Mercurial > repos > ieguinoa > ena_upload
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/.shed.yml Wed Feb 02 17:16:15 2022 +0000 @@ -0,0 +1,12 @@ +categories: + - Data Export +description: | + Submits experimental data and respective metadata to the European Nucleotide Archive (ENA). +long_description: | + The program submits experimental data and respective metadata to the European Nucleotide Archive (ENA). + The metadata should be provided in separate tables corresponding to ENA objects STUDY, SAMPLE, EXPERIMENT and RUN +name: ena_upload +owner: iuc +remote_repository_url: https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/ena_upload +homepage_url: https://github.com/usegalaxy-eu/ena-upload-cli +type: unrestricted
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/README.md Wed Feb 02 17:16:15 2022 +0000 @@ -0,0 +1,31 @@ +# ena-upload-wrapper +Galaxy wrapper for ena-cli-upload + +This tool is shipped in a ready to use Galaxy container found [here](https://github.com/ELIXIR-Belgium/ena-upload-container). + +## Setting up credentials on Galaxy + +The admin of the server can set up global credentials through a file with the format: +``` +username: webin_id +password: webin_password +``` + +The path to this file must be exported as an environment variable called $GALAXY_ENA_SECRETS + +Alternatively, the admin can enable users to set their own credentials for this tool. +To enable it, make sure the file `config/user_preferences_extra_conf.yml` has the following section: + +``` + ena_webin_account: + description: Your ENA Webin account details + inputs: + - name: webin_id + label: ENA Webin ID + type: text + required: False + - name: password + label: Password + type: password + required: False +```
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/ena_upload.xml Wed Feb 02 17:16:15 2022 +0000 @@ -0,0 +1,860 @@ +<tool id="ena_upload" name="ENA Upload tool" version="@VERSION@" profile="20.01" license="MIT"> + <macros> + <token name="@VERSION@">0.5.3</token> + <import>samples_macros.xml</import> + </macros> + <requirements> + <requirement type="package" version="@VERSION@">ena-upload-cli</requirement> + </requirements> + <stdio> + <regex match="Oops" source="stderr" level="fatal"/> + <regex match="different file names between command line and RUN table" source="stderr" level="fatal"/> + </stdio> + <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[ +mkdir ./submission_files; +#set $studies_table_path = './submission_files/studies.tsv' +#set $samples_table_path = './submission_files/samples.tsv' +#set $experiments_table_path = './submission_files/experiments.tsv' +#set $runs_table_path = './submission_files/runs.tsv' + +#set $studies_table_path_updated = './submission_files/studies_updated.tsv' +#set $samples_table_path_updated = './submission_files/samples_updated.tsv' +#set $experiments_table_path_updated = './submission_files/experiments_updated.tsv' +#set $runs_table_path_updated = './submission_files/runs_updated.tsv' + +#set working_dir = os.getcwd() +#if $action_options.input_format_conditional.input_format == "build_tables": + python '$__tool_directory__/extract_tables.py' --action $action_options.action --out_dir ./submission_files --studies $studies_json; +#end if + + +#if $action_options.input_format_conditional.input_format == "build_tables": + cp $studies_table_path $studies_table_out && + cp $samples_table_path $samples_table_out && + cp $experiments_table_path $experiments_table_out && + cp $runs_table_path $runs_table_out && +#end if +#if $action_options.input_format_conditional.input_format == "user_generated_tables": + ln -s '$action_options.input_format_conditional.experiments_users_table' $experiments_table_path && + ln -s '$action_options.input_format_conditional.studies_users_table' $studies_table_path && + ln -s '$action_options.input_format_conditional.runs_users_table' $runs_table_path && + ln -s '$action_options.input_format_conditional.samples_users_table' $samples_table_path && +#end if +#if $action_options.input_format_conditional.input_format == "excel_tables": + ln -s '$action_options.input_format_conditional.xlsx_file' ./xlsx_input.xlsx && +#end if +#if $action_options.test_submit_parameters.dry_run == "false" and $action_options.test_submit == "False": + webin_id=`grep 'username' $credentials`; + if [ "\$webin_id" = "" ]; then + ## No credentials in user defined preferences + ## Fallback to global defined credentials (if exist) + #import os + #if os.path.isfile(os.environ.get('GALAXY_ENA_SECRETS', '')): + credentials_path=\${GALAXY_ENA_SECRETS}; + webin_id=`grep 'username' \$GALAXY_ENA_SECRETS`; + if [ "\$webin_id" = "" ]; then + echo "No global credentials defined. Check your GALAXY_ENA_SECRETS file or set your credentials via: User -> Preferences -> Manage Information"; + exit 1; + fi; + #else: + echo "No ENA credentials defined. Set your credentials via: User -> Preferences -> Manage Information"; + exit 1; + #end if + else + credentials_path='$credentials'; + fi; +#end if + +#if $action_options.test_submit == "True" or $action_options.test_submit_parameters.dry_run == "true": + credentials_path='test_fake_path'; + #if $action_options.test_submit_parameters.dry_run == "true" and $action_options.input_format_conditional.input_format == "excel_tables": + echo "username: test_user" > \$credentials_path; + echo "password: test_password" >> \$credentials_path; + #end if +#end if + +## create the list of files to upload and make the symlinks +#import re +#set $files_to_upload = list() +#if $action_options.input_format_conditional.input_format == "build_tables": + #for $study in $action_options.input_format_conditional.conditional_viral_metadata.rep_study: + #for $sample in $study.rep_sample: + #for $experiment in $sample.rep_experiment: + #for $run in $experiment.rep_runs: + #for $file in $run.upload_files: + #set $safename_reads_file = re.sub('[^\w\-_\.]', '_', $file.element_identifier) + #if $action_options.input_format_conditional.add_extension == "true": + #set $extension = '.fastq' + #else + #set $extension = '' + #end if + #if $file.is_of_type('fastq', 'fastqsanger'): + ## compression output is defined as safename_reads_file so no need to symlink + #set $safename_reads_file = $safename_reads_file + $extension + '.gz' + gzip -c '$file' > $safename_reads_file && + #else: + #if $action_options.input_format_conditional.add_extension == "true": + #if $file.is_of_type('fastq.gz', 'fastqsanger.gz'): + #set $compression = '.gz' + #elif $file.is_of_type('fastqsanger.bz2', 'fastq.bz2'): + #set $compression = '.bz2' + #end if + #set $safename_reads_file = $safename_reads_file + $extension + $compression + #end if + ln -s '$file' $safename_reads_file && + #end if + $files_to_upload.append(str($safename_reads_file)) + #end for + #end for + #end for + #end for + #end for +#else: + #if $action_options.input_format_conditional.run_input_format_conditional.run_input_format == 'paired_list': + #for $pair in $action_options.input_format_conditional.run_input_format_conditional.paired_end_collection: + #set $safename_reads_file = re.sub('[^\w\-_\.]', '_', $pair.name) + ## Always need to add .fastq + compression suffix because the name is based on the pair name which has no extensions + #if $pair.forward.is_of_type('fastq', 'fastqsanger'): + ## compress the file, no need to create the link then + ## always add the compression suffix (.gz) + #set $safename_fwd_reads_file = $safename_reads_file + '_1' + 'fastq' + '.gz' + gzip -c '$file' > $safename_fwd_reads_file && + #else + #if $pair.forward.is_of_type('fastq.gz', 'fastqsanger.gz'): + #set $compression = '.gz' + #elif $pair.forward.is_of_type('fastqsanger.bz2', 'fastq.bz2'): + #set $compression = '.bz2' + #end if + #set $safename_fwd_reads_file = $safename_reads_file + '_1' + '.fastq' + $compression + ln -s '$pair.forward' $safename_fwd_reads_file && + #end if + + #if $pair.reverse.is_of_type('fastq', 'fastqsanger'): + ## compress the file, no need to create the link then + #set $safename_reverse_reads_file = $safename_reads_file + '_1' + '.fastq' + '.gz' + gzip -c '$file' > $safename_rev_reads_file && + #else + #if $pair.reverse.is_of_type('fastqsanger.bz2', 'fastq.bz2'): + #set $compression = '.bz2' + #elif $pair.reverse.is_of_type('fastqsanger.gz', 'fastq.gz'): + #set $compression = '.gz' + #end if + #set $safename_rev_reads_file = $safename_reads_file + '_2' + '.fastq' + $compression + ln -s '$pair.reverse' $safename_rev_reads_file && + #end if + $files_to_upload.append(str($safename_fwd_reads_file)) + $files_to_upload.append(str($safename_rev_reads_file)) + #end for + #end if + #if $action_options.input_format_conditional.run_input_format_conditional.run_input_format == 'multiple_selection_list': + #for $file in $action_options.input_format_conditional.run_input_format_conditional.data: + #set $safename_reads_file = re.sub('[^\w\-_\.]', '_', $file.element_identifier) + #if $file.is_of_type('fastq', 'fastqsanger'): + ## always compress add the gz extension + #if $action_options.input_format_conditional.run_input_format_conditional.add_extension == "true": + #set $safename_reads_file = $safename_reads_file + '.fastq.gz' + #else + #set $safename_reads_file = $safename_reads_file + '.gz' + #end if + gzip -c '$file' > $safename_reads_file && + #else + #if $action_options.input_format_conditional.run_input_format_conditional.add_extension == "true": + #if $file.is_of_type('fastq.gz', 'fastqsanger.gz'): + #set $extension = '.fastq.gz' + #elif $file.is_of_type('fastqsanger.bz2', 'fastq.bz2'): + #set $extension = '.fastq.bz2' + #end if + #set $safename_reads_file = $safename_reads_file + $extension + #end if + ln -s '$file' $safename_reads_file && + #end if + $files_to_upload.append(str($safename_reads_file)) + #end for + #end if +#end if + + +#if $action_options.test_submit_parameters.dry_run == "false" or $action_options.input_format_conditional.input_format == "excel_tables": +#if $action_options.action == "add": +ena-upload-cli + --tool 'ena-upload-cli v@VERSION@ @ Galaxy' + --action '$action_options.action' + --center '$action_options.center' + --secret \${credentials_path} + --data + #for $dataset in $files_to_upload: + '$dataset' + #end for +#if $action_options.test_submit_parameters.dry_run == "true": + --draft +#end if +#if $action_options.input_format_conditional.input_format != "excel_tables": + --experiment '$experiments_table_path' + --study '$studies_table_path' + --run '$runs_table_path' + --sample '$samples_table_path' +#else + --xlsx ./xlsx_input.xlsx +#end if +--action add +#if $action_options.input_format_conditional.input_format == "user_generated_tables": + --checklist $action_options.input_format_conditional.checklist_id +#else: + #if $action_options.input_format_conditional.input_format == "build_tables": + #if $action_options.input_format_conditional.conditional_viral_metadata.viral_sample == "true": + --checklist ERC000033 + #end if + #else: + --checklist $action_options.input_format_conditional.checklist_id + #end if +#end if + +#if $action_options.test_submit_parameters.submit_dev == "true": + -d +#end if + >> '$output'; +#end if + +#if $action_options.action == "modify": + ena-upload-cli + --tool 'ena-upload-cli v@VERSION@ @ Galaxy' + --action '$action_options.action' + --center '$action_options.center' + --secret \${credentials_path} + --data + #for $dataset in $files_to_upload: + '$dataset' + #end for +#if $action_options.test_submit_parameters.dry_run == "true": + --draft +#end if +#if $action_options.input_format_conditional.input_format != "excel_tables": + --experiment '$experiments_table_path' + --study '$studies_table_path' + --run '$runs_table_path' + --sample '$samples_table_path' +#else + --xlsx ./xlsx_input.xlsx + --auto_action +#end if +--action 'modify' +#if $action_options.input_format_conditional.input_format == "user_generated_tables": + --checklist $action_options.input_format_conditional.checklist_id +#else: + #if $action_options.input_format_conditional.input_format == "build_tables": + #if $action_options.input_format_conditional.conditional_viral_metadata.viral_sample == "true": + --checklist ERC000033 + #end if + #else: + --checklist $action_options.input_format_conditional.checklist_id + #end if +#end if + >> '$output'; +#end if + #if $action_options.test_submit_parameters.dry_run == "false": + echo -e 'center_name\t$action_options.center' >> '$output'; + echo -e 'action_option\t$action_options.action' >> '$output'; + #if $action_options.input_format_conditional.input_format == "build_tables": + cp $studies_table_path_updated $studies_table_out 2>/dev/null; + cp $samples_table_path_updated $samples_table_out 2>/dev/null; + cp $experiments_table_path_updated $experiments_table_out 2>/dev/null; + cp $runs_table_path_updated $runs_table_out 2>/dev/null; + #end if + #else + ## for the excel input case, copy the upload-cli generated tables to the output files + ## this applies for both draft and real submissions + cp './ENA_template_experiment_updated.tsv' $experiments_table_out; + cp './ENA_template_sample_updated.tsv' $samples_table_out; + cp './ENA_template_study_updated.tsv' $studies_table_out; + cp './ENA_template_run_updated.tsv' $runs_table_out; + #end if +#else: + exit 0; +#end if + +]]></command> + <configfiles> + <configfile name="credentials"><![CDATA[ +#set $webin_id = $__user__.extra_preferences.get('ena_webin_account|webin_id', "").strip() +#set $password = $__user__.extra_preferences.get('ena_webin_account|password', "").strip() +#if $webin_id != "": + username: "$webin_id" + password: "$password" +#end if + ]]></configfile> + <configfile name="studies_json"> +#import json +#import re +#if $action_options.input_format_conditional.input_format == "build_tables": + #set $files_to_upload = list() + #set $studies = list() + #for $study in $action_options.input_format_conditional.conditional_viral_metadata.rep_study: + #set samples = list() + #for $sample in $study.rep_sample: + #set experiments = list() + #for $experiment in $sample.rep_experiment: + #set runs = list() + #for $run in $experiment.rep_runs: + #set run_files = list() + #for $file in $run.upload_files: + #set $safename_reads_file = re.sub('[^\w\-_\.]', '_', $file.element_identifier) + $run_files.append(str($safename_reads_file)) + #end for + $runs.append((str($run.run_base_name),$run_files)) + #end for + +$experiments.append({'title':str($experiment.experiment_title),'experiment_design':str($experiment.experiment_design),'library_strategy':str($experiment.library_strategy),'library_source':str($experiment.library_source),'library_selection':str($experiment.library_selection),'library_layout':str($experiment.library_layout),'insert_size':str($experiment.insert_size),'library_construction_protocol':str($experiment.library_construction_protocol),'platform':str($experiment.platform),'instrument_model':str($experiment.instrument_model),'runs':$runs}) + #end for + #if $action_options.input_format_conditional.conditional_viral_metadata.viral_sample == "true": + +$samples.append({'title':str($sample.sample_title),'description':str($sample.sample_description),'tax_name':str($sample.scientific_name),'tax_id':str($sample.tax_id),'collection_date':str($sample.collection_date),'geo_location':str($sample.geo_location_country),'host_common_name':str($sample.host_common_name),'host_subject_id':str($sample.host_subject_id),'host_health_state':str($sample.host_health_state),'host_sex':str($sample.host_sex),'host_scientific_name':str($sample.host_scientific_name),'collector_name':str($sample.collector_name),'collecting_institution':str($sample.collecting_institution),'isolate':str($sample.isolate),'experiments':$experiments}) + #else: + +$samples.append({'title':str($sample.sample_title),'description':str($sample.sample_description),'tax_name':str($sample.scientific_name),'tax_id':str($sample.tax_id),'experiments':$experiments}) + #end if + #end for + $studies.append({'title':str($study.study_title),'type':str($study.study_type),'abstract':str($study.study_abstract),'pubmed_id':str($study.study_pubmed_id),'samples':$samples}) + #end for + #echo $json.dumps($studies) +#end if + </configfile> + </configfiles> + <inputs> + <conditional name="action_options"> + <param name="action" type="select" label="Action to execute"> + <option value="add" selected="True">Add new data</option> + <option value="modify">Modify metadata</option> + </param> + <when value="add"> + <expand macro="test_submit_section"/> + <param name="test_submit" type="hidden" value="False" /> + <expand macro="table_inputs_macro" /> + </when> + <when value="modify"> + <expand macro="test_submit_section"/> + <param name="test_submit" type="hidden" value="False" /> + <expand macro="table_inputs_macro" /> + </when> + </conditional> + </inputs> + <outputs> + <data name="output" format="txt" label="ENA submission receipt"/> + <data name="studies_table_out" format="tabular" 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expression="alias\ttitle\tstudy_alias\tsample_alias\tdesign_description\tlibrary_name\tlibrary_strategy\tlibrary_source\tlibrary_selection\tlibrary_layout\tinsert_size\tlibrary_construction_protocol\tplatform\tinstrument_model\taccession\tsubmission_date\tstatus"/> + </assert_contents> + </output> + <output name="studies_table_out"> + <assert_contents> + <has_n_lines n="2"/> + <has_n_columns n="7"/> + <has_line_matching expression="alias\ttitle\tstudy_type\tstudy_abstract\taccession\tsubmission_date\tstatus"/> + </assert_contents> + </output> + <output name="samples_table_out"> + <assert_contents> + <has_n_lines n="2"/> + <has_n_columns n="8"/> + <has_line_matching expression="alias\ttitle\tscientific_name\tsample_description\taccession\tsubmission_date\tstatus\ttaxon_id"/> + </assert_contents> + </output> + <output name="runs_table_out"> + <assert_contents> + <has_n_lines n="2"/> + <has_n_columns n="8"/> + <has_line_matching expression="alias\texperiment_alias\tfile_name\tfile_format\taccession\tsubmission_date\tstatus\tfile_checksum"/> + <has_line_matching expression="r_20201007_026\te_20201007_026\tsample_no_extension.fastq.gz\tFASTQ(.*)"/> + </assert_contents> + </output> + </test> + <!--Test 4: failure on excel input of NON-VIRAL samples with runs PAIRED collection --> + <test expect_failure="true"> + <conditional name="action_options"> + <param name="action" value="add"/> + <section name="test_submit_parameters"> + <param name="submit_dev" value="false" /> + <param name="dry_run" value="false" /> + </section> + <conditional name="input_format_conditional"> + <param name="add_extension" value="true"/> + <param name="input_format" value="excel_tables"/> + <param name="checklist_id" value="ERC000011"/> + <param name="xlsx_file" value="metadata_test_nonviral.xlsx"/> + <conditional name="run_input_format_conditional"> + <param name="run_input_format" value="paired_list"/> + <param name="paired_end_collection"> + <collection type="list:paired"> + <element name="paired_run_name"> + <collection type="paired"> + <element name="forward" value="1.fastqsanger.gz" ftype="fastqsanger.gz" /> + <element name="reverse" value="2.fastqsanger.gz" ftype="fastqsanger.gz" /> + </collection> + </element> + </collection> + </param> + </conditional> + </conditional> + </conditional> + <param name="center" value="Some research center"/> + <assert_command> + <has_text_matching expression="ena-upload-cli"/> + <has_text_matching expression="--data 'paired_run_name_1.fastq.gz' 'paired_run_name_2.fastq.gz'"/> + <has_text_matching expression="--action 'add' --center 'Some research center'"/> + </assert_command> + </test> + <!--Test 5: build tables from user input fields NON-VIRAL samples--> + <test> + <conditional name="action_options"> + <param name="action" value="add"/> + <section name="test_submit_parameters"> + <param name="submit_dev" value="false" /> + <param name="dry_run" value="true" /> + </section> + <conditional name="input_format_conditional"> + <param name="input_format" value="build_tables"/> + <param name="add_extension" value="true"/> + <conditional name="conditional_viral_metadata"> + <param name="viral_sample" value="False"/> + <repeat name="rep_study"> + <param name="study_title" value="Test study title"/> + <param name="study_abstract" value="Test study abstract"/> + <param name="study_type" value="Epigenetics"/> + <param name="study_pubmed_id" value="Test study pubmedID"/> + <repeat name="rep_sample"> + <param name="sample_title" value="Test Sample title"/> + <param name="sample_description" value="Test Sample description"/> + <param name="scientific_name" value="Test Sample scientific name"/> + <param name="tax_id" value="Test Sample tax_id"/> + <repeat name="rep_experiment"> + <param name="experiment_title" value="Test experiment title"/> + <param name="experiment_design" value="Test experiment design description"/> + <param name="library_strategy" value="CTS"/> + <param name="library_source" value="GENOMIC"/> + <param name="library_selection" value="PCR"/> + <param name="library_layout" value="SINGLE"/> + <param name="insert_size" value="150"/> + <param name="library_construction_protocol" value="Test library construction"/> + <param name="platform" value="ILLUMINA"/> + <param name="instrument_model" value="Illumina HiSeq 4000"/> + <repeat name="rep_runs"> + <param name="upload_files" value="1.fastqsanger.gz,sample.fq" ftype="fastqsanger"/> + </repeat> + </repeat> + </repeat> + </repeat> + </conditional> + </conditional> + </conditional> + <param name="center" value="Some research center"/> + <output name="experiments_table_out"> + <assert_contents> + <has_n_lines n="2"/> + <has_n_columns n="17"/> + </assert_contents> + </output> + <output name="studies_table_out"> + <assert_contents> + <has_n_lines n="2"/> + <has_n_columns n="8"/> + <has_line_matching expression="alias\tstatus\taccession\ttitle\tstudy_type\tstudy_abstract\tpubmed_id\tsubmission_date"/> + </assert_contents> + </output> + <output name="samples_table_out"> + <assert_contents> + <has_n_lines n="2"/> + <has_n_columns n="8"/> + </assert_contents> + </output> + <output name="runs_table_out"> + <assert_contents> + <has_n_lines n="3"/> + <has_n_columns n="8"/> + <has_line_matching expression="alias\tstatus\taccession\texperiment_alias\tfile_name\tfile_format\tfile_checksum\tsubmission_date"/> + </assert_contents> + </output> + </test> + <!--Test 6: RUN failing build tables from user input fields NON-VIRAL samples--> + <test expect_failure="true"> + <conditional name="action_options"> + <param name="action" value="add"/> + <section name="test_submit_parameters"> + <param name="submit_dev" value="true" /> + <param name="dry_run" value="false" /> + </section> + <conditional name="input_format_conditional"> + <param name="input_format" value="build_tables"/> + <param name="add_extension" value="true"/> + <conditional name="conditional_viral_metadata"> + <param name="viral_sample" value="false"/> + <repeat name="rep_study"> + <param name="study_title" value="Test study title"/> + <param name="study_abstract" value="Test study abstract"/> + <param name="study_type" value="Epigenetics"/> + <param name="study_pubmed_id" value="Test study pubmedID"/> + <repeat name="rep_sample"> + <param name="sample_title" value="Test Sample title"/> + <param name="sample_description" value="Test Sample description"/> + <param name="scientific_name" value="Test Sample scientific name"/> + <param name="tax_id" value="Test Sample tax_id"/> + <repeat name="rep_experiment"> + <param name="experiment_title" value="Test experiment title"/> + <param name="experiment_design" value="Test experiment design description"/> + <param name="library_strategy" value="CTS"/> + <param name="library_source" value="GENOMIC"/> + <param name="library_selection" value="PCR"/> + <param name="library_layout" value="SINGLE"/> + <param name="insert_size" value="150"/> + <param name="library_construction_protocol" value="Test library construction"/> + <param name="platform" value="ILLUMINA"/> + <param name="instrument_model" value="Illumina HiSeq 4000"/> + <repeat name="rep_runs"> + <param name="upload_files" value="1.fastqsanger.gz,sample.fq" ftype="fastqsanger"/> + </repeat> + </repeat> + </repeat> + </repeat> + </conditional> + </conditional> + </conditional> + <param name="center" value="Some research center"/> + <assert_stdout> + <has_text_matching expression="No ENA credentials defined"/> + </assert_stdout> + </test> + <!--Test 7: with submit_test to skip credentials checksRUN failing build tables from user input fields NON-VIRAL samples + also tests compression of uncompressed inputs and adding the .gz suffix --> + <test expect_failure="true"> + <conditional name="action_options"> + <param name="action" value="add"/> + <section name="test_submit_parameters"> + <param name="submit_dev" value="true" /> + <param name="dry_run" value="false" /> + </section> + <param name="test_submit" value="True"/> + <conditional name="input_format_conditional"> + <param name="add_extension" value="true"/> + <param name="input_format" value="build_tables"/> + <conditional name="conditional_viral_metadata"> + <param name="viral_sample" value="false"/> + <repeat name="rep_study"> + <param name="study_title" value="Test study title"/> + <param name="study_abstract" value="Test study abstract"/> + <param name="study_type" value="Epigenetics"/> + <param name="study_pubmed_id" value="Test study pubmedID"/> + <repeat name="rep_sample"> + <param name="sample_title" value="Test Sample title"/> + <param name="sample_description" value="Test Sample description"/> + <param name="scientific_name" value="Test Sample scientific name"/> + <param name="tax_id" value="Test Sample tax_id"/> + <repeat name="rep_experiment"> + <param name="experiment_title" value="Test experiment title"/> + <param name="experiment_design" value="Test experiment design description"/> + <param name="library_strategy" value="CTS"/> + <param name="library_source" value="GENOMIC"/> + <param name="library_selection" value="PCR"/> + <param name="library_layout" value="SINGLE"/> + <param name="insert_size" value="150"/> + <param name="library_construction_protocol" value="Test library construction"/> + <param name="platform" value="ILLUMINA"/> + <param name="instrument_model" value="Illumina HiSeq 4000"/> + <repeat name="rep_runs"> + <param name="run_base_name" value="run_from_hospital_X"/> + <param name="upload_files" value="sample.fq,sample.fq" ftype="fastqsanger"/> + </repeat> + </repeat> + </repeat> + </repeat> + </conditional> + </conditional> + </conditional> + <param name="center" value="Some research center"/> + <assert_command> + <has_text_matching expression="ena-upload-cli"/> + <has_text_matching expression="--data 'sample.fq.fastq.gz' 'sample.fq.fastq.gz'"/> + <has_text_matching expression="--action 'add' --center 'Some research center'"/> + <not_has_text text="modify" /> + </assert_command> + <assert_stderr> + <has_text_matching expression="Oops, the file test_fake_path does not exist"/> + </assert_stderr> + </test> + <!--Test 8: viral submission - User input metadata - Add extension = False--> + <test expect_failure="true"> + <conditional name="action_options"> + <param name="action" value="add"/> + <section name="test_submit_parameters"> + <param name="submit_dev" value="false" /> + <param name="dry_run" value="false" /> + </section> + <param name="test_submit" value="True"/> + <conditional name="input_format_conditional"> + <param name="add_extension" value="False"/> + <param name="input_format" value="build_tables"/> + <conditional name="conditional_viral_metadata"> + <param name="viral_sample" value="true"/> + <repeat name="rep_study"> + <param name="study_title" value="Test study title"/> + <param name="study_abstract" value="Test study abstract"/> + <param name="study_type" value="Epigenetics"/> + <param name="study_pubmed_id" value="Test study pubmedID"/> + <repeat name="rep_sample"> + <param name="sample_title" value="Test Sample title"/> + <param name="sample_description" value="Test Sample description"/> + <param name="scientific_name" value="Test Sample scientific name"/> + <param name="tax_id" value="Test Sample tax_id"/> + <param name="collection_date" value="2020"/> + <param name="geo_location_country" value="Belgium"/> + <param name="host_common_name" value="Human"/> + <param name="host_subject_id" value="Patient_001"/> + <param name="host_health_state" value="healthy"/> + <param name="host_sex" value="female"/> + <param name="host_scientific_name" value="homo sapiens"/> + <param name="collector_name" value="John The Collector"/> + <param name="collecting_institution" value="Hospital 01"/> + <param name="isolate" value="sample_001"/> + <repeat name="rep_experiment"> + <param name="experiment_title" value="Test experiment title"/> + <param name="experiment_design" value="Test experiment design description"/> + <param name="library_strategy" value="CTS"/> + <param name="library_source" value="GENOMIC"/> + <param name="library_selection" value="PCR"/> + <param name="library_layout" value="SINGLE"/> + <param name="insert_size" value="150"/> + <param name="library_construction_protocol" value="Test library construction"/> + <param name="platform" value="ILLUMINA"/> + <param name="instrument_model" value="Illumina HiSeq 4000"/> + <repeat name="rep_runs"> + <param name="run_base_name" value="run_from_hospital_X"/> + <param name="upload_files" value="1.fastqsanger.gz,2.fastqsanger.gz" ftype="fastqsanger.gz"/> + </repeat> + </repeat> + </repeat> + </repeat> + </conditional> + </conditional> + </conditional> + <param name="center" value="Some research center"/> + <assert_command> + <has_text_matching expression="ena-upload-cli"/> + <has_text_matching expression="--data '1.fastqsanger.gz' '2.fastqsanger.gz'"/> + <has_text_matching expression="--action 'add' --center 'Some research center'"/> + <has_text_matching expression="--checklist ERC000033"/> + </assert_command> + <assert_stderr> + <has_text_matching expression="Oops, the file test_fake_path does not exist"/> + </assert_stderr> + </test> + <!--Test 9: modify option and auto compression - viral submission - User input metadata--> + <test expect_failure="true"> + <conditional name="action_options"> + <param name="action" value="modify"/> + <section name="test_submit_parameters"> + <param name="submit_dev" value="false" /> + <param name="dry_run" value="false" /> + </section> + <param name="test_submit" value="True"/> + <conditional name="input_format_conditional"> + <param name="add_extension" value="False"/> + <param name="input_format" value="build_tables"/> + <conditional name="conditional_viral_metadata"> + <param name="viral_sample" value="True"/> + <repeat name="rep_study"> + <param name="study_title" value="Test study title"/> + <param name="study_abstract" value="Test study abstract"/> + <param name="study_type" value="Epigenetics"/> + <param name="study_pubmed_id" value="Test study pubmedID"/> + <repeat name="rep_sample"> + <param name="sample_title" value="Test Sample title"/> + <param name="sample_description" value="Test Sample description"/> + <param name="scientific_name" value="Test Sample scientific name"/> + <param name="tax_id" value="Test Sample tax_id"/> + <param name="collection_date" value="2020"/> + <param name="geo_location_country" value="Belgium"/> + <param name="host_common_name" value="Human"/> + <param name="host_subject_id" value="Patient_001"/> + <param name="host_health_state" value="healthy"/> + <param name="host_sex" value="female"/> + <param name="host_scientific_name" value="homo sapiens"/> + <param name="collector_name" value="John The Collector"/> + <param name="collecting_institution" value="Hospital 01"/> + <param name="isolate" value="sample_001"/> + <repeat name="rep_experiment"> + <param name="experiment_title" value="Test experiment title"/> + <param name="experiment_design" value="Test experiment design description"/> + <param name="library_strategy" value="CTS"/> + <param name="library_source" value="GENOMIC"/> + <param name="library_selection" value="PCR"/> + <param name="library_layout" value="SINGLE"/> + <param name="insert_size" value="150"/> + <param name="library_construction_protocol" value="Test library construction"/> + <param name="platform" value="ILLUMINA"/> + <param name="instrument_model" value="Illumina HiSeq 4000"/> + <repeat name="rep_runs"> + <param name="run_base_name" value="run_from_hospital_X"/> + <param name="upload_files" value="sample.fq" ftype="fastqsanger"/> + </repeat> + </repeat> + </repeat> + </repeat> + </conditional> + </conditional> + </conditional> + <param name="center" value="Some research center"/> + <assert_command> + <has_text_matching expression="ena-upload-cli"/> + <has_text_matching expression="--data 'sample.fq.gz'"/> + <has_text_matching expression="--action 'modify' --center 'Some research center'"/> + <has_text_matching expression="--checklist ERC000033"/> + <not_has_text text="add" /> + </assert_command> + <assert_stderr> + <has_text_matching expression="Oops, the file test_fake_path does not exist"/> + </assert_stderr> + </test> + </tests> + <help><![CDATA[ + This is a wrapper for the ENA upload tool in https://github.com/usegalaxy-eu/ena-upload-cli + The input metadata can be submitted following the tabular format of the templates in https://github.com/usegalaxy-eu/ena-upload-cli/tree/master/example_tables + It is also possible to submit an excel file by following the template in https://drive.google.com/file/d/1ncC22--tW2v-EI-te_r86sAZujIPAjlX/view?usp=sharing + For viral submissions a larger set of metadata is required, you can find the template in https://drive.google.com/file/d/1Gx78GKh58PmRjdmJ05DBbpObAL-3oUFX/view?usp=sharing + ]]></help> + <citations> + </citations> +</tool>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/extract_tables.py Wed Feb 02 17:16:15 2022 +0000 @@ -0,0 +1,102 @@ +import argparse +import json +import pathlib +from datetime import datetime + +""" +Parse the configfile generated by the Galaxy tool. +This file is JSON-formatted and should be converted to a set of tabular files. +""" + +FILE_FORMAT = 'fastq' + +parser = argparse.ArgumentParser() +parser.add_argument('--studies', dest='studies_json_path', required=True) +parser.add_argument('--out_dir', dest='out_path', required=True) +parser.add_argument('--action', dest='action', required=True) +args = parser.parse_args() + +with open(args.studies_json_path, 'r') as studies_json_file: + studies_dict = json.load(studies_json_file) +studies_table = open(pathlib.Path(args.out_path) / 'studies.tsv', 'w') +studies_table.write('\t'.join(['alias', 'status', 'accession', 'title', 'study_type', + 'study_abstract', 'pubmed_id', 'submission_date']) + '\n') +samples_table = open(pathlib.Path(args.out_path) / 'samples.tsv', 'w') +experiments_table = open(pathlib.Path(args.out_path) / 'experiments.tsv', 'w') +experiments_table.write('\t'.join(['alias', 'status', 'accession', 'title', 'study_alias', + 'sample_alias', 'design_description', 'library_name', + 'library_strategy', 'library_source', 'library_selection', + 'library_layout', 'insert_size', + 'library_construction_protocol', 'platform', 'instrument_model', + 'submission_date']) + '\n') +runs_table = open(pathlib.Path(args.out_path) / 'runs.tsv', 'w') +runs_table.write('\t'.join(['alias', 'status', 'accession', 'experiment_alias', 'file_name', + 'file_format', 'file_checksum', 'submission_date']) + '\n') + +action = args.action + +dt_oobj = datetime.now(tz=None) +timestamp = dt_oobj.strftime("%Y%m%d_%H:%M:%S") +for study_index, study in enumerate(studies_dict): + study_alias = 'study_' + str(study_index) + '_' + timestamp + studies_table.write('\t'.join([study_alias, action, 'ENA_accession', study['title'], + study['type'], study['abstract'], study['pubmed_id'], + 'ENA_submission_data'])) + if "geo_location" in study['samples'][0].keys(): # sample belongs to a viral sample + samples_table.write('\t'.join(['alias', 'status', 'accession', 'title', 'scientific_name', + 'taxon_id', 'sample_description', 'collection_date', + 'geographic_location', 'host_common_name', 'host_subject_id', + 'host_health_state', 'host_sex', 'host_scientific_name', + 'collector_name', 'collecting_institution', 'isolate', + 'submission_date']) + '\n') + else: + samples_table.write('\t'.join(['alias', 'status', 'accession', 'title', 'scientific_name', + 'taxon_id', 'sample_description', 'submission_date']) + '\n') + for sample_index, sample in enumerate(study['samples']): + sample_alias = 'sample_' + str(sample_index) + '_' + timestamp + if "geo_location" in sample.keys(): # sample belongs to a viral sample + if sample['collector_name'] == '': + sample['collector_name'] = 'unknown' + samples_table.write('\t'.join([sample_alias, action, 'ena_accession', sample['title'], + sample['tax_name'], sample['tax_id'], + sample['description'], sample['collection_date'], + sample['geo_location'], sample['host_common_name'], + sample['host_subject_id'], sample['host_health_state'], + sample['host_sex'], sample['host_scientific_name'], + sample['collector_name'], + sample['collecting_institution'], sample['isolate'], + 'ENA_submission_date']) + '\n') + else: + samples_table.write('\t'.join([sample_alias, action, 'ena_accession', sample['title'], + sample['tax_name'], sample['tax_id'], + sample['description'], 'ENA_submission_date']) + '\n') + for exp_index, exp in enumerate(sample['experiments']): + exp_alias = 'experiment_' + str(exp_index) + '.' + str(sample_index) + '_' + timestamp + lib_alias = 'library_' + str(exp_index) + '_' + str(sample_index) + experiments_table.write('\t'.join([exp_alias, action, 'accession_ena', exp['title'], + study_alias, sample_alias, exp['experiment_design'], + lib_alias, exp['library_strategy'], + exp['library_source'], exp['library_selection'], + exp['library_layout'].lower(), exp['insert_size'], + exp['library_construction_protocol'], + exp['platform'], exp['instrument_model'], + 'submission_date_ENA']) + '\n') + run_index = 0 + # exp['runs'] is a list of lists + for (base_run, run_files) in exp['runs']: + run_index += 1 + if base_run != '': + run_alias = base_run + else: + # no alias provided, generated a unique one + run_alias = '_'.join(['run_' + str(run_index), str(exp_index), + str(sample_index)]) + '_' + timestamp + for file_entry in run_files: + runs_table.write('\t'.join([run_alias, action, 'ena_run_accession', exp_alias, + file_entry, FILE_FORMAT, 'file_checksum', + 'submission_date_ENA']) + '\n') + +studies_table.close() +samples_table.close() +experiments_table.close() +runs_table.close()
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/samples_macros.xml Wed Feb 02 17:16:15 2022 +0000 @@ -0,0 +1,261 @@ +<macros> + <xml name="checklist_input_macro"> + <param type="select" name="checklist_id" label="Select the metadata checklist" help="You can find metadata templates for each checklist at: https://github.com/ELIXIR-Belgium/ENA-metadata-templates"> + <option value="ERC000011">ENA default sample checklist (ERC000011)</option> + <option value="ERC000012">GSC MIxS air (ERC000012)</option> + <option value="ERC000013">GSC MIxS host associated (ERC000013)</option> + <option value="ERC000014">GSC MIxS human associated (ERC000014)</option> + <option value="ERC000015">GSC MIxS human gut (ERC000015)</option> + <option value="ERC000016">GSC MIxS human oral (ERC000016)</option> + <option value="ERC000017">GSC MIxS human skin (ERC000017)</option> + <option value="ERC000018">GSC MIxS human vaginal (ERC000018)</option> + <option value="ERC000019">GSC MIxS microbial mat biolfilm (ERC000019)</option> + <option value="ERC000020">GSC MIxS plant associated (ERC000020)</option> + <option value="ERC000021">GSC MIxS sediment (ERC000021)</option> + <option value="ERC000022">GSC MIxS soil (ERC000022)</option> + <option value="ERC000023">GSC MIxS wastewater sludge (ERC000023)</option> + <option value="ERC000024">GSC MIxS water (ERC000024)</option> + <option value="ERC000025">GSC MIxS miscellaneous natural or artificial environment (ERC000025)</option> + <option value="ERC000027">ENA Micro B3 (ERC000027)</option> + <option value="ERC000028">ENA prokaryotic pathogen minimal sample checklist (ERC000028)</option> + <option value="ERC000029">ENA Global Microbial Identifier reporting standard checklist GMI_MDM:1.1 (ERC000029)</option> + <option value="ERC000030">ENA Tara Oceans (ERC000030)</option> + <option value="ERC000031">GSC MIxS built environment (ERC000031)</option> + <option value="ERC000032">ENA Influenza virus reporting standard checklist (ERC000032)</option> + <option value="ERC000033">ENA virus pathogen reporting standard checklist (ERC000033)</option> + <option value="ERC000034">ENA mutagenesis by carcinogen treatment checklist (ERC000034)</option> + <option value="ERC000035">ENA Crop Plant sample enhanced annotation checklist (ERC000035)</option> + <option value="ERC000036">ENA sewage checklist (ERC000036)</option> + <option value="ERC000037">ENA Plant Sample Checklist (ERC000037)</option> + <option value="ERC000038">ENA Shellfish Checklist (ERC000038)</option> + <option value="ERC000039">ENA parasite sample checklist (ERC000039)</option> + <option value="ERC000040">ENA UniEuk_EukBank Checklist (ERC000040)</option> + <option value="ERC000041">ENA Global Microbial Identifier Proficiency Test (GMI PT) checklist (ERC000041)</option> + <option value="ERC000043">ENA Marine Microalgae Checklist (ERC000043)</option> + <option value="ERC000044">COMPARE-ECDC-EFSA pilot human-associated reporting standard (ERC000044)</option> + <option value="ERC000045">COMPARE-ECDC-EFSA pilot food-associated reporting standard (ERC000045)</option> + <option value="ERC000047">GSC MIMAGS (ERC000047)</option> + <option value="ERC000048">GSC MISAGS (ERC000048)</option> + <option value="ERC000049">GSC MIUVIGS (ERC000049)</option> + <option value="ERC000050">ENA binned metagenome (ERC000050)</option> + <option value="ERC000051">PDX Checklist (ERC000051)</option> + <option value="ERC000052">HoloFood Checklist (ERC000052)</option> + <option value="ERC000053">Tree of Life Checklist (ERC000053)</option> + </param> + </xml> + <xml name="test_submit_section"> + <section name="test_submit_parameters" expanded="true" title="Testing options"> + <param name="submit_dev" type="boolean" truevalue="true" falsevalue="false" label="Submit to test ENA server?" help="By selecting yes the reads will be submitted to the ENA test server. Uploads to test platform will not be public and will be removed in 24hrs. Performing a preliminary test upload is advised to check for errors with metadata structure. You can find the uploads to the test platform at https://wwwdev.ebi.ac.uk/ena/" /> + <param name="dry_run" type="boolean" truevalue="true" falsevalue="false" label="Print the tables but do not submit the datasets" help="If yes is selected then NO submission will be performed."/> + </section> + </xml> + <xml name="run_inputs_macro"> + <conditional name="run_input_format_conditional"> + <param name="run_input_format" type="select" label="Select runs input format"> + <option value="multiple_selection_list" selected="True">Select individual datasets or datasets collection</option> + <option value="paired_list" selected="False">Input from a paired collection</option> + </param> + <when value="multiple_selection_list"> + <param name="add_extension" type="boolean" checked="False" label="Add .fastq.(gz,.bz2) extension to the Galaxy dataset names to match the ones described in the input tables?"/> + <param name="data" type="data" format="fastq,fastqsanger,fastqsanger.gz,fastqsanger.bz2,fastq.gz,fastq.bz2" multiple="true" label="Select individual datasets or a dataset collection" help="Names should match the compressed run's files names defined in the metadata"/> + </when> + <when value="paired_list"> + <param name="paired_end_collection" collection_type="list:paired" type="data_collection" format="fastq,fastqsanger,fastqsanger.gz,fastqsanger.bz2,fastq.gz,fastq.bz2" label="List of paired-end runs files" help="Names should match the compressed run's files names defined in the metadata" /> + </when> + </conditional> + </xml> + <xml name="table_inputs_macro"> + <conditional name="input_format_conditional"> + <param name="input_format" type="select" label="Would you like to submit pregenerated table files or interactively define the input structures?"> + <option value="excel_tables" selected="True">User generated metadata tables based on Excel templates</option> + <option value="build_tables" selected="False">Interactive generation of the study structure (recommended for small studies)</option> + <option value="user_generated_tables" selected="False">User generated tabular files (studies - samples - experiments - runs) </option> + </param> + <when value="excel_tables"> + <!--<param name="viral_submission" type="boolean" label="Does your submission data belong to a viral sample?" help="If you select yes then your data will be submitted using the ENA virus pathogen reporting standard checklist (see: https://ena-browser-docs.readthedocs.io/en/latest/help_and_guides/sars-cov-2-submissions.html)" />--> + <expand macro="checklist_input_macro"/> + <param name="xlsx_file" type="data" format="xlsx" label="Select Excel (xlsx) file based on templates" /> + <expand macro="run_inputs_macro" /> + </when> + <when value="user_generated_tables"> + <!--<param name="viral_submission" type="boolean" label="Does your submission data belong to a viral sample?" help="If you select yes then your data will be submitted using the ENA virus pathogen reporting standard checklist (see: https://ena-browser-docs.readthedocs.io/en/latest/help_and_guides/sars-cov-2-submissions.html)" />--> + <expand macro="checklist_input_macro"/> + <expand macro="run_inputs_macro" /> + <param name="studies_users_table" type="data" format="tabular" multiple="false" label="Studies table" help="Studies metadata file"/> + <param name="samples_users_table" type="data" format="tabular" multiple="false" label="Samples table" help="Samples metadata file"/> + <param name="experiments_users_table" type="data" format="tabular" multiple="false" label="Experiments table" help="Experiments metadata file"/> + <param name="runs_users_table" type="data" format="tabular" multiple="false" label="Runs table" help="Runs metadata file"/> + </when> + <when value="build_tables"> + <param name="add_extension" type="boolean" checked="false" label="Add .fastq.(gz.bz2) extension to the Galaxy dataset names to match the ones described in the input tables?"/> + <conditional name="conditional_viral_metadata"> + <param name="viral_sample" type="boolean" truevalue="true" falsevalue="false" label="Does your submission contains viral samples?" /> + <when value="true"> + <expand macro="viral_samples" /> + </when> + <when value="false"> + <expand macro="nonviral_samples" /> + </when> + </conditional> + </when> + </conditional> + <param name="center" type="text" optional="False" label="Affiliation center"/> + </xml> + <xml name="viral_samples"> + <repeat name="rep_study" title="Study" min="1"> + <param name="study_title" type="text" optional="False" label="Please provide a short descriptive title for the study"/> + <param name="study_abstract" type="text" optional="True" label="Please provide an abstract to describe the study in detail"/> + <param name="study_type" type="select" label="Please select the type of study"> + <options from_data_table="study_type"> + <column name="value" index="0"/> + </options> + </param> + <param name="study_pubmed_id" type="text" optional="True" value="" label="Please provide the PubMed id if exists (or leave it blank)"/> + <repeat name="rep_sample" title="Samples associated with this study" min="1" > + <param name="sample_title" type="text" label="Sample title"/> + <param name="sample_description" type="text" help="e.g: liver cells" label="Describe the type of sample"/> + <param name="scientific_name" type="text" label="Enter the species of the sample" help="e.g Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2"/> + <param name="tax_id" type="text" label="Enter the taxonomic ID corresponding to the sample species" /> + <param name="collection_date" type="text" label="Collection date" optional="True" help="options are: YYYY, YYYY-MM, YYYY-MM-DD, not collected, restricted access or not provided"> + <option value="not collected">not collected</option> + <option value="restricted access">restricted access</option> + <option value="not provided">not provided</option> + <validator type="regex" message="Data format is not valid">(^[0-9]{4}(-[0-9]{2}(-[0-9]{2}(T[0-9]{2}:[0-9]{2}(:[0-9]{2})?Z?([+-][0-9]{1,2})?)?)?)?(/[0-9]{4}(-[0-9]{2}(-[0-9]{2}(T[0-9]{2}:[0-9]{2}(:[0-9]{2})?Z?([+-][0-9]{1,2})?)?)?)?)?$)|(^not collected$)|(^not provided$)|(^restricted access$)</validator> + </param> + <param name="geo_location_country" type="select" label="Select the country where the sample was obtained"> + <options from_data_table="geographic_location_1"> + <column name="value" index="0"/> + </options> + </param> + <param name="host_common_name" type="text" label="Host common name" help="e.g human"/> + <param name="host_subject_id" type="text" label="Host subject id"/> + <param name="host_health_state" type="select" label="Host health state"> + <options from_data_table="host_health_state_1"> + <column name="value" index="0"/> + </options> + </param> + <param name="host_sex" type="select" label="Host sex"> + <options from_data_table="host_sex_1"> + <column name="value" index="0"/> + </options> + </param> + <param name="host_scientific_name" type="text" label="Host scientific name" help="e.g Homo sapiens"/> + <param name="collector_name" type="text" label="Collector name" help="Leave blank if unknown"/> + <param name="collecting_institution" type="text" label="Collecting institution"/> + <param name="isolate" type="text" label="Isolate"/> + <repeat name="rep_experiment" title="Sequencing experiments performed with this sample" min="1" > + <param name="experiment_title" type="text" label="Specify an experiment title" /> + <param name="experiment_design" type="text" label="Describe the experiment design" /> + <param name="library_strategy" type="select" label="Library strategy" help="The library strategy specifies the sequencing technique intended for this library"> + <options from_data_table="library_strategy"> + <column name="value" index="0"/> + </options> + </param> + <param name="library_source" type="select" label="Select library source" help="The library source specifies the type of source material that is being sequenced"> + <options from_data_table="library_source"> + <column name="value" index="0"/> + </options> + </param> + <param name="library_selection" type="select" label="Library selection" help="The library selection specifies whether any method was used to select for or against, enrich, or screen the material being sequenced"> + <options from_data_table="library_selection"> + <column name="value" index="0"/> + </options> + </param> + <param name="library_layout" type="select" label="Library layout"> + <options from_data_table="library_layout"> + <column name="value" index="0"/> + </options> + </param> + <param name="insert_size" type="integer" value="0" label="Specify the insert size"/> + <param name="library_construction_protocol" type="text" label="Please describe the library construction protocol"/> + <param name="platform" type="select" label="Select the sequencing platform used"> + <option value="LS454">LS454</option> + <option value="ILLUMINA">Illumina</option> + <option value="HELICOS">Helicos</option> + <option value="ABI_SOLID">ABI Solid</option> + <option value="COMPLETE_GENOMICS">Complete Genomics</option> + <option value="BGISEQ">BGI Seq</option> + <option value="OXFORD_NANOPORE">Oxford Nanopore</option> + <option value="PACBIO_SMRT">PacBio</option> + <option value="ION_TORRENT">Ion Torrent</option> + <option value="CAPILLARY">Capillary sequencing</option> + </param> + <param name="instrument_model" type="select" label="Instrument model"> + <options from_data_table="instrument_model"> + <column name="value" index="0"/> + </options> + </param> + <repeat name="rep_runs" title="Runs executed within this experiment" min="1" > + <param name="run_base_name" type="text" optional="False" value="" label="Run alias" help="If an alias is not provided it will be generated combining the sample and experiment indexes"/> + <param name="upload_files" type="data" format="fastq,fastqsanger,fastqsanger.gz,fastqsanger.bz2,fastq.gz,fastq.bz2" multiple="true" label="File(s) associated with this run"/> + </repeat> + </repeat> + </repeat> + </repeat> + </xml> + <xml name="nonviral_samples"> + <repeat name="rep_study" title="Study" min="1"> + <param name="study_title" type="text" optional="False" label="Please provide a short descriptive title for the study"/> + <param name="study_abstract" type="text" optional="True" label="Please provide an abstract to describe the study in detail"/> + <param name="study_type" type="select" label="Please select the type of study"> + <options from_data_table="study_type"> + <column name="value" index="0"/> + </options> + </param> + <param name="study_pubmed_id" type="text" optional="True" value="" label="Please provide the PubMed id if exists (or leave it blank)"/> + <repeat name="rep_sample" title="Samples associated with this study" min="1" > + <param name="sample_title" type="text" label="Sample title"/> + <param name="sample_description" type="text" help="e.g: liver cells" label="Describe the type of sample"/> + <param name="scientific_name" type="text" label="Enter the species of the sample" help="e.g Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2"/> + <param name="tax_id" type="text" label="Enter the taxonomic ID corresponding to the sample species" /> + <repeat name="rep_experiment" title="Sequencing experiments performed with this sample" min="1" > + <param name="experiment_title" type="text" label="Specify an experiment title" /> + <param name="experiment_design" type="text" label="Describe the experiment design" /> + <param name="library_strategy" type="select" label="Library strategy" help="The library strategy specifies the sequencing technique intended for this library"> + <options from_data_table="library_strategy"> + <column name="value" index="0"/> + </options> + </param> + <param name="library_source" type="select" label="Select library source" help="The library source specifies the type of source material that is being sequenced"> + <options from_data_table="library_source"> + <column name="value" index="0"/> + </options> + </param> + <param name="library_selection" type="select" label="Library selection" help="The library selection specifies whether any method was used to select for or against, enrich, or screen the material being sequenced"> + <options from_data_table="library_selection"> + <column name="value" index="0"/> + </options> + </param> + <param name="library_layout" type="select" label="Library layout"> + <options from_data_table="library_layout"> + <column name="value" index="0"/> + </options> + </param> + <param name="insert_size" type="integer" value="0" label="Specify the insert size"/> + <param name="library_construction_protocol" type="text" label="Please describe the library construction protocol"/> + <param name="platform" type="select" label="Select the sequencing platform used"> + <option value="LS454">LS454</option> + <option value="ILLUMINA" selected="True">Illumina</option> + <option value="HELICOS">Helicos</option> + <option value="ABI_SOLID">ABI Solid</option> + <option value="COMPLETE_GENOMICS">Complete Genomics</option> + <option value="BGISEQ">BGI Seq</option> + <option value="OXFORD_NANOPORE">Oxford Nanopore</option> + <option value="PACBIO_SMRT">PacBio</option> + <option value="ION_TORRENT">Ion Torrent</option> + <option value="CAPILLARY">Capillary sequencing</option> + </param> + <param name="instrument_model" type="select" label="Instrument model"> + <options from_data_table="instrument_model"> + <column name="value" index="0"/> + </options> + </param> + <repeat name="rep_runs" title="Runs executed within this experiment" min="1" > + <param name="run_base_name" type="text" optional="False" value="" label="Run alias" help="If an alias is not provided it will be generated combining the sample and experiment indexes"/> + <param name="upload_files" type="data" format="fastq,fastqsanger,fastqsanger.gz,fastqsanger.bz2,fastq.gz,fastq.bz2" multiple="true" label="File(s) associated with this run"/> + </repeat> + </repeat> + </repeat> + </repeat> + </xml> +</macros>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/C026_exp5_clean.fastq Wed Feb 02 17:16:15 2022 +0000 @@ -0,0 +1,400 @@ +@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1101:6911:8255/1 +ATCTGGTTCCTACTTCAGGGCCATAAAACCTAAATAGCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTACGTTCAATATT ++ +BCCCCFFFFFFFGGGGGGGGGGGHHHHGHGHHHHHHHHHGGGGGGHHHHGHHHHHHHHHHGHHHHHHGGHGGHHHGHHHHFHHGHHHHHHHHHGHEHEFFGHHEGGCEFGGFHHHBGHHGHHHHGHFHHHGHGHGHGGCDFDDACGGGGGGGAAFFFFFFFFFBAFFFFFB;FFFFFFADDFFFFFFFFFFEFFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFFFFFEFFFFFFFFBFEFFFFEFE;DFFFDFBFF/9BFB +@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1101:14518:9998/1 +GTTATTATTATGTCCTACAAGCATTAATTAATTAACACACTTTAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGGGATAGACCTGTGATCCATCGTGAT ++ +AAAAAFFFFFFFGGGGGGGGGGHGGHHHHGHHHHHHHGCGHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHHHHHHHGHHGFHFE5BGEEHFGGGHHHHHHHHFBHHGGGGFHGHHFGHHHHGHHHHHHGEGGGGFHFHGEGHHGGCDGDGHGGGDGGHGGCGGGHGHHH/ACDG?.1FGCDCCGCA.CC@CDCHFHGFFGGGEBFGAB//CEFBFGG.:;D;;A0AFFFFFB..:@ABFF//;BFFFFFBF/9D:A// +@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1101:18422:19051/1 +GTATCCGACATCTGGTTCCTACTTCAGGGTCATAAAACCTAAATAGCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTACG ++ +CCCCCFDDDDDFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHFHHHHGGGGHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHGGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHGCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGFDHGFHCFGGGGFGGFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF;FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFEFBFFFFFFFFFF:FFF. +@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1101:25545:21098/1 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+CCCCDFFFFCCFGGGGGGGGFGHHHHHGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGBGHGGHGGHHHHHHHHHHGHGHGGGGGHHHHHHHHGHHHHHHHHHGGGGGHHHHFFGHHHGGGGGGHHHGFGGHHGGGGHHHHHHGGGGGGHGHHGGGGGGGHGGGGGGHHHHHHHHHHHHHFHGGGHHHHGGGGGG:FE;EGEGGGGG/;?FGGGGGGGFFFFGGFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFBFFFFFFEFFFFFEFFF +@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1101:5861:6452/1 +ATTATGTCCTACAAGCATTAATTAATTAACACACTTTAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCGTGATGTCTTT ++ +ABCCCFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHGHHHHGHHHHHHHHHHHGGGGHHHHHHHHFHHHHHHGGHGHGGHGGHHHHHHHGGHFHHHGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHHHEGGHHGGGGGGHHHGGGGHGGGGGHHHHHHGGGDCGHHHHGGGGGGGHEFGGGGHGHHHGHGGGFGGGGGGGEGGGGGGG?E0CEFGGGGGFEE9EEFFFFFBFFFFFFFBFFBD.AFFFFFFF0 +@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1102:10403:6021/1 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