f11363da650>, <Gtf.Gtf object at 0x7f11363da6d0>] +DEBUG:root:----- Beginning of Track adding processing ----- +DEBUG:root:We just added in /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/150/dataset_177_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group RNA-Seq +DEBUG:root:We just added track gonramp_HISAT2_on_data_1__data_3__and_data_2_bam (in group rna-seq) +DEBUG:root:We DON'T add in /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/150/dataset_177_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group RNA-Seq +DEBUG:root:We just added track gonramp_StringTie_on_data_15__Assembled_transcripts_bb (in group rna-seq) +DEBUG:root:----- End of Track adding processing ----- +DEBUG:root:#### End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! ####
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/one_group_two_tracks/myHub/Dbia3/groups.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,5 @@ +name rna-seq +label RNA-Seq +priority 2 +defaultIsClosed 0 +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/one_group_two_tracks/myHub/Dbia3/trackDb.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,24 @@ + +track gonramp_HISAT2_on_data_1__data_3__and_data_2_bam +longLabel HISAT sequence alignment +shortLabel HISAT sequence al +bigDataUrl tracks/HISAT2_on_data_1,_data_3,_and_data_2.bam +type bam +visibility pack +thickDrawItem off +priority 11 +color 192,80,77 +group rna-seq +searchIndex name + +track gonramp_StringTie_on_data_15__Assembled_transcripts_bb +longLabel StringTie transcripts +shortLabel StringTie transcr +bigDataUrl tracks/StringTie_on_data_15:_Assembled_transcripts.bb +type bigGenePred +visibility dense +thickDrawItem off +priority 10 +color 192,80,77 +group rna-seq +searchIndex name
Binary file test-data/one_group_two_tracks/myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_on_data_1,_data_3,_and_data_2.bam has changed
Binary file test-data/one_group_two_tracks/myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_on_data_1,_data_3,_and_data_2.bam.bai has changed
Binary file test-data/one_group_two_tracks/myHub/Dbia3/tracks/StringTie_on_data_15:_Assembled_transcripts.bb has changed
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/one_group_two_tracks/myHub/genomes.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,10 @@ +genome Dbia3 +trackDb Dbia3/trackDb.txt +groups Dbia3/groups.txt +description Dbia3 +twoBitPath Dbia3/Dbia3.2bit +organism Dbia3 +defaultPos contig25 +orderKey 4500 +scientificName Dbia3 +htmlPath Dbia3/description.html
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/only_genome/__main__.log Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,16 @@ +DEBUG:root:#### Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode #### + +DEBUG:root:Calling faToTwoBit: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling twoBitInfo: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling sort: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:----- End of all_datatype_dictionary processing ----- +DEBUG:root:all_datatype_ordered_dictionary keys are: [] +DEBUG:root:----- Beginning of Track adding processing ----- +DEBUG:root:----- End of Track adding processing ----- +DEBUG:root:#### End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! ####
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/only_genome/myHub/hub.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,6 @@ +hub gonrampDbia3 +shortLabel Dbia3 +longLabel Dbia3 +genomesFile genomes.txt +email gonramp@temporary.domain +descriptionUrl Dbia3.html
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/psl/__main__.log Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,36 @@ +DEBUG:root:#### Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode #### + +DEBUG:root:Calling faToTwoBit: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling twoBitInfo: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling sort: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:input_false_path: /home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dataset_191.dat +DEBUG:root:data_value: {u'long_label': u'BLAST Alignment', u'name': u'blastXmlToPsl', u'database': u'', u'track_color': u'#000000', u'group_name': u'Default group', u'order_index': u'10'} +DEBUG:root:Calling pslToBigPsl: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling sort: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Hello +DEBUG:root:sorted_bed_file_name: /tmp/tmp2i4e0Tpsl +DEBUG:root:chrom_sizes_file_name: /tmp/tmp1BIsqk.chrom.sizes +DEBUG:root:big_bed_file_name: /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/166/dataset_192_files/myHub/Dbia3/tracks/blastXmlToPsl.bb +DEBUG:root:typeOption: bed12+12 +DEBUG:root:autoSql: /home/galaxy/shed_tools/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/rmarenco/hubarchivecreator/6aa28a85cc38/hubarchivecreator/bigPsl.as +DEBUG:root:tab option: True +DEBUG:root:Calling bedToBigBed: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:----- End of all_datatype_dictionary processing ----- +DEBUG:root:all_datatype_ordered_dictionary keys are: [<Psl.Psl object at 0x7fc17d9d0690>] +DEBUG:root:----- Beginning of Track adding processing ----- +DEBUG:root:We just added in /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/166/dataset_192_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group Default group +DEBUG:root:We just added track gonramp_blastXmlToPsl_bb (in group default_group) +DEBUG:root:----- End of Track adding processing ----- +DEBUG:root:#### End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! ####
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/psl/inputs/blastXmlToPsl Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,20 @@ +276 357 36 0 4 12 1 9 +- FBpp0070070 1623 153 834 contig14 45010 32918 33596 6 126,45,18,324,57,99, 153,282,327,348,675,735, 11414,11540,11594,11612,11936,11993, +129 276 0 0 0 0 3 21 +- FBpp0070070 1623 822 1227 contig14 45010 31613 32039 4 39,156,69,141, 822,861,1017,1086, 12971,13022,13181,13256, +276 357 36 0 4 12 1 9 +- FBpp0070070 1623 153 834 contig15 50014 2911 3589 6 126,45,18,324,57,99, 153,282,327,348,675,735, 46425,46551,46605,46623,46947,47004, +129 276 0 0 0 0 3 21 +- FBpp0070070 1623 822 1227 contig15 50014 1606 2032 4 39,156,69,141, 822,861,1017,1086, 47982,48033,48192,48267, +204 177 0 0 2 132 1 63 ++ FBpp0070566 2046 873 1386 contig36 45010 41724 42168 4 102,87,30,162, 873,975,1116,1224, 41724,41889,41976,42006, +135 102 0 0 1 3 0 0 ++ FBpp0070566 2046 165 405 contig36 45010 38740 38977 2 213,24, 165,381, 38740,38953, +99 156 0 0 0 0 0 0 ++ FBpp0070566 2046 606 861 contig36 45010 40303 40558 1 255, 606, 40303, +96 93 0 0 0 0 1 3 ++ FBpp0070566 2046 1476 1665 contig36 45010 42322 42514 2 39,150, 1476,1515, 42322,42364, +204 177 0 0 2 132 1 63 ++ FBpp0070566 2046 873 1386 contig37 50013 11717 12161 4 102,87,30,162, 873,975,1116,1224, 11717,11882,11969,11999, +135 102 0 0 1 3 0 0 ++ FBpp0070566 2046 165 405 contig37 50013 8733 8970 2 213,24, 165,381, 8733,8946, +99 156 0 0 0 0 0 0 ++ FBpp0070566 2046 606 861 contig37 50013 10296 10551 1 255, 606, 10296, +96 93 0 0 0 0 1 3 ++ FBpp0070566 2046 1476 1665 contig37 50013 12315 12507 2 39,150, 1476,1515, 12315,12357, +207 174 0 0 3 72 1 63 ++ FBpp0070567 1986 873 1326 contig36 45010 41724 42168 5 102,93,9,15,162, 873,975,1086,1131,1164, 41724,41889,41982,41991,42006, +135 102 0 0 1 3 0 0 ++ FBpp0070567 1986 165 405 contig36 45010 38740 38977 2 213,24, 165,381, 38740,38953, +99 156 0 0 0 0 0 0 ++ FBpp0070567 1986 606 861 contig36 45010 40303 40558 1 255, 606, 40303, +96 93 0 0 0 0 1 3 ++ FBpp0070567 1986 1416 1605 contig36 45010 42322 42514 2 39,150, 1416,1455, 42322,42364, +207 174 0 0 3 72 1 63 ++ FBpp0070567 1986 873 1326 contig37 50013 11717 12161 5 102,93,9,15,162, 873,975,1086,1131,1164, 11717,11882,11975,11984,11999, +135 102 0 0 1 3 0 0 ++ FBpp0070567 1986 165 405 contig37 50013 8733 8970 2 213,24, 165,381, 8733,8946, +99 156 0 0 0 0 0 0 ++ FBpp0070567 1986 606 861 contig37 50013 10296 10551 1 255, 606, 10296, +96 93 0 0 0 0 1 3 ++ FBpp0070567 1986 1416 1605 contig37 50013 12315 12507 2 39,150, 1416,1455, 12315,12357,
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/stringtie_chromosome_end_coordinates/__main__.log Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,38 @@ +DEBUG:root:#### Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode #### + +DEBUG:root:Calling faToTwoBit: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling twoBitInfo: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling sort: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:input_false_path: /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/files/001/dataset_1329.dat +DEBUG:root:data_value: {u'order_index': u'10', u'name': u'StringTie_Assembled_Transcripts', u'track_color': u'#000000', u'group_name': u'Default group'} +DEBUG:root:Calling gtfToGenePred: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling genePredToBigGenePred: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling sort: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:sorted_bed_file_name: /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/tmp/tmptjLL_6.sortedBed.bigGenePred +DEBUG:root:chrom_sizes_file_name: /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/tmp/tmp5N24Cj.chrom.sizes +DEBUG:root:big_bed_file_name: /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/jobs_directory/000/964/dataset_1331_files/myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb +DEBUG:root:typeOption: bed12+8 +DEBUG:root:autoSql: /home/svc_galaxy/new/shed_tools/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/rmarenco/hubarchivecreator/d786bca6a75d/hubarchivecreator/bigGenePred.as +DEBUG:root:tab option: True +DEBUG:root:Calling bedToBigBed: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:----- End of all_datatype_dictionary processing ----- +DEBUG:root:all_datatype_ordered_dictionary keys are: [<Gtf.Gtf object at 0x179fd10>] +DEBUG:root:----- Beginning of Track adding processing ----- +DEBUG:root:We just added in /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/jobs_directory/000/964/dataset_1331_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group Default group +DEBUG:root:We just added track StringTie_Assembled_Transcripts.bb (in group default_group) +DEBUG:root:----- End of Track adding processing ----- +DEBUG:root:#### End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! ####
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/stringtie_chromosome_end_coordinates/inputs/stringtie_assembled_transcripts Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,11 @@ +# stringtie /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/files/001/dataset_1102.dat -o /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/files/001/dataset_1103.dat -p 1 +# StringTie version 1.1.0 +contig16 StringTie transcript 1751 17824 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; cov "14.618678"; FPKM "322160.531250"; TPM "880020.875000"; +contig16 StringTie exon 1751 1897 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; exon_number "1"; cov "6.787892"; +contig16 StringTie exon 11285 11463 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; exon_number "2"; cov "19.860081"; +contig16 StringTie exon 11518 11705 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; exon_number "3"; cov "23.926477"; +contig16 StringTie exon 11759 11858 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; exon_number "4"; cov "17.452721"; +contig16 StringTie exon 11922 11975 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; exon_number "5"; cov "11.461867"; +contig16 StringTie exon 12601 12811 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; exon_number "6"; cov "11.876496"; +contig16 StringTie exon 17222 17337 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; exon_number "7"; cov "15.915709"; +contig16 StringTie exon 17406 45020 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; exon_number "8"; cov "11.738873";
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/stringtie_chromosome_end_coordinates/myHub/Dbia3/groups.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,5 @@ +name default_group +label Default group +priority 2 +defaultIsClosed 0 +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/stringtie_chromosome_end_coordinates/myHub/Dbia3/trackDb.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,11 @@ + track StringTie_Assembled_Transcripts.bb + longLabel StringTie Assembled Transcripts + shortLabel StringTie Assem + bigDataUrl tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb + type bigGenePred + visibility dense + thickDrawItem off + priority 10 + color 0,0,0 + group default_group +
Binary file test-data/stringtie_chromosome_end_coordinates/myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb has changed
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/stringtie_chromosome_end_coordinates/myHub/genomes.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,10 @@ +genome Dbia3 +trackDb Dbia3/trackDb.txt +groups Dbia3/groups.txt +description Dbia3 +twoBitPath Dbia3/Dbia3.2bit +organism Dbia3 +defaultPos contig25 +orderKey 4500 +scientificName Dbia3 +htmlPath Dbia3/description.html
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/stringtie_chromosome_end_coordinates/myHub/hub.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,6 @@ +hub gonrampDbia3 +shortLabel Dbia3 +longLabel Dbia3 +genomesFile genomes.txt +email rmarenco@gwu.edu +descriptionUrl Dbia3.html
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/two_groups_no_track/two_groups_no_track_trackhub.html Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,54 @@ + +<html> + <body> + <p> + The following has been generated by Hub Archive Creator: + </p> + <ul> + + <li> + myHub + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> + </li> + <li> + Dbia3 + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> + </li> + + </ul> + + </ul> + <li> + . + </li> + <ul> + + <li> + <a href="./__main__.log">__main__.log</a> + </li> + + </ul> + + </ul> + </body> +</html> + + +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/two_groups_one_track_both/__main__.log Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,42 @@ +DEBUG:root:#### Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode #### + +DEBUG:root:Calling faToTwoBit: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling twoBitInfo: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling sort: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:input_false_path: /home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dataset_157.dat +DEBUG:root:data_value: {u'long_label': u'', u'name': u'RNA-Seq_Alignment_Coverage', u'database': u'', u'track_color': u'#000000', u'group_name': u'Default group', u'order_index': u'10'} +DEBUG:root:input_false_path: /home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dataset_158.dat +DEBUG:root:data_value: {u'long_label': u'', u'name': u'StringTie_Assembled_Transcripts', u'database': u'', u'track_color': u'#000000', u'group_name': u'Other group', u'order_index': u'20'} +DEBUG:root:Calling gtfToGenePred: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling genePredToBigGenePred: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:Calling sort: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:sorted_bed_file_name: /tmp/tmpnPwD96.sortedBed.bigGenePred +DEBUG:root:chrom_sizes_file_name: /tmp/tmp1csS9Z.chrom.sizes +DEBUG:root:big_bed_file_name: /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/186/dataset_211_files/myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb +DEBUG:root:typeOption: bed12+8 +DEBUG:root:autoSql: /home/galaxy/shed_tools/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/rmarenco/hubarchivecreator/6aa28a85cc38/hubarchivecreator/bigGenePred.as +DEBUG:root:tab option: True +DEBUG:root:Calling bedToBigBed: +DEBUG:root:--------- +DEBUG:root: +DEBUG:root:----- End of all_datatype_dictionary processing ----- +DEBUG:root:all_datatype_ordered_dictionary keys are: [<BigWig.BigWig object at 0x7f12dc4d7650>, <Gtf.Gtf object at 0x7f12dc4d7750>] +DEBUG:root:----- Beginning of Track adding processing ----- +DEBUG:root:We just added in /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/186/dataset_211_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group Default group +DEBUG:root:We just added track gonramp_RNA_Seq_Alignment_Coverage_bigwig (in group default_group) +DEBUG:root:We just added in /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/186/dataset_211_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group Other group +DEBUG:root:We just added track gonramp_StringTie_Assembled_Transcripts_bb (in group other_group) +DEBUG:root:----- End of Track adding processing ----- +DEBUG:root:#### End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! ####
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/two_groups_one_track_both/myHub/Dbia3/groups.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,10 @@ +name default_group +label Default group +priority 2 +defaultIsClosed 0 + +name other_group +label Other group +priority 2 +defaultIsClosed 0 +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/two_groups_one_track_both/myHub/Dbia3/trackDb.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,26 @@ + +track gonramp_RNA_Seq_Alignment_Coverage_bigwig +longLabel RNA-Seq Alignment Coverage +shortLabel RNA-Seq Alignment +bigDataUrl tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig +visibility full +priority 10 +color 0,0,0 +group default_group +type bigWig 1.000000 39.000000 +autoScale on +maxHeightPixels 100:32:8 +windowingFunction mean+whiskers + + +track gonramp_StringTie_Assembled_Transcripts_bb +longLabel StringTie Assembled Transcripts +shortLabel StringTie Assembl +bigDataUrl tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb +type bigGenePred +visibility dense +thickDrawItem off +priority 20 +color 0,0,0 +group other_group +searchIndex name
Binary file test-data/two_groups_one_track_both/myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig has changed
Binary file test-data/two_groups_one_track_both/myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb has changed
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/two_groups_one_track_both/myHub/genomes.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,10 @@ +genome Dbia3 +trackDb Dbia3/trackDb.txt +groups Dbia3/groups.txt +description Dbia3 +twoBitPath Dbia3/Dbia3.2bit +organism Dbia3 +defaultPos contig25 +orderKey 4500 +scientificName Dbia3 +htmlPath Dbia3/description.html
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/two_groups_one_track_both/two_groups_one_track_both_trackhub.html Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,73 @@ + +<html> + <body> + <p> + The following has been generated by Hub Archive Creator: + </p> + <ul> + + <li> + myHub + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> + </li> + <li> + Dbia3 + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> + </li> + <li> + tracks + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig">RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb">StringTie_Assembled_Transcripts.bb</a> + </li> + + </ul> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> + </li> + + </ul> + + </ul> + <li> + . + </li> + <ul> + + <li> + <a href="./__main__.log">__main__.log</a> + </li> + + </ul> + + </ul> + </body> +</html> + + +
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/two_groups_one_track_first/myHub/Dbia3/groups.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,5 @@ +name default_group +label Default group +priority 2 +defaultIsClosed 0 +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/two_groups_one_track_first/myHub/Dbia3/trackDb.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,14 @@ + +track gonramp_RNA_Seq_Alignment_Coverage_bigwig +longLabel RNA-Seq Alignment Coverage +shortLabel RNA-Seq Alignment +bigDataUrl tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig +visibility full +priority 10 +color 0,0,0 +group default_group +type bigWig 1.000000 39.000000 +autoScale on +maxHeightPixels 100:32:8 +windowingFunction mean+whiskers +
Binary file test-data/two_groups_one_track_first/myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig has changed
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/two_groups_one_track_first/myHub/genomes.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,10 @@ +genome Dbia3 +trackDb Dbia3/trackDb.txt +groups Dbia3/groups.txt +description Dbia3 +twoBitPath Dbia3/Dbia3.2bit +organism Dbia3 +defaultPos contig25 +orderKey 4500 +scientificName Dbia3 +htmlPath Dbia3/description.html
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/two_groups_one_track_first/myHub/hub.txt Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,6 @@ +hub gonrampDbia3 +shortLabel Dbia3 +longLabel Dbia3 +genomesFile genomes.txt +email gonramp@temporary.domain +descriptionUrl Dbia3.html
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/two_groups_one_track_first/two_groups_one_track_first_trackhub.html Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,70 @@ + +<html> + <body> + <p> + The following has been generated by Hub Archive Creator: + </p> + <ul> + + <li> + myHub + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> + </li> + <li> + Dbia3 + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> + </li> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> + </li> + <li> + tracks + </li> + <ul> + + <li> + <a href="myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig">RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig</a> + </li> + + </ul> + <li> + <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> + </li> + + </ul> + + </ul> + <li> + . + </li> + <ul> + + <li> + <a href="./__main__.log">__main__.log</a> + </li> + + </ul> + + </ul> + </body> +</html> + + +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tests.xml Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,925 @@ + #if $f.formatChoice.bedChoice.bed_select == "bed_blast_alignment_option" + #set database = str($f.formatChoice.bedChoice.database) + #silent $extra_data_dict.update({"database": $database}) + #if $f.formatChoice.bedChoice.add_trix_index.add_trix_index_selector == "yes" + #for i in $f.formatChoice.bedChoice.add_trix_index.trix_index + #if $i.element_identifier.endswith("ix") + #$extra_data_dict.update({"index_ix": str($i)}) + #elif $i.element_identifier.endswith("ixx") + #$extra_data_dict.update({"index_ixx": str($i)}) + #end if + #end for + ##set ix_index = str($f.formatChoice.bedChoice.add_trix_index.trix_index.index_ix) + ##set ixx_index = str($f.formatChoice.bedChoice.add_trix_index.trix_index.index_ixx) + ##silent $extra_data_dict.update({"indexIx": $ix_index, "indexIxx": $ixx_index}) + #end if + #silent $prepare_json("BedBlastAlignments", $f.formatChoice.bedChoice.BED_blast_alignment, $index_track_final, + $extra_data_dict) + #end if + #if $f.formatChoice.bedChoice.bed_select == "bed_blat_alignment_option" + #set database = str($f.formatChoice.bedChoice.database) + #silent $extra_data_dict.update({"database": $database}) + #if $f.formatChoice.bedChoice.add_trix_index.add_trix_index_selector == "yes" + #for i in $f.formatChoice.bedChoice.add_trix_index.trix_index + #if $i.element_identifier.endswith("ix") + #$extra_data_dict.update({"index_ix": str($i)}) + #elif $i.element_identifier.endswith("ixx") + #$extra_data_dict.update({"index_ixx": str($i)}) + #end if + #end for + ##set ix_index = str($f.formatChoice.bedChoice.add_trix_index.trix_index.index_ix) + ##set ixx_index = str($f.formatChoice.bedChoice.add_trix_index.trix_index.index_ixx) + ##silent $extra_data_dict.update({"indexIx": $ix_index, "indexIxx": $ixx_index}) + #end if + #silent $prepare_json("BedBlatAlignments", $f.formatChoice.bedChoice.BED_blat_alignment, $index_track_final, + $extra_data_dict) + #end if + + #if $f.formatChoice.format_select == "bigbed" + #if $f.formatChoice.add_trix_index.add_trix_index_selector == "yes" + ##set ix_index = str($f.formatChoice.add_trix_index.trix_index.index_ix) + ##set ixx_index = str($f.formatChoice.add_trix_index.trix_index.index_ixx) + #for i in $f.formatChoice.add_trix_index.trix_index + #if $i.element_identifier.endswith("ix") + #$extra_data_dict.update({"index_ix": str($i)}) + #elif $i.element_identifier.endswith("ixx") + #$extra_data_dict.update({"index_ixx": str($i)}) + #end if + #end for + #$extra_data_dict.update({"trix_id": str($f.formatChoice.add_trix_index.trix_id)}) + ##set trix_id = str($f.formatChoice.add_trix_index.trix_id) + ##silent $extra_data_dict.update({"indexIx": $ix_index, "indexIxx": $ixx_index, "trix_id": $trix_id}) + #end if + #silent $prepare_json("BigBed", $f.formatChoice.BIGBED, $index_track_final, + $extra_data_dict) + #end if + <!-- Test with only the fasta file --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <output name="output" file="only_genome/only_genome.html"> + <!-- Use macro to check the whole common structure without repeated code --> + <expand macro="verify_hub_structure_no_track" test="only_genome" /> + </output> + </test> + + <!-- Test with Bam --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Default group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bam"/> + <param name="BAM" value="bam/inputs/HISAT2_Accepted_Hits.bam" /> + <param name="longLabel" value="HISAT sequence alignment" /> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <output name="output" file="bam/bam.html"> + <!-- Verify tracks folder contains bam and bai --> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam" + value="bam/myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam" + compare="sim_size" + /> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam.bai" + value="bam/myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam.bai" + compare="sim_size" + /> + <!-- Use macro to check the whole common structure without repeated code --> + <expand macro="verify_hub_structure" test="bam" /> + </output> + </test> + + <!-- Test with Bed Generic --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Default group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bed" /> + <conditional name="bedChoice"> + <param name="bed_select" value="bed_generic"/> + <param name="BED" ftype="bed" value="bed_generic/inputs/TBLASTN_Alignment_to_proteins"/> + <param name="longLabel" value="TBLASTN alignment" /> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <output name="output" file="bed_generic/bed_generic.html"> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/TBLASTN_Alignment_to_proteins.bb" + value="bed_generic/myHub/Dbia3/tracks/TBLASTN_Alignment_to_proteins.bb" + compare="sim_size" + /> + <expand macro="verify_hub_structure" test="bed_generic" /> + </output> + </test> + + <!-- Test with Bed Simple repeat --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Default group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bed" /> + <conditional name="bedChoice"> + <param name="bed_select" value="bed_simple_repeats_option"/> + <param name="BED_simple_repeats" ftype="bed" value="bed_simple_repeats/inputs/Repeating_Elements_by_TrfBig"/> + <param name="longLabel" value="Simple repeat" /> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <output name="output" file="bed_simple_repeats/bed_simple_repeats_trackhub.html"> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/Repeating_Elements_by_TrfBig.bb" + value="bed_simple_repeats/myHub/Dbia3/tracks/Repeating_Elements_by_TrfBig.bb" + compare="sim_size" + /> + <expand macro="verify_hub_structure" test="bed_simple_repeats" /> + </output> + </test> + + <!-- Test with Psl --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Default group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="psl"/> + <param name="PSL" value="psl/inputs/blastXmlToPsl"/> + <param name="longLabel" value="BLAST Alignment" /> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <output name="output" file="psl/psl_trackhub.html"> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/blastXmlToPsl.bb" + value="psl/myHub/Dbia3/tracks/blastXmlToPsl.bb" + compare="sim_size" + /> + <expand macro="verify_hub_structure" test="psl" /> + </output> + </test> + + <!-- Test with BigWig --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Default group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bigwig"/> + <param name="BIGWIG" value="bigwig/inputs/RNA-Seq_Alignment_Coverage"/> + <param name="longLabel" value="RNA-Seq Coverage" /> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <output name="output" file="bigwig/bigwig.html"> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig" + value="bigwig/myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig" + compare="sim_size" + /> + <expand macro="verify_hub_structure" test="bigwig" /> + <!-- check additional trackDb settings for BigWig --> + <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/trackDb.txt"> + <assert_contents> + <has_text text="autoScale"/> + <has_text text="maxHeightPixels"/> + <has_text text="windowingFunction"/> + </assert_contents> + </extra_files> + </output> + </test> + + <!-- Test with GFF3 --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Default group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="gff3"/> + <param name="GFF3" value="gff3/inputs/Augustus_Gene_Predictions"/> + <param name="longLabel" value="Augustus" /> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <output name="output" file="gff3/gff3_trackhub.html"> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/Augustus_Gene_Predictions.bb" + value="gff3/myHub/Dbia3/tracks/Augustus_Gene_Predictions.bb" + compare="sim_size" + /> + <expand macro="verify_hub_structure" test="gff3" /> + </output> + </test> + + <!-- Test with GTF --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Default group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="gtf"/> + <param name="GTF" value="gtf/inputs/StringTie_Assembled_Transcripts"/> + <param name="longLabel" value="StringTie transcripts" /> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <output name="output" file="gtf/gtf_trackhub.html"> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb" + value="gtf/myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb" + compare="sim_size" + /> + <expand macro="verify_hub_structure" test="gtf" /> + </output> + </test> + + <!-- Test with BLAT Alignment --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Default group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bed" /> + <conditional name="bedChoice"> + <param name="bed_select" value="bed_blat_alignment_option"/> + <param name="BED_blat_alignment" ftype="bed" value="bed_blat_alignment/inputs/BLAT_alignment_bigpsl"/> + <param name="longLabel" value="BLAT alignment" /> + <param name="track_color" value="#000000"/> + <param name="database" value="NCBI" /> + </conditional> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <output name="output" file="bed_blat_alignment/blat_alignment_trackhub.html"> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/BLAT_alignment_bigpsl.bb" + value="bed_blat_alignment/myHub/Dbia3/tracks/BLAT_alignment_bigpsl.bb" + compare="sim_size" + /> + <expand macro="verify_hub_structure" test="bed_blat_alignment" /> + <!-- check additional trackDb settings for BLAT --> + <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/trackDb.txt"> + <assert_contents> + <has_text text="searchIndex"/> + <has_text text="url"/> + <has_text text="urlLabel"/> + <has_text text="iframeUrl"/> + <has_text text="iframeOptions"/> + </assert_contents> + </extra_files> + </output> + </test> + + <!-- Test with BLAST Alignment --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Default group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bed" /> + <conditional name="bedChoice"> + <param name="bed_select" value="bed_blast_alignment_option"/> + <param name="BED_blast_alignment" ftype="bed" value="bed_blast_alignment/inputs/BLAST_alignment_bigpsl"/> + <param name="longLabel" value="BLAST alignment" /> + <param name="track_color" value="#000000"/> + <param name="database" value="NCBI" /> + </conditional> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <output name="output" file="bed_blast_alignment/blast_alignment_trackhub.html"> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/BLAST_alignment_bigpsl.bb" + value="bed_blast_alignment/myHub/Dbia3/tracks/BLAST_alignment_bigpsl.bb" + compare="sim_size" + /> + <expand macro="verify_hub_structure" test="bed_blast_alignment" /> + <!-- check additional trackDb settings for BLAST --> + <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/trackDb.txt"> + <assert_contents> + <has_text text="searchIndex"/> + <has_text text="url"/> + <has_text text="urlLabel"/> + <has_text text="iframeUrl"/> + <has_text text="iframeOptions"/> + </assert_contents> + </extra_files> + </output> + </test> + + <!-- Test with Regtools Splice Junctions --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Default group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bed" /> + <conditional name="bedChoice"> + <param name="bed_select" value="bed_splice_junctions_option"/> + <param name="BED_splice_junctions" ftype="bed" value="bed_splice_junctions/inputs/regtools_junctions"/> + <param name="longLabel" value="Splice junctions" /> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <output name="output" file="bed_splice_junctions/splice_junctions_trackhub.html"> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/regtools_junctions.bb" + value="bed_splice_junctions/myHub/Dbia3/tracks/regtools_junctions.bb" + compare="sim_size" + /> + <expand macro="verify_hub_structure" test="bed_splice_junctions" /> + </output> + </test> + + <!-- Test with Cytoband --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Default group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bed" /> + <conditional name="bedChoice"> + <param name="bed_select" value="bed_cytoBand"/> + <param name="BED_cytoBand" ftype="bed" value="bed_cytoband/inputs/Cytoband"/> + <param name="longLabel" value="Cytoband" /> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <output name="output" file="bed_cytoband/cytoband_trackhub.html"> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/Cytoband.bb" + value="bed_cytoband/myHub/Dbia3/tracks/Cytoband.bb" + compare="sim_size" + /> + <expand macro="verify_hub_structure" test="bed_cytoband" /> + <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/trackDb.txt"> + <assert_contents> + <has_text text="track cytoBandIdeo"/> + </assert_contents> + </extra_files> + </output> + </test> + + <!-- Test with bigBed --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Default group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bigbed"/> + <param name="BIGBED" value="big_bed/inputs/BLAT_alignment_bigbed" /> + <param name="longLabel" value="bigBed" /> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <output name="output" file="big_bed/bigbed_trackhub.html"> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/BLAT_alignment_bigbed.bigbed" + value="big_bed/myHub/Dbia3/tracks/BLAT_alignment_bigbed.bigbed" + compare="sim_size" + /> + <expand macro="verify_hub_structure" test="big_bed" /> + </output> + </test> + + <!-- Test with one group and multiple tracks --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Default group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="gtf"/> + <param name="GTF" value="gtf/inputs/StringTie_Assembled_Transcripts"/> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </repeat> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="gff3"/> + <param name="GFF3" value="gff3/inputs/Augustus_Gene_Predictions"/> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <output name="output" file="gtf_gff/gtf_gff_trackhub.html"> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb" + value="gtf/myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb" + compare="sim_size" + /> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/Augustus_Gene_Predictions.bb" + value="gff3/myHub/Dbia3/tracks/Augustus_Gene_Predictions.bb" + compare="sim_size" + /> + <expand macro="verify_hub_structure" test="gtf_gff" /> + </output> + </test> + + <!-- Test with one group and all the supported datatypes --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Default group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bam"/> + <param name="BAM" value="bam/inputs/HISAT2_Accepted_Hits.bam"/> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </repeat> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bed"/> + <conditional name="bedChoice"> + <param name="bed_select" value="bed_generic"/> + <param name="BED" ftype="bed" value="bed_generic/inputs/TBLASTN_Alignment_to_proteins"/> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </conditional> + </repeat> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bed"/> + <conditional name="bedChoice"> + <param name="bed_select" value="bed_simple_repeats_option"/> + <param name="BED_simple_repeats" ftype="bed" + value="bed_simple_repeats/inputs/Repeating_Elements_by_TrfBig"/> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </conditional> + </repeat> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="psl"/> + <param name="PSL" value="psl/inputs/blastXmlToPsl"/> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </repeat> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bigwig"/> + <param name="BIGWIG" value="bigwig/inputs/RNA-Seq_Alignment_Coverage"/> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </repeat> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="gff3"/> + <param name="GFF3" value="gff3/inputs/Augustus_Gene_Predictions"/> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </repeat> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="gtf"/> + <param name="GTF" value="gtf/inputs/StringTie_Assembled_Transcripts"/> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </repeat> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bed" /> + <conditional name="bedChoice"> + <param name="bed_select" value="bed_cytoBand"/> + <param name="BED_cytoBand" ftype="bed" value="bed_cytoband/inputs/Cytoband"/> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </conditional> + </repeat> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bed" /> + <conditional name="bedChoice"> + <param name="bed_select" value="bed_splice_junctions_option"/> + <param name="BED_splice_junctions" ftype="bed" value="bed_splice_junctions/inputs/regtools_junctions"/> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </conditional> + </repeat> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bed" /> + <conditional name="bedChoice"> + <param name="bed_select" value="bed_blast_alignment_option"/> + <param name="BED_blast_alignment" ftype="bed" value="bed_blast_alignment/inputs/BLAST_alignment_bigpsl"/> + <param name="track_color" value="#000000"/> + <param name="database" value="NCBI" /> + </conditional> + </conditional> + </repeat> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bed" /> + <conditional name="bedChoice"> + <param name="bed_select" value="bed_blat_alignment_option"/> + <param name="BED_blat_alignment" ftype="bed" value="bed_blat_alignment/inputs/BLAT_alignment_bigpsl"/> + <param name="track_color" value="#000000"/> + <param name="database" value="NCBI" /> + </conditional> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <output name="output" file="all_datatypes/all_datatypes_trackhub.html"> + <!-- verify tracks folder contains all the files --> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam" + value="all_datatypes/myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam" + compare="sim_size" + /> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam.bai" + value="all_datatypes/myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam.bai" + compare="sim_size" + /> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/TBLASTN_Alignment_to_proteins.bb" + value="all_datatypes/myHub/Dbia3/tracks/TBLASTN_Alignment_to_proteins.bb" + compare="sim_size" + /> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/Repeating_Elements_by_TrfBig.bb" + value="all_datatypes/myHub/Dbia3/tracks/Repeating_Elements_by_TrfBig.bb" + compare="sim_size" + /> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/blastXmlToPsl.bb" + value="all_datatypes/myHub/Dbia3/tracks/blastXmlToPsl.bb" + compare="sim_size" + /> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig" + value="all_datatypes/myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig" + compare="sim_size" + /> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/Augustus_Gene_Predictions.bb" + value="all_datatypes/myHub/Dbia3/tracks/Augustus_Gene_Predictions.bb" + compare="sim_size" + /> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb" + value="all_datatypes/myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb" + compare="sim_size" + /> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/Cytoband.bb" + value="all_datatypes/myHub/Dbia3/tracks/Cytoband.bb" + compare="sim_size" + /> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/regtools_junctions.bb" + value="all_datatypes/myHub/Dbia3/tracks/regtools_junctions.bb" + compare="sim_size" + /> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/BLAST_alignment_bigpsl.bb" + value="all_datatypes/myHub/Dbia3/tracks/BLAST_alignment_bigpsl.bb" + compare="sim_size" + /> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/BLAT_alignment_bigpsl.bb" + value="all_datatypes/myHub/Dbia3/tracks/BLAT_alignment_bigpsl.bb" + compare="sim_size" + /> + <expand macro="verify_hub_structure" test="all_datatypes" /> + </output> + </test> + + <!-- Test with two groups and no tracks --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Default group"/> + </repeat> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Other group"/> + </repeat> + <output name="output" file="two_groups_no_track/two_groups_no_track_trackhub.html"> + <expand macro="verify_hub_structure_no_track" test="two_groups_no_track" /> + </output> + </test> + + <!-- Test with two groups and one track in first --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Default group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bigwig"/> + <param name="BIGWIG" value="bigwig/inputs/RNA-Seq_Alignment_Coverage"/> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Other group"/> + </repeat> + <output name="output" file="two_groups_one_track_first/two_groups_one_track_first_trackhub.html"> + <!-- Check tracks exist --> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig" + value="bigwig/myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig" + compare="sim_size" + /> + <expand macro="verify_hub_structure" test="two_groups_one_track_first" /> + </output> + </test> + + <!-- Test with two groups and one track in both --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Default group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bigwig"/> + <param name="BIGWIG" value="bigwig/inputs/RNA-Seq_Alignment_Coverage"/> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Other group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="gtf"/> + <param name="GTF" value="gtf/inputs/StringTie_Assembled_Transcripts"/> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <output name="output" file="two_groups_one_track_both/two_groups_one_track_both_trackhub.html"> + <!-- Check tracks exist --> + <!-- First group --> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig" + value="bigwig/myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig" + compare="sim_size" + /> + + <!-- Second group --> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb" + value="gtf/myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb" + compare="sim_size" + /> + <expand macro="verify_hub_structure" test="two_groups_one_track_both" /> + <!-- Check the groups.txt exists and is properly populated --> + </output> + </test> + + <!-- Test with two groups and multiple tracks in both --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Default group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bigwig"/> + <param name="BIGWIG" value="bigwig/inputs/RNA-Seq_Alignment_Coverage"/> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </repeat> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bam"/> + <param name="BAM" value="bam/inputs/HISAT2_Accepted_Hits.bam"/> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Other group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="gtf"/> + <param name="GTF" value="gtf/inputs/StringTie_Assembled_Transcripts"/> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </repeat> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="gff3"/> + <param name="GFF3" value="gff3_multi_fasta/inputs/Multi-Fasta_GlimmerHMM_Gene_Predictions"/> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <output name="output" file="two_groups_multiple_tracks/two_groups_multiple_tracks_trackhub.html"> + <!-- Check tracks exist --> + <!-- First group --> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig" + value="bigwig/myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig" + compare="sim_size" + /> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam" + value="bam/myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam" + compare="sim_size" + /> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam.bai" + value="bam/myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam.bai" + compare="sim_size" + /> + + <!-- Second group --> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb" + value="gtf/myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb" + compare="sim_size" + /> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/Multi-Fasta_GlimmerHMM_Gene_Predictions.bb" + value="gff3_multi_fasta/myHub/Dbia3/tracks/Multi-Fasta_GlimmerHMM_Gene_Predictions.bb" + compare="sim_size" + /> + <expand macro="verify_hub_structure" test="two_groups_multiple_tracks" /> + </output> + </test> + + <!-- Test default color in a track --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Default group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bam"/> + <param name="BAM" value="bam/inputs/HISAT2_Accepted_Hits.bam"/> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <output name="output" file="default_color/default_color_trackhub.html"> + <expand macro="verify_hub_structure" test="default_color" /> + <!-- Verify trackDb.txt contains the color 0,0,0 --> + <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/trackDb.txt"> + <assert_contents> + <has_text text="color 0,0,0"/> + </assert_contents> + </extra_files> + + <!-- TODO: Find a way to check also that the whole common structure is intact too, without too much repetition --> + </output> + </test> + + <!-- Test changed color in a track --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Default group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bam"/> + <param name="BAM" value="bam/inputs/HISAT2_Accepted_Hits.bam"/> + <param name="track_color" value="#8064a2"/> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <output name="output" file="changed_color/changed_color_trackhub.html"> + <expand macro="verify_hub_structure" test="changed_color" /> + <!-- Verify trackDb.txt contains the color 128,100,162 --> + <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/trackDb.txt"> + <assert_contents> + <has_text text="color 128,100,162"/> + </assert_contents> + </extra_files> + + <!-- TODO: Find a way to check also that the whole common structure is intact too, without too much repetition --> + </output> + </test> + + <!-- Test for StringTie Chromosome end coordinates --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Default group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="gtf"/> + <param name="GTF" ftype="gtf" value="stringtie_chromosome_end_coordinates/inputs/StringTie_Assembled_Transcripts"/> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <output name="output" file="stringtie_chromosome_end_coordinates/stringtie_chromosome_end_coordinates_trackhub.html"> + <extra_files type="file" + name="myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb" + value="stringtie_chromosome_end_coordinates/myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb" + compare="sim_size" + /> + <expand macro="verify_hub_structure" test="stringtie_chromosome_end_coordinates" /> + + <!-- TODO: Find a way to check also that the whole common structure is intact too, without too much repetition --> + </output> + </test> + + <!-- Test default label in a track --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Default group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bam"/> + <param name="BAM" value="bam/inputs/HISAT2_Accepted_Hits.bam"/> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <output name="output" file="default_color/default_color_trackhub.html"> + <expand macro="verify_hub_structure" test="default_color" /> + <!-- Verify trackDb.txt contains default label --> + <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/trackDb.txt"> + <assert_contents> + <has_text text="longLabel HISAT2 Accepted Hits.bam"/> + </assert_contents> + </extra_files> + + <!-- TODO: Find a way to check also that the whole common structure is intact too, without too much repetition --> + </output> + </test> + + <!-- Test customized label in a track --> + <test> + <param name="genome_name" value="Dbia3"/> + <param name="fasta_file" value="common/dbia3.fa"/> + <repeat name="group"> + <param name="group_name" value="Default group"/> + <repeat name="format"> + <conditional name="formatChoice"> + <param name="format_select" value="bam"/> + <param name="BAM" value="bam/inputs/HISAT2_Accepted_Hits.bam"/> + <param name="longLabel" value="HISAT sequence alignment" /> + <param name="track_color" value="#000000"/> + </conditional> + </repeat> + </repeat> + <output name="output" file="changed_label/changed_label_trackhub.html"> + <expand macro="verify_hub_structure" test="changed_label" /> + <!-- Verify trackDb.txt contains the customized label --> + <extra_files type="file" name="myHub/Dbia3/trackDb.txt"> + <assert_contents> + <has_text text="longLabel HISAT sequence alignment"/> + </assert_contents> + </extra_files> + + <!-- TODO: Find a way to check also that the whole common structure is intact too, without too much repetition --> + </output> + </test>
--- a/tool_dependencies.xml Mon Jul 10 17:08:38 2017 -0400 +++ b/tool_dependencies.xml Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -16,7 +16,7 @@ <repository changeset_revision="f6ae3ba3f3c1" name="package_samtools_1_2" owner="iuc" prior_installation_required="True" toolshed="https://toolshed.g2.bx.psu.edu" /> </package> <package name="ucsc_hac" version="340"> - <repository changeset_revision="a819439b6d76" name="package_ucsc_hac_340" owner="yating-l" toolshed="https://toolshed.g2.bx.psu.edu" /> + <repository changeset_revision="1a15120c22c8" name="package_ucsc_hac_340" owner="yating-l" toolshed="https://toolshed.g2.bx.psu.edu" /> </package> <package name="ucsc_bigbed" version="340"> <repository changeset_revision="e3faf2af4e59" name="package_ucsc_bigbed_340" owner="yating-l" toolshed="https://toolshed.g2.bx.psu.edu" />
--- a/util/Fasta.py Mon Jul 10 17:08:38 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,16 +0,0 @@ -#!/usr/bin/python -# -*- coding: utf8 -*- - -""" -Class describing the Fasta format -(As of the 07/20/2016, only used with the reference genome) -""" - -class Fasta(object): - def __init__(self, false_path, name, assembly_id): - self.false_path = false_path - self.name = name - - if not assembly_id: - assembly_id = "unknown" - self.assembly_id = assembly_id \ No newline at end of file
--- a/util/Filters.py Mon Jul 10 17:08:38 2017 -0400 +++ b/util/Filters.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -7,3 +7,5 @@ if record.exc_text or record.exc_info: s = record.message return s + + \ No newline at end of file
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/util/Logger.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,38 @@ +import os +import sys +import json +import logging +import logging.config + +#from util.Filters import TraceBackFormatter + +class Logger(object): + def __init__(self, tool_directory, debug="False", extra_files_path=None): + self.tool_directory = tool_directory + self.default_level = logging.INFO + self.debug = debug + self.extra_files_path = extra_files_path + + def setup_logging(self): + """Setup logging configuration + reference: https://fangpenlin.com/posts/2012/08/26/good-logging-practice-in-python/ + """ + config_path = os.path.join(self.tool_directory, 'logging.json') + default_level=logging.INFO + if self.debug.lower() == "true": + default_level=logging.DEBUG + if os.path.exists(config_path): + with open(config_path, 'rt') as f: + config = json.load(f) + config["handlers"]["console"]["level"] = default_level + if self.extra_files_path: + for i in config["handlers"]: + if "filename" in config["handlers"][i]: + config["handlers"][i]["filename"] = os.path.join(self.extra_files_path, config["handlers"][i]["filename"]) + logging.config.dictConfig(config) + else: + logging.warn("Extra files path is not set. The log files will exist at current working directory instead of final output folder") + else: + logging.basicConfig(level=default_level) + logging.warn("Cannot find logging configuration file!\n") +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/util/Reader.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,117 @@ +import json +import logging +import codecs + + +# Internal dependencies +from datatypes.binary.Bam import Bam +from datatypes.binary.BigWig import BigWig +from datatypes.binary.BigBed import BigBed +from datatypes.interval.Bed import Bed +from datatypes.interval.BedSimpleRepeats import BedSimpleRepeats +from datatypes.interval.BedSpliceJunctions import BedSpliceJunctions +from datatypes.interval.CytoBand import CytoBand +from datatypes.interval.BedBlatAlignments import BedBlatAlignments +from datatypes.interval.BedBlastAlignments import BedBlastAlignments +from datatypes.interval.Gff3 import Gff3 +from datatypes.interval.Gtf import Gtf +from datatypes.interval.Psl import Psl +from datatypes.sequence.Fasta import Fasta +from util import santitizer + +class Reader(object): + + DATATYPE_CLASS = [Bam, BigWig, BigBed, Bed, BedSimpleRepeats, BedSpliceJunctions, CytoBand, BedBlatAlignments, BedBlastAlignments, Gff3, Gtf, Psl, Fasta] + + def __init__(self, input_json_file): + self.inputFile = input_json_file + self.args = self.loadJson() + + + def loadJson(self): + try: + data_file = codecs.open(self.inputFile, 'r', 'utf-8') + return json.load(data_file) + except IOError: + print "Cannot find JSON file\n" + exit(1) + + def getToolDir(self): + try: + return self.args["tool_directory"] + except KeyError: + print ("tool_directory is not defined in the input file!") + exit(1) + + def getExtFilesPath(self): + try: + return self.args["extra_files_path"] + except KeyError: + print ("extra_files_path is not defined in the input file!") + exit(1) + + def getUserEmail(self): + try: + return self.args["user_email"] + except KeyError: + print ("user_email is not defined in the input file!") + exit(1) + + def getDebugMode(self): + try: + return self.args["debug_mode"] + except KeyError: + print ("debug_mode is not defined in the input file!") + exit(1) + + + def getRefGenome(self): + array_inputs_reference_genome = self.args["fasta"] + # TODO: Replace these with the object Fasta + input_fasta_file = array_inputs_reference_genome["false_path"] + input_fasta_file_name = santitizer.sanitize_name_input(array_inputs_reference_genome["name"]) + genome_name = santitizer.sanitize_name_input(self.args["genome_name"]) + reference_genome = Fasta(input_fasta_file, + input_fasta_file_name, genome_name) + return reference_genome + + + def getTracksData(self): + self.logger = logging.getLogger(__name__) + all_datatype_dictionary = dict() + for datatype in self.DATATYPE_CLASS: + class_name = datatype.__name__ + array_inputs = self.args.get(str(class_name)) + if array_inputs: + self.logger.debug("Create %s objects\n", class_name) + self.logger.debug("array_inputs: %s", array_inputs) + all_datatype_dictionary.update(self.create_ordered_datatype_objects(datatype, array_inputs)) + + return all_datatype_dictionary + + def create_ordered_datatype_objects(self, ExtensionClass, array_inputs): + """ + Function which executes the creation all the necessary files / folders for a special Datatype, for TrackHub + and update the dictionary of datatype + + :param ExtensionClass: + :param array_inputs: + :type ExtensionClass: Datatype + :type array_inputs: list[string] + """ + + datatype_dictionary = {} + + # TODO: Optimize this double loop + for input_data in array_inputs: + input_false_path = input_data["false_path"] + input_data["name"] = santitizer.sanitize_name_input(input_data["name"]) + extensionObject = ExtensionClass(input_false_path, input_data) + extensionObject.generateCustomTrack() + datatype_dictionary.update({input_data["order_index"]: extensionObject}) + return datatype_dictionary + + + + +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/util/index/DatabaseIndex.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,44 @@ +#!/usr/bin/python + +import collections +from ExternIndex import ExternIndex + +class DatabaseIndex(ExternIndex): + def __init__(self, database, **args): + self.database = database + self.seqType=args.get("seqType") + self.useIframe=args.get("useIframe") + self.iframeHeight=args.get("iframeHeight") + self.iframeWidth=args.get("iframeWidth") + + def setExtLink(self): + return self.setDatabaseLink(self.database, self.seqType, self.useIframe, self.iframeHeight, self.iframeWidth) + + + def setDatabaseLink(self, database, seqType=None, useIframe=None, iframeHeight=None, iframeWidth=None): + database_settings = collections.OrderedDict() + if "NCBI" in database: + if not seqType: + database_settings["url"] = "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/?term=$$" + elif seqType == 2: + database_settings["url"] = "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/$$" + elif seqType == 1: + database_settings["url"] = "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/$$" + else: + raise Exception("Sequence Type {0} is not valid, should be either protein (seqType==2) or nucleotide (seqType==1). Stopping the application".format(seqType)) + elif "UniProt" in database: + database_settings["url"] = "http://www.uniprot.org/uniprot/$$" + elif "FlyBase" in database: + database_settings["url"] = "http://flybase.org/reports/$$" + else: + database_settings["url"] = "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/?term=$$" + database_settings["urlLabel"] = database + " Details:" + if useIframe or useIframe is None: + database_settings["iframeUrl"] = database_settings["url"] + if not iframeHeight: + iframeHeight = "600" + if not iframeWidth: + iframeWidth = "800" + database_settings["iframeOptions"] = "height= %s width= %s" % (iframeHeight, iframeWidth) + return database_settings +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/util/index/ExternIndex.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,16 @@ +#!/usr/bin/python +import collections +import abc +from abc import ABCMeta + +class ExternIndex(object): + __metaclass__ = ABCMeta + + @abc.abstractmethod + def __init__(self): + """init""" + + @abc.abstractmethod + def setExtLink(self): + """set external link""" + \ No newline at end of file
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/util/index/TrixIndex.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,45 @@ +#!/usr/bin/python + +import os +import collections +import shutil +import logging +from ExternIndex import ExternIndex + +class TrixIndex(ExternIndex): + def __init__(self, indexIx, indexIxx, trackName, mySpecieFolderPath, trixId, **args): + self.logger = logging.getLogger(__name__) + self.indexIx = indexIx + self.indexIxx = indexIxx + self.trackName = trackName + self.mySpecieFolderPath = mySpecieFolderPath + self.index_settings = collections.OrderedDict() + self.trixId = trixId.rstrip() + + + def setExtLink(self): + self.setSearchIndex() + self.moveIndexFile() + self.index_settings["searchTrix"] = "trix/%s" % self.indexIxName + return self.index_settings + + def moveIndexFile(self): + indexFolder = os.path.join(self.mySpecieFolderPath, 'trix') + self.indexIxName = "".join( ( self.trackName, ".ix") ) + self.indexIxxName = "".join( ( self.trackName, ".ixx") ) + if not os.path.exists(indexFolder): + os.makedirs(indexFolder) + + # Move index files to the index folder + self.indexIxPath = os.path.join(indexFolder, self.indexIxName) + shutil.copyfile(self.indexIx, self.indexIxPath) + self.indexIxxPath = os.path.join(indexFolder, self.indexIxxName) + shutil.copyfile(self.indexIxx, self.indexIxxPath) + + def setSearchIndex(self): + if not self.trixId: + self.logger.error("Didn't specify Trix Id") + self.logger.debug("trixId= %s, searchIndex= %s", self.trixId, self.trixId) + self.index_settings["searchIndex"] = self.trixId + +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/util/santitizer.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -0,0 +1,61 @@ +#!/usr/bin/python +# -*- coding: utf8 -*- + +""" +This class handles the subprocess calls of the different tools used +in HubArchiveCreator +""" + +import logging +import os +import subprocess +import sys +import string +import tempfile + + +def prefixTrackName(filename): + """ + santitize trackName. Because track name must begin with a letter and + contain only the following chars: [a-zA-Z0-9_]. + See the "track" Common settings at: + https://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/trackDb/trackDbHub.html#bigPsl_-_Pairwise_Alignments + skip the santitization for cytoBandIdeo track + """ + if filename == 'cytoBandIdeo': + return filename + valid_chars = "_%s%s" % (string.ascii_letters, string.digits) + sanitize_name = ''.join([c if c in valid_chars else '_' for c in filename]) + sanitize_name = "gonramp_" + sanitize_name + return sanitize_name + +def sanitize_name_input(string_to_sanitize): + """ + Sanitize the string passed in parameter by replacing '/' and ' ' by '_' + + :param string_to_sanitize: + :return : + + :Example: + + >>> sanitize_name_input('this/is an//example') + this_is_an__example + """ + return string_to_sanitize \ + .replace("/", "_") \ + .replace(" ", "_") + +def sanitize_name_inputs(inputs_data): + """ + Sanitize value of the keys "name" of the dictionary passed in parameter. + + Because sometimes output from Galaxy, or even just file name, from user inputs, have spaces. + Also, it can contain '/' character and could break the use of os.path function. + + :param inputs_data: dict[string, dict[string, string]] + """ + for key in inputs_data: + inputs_data[key]["name"] = sanitize_name_input(inputs_data[key]["name"]) + +def sanitize_group_name(group_name): + return group_name.lower().replace(' ', '_')
--- a/util/subtools.py Mon Jul 10 17:08:38 2017 -0400 +++ b/util/subtools.py Wed May 16 18:04:20 2018 -0400 @@ -13,6 +13,7 @@ import string import tempfile + class PopenError(Exception): def __init__(self, cmd, error, return_code): self.cmd = cmd @@ -20,10 +21,13 @@ self.return_code = return_code def __str__(self): - message = "The subprocess {0} has returned the error: {1}.".format(self.cmd, self.return_code) - message = ','.join((message, "Its error message is: {0}".format(self.error))) + message = "The subprocess {0} has returned the error: {1}.".format( + self.cmd, self.return_code) + message = ','.join( + (message, "Its error message is: {0}".format(self.error))) return repr(message) + def _handleExceptionAndCheckCall(array_call, **kwargs): """ This class handle exceptions and call the tool. @@ -41,12 +45,13 @@ # TODO: Check the value of array_call and <=[0] logging.debug("Calling {0}:".format(cmd)) - + logging.debug("%s", array_call) logging.debug("---------") # TODO: Use universal_newlines option from Popen? try: - p = subprocess.Popen(array_call, stdout=stdout, stderr=stderr, shell=shell) + p = subprocess.Popen(array_call, stdout=stdout, + stderr=stderr, shell=shell) # TODO: Change this because of possible memory issues => https://docs.python.org/2/library/subprocess.html#subprocess.Popen.communicate @@ -64,29 +69,35 @@ raise PopenError(cmd, error, p.returncode) else: # TODO: To Handle properly with a design behind, if we received a option as a file for the error - raise Exception("Error when calling {0}. Error as been logged in your file {1}. Error code: {2}"\ + raise Exception("Error when calling {0}. Error as been logged in your file {1}. Error code: {2}" .format(cmd, stderr.name, p.returncode)) except OSError as e: - message = "The subprocess {0} has encountered an OSError: {1}".format(cmd, e.strerror) + message = "The subprocess {0} has encountered an OSError: {1}".format( + cmd, e.strerror) if e.filename: - message = '\n'.join((message, ", against this file: {0}".format(e.filename))) + message = '\n'.join( + (message, ", against this file: {0}".format(e.filename))) logging.error(message) sys.exit(-1) except PopenError as p: - message = "The subprocess {0} has returned the error: {1}.".format(p.cmd, p.return_code) - message = '\n'.join((message, "Its error message is: {0}".format(p.error))) + message = "The subprocess {0} has returned the error: {1}.".format( + p.cmd, p.return_code) + message = '\n'.join( + (message, "Its error message is: {0}".format(p.error))) logging.exception(message) sys.exit(p.return_code) except Exception as e: - message = "The subprocess {0} has encountered an unknown error: {1}".format(cmd, e) + message = "The subprocess {0} has encountered an unknown error: {1}".format( + cmd, e) logging.exception(message) sys.exit(-1) return p + def twoBitInfo(two_bit_file_name, two_bit_info_file): """ Call twoBitInfo and write the result into twoBit_info_file @@ -98,6 +109,7 @@ p = _handleExceptionAndCheckCall(array_call) return p + def faToTwoBit(fasta_file_name, twoBitFile): """ This function call faToTwoBit UCSC tool, and return the twoBitFile @@ -111,6 +123,7 @@ return twoBitFile + def gtfToGenePred(input_gtf_file_name, gene_pred_file_name): """ Call gtfToGenePred and write the result into gene_pred_file_name @@ -122,6 +135,7 @@ p = _handleExceptionAndCheckCall(array_call) return p + def gff3ToGenePred(input_gff3_file_name, gene_pred_file_name): """ Call gff3ToGenePred and write the result into gene_pred_file_name @@ -129,12 +143,11 @@ :param gene_pred_file_name: :return: """ - valid_gff3_file = tempfile.NamedTemporaryFile(bufsize=0, suffix=".gff3") - validateGff(input_gff3_file_name, valid_gff3_file.name) - array_call = ['gff3ToGenePred', valid_gff3_file.name, gene_pred_file_name] + array_call = ['gff3ToGenePred', input_gff3_file_name, gene_pred_file_name] p = _handleExceptionAndCheckCall(array_call) return p + def genePredToBigGenePred(gene_pred_file_name, unsorted_bigGenePred_file_name): """ Call genePredToBigGenePred and write the result into unsorted_bigGenePred_file_name @@ -148,6 +161,7 @@ p = _handleExceptionAndCheckCall(array_call) return p + def genePredToBed(gene_pred_file_name, unsorted_bed_file_name): """ Call genePredToBed and write the result into unsorted_bed_file_name @@ -159,6 +173,7 @@ p = _handleExceptionAndCheckCall(array_call) return p + def sort(unsorted_bed_file_name, sorted_bed_file_name): """ Call sort with -k1,1 -k2,2n on unsorted_bed_file_name and write the result into sorted_bed_file_name @@ -166,10 +181,12 @@ :param sorted_bed_file_name: :return: """ - array_call = ['sort', '-k', '1,1', '-k', '2,2n', unsorted_bed_file_name, '-o', sorted_bed_file_name] + array_call = ['sort', '-k', '1,1', '-k', '2,2n', + unsorted_bed_file_name, '-o', sorted_bed_file_name] p = _handleExceptionAndCheckCall(array_call) return p + def sortChromSizes(two_bit_info_file_name, chrom_sizes_file_name): """ Call sort with -k2rn on two_bit_info_file_name and write the result into chrom_sizes_file_name @@ -177,12 +194,13 @@ :param chrom_sizes_file_name: :return: """ - array_call = ['sort', '-k2rn', two_bit_info_file_name, '-o', chrom_sizes_file_name] + array_call = ['sort', '-k2rn', two_bit_info_file_name, + '-o', chrom_sizes_file_name] p = _handleExceptionAndCheckCall(array_call) return p -def bedToBigBed(sorted_bed_file_name, chrom_sizes_file_name, big_bed_file_name, - typeOption=None, autoSql=None, tab=False, extraIndex=None): + +def bedToBigBed(sorted_bed_file_name, chrom_sizes_file_name, big_bed_file_name, options=None): """ Call bedToBigBed on sorted_bed_file_name, using chrom_sizes_file_name and write the result into big_bed_file_name :param sorted_bed_file_name: @@ -191,28 +209,24 @@ :return: """ - # TODO: Move this into the _handleExceptionAndCheckCall function - # Parse the array - logging.debug("sorted_bed_file_name: {0}".format(sorted_bed_file_name)) - logging.debug("chrom_sizes_file_name: {0}".format(chrom_sizes_file_name)) - logging.debug("big_bed_file_name: {0}".format(big_bed_file_name)) - logging.debug("typeOption: {0}".format(typeOption)) - logging.debug("autoSql: {0}".format(autoSql)) - logging.debug("tab option: {0}".format(tab)) - - array_call = ['bedToBigBed', sorted_bed_file_name, chrom_sizes_file_name, big_bed_file_name] - if typeOption: - typeOption = ''.join(['-type=', typeOption]) - array_call.append(typeOption) - if autoSql: - autoSql = ''.join(['-as=', autoSql]) - array_call.append(autoSql) - if tab: - array_call.append('-tab') - if extraIndex: - index = ''.join(['-extraIndex=', extraIndex]) - array_call.append(index) - + array_call = ['bedToBigBed', sorted_bed_file_name, + chrom_sizes_file_name, big_bed_file_name] + if options: + typeOption = options.get("typeOption") + autoSql = options.get("autoSql") + tab = options.get("tab") + extraIndex = options.get("extraIndex") + if typeOption: + typeOption = ''.join(['-type=', typeOption]) + array_call.append(typeOption) + if autoSql: + autoSql = ''.join(['-as=', autoSql]) + array_call.append(autoSql) + if tab: + array_call.append('-tab') + if extraIndex: + index = ''.join(['-extraIndex=', extraIndex]) + array_call.append(index) p = _handleExceptionAndCheckCall(array_call) return p @@ -223,10 +237,12 @@ :param output_sorted_bam_name: :return: """ - array_call = ['samtools', 'sort', input_bam_file_name, '-o', output_sorted_bam_name] + array_call = ['samtools', 'sort', + input_bam_file_name, '-o', output_sorted_bam_name] p = _handleExceptionAndCheckCall(array_call) return p + def createBamIndex(input_sorted_bam_file_name, output_name_index_name): """ Call `samtools index` on imput_sorted_bam_file_name and output the result in output_name_index_name @@ -234,10 +250,12 @@ :param output_name_index_name: :return: """ - array_call = ['samtools', 'index', input_sorted_bam_file_name, output_name_index_name] + array_call = ['samtools', 'index', + input_sorted_bam_file_name, output_name_index_name] p = _handleExceptionAndCheckCall(array_call) return p + def pslToBigPsl(input_psl_file_name, output_bed12_file_name): """ Call `pslToBigPsl` on input_psl_file_name and output the result in output_bed12_file_name @@ -251,30 +269,44 @@ p = _handleExceptionAndCheckCall(array_call) return p -#santitize trackName. Because track name must begin with a letter and +# santitize trackName. Because track name must begin with a letter and # contain only the following chars: [a-zA-Z0-9_]. # See the "track" Common settings at: -#https://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/trackDb/trackDbHub.html#bigPsl_-_Pairwise_Alignments -def fixName(filename): - if filename == 'cytoBandIdeo': - return filename - valid_chars = "_%s%s" % (string.ascii_letters, string.digits) - sanitize_name = ''.join([c if c in valid_chars else '_' for c in filename]) - sanitize_name = "gonramp_" + sanitize_name - return sanitize_name +# https://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/trackDb/trackDbHub.html#bigPsl_-_Pairwise_Alignments -def validateGff(orig_gff3, valid_gff3): +def validateFiles(input_file, chrom_sizes_file_name, file_type, options=None): + """ + Call validateFiles on input_file, using chrom_sizes_file_name and file_type + :param input_file: + :param chrom_sizes_file_name: + :param file_type: + :return: """ - Remove extra meta line: ##gff-version 3 + + array_call = ['validateFiles', '-chromInfo=' + chrom_sizes_file_name, '-type='+ file_type, input_file] + if options: + tab = options.get("tab") + autoSql = options.get("autoSql") + logging.debug("tab: {0}".format(tab)) + logging.debug("autoSql: {0}".format(autoSql)) + if autoSql: + autoSql = ''.join(['-as=', autoSql]) + array_call.append(autoSql) + if tab: + array_call.append('-tab') + p = _handleExceptionAndCheckCall(array_call) + return p + +def pslCheck(input_file, options=None): """ - valid = open(valid_gff3, 'w') - num = 0 - with open(orig_gff3, 'r') as f: - for line in f: - if '##gff-version 3' in line: - if num == 0: - num += 1 - else: - continue - valid.write(line) - + Call pslCheck on input_file + :param input_file: + :return: + """ + + array_call = ['pslCheck', input_file] + p = _handleExceptionAndCheckCall(array_call) + return p + + +