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--- a/test-data/only_genome/__main__.log Fri Jul 20 12:25:36 2018 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,57 +0,0 @@ -2018-04-20 07:39:49,692 - root - INFO - #### JBrowseArchiveCreator: Start #### - -2018-04-20 07:39:49,693 - root - DEBUG - ---- Welcome in JBrowseArchiveCreator Debug Mode ---- - -2018-04-20 07:39:49,693 - root - DEBUG - JSON parameters: {"extra_files_path": "/home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/514/dataset_596_files", "feature_tracks_type": "CanvasFeatures", "debug_mode": "false", "genome_name": "Dbia3", "fasta": {"false_path": "/home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dataset_595.dat", "name": "dbia3.fa"}, "tool_directory": "/home/galaxy/shed_tools/testtoolshed.g2.bx.psu.edu/repos/yating-l/jbrowsearchivecreator/4a69515eed63/jbrowsearchivecreator", "user_email": "demo@apollo.com"} - - -2018-04-20 07:39:49,693 - root - INFO - #### JBrowseArchiveCreator: Creating the Track Hub folder #### - -2018-04-20 07:39:49,693 - root - DEBUG - Calling faToTwoBit: -2018-04-20 07:39:49,693 - root - DEBUG - ['faToTwoBit', u'/home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dbia3.fa.fasta', '/tmp/tmpzDAir8'] -2018-04-20 07:39:49,693 - root - DEBUG - --------- -2018-04-20 07:39:49,722 - root - DEBUG - -2018-04-20 07:39:49,723 - root - DEBUG - Calling twoBitInfo: -2018-04-20 07:39:49,723 - root - DEBUG - ['twoBitInfo', '/tmp/tmpzDAir8', '/tmp/tmpgN38vZ'] -2018-04-20 07:39:49,723 - root - DEBUG - --------- -2018-04-20 07:39:49,731 - root - DEBUG - -2018-04-20 07:39:49,731 - root - DEBUG - Calling sort: -2018-04-20 07:39:49,731 - root - DEBUG - ['sort', '-k2rn', '/tmp/tmpgN38vZ', '-o', '/tmp/tmpwk5mtf.chrom.sizes'] -2018-04-20 07:39:49,731 - root - DEBUG - --------- -2018-04-20 07:39:49,735 - root - DEBUG - -2018-04-20 07:39:49,755 - root - DEBUG - Calling prepare-refseqs.pl: -2018-04-20 07:39:49,756 - root - DEBUG - ['prepare-refseqs.pl', '--indexed_fasta', u'/home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dbia3.fa.fasta', '--out', u'/home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/514/dataset_596_files/myHub'] -2018-04-20 07:39:49,756 - root - DEBUG - --------- -2018-04-20 07:39:49,881 - root - DEBUG - -2018-04-20 07:39:49,882 - root - INFO - #### JBrowseArchiveCreator: Preparing track data #### - -2018-04-20 07:39:49,882 - root - DEBUG - ----- End of all_datatype_dictionary processing ----- -2018-04-20 07:39:49,882 - root - INFO - #### JBrowseArchiveCreator: Adding tracks to Track Hub #### - -2018-04-20 07:39:49,882 - root - DEBUG - ----- Beginning of Track adding processing ----- -2018-04-20 07:39:49,882 - root - DEBUG - ----- End of Track adding processing ----- -2018-04-20 07:39:49,882 - root - INFO - #### JBrowseArchiveCreator: Creating the HTML file #### - -2018-04-20 07:39:49,882 - root - DEBUG - Calling generate-names.pl: -2018-04-20 07:39:49,882 - root - DEBUG - ['generate-names.pl', '--hashBits', '4', '-v', '--out', u'/home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/514/dataset_596_files/myHub'] -2018-04-20 07:39:49,882 - root - DEBUG - --------- -2018-04-20 07:39:49,992 - root - DEBUG - Tracks: - DNA -Sampled input stats: - total namerec bytes 1120 - namerecs converted to operations 70 - total input bytes 0 - avg record text bytes 16 - operations made 551 - name input records 70 - operation stream estimated count 0 - namerecs buffered 70 - record stream estimated count 0 -Removing existing contents of target dir /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/514/dataset_596_files/myHub/names -Hash store cache size: 2684 buckets -Using 1 chars for sort log names (16 sort logs) - -2018-04-20 07:39:49,998 - root - DEBUG - ---- End of JBrowseArchiveCreator Debug Mode: Bye! ---- - -2018-04-20 07:39:49,998 - root - INFO - #### JBrowseArchiveCreator: Congratulation! Assembly Hub is created! #### -
--- a/test-data/only_genome/myHub/.htaccess Fri Jul 20 12:25:36 2018 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,10 +0,0 @@ -# This Apache .htaccess file is generated by JBrowse (GenomeDB) for -# allowing cross-origin requests as defined by the Cross-Origin -# Resource Sharing working draft from the W3C -# (http://www.w3.org/TR/cors/). In order for Apache to pay attention -# to this, it must have mod_headers enabled, and its AllowOverride -# configuration directive must allow FileInfo overrides. -<IfModule mod_headers.c> - Header onsuccess set Access-Control-Allow-Origin * - Header onsuccess set Access-Control-Allow-Headers X-Requested-With,Range -</IfModule>
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