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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/EURL_VTEC_WGS_PT.py Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,282 @@ +#!/usr/bin/env python3 +# -*- coding: utf-8 -*- +""" +############################################################################ +# Istituto Superiore di Sanita' +# European Union Reference Laboratory (EU-RL) for Escherichia coli, including Verotoxigenic E. coli (VTEC) +# Developer: Arnold Knijn arnold.knijn@iss.it +############################################################################ +""" + +import argparse +import sys +import os +import shutil +import subprocess +import HTML +import datetime +import fileinput + +BASE_URL = 'https://aries.iss.it' +TOOL_DIR = os.path.dirname(os.path.abspath(__file__)) + +def insertFile(filename, report): + with open(filename) as html_in: + for line in html_in: + report.write(line) + +def insertFileAsTable(filename, report, hasheader=False, tabclass="table table-rep"): + with open(filename) as table_in: + table_data = [[str(col) for col in row.split('\t')] for row in table_in] + insertTable(table_data, report, hasheader, tabclass) + +def insertTable(table_data, report, hasheader=False, tabclass="table table-rep"): + if hasheader: + htmlcode = HTML.table(table_data[1:], attribs={'class':tabclass}, header_row=table_data[0]) + else: + htmlcode = HTML.table(table_data, attribs={'class':tabclass}) + report.write(htmlcode) + +def openFileAsTable(filename): + with open(filename) as table_in: + table_data = [[str(col).rstrip() for col in row.split('\t')] for row in table_in] + return table_data + +def __main__(): + parser = argparse.ArgumentParser() + parser.add_argument('--serotyping', dest='serotyping', help='perform serotyping', action='store_true') + parser.add_argument('--virulotyping', dest='virulotyping', help='perform virulotyping', action='store_true') + parser.add_argument('--shigatoxintyping', dest='shigatoxintyping', help='perform shigatoxintyping', action='store_true') + parser.add_argument('--amrtyping', dest='amrtyping', help='perform amrtyping', action='store_true') + parser.add_argument('-1', '--input1', dest='input1', help='forward or single-end reads file in Sanger FASTQ format') + parser.add_argument('--input1_ext', dest='input1_ext', help='extension of forward or single-end reads file in Sanger FASTQ format') + parser.add_argument('--input1_name', dest='input1_name', help='name of forward or single-end reads file in Sanger FASTQ format') + parser.add_argument('-2', '--input2', dest='input2', help='reverse reads file in Sanger FASTQ format') + parser.add_argument('--input2_ext', dest='input2_ext', help='extension of reverse reads file in Sanger FASTQ format') + parser.add_argument('--input2_name', dest='input2_name', help='name of reverse reads file in Sanger FASTQ format') + parser.add_argument('--html1', dest='html1', help='html FASTQC file') + parser.add_argument('--html1_id', dest='html1_id', help='html FASTQC file id') + parser.add_argument('--html1_path', dest='html1_path', help='html FASTQC file path') + parser.add_argument('--text1', dest='text1', help='text FASTQC file') + parser.add_argument('--html2', dest='html2', help='html FASTQC file') + parser.add_argument('--html2_id', dest='html2_id', help='html FASTQC file id') + parser.add_argument('--html2_path', dest='html2_path', help='html FASTQC file path') + parser.add_argument('--text2', dest='text2', help='text FASTQC file') + parser.add_argument('--contigs', dest='contigs', help='Assembly contigs') + parser.add_argument('--quast', dest='quast', help='Quast report') + parser.add_argument('--log', dest='logfile', help='log file') + parser.add_argument('--virulotyper', dest='virulotyper', help='Virulotyping Mapping reads') + parser.add_argument('--virulotyper_id', dest='virulotyper_id', help='Virulotyping Mapping reads id') + parser.add_argument('--stx', dest='stx', help='Shiga toxin') + parser.add_argument('--mlstsevenloci', dest='mlstsevenloci', help='Multi Locus Alleles table') + parser.add_argument('--amr', dest='amrgenes', help='AMR genes') + parser.add_argument('--amr_id', dest='amr_id', help='AMR file id') + parser.add_argument('--antigen_O', dest='antigen_O', help='Antigen for O') + parser.add_argument('--antigen_H', dest='antigen_H', help='Antigen for H') + parser.add_argument('--output', dest='output', help='output report html file') + args = parser.parse_args() + + log = open(args.logfile, 'w') + log.write("EURL VTEC WGS PT v3.2\n\nTool versions\n=============\n") + os.system("ln -s $(readlink -e $(which trimmomatic)).jar trimmomatic.jar") + # FASTQC + subprocess.call("python " + TOOL_DIR + "/scripts/rgFastQC.py -i " + args.input1 + " -d " + args.html1_path + " -o " + args.html1 + " -t " + args.text1 + " -f " + args.input1_ext + " -j " + args.input1_name + " -e " + "fastqc", shell=True) + log.write(os.popen("fastqc -v").read()) + if args.input2: + # FASTQC + subprocess.call("python " + TOOL_DIR + "/scripts/rgFastQC.py -i " + args.input2 + " -d " + args.html2_path + " -o " + args.html2 + " -t " + args.text2 + " -f " + args.input2_ext + " -j " + args.input2_name + " -e " + "fastqc", shell=True) + # TRIMMING + subprocess.call("java ${_JAVA_OPTIONS:--Xmx8G} -jar trimmomatic.jar PE -threads ${GALAXY_SLOTS:-6} -phred33 " + args.input1 + " " + args.input2 + " trimmed1.fq trimmed1unpaired trimmed2.fq trimmed2unpaired SLIDINGWINDOW:5:20 LEADING:3 TRAILING:3 MINLEN:36", shell=True) + log.write("\nTrimmomatic v0.39\n") + log.write("parameters: phred33 SLIDINGWINDOW:5:20 LEADING:3 TRAILING:3 MINLEN:36\n\n") + # ASSEMBLY + subprocess.call("perl " + TOOL_DIR + "/scripts/spades.pl spades_contigs spades_contig_stats spades_scaffolds spades_scaffold_stats spades_log NODE spades.py --disable-gzip-output --isolate -t ${GALAXY_SLOTS:-16} --pe1-ff --pe1-1 trimmed1.fq --pe1-2 trimmed2.fq", shell=True) + subprocess.call("perl " + TOOL_DIR + "/scripts/filter_spades_repeats.pl -i spades_contigs -t spades_contig_stats -c 0.33 -r 1.75 -l 1000 -o output_with_repeats -u output_without_repeats -n repeat_sequences_only -e 5000 -f discarded_sequences -s summary", shell=True) + shutil.move("output_without_repeats", args.contigs) + log.write(os.popen("spades.py -v").read()) + log.write("parameters: --isolate, pe1-ff, pe1-1, pe1-2 filter_repeats\n\n") + else: + # TRIMMING + subprocess.call("java ${_JAVA_OPTIONS:--Xmx8G} -jar trimmomatic.jar SE -threads ${GALAXY_SLOTS:-6} -phred33 " + args.input1 + " trimmed1.fq SLIDINGWINDOW:5:20 LEADING:3 TRAILING:3 MINLEN:55", shell=True) + log.write("\nTrimmomatic v0.39\n") + log.write("parameters: phred33 SLIDINGWINDOW:5:20 LEADING:3 TRAILING:3 MINLEN:55\n\n") + # ASSEMBLY + subprocess.call("perl " + TOOL_DIR + "/scripts/spades.pl spades_contigs spades_contig_stats spades_scaffolds spades_scaffold_stats spades_log NODE spades.py --disable-gzip-output --isolate -t ${GALAXY_SLOTS:-16} --iontorrent -s trimmed1.fq", shell=True) + subprocess.call("perl " + TOOL_DIR + "/scripts/filter_spades_repeats.pl -i spades_contigs -t spades_contig_stats -c 0.33 -r 1.75 -l 1000 -o output_with_repeats -u output_without_repeats -n repeat_sequences_only -e 5000 -f discarded_sequences -s summary", shell=True) + shutil.move("output_without_repeats", args.contigs) + log.write(os.popen("spades.py -v").read()) + log.write("parameters: --isolate, --iontorrent filter_repeats\n\n") + # QUAST + subprocess.call("quast --threads 4 -o outputdir --est-ref-size 5000000 --min-contig 500 -l '" + args.input1_name + "' --contig-thresholds 0,1000 " + args.contigs, shell=True) + shutil.move("outputdir/report.tsv", args.quast) + if args.virulotyping: + # VIRULOTYPER + if args.input2: + subprocess.call("perl " + TOOL_DIR + "/scripts/patho_typing.pl 'python " + TOOL_DIR + "/scripts/patho_typing.py -s Escherichia coli -f " + args.input1 + " " + args.input2 + " -o output_dir -j 4 --minGeneCoverage 90 --minGeneIdentity 90 --minGeneDepth 15'", shell=True) + else: + subprocess.call("perl " + TOOL_DIR + "/scripts/patho_typing.pl 'python " + TOOL_DIR + "/scripts/patho_typing.py -s Escherichia coli -f " + args.input1 + " -o output_dir -j 4 --minGeneCoverage 90 --minGeneIdentity 90 --minGeneDepth 15'", shell=True) + subprocess.call("(head -n 1 pathotyper_rep_tot_tab && tail -n +2 pathotyper_rep_tot_tab | sort -k 2rn) > " + args.virulotyper, shell=True) + log.write("\n\nViruloTyper\n===========\npatho_typing v1.0\n") + log.write("parameters: minGeneCoverage=90, minGeneIdentity=90, minGeneDepth=15\n\n") + log.write(os.popen("cat " + TOOL_DIR + "/data/ViruloTyping_db.txt").read()) + # SEQUENCETYPER + subprocess.call("mlst --legacy --scheme ecoli " + args.contigs + " | cut -f3,4,5,6,7,8,9,10 > " + args.mlstsevenloci, shell=True) + sequence_typing = openFileAsTable(args.mlstsevenloci) + log.write("\n\nSequence Typer\n==============\n") + log.write(os.popen("mlst -v").read()) + log.write("\n") + log.write(os.popen("cat " + TOOL_DIR + "/data/SequenceTyping_db.txt").read()) + if args.shigatoxintyping: + # SHIGATOXIN TYPER + if args.input2: + # CONSENSUS + subprocess.call("sh " + TOOL_DIR + "/scripts/stx_subtype_pe.sh " + TOOL_DIR + " trimmed1.fq trimmed2.fq " + args.contigs, shell=True) + else: + # CONSENSUS + subprocess.call("sh " + TOOL_DIR + "/scripts/stx_subtype_se.sh " + TOOL_DIR + " trimmed1.fq " + args.contigs, shell=True) + # SHIGATOXIN SEQUENCE SEARCH + subprocess.call("sh " + TOOL_DIR + "/scripts/stx_subtype_fa.sh " + TOOL_DIR + " stx.fasta", shell=True) + subprocess.call("echo 'sseqid\tpident\tlength\tpositive' > shigatoxin_fct", shell=True) + subprocess.call("cat shigatoxin_fc >> shigatoxin_fct", shell=True) + shutil.move("shigatoxin_fct", args.stx) + shigatoxin_typing = openFileAsTable("shigatoxin_fc") + log.write("\n\nShigatoxin Typer v2.0\n==============\n") + log.write(os.popen("cat " + TOOL_DIR + "/data/ShigatoxinTyping_db.txt").read()) + if args.serotyping: + # SEROTYPER + subprocess.call("echo 'sseqid\tpident\tlength\tpositive' > serogroup_OH_fcd", shell=True) + if args.input2: + subprocess.call("sh " + TOOL_DIR + "/scripts/serotype.sh " + TOOL_DIR + " y " + args.input1 + " " + args.input2 + " " + args.contigs, shell=True) + else: + subprocess.call("sh " + TOOL_DIR + "/scripts/serotype.sh " + TOOL_DIR + " n " + args.input1 + " xxx " + args.contigs, shell=True) + # SEROTYPER O + subprocess.call("awk -F '\t' '$4>800 { print $2 FS $3 FS $4 FS $16 }' serogroup_O | sort -nrk 2 -nrk 3 > serogroup_O_fc", shell=True) + subprocess.call("awk -F , '!seen[$0]++' serogroup_O_fc > serogroup_O_fcd", shell=True) + sero_typing_o = openFileAsTable("serogroup_O_fcd") + subprocess.call("cat serogroup_O_fcd >> serogroup_OH_fcd", shell=True) + shutil.move("serogroup_O_fcd", args.antigen_O) + # SEROTYPER H + subprocess.call("awk -F '\t' '$4>800 { print $2 FS $3 FS $4 FS $16 }' serogroup_H | sort -nrk 2 -nrk 3 > serogroup_H_fc", shell=True) + subprocess.call("awk -F , '!seen[$0]++' serogroup_H_fc > serogroup_H_fcd", shell=True) + sero_typing_h = openFileAsTable("serogroup_H_fcd") + subprocess.call("cat serogroup_H_fcd >> serogroup_OH_fcd", shell=True) + shutil.move("serogroup_H_fcd", args.antigen_H) + if os.stat(args.antigen_O).st_size == 0 and os.stat(args.antigen_H).st_size == 0: + subprocess.call("echo '-\t-\t-\t-' >> serogroup_OH_fcd", shell=True) + log.write("\n\nSero Typer\n==============\n") + log.write(os.popen("cat " + TOOL_DIR + "/data/SeroTyping_db.txt").read()) + if args.amrtyping: + # AMRGENES + # subprocess.call("amrfinder --threads 4 --database " + TOOL_DIR + "/data/amrfinder -n " + args.contigs + " -O Escherichia -o " + args.amrgenes, shell=True) + subprocess.call("abricate --db resfinder " + args.contigs + " > " + args.amrgenes, shell=True) + log.write("\n\nAMR Typer\n==============\nabricate ") + log.write(os.popen("abricate --version").read()) + log.write("\ndatabase version: ") + log.write(os.popen("abricate --list | grep resfinder").read()) + # REPORT + try: + report = open(args.output, 'w') + # write head html + insertFile(TOOL_DIR + "/report_head.html", report) + report.write("<td><h1>EURL VTEC WGS PT</h1><h2>Report for %s</h2>%s</td>" % (args.input1_name, datetime.datetime.utcnow().strftime("%Y-%m-%d %H:%M UTC"))) + insertFile(TOOL_DIR + "/report_head2.html", report) + # write results + report.write("<h3>Summary</h3>\n") + if args.serotyping: + report.write("<p>Serotype: ") + if len(sero_typing_o) == 0: + report.write("O?") + else: + report.write("%s" % sero_typing_o[0][0][sero_typing_o[0][0].rfind("O"):]) + if len(sero_typing_h) == 0: + report.write(":H?") + else: + report.write(":%s" % sero_typing_h[0][0][sero_typing_h[0][0].rfind("H"):]) + report.write("</p>\n") + report.write("<p>Sequence type: ") + if len(sequence_typing) < 2: + report.write("Sequence typing failed") + elif sequence_typing[1][1] == "-": + report.write("Sequence typing failed") + else: + report.write("ST%s" % sequence_typing[1][0]) + report.write("</p>\n") + if args.virulotyping: + subprocess.call("sort " + args.virulotyper + " | awk '/eae_|stx1._|stx2._|ehxa_/ && $2>50 && !seen[substr($1, 1, index($1, \"_\")-2)]++ { printf(\"%s%s\",sep,substr($1, 1, index($1, \"_\")-1));sep=\", \" }END{print \"\"}' > virulotyper_rep", shell=True) + for line in fileinput.input("virulotyper_rep", inplace=True): + print(line.replace("1a", "1"),) + for line in fileinput.input("virulotyper_rep", inplace=True): + print(line.replace("2a", "2"),) + for line in fileinput.input("virulotyper_rep", inplace=True): + print(line.replace("1b", "1"),) + for line in fileinput.input("virulotyper_rep", inplace=True): + print(line.replace("2b", "2"),) + report.write("<p>Virulotypes: ") + insertFile("virulotyper_rep", report) + report.write("</p>\n") + if args.shigatoxintyping: + report.write("<p>Stx Subtypes: ") + if len(shigatoxin_typing) == 0: + str_shigatoxin_subtype = "No subtype match found" + else: + # get corresponding subtypes + str_shigatoxin_subtype = "" + shigatoxin_subtypes = [] + shigatoxin_subtypes_raw = [] + shigatoxin_types = openFileAsTable(TOOL_DIR + "/data/stx_subtypes") + for subtype in shigatoxin_typing: + blast_pident_100 = float(subtype[1]) == 100 + if (blast_pident_100): + for item in shigatoxin_types: + if item[0] == subtype[0] and item[1] not in shigatoxin_subtypes_raw: + shigatoxin_subtypes.append(item[1]) + shigatoxin_subtypes_raw.append(item[1]) + # partial matches + for subtype in shigatoxin_typing: + for item in shigatoxin_types: + if item[0] == subtype[0] and item[1] not in shigatoxin_subtypes_raw: + if item[1][0:4] == "stx1": + shigatoxin_subtypes.append(item[1] + "(" + str(float(subtype[1])) + ")") + shigatoxin_subtypes_raw.append(item[1]) + if item[1][0:4] == "stx2": + shigatoxin_subtypes.append(item[1] + "(" + str(float(subtype[1])) + ")") + shigatoxin_subtypes_raw.append(item[1]) + shigatoxin_subtypes.sort() + str_shigatoxin_subtype = " ".join(shigatoxin_subtypes) + report.write("%s" % str_shigatoxin_subtype) + report.write("</p>\n") + # Quality Check + disclaimer = False + if any("-" in s for s in sequence_typing) or any("?" in s for s in sequence_typing): + disclaimer = True + if disclaimer: + report.write("<p style='font-weight:bold;color:red'>Disclaimer: The data analysed do not fulfill minimum quality parameters, please consider repeating the sequencing.</p>\n") + report.write("<hr/><h3>Raw data quality check</h3>\n") + if args.input2: + report.write("<p>FASTQC result forward: <a href='%s/datasets/%s/display/?preview=True'>Webpage</a></p>\n" % (BASE_URL, args.html1_id)) + report.write("<p>FASTQC result reverse: <a href='%s/datasets/%s/display/?preview=True'>Webpage</a></p>\n" % (BASE_URL, args.html2_id)) + else: + report.write("<p>FASTQC result: <a href='%s/datasets/%s/display/?preview=True'>Webpage</a></p>\n" % (BASE_URL, args.html1_id)) + if args.serotyping: + report.write("<br/><hr/><h3>Serotyping</h3>\n") + insertFileAsTable("serogroup_OH_fcd", report, True) + report.write("<br/><hr/><h3>Multi Locus Sequence Typing</h3>\n") + if len(sequence_typing) > 1: + insertTable(sequence_typing, report, True) + if args.virulotyping: + report.write("<br/><hr/><h3>Virulotyping</h3>\n") + report.write("<p>This table is filtered for results with >90%% gene coverage, unfiltered results can be found <a href='%s/datasets/%s/display/?preview=True'>here</a></p>\n" % (BASE_URL, args.virulotyper_id)) + insertFileAsTable("pathotyper_rep_tab", report, True, "table table-cross") + if args.shigatoxintyping: + report.write("<br/><hr/><h3>Shiga toxin typing</h3>\n") + insertFileAsTable(args.stx, report, True) + if args.amrtyping: + report.write("<br/><hr/><h3>AMR typing</h3>\n") + report.write("<p>AMR result: <a href='%s/datasets/%s/display/?preview=True'>Webpage</a></p>\n" % (BASE_URL, args.amr_id)) + # write tail html + insertFile(TOOL_DIR + "/report_tail.html", report) + finally: + report.close() + +if __name__ == "__main__": + __main__()
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/HTML.py Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,361 @@ +#!/usr/bin/python +# -*- coding: iso-8859-1 -*- +""" +HTML.py - v0.04 2009-07-28 Philippe Lagadec + +This module provides a few classes to easily generate HTML code such as tables +and lists. + +Project website: http://www.decalage.info/python/html + +License: CeCILL (open-source GPL compatible), see source code for details. + http://www.cecill.info +""" + +__version__ = '0.04' +__date__ = '2009-07-28' +__author__ = 'Philippe Lagadec' + +#--- LICENSE ------------------------------------------------------------------ + +# Copyright Philippe Lagadec - see http://www.decalage.info/contact for contact info +# +# This module provides a few classes to easily generate HTML tables and lists. +# +# This software is governed by the CeCILL license under French law and +# abiding by the rules of distribution of free software. You can use, +# modify and/or redistribute the software under the terms of the CeCILL +# license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL +# "http://www.cecill.info". +# +# A copy of the CeCILL license is also provided in these attached files: +# Licence_CeCILL_V2-en.html and Licence_CeCILL_V2-fr.html +# +# As a counterpart to the access to the source code and rights to copy, +# modify and redistribute granted by the license, users are provided only +# with a limited warranty and the software's author, the holder of the +# economic rights, and the successive licensors have only limited +# liability. +# +# In this respect, the user's attention is drawn to the risks associated +# with loading, using, modifying and/or developing or reproducing the +# software by the user in light of its specific status of free software, +# that may mean that it is complicated to manipulate, and that also +# therefore means that it is reserved for developers and experienced +# professionals having in-depth computer knowledge. Users are therefore +# encouraged to load and test the software's suitability as regards their +# requirements in conditions enabling the security of their systems and/or +# data to be ensured and, more generally, to use and operate it in the +# same conditions as regards security. +# +# The fact that you are presently reading this means that you have had +# knowledge of the CeCILL license and that you accept its terms. + +#--- THANKS -------------------------------------------------------------------- + +# - Michal Cernoevic, for the idea of column styles. + +#--- REFERENCES ---------------------------------------------------------------- + +# HTML 4.01 specs: http://www.w3.org/TR/html4/struct/tables.html + +# Colors: http://www.w3.org/TR/html4/types.html#type-color + +# Columns alignement and style, one of the oldest and trickiest bugs in Mozilla: +# https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=915 + + +#--- CONSTANTS ----------------------------------------------------------------- + +# Table style to get thin black lines in Mozilla/Firefox instead of 3D borders +#TABLE_STYLE_THINBORDER = "border: 1px solid #000000; border-collapse: collapse;" +#TABLE_STYLE_THINBORDER = "border: 1px solid #000000;" + + +#=== CLASSES =================================================================== + +class TableCell (object): + """ + a TableCell object is used to create a cell in a HTML table. (TD or TH) + + Attributes: + - text: text in the cell (may contain HTML tags). May be any object which + can be converted to a string using str(). + - header: bool, false for a normal data cell (TD), true for a header cell (TH) + - bgcolor: str, background color + - width: str, width + - align: str, horizontal alignement (left, center, right, justify or char) + - char: str, alignment character, decimal point if not specified + - charoff: str, see HTML specs + - valign: str, vertical alignment (top|middle|bottom|baseline) + - style: str, CSS style + - attribs: dict, additional attributes for the TD/TH tag + + Reference: http://www.w3.org/TR/html4/struct/tables.html#h-11.2.6 + """ + + def __init__(self, text="", bgcolor=None, header=False, width=None, + align=None, char=None, charoff=None, valign=None, style=None, + attribs=None): + """TableCell constructor""" + self.text = text + self.bgcolor = bgcolor + self.header = header + self.width = width + self.align = align + self.char = char + self.charoff = charoff + self.valign = valign + self.style = style + self.attribs = attribs + if attribs==None: + self.attribs = {} + + def __str__(self): + """return the HTML code for the table cell as a string""" + attribs_str = "" + if self.bgcolor: self.attribs['bgcolor'] = self.bgcolor + if self.width: self.attribs['width'] = self.width + if self.align: self.attribs['align'] = self.align + if self.char: self.attribs['char'] = self.char + if self.charoff: self.attribs['charoff'] = self.charoff + if self.valign: self.attribs['valign'] = self.valign + if self.style: self.attribs['style'] = self.style + for attr in self.attribs: + attribs_str += ' %s="%s"' % (attr, self.attribs[attr]) + if self.text: + text = str(self.text) + else: + # An empty cell should at least contain a non-breaking space + text = ' ' + if self.header: + return '<th%s>%s</th>' % (attribs_str, text) + else: + return '<td%s>%s</td>' % (attribs_str, text) + +#------------------------------------------------------------------------------- + +class TableRow (object): + """ + a TableRow object is used to create a row in a HTML table. (TR tag) + + Attributes: + - cells: list, tuple or any iterable, containing one string or TableCell + object for each cell + - header: bool, true for a header row (TH), false for a normal data row (TD) + - bgcolor: str, background color + - col_align, col_valign, col_char, col_charoff, col_styles: see Table class + - attribs: dict, additional attributes for the TR tag + + Reference: http://www.w3.org/TR/html4/struct/tables.html#h-11.2.5 + """ + + def __init__(self, cells=None, bgcolor=None, header=False, attribs=None, + col_align=None, col_valign=None, col_char=None, + col_charoff=None, col_styles=None): + """TableCell constructor""" + self.bgcolor = bgcolor + self.cells = cells + self.header = header + self.col_align = col_align + self.col_valign = col_valign + self.col_char = col_char + self.col_charoff = col_charoff + self.col_styles = col_styles + self.attribs = attribs + if attribs==None: + self.attribs = {} + + def __str__(self): + """return the HTML code for the table row as a string""" + attribs_str = "" + if self.bgcolor: self.attribs['bgcolor'] = self.bgcolor + for attr in self.attribs: + attribs_str += ' %s="%s"' % (attr, self.attribs[attr]) + result = '<tr%s>' % attribs_str + for cell in self.cells: + col = self.cells.index(cell) # cell column index + if not isinstance(cell, TableCell): + cell = TableCell(cell, header=self.header) + # apply column alignment if specified: + if self.col_align and cell.align==None: + cell.align = self.col_align[col] + if self.col_char and cell.char==None: + cell.char = self.col_char[col] + if self.col_charoff and cell.charoff==None: + cell.charoff = self.col_charoff[col] + if self.col_valign and cell.valign==None: + cell.valign = self.col_valign[col] + # apply column style if specified: + if self.col_styles and cell.style==None: + cell.style = self.col_styles[col] + result += str(cell) + result += '</tr>\n' + return result + +#------------------------------------------------------------------------------- + +class Table (object): + """ + a Table object is used to create a HTML table. (TABLE tag) + + Attributes: + - rows: list, tuple or any iterable, containing one iterable or TableRow + object for each row + - header_row: list, tuple or any iterable, containing the header row (optional) + - border: str or int, border width + - style: str, table style in CSS syntax (thin black borders by default) + - width: str, width of the table on the page + - attribs: dict, additional attributes for the TABLE tag + - col_width: list or tuple defining width for each column + - col_align: list or tuple defining horizontal alignment for each column + - col_char: list or tuple defining alignment character for each column + - col_charoff: list or tuple defining charoff attribute for each column + - col_valign: list or tuple defining vertical alignment for each column + - col_styles: list or tuple of HTML styles for each column + + Reference: http://www.w3.org/TR/html4/struct/tables.html#h-11.2.1 + """ + + def __init__(self, rows=None, border='1', style=None, width=None, + cellspacing=None, cellpadding=4, attribs=None, header_row=None, + col_width=None, col_align=None, col_valign=None, + col_char=None, col_charoff=None, col_styles=None): + """TableCell constructor""" + self.border = border + self.style = style + # style for thin borders by default + #if style == None: self.style = TABLE_STYLE_THINBORDER + self.width = width + self.cellspacing = cellspacing + self.cellpadding = cellpadding + self.header_row = header_row + self.rows = rows + if not rows: self.rows = [] + self.attribs = attribs + if not attribs: self.attribs = {} + self.col_width = col_width + self.col_align = col_align + self.col_char = col_char + self.col_charoff = col_charoff + self.col_valign = col_valign + self.col_styles = col_styles + + def __str__(self): + """return the HTML code for the table as a string""" + attribs_str = "" + #if self.border: self.attribs['border'] = self.border + if self.style: self.attribs['style'] = self.style + if self.width: self.attribs['width'] = self.width + if self.cellspacing: self.attribs['cellspacing'] = self.cellspacing + if self.cellpadding: self.attribs['cellpadding'] = self.cellpadding + for attr in self.attribs: + attribs_str += ' %s="%s"' % (attr, self.attribs[attr]) + result = '<table%s>\n' % attribs_str + # insert column tags and attributes if specified: + if self.col_width: + for width in self.col_width: + result += ' <col width="%s">\n' % width + # First insert a header row if specified: + if self.header_row: + if not isinstance(self.header_row, TableRow): + result += str(TableRow(self.header_row, header=True)) + else: + result += str(self.header_row) + # Then all data rows: + for row in self.rows: + if not isinstance(row, TableRow): + row = TableRow(row) + # apply column alignments and styles to each row if specified: + # (Mozilla bug workaround) + if self.col_align and not row.col_align: + row.col_align = self.col_align + if self.col_char and not row.col_char: + row.col_char = self.col_char + if self.col_charoff and not row.col_charoff: + row.col_charoff = self.col_charoff + if self.col_valign and not row.col_valign: + row.col_valign = self.col_valign + if self.col_styles and not row.col_styles: + row.col_styles = self.col_styles + result += str(row) + result += '</table>' + return result + + +#------------------------------------------------------------------------------- + +class List (object): + """ + a List object is used to create an ordered or unordered list in HTML. + (UL/OL tag) + + Attributes: + - lines: list, tuple or any iterable, containing one string for each line + - ordered: bool, choice between an ordered (OL) or unordered list (UL) + - attribs: dict, additional attributes for the OL/UL tag + + Reference: http://www.w3.org/TR/html4/struct/lists.html + """ + + def __init__(self, lines=None, ordered=False, start=None, attribs=None): + """List constructor""" + if lines: + self.lines = lines + else: + self.lines = [] + self.ordered = ordered + self.start = start + if attribs: + self.attribs = attribs + else: + self.attribs = {} + + def __str__(self): + """return the HTML code for the list as a string""" + attribs_str = "" + if self.start: self.attribs['start'] = self.start + for attr in self.attribs: + attribs_str += ' %s="%s"' % (attr, self.attribs[attr]) + if self.ordered: tag = 'ol' + else: tag = 'ul' + result = '<%s%s>\n' % (tag, attribs_str) + for line in self.lines: + result += ' <li>%s\n' % str(line) + result += '</%s>\n' % tag + return result + +#=== FUNCTIONS ================================================================ + +# much simpler definition of a link as a function: +def Link(text, url): + return '<a href="%s">%s</a>' % (url, text) + +def link(text, url): + return '<a href="%s">%s</a>' % (url, text) + +def table(*args, **kwargs): + 'return HTML code for a table as a string. See Table class for parameters.' + return str(Table(*args, **kwargs)) + +def list(*args, **kwargs): + 'return HTML code for a list as a string. See List class for parameters.' + return str(List(*args, **kwargs)) + + +#=== MAIN ===================================================================== + +# Show sample usage when this file is launched as a script. + +if __name__ == '__main__': + + # open an HTML file to show output in a browser + f = open('test.html', 'w') + + t = Table() + t.rows.append(TableRow(['A', 'B', 'C'], header=True)) + t.rows.append(TableRow(['D', 'E', 'F'])) + t.rows.append(('i', 'j', 'k')) + f.write(str(t) + '<p>\n') + print (str(t)) + f.close()
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/LICENSE Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,674 @@ +GNU GENERAL PUBLIC LICENSE + Version 3, 29 June 2007 + + Copyright (C) 2007 Free Software Foundation, Inc. <https://fsf.org/> + Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies + of this license document, but changing it is not allowed. + + Preamble + + The GNU General Public License is a free, copyleft license for +software and other kinds of works. + + The licenses for most software and other practical works are designed +to take away your freedom to share and change the works. By contrast, +the GNU General Public License is intended to guarantee your freedom to +share and change all versions of a program--to make sure it remains free +software for all its users. We, the Free Software Foundation, use the +GNU General Public License for most of our software; it applies also to +any other work released this way by its authors. You can apply it to +your programs, too. + + When we speak of free software, we are referring to freedom, not +price. Our General Public Licenses are designed to make sure that you +have the freedom to distribute copies of free software (and charge for +them if you wish), that you receive source code or can get it if you +want it, that you can change the software or use pieces of it in new +free programs, and that you know you can do these things. + + To protect your rights, we need to prevent others from denying you +these rights or asking you to surrender the rights. Therefore, you have +certain responsibilities if you distribute copies of the software, or if +you modify it: responsibilities to respect the freedom of others. + + For example, if you distribute copies of such a program, whether +gratis or for a fee, you must pass on to the recipients the same +freedoms that you received. You must make sure that they, too, receive +or can get the source code. And you must show them these terms so they +know their rights. + + Developers that use the GNU GPL protect your rights with two steps: +(1) assert copyright on the software, and (2) offer you this License +giving you legal permission to copy, distribute and/or modify it. + + For the developers' and authors' protection, the GPL clearly explains +that there is no warranty for this free software. For both users' and +authors' sake, the GPL requires that modified versions be marked as +changed, so that their problems will not be attributed erroneously to +authors of previous versions. + + Some devices are designed to deny users access to install or run +modified versions of the software inside them, although the manufacturer +can do so. This is fundamentally incompatible with the aim of +protecting users' freedom to change the software. The systematic +pattern of such abuse occurs in the area of products for individuals to +use, which is precisely where it is most unacceptable. Therefore, we +have designed this version of the GPL to prohibit the practice for those +products. If such problems arise substantially in other domains, we +stand ready to extend this provision to those domains in future versions +of the GPL, as needed to protect the freedom of users. + + Finally, every program is threatened constantly by software patents. +States should not allow patents to restrict development and use of +software on general-purpose computers, but in those that do, we wish to +avoid the special danger that patents applied to a free program could +make it effectively proprietary. To prevent this, the GPL assures that +patents cannot be used to render the program non-free. + + The precise terms and conditions for copying, distribution and +modification follow. + + TERMS AND CONDITIONS + + 0. Definitions. + + "This License" refers to version 3 of the GNU General Public License. + + "Copyright" also means copyright-like laws that apply to other kinds of +works, such as semiconductor masks. + + "The Program" refers to any copyrightable work licensed under this +License. Each licensee is addressed as "you". "Licensees" and +"recipients" may be individuals or organizations. + + To "modify" a work means to copy from or adapt all or part of the work +in a fashion requiring copyright permission, other than the making of an +exact copy. The resulting work is called a "modified version" of the +earlier work or a work "based on" the earlier work. + + A "covered work" means either the unmodified Program or a work based +on the Program. + + To "propagate" a work means to do anything with it that, without +permission, would make you directly or secondarily liable for +infringement under applicable copyright law, except executing it on a +computer or modifying a private copy. Propagation includes copying, +distribution (with or without modification), making available to the +public, and in some countries other activities as well. + + To "convey" a work means any kind of propagation that enables other +parties to make or receive copies. Mere interaction with a user through +a computer network, with no transfer of a copy, is not conveying. + + An interactive user interface displays "Appropriate Legal Notices" +to the extent that it includes a convenient and prominently visible +feature that (1) displays an appropriate copyright notice, and (2) +tells the user that there is no warranty for the work (except to the +extent that warranties are provided), that licensees may convey the +work under this License, and how to view a copy of this License. If +the interface presents a list of user commands or options, such as a +menu, a prominent item in the list meets this criterion. + + 1. Source Code. + + The "source code" for a work means the preferred form of the work +for making modifications to it. "Object code" means any non-source +form of a work. + + A "Standard Interface" means an interface that either is an official +standard defined by a recognized standards body, or, in the case of +interfaces specified for a particular programming language, one that +is widely used among developers working in that language. + + The "System Libraries" of an executable work include anything, other +than the work as a whole, that (a) is included in the normal form of +packaging a Major Component, but which is not part of that Major +Component, and (b) serves only to enable use of the work with that +Major Component, or to implement a Standard Interface for which an +implementation is available to the public in source code form. A +"Major Component", in this context, means a major essential component +(kernel, window system, and so on) of the specific operating system +(if any) on which the executable work runs, or a compiler used to +produce the work, or an object code interpreter used to run it. + + The "Corresponding Source" for a work in object code form means all +the source code needed to generate, install, and (for an executable +work) run the object code and to modify the work, including scripts to +control those activities. However, it does not include the work's +System Libraries, or general-purpose tools or generally available free +programs which are used unmodified in performing those activities but +which are not part of the work. For example, Corresponding Source +includes interface definition files associated with source files for +the work, and the source code for shared libraries and dynamically +linked subprograms that the work is specifically designed to require, +such as by intimate data communication or control flow between those +subprograms and other parts of the work. + + The Corresponding Source need not include anything that users +can regenerate automatically from other parts of the Corresponding +Source. + + The Corresponding Source for a work in source code form is that +same work. + + 2. Basic Permissions. + + All rights granted under this License are granted for the term of +copyright on the Program, and are irrevocable provided the stated +conditions are met. This License explicitly affirms your unlimited +permission to run the unmodified Program. The output from running a +covered work is covered by this License only if the output, given its +content, constitutes a covered work. This License acknowledges your +rights of fair use or other equivalent, as provided by copyright law. + + You may make, run and propagate covered works that you do not +convey, without conditions so long as your license otherwise remains +in force. You may convey covered works to others for the sole purpose +of having them make modifications exclusively for you, or provide you +with facilities for running those works, provided that you comply with +the terms of this License in conveying all material for which you do +not control copyright. Those thus making or running the covered works +for you must do so exclusively on your behalf, under your direction +and control, on terms that prohibit them from making any copies of +your copyrighted material outside their relationship with you. + + Conveying under any other circumstances is permitted solely under +the conditions stated below. Sublicensing is not allowed; section 10 +makes it unnecessary. + + 3. Protecting Users' Legal Rights From Anti-Circumvention Law. + + No covered work shall be deemed part of an effective technological +measure under any applicable law fulfilling obligations under article +11 of the WIPO copyright treaty adopted on 20 December 1996, or +similar laws prohibiting or restricting circumvention of such +measures. + + When you convey a covered work, you waive any legal power to forbid +circumvention of technological measures to the extent such circumvention +is effected by exercising rights under this License with respect to +the covered work, and you disclaim any intention to limit operation or +modification of the work as a means of enforcing, against the work's +users, your or third parties' legal rights to forbid circumvention of +technological measures. + + 4. Conveying Verbatim Copies. + + You may convey verbatim copies of the Program's source code as you +receive it, in any medium, provided that you conspicuously and +appropriately publish on each copy an appropriate copyright notice; +keep intact all notices stating that this License and any +non-permissive terms added in accord with section 7 apply to the code; +keep intact all notices of the absence of any warranty; and give all +recipients a copy of this License along with the Program. + + You may charge any price or no price for each copy that you convey, +and you may offer support or warranty protection for a fee. + + 5. Conveying Modified Source Versions. + + You may convey a work based on the Program, or the modifications to +produce it from the Program, in the form of source code under the +terms of section 4, provided that you also meet all of these conditions: + + a) The work must carry prominent notices stating that you modified + it, and giving a relevant date. + + b) The work must carry prominent notices stating that it is + released under this License and any conditions added under section + 7. This requirement modifies the requirement in section 4 to + "keep intact all notices". + + c) You must license the entire work, as a whole, under this + License to anyone who comes into possession of a copy. This + License will therefore apply, along with any applicable section 7 + additional terms, to the whole of the work, and all its parts, + regardless of how they are packaged. This License gives no + permission to license the work in any other way, but it does not + invalidate such permission if you have separately received it. + + d) If the work has interactive user interfaces, each must display + Appropriate Legal Notices; however, if the Program has interactive + interfaces that do not display Appropriate Legal Notices, your + work need not make them do so. + + A compilation of a covered work with other separate and independent +works, which are not by their nature extensions of the covered work, +and which are not combined with it such as to form a larger program, +in or on a volume of a storage or distribution medium, is called an +"aggregate" if the compilation and its resulting copyright are not +used to limit the access or legal rights of the compilation's users +beyond what the individual works permit. Inclusion of a covered work +in an aggregate does not cause this License to apply to the other +parts of the aggregate. + + 6. Conveying Non-Source Forms. + + You may convey a covered work in object code form under the terms +of sections 4 and 5, provided that you also convey the +machine-readable Corresponding Source under the terms of this License, +in one of these ways: + + a) Convey the object code in, or embodied in, a physical product + (including a physical distribution medium), accompanied by the + Corresponding Source fixed on a durable physical medium + customarily used for software interchange. + + b) Convey the object code in, or embodied in, a physical product + (including a physical distribution medium), accompanied by a + written offer, valid for at least three years and valid for as + long as you offer spare parts or customer support for that product + model, to give anyone who possesses the object code either (1) a + copy of the Corresponding Source for all the software in the + product that is covered by this License, on a durable physical + medium customarily used for software interchange, for a price no + more than your reasonable cost of physically performing this + conveying of source, or (2) access to copy the + Corresponding Source from a network server at no charge. + + c) Convey individual copies of the object code with a copy of the + written offer to provide the Corresponding Source. This + alternative is allowed only occasionally and noncommercially, and + only if you received the object code with such an offer, in accord + with subsection 6b. + + d) Convey the object code by offering access from a designated + place (gratis or for a charge), and offer equivalent access to the + Corresponding Source in the same way through the same place at no + further charge. You need not require recipients to copy the + Corresponding Source along with the object code. If the place to + copy the object code is a network server, the Corresponding Source + may be on a different server (operated by you or a third party) + that supports equivalent copying facilities, provided you maintain + clear directions next to the object code saying where to find the + Corresponding Source. Regardless of what server hosts the + Corresponding Source, you remain obligated to ensure that it is + available for as long as needed to satisfy these requirements. + + e) Convey the object code using peer-to-peer transmission, provided + you inform other peers where the object code and Corresponding + Source of the work are being offered to the general public at no + charge under subsection 6d. + + A separable portion of the object code, whose source code is excluded +from the Corresponding Source as a System Library, need not be +included in conveying the object code work. + + A "User Product" is either (1) a "consumer product", which means any +tangible personal property which is normally used for personal, family, +or household purposes, or (2) anything designed or sold for incorporation +into a dwelling. In determining whether a product is a consumer product, +doubtful cases shall be resolved in favor of coverage. For a particular +product received by a particular user, "normally used" refers to a +typical or common use of that class of product, regardless of the status +of the particular user or of the way in which the particular user +actually uses, or expects or is expected to use, the product. A product +is a consumer product regardless of whether the product has substantial +commercial, industrial or non-consumer uses, unless such uses represent +the only significant mode of use of the product. + + "Installation Information" for a User Product means any methods, +procedures, authorization keys, or other information required to install +and execute modified versions of a covered work in that User Product from +a modified version of its Corresponding Source. The information must +suffice to ensure that the continued functioning of the modified object +code is in no case prevented or interfered with solely because +modification has been made. + + If you convey an object code work under this section in, or with, or +specifically for use in, a User Product, and the conveying occurs as +part of a transaction in which the right of possession and use of the +User Product is transferred to the recipient in perpetuity or for a +fixed term (regardless of how the transaction is characterized), the +Corresponding Source conveyed under this section must be accompanied +by the Installation Information. But this requirement does not apply +if neither you nor any third party retains the ability to install +modified object code on the User Product (for example, the work has +been installed in ROM). + + The requirement to provide Installation Information does not include a +requirement to continue to provide support service, warranty, or updates +for a work that has been modified or installed by the recipient, or for +the User Product in which it has been modified or installed. Access to a +network may be denied when the modification itself materially and +adversely affects the operation of the network or violates the rules and +protocols for communication across the network. + + Corresponding Source conveyed, and Installation Information provided, +in accord with this section must be in a format that is publicly +documented (and with an implementation available to the public in +source code form), and must require no special password or key for +unpacking, reading or copying. + + 7. Additional Terms. + + "Additional permissions" are terms that supplement the terms of this +License by making exceptions from one or more of its conditions. +Additional permissions that are applicable to the entire Program shall +be treated as though they were included in this License, to the extent +that they are valid under applicable law. If additional permissions +apply only to part of the Program, that part may be used separately +under those permissions, but the entire Program remains governed by +this License without regard to the additional permissions. + + When you convey a copy of a covered work, you may at your option +remove any additional permissions from that copy, or from any part of +it. (Additional permissions may be written to require their own +removal in certain cases when you modify the work.) You may place +additional permissions on material, added by you to a covered work, +for which you have or can give appropriate copyright permission. + + Notwithstanding any other provision of this License, for material you +add to a covered work, you may (if authorized by the copyright holders of +that material) supplement the terms of this License with terms: + + a) Disclaiming warranty or limiting liability differently from the + terms of sections 15 and 16 of this License; or + + b) Requiring preservation of specified reasonable legal notices or + author attributions in that material or in the Appropriate Legal + Notices displayed by works containing it; or + + c) Prohibiting misrepresentation of the origin of that material, or + requiring that modified versions of such material be marked in + reasonable ways as different from the original version; or + + d) Limiting the use for publicity purposes of names of licensors or + authors of the material; or + + e) Declining to grant rights under trademark law for use of some + trade names, trademarks, or service marks; or + + f) Requiring indemnification of licensors and authors of that + material by anyone who conveys the material (or modified versions of + it) with contractual assumptions of liability to the recipient, for + any liability that these contractual assumptions directly impose on + those licensors and authors. + + All other non-permissive additional terms are considered "further +restrictions" within the meaning of section 10. If the Program as you +received it, or any part of it, contains a notice stating that it is +governed by this License along with a term that is a further +restriction, you may remove that term. If a license document contains +a further restriction but permits relicensing or conveying under this +License, you may add to a covered work material governed by the terms +of that license document, provided that the further restriction does +not survive such relicensing or conveying. + + If you add terms to a covered work in accord with this section, you +must place, in the relevant source files, a statement of the +additional terms that apply to those files, or a notice indicating +where to find the applicable terms. + + Additional terms, permissive or non-permissive, may be stated in the +form of a separately written license, or stated as exceptions; +the above requirements apply either way. + + 8. Termination. + + You may not propagate or modify a covered work except as expressly +provided under this License. Any attempt otherwise to propagate or +modify it is void, and will automatically terminate your rights under +this License (including any patent licenses granted under the third +paragraph of section 11). + + However, if you cease all violation of this License, then your +license from a particular copyright holder is reinstated (a) +provisionally, unless and until the copyright holder explicitly and +finally terminates your license, and (b) permanently, if the copyright +holder fails to notify you of the violation by some reasonable means +prior to 60 days after the cessation. + + Moreover, your license from a particular copyright holder is +reinstated permanently if the copyright holder notifies you of the +violation by some reasonable means, this is the first time you have +received notice of violation of this License (for any work) from that +copyright holder, and you cure the violation prior to 30 days after +your receipt of the notice. + + Termination of your rights under this section does not terminate the +licenses of parties who have received copies or rights from you under +this License. If your rights have been terminated and not permanently +reinstated, you do not qualify to receive new licenses for the same +material under section 10. + + 9. Acceptance Not Required for Having Copies. + + You are not required to accept this License in order to receive or +run a copy of the Program. Ancillary propagation of a covered work +occurring solely as a consequence of using peer-to-peer transmission +to receive a copy likewise does not require acceptance. However, +nothing other than this License grants you permission to propagate or +modify any covered work. These actions infringe copyright if you do +not accept this License. Therefore, by modifying or propagating a +covered work, you indicate your acceptance of this License to do so. + + 10. Automatic Licensing of Downstream Recipients. + + Each time you convey a covered work, the recipient automatically +receives a license from the original licensors, to run, modify and +propagate that work, subject to this License. You are not responsible +for enforcing compliance by third parties with this License. + + An "entity transaction" is a transaction transferring control of an +organization, or substantially all assets of one, or subdividing an +organization, or merging organizations. If propagation of a covered +work results from an entity transaction, each party to that +transaction who receives a copy of the work also receives whatever +licenses to the work the party's predecessor in interest had or could +give under the previous paragraph, plus a right to possession of the +Corresponding Source of the work from the predecessor in interest, if +the predecessor has it or can get it with reasonable efforts. + + You may not impose any further restrictions on the exercise of the +rights granted or affirmed under this License. For example, you may +not impose a license fee, royalty, or other charge for exercise of +rights granted under this License, and you may not initiate litigation +(including a cross-claim or counterclaim in a lawsuit) alleging that +any patent claim is infringed by making, using, selling, offering for +sale, or importing the Program or any portion of it. + + 11. Patents. + + A "contributor" is a copyright holder who authorizes use under this +License of the Program or a work on which the Program is based. The +work thus licensed is called the contributor's "contributor version". + + A contributor's "essential patent claims" are all patent claims +owned or controlled by the contributor, whether already acquired or +hereafter acquired, that would be infringed by some manner, permitted +by this License, of making, using, or selling its contributor version, +but do not include claims that would be infringed only as a +consequence of further modification of the contributor version. For +purposes of this definition, "control" includes the right to grant +patent sublicenses in a manner consistent with the requirements of +this License. + + Each contributor grants you a non-exclusive, worldwide, royalty-free +patent license under the contributor's essential patent claims, to +make, use, sell, offer for sale, import and otherwise run, modify and +propagate the contents of its contributor version. + + In the following three paragraphs, a "patent license" is any express +agreement or commitment, however denominated, not to enforce a patent +(such as an express permission to practice a patent or covenant not to +sue for patent infringement). To "grant" such a patent license to a +party means to make such an agreement or commitment not to enforce a +patent against the party. + + If you convey a covered work, knowingly relying on a patent license, +and the Corresponding Source of the work is not available for anyone +to copy, free of charge and under the terms of this License, through a +publicly available network server or other readily accessible means, +then you must either (1) cause the Corresponding Source to be so +available, or (2) arrange to deprive yourself of the benefit of the +patent license for this particular work, or (3) arrange, in a manner +consistent with the requirements of this License, to extend the patent +license to downstream recipients. "Knowingly relying" means you have +actual knowledge that, but for the patent license, your conveying the +covered work in a country, or your recipient's use of the covered work +in a country, would infringe one or more identifiable patents in that +country that you have reason to believe are valid. + + If, pursuant to or in connection with a single transaction or +arrangement, you convey, or propagate by procuring conveyance of, a +covered work, and grant a patent license to some of the parties +receiving the covered work authorizing them to use, propagate, modify +or convey a specific copy of the covered work, then the patent license +you grant is automatically extended to all recipients of the covered +work and works based on it. + + A patent license is "discriminatory" if it does not include within +the scope of its coverage, prohibits the exercise of, or is +conditioned on the non-exercise of one or more of the rights that are +specifically granted under this License. You may not convey a covered +work if you are a party to an arrangement with a third party that is +in the business of distributing software, under which you make payment +to the third party based on the extent of your activity of conveying +the work, and under which the third party grants, to any of the +parties who would receive the covered work from you, a discriminatory +patent license (a) in connection with copies of the covered work +conveyed by you (or copies made from those copies), or (b) primarily +for and in connection with specific products or compilations that +contain the covered work, unless you entered into that arrangement, +or that patent license was granted, prior to 28 March 2007. + + Nothing in this License shall be construed as excluding or limiting +any implied license or other defenses to infringement that may +otherwise be available to you under applicable patent law. + + 12. No Surrender of Others' Freedom. + + If conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or +otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not +excuse you from the conditions of this License. If you cannot convey a +covered work so as to satisfy simultaneously your obligations under this +License and any other pertinent obligations, then as a consequence you may +not convey it at all. For example, if you agree to terms that obligate you +to collect a royalty for further conveying from those to whom you convey +the Program, the only way you could satisfy both those terms and this +License would be to refrain entirely from conveying the Program. + + 13. Use with the GNU Affero General Public License. + + Notwithstanding any other provision of this License, you have +permission to link or combine any covered work with a work licensed +under version 3 of the GNU Affero General Public License into a single +combined work, and to convey the resulting work. The terms of this +License will continue to apply to the part which is the covered work, +but the special requirements of the GNU Affero General Public License, +section 13, concerning interaction through a network will apply to the +combination as such. + + 14. Revised Versions of this License. + + The Free Software Foundation may publish revised and/or new versions of +the GNU General Public License from time to time. Such new versions will +be similar in spirit to the present version, but may differ in detail to +address new problems or concerns. + + Each version is given a distinguishing version number. If the +Program specifies that a certain numbered version of the GNU General +Public License "or any later version" applies to it, you have the +option of following the terms and conditions either of that numbered +version or of any later version published by the Free Software +Foundation. If the Program does not specify a version number of the +GNU General Public License, you may choose any version ever published +by the Free Software Foundation. + + If the Program specifies that a proxy can decide which future +versions of the GNU General Public License can be used, that proxy's +public statement of acceptance of a version permanently authorizes you +to choose that version for the Program. + + Later license versions may give you additional or different +permissions. However, no additional obligations are imposed on any +author or copyright holder as a result of your choosing to follow a +later version. + + 15. Disclaimer of Warranty. + + THERE IS NO WARRANTY FOR THE PROGRAM, TO THE EXTENT PERMITTED BY +APPLICABLE LAW. EXCEPT WHEN OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT +HOLDERS AND/OR OTHER PARTIES PROVIDE THE PROGRAM "AS IS" WITHOUT WARRANTY +OF ANY KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, +THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR +PURPOSE. THE ENTIRE RISK AS TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE PROGRAM +IS WITH YOU. SHOULD THE PROGRAM PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME THE COST OF +ALL NECESSARY SERVICING, REPAIR OR CORRECTION. + + 16. Limitation of Liability. + + IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN WRITING +WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MODIFIES AND/OR CONVEYS +THE PROGRAM AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU FOR DAMAGES, INCLUDING ANY +GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING OUT OF THE +USE OR INABILITY TO USE THE PROGRAM (INCLUDING BUT NOT LIMITED TO LOSS OF +DATA OR DATA BEING RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY YOU OR THIRD +PARTIES OR A FAILURE OF THE PROGRAM TO OPERATE WITH ANY OTHER PROGRAMS), +EVEN IF SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF +SUCH DAMAGES. + + 17. Interpretation of Sections 15 and 16. + + If the disclaimer of warranty and limitation of liability provided +above cannot be given local legal effect according to their terms, +reviewing courts shall apply local law that most closely approximates +an absolute waiver of all civil liability in connection with the +Program, unless a warranty or assumption of liability accompanies a +copy of the Program in return for a fee. + + END OF TERMS AND CONDITIONS + + How to Apply These Terms to Your New Programs + + If you develop a new program, and you want it to be of the greatest +possible use to the public, the best way to achieve this is to make it +free software which everyone can redistribute and change under these terms. + + To do so, attach the following notices to the program. It is safest +to attach them to the start of each source file to most effectively +state the exclusion of warranty; and each file should have at least +the "copyright" line and a pointer to where the full notice is found. + + <one line to give the program's name and a brief idea of what it does.> + Copyright (C) <year> <name of author> + + This program is free software: you can redistribute it and/or modify + it under the terms of the GNU General Public License as published by + the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or + (at your option) any later version. + + This program is distributed in the hope that it will be useful, + but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + GNU General Public License for more details. + + You should have received a copy of the GNU General Public License + along with this program. If not, see <https://www.gnu.org/licenses/>. + +Also add information on how to contact you by electronic and paper mail. + + If the program does terminal interaction, make it output a short +notice like this when it starts in an interactive mode: + + <program> Copyright (C) <year> <name of author> + This program comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY; for details type `show w'. + This is free software, and you are welcome to redistribute it + under certain conditions; type `show c' for details. + +The hypothetical commands `show w' and `show c' should show the appropriate +parts of the General Public License. Of course, your program's commands +might be different; for a GUI interface, you would use an "about box". + + You should also get your employer (if you work as a programmer) or school, +if any, to sign a "copyright disclaimer" for the program, if necessary. +For more information on this, and how to apply and follow the GNU GPL, see +<https://www.gnu.org/licenses/>. + + The GNU General Public License does not permit incorporating your program +into proprietary programs. If your program is a subroutine library, you +may consider it more useful to permit linking proprietary applications with +the library. If this is what you want to do, use the GNU Lesser General +Public License instead of this License. But first, please read +<https://www.gnu.org/licenses/why-not-lgpl.html>.
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/README.md Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,12 @@ +# eurl_vtec_wgs_pt-galaxy + This tool performs various Escherichia coli typing tools and is implemented as a Galaxy (https://galaxyproject.org/) workflow + + Raw data quality check (FASTQC, http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/) + Trimming (Trimmomatic, DOI:10.1093/bioinformatics/btu170) + Assembly (SPAdes, DOI:10.1089/cmb.2012.0021; SKESA, DOI:10.1186/s13059-018-1540-z) + Virulotyping (patho_typing tool from the INNUENDO Project) + Multi Locus Sequence Typing (MLST 7 loci, Seemann T, https://github.com/tseemann/mlst/) + Shigatoxintyping (blastn, DOI:10.1186/1471-2105-10-421, of a consensus sequence against the shiga toxin subtype database from the Statens Serum Institut SSI and Technical University of Denmark DTU, DOI:10.1128/JCM.00008-15) + AMR typing (Abricate, Seemann T, Github https://github.com/tseemann/abricate; ResFinder database DOI:10.1093/jac/dks261) + +After installation the BASE_URL parameter in the EURL_VTEC_WGS_PT.py file (line 20) will have to be modified to the url of your Galaxy instance in order to correctly visualise the FastQC results.
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/data/H_type.fsa Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,2377 @@ +>fliC_307_AY249994_H9 +ATGGCACAAGTCATTAATACCAACAGCCTCTCGCTGATCACTCAAAATAATATCAACAAGAACCAGTCTGCG +CTGTCGAGTTCTATCGAGCGTCTGTCTTCTGGCTTGCGTATTAACAGCGCGAAGGATGACGCCGCGGGTCAG +GCGATTGCTAACCGTTTTACTTCTAACATTAAAGGCCTGACTCAGGCTGCACGTAACGCCAACGACGGTATT +TCCGTTGCACAGACCACTGAAGGCGCGCTGTCCGAAATTAACAACAACTTACAGCGTATTCGTGAACTGACG +GTTCAGGCTTCTACCGGGACTAACTCCGATTCGGATCTGGACTCCATTCAGGACGAAATCAAATCCCGTCTG +GACGAAATTGACCGCGTATCCGGCCAGACCCAGTTCAACGGCGTGAACGTGCTGTCCAAAGATGGCTCGATG +AAAATTCAGGTCGGCGCGAACGATGGCGAAACGATTACTATTGATCTGAAGAAAATTGACTCTGATACGCTG +AATCTGGCTGGTTTTAACGTTAACGGTAAAGGTTCTGTAGCGAATACAGCTGCGACAAGCGACGATTTAAAA +CTGGCTGGTTTCACTAAGGGCACCACAGATACCAATGGCGTGACCGCGTATACAAACACAATTAGTAATGAC +AAAGCCAAAGCTTCCGATCTGTTAGCTAATATCACCGATGGATCAGTGATCACTGGGGGAGGGGCAAACGCT +TTTGGCGTGGCTGCAAAGAATGGTTACACCTATGATGCAGCAAGTAAATCTTATAGTTTTGCTGCAGATGGT +GCCGATTCAGCGAAGACGTTAAGCATCATTAATCCAAACACCGGTGATTCGTCGCAGGCGACAGTGACTATT +GGTGGTAAAGAGCAGAAAGTTAATATTTCCCAGGATGGAAAAATTACTGCGGCAGATGATAATGCGACGCTG +TATTTAGATAAACAGGGAAACTTGACAAAAACGAATGCAGGTAACGATACCGCAGCGACTTGGGATGGTTTA +ATTTCCAACAGCGATTCTACCGGTGCGGTTCCAGTTGGGGTTGCAACTACAATTACAATTACTTCTGGTACA +GCTTCCGGAATGTCTGTTCAGTCCGCAGGAGCAGGAATTCAGACCTCAACAAATTCTCAGATTCTTGCAGGT +GGTGCATTTGCGGCTAAGGTAAGTATTGAGGGAGGCGCTGCTACAGACATTTTGGTAGCAAGTAATGGAAAC +ATAACAGCGGCTGATGGTAGTGCACTTTATCTTGATGCGACTACTGGTGGATTCACTACAACGGCTGGAGGA +AATACAGCTGCTTCGTTAGATAATTTAATTGCTAACAGTAAGGATGCTACCTTAACCGTAACTTCAGGTACC +GGCCAGAACACTGTTTATAGCACAACAGGAAGTGGCGCTCAGTTCACCAGTTTAGCAAAAGTAGACACAGTC +AATGTCACCAACGCACATGTCAGTGCCGAAGGTATGGCAAATCTGACAAAAAGCAATTTTACCATTGATATG +GGCGGTACAGGTACAGTAACTTACACAGTTTCCAATGGGGATGTGAAAGCTGCTGCAAATGCTGATGTTTAT +GTCGAAGATGGTGCACTTTCAGCCAATGCTACAAAAGATGTAACCTACTTTGAACAAAAAAATGGGGCTATT +ACCAACAGCACCGGTGGTACCATCTATGAAACAGCTGATGGTAAGTTAACAACAGAAGCTACTACTGCATCC +AGTTCCACCGCCGATCCCCTGAAAGCTCTGGACGAAGCCATCAGCTCCATCGACAAATTCCGCTCCTCCCTC +GGTGCGGTGCAAAACCGTCTGGATTCCGCGGTCACCAACCTGAACAACACCACTACCAACCTGTCCGAAGCG +CAGTCCCGTATTCAGGACGCCGACTATGCGACCGAAGTGTCCAACATGTCGAAAGCGCAGATCATCCAGCAG +GCCGGTAACTCCGTGCTGGCAAAAGCTAACCAGGTACCGCAGCAGGTTCTGTCTCTGCTGCAGGGTTAA +>fliC_52_AJ605764_H4 +ATGGCACAAGTCATTAATACCAACAGCCTCTCGCTGATCACTCAGAACAACATCAACAAAAACCAGTCTGCG +CTGTCGACTTCTATCGAGCGCCTCTCTTCTGGTCTGCGTATTAACAGCGCTAAAGATGACGCCGCGGGCCAG +GCGATTGCTAACCGCTTTACTTCTAACATCAAAGGTCTGACTCAGGCCGCACGTAACGCCAACGACGGTATT +TCTCTGGCGCAGACGGCTGAAGGCGCGCTGTCAGAGATTAACAACAACTTGCAGCGTATTCGTGAACTGACC +GTTCAGGCCTCTACCGGCACGAACTCTGATTCCGACCTGTCTTCTATTCAGGACGAAATCAAATCCCGTCTT +GATGAAATTGACCGTGTATCTGGTCAGACCCAGTTCAACGGTGTGAACGTGCTGTCGAAAAACGATTCGATG +AAGATTCAGATTGGTGCCAATGATAACCAGACGATCAGCATTGGCTTGCAACAAATCGACAGTACCACTTTG +AATCTGAAAGGATTTACCGTGTCCGGCATGGCGGATTTCAGCGCGGCGAAACTGACGGCTGCTGATGGTACA +GCAATTGCTGCTGCGGATGTCAAGGATGCTGGGGGTAAACAAGTCAATTTACTGTCTTACACTGACACCGCG 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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/eurl_vtec_wgs_pt.xml Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,217 @@ +<tool id="eurlvtecwgspt" name="EURL VTEC WGS PT" version="4.0"> + <description>workflow that performs various E. coli typing tools</description> + <requirements> + <requirement type="package" version="3.7">python</requirement> + <requirement type="package" version="5.26">perl</requirement> + <requirement type="package" version="1.7">perl-bioperl</requirement> + <requirement type="package" version="0.39">trimmomatic</requirement> + <requirement type="package" version="8.25">coreutils</requirement> + <requirement type="package" version="2.3.4">bowtie2</requirement> + <requirement type="package" version="1.3.1">samtools</requirement> + <requirement type="package" version="1.3.1">bcftools</requirement> + <requirement type="package" version="0.7.17">bwa</requirement> + <requirement type="package" version="3.15">spades</requirement> + <requirement type="package" 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${html_file_1.files_path} + --text1 $text_file_1 + #elif str( $library.type ) == "paired": + -1 ${library.input_1} --input1_ext ${library.input_1.ext} --input1_name '${library.input_1.name}' + --html1 $html_file_1 --html1_id $__app__.security.encode_id($html_file_1.dataset.id) --html1_path ${html_file_1.files_path} + --text1 $text_file_1 + -2 ${library.input_2} --input2_ext ${library.input_2.ext} --input2_name '${library.input_2.name}' + --html2 $html_file_2 --html2_id $__app__.security.encode_id($html_file_2.dataset.id) --html2_path ${html_file_2.files_path} + --text2 $text_file_2 + #elif str( $library.type ) == "pairedcollection": + -1 ${library.input_pc.forward} --input1_ext ${library.input_pc.forward.ext} --input1_name '${library.input_pc.forward.name}' + --html1 $html_file_1 --html1_id $__app__.security.encode_id($html_file_1.dataset.id) --html1_path ${html_file_1.files_path} + --text1 $text_file_1 + -2 ${library.input_pc.reverse} --input2_ext ${library.input_pc.reverse.ext} 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<filter>virulotyping</filter> + </data> + <data name="stx" format="tabular" label="Shiga toxin subtyper on ${on_string}" hidden="true" > + <filter>shigatoxintyping</filter> + </data> + <data name="mlstsevenloci" format="tabular" label="Multi Locus on ${on_string}" hidden="true" /> + <data name="antigen_O" format="tabular" label="Antigen_O typer on ${on_string}" hidden="true"> + <filter>serotyping</filter> + </data> + <data name="antigen_H" format="tabular" label="Antigen_H typer on ${on_string}" hidden="true"> + <filter>serotyping</filter> + </data> + <data name="amr" format="tabular" label="AMR typer on ${on_string}" hidden="true"> + <filter>amrtyping</filter> + </data> + <data name="logfile" format="txt" label="${tool.name} on ${on_string}: log" /> + <data name="report_out" format="html" label="${tool.name} on ${on_string}: report"></data> + </outputs> + + <tests> + <test> + <!-- basic test on contigs file --> + <param name="type" value="single"/> + <param name="input_1" 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ResFinder database) + +Istituto Superiore di Sanità + +European Union Reference Laboratory (EU-RL) for Escherichia coli, including Verotoxigenic E. coli (VTEC) + +Developer: Arnold Knijn arnold.knijn@iss.it + +The development of the Virulotyping tool has been supported by INNUENDO project (https://www.innuendoweb.org) co-funded by the European Food Safety Authority (EFSA), grant agreement GP/EFSA/AFSCO/2015/01/CT2 +("New approaches in identifying and characterizing microbial and chemical hazards") and by the ONEIDA project (LISBOA-01-0145-FEDER-016417) co-funded by FEEI - “Fundos Europeus Estruturais e de Investimento” +from “Programa Operacional Regional Lisboa 2020” and by national funds from FCT - “Fundação para a Ciência e a Tecnologia” and BacGenTrack (TUBITAK/0004/2014) +[FCT/ Scientific and Technological Research Council of Turkey (Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araşrrma Kurumu, TÜBITAK)]. + </help> + <citations> + <citation type="bibtex">@ARTICLE{andrews_s, + author = {Andrews, S}, + keywords = {bioinformatics, ngs, qc}, + title = {{FastQC A Quality Control tool for High Throughput Sequence Data}}, + url = {http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/} + }</citation> + <citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btu170</citation> + <citation type="doi">10.1186/gb-2009-10-3-r25</citation> + <citation type="doi">10.1038/nmeth.1923</citation> + <citation type="bibtex">@ARTICLE{seemann_t, + author = {Seemann, T}, + keywords = {bioinformatics, ngs}, + title = {{mlst}}, + url = {https://github.com/tseemann/mlst/} + }</citation> + <citation type="bibtex">@ARTICLE{seemann_t, + author = {Seemann, T}, + keywords = {bioinformatics, ngs}, + title = {{abricate}}, + url = {https://github.com/tseemann/abricate/} + }</citation> + <citation type="doi">10.1089/cmb.2012.0021</citation> + <citation type="doi">10.1186/s13059-018-1540-z</citation> + <citation type="doi">d10.1093/jac/dks261</citation> + <citation type="doi">10.1128/JCM.00008-15</citation> + <citation type="bibtex">@ARTICLE{andrews_s, + author = {Li, M, Copeland, A, and Han, J}, + keywords = {bioinformatics, ngs}, + title = {{DUK – A Fast and Efficient Kmer Based Sequence Matching Tool}}, + url = {https://www.osti.gov/servlets/purl/1016000/} + }</citation> + <citation type="bibtex">@ARTICLE{andrews_s, + author = {Edwards, RA}, + keywords = {bioinformatics, ngs}, + title = {{fastq-pair}}, + url = {https://github.com/linsalrob/EdwardsLab/} + }</citation> + <citation type="doi">10.1186/1471-2105-10-421</citation> + <citation type="doi">10.1093/nar/gkh340</citation> + </citations> +</tool>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/report_head.html Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,24 @@ +<!DOCTYPE html><html><head><title>EURL VTEC WGS PT summary report</title> + <style type="text/css"> + body {font-family:"sans-serif","lucida Sans Unicode","Lucida Grande","Segoe UI";font-size:13px;} + h1 {font-weight:normal;font-size:2em;margin-top:0.3em;margin-bottom:0.3em;} + h4 {font-size:1.17em;margin-top:0;margin-bottom:0;} + .table-head td {border:1px solid #73ad21;border-radius:6px;} + .table-rep {border-collapse:collapse;font-size:13px;margin:auto;} + .table-rep th, .table-rep td {padding:5px 5px;} + .table-rep .title {caption-side:top;margin-top:12px;margin-bottom:6px;font-size:24px;text-align:left;} + .table-rep tbody td:last-child {border:0;} + .table-rep thead th:last-child {border:0; border-bottom: 1px solid #d7e1da;} + .table-rep thead th {border-right:1px solid #d7e1da;border-bottom:1px solid #d7e1da;} + .table-rep tbody td {color:#353535;border-right:1px solid #d7e1da;text-align:right;} + .table-rep tbody tr:nth-child(odd) td {background-color:#f4fff7;} + .table-rep tbody tr:nth-child(even) td {background-color:#e2e2e2;} + .table-cross tbody td {color:#353535;border-right:1px solid #d7e1da;text-align:right;} + .table-cross {border-collapse:collapse;font-size:13px;margin:auto;} + .table-cross th, .table-cross td {max-width:220px; word-wrap:break-word;} + .table-cross tr:nth-child(2n+1) {background: rgba(178, 178, 178, 0.5) none repeat scroll 0 0;} + .table-cross th:nth-child(2n), .table-cross td:nth-child(2n) {background: rgba(178, 178, 178, 0.5) none repeat scroll 0 0;} + </style> <meta charset='utf-8'> +<body><div style="border: 1px solid #73ad21;max-width:940px;text-align:center;margin:auto;"></br> +<table class="table table-head"><tr><td width="25%"><img src='https://aries.iss.it/static/images/aries.jpg' alt='ARIES' style='float:left;width:50%;padding-left:0.5cm;'> +<img src='https://aries.iss.it/static/images/isseurlvtec.png' alt='ISS-EURL VTEC' style='float:left;width:30%'></td>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/report_head2.html Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,2 @@ +<td style='width: 25%; padding-left: 0.2cm; text-align: left;'><h4>Istituto Superiore di Sanita</h4> +Department of Food Safety, Nutrition and Veterinary Public Health<br/>European Union Reference Laboratory for <i>E. coli</i></td></tr></table>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/report_tail.html Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,2 @@ +<br/></div></body></html> +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/.gitattributes Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,17 @@ +# Auto detect text files and perform LF normalization +* text=auto + +# Custom for Visual Studio +*.cs diff=csharp + +# Standard to msysgit +*.doc diff=astextplain +*.DOC diff=astextplain +*.docx diff=astextplain +*.DOCX diff=astextplain +*.dot diff=astextplain +*.DOT diff=astextplain +*.pdf diff=astextplain +*.PDF diff=astextplain +*.rtf diff=astextplain +*.RTF diff=astextplain
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/.gitignore Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,53 @@ +# mpmachado_stuff - file with different mpmachado stuffs +mpmachado_stuff.* + +# Python stuff +*.py[cod] + +# Windows image file caches +Thumbs.db +ehthumbs.db + +# Folder config file +Desktop.ini + +# Recycle Bin used on file shares +$RECYCLE.BIN/ + +# Windows Installer files +*.cab +*.msi +*.msm +*.msp + +# Windows shortcuts +*.lnk + +# ========================= +# Operating System Files +# ========================= + +# OSX +# ========================= + +.DS_Store +.AppleDouble +.LSOverride + +# Thumbnails +._* + +# Files that might appear in the root of a volume +.DocumentRevisions-V100 +.fseventsd +.Spotlight-V100 +.TemporaryItems +.Trashes +.VolumeIcon.icns + +# Directories potentially created on remote AFP share +.AppleDB +.AppleDesktop +Network Trash Folder +Temporary Items +.apdisk
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/GetConsensus.py Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,97 @@ +#!/usr/bin/env python3 +# -*- coding: utf-8 -*- +""" +############################################################################ +# Istituto Superiore di Sanita' +# European Union Reference Laboratory (EU-RL) for Escherichia coli, including Verotoxigenic E. coli (VTEC) +# Developer: Arnold Knijn arnold.knijn@iss.it +############################################################################ +""" + +import argparse +import sys +import os +import subprocess +import shutil + +def __main__(): + parser = argparse.ArgumentParser() + parser.add_argument('-i', '--input', dest='input', help='input alignment file') + parser.add_argument('-o', '--output', dest='output', help='output consensus file') + args = parser.parse_args() + + sequences = [] + varsequences = [] + # read input + with open(args.input) as alignments: + for alignment in alignments: + if alignment[0] != ">": + sequences.append(alignment.rstrip()) + numsequences = len(sequences) + for j in range(0, numsequences + 1): + varsequences.append("") + lstnumvariants = [] + lstnumhyphens = [] + # loop over the columns + for i in range(0, len(sequences[0])): + variants = [] + numhyphens = 0 + # loop over the original rows to obtain variants + for j in range(0, numsequences): + if sequences[j][i:i+1] == "-": + numhyphens = numhyphens + 1 + if sequences[j][i:i+1] not in variants and sequences[j][i:i+1] != "-": + variants.append(sequences[j][i:i+1]) + lstnumvariants.append(len(variants)) + lstnumhyphens.append(numhyphens) + # create varsequences with a template of the variants + for j in range(0, numsequences): + if lstnumhyphens[i] == 0: + varsequences[j] = varsequences[j] + "-" + elif lstnumvariants[i] < 2: + varsequences[j] = varsequences[j] + "-" + else: + varsequences[j] = varsequences[j] + sequences[j][i:i+1] + if lstnumvariants[i] == 1 and lstnumhyphens[i] > 0: + varsequences[numsequences] = varsequences[numsequences] + variants[0] + else: + varsequences[numsequences] = varsequences[numsequences] + "-" + # loop over the columns, apply single variant + for i in range(0, len(sequences[0])): + if lstnumvariants[i] == 1 and lstnumhyphens[i] > 0: + # loop over all the rows to apply single variant to "-" + for j in range(0, len(sequences)): + if sequences[j][i:i+1] == "-": + lstsequence = list(sequences[j]) + lstsequence[i] = varsequences[numsequences][i:i+1] + sequences[j] = ''.join(lstsequence) + # loop over the rows of the sequences, apply multiple variants + for j in range(0, len(sequences)): + # loop over the columns + for i in range(0, len(sequences[0])): + variants = [] + if sequences[j][i:i+1] == "-" and lstnumvariants[i] > 1: + # loop over the rows of the varsequences + for k in range(0, numsequences): + if varsequences[k][i:i+1] not in variants and varsequences[k][i:i+1] != "-": + variants.append(varsequences[k][i:i+1]) + if len(variants) == 1: + lstsequence = list(sequences[j]) + lstsequence[i] = variants[0] + sequences[j] = ''.join(lstsequence) + else: + lstsequence[i] = variants[len(variants) - 1] + sequences.append(''.join(lstsequence)) + # eliminate duplicate sequences + sequences_unique = list(set(sequences)) + # write consensus sequences to output + consensus = open(args.output, 'w') + n = 1 + for sequence in sequences_unique: + consensus.write(">consensus_" + str(n) + "\n") + consensus.write(sequence + "\n") + n = n + 1 + + +if __name__ == "__main__": + __main__() \ No newline at end of file
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/MultifastaFromBlast.pl Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,44 @@ +#!/usr/bin/env perl +use strict; +use warnings; +use English; + +# Parse arguments +my ($inputs, $output) = @ARGV; +# Run program +unlink $output; +my @infiles = split( /,/, $inputs ); +foreach(@infiles) { + transformFileContent($_, $output); +} + +# read input file and write multifasta with sequence (forward or reverse complement) +sub transformFileContent { + my ($infile, $outfile) = @_; + open my $if, '<', $infile or die "Cannot open : $infile!"; + open my $of, '>>', $outfile or die "Cannot open : $outfile!"; + my @lines = <$if>; + close $if; + foreach(@lines) { + my @elems = split( /\t/, $_ ); + print $of ">$elems[0]\n"; + chomp $elems[2]; + if ($elems[1] == 1) { + print $of "$elems[2]\n"; + } + else { + my $revcomp = reverseComplement($elems[2]); + print $of "$revcomp\n"; + } + } + close $of; + return 0; +} + +# calculate reverse complement +sub reverseComplement { + my ($DNA) = @_; + my $revcom = reverse $DNA; + $revcom =~ tr/ACGTacgt/TGCAtgca/; + return $revcom; +}
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/ReMatCh/.gitattributes Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,17 @@ +# Auto detect text files and perform LF normalization +* text=auto + +# Custom for Visual Studio +*.cs diff=csharp + +# Standard to msysgit +*.doc diff=astextplain +*.DOC diff=astextplain +*.docx diff=astextplain +*.DOCX diff=astextplain +*.dot diff=astextplain +*.DOT diff=astextplain +*.pdf diff=astextplain +*.PDF diff=astextplain +*.rtf diff=astextplain +*.RTF diff=astextplain
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/ReMatCh/.gitignore Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,53 @@ +# mpmachado_stuff - file with different mpmachado stuffs +mpmachado_stuff.* + +# Python stuff +*.py[cod] + +# Windows image file caches +Thumbs.db +ehthumbs.db + +# Folder config file +Desktop.ini + +# Recycle Bin used on file shares +$RECYCLE.BIN/ + +# Windows Installer files +*.cab +*.msi +*.msm +*.msp + +# Windows shortcuts +*.lnk + +# ========================= +# Operating System Files +# ========================= + +# OSX +# ========================= + +.DS_Store +.AppleDouble +.LSOverride + +# Thumbnails +._* + +# Files that might appear in the root of a volume +.DocumentRevisions-V100 +.fseventsd +.Spotlight-V100 +.TemporaryItems +.Trashes +.VolumeIcon.icns + +# Directories potentially created on remote AFP share +.AppleDB +.AppleDesktop +Network Trash Folder +Temporary Items +.apdisk
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/ReMatCh/__init__.py Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,1 @@ +__version__ = '4.1.0'
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/ReMatCh/modules/checkMLST.py Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,216 @@ +import sys +import os +import urllib.request +import csv +from glob import glob +import re +import functools +try: + import xml.etree.cElementTree as ET +except ImportError: + import xml.etree.ElementTree as ET +from . import utils +from . import rematch_module + + +def determine_species(species): + species = species.lower().split(' ') + + if len(species) >= 2: + species = species[:2] + if species[1] in ('spp', 'spp.', 'complex'): + species = [species[0]] + + return species + + +def check_existing_schema(species, schema_number, script_path): + species = determine_species(species) + + if schema_number is None: + schema_number = '' + else: + schema_number = '#' + str(schema_number) + + mlst_schemas_folder = os.path.join(os.path.dirname(script_path), 'modules', 'mlst_schemas', '') + reference = [] + files = [f for f in os.listdir(mlst_schemas_folder) if not f.startswith('.') and os.path.isfile(os.path.join(mlst_schemas_folder, f))] + for file_found in files: + file_path = os.path.join(mlst_schemas_folder, file_found) + if file_found.startswith('_'.join(species) + schema_number) and file_found.endswith('.fasta'): + reference = file_path + + if len(reference) > 1: + if schema_number == '': + schema_number = '#1' + for scheme in reference: + if os.path.splitext(scheme)[0].endswith(schema_number): + reference = [scheme] + break + if len(reference) == 0: + reference = None + elif len(reference) == 1: + reference = reference[0] + return reference + + +def write_mlst_reference(species, mlst_sequences, outdir, time_str): + print('Writing MLST alleles as reference_sequences' + '\n') + reference_file = os.path.join(outdir, str(species.replace('/', '_').replace(' ', '_') + '.' + time_str + '.fasta')) + with open(reference_file, 'wt') as writer: + for header, sequence in list(mlst_sequences.items()): + writer.write('>' + header + '\n') + fasta_sequence_lines = rematch_module.chunkstring(sequence, 80) + for line in fasta_sequence_lines: + writer.write(line + '\n') + return reference_file + + +def get_st(mlst_dicts, dict_sequences): + SequenceDict = mlst_dicts[0] + STdict = mlst_dicts[1] + lociOrder = mlst_dicts[2] + + alleles_profile = ['-'] * len(lociOrder) + for x, sequence_data in list(dict_sequences.items()): + if sequence_data['header'] not in SequenceDict: + print(sequence_data['header'] + ' not found between consensus sequences!') + break + if sequence_data['sequence'] in list(SequenceDict[sequence_data['header']].keys()): + allele_number = SequenceDict[sequence_data['header']][sequence_data['sequence']] + alleles_profile[lociOrder.index(sequence_data['header'])] = allele_number + else: + for sequence_st, allele_number in list(SequenceDict[sequence_data['header']].items()): + if sequence_st in sequence_data['sequence']: + alleles_profile[lociOrder.index(sequence_data['header'])] = allele_number + + alleles_profile = ','.join(alleles_profile) + st = '-' + if alleles_profile in STdict: + st = STdict[alleles_profile] + + return st, alleles_profile + + +downloadPubMLST = functools.partial(utils.timer, name='Download PubMLST module') + + +@downloadPubMLST +def download_pub_mlst_xml(originalSpecies, schema_number, outdir): + print('Searching MLST database for ' + originalSpecies) + + xmlURL = 'http://pubmlst.org/data/dbases.xml' + try: + content = urllib.request.urlopen(xmlURL) + xml = content.read() + tree = ET.fromstring(xml) + except: + print("Ooops! There might be a problem with the PubMLST service, try later or check if the xml is well formated" + " at " + xmlURL) + raise + + xmlData = {} + + if schema_number is None: + schema_number = 1 + + success = 0 + for scheme in tree.findall('species'): + species_scheme = scheme.text.rstrip('\r\n').rsplit('#', 1) + number_scheme = species_scheme[1] if len(species_scheme) == 2 else 1 + species_scheme = species_scheme[0] + if determine_species(species_scheme) == determine_species(originalSpecies): + if schema_number == number_scheme: + success += 1 + xmlData[scheme.text.strip()] = {} + for info in scheme: # mlst + for database in info: # database + for retrievedDate in database.findall('retrieved'): + retrieved = retrievedDate.text + xmlData[scheme.text.strip()][retrieved] = [] + for profile in database.findall('profiles'): + profileURl = profile.find('url').text + xmlData[scheme.text.strip()][retrieved].append(profileURl) + for lociScheme in database.findall('loci'): + loci = {} + for locus in lociScheme: + locusID = locus.text + for locusInfo in locus: + locusUrl = locusInfo.text + loci[locusID.strip()] = locusUrl + xmlData[scheme.text.strip()][retrieved].append(loci) + if success == 0: + sys.exit("\tError. No schema found for %s. Please refer to https://pubmlst.org/databases/" % (originalSpecies)) + elif success > 1: + keys = list(xmlData.keys()) + keys = sorted(keys) + print("\tWarning. More than one schema found for %s. only keeping the first" + " one... %s" % (originalSpecies, keys[0])) + for key in keys[1:]: + del xmlData[key] + + pubmlst_dir = os.path.join(outdir, 'pubmlst', '') + if not os.path.isdir(pubmlst_dir): + os.makedirs(pubmlst_dir) + + for SchemaName, info in list(xmlData.items()): + STdict = {} + SequenceDict = {} + mlst_sequences = {} + + species_name = '_'.join(determine_species(SchemaName)).replace('/', '_') + + for RetrievalDate, URL in list(info.items()): + schema_date = species_name + '_' + RetrievalDate + outDit = os.path.join(pubmlst_dir, schema_date) # compatible with windows? See if it already exists, if so, break + + if os.path.isdir(outDit): + pickle = os.path.join(outDit, str(schema_date + '.pkl')) + if os.path.isfile(pickle): + print("\tschema files already exist for %s" % (SchemaName)) + mlst_dicts = utils.extract_variable_from_pickle(pickle) + SequenceDict = mlst_dicts[0] + for lociName, alleleSequences in list(SequenceDict.items()): + for sequence in alleleSequences: + if lociName not in list(mlst_sequences.keys()): + mlst_sequences[lociName] = sequence + else: + break + return mlst_dicts, mlst_sequences + + elif any(species_name in x for x in os.listdir(pubmlst_dir)): + print("Older version of %s's scheme found! Deleting..." % (SchemaName)) + for directory in glob(str(pubmlst_dir + str(species_name + '_*'))): + utils.remove_directory(directory) + os.makedirs(outDit) + else: + os.makedirs(outDit) + + contentProfile = urllib.request.urlopen(URL[0]) + header = next(contentProfile).decode("utf8").strip().split('\t') # skip header + try: + indexCC = header.index('clonal_complex') if 'clonal_complex' in header else header.index('CC') + except: + indexCC = len(header) + lociOrder = header[1:indexCC] + for row in contentProfile: + row = row.decode("utf8").strip().split('\t') + ST = row[0] + alleles = ','.join(row[1:indexCC]) + STdict[alleles] = ST + for lociName, lociURL in list(URL[1].items()): + if lociName not in list(SequenceDict.keys()): + SequenceDict[lociName] = {} + url_file = os.path.join(outDit, lociURL.rsplit('/', 1)[1]) + urllib.request.urlretrieve(lociURL, url_file) + sequences, ignore, ignore = rematch_module.get_sequence_information(url_file, 0) + for key in list(sequences.keys()): + header = re.sub("\D", "", sequences[key]['header']) + sequence = sequences[key]['sequence'].upper() + SequenceDict[lociName][sequence] = header + if lociName not in list(mlst_sequences.keys()): + mlst_sequences[lociName] = sequence + os.remove(url_file) + mlst_dicts = [SequenceDict, STdict, lociOrder] + utils.save_variable_to_pickle(mlst_dicts, outDit, schema_date) + return mlst_dicts, mlst_sequences
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/ReMatCh/modules/download.py Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,599 @@ +import os.path +import multiprocessing +import sys +import functools +import time +import subprocess + +try: + import modules.utils as utils +except ImportError: + from ReMatCh.modules import utils as utils + + +def get_read_run_info(ena_id): + import urllib.request + + url = 'http://www.ebi.ac.uk/ena/data/warehouse/filereport?accession=' + ena_id + '&result=read_run' + + read_run_info = None + try: + url = urllib.request.urlopen(url) + read_run_info = url.read().decode("utf8").splitlines() + if len(read_run_info) <= 1: + read_run_info = None + except Exception as error: + print(error) + + return read_run_info + + +def get_download_information(read_run_info): + header_line = read_run_info[0].split('\t') + info_line = read_run_info[1].split('\t') + + download_information = {'fastq': None, 'submitted': None, 'cram_index': None} + download_types = ['aspera', 'ftp'] + + for i in range(0, len(header_line)): + header = header_line[i].lower().rsplit('_', 1) + if header[0] in list(download_information.keys()): + if header[1] in download_types: + if len(info_line[i]) > 0: + files_path = info_line[i].split(';') + if len(files_path) > 2: + print('WARNING: Were found more files than expected in' + ' {download_information}-{download_types} download' + ' links!'.format(download_information=header[0], download_types=header[1])) + if download_information[header[0]] is None: + download_information[header[0]] = {} + download_information[header[0]][header[1]] = files_path + + return download_information + + +def get_sequencing_information(read_run_info): + header_line = read_run_info[0].split('\t') + info_line = read_run_info[1].split('\t') + + sequencing_information = {'run_accession': None, 'instrument_platform': None, 'instrument_model': None, + 'library_layout': None, 'library_source': None, 'extra_run_accession': None, + 'nominal_length': None, 'read_count': None, 'base_count': None, + 'date_download': time.strftime("%Y-%m-%d")} + + for i in range(0, len(header_line)): + header = header_line[i].lower() + if header in list(sequencing_information.keys()): + if len(info_line[i]) > 0: + sequencing_information[header] = info_line[i] + + if len(read_run_info) > 2: + extra_run_accession = [] + for i in range(2, len(read_run_info)): + info = read_run_info[i].split('\t') + for j in range(0, len(header_line)): + header = header_line[j].lower() + if header == 'run_accession': + if len(info[j]) > 0: + extra_run_accession.append(info[j]) + if len(extra_run_accession) >= 1: + sequencing_information['extra_run_accession'] = ','.join(extra_run_accession) + + return sequencing_information + + +@utils.trace_unhandled_exceptions +def download_with_aspera(aspera_file_path, aspera_key, outdir, pickle_prefix, sra, ena_id): + command = ['ascp', '-QT', '-l', '300m', '', '-i', aspera_key, '', outdir] + if not sra: + command[4] = '-P33001' + command[7] = str('era-fasp@' + aspera_file_path) + pickle = pickle_prefix + '.' + aspera_file_path.rsplit('/', 1)[1] + else: + command[7] = 'anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/{a}/{b}/{c}/{c}.sra'.format( + a=ena_id[:3], b=ena_id[:6], c=ena_id) + pickle = pickle_prefix + '.' + ena_id + + run_successfully, stdout, stderr = utils.run_command_popen_communicate(command, False, 3600, True) + + utils.save_variable_to_pickle(run_successfully, outdir, pickle) + + +@utils.trace_unhandled_exceptions +def download_with_wget(ftp_file_path, outdir, pickle_prefix, sra, ena_id): + command = ['wget', '--tries=1', '', '-O', ''] + if not sra: + command[2] = ftp_file_path + file_download = ftp_file_path.rsplit('/', 1)[1] + command[4] = os.path.join(outdir, file_download) + pickle = pickle_prefix + '.' + file_download + else: + command[2] = 'ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/{a}/{b}/{c}/{c}.sra'.format( + a=ena_id[:3], b=ena_id[:6], c=ena_id) + command[4] = os.path.join(outdir, ena_id + '.sra') + pickle = pickle_prefix + '.' + ena_id + run_successfully, stdout, stderr = utils.run_command_popen_communicate(command, False, 3600, True) + + utils.save_variable_to_pickle(run_successfully, outdir, pickle) + + +@utils.trace_unhandled_exceptions +def download_with_sra_prefetch(aspera_key, outdir, pickle_prefix, ena_id): + command = ['prefetch', '', ena_id] + + if aspera_key is not None: + _, ascp, _ = utils.run_command_popen_communicate(['which', 'ascp'], False, None, False) + command[1] = '-a {ascp}|{aspera_key}'.format(ascp=ascp.splitlines()[0], aspera_key=aspera_key) + + run_successfully, stdout, stderr = utils.run_command_popen_communicate(command, False, 3600, True) + if run_successfully: + _, prefetch_outdir, _ = utils.run_command_popen_communicate(['echo', '$HOME/ncbi/public/sra'], True, None, + False) + + try: + os.rename(os.path.join(prefetch_outdir.splitlines()[0], ena_id + '.sra'), + os.path.join(outdir, ena_id + '.sra')) + except OSError as e: + print('Found the following error:' + '{}'.format(e)) + + from shutil import copy as shutil_copy + + shutil_copy(os.path.join(prefetch_outdir.splitlines()[0], ena_id + '.sra'), + os.path.join(outdir, ena_id + '.sra')) + os.remove(os.path.join(prefetch_outdir.splitlines()[0], ena_id + '.sra')) + + utils.save_variable_to_pickle(run_successfully, outdir, pickle_prefix + '.' + ena_id) + + +@utils.trace_unhandled_exceptions +def download_with_curl(ftp_file_path, outdir, pickle_prefix, sra, ena_id): + command = ['curl', '--retry', '1', '', '-o', ''] + if not sra: + command[3] = ftp_file_path + file_download = ftp_file_path.rsplit('/', 1)[1] + command[5] = os.path.join(outdir, file_download) + pickle = pickle_prefix + '.' + file_download + else: + command[3] = 'ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/{a}/{b}/{c}/{c}.sra'.format( + a=ena_id[:3], b=ena_id[:6], c=ena_id) + command[5] = os.path.join(outdir, ena_id + '.sra') + pickle = pickle_prefix + '.' + ena_id + run_successfully, stdout, stderr = utils.run_command_popen_communicate(command, False, 3600, True) + + utils.save_variable_to_pickle(run_successfully, outdir, pickle) + + +def get_pickle_run_successfully(directory, pickle_prefix): + run_successfully = True + read_pickle = False + + files = find_files(directory, pickle_prefix, '.pkl') + if files is not None: + for file_found in files: + if run_successfully: + run_successfully = utils.extract_variable_from_pickle(file_found) + read_pickle = True + + os.remove(file_found) + + if not read_pickle: + run_successfully = False + + return run_successfully + + +def curl_installed(): + command = ['which', 'curl'] + run_successfully, stdout, stderr = utils.run_command_popen_communicate(command, False, None, False) + return run_successfully + + +def download(download_information_type, aspera_key, outdir, sra, sra_opt, ena_id): + pickle_prefix = 'download' + + run_successfully = False + download_sra = False + + if not sra: + if aspera_key is not None and download_information_type['aspera'] is not None: + pool = multiprocessing.Pool(processes=2) + for file_download in download_information_type['aspera']: + pool.apply_async(download_with_aspera, args=(file_download, aspera_key, outdir, pickle_prefix, sra, + ena_id,)) + pool.close() + pool.join() + run_successfully = get_pickle_run_successfully(outdir, pickle_prefix) + if not run_successfully and download_information_type['ftp'] is not None: + if curl_installed(): + pool = multiprocessing.Pool(processes=2) + for file_download in download_information_type['ftp']: + pool.apply_async(download_with_curl, args=(file_download, outdir, pickle_prefix, sra, ena_id,)) + pool.close() + pool.join() + run_successfully = get_pickle_run_successfully(outdir, pickle_prefix) + if not run_successfully: + pool = multiprocessing.Pool(processes=2) + for file_download in download_information_type['ftp']: + pool.apply_async(download_with_wget, args=(file_download, outdir, pickle_prefix, sra, ena_id,)) + pool.close() + pool.join() + run_successfully = get_pickle_run_successfully(outdir, pickle_prefix) + + if not run_successfully and (sra or sra_opt): + if aspera_key is not None: + download_with_aspera(None, aspera_key, outdir, pickle_prefix, sra or sra_opt, ena_id) + run_successfully = get_pickle_run_successfully(outdir, pickle_prefix) + if not run_successfully: + download_with_sra_prefetch(aspera_key, outdir, pickle_prefix, ena_id) + run_successfully = get_pickle_run_successfully(outdir, pickle_prefix) + if not run_successfully: + if curl_installed(): + download_with_curl(None, outdir, pickle_prefix, sra or sra_opt, ena_id) + run_successfully = get_pickle_run_successfully(outdir, pickle_prefix) + if not run_successfully: + download_with_wget(None, outdir, pickle_prefix, sra or sra_opt, ena_id) + run_successfully = get_pickle_run_successfully(outdir, pickle_prefix) + + if run_successfully: + download_sra = True + + return run_successfully, download_sra + + +def download_files(download_information, aspera_key, outdir, download_cram_bam_true, sra, sra_opt, ena_id): + run_successfully = False + cram_index_run_successfully = False + download_sra = False + + if download_information['fastq'] is not None: + run_successfully, download_sra = download(download_information['fastq'], aspera_key, outdir, sra, sra_opt, + ena_id) + + if not run_successfully: + if download_information['submitted'] is not None: + if not download_cram_bam_true: + cram_bam = False + for i in download_information['submitted']: + if download_information['submitted'][i][0].endswith(('.cram', '.bam')): + cram_bam = True + break + if not cram_bam: + run_successfully, download_sra = download(download_information['submitted'], aspera_key, outdir, + False, False, ena_id) + + elif download_cram_bam_true: + run_successfully, download_sra = download(download_information['submitted'], aspera_key, outdir, False, + False, ena_id) + if run_successfully and download_information['cram_index'] is not None: + cram_index_run_successfully = download(download_information['cram_index'], aspera_key, outdir, + False, False, ena_id) + + if not run_successfully and (sra or sra_opt): + run_successfully, download_sra = download(download_information['fastq'], aspera_key, outdir, True, sra_opt, + ena_id) + + return run_successfully, cram_index_run_successfully, download_sra + + +def sort_alignment(alignment_file, output_file, sort_by_name_true, threads): + out_format_string = os.path.splitext(output_file)[1][1:].lower() + command = ['samtools', 'sort', '-o', output_file, '-O', out_format_string, '', '-@', str(threads), alignment_file] + if sort_by_name_true: + command[6] = '-n' + run_successfully, stdout, stderr = utils.run_command_popen_communicate(command, False, None, True) + + if not run_successfully: + output_file = None + + return run_successfully, output_file + + +def alignment_to_fastq(alignment_file, threads, pair_end_type): + fastq_basename = os.path.splitext(alignment_file)[0] + outfiles = None + bam_file = fastq_basename + '.temp.bam' + # sort cram + run_successfully, bam_file = sort_alignment(alignment_file, bam_file, True, threads) + if run_successfully: + command = ['samtools', 'fastq', '', bam_file] + if pair_end_type.lower() == 'paired': + command[2] = '-1 ' + str(fastq_basename + '_1.fq') + ' -2 ' + str(fastq_basename + '_2.fq') + elif pair_end_type == 'single': + command[2] = '-0 ' + str(fastq_basename + '.fq') + + run_successfully, stdout, stderr = utils.run_command_popen_communicate(command, False, None, True) + if run_successfully: + if pair_end_type.lower() == 'paired': + outfiles = [str(fastq_basename + '_1.fq'), str(fastq_basename + '_2.fq')] + elif pair_end_type.lower() == 'single': + outfiles = [str(fastq_basename + '.fq')] + + if bam_file is not None and os.path.isfile(bam_file): + os.remove(bam_file) + + return run_successfully, outfiles + + +def formart_fastq_headers(in_fastq_1, in_fastq_2): + + out_fastq_1 = in_fastq_1 + '.temp' + out_fastq_2 = in_fastq_2 + '.temp' + writer_in_fastq_1 = open(out_fastq_1, 'wt') + writer_in_fastq_2 = open(out_fastq_2, 'wt') + outfiles = [out_fastq_1, out_fastq_2] + with open(in_fastq_1, 'rtU') as reader_in_fastq_1, open(in_fastq_2, 'rtU') as reader_in_fastq_2: + plus_line = True + quality_line = True + number_reads = 0 + for in_1, in_2 in zip(reader_in_fastq_1, reader_in_fastq_2): + if len(in_1) > 0: + in_1 = in_1.splitlines()[0] + in_2 = in_2.splitlines()[0] + if in_1.startswith('@') and plus_line and quality_line: + if in_1 != in_2: + sys.exit('The PE fastq files are not aligned properly!') + in_1 += '/1' + '\n' + in_2 += '/2' + '\n' + writer_in_fastq_1.write(in_1) + writer_in_fastq_2.write(in_2) + plus_line = False + quality_line = False + elif in_1.startswith('+') and not plus_line: + in_1 += '\n' + writer_in_fastq_1.write(in_1) + writer_in_fastq_2.write(in_1) + plus_line = True + elif plus_line and not quality_line: + in_1 += '\n' + in_2 += '\n' + writer_in_fastq_1.write(in_1) + writer_in_fastq_2.write(in_2) + writer_in_fastq_1.flush() + writer_in_fastq_2.flush() + number_reads += 1 + quality_line = True + else: + in_1 += '\n' + in_2 += '\n' + writer_in_fastq_1.write(in_1) + writer_in_fastq_2.write(in_2) + return number_reads, outfiles + + +@utils.trace_unhandled_exceptions +def gzip_files(file_2_compress, pickle_prefix, outdir): + if file_2_compress.endswith('.temp'): + out_file = os.path.splitext(file_2_compress)[0] + else: + out_file = file_2_compress + + command = ['gzip', '--stdout', '--best', file_2_compress, '>', str(out_file + '.gz')] + run_successfully, stdout, stderr = utils.run_command_popen_communicate(command, True, None, True) + if run_successfully: + os.remove(file_2_compress) + + utils.save_variable_to_pickle(run_successfully, outdir, + str(pickle_prefix + '.' + os.path.basename(file_2_compress))) + + +def find_files(directory, prefix, suffix): + list_files_found = [] + files = [f for f in os.listdir(directory) if not f.startswith('.') and os.path.isfile(os.path.join(directory, f))] + for file_found in files: + if file_found.startswith(prefix) and file_found.endswith(suffix): + file_path = os.path.join(directory, file_found) + list_files_found.append(file_path) + + if len(list_files_found) == 0: + list_files_found = None + + return list_files_found + + +def compress_files(fastq_files, outdir, threads): + pickle_prefix = 'compress' + compressed_fastq_files = None + + pool = multiprocessing.Pool(processes=threads) + for fastq in fastq_files: + pool.apply_async(gzip_files, args=(fastq, pickle_prefix, outdir,)) + pool.close() + pool.join() + + run_successfully = get_pickle_run_successfully(outdir, pickle_prefix) + if run_successfully: + compressed_fastq_files = find_files(outdir, '', '.gz') + + return run_successfully, compressed_fastq_files + + +def bam_cram_2_fastq(alignment_file, outdir, threads, pair_end_type): + run_successfully, fastq_files = alignment_to_fastq(alignment_file, threads, pair_end_type) + if run_successfully: + if pair_end_type.lower() == 'paired': + number_reads, fastq_files = formart_fastq_headers(fastq_files[0], fastq_files[1]) + + run_successfully, fastq_files = compress_files(fastq_files, outdir, threads) + + return run_successfully, fastq_files + + +def check_correct_links(download_information): + for i in download_information: + if download_information[i] is not None: + if download_information[i]['aspera'] is not None: + for j in range(0, len(download_information[i]['aspera'])): + if download_information[i]['aspera'][j].startswith('fasp.sra.ebi.ac.uk/'): + download_information[i]['aspera'][j] = download_information[i]['aspera'][j].replace( + 'fasp.sra.ebi.ac.uk/', 'fasp.sra.ebi.ac.uk:/', 1) + if download_information[i]['ftp'] is not None: + for j in range(0, len(download_information[i]['ftp'])): + if '#' in download_information[i]['ftp'][j]: + download_information[i]['ftp'][j] = download_information[i]['ftp'][j].replace('#', '%23') + return download_information + + +def get_fastq_files(download_dir, cram_index_run_successfully, threads, download_paired_type): + run_successfully = False + downloaded_files = find_files(download_dir, '', '') + if cram_index_run_successfully: + cram_file = None + for i in downloaded_files: + if i.endswith('.cram'): + cram_file = i + run_successfully, downloaded_files = bam_cram_2_fastq(cram_file, download_dir, threads, download_paired_type) + else: + if downloaded_files is not None and len(downloaded_files) > 0: + run_successfully = True + + return run_successfully, downloaded_files + + +def rename_move_files(list_files, new_name, outdir, download_paired_type): + list_new_files = {} + run_successfully = False + + for i in range(0, len(list_files)): + temp_name = utils.rchop(os.path.basename(list_files[i]), 'astq.gz') + if len(temp_name) == len(os.path.basename(list_files[i])): + temp_name = utils.rchop(os.path.basename(list_files[i]), 'q.gz') + if download_paired_type.lower() == 'paired': + if temp_name.endswith(('_R1_001.f', '_1.f')): + list_new_files[i] = os.path.join(outdir, new_name + '_1.fq.gz') + elif temp_name.endswith(('_R2_001.f', '_2.f')): + list_new_files[i] = os.path.join(outdir, new_name + '_2.fq.gz') + else: + if not temp_name.endswith(('_R1_001.f', '_R2_001.f')): + list_new_files[i] = os.path.join(outdir, new_name + '.fq.gz') + if temp_name.endswith(('_1.f', '_2.f')): + print('WARNING: possible single-end file conflict with pair-end (' + list_files[i] + ')!') + + if len(list_new_files) == 2 and download_paired_type.lower() == 'paired': + run_successfully = True + elif len(list_new_files) == 1 and download_paired_type.lower() == 'single': + run_successfully = True + + if run_successfully: + try: + for i in range(0, len(list_files)): + if i not in list_new_files: + if os.path.isfile(list_files[i]): + os.remove(list_files[i]) + else: + os.rename(list_files[i], list_new_files[i]) + list_new_files = list(list_new_files.values()) + except Exception as e: + print(e) + run_successfully = False + + if not run_successfully: + list_new_files = None + + return run_successfully, list_new_files + + +# @utils.trace_unhandled_exceptions +def rename_header_sra(fastq): + run_successfully = False + try: + command = ['gawk', '\'{if(NR%4==1) $0=gensub(/\./, \"/\", 2); print}\'', fastq, '|', 'gzip', '-1', '>', + str(fastq + '.gz')] + print('Running: ' + str(' '.join(command))) + return_code = subprocess.call(' '.join(command), shell=True) + if return_code == 0: + run_successfully = True + else: + print('Something went wrong with command: {command}'.format(command=' '.join(command))) + except Exception as e: + print(e) + + return run_successfully + + +def sra_2_fastq(download_dir, ena_id): + command = ['fastq-dump', '-I', '-O', download_dir, '--split-files', '{download_dir}{ena_id}.sra'.format( + download_dir=download_dir, ena_id=ena_id)] + run_successfully, stdout, stderr = utils.run_command_popen_communicate(command, False, 3600, True) + if run_successfully: + files = [os.path.join(download_dir, f) for f in os.listdir(download_dir) + if not f.startswith('.') and os.path.isfile(os.path.join(download_dir, f)) and f.endswith('.fastq')] + + pool = multiprocessing.Pool(processes=2) + results = [] + p = pool.map_async(rename_header_sra, files, callback=results.extend) + p.wait() + + run_successfully = all(results) + + return run_successfully + + +download_timer = functools.partial(utils.timer, name='Download module') + + +@download_timer +def run_download(ena_id, download_paired_type, aspera_key, outdir, download_cram_bam_true, threads, instrument_platform, + sra, sra_opt): + download_dir = os.path.join(outdir, 'download', '') + utils.remove_directory(download_dir) + os.mkdir(download_dir) + + run_successfully = False + downloaded_files = None + sequencing_information = {'run_accession': None, 'instrument_platform': None, 'instrument_model': None, + 'library_layout': None, 'library_source': None, 'extra_run_accession': None, + 'nominal_length': None, 'read_count': None, 'base_count': None, + 'date_download': time.strftime("%Y-%m-%d")} + + read_run_info = get_read_run_info(ena_id) + if read_run_info is not None: + download_information = get_download_information(read_run_info) + download_information = check_correct_links(download_information) + sequencing_information = get_sequencing_information(read_run_info) + + if instrument_platform.lower() == 'all' or \ + (sequencing_information['instrument_platform'] is not None and + sequencing_information['instrument_platform'].lower() == instrument_platform.lower()): + if download_paired_type.lower() == 'both' or \ + (sequencing_information['library_layout'] is not None and + sequencing_information['library_layout'].lower() == download_paired_type.lower()): + run_successfully, cram_index_run_successfully, download_sra = download_files(download_information, + aspera_key, download_dir, + download_cram_bam_true, + sra, sra_opt, ena_id) + if download_sra: + run_successfully = sra_2_fastq(download_dir, ena_id) + if run_successfully: + run_successfully, downloaded_files = get_fastq_files(download_dir, cram_index_run_successfully, + threads, + sequencing_information['library_layout']) + if run_successfully and downloaded_files is not None: + run_successfully, downloaded_files = rename_move_files(downloaded_files, + sequencing_information['run_accession'], + outdir, + sequencing_information['library_layout']) + else: + if sra or sra_opt: + run_successfully, cram_index_run_successfully, download_sra = download_files({'fastq': None, + 'submitted': None, + 'cram_index': None}, + aspera_key, download_dir, + download_cram_bam_true, sra, + sra_opt, ena_id) + if download_sra: + run_successfully = sra_2_fastq(download_dir, ena_id) + if run_successfully: + run_successfully, downloaded_files = get_fastq_files(download_dir, cram_index_run_successfully, threads, + 'paired') + if not run_successfully: + run_successfully, downloaded_files = get_fastq_files(download_dir, cram_index_run_successfully, + threads, 'single') + if run_successfully and downloaded_files is not None: + run_successfully, downloaded_files = rename_move_files(downloaded_files, ena_id, outdir, 'paired') + if not run_successfully: + run_successfully, downloaded_files = rename_move_files(downloaded_files, ena_id, outdir, 'single') + + utils.remove_directory(download_dir) + + return run_successfully, downloaded_files, sequencing_information
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/ReMatCh/modules/mlst_schemas/escherichia_coli#1.fasta Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,87 @@ +>recA +GTGGAAACCATCTCTACCGGTTCGCTTTCACTGGATATCGCGCTTGGGGCAGGTGGTCTGCCGATGGGCCGTATCGTCGA +AATCTACGGACCGGAATCTTCCGGTAAAACCACGCTGACGCTGCAGGTGATCGCCGCAGCGCAGCGTGAAGGTAAAACCT +GTGCGTTTATCGATGCTGAACACGCGCTGGACCCAATCTACGCACGTAAACTGGGCGTCGATATCGACAACCTGCTGTGC +TCCCAGCCGGACACCGGCGAGCAGGCACTGGAAATCTGTGACGCCCTGGCGCGTTCTGGCGCAGTAGACGTTATCGTCGT +TGACTCCGTGGCGGCACTGACGCCGAAAGCGGAAATCGAAGGCGAAATCGGCGACTCTCACATGGGCCTTGCGGCACGTA +TGATGAGCCAGGCGATGCGTAAGCTGGCGGGTAACCTGAAGCAGTCCAACACGCTGCTGATCTTCATCAACCAGATCCGT +ATGAAAATTGGTGTGATGTTCGGTAACCCGGAAACCACTACCGGTGGTAACGCGCTGAAATTCTACGCCTCTGTTCGTCT +CGACATCCGTCGTATCGGCGCGGTGAAAGAGGGCGAAAACGTGGTGGGTAGCGAAACCCGCGTGAAAGTGGTGAAGAACA +AAATCGCTGCGCCGTTTAAACAGGCTGAATTCCAGATCCTCTACGGCGAAGGTATCAACTTCTACGGCGAACTGGTTGAC +CTGGGCGTAAAAGAGAAGCTGATCGAGAAAGCAGGCGCGTGGTACAGCTACAAAGGTGAGAAGATCGGTCAGGGTAAAGC +GAATGCGACTGCCTGGCTGAAAGATAACCCGGAAACCGCGAAAGAGATCGAGAAGAAAGTACGTGAGTTGCTGCTGAGCA +ACCCGAACTCAACGCCGGATTTCTCTGTAG +>purA +TGAAAAAACCGTTCTCCATCTTATTCCATCAGGTATTCTCCGCGAGAATGTAACCAGCATCATCGGTAACGGTGTTGTGC +TGTCTCCGGCCGCGCTGATGAAAGAGATGAAAGAACTGGAAGACCGTGGCATCCCCGTTCGTGAGCGTCTGCTGCTGTCT +GAAGCATGTCCGCTGATCCTTGATTATCACGTTGCGCTGGATAACGCGCGTGAGAAAGCGCGTGGCGCGAAAGCGATCGG +CACCACCGGTCGTGGTATCGGGCCTGCTTATGAAGATAAAGTAGCACGTCGCGGTCTGCGTGTTGGCGACCTTTTCGACA +AAGAAACCTTCGCTGAAAAACTGAAAGAAGTGATGGAATATCACAACTTCCAGTTGGTTAACTACTACAAAGCTGAAGCG +GTTGATTACCAGAAAGTTCTGGATGATACGATGGCTGTTGCCGACATCCTGACTTCTATGGTGGTTGACGTTTCTGACCT +GCTCGACCAGGCGCGTCAGCGTGGCGATTTCGTCATGTTTGAAGGTGCGCAGGGTACGCTGCTGGATATCGACCACGGTA +CTTATCCGTACGTAACTTCTTCCAACACCACTGCTGGTGGCGTGGCGACCGGTTCCGGCCTGGGCCCGCGTTATGTTGAT +TACGTTCTGGGTATCCTCAAAGCTTACTCCACTCGTGTAGGTGCAGGTCCGTTCCCGACCGAACTGTTTGATGAAACTGG +CGAGTTCCTCTGCAAGCAGGGTAACGAATTCGGCGCAACTACGGGGCGTCGTCGTCGTACCGGCTGGCTGGACACCGTTG +CCGTTCGTCGTGCGGTACAGCTGAACTCCCTGTCTGGCTTCTGCCTGACTAAACTGGACGTTCTGGATGGCCTGAAAG +>mdh +GTATTGGCCAGGCGCTTGCACTACTGTTAAAAACCCAACTGCCTTCAGGTTCAGAACTCTCTCTGTATGATATCGCTCCA +GTGACTCCCGGTGTGGCTGTCGATCTGAGCCATATCCCTACTGCTGTGAAAATCAAAGGTTTTTCTGGTGAAGATGCGAC +TCCGGCGCTGGAAGGCGCAGATGTCGTTCTTATCTCTGCAGGCGTAGCGCGTAAACCGGGTATGGATCGTTCCGACCTGT +TTAACGTTAACGCCGGCATCGTGAAAAACCTGGTACAGCAAGTTGCGAAAACCTGCCCGAAAGCGTGCATTGGTATTATC +ACTAACCCGGTTAACACCACAGTTGCAATTGCTGCTGAAGTGCTGAAAAAAGCCGGTGTTTATGACAAAAACAAACTGTT +CGGCGTTACCACGCTGGATATCATTCGTTCCAACACCTTTGTTGCGGAACTGAAAGGCAAACAGCCAGGCGAAGTTGAAG +TGCCGGTTATTGGCGGTCACTCTGGTGTTACCATTCTGCCGCTGCTGTCACAGGTTCCTGGCGTTAGTTTTACCGAGCAG +GAAGTGGCTGATCTGACCAAACGCATCCAGAACGCGGGTACTGAAGTGGTTGAAGCGAAGGCCGGTGGCGGGTCTGCAAC +CCTGTCTATGGGCCAGGCAGCTGCACGTTTTGGTCTGTCTCTGGTTCGTGCACTGCAGGGCGAACAAGGCGTTGTCGAAT +GTGCCTACGTTGAAGGCGACGGTCAGTACGCCCGTTTCTTCTCTCAACCGCTGCTGCTGGGTAAAAACGGCGTGGAAGAG +CGTAAATCTATCGGTACCCTGAGCGCATTTGAACAGAACGCGCTGGAAGGTA +>icd +CATATGCAACGTGGTGGCAGACGAGCAAACCAGTAGCGCTCGAAGGAGAGGTGAATGGAAAGTAAAGTAGTTGTTCCGGC +ACAAGGCAAGAAGATCACCCTGCAAAACGGCAAACTCAACGTTCCTGAAAATCCGATTATCCCTTACATTGAAGGTGATG +GAATCGGTGTAGATGTAACCCCAGCCATGCTGAAAGTGGTCGACGCTGCAGTCGAGAAAGCCTATAAAGGCGAGCGTAAA +ATCTCCTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCT +TGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGGTGGCGGTATTCGCTCTCTGAACG +TTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGTACGTTACTATCAGGGCACTCCAAGCCCGGTTAAA +CACCCTGAACTGACCGATATGGTTATCTTCCGTGAAAACTCGGAAGACATTTATGCGGGTATCGAATGGAAAGCAGACTC +TGCCGACGCCGAGAAAGTGATTAAATTCCTGCGTGAAGAGATGGGGGTGAAGAAAATTCGCTTCCCGGAACATTGTGGTA +TCGGTATTAAGCCGTGTTCGGAAGAAGGCACCAAACGTCTGGTTCGTGCAGCGATCGAATACGCAATTGCTAACGATCGT +GACTCTGTGACTCTGGTGCACAAAGGCAACATCATGAAGTTCACCGAAGGAGCGTTTAAAGACTGGGGCTACCAGCTGGC +GCGTGAAGAGTTTGGCGGTGAACTGATCGACGGTGGCCCGTGGCTGAAAGTTAAAAACCCGAACACTGGCAAAGAGATCG +TCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAG +>gyrB +CTATCGACGAAGCGCTCGCGGGTCACTGTAAAGAAATTATCGTCACCATTCACGCCGATAACTCTGTCTCTGTACAGGAT +GACGGGCGCGGCATTCCGACCGGTATTCACCCGGAAGAGGGCGTATCGGCGGCGGAAGTGATCATGACCGTTCTGCACGC +AGGCGGTAAATTTGACGATAACTCCTATAAAGTGTCCGGCGGTCTGCACGGCGTTGGTGTTTCGGTAGTAAACGCCCTGT +CGCAAAAACTGGAGCTGGTTATCCAGCGCGAGGGTAAAATTCACCGTCAGATCTACGAACACGGTGTACCGCAGGCCCCG +CTGGCGGTTACCGGCGAGACTGAAAAAACCGGCACCATGGTGCGTTTCTGGCCCAGCCTCGAAACCTTCACCAATGTGAC +CGAGTTCGAATATGAAATTCTGGCGAAACGTCTGCGTGAGTTGTCGTTCCTCAACTCCGGCGTTTCCATTCGTCTGCGCG +ACAAGCGCGACGGCAAAGAAGACCACTTCCACTATGAAGGCGGCATCAAGGCGTTCGTTGAATATCTGAACAAGAACAAA +ACGCCGATCCACCCGAATATCTTCTACTTCTCCACTGAAAAAGACGGTATTGGCGTCGAAGTGGCGTTGCAGTGGAACGA +TGGCTTCCAGGAAAACATCTACTGCTTTACCAACAACATTCCGCAGCGTGACGGCGGTACTCACCTGGCAGGCTTCCGTG +CGGCGATGACCCGTACCCTGAACGCCTACATGGACAAAGAAGGCTACAGCAAAAAAGCCAAAGTCAGCGCCACCGGTGAC +GATGCGCGTGAAGGCCTGATTGCGGTCGTTTCCGTGAAAGTGCCGGACCCGAAATTCTCC +>fumC +AGTACGCAGCGAAAAAGATTCGATGGGGGCGATTGATGTCCCGGCAGATAAGCTGTGGGGCGCACAAACTCAACGCTCGC +TGGAGCATTTCCGCATTTCGACGGAGAAAATGCCCACCTCACTGATTCATGCGCTGGCGCTAACCAAGCGTGCAGCGGCA +AAAGTTAATGAAGATTTAGGCTTGTTGTCTGAAGAGAAAGCGAGCGCCATTCGTCAGGCGGCGGATGAAGTACTGGCAGG +ACAGCATGACGACGAATTCCCGCTGGCTATCTGGCAGACCGGCTCCGGCACGCAAAGTAACATGAACATGAACGAAGTGC +TGGCTAACCGGGCCAGTGAATTACTCGGCGGTGTGCGCGGGATGGAACGTAAAGTTCACCCTAACGACGACGTGAACAAA +AGCCAAAGTTCCAACGATGTCTTTCCGACGGCGATGCACGTTGCGGCGCTGCTGGCGCTGCGCAAGCAACTCATTCCTCA +GCTTAAAACCCTGACACAGACACTGAATGAGAAATCCCGTGCTTTTGCCGATATCGTCAAAATTGGTCGTACTCACTTGC +AGGATGCCACGCCGTTAACGCTGGGGCAGGAGATTTCCGGCTGGGTAGCGATGCTCGAGCATAATCTCAAACATATCGAA +TACAGCCTGCCTCACGTAGCGGAACTGGCTCTTGGCGGTACAGCGGTGGGTACTGGACTAAATACCCATCCGGAGTATGC +GCGTCGCGTAGCAGATGAACTGGCAGTCATTACCTGTGCACCGTTTGTTACCGCGCCGAACAAATTTGAAGCGCTGGCGA +CCTGTGATGCCCTGGTTCAGGCGCACGGCGCGTTGAAAGGGTTGGCTGCGTCACTGATGAAAATCGCCA +>adk +TGACCTTCGTGTCATCCGGCATTTTTCTTTTCATCATCTGCACTTTCCGCAAATTATCTCGCCATTAACCGTTTCAGCCC +CAGGTGCCTTTCTTGAGGCAATCGCCTGTTGGTGGTATCGTTTATCGCTTTTTCAAAAAATTCGACACATTTTAAGGGGA +TTTTCGCAATGCGTATCATTCTGCTTGGCGCTCCGGGCGCGGGGAAAGGGACTCAGGCTCAGTTCATCATGGAGAAATAT +GGTATTCCGCAAATCTCCACTGGCGATATGCTGCGTGCTGCGGTCAAATCTGGCTCCGAGCTGGGTAAACAAGCAAAAGA +CATTATGGATGCTGGCAAACTGGTCACCGACGAACTGGTGATCGCGCTGGTTAAAGAGCGCATTGCTCAGGAAGACTGCC +GTAATGGTTTCCTGTTGGACGGCTTCCCGCGTACCATTCCGCAGGCAGACGCGATGAAAGAAGCGGGCATCAATGTTGAT +TACGTTCTGGAATTCGACGTACCGGACGAACTGATCGTTGACCGTATCGTCGGTCGCCGCGTTCATGCGCCGTCTGGTCG +TGTTTATCACGTTAAATTCAATCCGCCGAAAGTAGAAGGCAAAGACGACGTTACCGGTGAAGAACTGACTACCCGTAAAG +ATGATCAGGAAGAGACCGTACGTAAACGTCTGGTTGAATACCATCAGATGACAGCACCGCTGATCGGCTACTACTCCAAA +GAAGCAGAAGCGGGTAATACCAAATACGCGAAAGTTGACGGCACCAAGCCGGTTGCTGAAGTTCGCGCTGATCTGGAAAA +AATCCTCGGCTAATTCGAAAGCGCGCACGGACAGTCCCCTCGCCCCCTCGGGGAGAGGGTTAGGGTGAGGGGAACAGGCC +CGCACAAGCAAACTTATCAGCAATCTCAGGCCGGATATTCATTCGGCCTTTTACAA
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/ReMatCh/modules/rematch_module.py Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,1255 @@ +import os.path +import multiprocessing +import functools +import sys +import pickle + +# https://chrisyeh96.github.io/2017/08/08/definitive-guide-python-imports.html#case-2-syspath-could-change +sys.path.insert(0, os.path.dirname(os.path.realpath(__file__))) +import utils + + +def index_fasta_samtools(fasta, region_none, region_outfile_none, print_comand_true): + command = ['samtools', 'faidx', fasta, '', '', ''] + shell_true = False + if region_none is not None: + command[3] = region_none + if region_outfile_none is not None: + command[4] = '>' + command[5] = region_outfile_none + shell_true = True + run_successfully, stdout, stderr = utils.run_command_popen_communicate(command, shell_true, None, print_comand_true) + return run_successfully, stdout + + +# Indexing reference file using Bowtie2 +def index_sequence_bowtie2(reference_file, threads): + if os.path.isfile(str(reference_file + '.1.bt2')): + run_successfully = True + else: + command = ['bowtie2-build', '--threads', str(threads), reference_file, reference_file] + run_successfully, stdout, stderr = utils.run_command_popen_communicate(command, False, None, True) + return run_successfully + + +# Mapping with Bowtie2 +def mapping_bowtie2(fastq_files, reference_file, threads, outdir, num_map_loc, + bowtie_algorithm='--very-sensitive-local', bowtie_opt=None): + sam_file = os.path.join(outdir, str('alignment.sam')) + + # Index reference file + run_successfully = index_sequence_bowtie2(reference_file, threads) + + if run_successfully: + command = ['bowtie2', '', '', '-q', bowtie_algorithm, '--threads', str(threads), '-x', + reference_file, '', '--no-unal', '', '-S', sam_file] + + if num_map_loc is not None and num_map_loc > 1: + command[1] = '-k' + command[2] = str(num_map_loc) + + if len(fastq_files) == 1: + command[9] = '-U ' + fastq_files[0] + elif len(fastq_files) == 2: + command[9] = '-1 ' + fastq_files[0] + ' -2 ' + fastq_files[1] + else: + return False, None + + if bowtie_opt is not None: + command[11] = bowtie_opt + + run_successfully, stdout, stderr = utils.run_command_popen_communicate(command, False, None, True) + + if not run_successfully: + sam_file = None + + return run_successfully, sam_file + + +def split_cigar(cigar): + cigars = ['M', 'I', 'D', 'N', 'S', 'H', 'P', '=', 'X'] + + splited_cigars = [] + numbers = '' + for char in cigar: + if char not in cigars: + numbers += char + else: + splited_cigars.append([int(numbers), char]) + numbers = '' + + return splited_cigars + + +def recode_cigar_based_on_base_quality(cigar, bases_quality, soft_clip_base_quality, mapping_position, + direct_strand_true, soft_clip_cigar_flag_recode): + cigar = split_cigar(cigar) + soft_left = [] + soft_right = [] + cigar_flags_for_reads_length = ('M', 'I', 'S', '=', 'X') + read_length_without_right_s = sum([cigar_part[0] for cigar_part in cigar if + cigar_part[1] in cigar_flags_for_reads_length]) - \ + (cigar[len(cigar) - 1][0] if cigar[len(cigar) - 1][1] == 'S' else 0) + for x, base in enumerate(bases_quality): + if ord(base) - 33 >= soft_clip_base_quality: + if x <= cigar[0][0] - 1: + if cigar[0][1] == 'S': + soft_left.append(x) + elif x > read_length_without_right_s - 1: + if cigar[len(cigar) - 1][1] == 'S': + soft_right.append(x) + + left_changed = (False, 0) + if len(soft_left) > 0: + soft_left = min(soft_left) + 1 + if soft_left == 1: + cigar = [[cigar[0][0], soft_clip_cigar_flag_recode]] + cigar[1:] + left_changed = (True, cigar[0][0]) + elif cigar[0][0] - soft_left > 0: + cigar = [[soft_left, 'S']] + [[cigar[0][0] - soft_left, soft_clip_cigar_flag_recode]] + cigar[1:] + left_changed = (True, cigar[0][0] - soft_left) + + right_changed = (False, 0) + if len(soft_right) > 0: + soft_right = max(soft_right) + 1 + cigar = cigar[:-1] + if soft_right - read_length_without_right_s > 0: + cigar.append([soft_right - read_length_without_right_s, soft_clip_cigar_flag_recode]) + right_changed = (True, soft_right - read_length_without_right_s) + if len(bases_quality) - soft_right > 0: + cigar.append([len(bases_quality) - soft_right, 'S']) + + if left_changed[0]: + # if direct_strand_true: + mapping_position = mapping_position - left_changed[1] + # if right_changed[0]: + # if not direct_strand_true: + # mapping_position = mapping_position + right_changed[1] + + return ''.join([str(cigar_part[0]) + cigar_part[1] for cigar_part in cigar]), str(mapping_position) + + +def verify_is_forward_read(sam_flag_bit): + # 64 = 1000000 + forward_read = False + bit = format(sam_flag_bit, 'b').zfill(7) + if bit[-7] == '1': + forward_read = True + return forward_read + + +def verify_mapped_direct_strand(sam_flag_bit): + # 16 = 10000 -> mapped in reverse strand + direct_strand = False + bit = format(sam_flag_bit, 'b').zfill(5) + if bit[-5] == '0': + direct_strand = True + return direct_strand + + +def verify_mapped_tip(reference_length, mapping_position, cigar): + tip = False + if 'S' in cigar: + cigar = split_cigar(cigar) + if cigar[0][1] == 'S': + if mapping_position - cigar[0][0] < 0: + tip = True + if cigar[len(cigar) - 1][1] == 'S': + if mapping_position + cigar[len(cigar) - 1][0] > reference_length: + tip = True + return tip + + +def change_sam_flag_bit_mapped_reverse_strand_2_direct_strand(sam_flag_bit): + bit = list(format(sam_flag_bit, 'b').zfill(5)) + bit[-5] = '0' + return int(''.join(bit), 2) + + +def change_sam_flag_bit_mate_reverse_strand_2_direct_strand(sam_flag_bit): + bit = list(format(sam_flag_bit, 'b').zfill(6)) + bit[-6] = '0' + return int(''.join(bit), 2) + + +def move_read_mapped_reverse_strand_2_direct_strand(seq, bases_quality, sam_flag_bit, cigar): + seq = utils.reverse_complement(seq) + bases_quality = ''.join(reversed(list(bases_quality))) + sam_flag_bit = change_sam_flag_bit_mapped_reverse_strand_2_direct_strand(sam_flag_bit) + cigar = ''.join([str(cigar_part[0]) + cigar_part[1] for cigar_part in reversed(split_cigar(cigar))]) + return seq, bases_quality, str(sam_flag_bit), cigar + + +@utils.trace_unhandled_exceptions +def parallelized_recode_soft_clipping(line_collection, pickle_file, soft_clip_base_quality, sequences_length, + soft_clip_cigar_flag_recode): + lines_sam = [] + for line in line_collection: + line = line.rstrip('\r\n') + if len(line) > 0: + if line.startswith('@'): + lines_sam.append(line) + else: + line = line.split('\t') + if not verify_mapped_tip(sequences_length[line[2]], int(line[3]), line[5]): + line[5], line[3] = recode_cigar_based_on_base_quality(line[5], line[10], soft_clip_base_quality, + int(line[3]), + verify_mapped_direct_strand(int(line[1])), + soft_clip_cigar_flag_recode) + lines_sam.append('\t'.join(line)) + with open(pickle_file, 'wb') as writer: + pickle.dump(lines_sam, writer) + + +def recode_soft_clipping_from_sam(sam_file, outdir, threads, soft_clip_base_quality, reference_dict, + soft_clip_cigar_flag_recode): + pickle_files = [] + sequences_length = {} + for x, seq_info in list(reference_dict.items()): + sequences_length[seq_info['header']] = seq_info['length'] + + with open(sam_file, 'rtU') as reader: + pool = multiprocessing.Pool(processes=threads) + line_collection = [] + x = 0 + for x, line in enumerate(reader): + line_collection.append(line) + if x % 10000 == 0: + pickle_file = os.path.join(outdir, 'remove_soft_clipping.' + str(x) + '.pkl') + pickle_files.append(pickle_file) + pool.apply_async(parallelized_recode_soft_clipping, args=(line_collection, pickle_file, + soft_clip_base_quality, sequences_length, + soft_clip_cigar_flag_recode,)) + line_collection = [] + if len(line_collection) > 0: + pickle_file = os.path.join(outdir, 'remove_soft_clipping.' + str(x) + '.pkl') + pickle_files.append(pickle_file) + pool.apply_async(parallelized_recode_soft_clipping, args=(line_collection, pickle_file, + soft_clip_base_quality, sequences_length, + soft_clip_cigar_flag_recode,)) + pool.close() + pool.join() + + os.remove(sam_file) + + new_sam_file = os.path.join(outdir, 'alignment_with_soft_clipping_recoded.sam') + with open(new_sam_file, 'wt') as writer: + for pickle_file in pickle_files: + if os.path.isfile(pickle_file): + lines_sam = None + with open(pickle_file, 'rb') as reader: + lines_sam = pickle.load(reader) + if lines_sam is not None: + for line in lines_sam: + writer.write(line + '\n') + os.remove(pickle_file) + + return new_sam_file + + +# Sort alignment file +def sort_alignment(alignment_file, output_file, sort_by_name_true, threads): + out_format_string = os.path.splitext(output_file)[1][1:].lower() + command = ['samtools', 'sort', '-o', output_file, '-O', out_format_string, '', '-@', str(threads), alignment_file] + if sort_by_name_true: + command[6] = '-n' + run_successfully, stdout, stderr = utils.run_command_popen_communicate(command, False, None, True) + if not run_successfully: + output_file = None + return run_successfully, output_file + + +# Index alignment file +def index_alignment(alignment_file): + command = ['samtools', 'index', alignment_file] + run_successfully, stdout, stderr = utils.run_command_popen_communicate(command, False, None, True) + return run_successfully + + +def mapping_reads(fastq_files, reference_file, threads, outdir, num_map_loc, rematch_run, + soft_clip_base_quality, soft_clip_recode_run, reference_dict, soft_clip_cigar_flag_recode, + bowtie_algorithm, bowtie_opt, clean_run=True): + # Create a symbolic link to the reference_file + if clean_run: + reference_link = os.path.join(outdir, os.path.basename(reference_file)) + if os.path.islink(reference_link): + os.unlink(reference_link) + os.symlink(reference_file, reference_link) + reference_file = reference_link + + bam_file = None + # Mapping reads using Bowtie2 + run_successfully, sam_file = mapping_bowtie2(fastq_files=fastq_files, reference_file=reference_file, + threads=threads, outdir=outdir, num_map_loc=num_map_loc, + bowtie_algorithm=bowtie_algorithm, bowtie_opt=bowtie_opt) + + if run_successfully: + # Remove soft clipping + if rematch_run == soft_clip_recode_run or soft_clip_recode_run == 'both': + print('Recoding soft clipped regions') + sam_file = recode_soft_clipping_from_sam(sam_file, outdir, threads, soft_clip_base_quality, reference_dict, + soft_clip_cigar_flag_recode) + + # Convert sam to bam and sort bam + run_successfully, bam_file = sort_alignment(sam_file, str(os.path.splitext(sam_file)[0] + '.bam'), False, + threads) + + if run_successfully: + os.remove(sam_file) + # Index bam + run_successfully = index_alignment(bam_file) + + return run_successfully, bam_file, reference_file + + +def create_vcf(bam_file, sequence_to_analyse, outdir, counter, reference_file): + gene_vcf = os.path.join(outdir, 'samtools_mpileup.sequence_' + str(counter) + '.vcf') + + command = ['samtools', 'mpileup', '--count-orphans', '--no-BAQ', '--min-BQ', '0', '--min-MQ', str(7), '--fasta-ref', + reference_file, '--region', sequence_to_analyse, '--output', gene_vcf, '--VCF', '--uncompressed', + '--output-tags', 'INFO/AD,AD,DP', bam_file] + + run_successfully, stdout, stderr = utils.run_command_popen_communicate(command, False, None, False) + if not run_successfully: + gene_vcf = None + return run_successfully, gene_vcf + + +# Read vcf file +class Vcf: + def __init__(self, vcf_file, encoding=None, newline=None): + try: + self.vcf = open(vcf_file, 'rt', encoding=encoding, newline=newline) + except TypeError: + self.vcf = open(vcf_file, 'rt') + self.line_read = self.vcf.readline() + self.contigs_info_dict = {} + while self.line_read.startswith('#'): + if self.line_read.startswith('##contig=<ID='): + seq = self.line_read.split('=')[2].split(',')[0] + seq_len = self.line_read.split('=')[3].split('>')[0] + self.contigs_info_dict[seq] = int(seq_len) + self.line_read = self.vcf.readline() + self.line = self.line_read + + def readline(self): + line_stored = self.line + self.line = self.vcf.readline() + return line_stored + + def close(self): + self.vcf.close() + + def get_contig_legth(self, contig): + return self.contigs_info_dict[contig] + + +def get_variants(gene_vcf, seq_name, encoding=None, newline=None): + variants = {} + + vfc_file = Vcf(vcf_file=gene_vcf, encoding=encoding, newline=newline) + line = vfc_file.readline() + counter = 1 + while len(line) > 0: + fields = line.rstrip('\r\n').split('\t') + if len(fields) > 0: + fields[1] = int(fields[1]) + + info_field = {} + try: + for i in fields[7].split(';'): + i = i.split('=') + if len(i) > 1: + info_field[i[0]] = i[1] + else: + info_field[i[0]] = None + except IndexError: + if counter > vfc_file.get_contig_legth(contig=seq_name): + break + else: + raise IndexError + + format_field = {} + format_field_name = fields[8].split(':') + format_data = fields[9].split(':') + + for i in range(0, len(format_data)): + format_field[format_field_name[i]] = format_data[i].split(',') + + fields_to_store = {'REF': fields[3], 'ALT': fields[4].split(','), 'info': info_field, + 'format': format_field} + if fields[1] in variants: + variants[fields[1]][len(variants[fields[1]])] = fields_to_store + else: + variants[fields[1]] = {0: fields_to_store} + + try: + line = vfc_file.readline() + except UnicodeDecodeError: + if counter + 1 > vfc_file.get_contig_legth(contig=seq_name): + break + else: + raise UnicodeDecodeError + + counter += 1 + vfc_file.close() + + return variants + + +def indel_entry(variant_position): + entry_with_indel = [] + entry_with_snp = None + for i in variant_position: + keys = list(variant_position[i]['info'].keys()) + if 'INDEL' in keys: + entry_with_indel.append(i) + else: + entry_with_snp = i + + return entry_with_indel, entry_with_snp + + +def get_alt_no_matter(variant_position, indel_true): + dp = sum(map(int, variant_position['format']['AD'])) + index_alleles_sorted_position = sorted(zip(list(map(int, variant_position['format']['AD'])), + list(range(0, len(variant_position['format']['AD'])))), + reverse=True) + index_dominant_allele = None + if not indel_true: + ad_idv = index_alleles_sorted_position[0][0] + + if len([x for x in index_alleles_sorted_position if x[0] == ad_idv]) > 1: + index_alleles_sorted_position = sorted([x for x in index_alleles_sorted_position if x[0] == ad_idv]) + + index_dominant_allele = index_alleles_sorted_position[0][1] + if index_dominant_allele == 0: + alt = '.' + else: + alt = variant_position['ALT'][index_dominant_allele - 1] + + else: + ad_idv = int(variant_position['info']['IDV']) + + if float(ad_idv) / float(dp) >= 0.5: + if len([x for x in index_alleles_sorted_position if x[0] == index_alleles_sorted_position[0][0]]) > 1: + index_alleles_sorted_position = sorted([x for x in index_alleles_sorted_position if + x[0] == index_alleles_sorted_position[0][0]]) + + index_dominant_allele = index_alleles_sorted_position[0][1] + if index_dominant_allele == 0: + alt = '.' + else: + alt = variant_position['ALT'][index_dominant_allele - 1] + else: + ad_idv = int(variant_position['format']['AD'][0]) + alt = '.' + + return alt, dp, ad_idv, index_dominant_allele + + +def count_number_diferences(ref, alt): + number_diferences = 0 + + if len(ref) != len(alt): + number_diferences += 1 + + for i in range(0, min(len(ref), len(alt))): + if alt[i] != 'N' and ref[i] != alt[i]: + number_diferences += 1 + + return number_diferences + + +def get_alt_correct(variant_position, alt_no_matter, dp, ad_idv, index_dominant_allele, minimum_depth_presence, + minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele): + alt = None + low_coverage = False + multiple_alleles = False + + if dp >= minimum_depth_presence: + if dp < minimum_depth_call: + alt = 'N' * len(variant_position['REF']) + low_coverage = True + else: + if ad_idv < minimum_depth_call: + alt = 'N' * len(variant_position['REF']) + low_coverage = True + if float(ad_idv) / float(dp) < minimum_depth_frequency_dominant_allele: + multiple_alleles = True + else: + if float(ad_idv) / float(dp) < minimum_depth_frequency_dominant_allele: + alt = 'N' * len(variant_position['REF']) + if index_dominant_allele is not None: + variants_coverage = [int(variant_position['format']['AD'][i]) for i in + range(0, len(variant_position['ALT']) + 1) if i != index_dominant_allele] + if sum(variants_coverage) > 0: + if float(max(variants_coverage)) / float(sum(variants_coverage)) > 0.5: + multiple_alleles = True + elif float(max(variants_coverage)) / float(sum(variants_coverage)) == 0.5 and \ + len(variants_coverage) > 2: + multiple_alleles = True + else: + multiple_alleles = True + else: + alt = alt_no_matter + else: + low_coverage = True + + return alt, low_coverage, multiple_alleles + + +def get_alt_alignment(ref, alt): + if alt is None: + alt = 'N' * len(ref) + else: + if len(ref) != len(alt): + if len(alt) < len(ref): + if alt == '.': + alt = ref + alt += 'N' * (len(ref) - len(alt)) + else: + if alt[:len(ref)] == ref: + alt = '.' + else: + alt = alt[:len(ref)] + + return alt + + +def get_indel_more_likely(variant_position, indels_entry): + indel_coverage = {} + for i in indels_entry: + indel_coverage[i] = int(variant_position['info']['IDV']) + return indel_coverage.index(str(max(indel_coverage.values()))) + + +def determine_variant(variant_position, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, + minimum_depth_frequency_dominant_allele, indel_true): + alt_no_matter, dp, ad_idv, index_dominant_allele = get_alt_no_matter(variant_position, indel_true) + + alt_correct, low_coverage, multiple_alleles = get_alt_correct(variant_position, alt_no_matter, dp, ad_idv, + index_dominant_allele, minimum_depth_presence, + minimum_depth_call, + minimum_depth_frequency_dominant_allele) + + alt_alignment = get_alt_alignment(variant_position['REF'], alt_correct) + + return variant_position['REF'], alt_correct, low_coverage, multiple_alleles, alt_no_matter, alt_alignment + + +def confirm_nucleotides_indel(ref, alt, variants, position_start_indel, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, + minimum_depth_frequency_dominant_allele, alignment_true): + alt = list(alt) + + for i in range(0, len(alt) - 1): + if len(alt) < len(ref): + new_position = position_start_indel + len(alt) - i - 1 + alt_position = len(alt) - i - 1 + else: + if i + 1 > len(ref): + break + new_position = position_start_indel + 1 + i + alt_position = 1 + i + + if alt[alt_position] != 'N': + if new_position not in variants: + if alignment_true: + alt[alt_position] = 'N' + else: + alt = alt[: alt_position] + break + + entry_with_indel, entry_with_snp = indel_entry(variants[new_position]) + new_ref, alt_correct, low_coverage, multiple_alleles, alt_no_matter, alt_alignment = \ + determine_variant(variants[new_position][entry_with_snp], minimum_depth_presence, minimum_depth_call, + minimum_depth_frequency_dominant_allele, False) + if alt_no_matter != '.' and alt[alt_position] != alt_no_matter: + alt[alt_position] = alt_no_matter + + return ''.join(alt) + + +def snp_indel(variants, position, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele): + entry_with_indel, entry_with_snp = indel_entry(variants[position]) + + if len(entry_with_indel) == 0: + ref, alt_correct, low_coverage, multiple_alleles, alt_no_matter, alt_alignment = \ + determine_variant(variants[position][entry_with_snp], minimum_depth_presence, minimum_depth_call, + minimum_depth_frequency_dominant_allele, False) + else: + ref_snp, alt_correct_snp, low_coverage_snp, multiple_alleles_snp, alt_no_matter_snp, alt_alignment_snp = \ + determine_variant(variants[position][entry_with_snp], minimum_depth_presence, minimum_depth_call, + minimum_depth_frequency_dominant_allele, False) + + indel_more_likely = entry_with_indel[0] + if len(entry_with_indel) > 1: + indel_more_likely = get_indel_more_likely(variants[position], entry_with_indel) + + ref, alt_correct, low_coverage, multiple_alleles, alt_no_matter, alt_alignment = \ + determine_variant(variants[position][indel_more_likely], minimum_depth_presence, minimum_depth_call, + minimum_depth_frequency_dominant_allele, True) + + if alt_no_matter == '.': + ref, alt_correct, low_coverage, multiple_alleles, alt_no_matter, alt_alignment = \ + ref_snp, alt_correct_snp, low_coverage_snp, multiple_alleles_snp, alt_no_matter_snp, alt_alignment_snp + else: + if alt_correct is None and alt_correct_snp is not None: + alt_correct = alt_correct_snp + elif alt_correct is not None and alt_correct_snp is not None: + if alt_correct_snp != '.' and alt_correct[0] != alt_correct_snp: + alt_correct = alt_correct_snp + alt_correct[1:] if len(alt_correct) > 1 else alt_correct_snp + if alt_no_matter_snp != '.' and alt_no_matter[0] != alt_no_matter_snp: + alt_no_matter = alt_no_matter_snp + alt_no_matter[1:] if len(alt_no_matter) > 1 else alt_no_matter_snp + if alt_alignment_snp != '.' and alt_alignment[0] != alt_alignment_snp: + alt_alignment = alt_alignment_snp + alt_alignment[1:] if len(alt_alignment) > 1 else alt_alignment_snp + + # if alt_no_matter != '.': + # alt_no_matter = confirm_nucleotides_indel(ref, alt_no_matter, variants, position, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, False) + # if alt_correct is not None and alt_correct != '.': + # alt_correct = confirm_nucleotides_indel(ref, alt_correct, variants, position, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, False) + # if alt_alignment != '.': + # alt_alignment = confirm_nucleotides_indel(ref, alt_alignment, variants, position, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, True) + + return ref, alt_correct, low_coverage, multiple_alleles, alt_no_matter, alt_alignment + + +def get_true_variants(variants, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, + sequence): + variants_correct = {} + variants_no_matter = {} + variants_alignment = {} + + correct_absent_positions = {} + correct_last_absent_position = '' + + no_matter_absent_positions = {} + no_matter_last_absent_position = '' + + multiple_alleles_found = [] + + counter = 1 + while counter <= len(sequence): + if counter in variants: + no_matter_last_absent_position = '' + + ref, alt_correct, low_coverage, multiple_alleles, alt_no_matter, alt_alignment = \ + snp_indel(variants, counter, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, + minimum_depth_frequency_dominant_allele) + + if alt_alignment != '.': + variants_alignment[counter] = {'REF': ref, 'ALT': alt_alignment} + + if alt_no_matter != '.': + variants_no_matter[counter] = {'REF': ref, 'ALT': alt_no_matter} + + if alt_correct is None: + if counter - len(correct_last_absent_position) in correct_absent_positions: + correct_absent_positions[counter - len(correct_last_absent_position)]['REF'] += ref + else: + correct_absent_positions[counter] = {'REF': ref, 'ALT': ''} + correct_last_absent_position += ref + else: + if alt_correct != '.': + if len(alt_correct) < len(ref): + if len(alt_correct) == 1: + correct_absent_positions[counter + 1] = {'REF': ref[1:], 'ALT': ''} + else: + correct_absent_positions[counter + 1] = {'REF': ref[1:], 'ALT': alt_correct[1:]} + + correct_last_absent_position = ref[1:] + else: + variants_correct[counter] = {'REF': ref, 'ALT': alt_correct} + correct_last_absent_position = '' + else: + correct_last_absent_position = '' + + if multiple_alleles: + multiple_alleles_found.append(counter) + + counter += len(ref) + else: + variants_alignment[counter] = {'REF': sequence[counter - 1], 'ALT': 'N'} + + if counter - len(correct_last_absent_position) in correct_absent_positions: + correct_absent_positions[counter - len(correct_last_absent_position)]['REF'] += sequence[counter - 1] + else: + correct_absent_positions[counter] = {'REF': sequence[counter - 1], 'ALT': ''} + correct_last_absent_position += sequence[counter - 1] + + if counter - len(no_matter_last_absent_position) in no_matter_absent_positions: + no_matter_absent_positions[counter - len(no_matter_last_absent_position)]['REF'] += \ + sequence[counter - 1] + else: + no_matter_absent_positions[counter] = {'REF': sequence[counter - 1], 'ALT': ''} + no_matter_last_absent_position += sequence[counter - 1] + + counter += 1 + + for position in correct_absent_positions: + if position == 1: + variants_correct[position] = {'REF': correct_absent_positions[position]['REF'], 'ALT': 'N'} + else: + if position - 1 not in variants_correct: + variants_correct[position - 1] = \ + {'REF': sequence[position - 2] + correct_absent_positions[position]['REF'], + 'ALT': sequence[position - 2] + correct_absent_positions[position]['ALT']} + else: + variants_correct[position - 1] = \ + {'REF': variants_correct[position - 1]['REF'] + + correct_absent_positions[position]['REF'][len(variants_correct[position - 1]['REF']) - 1:], + 'ALT': variants_correct[position - 1]['ALT'] + + correct_absent_positions[position]['ALT'][len(variants_correct[position - 1]['ALT']) - 1 if + len(variants_correct[position - 1]['ALT']) > 0 + else 0:]} + + for position in no_matter_absent_positions: + if position == 1: + variants_no_matter[position] = {'REF': no_matter_absent_positions[position]['REF'], 'ALT': 'N'} + else: + if position - 1 not in variants_no_matter: + variants_no_matter[position - 1] = \ + {'REF': sequence[position - 2] + no_matter_absent_positions[position]['REF'], + 'ALT': sequence[position - 2] + no_matter_absent_positions[position]['ALT']} + else: + variants_no_matter[position - 1] = \ + {'REF': variants_no_matter[position - 1]['REF'] + + no_matter_absent_positions[position]['REF'][len(variants_no_matter[position - 1]['REF']) - + 1:], + 'ALT': variants_no_matter[position - 1]['ALT'] + + no_matter_absent_positions[position]['ALT'][len(variants_no_matter[position - 1]['ALT']) - + 1 if + len(variants_no_matter[position - 1]['ALT']) > 0 + else 0:]} + + return variants_correct, variants_no_matter, variants_alignment, multiple_alleles_found + + +def clean_variant_in_extra_seq_left(variant_dict, position, length_extra_seq, multiple_alleles_found, + number_multi_alleles): + number_diferences = 0 + + if position + len(variant_dict[position]['REF']) - 1 > length_extra_seq: + if multiple_alleles_found is not None and position in multiple_alleles_found: + number_multi_alleles += 1 + + temp_variant = variant_dict[position] + del variant_dict[position] + variant_dict[length_extra_seq] = {} + variant_dict[length_extra_seq]['REF'] = temp_variant['REF'][length_extra_seq - position:] + variant_dict[length_extra_seq]['ALT'] = temp_variant['ALT'][length_extra_seq - position:] if \ + len(temp_variant['ALT']) > length_extra_seq - position else \ + temp_variant['REF'][length_extra_seq - position] + number_diferences = count_number_diferences(variant_dict[length_extra_seq]['REF'], + variant_dict[length_extra_seq]['ALT']) + else: + del variant_dict[position] + + return variant_dict, number_multi_alleles, number_diferences + + +def clean_variant_in_extra_seq_rigth(variant_dict, position, sequence_length, length_extra_seq): + if position + len(variant_dict[position]['REF']) - 1 > sequence_length - length_extra_seq: + variant_dict[position]['REF'] = \ + variant_dict[position]['REF'][: - (position - (sequence_length - length_extra_seq)) + 1] + variant_dict[position]['ALT'] = \ + variant_dict[position]['ALT'][: - (position - (sequence_length - length_extra_seq)) + 1] if \ + len(variant_dict[position]['ALT']) >= - (position - (sequence_length - length_extra_seq)) + 1 else \ + variant_dict[position]['ALT'] + + number_diferences = count_number_diferences(variant_dict[position]['REF'], variant_dict[position]['ALT']) + + return variant_dict, number_diferences + + +def cleanning_variants_extra_seq(variants_correct, variants_no_matter, variants_alignment, multiple_alleles_found, + length_extra_seq, sequence_length): + number_multi_alleles = 0 + number_diferences = 0 + + counter = 1 + while counter <= sequence_length: + if counter <= length_extra_seq: + if counter in variants_correct: + variants_correct, number_multi_alleles, number_diferences = \ + clean_variant_in_extra_seq_left(variants_correct, counter, length_extra_seq, multiple_alleles_found, + number_multi_alleles) + if counter in variants_no_matter: + variants_no_matter, ignore, ignore = \ + clean_variant_in_extra_seq_left(variants_no_matter, counter, length_extra_seq, None, None) + if counter in variants_alignment: + variants_alignment, ignore, ignore = \ + clean_variant_in_extra_seq_left(variants_alignment, counter, length_extra_seq, None, None) + elif sequence_length - length_extra_seq >= counter > length_extra_seq: + if counter in variants_correct: + if counter in multiple_alleles_found: + number_multi_alleles += 1 + variants_correct, number_diferences_found = \ + clean_variant_in_extra_seq_rigth(variants_correct, counter, sequence_length, length_extra_seq) + number_diferences += number_diferences_found + if counter in variants_no_matter: + variants_no_matter, ignore = \ + clean_variant_in_extra_seq_rigth(variants_no_matter, counter, sequence_length, length_extra_seq) + if counter in variants_alignment: + variants_alignment, ignore = \ + clean_variant_in_extra_seq_rigth(variants_alignment, counter, sequence_length, length_extra_seq) + else: + if counter in variants_correct: + del variants_correct[counter] + if counter in variants_no_matter: + del variants_no_matter[counter] + if counter in variants_alignment: + del variants_alignment[counter] + + counter += 1 + + return variants_correct, variants_no_matter, variants_alignment, number_multi_alleles, number_diferences + + +def get_coverage(gene_coverage): + coverage = {} + + with open(gene_coverage, 'rtU') as reader: + for line in reader: + line = line.rstrip('\r\n') + if len(line) > 0: + line = line.split('\t') + coverage[int(line[1])] = int(line[2]) + + return coverage + + +def get_coverage_report(coverage, sequence_length, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, length_extra_seq): + if len(coverage) == 0: + return sequence_length - 2 * length_extra_seq, 100.0, 0.0 + + count_absent = 0 + count_low_coverage = 0 + sum_coverage = 0 + + counter = 1 + while counter <= sequence_length: + if sequence_length - length_extra_seq >= counter > length_extra_seq: + if coverage[counter] < minimum_depth_presence: + count_absent += 1 + else: + if coverage[counter] < minimum_depth_call: + count_low_coverage += 1 + sum_coverage += coverage[counter] + counter += 1 + + mean_coverage = 0 + percentage_low_coverage = 0 + if sequence_length - 2 * length_extra_seq - count_absent > 0: + mean_coverage = float(sum_coverage) / float(sequence_length - 2 * length_extra_seq - count_absent) + percentage_low_coverage = \ + float(count_low_coverage) / float(sequence_length - 2 * length_extra_seq - count_absent) * 100 + + return count_absent, percentage_low_coverage, mean_coverage + + +# Get genome coverage data +def compute_genome_coverage_data(alignment_file, sequence_to_analyse, outdir, counter): + genome_coverage_data_file = os.path.join(outdir, 'samtools_depth.sequence_' + str(counter) + '.tab') + command = ['samtools', 'depth', '-a', '-q', '0', '-r', sequence_to_analyse, alignment_file, '>', + genome_coverage_data_file] + run_successfully, stdout, stderr = utils.run_command_popen_communicate(command, True, None, False) + return run_successfully, genome_coverage_data_file + + +def write_variants_vcf(variants, outdir, sequence_to_analyse, sufix): + vcf_file = os.path.join(outdir, str(sequence_to_analyse + '.' + sufix + '.vcf')) + with open(vcf_file, 'wt') as writer: + writer.write('##fileformat=VCFv4.2' + '\n') + writer.write('#' + '\t'.join(['SEQUENCE', 'POSITION', 'ID_unused', 'REFERENCE_sequence', 'ALTERNATIVE_sequence', + 'QUALITY_unused', 'FILTER_unused', 'INFO_unused', 'FORMAT_unused']) + '\n') + for i in sorted(variants.keys()): + writer.write('\t'.join([sequence_to_analyse, str(i), '.', variants[i]['REF'], variants[i]['ALT'], '.', '.', + '.', '.']) + '\n') + + compressed_vcf_file = vcf_file + '.gz' + command = ['bcftools', 'convert', '-o', compressed_vcf_file, '-O', 'z', vcf_file] + run_successfully, stdout, stderr = utils.run_command_popen_communicate(command, False, None, False) + if run_successfully: + command = ['bcftools', 'index', compressed_vcf_file] + run_successfully, stdout, stderr = utils.run_command_popen_communicate(command, False, None, False) + + if not run_successfully: + compressed_vcf_file = None + + return run_successfully, compressed_vcf_file + + +def parse_fasta_in_memory(fasta_memory): + fasta_memory = fasta_memory.splitlines() + sequence_dict = {} + for line in fasta_memory: + if len(line) > 0: + if line.startswith('>'): + sequence_dict = {'header': line[1:], 'sequence': ''} + else: + sequence_dict['sequence'] += line + + return sequence_dict + + +def compute_consensus_sequence(reference_file, sequence_to_analyse, compressed_vcf_file, outdir): + sequence_dict = None + + gene_fasta = os.path.join(outdir, str(sequence_to_analyse + '.fasta')) + + run_successfully, stdout = index_fasta_samtools(reference_file, sequence_to_analyse, gene_fasta, False) + if run_successfully: + command = ['bcftools', 'norm', '-c', 's', '-f', gene_fasta, '-Ov', compressed_vcf_file] + run_successfully, stdout, stderr = utils.run_command_popen_communicate(command, False, None, False) + if run_successfully: + command = ['bcftools', 'consensus', '-f', gene_fasta, compressed_vcf_file, '-H', '1'] + run_successfully, stdout, stderr = utils.run_command_popen_communicate(command, False, None, False) + if run_successfully: + sequence_dict = parse_fasta_in_memory(stdout) + + return run_successfully, sequence_dict + + +def create_sample_consensus_sequence(outdir, sequence_to_analyse, reference_file, variants, minimum_depth_presence, + minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, sequence, + length_extra_seq): + variants_correct, variants_noMatter, variants_alignment, multiple_alleles_found = \ + get_true_variants(variants, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, + sequence) + + variants_correct, variants_noMatter, variants_alignment, number_multi_alleles, number_diferences = \ + cleanning_variants_extra_seq(variants_correct, variants_noMatter, variants_alignment, multiple_alleles_found, + length_extra_seq, len(sequence)) + + run_successfully = False + consensus = {'correct': {}, 'noMatter': {}, 'alignment': {}} + for variant_type in ['variants_correct', 'variants_noMatter', 'variants_alignment']: + run_successfully, compressed_vcf_file = \ + write_variants_vcf(eval(variant_type), outdir, sequence_to_analyse, variant_type.split('_', 1)[1]) + if run_successfully: + run_successfully, sequence_dict = \ + compute_consensus_sequence(reference_file, sequence_to_analyse, compressed_vcf_file, outdir) + if run_successfully: + consensus[variant_type.split('_', 1)[1]] = \ + {'header': sequence_dict['header'], + 'sequence': sequence_dict['sequence'][length_extra_seq:len(sequence_dict['sequence']) - + length_extra_seq]} + + return run_successfully, number_multi_alleles, consensus, number_diferences + + +@utils.trace_unhandled_exceptions +def analyse_sequence_data(bam_file, sequence_information, outdir, counter, reference_file, length_extra_seq, + minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele): + count_absent = None + percentage_low_coverage = None + mean_coverage = None + number_diferences = 0 + number_multi_alleles = 0 + consensus_sequence = {'correct': {}, 'noMatter': {}, 'alignment': {}} + + # Create vcf file (for multiple alleles check) + run_successfully, gene_vcf = create_vcf(bam_file, sequence_information['header'], outdir, counter, reference_file) + if run_successfully: + # Create coverage tab file + run_successfully, gene_coverage = \ + compute_genome_coverage_data(bam_file, sequence_information['header'], outdir, counter) + + if run_successfully: + try: + variants = get_variants(gene_vcf=gene_vcf, seq_name=sequence_information['header'], + encoding=sys.getdefaultencoding()) + except UnicodeDecodeError: + try: + print('It was found an enconding error while parsing the following VCF, but lets try forcing it to' + ' "utf_8" encoding: {}'.format(gene_vcf)) + variants = get_variants(gene_vcf=gene_vcf, seq_name=sequence_information['header'], + encoding='utf_8') + except UnicodeDecodeError: + print('It was found an enconding error while parsing the following VCF, but lets try forcing it to' + ' "latin_1" encoding: {}'.format(gene_vcf)) + variants = get_variants(gene_vcf=gene_vcf, seq_name=sequence_information['header'], + encoding='latin_1') + + coverage = get_coverage(gene_coverage) + + run_successfully, number_multi_alleles, consensus_sequence, number_diferences = \ + create_sample_consensus_sequence(outdir, sequence_information['header'], reference_file, variants, + minimum_depth_presence, minimum_depth_call, + minimum_depth_frequency_dominant_allele, + sequence_information['sequence'], length_extra_seq) + + try: + count_absent, percentage_low_coverage, mean_coverage = \ + get_coverage_report(coverage, sequence_information['length'], minimum_depth_presence, + minimum_depth_call, length_extra_seq) + except KeyError: + print('ERROR: KeyError') + print(sequence_information) + raise KeyError + + utils.save_variable_to_pickle([run_successfully, counter, number_multi_alleles, count_absent, + percentage_low_coverage, mean_coverage, consensus_sequence, number_diferences], + outdir, str('coverage_info.' + str(counter))) + + +def clean_header(header): + problematic_characters = ["|", " ", ",", ".", "(", ")", "'", "/", ":"] + new_header = str(header) + if any(x in header for x in problematic_characters): + for x in problematic_characters: + new_header = new_header.replace(x, '_') + return header, new_header + + +def get_sequence_information(fasta_file, length_extra_seq): + sequence_dict = {} + headers = {} + headers_changed = False + + with open(fasta_file, 'rtU') as reader: + blank_line_found = False + sequence_counter = 0 + temp_sequence_dict = {} + for line in reader: + line = line.rstrip('\r\n') + if len(line) > 0: + if not blank_line_found: + if line.startswith('>'): + if len(temp_sequence_dict) > 0: + if list(temp_sequence_dict.values())[0]['length'] - 2 * length_extra_seq > 0: + sequence_dict[list(temp_sequence_dict.keys())[0]] = list(temp_sequence_dict.values())[0] + else: + print('{header} sequence ignored due to' + ' length = 0'.format(header=list(temp_sequence_dict.values())[0]['header'])) + del headers[list(temp_sequence_dict.values())[0]['header']] + temp_sequence_dict = {} + + original_header, new_header = clean_header(line[1:]) + if new_header in headers: + sys.exit('Found duplicated sequence' + ' headers: {original_header}'.format(original_header=original_header)) + + sequence_counter += 1 + temp_sequence_dict[sequence_counter] = {'header': new_header, 'sequence': '', 'length': 0} + headers[new_header] = str(original_header) + if new_header != original_header: + headers_changed = True + else: + temp_sequence_dict[sequence_counter]['sequence'] += line.replace(' ', '') + temp_sequence_dict[sequence_counter]['length'] += len(line.replace(' ', '')) + else: + sys.exit('It was found a blank line between the fasta file above line ' + line) + else: + blank_line_found = True + + if len(temp_sequence_dict) > 0: + if list(temp_sequence_dict.values())[0]['length'] - 2 * length_extra_seq > 0: + sequence_dict[list(temp_sequence_dict.keys())[0]] = list(temp_sequence_dict.values())[0] + else: + print('{header} sequence ignored due to' + ' length <= 0'.format(header=list(temp_sequence_dict.values())[0]['header'])) + del headers[list(temp_sequence_dict.values())[0]['header']] + + return sequence_dict, headers, headers_changed + + +def sequence_data(sample, reference_file, bam_file, outdir, threads, length_extra_seq, minimum_depth_presence, + minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, debug_mode_true, not_write_consensus): + sequence_data_outdir = os.path.join(outdir, 'sequence_data', '') + utils.remove_directory(sequence_data_outdir) + os.mkdir(sequence_data_outdir) + + sequences, headers, headers_changed = get_sequence_information(reference_file, length_extra_seq) + + pool = multiprocessing.Pool(processes=threads) + for sequence_counter in sequences: + sequence_dir = os.path.join(sequence_data_outdir, str(sequence_counter), '') + utils.remove_directory(sequence_dir) + os.makedirs(sequence_dir) + pool.apply_async(analyse_sequence_data, args=(bam_file, sequences[sequence_counter], sequence_dir, + sequence_counter, reference_file, length_extra_seq, + minimum_depth_presence, minimum_depth_call, + minimum_depth_frequency_dominant_allele,)) + pool.close() + pool.join() + + run_successfully, sample_data, consensus_files, consensus_sequences = \ + gather_data_together(sample, sequence_data_outdir, sequences, outdir.rsplit('/', 2)[0], debug_mode_true, + length_extra_seq, not_write_consensus) + + return run_successfully, sample_data, consensus_files, consensus_sequences + + +def chunkstring(string, length): + return (string[0 + i:length + i] for i in range(0, len(string), length)) + + +def write_consensus(outdir, sample, consensus_sequence): + consensus_files = {} + for consensus_type in ['correct', 'noMatter', 'alignment']: + consensus_files[consensus_type] = os.path.join(outdir, str(sample + '.' + consensus_type + '.fasta')) + with open(consensus_files[consensus_type], 'at') as writer: + writer.write('>' + consensus_sequence[consensus_type]['header'] + '\n') + fasta_sequence_lines = chunkstring(consensus_sequence[consensus_type]['sequence'], 80) + for line in fasta_sequence_lines: + writer.write(line + '\n') + return consensus_files + + +def gather_data_together(sample, data_directory, sequences_information, outdir, debug_mode_true, length_extra_seq, + not_write_consensus): + run_successfully = True + counter = 0 + sample_data = {} + + consensus_files = None + consensus_sequences_together = {'correct': {}, 'noMatter': {}, 'alignment': {}} + + write_consensus_first_time = True + + genes_directories = [d for d in os.listdir(data_directory) if + not d.startswith('.') and + os.path.isdir(os.path.join(data_directory, d, ''))] + for gene_dir in genes_directories: + gene_dir_path = os.path.join(data_directory, gene_dir, '') + + files = [f for f in os.listdir(gene_dir_path) if + not f.startswith('.') and + os.path.isfile(os.path.join(gene_dir_path, f))] + for file_found in files: + if file_found.startswith('coverage_info.') and file_found.endswith('.pkl'): + file_path = os.path.join(gene_dir_path, file_found) + + if run_successfully: + run_successfully, sequence_counter, multiple_alleles_found, count_absent, percentage_low_coverage, \ + mean_coverage, consensus_sequence, \ + number_diferences = utils.extract_variable_from_pickle(file_path) + + if not not_write_consensus: + for consensus_type in consensus_sequence: + consensus_sequences_together[consensus_type][sequence_counter] = \ + {'header': consensus_sequence[consensus_type]['header'], + 'sequence': consensus_sequence[consensus_type]['sequence']} + + if write_consensus_first_time: + for consensus_type in ['correct', 'noMatter', 'alignment']: + file_to_remove = os.path.join(outdir, str(sample + '.' + consensus_type + '.fasta')) + if os.path.isfile(file_to_remove): + os.remove(file_to_remove) + write_consensus_first_time = False + consensus_files = write_consensus(outdir, sample, consensus_sequence) + + gene_identity = 0 + if sequences_information[sequence_counter]['length'] - 2 * length_extra_seq - count_absent > 0: + gene_identity = 100 - \ + (float(number_diferences) / + (sequences_information[sequence_counter]['length'] - 2 * length_extra_seq - + count_absent)) * 100 + + sample_data[sequence_counter] = \ + {'header': sequences_information[sequence_counter]['header'], + 'gene_coverage': 100 - (float(count_absent) / + (sequences_information[sequence_counter]['length'] - 2 * + length_extra_seq)) * 100, + 'gene_low_coverage': percentage_low_coverage, + 'gene_number_positions_multiple_alleles': multiple_alleles_found, + 'gene_mean_read_coverage': mean_coverage, + 'gene_identity': gene_identity} + counter += 1 + + if not debug_mode_true: + utils.remove_directory(gene_dir_path) + + if counter != len(sequences_information): + run_successfully = False + + return run_successfully, sample_data, consensus_files, consensus_sequences_together + + +rematch_timer = functools.partial(utils.timer, name='ReMatCh module') + + +@rematch_timer +def run_rematch_module(sample, fastq_files, reference_file, threads, outdir, length_extra_seq, minimum_depth_presence, + minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, minimum_gene_coverage, + debug_mode_true, num_map_loc, minimum_gene_identity, rematch_run, + soft_clip_base_quality, soft_clip_recode_run, reference_dict, soft_clip_cigar_flag_recode, + bowtie_algorithm, bowtie_opt, gene_list_reference, not_write_consensus, clean_run=True): + rematch_folder = os.path.join(outdir, 'rematch_module', '') + + utils.remove_directory(rematch_folder) + os.mkdir(rematch_folder) + + # Map reads + run_successfully, bam_file, reference_file = mapping_reads(fastq_files=fastq_files, reference_file=reference_file, + threads=threads, outdir=rematch_folder, + num_map_loc=num_map_loc, rematch_run=rematch_run, + soft_clip_base_quality=soft_clip_base_quality, + soft_clip_recode_run=soft_clip_recode_run, + reference_dict=reference_dict, + soft_clip_cigar_flag_recode=soft_clip_cigar_flag_recode, + bowtie_algorithm=bowtie_algorithm, bowtie_opt=bowtie_opt, + clean_run=clean_run) + if run_successfully: + # Index reference file + run_successfully, stdout = index_fasta_samtools(reference_file, None, None, True) + if run_successfully: + print('Analysing alignment data') + run_successfully, sample_data, consensus_files, consensus_sequences = \ + sequence_data(sample, reference_file, bam_file, rematch_folder, threads, length_extra_seq, + minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, + debug_mode_true, not_write_consensus) + + if run_successfully: + print('Writing report file') + number_absent_genes = 0 + number_genes_multiple_alleles = 0 + mean_sample_coverage = 0 + with open(os.path.join(outdir, 'rematchModule_report.txt'), 'wt') as writer: + print('\n'.join(outdir, 'rematchModule_report.txt')) + writer.write('\t'.join(['#gene', 'percentage_gene_coverage', 'gene_mean_read_coverage', + 'percentage_gene_low_coverage', 'number_positions_multiple_alleles', + 'percentage_gene_identity']) + '\n') + for i in range(1, len(sample_data) + 1): + writer.write('\t'.join([gene_list_reference[sample_data[i]['header']], + str(round(sample_data[i]['gene_coverage'], 2)), + str(round(sample_data[i]['gene_mean_read_coverage'], 2)), + str(round(sample_data[i]['gene_low_coverage'], 2)), + str(sample_data[i]['gene_number_positions_multiple_alleles']), + str(round(sample_data[i]['gene_identity'], 2))]) + '\n') + + if sample_data[i]['gene_coverage'] < minimum_gene_coverage or \ + sample_data[i]['gene_identity'] < minimum_gene_identity: + number_absent_genes += 1 + else: + mean_sample_coverage += sample_data[i]['gene_mean_read_coverage'] + if sample_data[i]['gene_number_positions_multiple_alleles'] > 0: + number_genes_multiple_alleles += 1 + + if len(sample_data) - number_absent_genes > 0: + mean_sample_coverage = \ + float(mean_sample_coverage) / float(len(sample_data) - number_absent_genes) + else: + mean_sample_coverage = 0 + + writer.write('\n'.join(['#general', + '>number_absent_genes', str(number_absent_genes), + '>number_genes_multiple_alleles', str(number_genes_multiple_alleles), + '>mean_sample_coverage', str(round(mean_sample_coverage, 2))]) + '\n') + + print('\n'.join([str('number_absent_genes: ' + str(number_absent_genes)), + str('number_genes_multiple_alleles: ' + str(number_genes_multiple_alleles)), + str('mean_sample_coverage: ' + str(round(mean_sample_coverage, 2)))])) + + if not debug_mode_true: + utils.remove_directory(rematch_folder) + + return run_successfully, sample_data if 'sample_data' in locals() else None, \ + {'number_absent_genes': number_absent_genes if 'number_absent_genes' in locals() else None, + 'number_genes_multiple_alleles': number_genes_multiple_alleles if + 'number_genes_multiple_alleles' in locals() else None, + 'mean_sample_coverage': round(mean_sample_coverage, 2) if 'mean_sample_coverage' in locals() else None}, \ + consensus_files if 'consensus_files' in locals() else None,\ + consensus_sequences if 'consensus_sequences' in locals() else None
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/ReMatCh/modules/seqFromWebTaxon.py Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,146 @@ +#!/usr/bin/env python3 + +# -*- coding: utf-8 -*- + +''' +Adapted from: +https://github.com/mickaelsilva/pythonscripts/blob/master/SeqOfWeb/SeqFromWebTaxon.py +mickaelsilva +''' + +import sys +import urllib.request +import urllib.parse +import xml.etree.ElementTree as ET +import time +import argparse +import os + + +def run_seq_from_web_taxon(taxonname, outputfile, getmachine, getOmicsDataType, getLibraryType, print_True): + print('\n' + 'Searching RunIDs for ' + taxonname) + + taxonname = urllib.parse.quote(taxonname) + url = "http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/Taxon%3A" + taxonname + "&display=xml" + try: + content = urllib.request.urlopen(url) + xml = content.read() + tree = ET.fromstring(xml) + taxonid = '' + except: + print("Ooops!There might be a problem with the ena service, try later or check if the xml is well formated" + " at " + url) + raise + for child in tree: + taxonid = child.get('taxId') + if (taxonid): + print("\n" + "Taxon ID found: " + taxonid) + url = "http://www.ebi.ac.uk/ena/data/warehouse/search?query=%22tax_tree%28" + \ + taxonid + \ + "%29%22&result=read_run&display=xml" + + content = urllib.request.urlopen(url) + xml = content.read() + tree = ET.fromstring(xml) + + runid = '' + n = 0 + with open(outputfile, "wt") as f: + f.write('#' + str(time.strftime("%d/%m/%Y")) + "\n") + model = '' + prjid = '' + length_line = 0 + omics = '' + libraryType = '' + for child in tree: + runid = child.get('accession') + + n += 1 + + if getmachine is True or getOmicsDataType is True or getLibraryType is True: + for child2 in child: + if child2.tag == 'EXPERIMENT_REF': + expid = child2.get('accession') + url2 = "http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/" + expid + "&display=xml" + content = urllib.request.urlopen(url2) + xml = content.read() + tree2 = ET.fromstring(xml) + try: + for child3 in tree2: + for child4 in child3: + if child4.tag == 'PLATFORM': + for child5 in child4: + for child6 in child5: + if child6.tag == 'INSTRUMENT_MODEL': + model = child6.text + elif child4.tag == 'STUDY_REF': + prjid = child4.get('accession') + elif child4.tag == 'DESIGN': + if getOmicsDataType is True or getLibraryType is True: + for child5 in child4: + if child5.tag == 'LIBRARY_DESCRIPTOR': + for child6 in child5: + if child6.tag == 'LIBRARY_SOURCE' and getOmicsDataType is True: + omics = child6.text + elif child6.tag == 'LIBRARY_LAYOUT' and getLibraryType is True: + libraryType = child6[0].tag + except: + model = 'not found' + omics = 'not found' + libraryType = 'not found' + f.write(str(runid) + "\t" + model + "\t" + prjid + "\t" + omics + "\t" + libraryType + "\n") + if print_True: + line = "run acession %s sequenced on %s from project %s for %s %s end" \ + " data" % (runid, model, prjid, omics, libraryType) + if length_line < len(line): + length_line = len(line) + sys.stderr.write("\r" + line + str(' ' * (length_line - len(line)))) + sys.stderr.flush() + else: + f.write(str(runid) + '\t' * 4 + "\n") + if print_True: + line = "run acession %s" % (runid, prjid) + if length_line < len(line): + length_line = len(line) + sys.stderr.write("\r" + line + str(' ' * (length_line - len(line)))) + sys.stderr.flush() + print("\n") + print("\n" + "found %s run id's" % n) + + else: + print("taxon name does not exist") + + +def main(): + parser = argparse.ArgumentParser(description="This program gets a list of sequencing runs and machine were the" + " sequencing was performed, given a taxon name accepted by the" + " European nucleotide Archive") + parser.add_argument('-i', nargs=1, type=str, help='taxon name', metavar='"Streptococcus agalactiae"', required=True) + parser.add_argument('-o', nargs=1, type=str, help='output file name', required=True) + parser.add_argument('-g', help='True to include sequencing machine in the output', action='store_true', + required=False) + parser.add_argument('--getOmicsDataType', help='Informs the programme to include OMICS data type' + ' (examples: GENOMIC / TRANSCRIPTOMIC / SYNTHETIC) in the output', + action='store_true') + parser.add_argument('--getLibraryType', help='Informs the programme to include library type' + ' (examples: PAIRED / SINGLE) in the output', action='store_true') + + args = parser.parse_args() + + getmachine = args.g + taxonname = args.i[0] + + outdir = os.path.dirname(os.path.abspath(args.o[0])) + if not os.path.isdir(outdir): + os.makedirs(outdir) + outputfile = os.path.abspath(args.o[0]) + + getOmicsDataType = args.getOmicsDataType + getLibraryType = args.getLibraryType + + run_seq_from_web_taxon(taxonname, outputfile, getmachine, getOmicsDataType, getLibraryType, True) + + +if __name__ == "__main__": + main()
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/ReMatCh/modules/utils.py Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,333 @@ +import pickle +from traceback import format_exception as traceback_format_exception +import shlex +import subprocess +from threading import Timer +import shutil +import time +from functools import wraps as functools_wraps +import os.path +import sys + + +def start_logger(workdir): + time_str = time.strftime("%Y%m%d-%H%M%S") + sys.stdout = Logger(workdir, time_str) + logfile = sys.stdout.getLogFile() + return logfile, time_str + + +class Logger(object): + def __init__(self, out_directory, time_str): + self.logfile = os.path.join(out_directory, str('run.' + time_str + '.log')) + self.terminal = sys.stdout + self.log = open(self.logfile, "w") + + def write(self, message): + self.terminal.write(message) + self.log.write(message) + self.log.flush() + + def flush(self): + pass + + def getLogFile(self): + return self.logfile + + +def get_cpu_information(outdir, time_str): + with open(os.path.join(outdir, 'cpu_information.' + time_str + '.cpu.txt'), 'wt') as writer: + command = ['cat', '/proc/cpuinfo'] + run_successfully, stdout, stderr = run_command_popen_communicate(command, False, None, False) + if run_successfully: + writer.write(stdout) + + with open(os.path.join(outdir, 'cpu_information.' + time_str + '.slurm.txt'), 'wt') as writer: + for environment in sorted(os.environ): + if environment.startswith('SLURM_'): + writer.write('#' + environment + '\n' + os.environ[environment] + '\n') + + +def setPATHvariable(doNotUseProvidedSoftware, script_path): + path_variable = os.environ['PATH'] + script_folder = os.path.dirname(script_path) + # Set path to use provided softwares + if not doNotUseProvidedSoftware: + bowtie2 = os.path.join(script_folder, 'src', 'bowtie2-2.2.9') + samtools = os.path.join(script_folder, 'src', 'samtools-1.3.1', 'bin') + bcftools = os.path.join(script_folder, 'src', 'bcftools-1.3.1', 'bin') + + os.environ['PATH'] = str(':'.join([bowtie2, samtools, bcftools, path_variable])) + + # Print PATH variable + print('\n' + 'PATH variable:') + print(os.environ['PATH']) + + +def checkPrograms(programs_version_dictionary): + print('\n' + 'Checking dependencies...') + programs = programs_version_dictionary + which_program = ['which', ''] + listMissings = [] + for program in programs: + which_program[1] = program + run_successfully, stdout, stderr = run_command_popen_communicate(which_program, False, None, False) + if not run_successfully: + listMissings.append(program + ' not found in PATH.') + else: + print(stdout.splitlines()[0]) + if programs[program][0] is None: + print(program + ' (impossible to determine programme version) found at: ' + stdout.splitlines()[0]) + else: + if program.endswith('.jar'): + check_version = ['java', '-jar', stdout.splitlines()[0], programs[program][0]] + programs[program].append(stdout.splitlines()[0]) + else: + check_version = [stdout.splitlines()[0], programs[program][0]] + run_successfully, stdout, stderr = run_command_popen_communicate(check_version, False, None, False) + if stdout == '': + stdout = stderr + if program in ['wget', 'awk']: + version_line = stdout.splitlines()[0].split(' ', 3)[2] + elif program in ['prefetch', 'fastq-dump']: + version_line = stdout.splitlines()[1].split(' ')[-1] + else: + version_line = stdout.splitlines()[0].split(' ')[-1] + replace_characters = ['"', 'v', 'V', '+', ','] + for i in replace_characters: + version_line = version_line.replace(i, '') + print(program + ' (' + version_line + ') found') + if programs[program][1] == '>=': + program_found_version = version_line.split('.') + program_version_required = programs[program][2].split('.') + if len(program_version_required) == 3: + if len(program_found_version) == 2: + program_found_version.append(0) + else: + program_found_version[2] = program_found_version[2].split('_')[0] + for i in range(0, len(program_version_required)): + if int(program_found_version[i]) > int(program_version_required[i]): + break + elif int(program_found_version[i]) == int(program_version_required[i]): + continue + else: + listMissings.append('It is required ' + program + ' with version ' + + programs[program][1] + ' ' + programs[program][2]) + else: + if version_line != programs[program][2]: + listMissings.append('It is required ' + program + ' with version ' + programs[program][1] + + ' ' + programs[program][2]) + return listMissings + + +def requiredPrograms(asperaKey, downloadCramBam, SRA, SRAopt): + programs_version_dictionary = {} + programs_version_dictionary['wget'] = ['--version', '>=', '1.12'] + programs_version_dictionary['gzip'] = ['--version', '>=', '1.6'] + programs_version_dictionary['bowtie2'] = ['--version', '>=', '2.2.9'] + programs_version_dictionary['samtools'] = ['--version', '==', '1.3.1'] + programs_version_dictionary['bcftools'] = ['--version', '==', '1.3.1'] + if asperaKey is not None: + programs_version_dictionary['ascp'] = ['--version', '>=', '3.6.1'] + if SRA or SRAopt: + programs_version_dictionary['prefetch'] = ['--version', '>=', '2.8.2'] + programs_version_dictionary['fastq-dump'] = ['--version', '>=', '2.8.2'] + programs_version_dictionary['awk'] = ['--version', '>=', '3.0.4'] + missingPrograms = checkPrograms(programs_version_dictionary) + if len(missingPrograms) > 0: + sys.exit('\n' + 'Errors:' + '\n' + '\n'.join(missingPrograms)) + + +def general_information(logfile, version, outdir, time_str, doNotUseProvidedSoftware, asperaKey, downloadCramBam, SRA, SRAopt): + # Check if output directory exists + + print('\n' + '==========> ReMatCh <==========') + print('\n' + 'Program start: ' + time.ctime()) + + # Tells where the logfile will be stored + print('\n' + 'LOGFILE:') + print(logfile) + + # Print command + print('\n' + 'COMMAND:') + script_path = os.path.join(os.path.dirname(os.path.dirname(os.path.realpath(__file__))), 'rematch.py') + print(sys.executable + ' ' + ' '.join(sys.argv)) + + # Print directory where programme was lunch + print('\n' + 'PRESENT DIRECTORY:') + present_directory = os.path.abspath(os.getcwd()) + print(present_directory) + + # Print program version + print('\n' + 'VERSION:') + script_version_git(version, present_directory, script_path) + + # Get CPU information + get_cpu_information(outdir, time_str) + + # Set and print PATH variable + setPATHvariable(doNotUseProvidedSoftware, script_path) + + # Check programms + requiredPrograms(asperaKey, downloadCramBam, SRA, SRAopt) + + return script_path + + +def script_version_git(version, current_directory, script_path, no_git_info=False): + """ + Print script version and get GitHub commit information + + Parameters + ---------- + version : str + Version of the script, e.g. "4.0" + current_directory : str + Path to the directory where the script was start to run + script_path : str + Path to the script running + no_git_info : bool, default False + True if it is not necessary to retreive the GitHub commit information + + Returns + ------- + + """ + print('Version {}'.format(version)) + + if not no_git_info: + try: + os.chdir(os.path.dirname(os.path.dirname(script_path))) + command = ['git', 'log', '-1', '--date=local', '--pretty=format:"%h (%H) - Commit by %cn, %cd) : %s"'] + run_successfully, stdout, stderr = run_command_popen_communicate(command, False, 15, False) + print(stdout) + command = ['git', 'remote', 'show', 'origin'] + run_successfully, stdout, stderr = run_command_popen_communicate(command, False, 15, False) + print(stdout) + except: + print('HARMLESS WARNING: git command possibly not found. The GitHub repository information will not be' + ' obtained.') + finally: + os.chdir(current_directory) + + +def run_time(start_time): + end_time = time.time() + time_taken = end_time - start_time + hours, rest = divmod(time_taken, 3600) + minutes, seconds = divmod(rest, 60) + print('Runtime :' + str(hours) + 'h:' + str(minutes) + 'm:' + str(round(seconds, 2)) + 's') + return round(time_taken, 2) + + +def timer(function, name): + @functools_wraps(function) + def wrapper(*args, **kwargs): + print('\n' + 'RUNNING {0}\n'.format(name)) + start_time = time.time() + + results = list(function(*args, **kwargs)) # guarantees return is a list to allow .insert() + + time_taken = run_time(start_time) + print('END {0}'.format(name)) + + results.insert(0, time_taken) + return results + return wrapper + + +def remove_directory(directory): + if os.path.isdir(directory): + shutil.rmtree(directory) + + +def save_variable_to_pickle(variableToStore, outdir, prefix): + pickleFile = os.path.join(outdir, str(prefix + '.pkl')) + with open(pickleFile, 'wb') as writer: + pickle.dump(variableToStore, writer) + + +def extract_variable_from_pickle(pickleFile): + with open(pickleFile, 'rb') as reader: + variable = pickle.load(reader) + return variable + + +def trace_unhandled_exceptions(func): + @functools_wraps(func) + def wrapped_func(*args, **kwargs): + try: + func(*args, **kwargs) + except Exception as e: + print('Exception in ' + func.__name__) + print(e) + + exc_type, exc_value, exc_tb = sys.exc_info() + print(''.join(traceback_format_exception(exc_type, exc_value, exc_tb))) + + raise exc_type(exc_value) + + return wrapped_func + + +def kill_subprocess_Popen(subprocess_Popen, command): + print('Command run out of time: ' + str(command)) + subprocess_Popen.kill() + + +def run_command_popen_communicate(command, shell_True, timeout_sec_None, print_comand_True): + run_successfully = False + if not isinstance(command, str): + command = ' '.join(command) + command = shlex.split(command) + + if print_comand_True: + print('Running: ' + ' '.join(command)) + + if shell_True: + command = ' '.join(command) + proc = subprocess.Popen(command, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE, shell=True) + else: + proc = subprocess.Popen(command, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE) + + not_killed_by_timer = True + if timeout_sec_None is None: + stdout, stderr = proc.communicate() + else: + time_counter = Timer(timeout_sec_None, kill_subprocess_Popen, args=(proc, command,)) + time_counter.start() + stdout, stderr = proc.communicate() + time_counter.cancel() + not_killed_by_timer = time_counter.isAlive() + + if proc.returncode == 0: + run_successfully = True + else: + if not print_comand_True and not_killed_by_timer: + print('Running: ' + str(command)) + if len(stdout) > 0: + print('STDOUT') + print(stdout.decode("utf-8")) + if len(stderr) > 0: + print('STDERR') + print(stderr.decode("utf-8")) + return run_successfully, stdout.decode("utf-8"), stderr.decode("utf-8") + + +def rchop(string, ending): + if string.endswith(ending): + string = string[:-len(ending)] + return string + + +def reverse_complement(seq): + complement = {'A': 'T', 'C': 'G', 'G': 'C', 'T': 'A', 'N': 'N'} + + reverse_complement_string = '' + + seq = reversed(list(seq.upper())) + + for base in seq: + reverse_complement_string += complement[base] + + return reverse_complement_string
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/ReMatCh/rematch.py Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,746 @@ +#!/usr/bin/env python3 + +# -*- coding: utf-8 -*- + +""" +rematch.py - Reads mapping against target sequences, checking mapping +and consensus sequences production +<https://github.com/B-UMMI/ReMatCh/> + +Copyright (C) 2019 Miguel Machado <mpmachado@medicina.ulisboa.pt> + +Last modified: August 08, 2019 + +This program is free software: you can redistribute it and/or modify +it under the terms of the GNU General Public License as published by +the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or +(at your option) any later version. + +This program is distributed in the hope that it will be useful, +but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +GNU General Public License for more details. + +You should have received a copy of the GNU General Public License +along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. +""" + +import os +import sys +import time +import argparse + +try: + from __init__ import __version__ + + import modules.utils as utils + import modules.seqFromWebTaxon as seq_from_web_taxon + import modules.download as download + import modules.rematch_module as rematch_module + import modules.checkMLST as check_mlst +except ImportError: + from ReMatCh.__init__ import __version__ + + from ReMatCh.modules import utils as utils + from ReMatCh.modules import seqFromWebTaxon as seq_from_web_taxon + from ReMatCh.modules import download as download + from ReMatCh.modules import rematch_module as rematch_module + from ReMatCh.modules import checkMLST as check_mlst + + +def search_fastq_files(directory): + files_extensions = ['.fastq.gz', '.fq.gz'] + pair_end_files_separation = [['_R1_001.f', '_R2_001.f'], ['_1.f', '_2.f']] + + list_ids = {} + directories = [d for d in os.listdir(directory) if + not d.startswith('.') and os.path.isdir(os.path.join(directory, d, ''))] + for directory_found in directories: + if directory_found != 'pubmlst': + directory_path = os.path.join(directory, directory_found, '') + + fastq_found = [] + files = [f for f in os.listdir(directory_path) if + not f.startswith('.') and os.path.isfile(os.path.join(directory_path, f))] + for file_found in files: + if file_found.endswith(tuple(files_extensions)): + fastq_found.append(file_found) + + if len(fastq_found) == 1: + list_ids[directory_found] = [os.path.join(directory_path, f) for f in fastq_found] + elif len(fastq_found) >= 2: + file_pair = [] + + # Search pairs + for pe_separation in pair_end_files_separation: + for fastq in fastq_found: + if pe_separation[0] in fastq or pe_separation[1] in fastq: + file_pair.append(fastq) + + if len(file_pair) == 2: + break + else: + file_pair = [] + + # Search single + if len(file_pair) == 0: + for pe_separation in pair_end_files_separation: + for fastq in fastq_found: + if pe_separation[0] not in fastq or pe_separation[1] not in fastq: + file_pair.append(fastq) + + if len(file_pair) >= 1: + file_pair = file_pair[0] + + if len(file_pair) >= 1: + list_ids[directory_found] = [os.path.join(directory_path, f) for f in file_pair] + + return list_ids + + +def get_list_ids_from_file(file_list_ids): + list_ids = [] + + with open(file_list_ids, 'rtU') as lines: + for line in lines: + line = line.rstrip('\r\n') + if len(line) > 0: + list_ids.append(line) + + if len(list_ids) == 0: + sys.exit('No runIDs were found in ' + file_list_ids) + + return list_ids + + +def get_taxon_run_ids(taxon_name, outputfile): + seq_from_web_taxon.run_seq_from_web_taxon(taxon_name, outputfile, True, True, True, False) + + run_ids = [] + with open(outputfile, 'rtU') as reader: + for line in reader: + line = line.rstrip('\r\n') + if len(line) > 0: + if not line.startswith('#'): + line = line.split('\t') + run_ids.append(line[0]) + + return run_ids + + +def get_list_ids(workdir, file_list_ids, taxon_name): + searched_fastq_files = False + list_ids = [] + if file_list_ids is None and taxon_name is None: + list_ids = search_fastq_files(workdir) + searched_fastq_files = True + elif file_list_ids is not None: + list_ids = get_list_ids_from_file(os.path.abspath(file_list_ids)) + elif taxon_name is not None and file_list_ids is None: + list_ids = get_taxon_run_ids(taxon_name, os.path.join(workdir, 'IDs_list.seqFromWebTaxon.tab')) + + if len(list_ids) == 0: + sys.exit('No IDs were found') + return list_ids, searched_fastq_files + + +def format_gene_info(gene_specific_info, minimum_gene_coverage, minimum_gene_identity, reported_data_type, summary, + sample, genes_present): + info = None + if gene_specific_info['gene_coverage'] >= minimum_gene_coverage and \ + gene_specific_info['gene_identity'] >= minimum_gene_identity: + if summary and sample not in genes_present: + genes_present[sample] = {} + + if gene_specific_info['gene_number_positions_multiple_alleles'] == 0: + s = str(gene_specific_info[reported_data_type]) + info = str(s) + if summary: + genes_present[sample][gene_specific_info['header']] = str(s) + else: + s = 'multiAlleles_' + str(gene_specific_info[reported_data_type]) + info = str(s) + if summary: + genes_present[sample][gene_specific_info['header']] = str(s) + else: + info = 'absent_' + str(gene_specific_info[reported_data_type]) + + return info, genes_present + + +def write_data_by_gene(gene_list_reference, minimum_gene_coverage, sample, data_by_gene, outdir, time_str, run_times, + minimum_gene_identity, reported_data_type, summary, genes_present): + combined_report = \ + os.path.join(outdir, + 'combined_report.data_by_gene.' + run_times + '.' + reported_data_type + '.' + time_str + '.tab') + + if reported_data_type == 'coverage_depth': + reported_data_type = 'gene_mean_read_coverage' + elif reported_data_type == 'sequence_coverage': + reported_data_type = 'gene_coverage' + + combined_report_exist = os.path.isfile(combined_report) + with open(combined_report, 'at') as writer: + seq_list = sorted(gene_list_reference.keys()) + if not combined_report_exist: + writer.write('#sample' + '\t' + '\t'.join([gene_list_reference[seq] for seq in seq_list]) + '\n') + + results = {} + headers = [] + for i in data_by_gene: + results[data_by_gene[i]['header']], genes_present = format_gene_info(data_by_gene[i], minimum_gene_coverage, + minimum_gene_identity, + reported_data_type, summary, sample, + genes_present) + headers.append(data_by_gene[i]['header']) + + if len(headers) != gene_list_reference: + for gene in gene_list_reference: + if gene not in headers: + results[gene] = 'NA' + + writer.write(sample + '\t' + '\t'.join([results[seq] for seq in seq_list]) + '\n') + + return genes_present + + +def write_sample_report(sample, outdir, time_str, file_size, run_successfully_fastq, run_successfully_rematch_first, + run_successfully_rematch_second, time_taken_fastq, time_taken_rematch_first, + time_taken_rematch_second, time_taken_sample, sequencing_information, sample_data_general_first, + sample_data_general_second, fastq_used): + sample_report = os.path.join(outdir, 'sample_report.' + time_str + '.tab') + report_exist = os.path.isfile(sample_report) + + header_general = ['sample', 'sample_run_successfully', 'sample_run_time', 'files_size', 'download_run_successfully', + 'download_run_time', 'rematch_run_successfully_first', 'rematch_run_time_first', + 'rematch_run_successfully_second', 'rematch_run_time_second'] + header_data_general = ['number_absent_genes', 'number_genes_multiple_alleles', 'mean_sample_coverage'] + header_sequencing = ['run_accession', 'instrument_platform', 'instrument_model', 'library_layout', 'library_source', + 'extra_run_accession', 'nominal_length', 'read_count', 'base_count', 'date_download'] + + with open(sample_report, 'at') as writer: + if not report_exist: + writer.write('#' + '\t'.join(header_general) + '\t' + '_first\t'.join(header_data_general) + '_first\t' + + '_second\t'.join(header_data_general) + '_second\t' + '\t'.join(header_sequencing) + '\t' + + 'fastq_used' + '\n') + + writer.write('\t'.join([sample, + str(all([run_successfully_fastq is not False, + run_successfully_rematch_first is not False, + run_successfully_rematch_second is not False])), + str(time_taken_sample), + str(file_size), + str(run_successfully_fastq), + str(time_taken_fastq), + str(run_successfully_rematch_first), + str(time_taken_rematch_first), + str(run_successfully_rematch_second), + str(time_taken_rematch_second)]) + + '\t' + '\t'.join([str(sample_data_general_first[i]) for i in header_data_general]) + + '\t' + '\t'.join([str(sample_data_general_second[i]) for i in header_data_general]) + + '\t' + '\t'.join([str(sequencing_information[i]) for i in header_sequencing]) + + '\t' + ','.join(fastq_used) + '\n') + + +def concatenate_extra_seq_2_consensus(consensus_sequence, reference_sequence, extra_seq_length, outdir): + reference_dict, ignore, ignore = rematch_module.get_sequence_information(reference_sequence, extra_seq_length) + consensus_dict, genes, ignore = rematch_module.get_sequence_information(consensus_sequence, 0) + number_consensus_with_sequences = 0 + for k, values_consensus in list(consensus_dict.items()): + for values_reference in list(reference_dict.values()): + if values_reference['header'] == values_consensus['header']: + if len(set(consensus_dict[k]['sequence'])) > 1: + number_consensus_with_sequences += 1 + if extra_seq_length <= len(values_reference['sequence']): + right_extra_seq = \ + '' if extra_seq_length == 0 else values_reference['sequence'][-extra_seq_length:] + consensus_dict[k]['sequence'] = \ + values_reference['sequence'][:extra_seq_length] + \ + consensus_dict[k]['sequence'] + \ + right_extra_seq + consensus_dict[k]['length'] += extra_seq_length + len(right_extra_seq) + + consensus_concatenated = os.path.join(outdir, 'consensus_concatenated_extraSeq.fasta') + with open(consensus_concatenated, 'wt') as writer: + for i in consensus_dict: + writer.write('>' + consensus_dict[i]['header'] + '\n') + fasta_sequence_lines = rematch_module.chunkstring(consensus_dict[i]['sequence'], 80) + for line in fasta_sequence_lines: + writer.write(line + '\n') + + return consensus_concatenated, genes, consensus_dict, number_consensus_with_sequences + + +def clean_headers_reference_file(reference_file, outdir, extra_seq): + problematic_characters = ["|", " ", ",", ".", "(", ")", "'", "/", ":"] + print('Checking if reference sequences contain ' + str(problematic_characters) + '\n') + # headers_changed = False + new_reference_file = str(reference_file) + sequences, genes, headers_changed = rematch_module.get_sequence_information(reference_file, extra_seq) + if headers_changed: + print('At least one of the those characters was found. Replacing those with _' + '\n') + new_reference_file = \ + os.path.join(outdir, os.path.splitext(os.path.basename(reference_file))[0] + '.headers_renamed.fasta') + with open(new_reference_file, 'wt') as writer: + for i in sequences: + writer.write('>' + sequences[i]['header'] + '\n') + fasta_sequence_lines = rematch_module.chunkstring(sequences[i]['sequence'], 80) + for line in fasta_sequence_lines: + writer.write(line + '\n') + return new_reference_file, genes, sequences + + +def write_mlst_report(sample, run_times, consensus_type, st, alleles_profile, loci_order, outdir, time_str): + mlst_report = os.path.join(outdir, 'mlst_report.' + time_str + '.tab') + mlst_report_exist = os.path.isfile(mlst_report) + with open(mlst_report, 'at') as writer: + if not mlst_report_exist: + writer.write('\t'.join(['#sample', 'ReMatCh_run', 'consensus_type', 'ST'] + loci_order) + '\n') + writer.write('\t'.join([sample, run_times, consensus_type, str(st)] + alleles_profile.split(',')) + '\n') + + +def run_get_st(sample, mlst_dicts, consensus_sequences, mlst_consensus, run_times, outdir, time_str): + if mlst_consensus == 'all': + for consensus_type in consensus_sequences: + print('Searching MLST for ' + consensus_type + ' consensus') + st, alleles_profile = check_mlst.get_st(mlst_dicts, consensus_sequences[consensus_type]) + write_mlst_report(sample, run_times, consensus_type, st, alleles_profile, mlst_dicts[2], outdir, time_str) + print('ST found: ' + str(st) + ' (' + alleles_profile + ')') + else: + st, alleles_profile = check_mlst.get_st(mlst_dicts, consensus_sequences[mlst_consensus]) + write_mlst_report(sample, run_times, mlst_consensus, st, alleles_profile, mlst_dicts[2], outdir, time_str) + print('ST found for ' + mlst_consensus + ' consensus: ' + str(st) + ' (' + alleles_profile + ')') + + +def write_summary_report(outdir, reported_data_type, time_str, gene_list_reference, genes_present): + with open(os.path.join(outdir, + 'summary.{reported_data_type}.{time_str}.tab'.format(reported_data_type=reported_data_type, + time_str=time_str)), 'wt') as writer: + seq_list = [] + for info in list(genes_present.values()): + seq_list.extend(list(info.keys())) + seq_list = list(set(seq_list)) + writer.write('#sample' + '\t' + '\t'.join([gene_list_reference[seq] for seq in sorted(seq_list)]) + '\n') + for sample, info in list(genes_present.items()): + data = [] + for seq in sorted(seq_list): + if seq in info: + data.append(info[seq]) + else: + data.append('NF') + writer.write(sample + '\t' + '\t'.join(data) + '\n') + + +def run_rematch(args): + workdir = os.path.abspath(args.workdir) + if not os.path.isdir(workdir): + os.makedirs(workdir) + + aspera_key = os.path.abspath(args.asperaKey.name) if args.asperaKey is not None else None + + # Start logger + logfile, time_str = utils.start_logger(workdir) + + # Get general information + script_path = utils.general_information(logfile, __version__, workdir, time_str, args.doNotUseProvidedSoftware, + aspera_key, args.downloadCramBam, args.SRA, args.SRAopt) + + # Set list_ids + list_ids, searched_fastq_files = get_list_ids(workdir, args.listIDs.name if args.listIDs is not None else None, + args.taxon) + + mlst_sequences = None + mlst_dicts = None + if args.mlst is not None: + time_taken_pub_mlst, mlst_dicts, mlst_sequences = check_mlst.download_pub_mlst_xml(args.mlst, + args.mlstSchemaNumber, + workdir) + args.softClip_recodeRun = 'first' + + if args.reference is None: + if args.mlst is not None: + reference_file = check_mlst.check_existing_schema(args.mlst, args.mlstSchemaNumber, script_path) + args.extraSeq = 200 + if reference_file is None: + print('It was not found provided MLST scheme sequences for ' + args.mlst) + print('Trying to obtain reference MLST sequences from PubMLST') + if len(mlst_sequences) > 0: + reference_file = check_mlst.write_mlst_reference(args.mlst, mlst_sequences, workdir, time_str) + args.extraSeq = 0 + else: + sys.exit('It was not possible to download MLST sequences from PubMLST!') + else: + print('Using provided scheme as referece: ' + reference_file) + else: + sys.exit('Need to provide at least one of the following options: "--reference" and "--mlst"') + else: + reference_file = os.path.abspath(args.reference.name) + + # Run ReMatCh for each sample + print('\n' + 'STARTING ReMatCh' + '\n') + + # Clean sequences headers + reference_file, gene_list_reference, reference_dict = clean_headers_reference_file(reference_file, workdir, + args.extraSeq) + + if args.mlst is not None: + problem_genes = False + for header in mlst_sequences: + if header not in gene_list_reference: + print('MLST gene {header} not found between reference sequences'.format(header=header)) + problem_genes = True + if problem_genes: + sys.exit('Missing MLST genes from reference sequences (at least sequences names do not match)!') + + if len(gene_list_reference) == 0: + sys.exit('No sequences left') + + # To use in combined report + + number_samples_successfully = 0 + genes_present_coverage_depth = {} + genes_present_sequence_coverage = {} + for sample in list_ids: + sample_start_time = time.time() + print('\n\n' + 'Sample ID: ' + sample) + + # Create sample outdir + sample_outdir = os.path.join(workdir, sample, '') + if not os.path.isdir(sample_outdir): + os.mkdir(sample_outdir) + + run_successfully_fastq = None + time_taken_fastq = 0 + sequencing_information = {'run_accession': None, 'instrument_platform': None, 'instrument_model': None, + 'library_layout': None, 'library_source': None, 'extra_run_accession': None, + 'nominal_length': None, 'read_count': None, 'base_count': None, 'date_download': None} + if not searched_fastq_files: + # Download Files + time_taken_fastq, run_successfully_fastq, fastq_files, sequencing_information = \ + download.run_download(sample, args.downloadLibrariesType, aspera_key, sample_outdir, + args.downloadCramBam, args.threads, args.downloadInstrumentPlatform, args.SRA, + args.SRAopt) + else: + fastq_files = list_ids[sample] + + file_size = None + + run_successfully_rematch_first = None + run_successfully_rematch_second = None + time_taken_rematch_first = 0 + time_taken_rematch_second = 0 + sample_data_general_first = None + sample_data_general_second = None + if run_successfully_fastq is not False: + file_size = sum(os.path.getsize(fastq) for fastq in fastq_files) + # Run ReMatCh + time_taken_rematch_first, run_successfully_rematch_first, data_by_gene, sample_data_general_first, \ + consensus_files, consensus_sequences = \ + rematch_module.run_rematch_module(sample, fastq_files, reference_file, args.threads, sample_outdir, + args.extraSeq, args.minCovPresence, args.minCovCall, + args.minFrequencyDominantAllele, args.minGeneCoverage, + args.debug, args.numMapLoc, args.minGeneIdentity, + 'first', args.softClip_baseQuality, args.softClip_recodeRun, + reference_dict, args.softClip_cigarFlagRecode, + args.bowtieAlgo, args.bowtieOPT, + gene_list_reference, args.notWriteConsensus, clean_run=True) + if run_successfully_rematch_first: + if args.mlst is not None and (args.mlstRun == 'first' or args.mlstRun == 'all'): + run_get_st(sample, mlst_dicts, consensus_sequences, args.mlstConsensus, 'first', workdir, time_str) + genes_present_coverage_depth = write_data_by_gene(gene_list_reference, args.minGeneCoverage, sample, + data_by_gene, workdir, time_str, 'first_run', + args.minGeneIdentity, 'coverage_depth', args.summary, + genes_present_coverage_depth) + if args.reportSequenceCoverage: + genes_present_sequence_coverage = write_data_by_gene(gene_list_reference, args.minGeneCoverage, + sample, data_by_gene, workdir, time_str, + 'first_run', args.minGeneIdentity, + 'sequence_coverage', args.summary, + genes_present_sequence_coverage) + if args.doubleRun: + rematch_second_outdir = os.path.join(sample_outdir, 'rematch_second_run', '') + if not os.path.isdir(rematch_second_outdir): + os.mkdir(rematch_second_outdir) + consensus_concatenated_fasta, consensus_concatenated_gene_list, consensus_concatenated_dict, \ + number_consensus_with_sequences = \ + concatenate_extra_seq_2_consensus(consensus_files['noMatter'], reference_file, args.extraSeq, + rematch_second_outdir) + if len(consensus_concatenated_gene_list) > 0: + if args.mlst is None or \ + (args.mlst is not None and number_consensus_with_sequences == len(gene_list_reference)): + time_taken_rematch_second, run_successfully_rematch_second, data_by_gene, \ + sample_data_general_second, consensus_files, consensus_sequences = \ + rematch_module.run_rematch_module(sample, fastq_files, consensus_concatenated_fasta, + args.threads, rematch_second_outdir, args.extraSeq, + args.minCovPresence, args.minCovCall, + args.minFrequencyDominantAllele, args.minGeneCoverage, + args.debug, args.numMapLoc, + args.minGeneIdentity, 'second', + args.softClip_baseQuality, args.softClip_recodeRun, + consensus_concatenated_dict, + args.softClip_cigarFlagRecode, + args.bowtieAlgo, args.bowtieOPT, + gene_list_reference, args.notWriteConsensus, + clean_run=True) + if not args.debug: + os.remove(consensus_concatenated_fasta) + if run_successfully_rematch_second: + if args.mlst is not None and (args.mlstRun == 'second' or args.mlstRun == 'all'): + run_get_st(sample, mlst_dicts, consensus_sequences, args.mlstConsensus, 'second', + workdir, time_str) + _ = write_data_by_gene(gene_list_reference, args.minGeneCoverage, sample, data_by_gene, + workdir, time_str, 'second_run', args.minGeneIdentity, + 'coverage_depth', False, {}) + if args.reportSequenceCoverage: + _ = write_data_by_gene(gene_list_reference, args.minGeneCoverage, sample, + data_by_gene, workdir, time_str, 'second_run', + args.minGeneIdentity, 'sequence_coverage', False, {}) + else: + print('Some sequences missing after ReMatCh module first run. Second run will not be' + ' performed') + if os.path.isfile(consensus_concatenated_fasta): + os.remove(consensus_concatenated_fasta) + if os.path.isdir(rematch_second_outdir): + utils.remove_directory(rematch_second_outdir) + else: + print('No sequences left after ReMatCh module first run. Second run will not be performed') + if os.path.isfile(consensus_concatenated_fasta): + os.remove(consensus_concatenated_fasta) + if os.path.isdir(rematch_second_outdir): + utils.remove_directory(rematch_second_outdir) + + if not searched_fastq_files and not args.keepDownloadedFastq and fastq_files is not None: + for fastq in fastq_files: + if os.path.isfile(fastq): + os.remove(fastq) + + time_taken = utils.run_time(sample_start_time) + + write_sample_report(sample, workdir, time_str, file_size, run_successfully_fastq, + run_successfully_rematch_first, run_successfully_rematch_second, time_taken_fastq, + time_taken_rematch_first, time_taken_rematch_second, time_taken, sequencing_information, + sample_data_general_first if run_successfully_rematch_first else + {'number_absent_genes': None, 'number_genes_multiple_alleles': None, + 'mean_sample_coverage': None}, + sample_data_general_second if run_successfully_rematch_second else + {'number_absent_genes': None, 'number_genes_multiple_alleles': None, + 'mean_sample_coverage': None}, + fastq_files if fastq_files is not None else '') + + if all([run_successfully_fastq is not False, + run_successfully_rematch_first is not False, + run_successfully_rematch_second is not False]): + number_samples_successfully += 1 + + if args.summary: + write_summary_report(workdir, 'coverage_depth', time_str, gene_list_reference, genes_present_coverage_depth) + if args.reportSequenceCoverage: + write_summary_report(workdir, 'sequence_coverage', time_str, gene_list_reference, + genes_present_sequence_coverage) + + return number_samples_successfully, len(list_ids) + + +def main(): + if sys.version_info[0] < 3: + sys.exit('Must be using Python 3. Try calling "python3 rematch.py"') + + parser = argparse.ArgumentParser(prog='rematch.py', + description='Reads mapping against target sequences, checking mapping and' + ' consensus sequences production', + formatter_class=argparse.ArgumentDefaultsHelpFormatter) + parser.add_argument('--version', help='Version information', action='version', + version='{prog} v{version}'.format(prog=parser.prog, version=__version__)) + + parser_optional_general = parser.add_argument_group('General facultative options') + parser_optional_general.add_argument('-r', '--reference', type=argparse.FileType('r'), + metavar='/path/to/reference_sequence.fasta', + help='Fasta file containing reference sequences', required=False) + parser_optional_general.add_argument('-w', '--workdir', type=str, metavar='/path/to/workdir/directory/', + help='Path to the directory where ReMatCh will run and produce the outputs' + ' with reads (ended with fastq.gz/fq.gz and, in case of PE data, pair-end' + ' direction coded as _R1_001 / _R2_001 or _1 / _2) already' + ' present (organized in sample folders) or to be downloaded', + required=False, default='.') + parser_optional_general.add_argument('-j', '--threads', type=int, metavar='N', help='Number of threads to use', + required=False, default=1) + parser_optional_general.add_argument('--mlst', type=str, metavar='"Streptococcus agalactiae"', + help='Species name (same as in PubMLST) to be used in MLST' + ' determination. ReMatCh will use Bowtie2 very-sensitive-local mapping' + ' parameters and will recode the soft clip CIGAR flags of the first run', + required=False) + parser_optional_general.add_argument('--doNotUseProvidedSoftware', action='store_true', + help='Tells ReMatCh to not use Bowtie2, Samtools and Bcftools that are' + ' provided with it') + + parser_optional_download_exclusive = parser.add_mutually_exclusive_group() + parser_optional_download_exclusive.add_argument('-l', '--listIDs', type=argparse.FileType('r'), + metavar='/path/to/list_IDs.txt', + help='Path to list containing the IDs to be' + ' downloaded (one per line)', required=False) + parser_optional_download_exclusive.add_argument('-t', '--taxon', type=str, metavar='"Streptococcus agalactiae"', + help='Taxon name for which ReMatCh will download fastq files', + required=False) + + parser_optional_rematch = parser.add_argument_group('ReMatCh module facultative options') + parser_optional_rematch.add_argument('--extraSeq', type=int, metavar='N', + help='Sequence length added to both ends of target sequences (usefull to' + ' improve reads mapping to the target one) that will be trimmed in' + ' ReMatCh outputs', required=False, default=0) + parser_optional_rematch.add_argument('--minCovPresence', type=int, metavar='N', + help='Reference position minimum coverage depth to consider the position to be' + ' present in the sample', required=False, default=5) + parser_optional_rematch.add_argument('--minCovCall', type=int, metavar='N', + help='Reference position minimum coverage depth to perform a base call. Lower' + ' coverage will be coded as N', required=False, default=10) + parser_optional_rematch.add_argument('--minFrequencyDominantAllele', type=float, metavar='0.6', + help='Minimum relative frequency of the dominant allele coverage depth (value' + ' between [0, 1]). Positions with lower values will be considered as' + ' having multiple alleles (and will be coded as N)', required=False, + default=0.6) + parser_optional_rematch.add_argument('--minGeneCoverage', type=int, metavar='N', + help='Minimum percentage of target reference gene sequence covered' + ' by --minCovPresence to consider a gene to be present (value' + ' between [0, 100])', required=False, default=70) + parser_optional_rematch.add_argument('--minGeneIdentity', type=int, metavar='N', + help='Minimum percentage of identity of reference gene sequence covered' + ' by --minCovCall to consider a gene to be present (value' + ' between [0, 100]). One INDEL will be considered as one difference', + required=False, default=80) + parser_optional_rematch.add_argument('--numMapLoc', type=int, metavar='N', help=argparse.SUPPRESS, required=False, + default=1) + # parser_optional_rematch.add_argument('--numMapLoc', type=int, metavar='N', help='Maximum number of locations to which a read can map (sometimes useful when mapping against similar sequences)', required=False, default=1) + parser_optional_rematch.add_argument('--doubleRun', action='store_true', + help='Tells ReMatCh to run a second time using as reference the noMatter' + ' consensus sequence produced in the first run. This will improve' + ' consensus sequence determination for sequences with high percentage of' + ' target reference gene sequence covered') + parser_optional_rematch.add_argument('--reportSequenceCoverage', action='store_true', + help='Produce an extra combined_report.data_by_gene with the sequence coverage' + ' instead of coverage depth') + parser_optional_rematch.add_argument('--summary', action='store_true', + help='Produce extra report files containing only sequences present in at least' + ' one sample (usefull when using a large number of reference' + ' sequences, and only for first run)') + parser_optional_rematch.add_argument('--notWriteConsensus', action='store_true', + help='Do not write consensus sequences') + parser_optional_rematch.add_argument('--bowtieAlgo', type=str, metavar='"--very-sensitive-local"', + help='Bowtie2 alignment mode. It can be an end-to-end alignment (unclipped' + ' alignment) or local alignment (soft clipped alignment). Also, can' + ' choose between fast or sensitive alignments. Please check Bowtie2' + ' manual for extra' + ' information: http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml .' + ' This option should be provided between quotes and starting with' + ' an empty space (like --bowtieAlgo " --very-fast") or using equal' + ' sign (like --bowtieAlgo="--very-fast")', + required=False, default='--very-sensitive-local') + parser_optional_rematch.add_argument('--bowtieOPT', type=str, metavar='"--no-mixed"', + help='Extra Bowtie2 options. This option should be provided between quotes and' + ' starting with an empty space (like --bowtieOPT " --no-mixed") or using' + ' equal sign (like --bowtieOPT="--no-mixed")', + required=False) + parser_optional_rematch.add_argument('--debug', action='store_true', + help='DeBug Mode: do not remove temporary files') + + parser_optional_mlst = parser.add_argument_group('MLST facultative options') + parser_optional_rematch.add_argument('--mlstReference', action='store_true', + help='If the curated scheme for MLST alleles is available, tells ReMatCh to' + ' use these as reference (force Bowtie2 to run with very-sensitive-local' + ' parameters, and sets --extraSeq to 200), otherwise ReMatCh uses the' + ' first alleles of each MLST gene fragment in PubMLST as reference' + ' sequences (force Bowtie2 to run with very-sensitive-local parameters,' + ' and sets --extraSeq to 0)') + parser_optional_mlst.add_argument('--mlstSchemaNumber', type=int, metavar='N', + help='Number of the species PubMLST schema to be used in case of multiple schemes' + ' available (by default will use the first schema)', required=False) + parser_optional_mlst.add_argument('--mlstConsensus', choices=['noMatter', 'correct', 'alignment', 'all'], type=str, + metavar='noMatter', + help='Consensus sequence to be used in MLST' + ' determination (available options: %(choices)s)', required=False, + default='noMatter') + parser_optional_mlst.add_argument('--mlstRun', choices=['first', 'second', 'all'], type=str, metavar='first', + help='ReMatCh run outputs to be used in MLST determination (available' + ' options: %(choices)s)', required=False, default='all') + + parser_optional_download = parser.add_argument_group('Download facultative options') + parser_optional_download.add_argument('-a', '--asperaKey', type=argparse.FileType('r'), + metavar='/path/to/asperaweb_id_dsa.openssh', + help='Tells ReMatCh to download fastq files from ENA using Aspera' + ' Connect. With this option, the path to Private-key file' + ' asperaweb_id_dsa.openssh must be provided (normaly found in' + ' ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh).', required=False) + parser_optional_download.add_argument('-k', '--keepDownloadedFastq', action='store_true', + help='Tells ReMatCh to keep the fastq files downloaded') + parser_optional_download.add_argument('--downloadLibrariesType', type=str, metavar='PAIRED', + help='Tells ReMatCh to download files with specific library' + ' layout (available options: %(choices)s)', + choices=['PAIRED', 'SINGLE', 'BOTH'], required=False, default='BOTH') + parser_optional_download.add_argument('--downloadInstrumentPlatform', type=str, metavar='ILLUMINA', + help='Tells ReMatCh to download files with specific library layout (available' + ' options: %(choices)s)', choices=['ILLUMINA', 'ALL'], required=False, + default='ILLUMINA') + parser_optional_download.add_argument('--downloadCramBam', action='store_true', + help='Tells ReMatCh to also download cram/bam files and convert them to fastq' + ' files') + + parser_optional_sra = parser.add_mutually_exclusive_group() + parser_optional_sra.add_argument('--SRA', action='store_true', + help='Tells getSeqENA.py to download reads in fastq format only from NCBI SRA' + ' database (not recommended)') + parser_optional_sra.add_argument('--SRAopt', action='store_true', + help='Tells getSeqENA.py to download reads from NCBI SRA if the download from ENA' + ' fails') + + parser_optional_soft_clip = parser.add_argument_group('Soft clip facultative options') + parser_optional_soft_clip.add_argument('--softClip_baseQuality', type=int, metavar='N', + help='Base quality phred score in reads soft clipped regions', + required=False, + default=7) + parser_optional_soft_clip.add_argument('--softClip_recodeRun', type=str, metavar='first', + help='ReMatCh run to recode soft clipped regions (available' + ' options: %(choices)s)', choices=['first', 'second', 'both', 'none'], + required=False, default='none') + parser_optional_soft_clip.add_argument('--softClip_cigarFlagRecode', type=str, metavar='M', + help='CIGAR flag to recode CIGAR soft clip (available options: %(choices)s)', + choices=['M', 'I', 'X'], required=False, default='X') + + args = parser.parse_args() + + msg = [] + if args.reference is None and not args.mlstReference: + msg.append('At least --reference or --mlstReference should be provided') + elif args.reference is not None and args.mlstReference: + msg.append('Only --reference or --mlstReference should be provided') + else: + if args.mlstReference: + if args.mlst is None: + msg.append('Please provide species name using --mlst') + if args.minFrequencyDominantAllele < 0 or args.minFrequencyDominantAllele > 1: + msg.append('--minFrequencyDominantAllele should be a value between [0, 1]') + if args.minGeneCoverage < 0 or args.minGeneCoverage > 100: + msg.append('--minGeneCoverage should be a value between [0, 100]') + if args.minGeneIdentity < 0 or args.minGeneIdentity > 100: + msg.append('--minGeneIdentity should be a value between [0, 100]') + if args.notWriteConsensus and args.doubleRun: + msg.append('--notWriteConsensus and --doubleRun cannot be used together.' + ' Maybe you only want to use --doubleRun') + + if len(msg) > 0: + argparse.ArgumentParser.error('\n'.join(msg)) + + start_time = time.time() + + number_samples_successfully, samples_total_number = run_rematch(args) + + print('\n' + 'END ReMatCh') + print('\n' + + str(number_samples_successfully) + ' samples out of ' + str(samples_total_number) + ' run successfully') + time_taken = utils.run_time(start_time) + del time_taken + + if number_samples_successfully == 0: + sys.exit('No samples run successfully!') + + +if __name__ == "__main__": + main()
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/ReMatCh/utils/README.md Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,183 @@ +ReMatCh +======= +*Reads mapping against target sequences, checking mapping and consensus sequences production* + +<https://github.com/B-UMMI/ReMatCh> + +Table of Contents +-- + +[Combine alignment consensus](#combine-alignment-consensus) +[Convert Ns to gaps](#convert-ns-to-gaps) +[gffParser](#gffparser) +[Restart ReMatCh](#restart-rematch) +[Strip Alignment](#strip-alignment) + + +## Combine Alignment Consensus + +Combine the alignment consensus sequences from ReMatCh first run by reference sequences into single files. + +**Dependencies** +- Python v3 + +**Usage** + + usage: combine_alignment_consensus.py [-h] [--version] + -w /path/to/rematch/working/directory/ + [-o /path/to/output/directory/] + + Combine the alignment consensus sequences from ReMatCh first run by reference sequences into single files + + optional arguments: + -h, --help show this help message and exit + --version Version information + + Required options: + -w /path/to/rematch/working/directory/ + --workdir /path/to/rematch/working/directory/ Path to the directory where ReMatCh was running (default: None) + + General facultative options: + -o --outdir /path/to/output/directory/ Path to the directory where the combined sequence files will stored (default: .) + + + +## Convert Ns to Gaps + + +Convert the Ns into gaps in a fasta file. + +**Dependencies** +- Python (2.7.x) + +**Usage** + + usage: convert_Ns_to_gaps.py [-h] [--version] + -i /path/to/input/file.fasta + -o /path/to/converted/output/file.fasta + + Convert the Ns into gaps + + optional arguments: + -h, --help show this help message and exit + --version Version information + + Required options: + -i --infile /path/to/input/file.fasta Path to the fasta file (default: None) + -o --outfile /path/to/converted/output/file.fasta Converted output fasta file (default: converted_Ns_to_gaps.fasta) + + + +## gffParser + + +Parser for GFF3 files, as the ones obtained by [PROKKA](https://github.com/tseemann/prokka). This files require to have both the features and sequence. It will retrieve the CDS sequences in the GFF file, allowing these to be extended by the number of nucleotides specifiend in `--extraSeq`. A selection of CDS of interest to be parsed can also be obtained by providing `--select` with a txt file of the IDs of interest, one per line. As an alternative, wanted sequences can be obtained from the GFF file from a txt file containing the coontig ID, start and end position (one per line) of the sequences of interest, using the `-fromFile` option. `-extraSeq` can also be obtain through this method. + +**Dependencies** +- Python (2.7.x) +- [Biopython](http://biopython.org/) (1.68 or similar) + +**Usage** + + usage: gffParser.py [-h] + -i INPUT [-x EXTRASEQ] [-k] [-o OUTPUTDIR] + [-s SELECT] [-f FROMFILE] [--version] + + GFF3 parser for feature sequence retrival, containing both sequences and annotations. + + optional arguments: + -h, --help Show this help message and exit + -i --input INPUT + GFF3 file to parse, containing both sequences and annotations (like the one obtained from PROKKA). + -x --extraSeq EXTRASEQ + Extra sequence to retrieve per feature in gff. + -k, --keepTemporaryFiles + Keep temporary gff(without sequence) and fasta files. + -o --outputDir OUTPUTDIR + Path to where the output is to be saved. + -s --select SELECT + txt file with the IDs of interest, one per line + -f --fromFile FROMFILE + Sequence coordinates to be retrieved. Requires contig ID and coords (contig,strart,end) in a csv file, one per line. + --version Display version, and exit. + +**Output** + +*<filename>.fasta* +Multi-fasta file with the retrieved sequences. +Headers will contain the feature ID, followed by '=', and the position of that feature in the sequence, starting with the original sequence ID,a '# and' the start and end coordinates separated with '_' (>featureID=contig#start_end). +If the `--fromFile` option is used, there's no feature ID, so the header will only contain it's position in the original sequence, followed by the start and end coordinates separated with '_' (>contig#start_end). + +*<filename>.txt* +Feature ID of the sequences that failed to be retireved, due to the start position or end position being outside of the sequence where the feature is (due to the `--extraSeq` option). + + + +## Restart ReMatCh + + +Restart a ReMatCh run abruptly terminated + +**Dependencies** +- Python (2.7.x) + +**Usage** + + usage: restart_rematch.py [-h] [--version] -i + /path/to/initial/workdir/directory/ + [-w /path/to/workdir/directory/] [-j N] + [--runFailedSamples] + + Restart a ReMatCh run abruptly terminated + + optional arguments: + -h, --help show this help message and exit + --version Version information + + Required options: + -i /path/to/initial/workdir/directory/, --initialWorkdir /path/to/initial/workdir/directory/ + Path to the directory where ReMatCh was running (default: None) + + General facultative options: + -w, --workdir /path/to/workdir/directory/ + Path to the directory where ReMatCh will run again (default: .) + -j N, --threads N + Number of threads to use instead of the ones set in initial ReMatCh run (default: None) + --runFailedSamples + Will run ReMatCh for those samples missing, as well as for samples that did not run successfully in initial ReMatCh run (default: False) + + + +## Strip Alignment + + +Strip alignment positions containing gaps, +missing data and invariable positions. + +**Dependencies** +- Python (2.7.x) +- [Biopython](http://biopython.org/) (1.68 or similar) + +**Usage** + + usage: strip_alignment.py [-h] [--version] + -i /path/to/aligned/input/file.fasta -o /path/to/stripped/output/file.fasta [--notGAPs] + [--notMissing] [--notInvariable] + + Strip alignment positions containing gaps, missing data and invariable positions + + optional arguments: + -h, --help show this help message and exit + --version Version information + + Required options: + -i, --infile /path/to/aligned/input/file.fasta + Path to the aligned fasta file (default: None) + -o, --outfile /path/to/stripped/output/file.fasta + Stripped output fasta file (default: alignment_stripped.fasta) + + General facultative options: + --notGAPs Not strip positions with GAPs (default: False) + --notMissing Not strip positions with missing data (default: False) + --notInvariable + Not strip invariable sites (default: False)
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/ReMatCh/utils/combine_alignment_consensus.py Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,120 @@ +#!/usr/bin/env python3 + +# -*- coding: utf-8 -*- + +""" +combine_alignment_consensus.py - Combine the alignment consensus +sequences from ReMatCh first run by reference sequences into single +files +<https://github.com/B-UMMI/ReMatCh/> + +Copyright (C) 2018 Miguel Machado <mpmachado@medicina.ulisboa.pt> + +Last modified: October 15, 2018 + +This program is free software: you can redistribute it and/or modify +it under the terms of the GNU General Public License as published by +the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or +(at your option) any later version. + +This program is distributed in the hope that it will be useful, +but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +GNU General Public License for more details. + +You should have received a copy of the GNU General Public License +along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. +""" + +import os +import argparse +import time +import sys + +version = '0.2' + + +def concatenate_files(input_files_list, outdir): + all_executed_printed = False + for x, input_file in enumerate(input_files_list): + sample = os.path.basename(input_file).rsplit('.', 2)[0] + with open(input_file, 'rtU') as reader: + writer = None + for line in reader: + line = line.rstrip('\r\n') + if line.startswith('>'): + file_output = os.path.join(outdir, line[1:] + '.fasta') + if writer is not None: + writer.flush() + writer.close() + if os.path.isfile(file_output): + writer = open(file_output, 'at') + else: + writer = open(file_output, 'wt') + writer.write('>' + sample + '\n') + else: + if len(line) > 0: + writer.write(line + '\n') + writer.flush() + writer.close() + + if (x + 1) % 100 == 0: + print('\n' + str(round((float(x + 1) / len(input_files_list)) * 100, 2)) + '% of IDs already processed') + all_executed_printed = True + if not all_executed_printed: + print('\n' + str(round((float(x + 1) / len(input_files_list)) * 100, 2)) + '% of IDs already processed') + + +def combine_alignment_consensus(args): + outdir = os.path.abspath(args.outdir) + if not os.path.isdir(outdir): + os.makedirs(outdir) + + outdir = os.path.join(outdir, 'combine_alignment_consensus_' + time.strftime("%Y%m%d-%H%M%S"), '') + os.makedirs(outdir) + + workdir = os.path.abspath(args.workdir) + + alignment_files = [] + directories = [d for d in os.listdir(workdir) if + not d.startswith('.') and + os.path.isdir(os.path.join(workdir, d, ''))] + for sample_dir in directories: + sample_dir_path = os.path.join(workdir, sample_dir, '') + files = [f for f in os.listdir(sample_dir_path) if + not f.startswith('.') and + os.path.isfile(os.path.join(sample_dir_path, f))] + for file_found in files: + if file_found.endswith('.alignment.fasta'): + file_found_path = os.path.join(sample_dir_path, file_found) + alignment_files.append(file_found_path) + + if len(alignment_files) > 0: + concatenate_files(alignment_files, outdir) + else: + sys.exit('No ReMatCh alignment.fasta files were found!') + + +def main(): + parser = argparse.ArgumentParser(prog='combine_alignment_consensus.py', + description='Combine the alignment consensus sequences from ReMatCh first run by' + ' reference sequences into single' + ' files', formatter_class=argparse.ArgumentDefaultsHelpFormatter) + parser.add_argument('--version', help='Version information', action='version', version=str('%(prog)s v' + version)) + + parser_required = parser.add_argument_group('Required options') + parser_required.add_argument('-w', '--workdir', type=str, metavar='/path/to/rematch/working/directory/', + help='Path to the directory where ReMatCh was running', required=True) + + parser_optional_general = parser.add_argument_group('General facultative options') + parser_optional_general.add_argument('-o', '--outdir', type=str, metavar='/path/to/output/directory/', + help='Path to the directory where the combined sequence files will stored', + required=False, default='.') + + args = parser.parse_args() + + combine_alignment_consensus(args) + + +if __name__ == "__main__": + main()
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/ReMatCh/utils/convert_Ns_to_gaps.py Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,85 @@ +#!/usr/bin/env python3 + +# -*- coding: utf-8 -*- + +""" +convert_Ns_to_gaps.py - Convert the Ns into gaps +<https://github.com/B-UMMI/ReMatCh/> + +Copyright (C) 2018 Miguel Machado <mpmachado@medicina.ulisboa.pt> + +Last modified: October 15, 2018 + +This program is free software: you can redistribute it and/or modify +it under the terms of the GNU General Public License as published by +the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or +(at your option) any later version. + +This program is distributed in the hope that it will be useful, +but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +GNU General Public License for more details. + +You should have received a copy of the GNU General Public License +along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. +""" + +import os +import argparse + + +version = '0.2' + + +def conversion(infile, outfile): + last_printed = 0 + counter = 1 + with open(infile, 'rtU') as reader: + with open(outfile, 'wt') as writer: + for line in reader: + line = line.rstrip('\r\n') + if line.startswith('>'): + writer.write(line + '\n') + if counter % 10 == 0: + print('\n' + str(counter) + ' sequences already processed') + last_printed = counter + counter += 1 + else: + if len(line) > 0: + line = line.replace('N', '-') + writer.write(line + '\n') + if last_printed < counter: + print('\n' + str(counter - 1) + ' sequences already processed') + + +def convert_n_2_gaps(args): + outdir = os.path.dirname(os.path.abspath(args.outfile)) + if not os.path.isdir(outdir): + os.makedirs(outdir) + + outfile = os.path.abspath(args.outfile) + + infile = os.path.abspath(args.infile.name) + + conversion(infile, outfile) + + +def main(): + parser = argparse.ArgumentParser(prog='convert_Ns_to_gaps.py', description='Convert the Ns into gaps', + formatter_class=argparse.ArgumentDefaultsHelpFormatter) + parser.add_argument('--version', help='Version information', action='version', version=str('%(prog)s v' + version)) + + parser_required = parser.add_argument_group('Required options') + parser_required.add_argument('-i', '--infile', type=argparse.FileType('r'), metavar='/path/to/input/file.fasta', + help='Path to the fasta file', required=True) + parser_required.add_argument('-o', '--outfile', type=str, metavar='/path/to/converted/output/file.fasta', + help='Converted output fasta file', required=True, + default='converted_Ns_to_gaps.fasta') + + args = parser.parse_args() + + convert_n_2_gaps(args) + + +if __name__ == "__main__": + main()
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/ReMatCh/utils/gffParser.py Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,225 @@ +#!/usr/bin/env python3 + +import argparse +import os +from Bio import SeqIO +from Bio.Seq import Seq +from Bio.SeqRecord import SeqRecord +import ntpath + +version = '1.0' + + +def parse_id(filename): + # get wanted feature IDs + gff_ids = [] + with open(filename, 'r') as in_handle: + for line in in_handle: + line = line.strip() + gff_ids.append(line) + return gff_ids + + +def retrieve_seq_file(fasta_file, coord_file, extra_seq, filename, output_dir): + # Parsing the sequence file, using the provided txt file containing the contig ID and positions to retrieve sequences. + handle = open(fasta_file, "rU") + records_dict = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse(handle, "fasta")) + handle.close() + + seq_2_get = {} + with open(coord_file, 'r') as sequeces2get: + for line in sequeces2get: + line = line.split(',') + coords = (int(line[-2]), int(line[-1])) + contig_id = line[0] + if contig_id in list(seq_2_get.keys()): + seq_2_get[contig_id].append(coords) + else: + seq_2_get[contig_id] = [coords] + + with open(output_dir + '/' + filename + '.fasta', 'w') as output_handle: + fails = 0 + successes = 0 + records = [] + for contig, listCoords in list(seq_2_get.items()): + contig_seq = records_dict[contig].seq + for coord in listCoords: + coord1 = coord[0] - extra_seq + coord2 = coord[1] + extra_seq + if coord1 < 0 or coord2 > len(contig_seq): + fail_log = open(output_dir + '/' + filename + '_fails.txt', 'a') + fail_log.write(contig + ',' + str(coord[0]) + ',' + str(coord[1]) + '\n') + fail_log.close() + fails += 1 + else: + geneseq = str(contig_seq[coord1:coord2]) + record = SeqRecord(Seq(geneseq), id=str(str(contig) + '#' + str(coord1) + '_' + str(coord2)), + description='') + records.append(record) + successes += 1 + SeqIO.write(records, output_handle, "fasta") + + print('Retrived %s features successfully from %s with %s bp as extra' + ' sequence.' % (str(successes), filename, str(extra_seq))) + if fails > 0: + print('%s featrued failed to retrieve. Check %s_fails.txt file.' % (str(fails), filename)) + + +def retrieve_seq(fasta_file, gff_features, extra_seq, filename, output_dir): + # parsing the sequence file into a SeqIO dictionary. one contig per entry + handle = open(fasta_file, "rU") + records_dict = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse(handle, "fasta")) + handle.close() + + with open(output_dir + '/' + filename + '.fasta', 'w') as output_handle: + fails = 0 + successes = 0 + records = [] + for locus, location in list(gff_features.items()): + # print locus + contig_seq = records_dict[location[0]].seq + coord1 = location[1] - extra_seq + coord2 = location[2] + extra_seq + if coord1 < 0 or coord2 > len(contig_seq): + fail_log = open(output_dir + '/' + filename + '_fails.txt', 'a') + fail_log.write(locus + '\n') + fail_log.close() + fails += 1 + else: + geneseq = str(contig_seq[coord1:coord2]) + if location[3] == '-': + seq = Seq(geneseq) + geneseq = str(seq.reverse_complement()) + record = SeqRecord(Seq(geneseq), + id=str(locus + '-' + str(location[0]) + '#' + str(location[1]) + '_' + + str(location[2])), + description='') + records.append(record) + successes += 1 + SeqIO.write(records, output_handle, "fasta") + print('Retrived %s features successfully from %s with %s bp as extra' + ' sequence.' % (str(successes), filename, str(extra_seq))) + if fails > 0: + print('%s featrued failed to retrieve. Check %s_fails.txt file.' % (str(fails), filename)) + + +def parse_features(temp_gff): + # parsing the feature file into a dictionary + gff_features = {} + + with open(temp_gff, 'r') as temp_genes: + for line in temp_genes: + line = line.split('\t') + if "CDS" in line[2]: + id = line[-1].split(';') + locus_id = str(id[0].split('=')[1]) + contig = line[0] + begining = int(line[3]) - 1 # to get the full sequence + end = int(line[4]) + strand = line[6] + location = [contig, begining, end, strand] + gff_features[locus_id] = location + return gff_features + + +def gff_parser(gff_file, extra_seq=0, output_dir='.', keep_temporary_files=False, ids=None, coord_file=None): + filename = ntpath.basename(gff_file).replace('.gff', '') + + # cleaning temp files if they exist + if os.path.isfile(output_dir + '/' + filename + '_features.gff'): + os.remove(output_dir + '/' + filename + '_features.gff') + if os.path.isfile(output_dir + '/' + filename + '_sequence.fasta'): + os.remove(output_dir + '/' + filename + '_sequence.fasta') + + # cleaning fails file if it exists + if os.path.isfile(output_dir + '/' + filename + '_fails.txt'): + os.remove(output_dir + '/' + filename + '_fails.txt') + + if coord_file is None: + + if ids is not None: + select_ids = parse_id(ids) + else: + select_ids = None + + # separating the gff into 2 different files: one with the features and another with the conting sequences + with open(gff_file, 'r') as in_handle, open(output_dir + '/' + filename + '_features.gff', 'a') as temp_genes, \ + open(output_dir + '/' + filename + '_sequence.fasta', 'a') as temp_contigs: + for line in in_handle: + if not line.startswith('##'): + if '\t' in line: + if select_ids is not None: + items = line.split('\t') + id = items[-1].split(';')[0] + id = id.split('=')[1] + if id in select_ids: + temp_genes.write(line) + else: + temp_genes.write(line) + else: + temp_contigs.write(line) + + gff_files = parse_features(output_dir + '/' + filename + '_features.gff') + + retrieve_seq(output_dir + '/' + filename + '_sequence.fasta', gff_files, extra_seq, filename, output_dir) + + else: + with open(gff_file, 'r') as in_handle, \ + open(output_dir + '/' + filename + '_sequence.fasta', 'a') as temp_contigs: + for line in in_handle: + if not line.startswith('##'): + if '\t' in line: + pass + else: + temp_contigs.write(line) + + retrieve_seq_file(output_dir + '/' + filename + '_sequence.fasta', coord_file, extra_seq, filename, output_dir) + + # removing temp files + if not keep_temporary_files: + try: + os.remove(output_dir + '/' + filename + '_features.gff') + except: + pass + os.remove(output_dir + '/' + filename + '_sequence.fasta') + + +def main(): + parser = argparse.ArgumentParser(prog='gffParser.py', description='GFF3 parser for feature sequence retrival.', + epilog='by C I Mendes (cimendes@medicina.ulisboa.pt)') + parser.add_argument('--version', help='Version information', action='version', version=str('%(prog)s v' + version)) + + parser.add_argument('-i', '--input', + help='GFF3 file to parse, containing both sequences and annotations (like the one obtained from' + ' PROKKA).', type=argparse.FileType('r'), required=True) + parser.add_argument('-x', '--extraSeq', help='Extra sequence to retrieve per feature in gff.', default=0, type=int, + required=False) + parser.add_argument('-k', '--keepTemporaryFiles', help='Keep temporary gff(without sequence) and fasta files.', + action='store_true') + parser.add_argument('-o', '--outputDir', help='Path to where the output is to be saved.', default='.', + required=False) + + parser_optional_selected_regions_exclusive = parser.add_mutually_exclusive_group() + parser_optional_selected_regions_exclusive.add_argument('-s', '--select', + help='txt file with the IDs of interest, one per line', + type=argparse.FileType('r'), required=False) + parser_optional_selected_regions_exclusive.add_argument('-f', '--fromFile', + help='Sequence coordinates to be retrieved. Requires contig' + ' ID and coords (contig,strart,end) in a csv file. One' + ' per line.', type=argparse.FileType('r'), + required=False) + + args = parser.parse_args() + + args.outputDir = os.path.abspath(args.outputDir) + if not os.path.isdir(args.outputDir): + os.makedirs(args.outputDir) + + gff_parser(os.path.abspath(args.input.name), args.extraSeq, os.path.abspath(args.outputDir), + args.keepTemporaryFiles, + os.path.abspath(args.select.name) if args.select is not None else None, + os.path.abspath(args.fromFile.name) if args.fromFile is not None else None) + + +if __name__ == "__main__": + main()
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/ReMatCh/utils/restart_rematch.py Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,303 @@ +#!/usr/bin/env python3 + +# -*- coding: utf-8 -*- + +""" +restart_rematch.py - Restarts a ReMatCh run abruptly terminated +<https://github.com/B-UMMI/ReMatCh/> + +Copyright (C) 2018 Miguel Machado <mpmachado@medicina.ulisboa.pt> + +Last modified: October 15, 2018 + +This program is free software: you can redistribute it and/or modify +it under the terms of the GNU General Public License as published by +the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or +(at your option) any later version. + +This program is distributed in the hope that it will be useful, +but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +GNU General Public License for more details. + +You should have received a copy of the GNU General Public License +along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. +""" + +import os +import argparse +import subprocess +import time + + +version = '0.1' + + +def run_rematch(args): + print('\n' + '==========> Restarting ReMatCh <==========' + '\n') + + workdir = os.path.abspath(args.workdir) + if not os.path.isdir(workdir): + os.makedirs(workdir) + + initial_workdir = os.path.abspath(args.initialWorkdir) + + files_required = get_files_required(initial_workdir) + + samples_run = get_samples_run(files_required['sample_report']['file']) + + command, list_ids, taxon, threads, initial_present_directory = get_rematch_command(files_required['run']['file']) + + samples_fastq = {} + + if list_ids is not None: + total_samples = get_list_ids_from_file(list_ids) + elif taxon: + total_samples = get_taxon_run_ids(files_required['IDs_list.seqFromWebTaxon']['file']) + else: + samples_fastq = search_fastq_files(initial_workdir) + total_samples = list(samples_fastq.keys()) + + samples_to_run = list(set(total_samples).symmetric_difference(set(sum(list(samples_run.values()), []) if + not args.runFailedSamples else + samples_run['True'] if + 'True' in samples_run else ['']))) + + print(str(len(samples_to_run)) + ' samples out of ' + str(len(total_samples)) + ' will be analysed by' + ' ReMatCh' + '\n') + + if list_ids is not None or taxon: + samples_to_run_file = write_samples_to_run(samples_to_run, workdir) + else: + set_samples_from_folders(samples_to_run, samples_fastq, workdir) + + command.extend(['-w', workdir]) + command.extend(['-j', str(threads) if args.threads is None else str(args.threads)]) + if list_ids is not None or taxon: + command.extend(['-l', samples_to_run_file]) + + print('ReMatCh will start in 5 seconds...') + time.sleep(5) + + os.chdir(initial_present_directory) + subprocess.call(command) + + +def write_samples_to_run(samples_to_run, workdir): + samples_to_run_file = os.path.join(workdir, 'restart_rematch.samples_to_run.txt') + with open(samples_to_run_file, 'wt') as writer: + for sample in samples_to_run: + writer.write(sample + '\n') + return samples_to_run_file + + +def get_files_required(initial_workdir): + files_required = {'sample_report': {'extension': 'tab'}, + 'run': {'extension': 'log'}, + 'IDs_list.seqFromWebTaxon': {'extension': 'tab'}} + files = sorted([f for f in os.listdir(initial_workdir) if + not f.startswith('.') and + os.path.isfile(os.path.join(initial_workdir, f))]) + for file_found in files: + file_path = os.path.join(initial_workdir, file_found) + file_modification = os.path.getmtime(file_path) + for prefix, values in list(files_required.items()): + if file_found.startswith(prefix + '.') and file_found.endswith('.' + values['extension']): + if 'file' not in values: + files_required[prefix]['file'] = file_path + files_required[prefix]['modification'] = file_modification + else: + if file_modification > files_required[prefix]['modification']: + files_required[prefix]['file'] = file_path + files_required[prefix]['modification'] = file_modification + return files_required + + +def get_samples_run(sample_report_file): + samples_run = {} + with open(sample_report_file, 'rtU') as reader: + for line in reader: + line = line.splitlines()[0] + if len(line) > 0: + if not line.startswith('#'): + sample_info = line.split('\t') + if sample_info[1] not in samples_run: + samples_run[sample_info[1]] = [] + samples_run[sample_info[1]].append(sample_info[0]) + return samples_run + + +def get_rematch_command(log_file): + variables = {'command': False, 'directory': False} + with open(log_file, 'rtU') as reader: + for line in reader: + if any([isinstance(value, bool) for value in list(variables.values())]): + line = line.splitlines()[0] + if len(line) > 0: + if line == 'COMMAND:': + variables['command'] = True + elif line == 'PRESENT DIRECTORY:': + variables['directory'] = True + else: + if variables['command'] is True: + variables['command'] = line.split(' ') + elif variables['directory'] is True: + variables['directory'] = line + else: + break + command = {'command': [], 'listIDs': None, 'taxon': False, 'threads': None} + if all([not isinstance(value, bool) for value in list(variables.values())]): + counter = 0 + while counter < len(variables['command']): + if variables['command'][counter].startswith('-'): + if variables['command'][counter] not in ('-t', '--taxon'): + if variables['command'][counter] in ('-l', '--listIDs'): + command['listIDs'] = variables['command'][counter + 1] + counter += 1 + elif variables['command'][counter] in ('-w', '--workdir'): + counter += 1 + elif variables['command'][counter] in ('-j', '--threads'): + command['threads'] = int(variables['command'][counter + 1]) + counter += 1 + elif variables['command'][counter] == '--mlst': + species = [] + counter += 1 + while counter < len(variables['command']) and not variables['command'][counter].startswith('-'): + if len(variables['command'][counter]) > 0: + species.append(variables['command'][counter]) + counter += 1 + command['command'].extend(['--mlst', ' '.join(species)]) + else: + command['command'].append(variables['command'][counter]) + if counter + 1 < len(variables['command']) and \ + not variables['command'][counter + 1].startswith('-'): + command['command'].append(variables['command'][counter + 1]) + counter += 1 + else: + command['taxon'] = True + for i in range(counter, len(variables['command'])): + if i + 1 < len(variables['command']): + if variables['command'][i + 1].startswith('-'): + counter = i + break + else: + counter = i + else: + command['command'].append(variables['command'][counter]) + counter += 1 + return command['command'], command['listIDs'], command['taxon'], command['threads'], variables['directory'] + + +def get_taxon_run_ids(ids_list_seq_from_web_taxon_file): + list_ids = [] + with open(ids_list_seq_from_web_taxon_file, 'rtU') as reader: + for line in reader: + line = line.splitlines()[0] + if len(line) > 0: + if not line.startswith('#'): + line = line.split('\t') + list_ids.append(line[0]) + return list_ids + + +def get_list_ids_from_file(list_ids_file): + list_ids = [] + with open(list_ids_file, 'rtU') as lines: + for line in lines: + line = line.splitlines()[0] + if len(line) > 0: + list_ids.append(line) + return list_ids + + +def search_fastq_files(initial_workdir): + files_extensions = ['.fastq.gz', '.fq.gz'] + pair_end_files_separation = [['_R1_001.f', '_R2_001.f'], ['_1.f', '_2.f']] + + list_ids = {} + directories = [d for d in os.listdir(initial_workdir) if + not d.startswith('.') and + os.path.isdir(os.path.join(initial_workdir, d, ''))] + for directory_found in directories: + directory_path = os.path.join(initial_workdir, directory_found, '') + + fastq_found = [] + files = [f for f in os.listdir(directory_path) if + not f.startswith('.') and + os.path.isfile(os.path.join(directory_path, f))] + for file_found in files: + if file_found.endswith(tuple(files_extensions)): + fastq_found.append(file_found) + + if len(fastq_found) == 1: + list_ids[directory_found] = [os.path.join(directory_path, f) for f in fastq_found] + elif len(fastq_found) >= 2: + file_pair = [] + + # Search pairs + for pe_separation in pair_end_files_separation: + for fastq in fastq_found: + if pe_separation[0] in fastq or pe_separation[1] in fastq: + file_pair.append(fastq) + + if len(file_pair) == 2: + break + else: + file_pair = [] + + # Search single + if len(file_pair) == 0: + for pe_separation in pair_end_files_separation: + for fastq in fastq_found: + if pe_separation[0] not in fastq or pe_separation[1] not in fastq: + file_pair.append(fastq) + + if len(file_pair) >= 1: + file_pair = file_pair[0] + + if len(file_pair) >= 1: + list_ids[directory_found] = [os.path.join(directory_path, f) for f in file_pair] + + return list_ids + + +def set_samples_from_folders(samples_to_run, samples_fastq, workdir): + for sample in samples_to_run: + sample_dir = os.path.join(workdir, sample, '') + if not os.path.isdir(sample_dir): + os.mkdir(sample_dir) + for file_found in samples_fastq[sample]: + link_path = os.path.join(sample_dir, os.path.basename(file_found)) + if os.path.islink(link_path): + os.remove(link_path) + if not os.path.isfile(link_path): + os.symlink(file_found, link_path) + + +def main(): + parser = argparse.ArgumentParser(prog='restart_rematch.py', description='Restart a ReMatCh run abruptly terminated', + formatter_class=argparse.ArgumentDefaultsHelpFormatter) + parser.add_argument('--version', help='Version information', action='version', version=str('%(prog)s v' + version)) + + parser_required = parser.add_argument_group('Required options') + parser_required.add_argument('-i', '--initialWorkdir', type=str, metavar='/path/to/initial/workdir/directory/', + help='Path to the directory where ReMatCh was running', required=True) + + parser_optional_general = parser.add_argument_group('General facultative options') + parser_optional_general.add_argument('-w', '--workdir', type=str, metavar='/path/to/workdir/directory/', + help='Path to the directory where ReMatCh will run again', required=False, + default='.') + parser_optional_general.add_argument('-j', '--threads', type=int, metavar='N', + help='Number of threads to use instead of the ones set in initial ReMatCh run', + required=False) + parser_optional_general.add_argument('--runFailedSamples', action='store_true', + help='Will run ReMatCh for those samples missing, as well as for samples that' + ' did not run successfully in initial ReMatCh run') + + args = parser.parse_args() + + run_rematch(args) + + +if __name__ == "__main__": + main()
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/ReMatCh/utils/strip_alignment.py Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,183 @@ +#!/usr/bin/env python3 + +# -*- coding: utf-8 -*- + +""" +strip_alignment.py - Strip alignment positions containing gaps, +missing data and invariable positions +<https://github.com/B-UMMI/ReMatCh/> + +Copyright (C) 2018 Miguel Machado <mpmachado@medicina.ulisboa.pt> + +Last modified: October 15, 2018 + +This program is free software: you can redistribute it and/or modify +it under the terms of the GNU General Public License as published by +the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or +(at your option) any later version. + +This program is distributed in the hope that it will be useful, +but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +GNU General Public License for more details. + +You should have received a copy of the GNU General Public License +along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. +""" + +from Bio import SeqIO +import os +import argparse +import sys + + +version = '0.2' + + +def get_sequences(infile): + print('Getting sequences') + sequences_seq_io = list(SeqIO.parse(infile, 'fasta')) + + sequence_length = None + sequences_dict = {} + all_executed_printed = False + for x, sequence in enumerate(sequences_seq_io): + if sequence_length is None: + sequence_length = len(sequence.seq) + if sequence_length != len(sequence.seq): + sys.exit('Sequences with different length!') + sequences_dict[sequence.id] = list(sequence.seq) + + if (x + 1) % 10 == 0: + print('\n' + str(round((float(x + 1) / len(sequences_seq_io)) * 100, 2)) + '% of sequences already processed (getting sequences)') + if x + 1 == len(sequences_seq_io): + all_executed_printed = True + if not all_executed_printed: + print('\n' + str(round((float(x + 1) / len(sequences_seq_io)) * 100, 2)) + '% of sequences already processed (getting sequences)') + + return sequences_dict, sequence_length + + +def positions_type(sequences_dict, sequence_length, not_gaps, not_missing, not_invariable): + print('Determining positions type') + positions_2_keep = [] + invariable = [] + missing = [] + gaps = [] + gaps_missing = 0 + all_executed_printed = False + for i in range(0, sequence_length): + data = [] + for sample in sequences_dict: + data.append(sequences_dict[sample][i]) + possibilities = set(data) + if len(possibilities) == 1: + invariable.append(i) + if len(possibilities.intersection(set(['N']))) > 0: + missing.append(i) + if len(possibilities.intersection(set(['-']))) > 0: + gaps.append(i) + if len(possibilities.intersection(set(['N', '-']))) > 0: + gaps_missing += 1 + if len(possibilities) > 1 and len(possibilities.intersection(set(['N', '-']))) == 0: + positions_2_keep.append(i) + + if (i + 1) % 10000 == 0: + print('\n' + str(round((float(i + 1) / sequence_length) * 100, 2)) + '% of positions already' + ' processed (determining positions' + ' type)') + if i + 1 == len(sequences_dict): + all_executed_printed = True + if not all_executed_printed: + print('\n' + str(round((float(i + 1) / sequence_length) * 100, 2)) + '% of positions already' + ' processed (determining positions' + ' type)') + + print('Positions to keep (no matter): ' + str(len(positions_2_keep))) + print('Invariable sites: ' + str(len(invariable))) + print('Positions with missing data ("N"): ' + str(len(missing))) + print('Positions with GAPs ("-"): ' + str(len(gaps))) + print('Positions with GAPs or missing data: ' + str(gaps_missing)) + + if not_gaps: + positions_2_keep.extend(gaps) + if not_missing: + positions_2_keep.extend(missing) + if not_invariable: + positions_2_keep.extend(invariable) + + positions_2_keep = sorted(set(positions_2_keep)) + + print('Positions to keep (final): ' + str(len(positions_2_keep))) + + return positions_2_keep + + +def chunkstring(string, length): + return (string[0 + i:length + i] for i in range(0, len(string), length)) + + +def write_fasta(sequences_dict, positions_2_keep, outfile): + print('Writing stripped sequences') + all_executed_printed = False + with open(outfile, 'wt') as writer: + for x, sample in enumerate(sequences_dict): + writer.write('>' + sample + '\n') + fasta_sequence_lines = chunkstring(''.join([sequences_dict[sample][i] for i in positions_2_keep]), 80) + for line in fasta_sequence_lines: + writer.write(line + '\n') + + if (x + 1) % 100 == 0: + print('\n' + str(round((float(x + 1) / len(sequences_dict)) * 100, 2)) + '% of sequences already' + ' processed (writing stripped' + ' sequences)') + if x + 1 == len(sequences_dict): + all_executed_printed = True + if not all_executed_printed: + print('\n' + str(round((float(x + 1) / len(sequences_dict)) * 100, 2)) + '% of sequences already' + ' processed (writing stripped' + ' sequences)') + + +def strip_alignment(args): + outdir = os.path.dirname(os.path.abspath(args.outfile)) + if not os.path.isdir(outdir): + os.makedirs(outdir) + + outfile = os.path.abspath(args.outfile) + + infile = os.path.abspath(args.infile.name) + + sequences_dict, sequence_length = get_sequences(infile) + positions_2_keep = positions_type(sequences_dict, sequence_length, args.notGAPs, args.notMissing, + args.notInvariable) + write_fasta(sequences_dict, positions_2_keep, outfile) + + +def main(): + parser = argparse.ArgumentParser(prog='strip_alignment.py', + description='Strip alignment positions containing gaps, missing data and' + ' invariable positions', + formatter_class=argparse.ArgumentDefaultsHelpFormatter) + parser.add_argument('--version', help='Version information', action='version', version=str('%(prog)s v' + version)) + + parser_required = parser.add_argument_group('Required options') + parser_required.add_argument('-i', '--infile', type=argparse.FileType('r'), + metavar='/path/to/aligned/input/file.fasta', help='Path to the aligned fasta file', + required=True) + parser_required.add_argument('-o', '--outfile', type=str, metavar='/path/to/stripped/output/file.fasta', + help='Stripped output fasta file', required=True, default='alignment_stripped.fasta') + + parser_optional_general = parser.add_argument_group('General facultative options') + parser_optional_general.add_argument('--notGAPs', action='store_true', help='Not strip positions with GAPs') + parser_optional_general.add_argument('--notMissing', action='store_true', + help='Not strip positions with missing data') + parser_optional_general.add_argument('--notInvariable', action='store_true', help='Not strip invariable sites') + + args = parser.parse_args() + + strip_alignment(args) + + +if __name__ == "__main__": + main()
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/__init__.py Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,1 @@ +__version__ = '1.0'
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/filter_spades_repeats.pl Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,313 @@ +#!/usr/bin/env perl + +use strict; +use Getopt::Long; +use Bio::SeqIO; +use Pod::Usage; + +my ($fasta_file, $tab_file, $coverage_co, $length_co, $repeat_co, $out_filtered, $out_repeats, $out_norepeats,$coverage_length_co, $summary_out, $filtered_repeats, $help); + +GetOptions( + 'c|coverage-cutoff=s' => \$coverage_co, + 'l|length-cutoff=s' => \$length_co, + 'e|coverage-length-cutoff=s' => \$coverage_length_co, + 'r|repeat_cutoff=s' => \$repeat_co, + 'i|input=s' => \$fasta_file, + 't|tab=s' => \$tab_file, + 'f|filtered-out=s' => \$out_filtered, + 'o|output-repeats=s' => \$out_repeats, + 'u|output-norepeats=s' => \$out_norepeats, + 'n|filtered-repeats=s' => \$filtered_repeats, + 's|summary=s' => \$summary_out, + 'h|help' => \$help +); + +pod2usage(-verbose => 2) if ($help); +print "A fasta file is required. Please enter a fasta file using the -i flag.\n" if (!$fasta_file); +print "A spades tabs file is required. Please enter a tabs file using the -t flag\n" if (!$tab_file); +pod2usage(1) unless $fasta_file && $tab_file; + +if (!$coverage_co) +{ + $coverage_co = 0.33; +} +if (!$length_co) +{ + $length_co = 1000; +} +if (!$coverage_length_co) +{ + $coverage_length_co = 5000; +} +if (!$repeat_co) +{ + $repeat_co = 1.75; +} +if (!$out_filtered) +{ + $out_filtered = "Discarded_sequences.fasta"; + print "Discarded sequences will be printed out to $out_filtered\n"; +} +if (!$out_repeats) +{ + $out_repeats = "Filtered_sequences_with_repeats.fasta"; + print "Filtered sequences with repeats will be printed out to $out_repeats\n"; +} +if (!$out_norepeats) +{ + $out_norepeats = "Filtered_sequences_no_repeats.fasta"; + print "Filtered sequences without repeats will be printed out to $out_norepeats\n"; +} +if (!$filtered_repeats) +{ + $filtered_repeats = "Repeat_sequences.fasta"; + print "Repeat sequences will be printed out to $filtered_repeats\n"; +} + +die ("No tab file specified") unless ($tab_file); +die ("No fasta file specified") unless ($fasta_file); + +##Read tab file and discard rows with comments +open TAB, '<', $tab_file or die "Could not open tab file: $?"; +open SEQIN, '<', $fasta_file or die "Could not open tab file: $?"; +open SEQOUT_REP, '>', $out_repeats or die "Could not open file for writing: $?"; +open SEQOUT_NOREP, '>', $out_norepeats or die "Could not open file for writing: $?"; +open SEQOUT_FILT, '>', $out_filtered if ($out_filtered); +open SEQOUT_FILT_REP, '>', $filtered_repeats or die "Could not open file for writing: $?"; +open SUMMARY, '>', $summary_out if ($summary_out); + + +my $avg_coverage = 0; +my $num_contigs = 0; +my $cutoff_coverage; +my $cutoff_repeats; +my @stats; + + +while (<TAB>) +{ + chomp; + push @stats, $_ unless (/^#/); +} + +#Calculate average coverage. +foreach my $stat(@stats) +{ + my ($length, $coverage); + (undef,$length, $coverage) = split(/\t+/, $stat); + die "length or coverage not defined at $stat\n" unless ($length && ($coverage ne '' && $coverage >= 0)); + if ($length >= $coverage_length_co) + { + $avg_coverage = $avg_coverage + $coverage; + $num_contigs++; + } +} + +$avg_coverage = $avg_coverage / $num_contigs; +$cutoff_coverage = $avg_coverage * $coverage_co; +$cutoff_repeats = $avg_coverage * $repeat_co; + +print SUMMARY "Filter SPAdes repeats Results Summary\n======================================\n\n" if ($summary_out); +print SUMMARY "Paramaters used:\nLength cutoff for calcularing average cutoff: $coverage_length_co\nCoverage cutoff ratio: $coverage_co\nRepeat cutoff ratio: $repeat_co\nLength cutoff: $length_co\n\n" if ($summary_out); + +print SUMMARY "Calculations:\nAverage coverage: $avg_coverage\nCoverage cutoff: $cutoff_coverage\nRepeat cutoff: $cutoff_repeats\n\nFile headers:\n" if ($summary_out); + +my ($header, $seq_id, $seq); +my $repeated = 0; +my $valid = 0; + +#Summary strings: +my $discarded = ""; +my $repeats = ""; +my $filtered_rep = ""; +my $filtered_norep = ""; + +while (my $line = <SEQIN>) +{ + if ($line =~ />/) + { + chomp $line; + #Get the sequence name to compare against tab file + $header = $line; + $seq_id = $line =~ /(\w+)_length/; + $seq = ""; + + my $stat = shift @stats; + die "Less rows in tab than sequences in seq file" unless $stat; + my($name, $length, $coverage) = split(/\t+/, $stat); + die "name or length not defined at $stat\n" unless ($name && $length); + die "coverage is not defined at $stat\n" unless ($coverage ne '' && $coverage >= 0); + die "Unmatched names $header and $name\n" unless ($header =~ /$name/i); + + #Entry passes the length and coverage cutoffs? + if ($length >= $length_co && $coverage >= $cutoff_coverage) + { + $valid = 1; + #Repeats + if ($coverage >= $cutoff_repeats) + { + my $num_repeats = int($coverage/$avg_coverage); + $header = $header."(".$num_repeats." copies)"; + print SEQOUT_REP $header,"\n"; + $filtered_rep = $filtered_rep.$header."\n"; + print SEQOUT_FILT_REP $header, "\n"; + $repeats = $repeats.$header."\n"; + $repeated = 1; + } + else + { + print SEQOUT_REP $header, "\n"; + $filtered_rep = $filtered_rep.$header."\n"; + print SEQOUT_NOREP $header, "\n"; + $filtered_norep = $filtered_norep.$header."\n"; + $repeated = 0; + } + } + elsif ($out_filtered) + { + $valid = 0; + print SEQOUT_FILT $header,"\n"; + $discarded = $discarded.$header."\n"; + } + } + else + { + if ($valid) + { + print SEQOUT_REP $line; + if (!$repeated) + { + print SEQOUT_NOREP $line; + } + else + { + print SEQOUT_FILT_REP $line; + } + } + elsif ($out_filtered) + { + print SEQOUT_FILT $line; + } + } + +} + +close TAB; +close SEQIN; +close SEQOUT_REP; +close SEQOUT_NOREP; +close SEQOUT_FILT; +close SEQOUT_FILT_REP; + + +#Get summary info: +if ($summary_out) +{ + print SUMMARY "Filtered sequences (with repeats):\n$filtered_rep\n"; + print SUMMARY "Filtered sequences (no repeats):\n$filtered_norep\n"; + print SUMMARY "Repeat sequences:\n$repeats\n"; + if ($out_filtered) + { + print SUMMARY "Discarded sequences:\n$discarded\n"; + } + + close SUMMARY; +} + +die "More rows in stats file than sequences in the fasta file\n" if (scalar(@stats) > 0); +exit 0; + + +__END__ + + + +=head1 NAME + + filter_spades_repeats.pl - Filters contigs or scaffolds based on contig length and detects contigs/scaffolds with very high coverage. + + + +=head1 USAGE + + filter_spades_output.pl -i <contigs/scaffolds input> + -t <stats input> + -o <output fasta with repeats> + -u <output fasta without repeats> + + Optional: + -c <coverage cutoff ratio> (default 0.33) + -l <length cutoff> (default: 1000) + -e <length cutoff for average coverage calculation> (default: 5000) + -r <repeat cutoff ratio> (default (1.75) + -n <filtered repeated sequences> + -f <discarded sequences> + -s <output summary file> + + For more information: + -h + + +=head1 INPUT + +=over 8 + +=item B<-i>B<--input> + +Contigs/Scaffolds fasta file. + +=item B<-t>B<--tab> + +The tabular output file from SPAdes. This file should have the following format: + + #name length coverage + + NODE_1 31438 24.5116 + + NODE_2 31354 2316.96 + + NODE_3 26948 82.3294 + +=item B<-o>B<--output-repeats> + +Output fasta file including the contigs marked as repeated. + +=item B<-u>B<--output-norepeats> + +Output fasta file excluding the contigs marked as repeated. + +=item B<-c>B<--coverage-cutoff> + +Mininum coverage ratio. + + coverage_theshold = average_coverage * minimum_coverage_ratio. + +Any contigs/scaffolds with coverage below the coverage_theshold will be eliminated. + +=item B<-l>B<--length-cutoff> + +Mininum length. Contigs below this length will be eliminated. + +=item B<-e>B<--coverage-length-cutoff> + +Minimum length to use for average coverage calculations. + +=item B<-r>B<--repeat-cutoff> + +Minimum repeats ratio. + + repeat_threshold = average_coverage * repeat_ratio. + +Any contigs with coverage below this threshold will be considered to be repeated + + +=item B<-f>B<--filtered-out> + +If specified, filtered out sequences will be written to this file. + +=item B<-s>B<--summary> + +A summary of results + +=back +=cut
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/modules/run_rematch.py Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,120 @@ +import functools +import os +import sys +import multiprocessing + +try: + import modules.utils as utils +except ImportError: + from pathotyping.modules import utils as utils + + +# {'noMatter': '/home/ubuntu/NGStools/patho_typing/mpmachado_stuff.out_test/rematch/sample.noMatter.fasta', 'correct': '/home/ubuntu/NGStools/patho_typing/mpmachado_stuff.out_test/rematch/sample.correct.fasta', 'alignment': '/home/ubuntu/NGStools/patho_typing/mpmachado_stuff.out_test/rematch/sample.alignment.fasta'} + + +def remove_alignment(alignment_file): + directory = os.path.dirname(alignment_file) + files = [f for f in os.listdir(directory) if not f.startswith('.') and os.path.isfile(os.path.join(directory, f))] + for file_found in files: + if file_found.startswith(os.path.splitext(os.path.basename(alignment_file))[0]): + file_found = os.path.join(directory, file_found) + os.remove(file_found) + + +def remove_reference_stuff(outdir, reference_file): + files = [f for f in os.listdir(outdir) if not f.startswith('.') and os.path.isfile(os.path.join(outdir, f))] + for file_found in files: + if file_found.startswith(os.path.splitext(os.path.basename(reference_file))[0]): + file_found = os.path.join(outdir, file_found) + os.remove(file_found) + + +def clean_rematch_folder(consensus_files, bam_file, reference_file, outdir, doNotRemoveConsensus, debug_mode_true): + if not debug_mode_true: + if not doNotRemoveConsensus: + for consensus_type, file_path in list(consensus_files.items()): + if os.path.isfile(file_path): + os.remove(file_path) + if bam_file is not None: + remove_alignment(bam_file) + remove_reference_stuff(outdir, reference_file) + + +def sequence_data(sample, reference_file, bam_file, outdir, threads, length_extra_seq, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, debug_mode_true, rematch): + sequence_data_outdir = os.path.join(outdir, 'sequence_data', '') + utils.removeDirectory(sequence_data_outdir) + os.mkdir(sequence_data_outdir) + + sequences, headers = utils.get_sequence_information(reference_file, length_extra_seq) + + pool = multiprocessing.Pool(processes=threads) + for sequence_counter in sequences: + sequence_dir = os.path.join(sequence_data_outdir, str(sequence_counter), '') + utils.removeDirectory(sequence_dir) + os.makedirs(sequence_dir) + pool.apply_async(rematch.analyse_sequence_data, args=(bam_file, sequences[sequence_counter], sequence_dir, sequence_counter, reference_file, length_extra_seq, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele,)) + pool.close() + pool.join() + + run_successfully, sample_data, consensus_files, consensus_sequences = rematch.gather_data_together(sample, sequence_data_outdir, sequences, outdir.rsplit('/', 2)[0], debug_mode_true, length_extra_seq, False) + + return run_successfully, sample_data, consensus_files, consensus_sequences + + +def determine_general_statistics(sample_data, minimum_gene_coverage, minimum_gene_identity): + print('Writing report file') + number_absent_genes = 0 + number_genes_multiple_alleles = 0 + mean_sample_coverage = 0 + + with open('output_dir/rematch/rematchModule_report.txt', 'wt') as writer: + writer.write('\t'.join(['#gene', 'percentage_gene_coverage', 'gene_mean_read_coverage', 'percentage_gene_low_coverage', 'number_positions_multiple_alleles', 'percentage_gene_identity']) + '\n') + for i in range(1, len(sample_data) + 1): + writer.write('\t'.join([sample_data[i]['header'], str(round(sample_data[i]['gene_coverage'], 2)), str(round(sample_data[i]['gene_mean_read_coverage'], 2)), str(round(sample_data[i]['gene_low_coverage'], 2)), str(sample_data[i]['gene_number_positions_multiple_alleles']), str(round(sample_data[i]['gene_identity'], 2))]) + '\n') + + if sample_data[i]['gene_coverage'] < minimum_gene_coverage or sample_data[i]['gene_identity'] < minimum_gene_identity: + number_absent_genes += 1 + else: + mean_sample_coverage += sample_data[i]['gene_mean_read_coverage'] + if sample_data[i]['gene_number_positions_multiple_alleles'] > 0: + number_genes_multiple_alleles += 1 + + if len(sample_data) - number_absent_genes > 0: + mean_sample_coverage = float(mean_sample_coverage) / float(len(sample_data) - number_absent_genes) + else: + mean_sample_coverage = 0 + + writer.write('\n'.join(['#general', '>number_absent_genes', str(number_absent_genes), '>number_genes_multiple_alleles', str(number_genes_multiple_alleles), '>mean_sample_coverage', str(round(mean_sample_coverage, 2))]) + '\n') + + print('\n'.join([str('number_absent_genes: ' + str(number_absent_genes)), + str('number_genes_multiple_alleles: ' + str(number_genes_multiple_alleles)), + str('mean_sample_coverage: ' + str(round(mean_sample_coverage, 2)))]) + '\n') + + return number_absent_genes, number_genes_multiple_alleles, mean_sample_coverage + +module_timer = functools.partial(utils.timer, name='Module ReMatCh') + + +@module_timer +def run_rematch(rematch, outdir, reference_file, bam_file, threads, length_extra_seq, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, minimum_gene_coverage, minimum_gene_identity, debug_mode_true, doNotRemoveConsensus): + module_dir = os.path.join(outdir, 'rematch', '') + utils.removeDirectory(module_dir) + os.makedirs(module_dir) + + sys.path.append(os.path.join(os.path.dirname(rematch), 'modules')) + import rematch_module as rematch + + print('Analysing alignment data') + run_successfully, sample_data, consensus_files, consensus_sequences = sequence_data('sample', reference_file, bam_file, module_dir, threads, length_extra_seq, minimum_depth_presence, minimum_depth_call, minimum_depth_frequency_dominant_allele, debug_mode_true, rematch) + + if run_successfully: + number_absent_genes, number_genes_multiple_alleles, mean_sample_coverage = \ + determine_general_statistics(sample_data=sample_data, minimum_gene_coverage=minimum_gene_coverage, + minimum_gene_identity=minimum_gene_identity) + + if not debug_mode_true: + utils.removeDirectory(module_dir) + + clean_rematch_folder(consensus_files, bam_file, reference_file, outdir, doNotRemoveConsensus, debug_mode_true) + + return run_successfully, {'number_absent_genes': number_absent_genes if 'number_absent_genes' in locals() else None, 'number_genes_multiple_alleles': number_genes_multiple_alleles if 'number_genes_multiple_alleles' in locals() else None, 'mean_sample_coverage': round(mean_sample_coverage, 2) if 'mean_sample_coverage' in locals() else None}, sample_data if 'sample_data' in locals() else None
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/modules/seq_conf/escherichia_coli/typing.config Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,20 @@ +#reference_file (fasta file full path) +escherichia_coli.fasta +#length_extra_seq (int) +0 +#maximum_number_absent_genes (int) +1 +#maximum_number_genes_multiple_alleles (int) +1 +#minimum_read_coverage (x, int) +25 +#minimum_depth_presence (x, int) +5 +#minimum_depth_call (x, int) +10 +#minimum_depth_frequency_dominant_allele (0-1, double) +0.60 +#minimum_gene_coverage (0-100, int) +60 +#minimum_gene_identity (0-100, int) +70
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/modules/seq_conf/escherichia_coli/typing.fasta Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,98756 @@ +>tia_1_U20318 +ATGATTGAAATGAAAAAGGTTATTGCGGTTTCAGCGCTTGCAATGGCAGGTATGTTTTCGGCCCAGGCTCTGGCTGATGA +GAGCAAAACAGGCTTTTATGTGACCGGTAAAGCCGGTGCTTCAGTTGTGATGCAGACTGACCAGCGCTTCCGTCAGGACT +TTGGGGATGATGTTTATAAGTATAAGGGCGGTGATAAAAACGATACTGTATTTGGTGCCGGCCTTGCAGTGGGCTATGAT +TTTTATCAACATTACAATGTTCCAGTACGCACGGAAGTGGAATTCTATGGCCGTGGAGCTGCAGACTCCCGTTATACACT +GGATACATGGCGTTCTCCGATGGGGGATGGTGGTCGGGAAGACACACAAAATAGGCTCAGTGTGAATACCCTGATGGTGA +ACACGTATTATGATTTCAGAAACAGCAGTGCATTTACTCCATGGGTATCTGTTGGCCTGGGTTATGCACGGGTACATCAT +AAGGCGACATATATTGATACCTCCTGGAATGAATCTGGCGAGATAAGTGATATTTCTGCGTTACATTACTCGGGATATGA +TAACAACTTCGCATGGAGCATTGGGGCCGGTGTTCGCTATGACGTAACCCCGGATATCGCTCTTGACCTCAGCTATCGCT +ATCTGGATGCTGGTAAATCCTCCCTGTCTTACAAGGATACAGAAGGGGATAAATATAAATCAGAGGCTGACGTTAAAAGT +CATGACATTATGCTTGGGGTAACTTATCATTTCTGA +>sth-sta3_1_FN822745 +ATGAAGAAATCAATATTATTTATTTTTCTTTCTGTATTGTCTTTTTCACCTTTCGCTCAGGATGCTAAAC +CAGTAGAGTCTTCAAAAGAAAAAATCACACTAGAATCAAAAAAATGTAACATTGCAAAAAAAAGTAATAA +AAGTGGTCCTGAAAGCATGAATAGTAGCAATTACTGCTGTGAATTGTGTTGTAATCCTGCTTGTACCGGG +TGCTATTAA +>astA_1_AF161000 +ATGCCATCAACACAGTATATCCGGAGACCCACATCCAGTTATGCATCGTGCATATGGTGCGCAACAGTCTGC +GCTTCGTGTCATGGAAGGACTACAAAGCCGTCACTCGCGACCTGA +>astA_2_AF161001 +ATGCCATCAACACAGTATATCCGGAGACCCACATCCAGTTATGCATCGTGCATATGGTGCGCAACAGCGTGC +GCTTCGTGTCATGGAAGGACTACAAAGCCGTCACTCGCGACCTGA +>astA_3_AB042005 +ATGCCATCAACACAGTATATCCGGAGGCCCGCATCCAGTTATGCATCGTGCATATGGTGCGCAACAGCCTGC +GCTTCGTGTCATGGAAGGACTACAAAGCCGTCACTCGCGACCTGA +>astA_4_AB042002 +ATGCCATCAACACAGTATATCCGAAGGCCCGCATCCAGTTATGCATCGTGCATATGGTGCGCAACAGCCTGC +GCTTCGTGTCATGGAAGGACTACAAAGCCGTCACTCGCGACCTGA +>astA_5_AF160998 +ATGCCATCAACACAGTATATCCGGAGGCCAGCATCCAGTTATGCATCGTGCATATGGTGCGCAACAGCCTGC +GCTTCGTGTCATGGAAGGACTACAAAGCCGTCACTCGCGACCTGA +>astA_6_AY545598 +ATGCCATCAACACAGTATATCCGAAGGCCCGCATCCAGTTATGCATCGTGCATATGGTGCGCAACAGCCTGC +GCTTCGTGTCATGGAAGGACTACAAGGCCGTCACTCGCGACCTGA +>astA_7_AF411067 +ATGCCATCAACGCAGTATATCCGAAGGCCCGCATCCAGTTATGCATCGTGCATATGGTGCGCAACAGCCTGC +GCTTCGTGTCATGGAAGGACTACAAAGCCGTCACTCGCGACCTGA +>astA_8_HM099897 +ATGCCATCAACACAGTATATCCGGAGGCCCGCATCCAGTTATGCATCGTGCATATGGTGCGCAACAGCATGC +GCTTCGTGTCATGGAAGGAATACAAAGCCGTCACTCGCGACCTGA +>astA_9_AF160995 +ATGCCATCAACACAGTATATCCGAAGGCCCGCATCCAGTTATGCATCGTGCATATGGTGCGCAACAGCGTGC +GCTTCGTGTCATGGAAGGACTACAAAGCCGTCACTCGCGACCTGA +>astA_10_L11241 +ATGCCATCAACACAGTATATCCGAAGGCCCGCATCCAGTTATGCATCGTGCATATGGTGCACAACAGCCTGC +GCTTCGTGTCATGGAAGGACTACAAAGCCGTCACTCGCGACCTGA +>astA_11_HM099896 +ATGCCATCAACACAGTATATCCGGAGGCCAGCATCCAGTTATGCATCGTGCATATGGTGCGCAACAGCATGC +GCTTCGTGTCATGGAAGGAATACAAAGCCGTCACTCGCGACCTGA +>astA_12_KJ149556 +ATGCCATCAACACAGTATATCCGAAGGCCCGCATCCAGTTATGCATAGTGCATATGGTGCGCAACAGTCTGC +GCTTCGTGTCATGGAAGGACTACAAAGCCGTCACTCGCGACCTGA +>bfpA_1_AB247925 +ATGGTTTCTAAAATCATGAATAAGAAATACGAAAAAGGTCTGTCTTTGATTGAATCTGCAATGGTGCTTGCG +CTTGCTGCCACCGTTACCGCAGGTGTGATGTTTTACTACCAGTCTGCGTCTGATTCCAATAAGTCGCAGAAT +GCTATTTCAGAAGTAATGAGCGCAACGTCTGCAATTAATGGTCTGTATATTGGGCAGACCAGTTATAGTGGA +TTGGACTCAACGATTTTACTTAACACATCTGCAATTCCGGATAATTACAAAGATACAACAAACAGAAAAATA +ACCAACCCATTTGGGGGGGAATTAAATGTAGGTCCAGCAAACAATAACACCGCATTTGGTTACTATCTGACG +CTTACCGGGCTGGATAAAGCGGCATGTGTTAGTCTTGCAACCTTGAACTTAGGTACTTCAGCGAAAGGCTAC +GGTGTTAATATCTCTAGCGAAAATAACACTACATCATTTGGTAATAGCGCTGATCAGGCTGCTAAATCGACT +GCTATTACTCCTGCTGAAGCGGCAACTGCATGTAAAAAACCTGATTCAACCAATAAAGTTACATATTTTATG +AAGTAA +>bfpA_2_AM114103 +ATGGTTTCTAAAATCATGAATAAGAAATACGAAAAAGGTCTGTCTTTGATTGAATCTGCAATGGTGCTTGCG +CTTGCTGCCACCGTTACCGCAGGTGTGATGTTTTACTACCAGTCTGCGTCTGATTCCAATAAGTCGCAGAAT +GCTATTTCAGAAGTAATGAGCGCAACGTCTGCAATTAATGGTCTGTATATTGGGCAGACCAGTTATAGTGGA +TTGGACTCAACGATTTTACTTAACACATCTGCAATTCCGGATAATTACAAAGATACAACAAACAAAAAAATA +ACCAACCCATTTGGGGGGGAATTAAATGTAGGTCCAGCAAACAATAACACCGCATTTGGTTACTATCTGACG +CTTACCGGGCTGGATAAAGCGGCATGTGTTAGCCTTGCAACCTTGAACTTAGGTACTTCAGCGAAAGGCTAC +GGTGTTAATATCTCTGGCGAAAATAACATTACATCATTTGGTAATGGCGCTGATCAGGCTGCTAAATCGACT +GCTATTACTCCTGCTGAAGCGGCAACTGCATGTAAAAATACTGATTCAACCAATAAAGTTACATATTTTATG +AAGTAA +>bfpA_3_FN391182 +ATGGTTTCTAAAATCATGAATAAGAAATACGAAAAAGGTCTGTCTTTGATTGAATCTGCAATGGTGCTTGCG +CTTGCTGCCACCGTTACCGCAGGTGTGATGTTTTACTACCAGTCTGCGTCTGATTCCAATAAGTCGCAGAAT +GCTATTTCAGAAGTAATGAGCGCAACGTCTGCAATTAATGGTCTGTATATTGGGCAGACCAGTTATAGTGGA +TTGGACTCAACGATTTTACTTAACACATCTGCAATTCCGGATAATTACAAAGATACAACAAACAAAAAAATA +ACCAACCCATTTGGGGGGAAATTAAATGTAGGTCCAGCAAACAATAACACCGCATTTGGTTACTATCTGACG +CTTACCGGGCTGGATAAAGCGGCATGTGTTAGCCTTGCAACCTTGAACTTAGGTACTTCAGCGAAAGGCTAC +GGTGTTAATATCTCTGGCGAAAATAACATTACATCATTTGGTAATGGCGCTGATCAGGCTGCTAAATCGACT +GCTATTACTCCTGCTGAAGCGGCAACTGCATGTAAAAATACTGATTCAACCAATAAAGTTACATATTTTATG +AAGTAA +>bfpA_4_AB247923 +ATGGTTTCTAAAATCATGAATAAGAAATACGAAAAAGGTCTGTCTTTGATTGAATCTGCAATGGTGCTTGCG +CTTGCTGCCACCGTTACCGCAGGTGTGATGTTTTACTACCAGTCTGCGTCTGATTCCAATAAGTCGCAGAAT +GCTATTTCAGAAGTAATGAGCGCAACGTCTGCAATTAATGGTCTGTATATTGGGCAGACCAGTTATAGTGGA +TTGGACTCAACGATTTTACTTAACACATCTGCAATTCCGGATAATTACAAAGATACAACAAACAAAAAAATA +ACCAACCCATTTGGGGGGGAATTAAATGTAGGTCCAGCAAACAATAACACCGCATTTGGTTACTATCTGACG +CTTACCAGGTTGGATAAAGCGGCATGTGTTAGTCTTGCAACCTTGAACTTAGGTACTTCAGCGAAAGGCTAC +GGTGTTAATATCTCTGGCGAAAATAACATTACATCATTTGGTAATAGCGCTGATCAGGCTGCTAAATCGACT +GCTATTACTCCTGCTGAAGCGGCAACTGCATGTAAAAATACTGATTCAACCAATAAAGTTACATATTTTATG +AAGTAA +>bfpA_5_AB024946 +ATGGTTTCTAAAATCATGAATAAGAAATACGAAAAAGGTCTGTCTTTGATTGAATCTGCAATGGTGCTTGCG +CTTGCTGCCACCGTTACCGCAGGTGTGATGTTTTACTACCAGTCTGCGTCTGATTCCAATAAGTCGCAGAAT +GCTATTTCAGAAGTAATGAGCGCAACGTCTGCAATTAATGGTCTGTATATTGGGCAGACCAGTTATAGTGGA +TTGGACTCAACGATTTTACTTAACACATCTGCAATTCCGGATAATTACAAAGATACAACAAACAAAAAAATA +ACCAACCCATTTGGGGGGGAATTAAATGTAGGTCCAGCAAACAATAACACCGCATTTGGTTACTATCTGACG +CTTACCAGGTTGGATAAAGCGGCATGTGTTAGTCTTGCAACCTTGAACTTAGGTACTTCAGCGAAAGGCTAC +GGTGTTAATATCTCTAGCGAAAATAACATTACATCATTTGGTAATAGCGCTGATCAGGCTGCTAAATCGACT +GCTATTACTCCTGCTGAAGCGGCAACTGCATGTAAAAATACTGATTCAACCAATAAAGTTACATATTTTATG +AAGTAA +>cba_1_FJ664727 +ATGAGTGATAATGAAGGTAGTGTACCGACAGAAGGTATTGATTACGGGGACACAATGGTTGTGTGGCCGTCA +ACAGGACGAATTCCGGGCGGTGATGTGAAACCCGGAGGCTCATCAGGTCTCGCTCCATCCATGCCTCCGGGA +TGGGGGGATTACAGCCCACAAGGTATCGCACTTGTACAAAGTGTTCTTTTTCCTGGAATTATTCGCCGGATT +ATTCTTGATAAGGAACTTGAAGAGGGAGACTGGTCGGGATGGTCTGTCAGTGTGCATAGCCCCTGGGGAAAC +GAGAAAGTTTCCGCTGCACGAACAGTTCTTGAAAATGGTTTACGTGGTGGTTTGCCAGAACCGTCTCGCCCG +GCTGCTGTTTCTTTTGCCCGTCTGGAGCCAGCTTCCGGAAATGAGCAAAAAATTATTCGTCTTATGGTTACA +CAGCAACTGGAGCAGGTAACGGATATCCCTGCCAGCCAGTTACCAGCAGCGGGTAATAATGTACCGGTAAAA +TATCGTCTGACGGACCTTATGCAGAATGGTACACAATATATGGCTATTATCGGAGGTATTCCGATGACAGTG +CCAGTAGTGGATGCCGTTCCAGTTCCGGACCGGAGTCGTCCGGGAACCAATATTAAAGATGTTTACAGTGCC +CCTGTATCACCAAATCTACCGGACCTGGTATTAAGTGTGGGTCAGATGAATACTCCAGTTCGGTCTAATCCC +GAAATCCAGGAAGATGGCATTATTTCTGAGACAGGGAATTATGTTGAGGCTGGTTATACGATGTCCAGTAAT +AATCATGATGTCATTGTCCGTTTTCCTGAAAGCAGTGGGGTTTCTCCGCTATATATTTCAGCCGTGGAGATT +CTGGACAGTAATAGTTTAAGCCAGCGCCAGGAAGCCGAAAATAACGCAAAGGATGACTTCAGAGTCAAGAAA +GAACAAGAAAATGACGAGAAGATGGTCCTGACAAAAACCAGCGAGGTCATCATTAGTGTCGGTGACAAAGTC +GGGGAATATCTTGGAGATAAATACAAGGCGCTTTCCCGTGAAATTGCAGAGAATATAAATAATTTTCAGGGA +AAAACGATTCGTAGTTATGATGATGCAATGTCTTCCATTAATAAGTTAATGGCTAACCCCAGCCTTAAAATA +AATGCAACGGACAAAGAAGCCATTGTGAATGCGTGGAAAGCATTTAATGCTGAGGATATGGGGAATAAATTT +GCTGCGTTGAGTAAGACGTTCAAAGCAGCAGATTATGCAATAAAGGCAAACAACATCAGGGAGAAGAGTATT +GAGGGTTACCAGACTGGTAACTGGGGGCCATTAATGCTGGAAGTCGAGTCCTGGGTTATCAGTGGGATGGCA +TCTGCTGTAGCTCTCAGTTTGTTTTCTTTGACATTAGGCTCGGCCCTTATAGCCTTTGGTCTTTCGGCCACA +GTTGTTGGTTTTGTTGGCGTAGTTATTGCAGGTGCTATTGGTGCATTTATCGATGATAAATTTGTTGATGAG +TTGAATCACAAGATCATAAAATAA +>cba_2_FJ664725 +ATGAGTGATAATGAAGGTAGTGTACCGACAGAAGGTATTGATTACGGGGACACAATGGTTGTGTGGCCGTCA +ACAGGACGAATTCCGGGCGGTGATGTGAAACCCGGAGGCTCATCAGGTCTCGCTCCATCCATGCCTCCGGGA +TGGGGGGATTACAGCCCACAAGGTATCGCACTTGTACAATGTGTTCTTTTTCCTGGAATTATTCGCCGGATT +ATTCTTGATAAGGAACTTGAAGAGGGAGACTGGTCGGGATGGTCTGTCAGTGTGCATAGCCCCAGGGGAAAC +GAGAAAGTTTCCGCTGCACGAACAGTTCTTGAAAATGGTTTACGTGGTGGTTTGCCAGAACCGTCTCGCCCG +GCTGCTGTTTCTTTTGCCCGTCTGGAGCCTGCTTCCGGAAATGAGCAAAAAATTATTCGTCTTATGGTTACA +CAGCAACTGGAGCAGGTAACGGATATCCCTGCCAGCCAGTTACCAGCAGCGGGTAATAATGTACCGGTAAAA +TATCGTCTGACGGACCTTATGCAGAATGGTACACAATATATGGCTATTATCGGAGGTATTCCGATGACAGTG +CCAGTAGTGGATGCCGTTCCAGTTCCGGACCGGAGTCGTCCGGGAACCAATATTAAAGATGTTTACAGTGCC +CCTGTATCACCAAATCTACCGGACCTGGTATTAAGTGTGGGTCAGATGAATACTCCAGTTCGGTCTAATCCC +GAAATCCAGGAAGATGGCGTTATTTCTGAGACAGGGAATTATGTTGAGGCTGGTTATACGATGTCCAGTAAT +AATCATGATGTCATTGTCCGTTTTCCTGAAGGCAGTGGAGTTTCTCCGCTATATATTTCAGCCGTGGAGATT +CTGGACAGTAATAGTTTAAGCCAGCGCCAGGAAGCCGAAAATAACGCAAAGGATGACTTCAGAGTCAAGAAA +GAACAAGAAAATGACGAGAAGACGGTCCTGACAAAAACCAGCGAGGTCATCATTAGTGTCGGTGACAAAGTC +GGGGAATATCTTGGAGATAAATACAAGGCGCTTTCCCGTGAAATTGCAGAGAATATAAATAATTTTCAGGGA +AAAACGATTCGTAGTTATGATGATGCAATGTCTTCCATTAATAAGTTAATGGCTAACCCCAGCCTTAAAATA +AATGCAACGGACAAAGAAGCCATTGTGAACGCGTGGAAAGCATTTAATGCTGAGGATATGGGGAATAAATTT +GCTGCGTTGGGTAAAACGTTCAAAGCAGCAGATTATGCAATAAAGGCAAACAACATCAGGGAGAAGAGTATT +GAGGGTTACCAGACTGGTAACTGGGGGCCATTAATGCTGGAAGTCGAGTCCTGGGTTATCAGTGGGATGGCA +TCTGCTGTAGCTCTTAGTTTGTTTTCTTTGACATTAGGCTCGGCCCTTATAGCCTTTGGTCTTTCGTCCACA +GTTGTTGGTTTTGTTGGCGTAGTTATTGCAGGTGCTATTGGTGCATTTATCGATGATAAATTTGTTGATGAG +TTGAATCACAAGATCATAAAATAA +>cba_3_FJ664734 +ATGAGTGATAATGAAGGTAGTGTACCGACAGAAGGTATTGATTACGGGGACACAATGGTTGTGTGGCCGTCA +ACAGGACGAATTCCGGGCGGTGATGTGAAACCCGGAGGCTCATCAGGTCTCGCTCCATCCATGCCTCCGGGA +TGGGGGGATTACAGCCCACAAGGTATCGCACTTGTACAAAGTGTTCTTTTTCCTGGAATTATTCGCCGGATT +ATTCTTGATAAGGAACTTGAAGAGGGAGACTGGTCGGGATGGTCTGTCAGTGTGCATAGCCCCTGGGGAAAC +GAGAAAGTTTCCGCTGCACGAACAGTTCTTGAAAATGGTTTACGTGGTGGTTTGCCAGAACCGTCTCGCCCG +GCTGCTGTTTCTTTTGCCCGTCTGGAGCCTGCTTCCGGAAATGAGCAAAAAATTATTCGTCTTATGGTTACA +CAGCAACTGGAGCAGGTAACGGATATCCCTGCCAGCCAGTTACCAGCAGCGGGTAATAATGTACCGGTAAAA +TATCGTCTGACGGACCTTATGCAGAATGGTACACAATATATGGCTATTATCGGAGGTATTCCGATGACAGTG +CCAGTAGTGGATGCCGTTCCAGTTCCGGACCGGAGTCGTCCGGGAACCAATATTAAAGATGTTTACAGTGCC +CCTGTATCACCAAATCTACCGGACCTGGTATTAAGTGTGGGTCAGATGAATACTCCAGTTCGGTCTAATCCC +GAAATCCAGGAAGATGGCGTTATTTCTGAGACAGGGAATTATGTTGAGGCCGGTTATACGATGTCCAGTAAT +AATCATGATGTCATTGTCCGTTTTCCTGAAGGCAGTGGAGTTTCTCCGCTATATATTTCAGCCGTGGAGATT +CTGGACAGTAATAGTTTAAGCCAGCGCCAGGAAGCCGAAAATAACGCAAAGGATGACTTCAGAGTCAAGAAA +GAACAAGAAAATGACGAGAAGACGGTCCTGACAAAAACCAGCGAGGTCATCATTAGTGTCGGTGACAAAGTC +GGGGAGTATCTTGGAGATAAATACAAGGCGCTTTCCCGTGAAATTGCAGAGAATATAAATAATTTTCAGGGA +AAAACGATTCGTAGTTATGATGATGCAATGTCTTCCATTAATAAGTTAATGGCTAACCCCAGCCTTAAAATA +AATGCAACGGACAAAGAAGCCATTGTGAATGCGTGGAAAGCATTTAATGCTGAGGATATGGGGAATAAATTT +GCTGCGTTGGGTAAAACGTTCAAAGCAGCAGATTATGCAATAAAGGCAAACAACATCAGGGAGAAGAGTATT +GAGGGTTACCAGACTGGTAACTGGGGGCCATTAATGCTGGAAGTCGAGTCCTGGGTTATCAGTGGGATGGCA 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+ATGATTAAGTCGGTTATTGCCGGTGCGGTAGCTATGGCAGTGGTGTCTTTTGGTGTAAATGCTGCTCCAACTATTCCACAGGGCCAGGGAGAAGTAACTTTCAAAGGAACTGTTGTTGACGCTCCATGTGGTATTGAAACGCAGTCTGCAAGACAGGAAATTGATTTTGGCCAGATCTCTAAATCCTTCCTGCAGGAGGGCGGGGAAAGCCAGCCGAAAGATCTGAATATTAAGCTTGTAAATTGCGATATCACAAATTTTAAAAAAGCACCTGTTGGTGGTGGGGCAACCAAAGCAGGAACGGTGGCTCTGACTTTTTCCGGCGTATCCAGTGGGAACAATAAAGATATGCTGCAAACAGTTGGCGCAACTAATACAGCTATCGTTGTTGTCGATCCGCATGGCAAACGTGTGAAGTTTGATGGGGCGACCACTACCGGTCCTTCAAATCTGGTTGATGGTGATAACACGATTCATTTTACTGCTGCGGTCAGAAAGGATGATAGTGGCAACCCTGTAACAGAAGGTGCTTTCTCAGCAGTTGCGAATTTCAACCTTACTTATCAGTAA +>papA_F20_24_CP019944 +ATGATTAAGTCGGTTATTGCCGGTGCGGTAGCTATGGCAGTGGTGTCTTTTGGTGTAAATGCTGCTCCAACTATTCCACAGGGGCAGGGTAAAGTAACTTTTAACGGAACTGTTGTTGATGCTCCATGCAGCATTTCTCAGAAATCAGCTGATCAGTCTATTGATTTTGGACAGCTTTCAAAAAGCTTCCTTGAGGCAGGAGGTACATCCAAGCCAATGGATTTAGATATTGAGTTAGTAAATTGCGATATTACAGCTTTTAAACAAGGTCAAGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTTATCAAAATCATTAAGTTAAGGTAG +>papA_F11_25_CP025401 +ATGATTAAGTCGGTTATTGCCGGTGCGGTAGCTATGGCAGTGGTGTCTTTTGGTGTAAATGCTGCTCCAACTATTCCACAGGGGCAGGGTAAAGTAACTTTTAACGGAACTGTTGTTGATGCTCCATGCAGCATTTCTCAGAAATCAGCTGATCAGTCTATTGATTTTGGACAGCTTTCAAAAAGCTTCCTTGAGGCAGGAGGTACATCCAAGCCAATGGATTTAGATATTGAGTTAGTAAATTGCGATATTACAGCTTTTAAACAAGGTCAACCAGCTAAAAACGGTAAGGTTCAATTATCTTTTACTGGGCCACAAGTAACGGGGCAGGCTGAAGAATTAGCAACTAACGGCGGTACGGGCACAGCTATTGTAGTTCAGGCTGCAGGCAAAAACGTTTCTTTCGATGGGACTGCAGGTGACGCTTATCCCCTGAAAGATGGTGATAATGTTCTTCATTATACAGCTCTTGTGAAAAAAGCGAATGGCGGTACTGTTTCTGAAGGTGCTTTTTCTGCAGTTGCAACCTTTAATTTAAGTTACCAGTAA +>papA_F11_26_CVTE01000046 +ATGATTAAGTCGGTTATTGCCGGTGCGGTAGCTATGGCAGTGGTGTCTTTTGGTGTAAATGCTGCTCCAACTATTCCACAGGGGCAGGGTAAAGTAACTTTTAACGGAACTGTTGTTGATGCTCCATGCAGCATTTCTCAGAAATCAGCTGATCAGTCTATTGATTTTGGACAGCTTTCAAAAAGCTTCCTTGAGGCAGGAGGTACATCCAAGCCAATGGATTTAGATATTGAGTTAGTAAATTGCGATATTACAGCTTTTAAACAAGGTCAAGCAGCTAAAAACGGTAAGGTTCAATTATCTTTTACTGGGCCACAAGTAACGGGGCAGGCTGAAGAATTAGCAACTAACGGCGGTACGGGCACAGCTATTGTAGTTCAGGCTGCAGGCAAAAACGTTTCTTTCGATGGGACTGCAGGTGACGCTTATCCCCTGAAAGATGGTGATAATGTTCTTCATTATACAGCTCTTGTGAAAAAAGCGAATGGCGGTACTGTTTCTGAAGGTGCTTTTTCTGCAGTTGCAACCTTTAATTTAAGTTACCAGTAA +>papA_F48_27_CXWG01000029 +ATGATTAAGTCGGTTATTGCCGGTGCGGTAGCTATGGCAGTGGTGTCTTTTGGTGTAAATGCTGCTCCAACTACTCCACAGGGGCAGGGTAGAGTAACCTTTAACGGAACTGTTGTTGATGCTCCATGCAGCATTTCTCAGAAATCAGCTGATCAGTCTATTGATTTTGGACAACTTTCAAAAAGTTTTCTTGCAAATGATGGTCAATCCAAGCCAATGAACTTGGATATTGAATTAGTTAATTGTGACATTACTGCCTTTAAAAATGGTAATGCTAAAACTGGGAGCGTTAAGTTAGCTTTTACAGGCCCAACAGTTAGTGGTCATCCTAGTGAGTTAGCTACTAACGGCGGTACGGGCACAGCTATTATGATTCAGGCTGCGGGTAAAAACGTTCCCTTCGATGGTACGGAGGGGGACGCTAATCTCCTGAAAGATGGTGATAATGTACTGCATTATACAGCTGTTGTTAAGAAATCATCTGATGGTAATGCTCAAATTACTGAAGGTGCTTTTTCTGCAGTCGCAACCTTTAATTTAAGTTACCAGTAA +>papA_F13_28_EU156123 +ATGATTAAGTCGGTTATCGCCGGTGCGGTAGCTATGGCAGTGGTGTCTTTTGGTGTAAATGCTGCTCCAACTATTCCACAGGGGCAGGGTAAAGTAACTTTTAACGGAACTGTTGTTGATGCTCCATGCAGCATTTCTCAGAAATCAGCTGATCAGTCTATTGATTTTGGACAGCTTTCAAAAAGCTTCCCTGAGGCAGGAGGTGTATCCAAACCAATGGACTTAGATATTGAATTGGTTAATTGTGATATTACTGCCTTTAAAGGTGGTAATGGCGCCCAAAAAGGGACTGTTAAGCTGGCTTTTACTGGCCCGATAGTTAATGGACATTCTGATGAGCTAGATACAAATGGTGGTACGGGCACAGCTATCGTAGTTCAGGGGGCAGGTAAAAACGTTGTCTTCGATGGCTCCGAAGGTGATGCTAATACCCTGAAAGATGGTGAAAACGTGCTGCATTATACTGCTGTTGTTAAGAAGTCGTCAGCCGTTGGTGCCGCTGTTACTGAAGGTGCCTTCTCAGCAGTTGCGAATTTCAACCTGACTTATCAGTAA +>papA_F11_29_GG773022 +ATGAAAAAGAGGTTGTTATTTATGATTAAGTCGGTTATTGCCGGTGCGGTAGCTATGGCAGTGGTGTCTTTTGGTGTAAATGCTGCTCCAACTATTCCACAGGGGCAGGGTAAAGTAACTTTTAACGGAACTGTTGTTGATGCTCCATGCAGCATTTCTCAGAAATCAGCTGATCAGTCTATTGATTTTGGACAGCTTTCAAAAAGCTTCCTTGAGGCAGGAGGTACATCCAAGCCAATGGATTTAGATATTGAGTTAGTAAATTGCGATATTACAGCTTTTAAACAAGGTCAAGCAGCTAAAAACGGTAAGGTTCAATTATCTTTTACTGGGCCACAAGTAACGGGGCAGGCTGAAGAATTAGCAACTAACGGCGGTACGGGCACAGCTATTGTAGTTCAGGCTGCAGGCAAAAACGTTTCTTTCGATGGGACTGCAGGTGACGCTTATCCCCTGAAAGATGGTGATAATGTTCTTCATTATACAGCTCTTGTGAAAAAAGCGAATGGCGGTACTGTTTCTGAAGGTGCTTTTTCTGCAGTTGCAACCTTTAATTTAAGTTACCAGTAA +>papA_F13_30_JONC01000026 +ATGATTAAGTCGGTTATTGCCGGTGCGGTAGCTATGGCAGTGGTGTCTTTTGGTGTAAATGCTGCTCCAACTATTCCACAGGGGCAGGGTAAAGTAACTTTTAACGGAACTGTTGTTGATGCTCCATGCAGCATTTCTCAGAAATCAGCTGATCAGTCTATTGATTTTGGACAGCTTTCAAAAAGCTTCCTTGAGGCAGGAGGTGTATCCAAACCAATGGACTTAGATATTGAATTGGTTAATTGTGATATTACTGCCTTTAAAGGTGGTAATGGCGCCCAAAAAGGGACTGTTAAGCTGGCTTTTACTGGCCCGATAGTTAATGGACATTCTGATGAGCTAGATACAAATGGTGGTACGGGCACAGCTATCGTAGTTCAGGGGGCAGGTAAAAACGTTGTCTTCGATGGCTCCGAAGGTGATGCTAATACCCTGAAAGATGGTGAAAACGTGCTGCATTATACTGCTGTTGTTAAGAAGTCGTCAGCCGTTGGTGCCGCTGTTACTGAAGGTGCCTTCTCAGCAGTTGCGAATTTCAACCTGACTTATCAGTAA +>papA_F7-1_31_M68061 +ATGATTAAGTCGGTTATTGCCGGTGCGGTAGCTATGGCAGTGGTGTCTTTTGGTGCAAATGCAGCTGCATCTATCCCTCAAGGACAAGGTGAAGTAAGTTTTAAAGGGACTGTTGTTGACGCTCCGTGTGGTATTGAAACTCAGTCTGCAAAACAGGAAATTGATTTTGGTCAGATCTCTAAATCCTTCCTGCAAGAGGGGGGAGAGACTCAACCGAAAGATTTGAATATTAAGCTTGTGAATTGTGACATTACTAATTTCAAACAGCTTCAAGGCGGGGCAGCTAAAAAAGGTACAGTGTCATTGACATTTTCAGGTGTGCCTGCAGAAAATGCAGATGACATGCTGCAAACAGTTGGAGATACTAATACTGCGATTGTTGTTACTGATTCGAGTGGAAAACGGGTGAAATTTGATGGAGCCACTGAGACCGGGGCTTCAAATCTGATTAATGGCGATAATACAATTCATTTTACTGCATTTGTTAAGAAAGATAATAGTGGCAAGAATGTAGCTGAAGGTGCCTTCTCAGCAGTTGCGAATTTCAACCTGACTTATCAGTAA +>papA_F7-1_32_X02921 +ATGATTAAGTCGGTTATTGCCGGTGCGGTAGCTATGGCAGTGGTGTCTTTTGGTGCAAATGCAGCTGCATCTATCCCTCAAGGACAAGGTGAAGTAAGTTTTAAAGGGACTGTTGTTGACGCTCCGTGTGGTATTGAAACTCAGTCTGCAAAACAGGAAATTGATTTTGGTCAGATCTCTAAATCCTTCCTGCAAGAGGGGGGAGAGACTCAACCGAAAGATTTGAATATTAAGCTTGTGAATTGTGACATTACTAATTTGAAACAGCTTCAAGGCGGGGCAGCTAAAAAAGGTACAGTGTCATTGACATTTTCAGGTGTGCCTGCAGAAAATGCAGATGACATGCTGCAAACAGTTGGAGATACTAATACTGCGATTGTTGTTACTGATTCGAGTGGAAAACGGGTGAAATTTGATGGAGCCACTGAGACCGGGGCTTCAAATCTGATTAATGGCGATAATACAATTCATTTTACTGCATTTGTTAAGAAAGATAATAGTGGCAAGAATGTAGCTGAAGGTGCCTTCTCAGCAGTTGCGAATTTCAACCTGACTTATCAGTAA +>papA_F13_33_X61239 +ATGATTAAGTCGGTTATTGCCGGTGCGGTAGCTATGGCAGTGGTGTCTTTTGGTGTAAATAATGCTGCTCCAACTATTCCACAGGGGCAGGGTAAAGTAACTTTTAACGGAACTGTTGTTGATGCTCCATGCAGCATTTCTCAGAAATCAGCTGATCAGTCTATTGATTTTGGACAGCTTTCAAAAAGCTTCCTTGAGGCAGGAGGTGTATCCAAACCAATGGACTTAGATATTGAATTGGTTAATTGTGATATTACTGCCTTTAAAGGTGGTAATGGCGCCAAAAAAGGGACTGTTAAGCTGGCTTTTACTGGCCCGATAGTTAATGGACATTCTGATGAGCTAGATACAAATGGTGGTACGGGCACAGCTATCGTAGTTCAGGGGGCAGGTAAAAACGTTGTCTTCGATGGCTCCGAAGGTGATGCTAATACCCTGAAAGATGGTGAAAACGTGCTGCATTATACTGCTGTTGTTAAGAAGTCGTCAGCCGTTGGTGCCGCTGTTACTGAAGGTGCCTTCTCAGCAGTTGCGAATTTCAACCTGACTTATCAGTAA +>papA_F7-2_34_ECOFIMAA +ATGATTAAGTCGGTTATTGCCGGTGCGGTAGCTATGGCAGTGGTGTCTTTTGGTGCATATGCTGCTCCAACTATTCCTCAGGGGCAGGGTAAAGTAACTTTTAACGGAACTGTAGTAGATGCACCATGTGGTATTGATGCTCAGTCTGCTGATCAATCTATTGATTTTGGACAAGTATCAAAATTATTTCTGGAGAATGATGGGGAAAGTCAACCCAAATCTTTTGATATTAAACTTATAAATTGTGATATTACAAACTTTAAAAAAGCTGCTGGCGGTGGTGGGGCGAAGACTGGCACAGTATCTCTGACTTTTTCGGGTGTCCCAAGTGGTCCGCAGAGTGACATGTTACAGACCGTCGGTGCAACAAATACAGCTATTGTTGTCACCGATCCACATGGAAAACGCGTAAAATTTGATGGTGCGACAGCAACAGGTGTTTCCTATTTAGTTGATGGTGATAACACAATTCATTTTACTGCTGCCGTCAGAAAAGATGGTAGTGGCAACCCTGTAACAGAAGGTGCTTTCTCAGCAGTTGCGAATTTCAACCTGACTTATCAGTAA +>papA_prsA_F12_1_X62157 +GGTGCAAATGCAGCTCCACAGGGGCAGGGAAAAGTAACTTTTAACGGAACTGTAGTAGATGCACCATGTGGTATTGATGCTCAGTCTGCTGATCAATCTATTGAGTTTGGTCAGGTTTCTAAAGTTTTACTGAATAATGGTGGATCCTCAACGCCCAAGAATTTTGATATAAAACTTACCGATTGTGATGTTACTAACTATAAGAAGGCTGGTAAAGCGGGGACTGTATCTCTGACATTCTCAGGGGTTCAAGCTGGTACCGATATGTTGCAAACAGTTGGTACGACTGGTACAGCAATTCTAGTTAAAGATCCTCATGGCAAAGCAGTAAAATTTGATGGAGCAACAGCGACAGGTGTGTCAAGTCTTGTCGATGGGGATAATACAATCCATTTTACTGCTCTGGTTAAGAAAGACACAAGTGGCAATGATGTAGCTGAAGGTGCCTTCTCAGCAGTTGCGAATTTCAACCTGATTTATCAGTAA \ No newline at end of file
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/modules/typing.py Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,84 @@ +import os.path +import functools + +try: + import modules.utils as utils +except ImportError: + from pathotyping.modules import utils as utils + + +# {1: {'gene_identity': 0, 'gene_mean_read_coverage': 0.0, 'gene_number_positions_multiple_alleles': 0, 'header': 'fyuA', 'gene_coverage': 0.0, 'gene_low_coverage': 100.0}} + + +def simplify_data_by_gene(data_by_gene): + cleaned_data_by_gene = {} + for counter, data in list(data_by_gene.items()): + cleaned_data_by_gene[data['header'].lower()] = {'gene_identity': data['gene_identity'], + 'gene_coverage': data['gene_coverage'], + 'gene_depth': data['gene_mean_read_coverage']} + return cleaned_data_by_gene + + +def possible_types(data_by_gene, typing_rules_file, min_gene_coverage, min_gene_identity, min_gene_depth): + data_by_gene = simplify_data_by_gene(data_by_gene) + + possible_pathotypes = [] + genes_present = [] + with open(typing_rules_file, 'rtU') as reader: + genes = [] + for line in reader: + line = line.splitlines()[0] + if len(line) > 0: + line = line.split('\t') + if not line[0].startswith('##'): + if line[0].startswith('#'): + genes = line[1:] + else: + profile = line[1:] + congruence = [] + for x, gene_requirement in enumerate(profile): + if data_by_gene[genes[x].lower()]['gene_coverage'] >= min_gene_coverage and \ + data_by_gene[genes[x].lower()]['gene_identity'] >= min_gene_identity and \ + data_by_gene[genes[x].lower()]['gene_depth'] >= min_gene_depth: + gene_present = True + genes_present.append(genes[x]) + else: + gene_present = False + + gene_requirement = \ + True if gene_requirement == '1' else False if gene_requirement == '0' else None + if gene_requirement is not None: + if gene_present == gene_requirement: + congruence.append(True) + else: + congruence.append(False) + else: + congruence.append(True) + if all(congruence): + possible_pathotypes.append(line[0]) + return possible_pathotypes, list(set(genes_present)) + + +module_timer = functools.partial(utils.timer, name='Module Typing') + + +@module_timer +def typing(data_by_gene, typing_rules_file, min_gene_coverage, min_gene_identity, min_gene_depth, outdir): + possible_pathotypes, genes_present = possible_types(data_by_gene, typing_rules_file, min_gene_coverage, + min_gene_identity, min_gene_depth) + with open(os.path.join(outdir, 'patho_typing.report.txt'), 'wt') as writer_report: + with open(os.path.join(outdir, 'patho_typing.extended_report.txt'), 'wt') as writer_extended_report: + writer_extended_report.write('#Pathotypes_found' + '\n') + if len(possible_pathotypes) > 0: + writer_report.write('\n'.join(possible_pathotypes) + '\n') + writer_extended_report.write('\n'.join(possible_pathotypes) + '\n') + print('\n' + 'Pathotypes found:' + '\n') + print('\n'.join(possible_pathotypes) + '\n') + else: + writer_report.write('TND' + '\n') # Type Not Determined + writer_extended_report.write('TND' + '\n') # Type Not Determined + print('\n' + 'It was not possible to identify any possible pathotype match' + '\n') + writer_extended_report.write('\n' + '#Genes_present' + '\n') + writer_extended_report.write('\n'.join(genes_present) + '\n') + + return None, None
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/modules/utils.py Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,370 @@ +import pickle +import traceback +import shlex +import subprocess +from threading import Timer +import shutil +import time +import functools +import os.path +import sys +import argparse + + +def start_logger(workdir): + time_str = time.strftime("%Y%m%d-%H%M%S") + sys.stdout = Logger(workdir, time_str) + logfile = sys.stdout.getLogFile() + return logfile, time_str + + +class Logger(object): + def __init__(self, out_directory, time_str): + self.logfile = os.path.join(out_directory, str('run.' + time_str + '.log')) + self.terminal = sys.stdout + self.log = open(self.logfile, "w") + + def write(self, message): + self.terminal.write(message) + self.log.write(message) + self.log.flush() + + def flush(self): + pass + + def getLogFile(self): + return self.logfile + + +def checkPrograms(programs_version_dictionary): + print('\n' + 'Checking dependencies...') + programs = programs_version_dictionary + which_program = ['which', ''] + listMissings = [] + for program in programs: + which_program[1] = program + run_successfully, stdout, stderr = runCommandPopenCommunicate(which_program, False, None, False) + if not run_successfully: + listMissings.append(program + ' not found in PATH.') + else: + print(stdout.splitlines()[0]) + if programs[program][0] is None: + print(program + ' (impossible to determine programme version) found at: ' + stdout.splitlines()[0]) + else: + if program.endswith('.jar'): + check_version = ['java', '-jar', stdout.splitlines()[0], programs[program][0]] + programs[program].append(stdout.splitlines()[0]) + else: + check_version = [stdout.splitlines()[0], programs[program][0]] + run_successfully, stdout, stderr = runCommandPopenCommunicate(check_version, False, None, False) + if stdout == '': + stdout = stderr + if program in ['wget', 'awk']: + version_line = stdout.splitlines()[0].split(' ', 3)[2] + elif program in ['prefetch', 'fastq-dump']: + version_line = stdout.splitlines()[1].split(' ')[-1] + else: + version_line = stdout.splitlines()[0].split(' ')[-1] + replace_characters = ['"', 'v', 'V', '+', ','] + for i in replace_characters: + version_line = version_line.replace(i, '') + print(program + ' (' + version_line + ') found') + if programs[program][1] == '>=': + program_found_version = version_line.split('.') + program_version_required = programs[program][2].split('.') + if len(program_version_required) == 3: + if len(program_found_version) == 2: + program_found_version.append(0) + else: + program_found_version[2] = program_found_version[2].split('_')[0] + for i in range(0, len(program_version_required)): + if int(program_found_version[i]) > int(program_version_required[i]): + break + elif int(program_found_version[i]) == int(program_version_required[i]): + continue + else: + listMissings.append('It is required ' + program + ' with version ' + + programs[program][1] + ' ' + programs[program][2]) + else: + if version_line != programs[program][2]: + listMissings.append('It is required ' + program + ' with version ' + programs[program][1] + + ' ' + programs[program][2]) + return listMissings + + +def requiredPrograms(): + programs_version_dictionary = {} + programs_version_dictionary['rematch.py'] = ['--version', '>=', '4.0'] + missingPrograms = checkPrograms(programs_version_dictionary) + if len(missingPrograms) > 0: + sys.exit('\n' + 'Errors:' + '\n' + '\n'.join(missingPrograms)) + + +def general_information(logfile, version, outdir, time_str): + # Check if output directory exists + + print('\n' + '==========> patho_typing <==========') + print('\n' + 'Program start: ' + time.ctime()) + + # Tells where the logfile will be stored + print('\n' + 'LOGFILE:') + print(logfile) + + # Print command + print('\n' + 'COMMAND:') + script_path = os.path.join(os.path.dirname(os.path.dirname(os.path.realpath(__file__))), 'patho_typing.py') + print(sys.executable + ' ' + ' '.join(sys.argv)) + + # Print directory where programme was lunch + print('\n' + 'PRESENT DIRECTORY:') + present_directory = os.path.abspath(os.getcwd()) + print(present_directory) + + # Print program version + print('\n' + 'VERSION:') + script_version_git(version, present_directory, script_path) + + # Check programms + requiredPrograms() + + return script_path + + +def setPATHvariable(doNotUseProvidedSoftware, script_path): + path_variable = os.environ['PATH'] + script_folder = os.path.dirname(script_path) + # Set path to use provided softwares + if not doNotUseProvidedSoftware: + bowtie2 = os.path.join(script_folder, 'src', 'bowtie2-2.2.9') + samtools = os.path.join(script_folder, 'src', 'samtools-1.3.1', 'bin') + bcftools = os.path.join(script_folder, 'src', 'bcftools-1.3.1', 'bin') + + os.environ['PATH'] = str(':'.join([bowtie2, samtools, bcftools, path_variable])) + + # Print PATH variable + print('\n' + 'PATH variable:') + print(os.environ['PATH']) + + +def script_version_git(version, current_directory, script_path, no_git_info=False): + """ + Print script version and get GitHub commit information + + Parameters + ---------- + version : str + Version of the script, e.g. "4.0" + current_directory : str + Path to the directory where the script was start to run + script_path : str + Path to the script running + no_git_info : bool, default False + True if it is not necessary to retreive the GitHub commit information + + Returns + ------- + + """ + print('Version {}'.format(version)) + + if not no_git_info: + try: + os.chdir(os.path.dirname(os.path.dirname(script_path))) + command = ['git', 'log', '-1', '--date=local', '--pretty=format:"%h (%H) - Commit by %cn, %cd) : %s"'] + run_successfully, stdout, stderr = runCommandPopenCommunicate(command, False, 15, False) + print(stdout) + command = ['git', 'remote', 'show', 'origin'] + run_successfully, stdout, stderr = runCommandPopenCommunicate(command, False, 15, False) + print(stdout) + except: + print('HARMLESS WARNING: git command possibly not found. The GitHub repository information will not be' + ' obtained.') + finally: + os.chdir(current_directory) + + +def runTime(start_time): + end_time = time.time() + time_taken = end_time - start_time + hours, rest = divmod(time_taken, 3600) + minutes, seconds = divmod(rest, 60) + print('Runtime :' + str(hours) + 'h:' + str(minutes) + 'm:' + str(round(seconds, 2)) + 's') + return round(time_taken, 2) + + +def timer(function, name): + @functools.wraps(function) + def wrapper(*args, **kwargs): + print('\n' + 'RUNNING {0}\n'.format(name)) + start_time = time.time() + + results = list(function(*args, **kwargs)) # guarantees return is a list to allow .insert() + + time_taken = runTime(start_time) + print('END {0}'.format(name)) + + results.insert(0, time_taken) + return results + return wrapper + + +def removeDirectory(directory): + if os.path.isdir(directory): + shutil.rmtree(directory) + + +def saveVariableToPickle(variableToStore, pickleFile): + with open(pickleFile, 'wb') as writer: + pickle.dump(variableToStore, writer) + + +def extractVariableFromPickle(pickleFile): + with open(pickleFile, 'rb') as reader: + variable = pickle.load(reader) + return variable + + +def trace_unhandled_exceptions(func): + @functools.wraps(func) + def wrapped_func(*args, **kwargs): + try: + func(*args, **kwargs) + except: + print('Exception in ' + func.__name__) + traceback.print_exc() + return wrapped_func + + +def kill_subprocess_Popen(subprocess_Popen, command): + print('Command run out of time: ' + str(command)) + subprocess_Popen.kill() + + +def runCommandPopenCommunicate(command, shell_True, timeout_sec_None, print_comand_True): + run_successfully = False + if not isinstance(command, str): + command = ' '.join(command) + command = shlex.split(command) + + if print_comand_True: + print('Running: ' + ' '.join(command)) + + if shell_True: + command = ' '.join(command) + proc = subprocess.Popen(command, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE, shell=True) + else: + proc = subprocess.Popen(command, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE) + + not_killed_by_timer = True + if timeout_sec_None is None: + stdout, stderr = proc.communicate() + else: + time_counter = Timer(timeout_sec_None, kill_subprocess_Popen, args=(proc, command,)) + time_counter.start() + stdout, stderr = proc.communicate() + time_counter.cancel() + not_killed_by_timer = time_counter.isAlive() + + stdout = stdout.decode("utf-8") + stderr = stderr.decode("utf-8") + + if proc.returncode == 0: + run_successfully = True + else: + if not print_comand_True and not_killed_by_timer: + print('Running: ' + str(command)) + if len(stdout) > 0: + print('STDOUT') + print(stdout) + if len(stderr) > 0: + print('STDERR') + print(stderr) + return run_successfully, stdout, stderr + + +def required_length(tuple_length_options, argument_name): + class RequiredLength(argparse.Action): + def __call__(self, parser, args, values, option_string=None): + if len(values) not in tuple_length_options: + msg = 'Option {argument_name} requires one of the following number of' \ + ' arguments: {tuple_length_options}'.format(argument_name=self.argument_name, + tuple_length_options=tuple_length_options) + raise argparse.ArgumentTypeError(msg) + setattr(args, self.dest, values) + return RequiredLength + + +def get_sequence_information(fasta_file, length_extra_seq): + sequence_dict = {} + headers = {} + + with open(fasta_file, 'rtU') as reader: + blank_line_found = False + sequence_counter = 0 + temp_sequence_dict = {} + for line in reader: + line = line.splitlines()[0] + if len(line) > 0: + if not blank_line_found: + if line.startswith('>'): + if len(temp_sequence_dict) > 0: + if list(temp_sequence_dict.values())[0]['length'] - 2 * length_extra_seq > 0: + sequence_dict[list(temp_sequence_dict.keys())[0]] = list(temp_sequence_dict.values())[0] + headers[list(temp_sequence_dict.values())[0]['header'].lower()] = sequence_counter + else: + print(list(temp_sequence_dict.values())[0]['header'] + ' sequence ignored due to ' + 'length <= 0') + temp_sequence_dict = {} + + if line[1:].lower() in headers: + sys.exit('Found duplicated sequence headers') + + sequence_counter += 1 + temp_sequence_dict[sequence_counter] = {'header': line[1:].lower(), 'sequence': '', 'length': 0} + else: + temp_sequence_dict[sequence_counter]['sequence'] += line.upper() + temp_sequence_dict[sequence_counter]['length'] += len(line) + else: + sys.exit('It was found a blank line between the fasta file above line ' + line) + else: + blank_line_found = True + + if len(temp_sequence_dict) > 0: + if list(temp_sequence_dict.values())[0]['length'] - 2 * length_extra_seq > 0: + sequence_dict[list(temp_sequence_dict.keys())[0]] = list(temp_sequence_dict.values())[0] + headers[list(temp_sequence_dict.values())[0]['header'].lower()] = sequence_counter + else: + print(list(temp_sequence_dict.values())[0]['header'] + ' sequence ignored due to length <= 0') + + return sequence_dict, headers + + +def simplify_sequence_dict(sequence_dict): + simple_sequence_dict = {} + for counter, info in list(sequence_dict.items()): + simple_sequence_dict[info['header']] = info + del simple_sequence_dict[info['header']]['header'] + return simple_sequence_dict + + +def chunkstring(string, length): + return (string[0 + i:length + i] for i in range(0, len(string), length)) + + +def clean_headers_sequences(sequence_dict): + problematic_characters = ["|", " ", ",", ".", "(", ")", "'", "/", ":"] + # print 'Checking if reference sequences contain ' + str(problematic_characters) + '\n' + + headers_changed = False + new_headers = {} + for i in sequence_dict: + if any(x in sequence_dict[i]['header'] for x in problematic_characters): + for x in problematic_characters: + sequence_dict[i]['header'] = sequence_dict[i]['header'].replace(x, '_') + headers_changed = True + new_headers[sequence_dict[i]['header'].lower()] = i + + if headers_changed: + print('At least one of the those characters was found. Replacing those with _' + '\n') + + return sequence_dict, new_headers
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/patho_typing.pl Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,62 @@ +#!/usr/bin/env perl +## A wrapper script to collect patho_typing.py output +use strict; +use warnings; +use Cwd; +use English; +use File::Copy; +use File::Basename; + +# Parse arguments +my ($python) = @ARGV; + +# Run program +runPathoTyping(); +collectOutput(); +exit 0; + +# Run patho_typing +sub runPathoTyping { + my $abs_path = Cwd::abs_path($PROGRAM_NAME); + my $scriptdir = dirname($abs_path); + my $rematchdir = "$scriptdir/ReMatCh"; + my $mode = 0744; + chmod $mode, "$rematchdir/rematch.py"; + my $newpath = "PATH=$ENV{PATH}:$rematchdir"; + `$newpath; $python`; + return 0; +} + +sub collectOutput{ + my $patho_type = ""; + open(my $fh, '<', 'output_dir/rematch/rematchModule_report.txt') || die "Could not open file 'output_dir/rematch/rematchModule_report.txt' $!"; + my @rematch_lines = <$fh>; + close($fh); + my @rematch_table = ""; + my @rematch_total_table = ""; + my $highest_coverage = 0; + foreach(@rematch_lines) { + if ($_ =~ m/\t/) { # Only table lines + my @elems = split('\t', $_); + if ($_ =~ m/#/) { # First line + s/_/ /g for @elems; + push(@rematch_table,join("\t", @elems[0,1,2,5])); + push(@rematch_total_table,join("\t", @elems[0,1,2,5])); + } + else { + push(@rematch_total_table,join("\t", @elems[0,1,2,5])); + if ($elems[1] > 90.0) { # Only genes with over 90% coverage in report table + push(@rematch_table,join("\t", @elems[0,1,2,5])); + } + } + } + } + open($fh, '>', 'pathotyper_rep_tab') || die "Could not open file 'pathotyper_rep_tab' $!"; + print $fh @rematch_table; + close($fh); + open($fh, '>', 'pathotyper_rep_tot_tab') || die "Could not open file 'pathotyper_rep_tot_tab' $!"; + print $fh @rematch_total_table; + close($fh); + + return 0; +}
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/patho_typing.py Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,482 @@ +#!/usr/bin/env python3 + +# -*- coding: utf-8 -*- + +""" +patho_typing.py - In silico pathogenic typing directly from raw +Illumina reads +<https://github.com/B-UMMI/patho_typing/> + +Copyright (C) 2018 Miguel Machado <mpmachado@medicina.ulisboa.pt> + +Last modified: October 15, 2018 + +This program is free software: you can redistribute it and/or modify +it under the terms of the GNU General Public License as published by +the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or +(at your option) any later version. + +This program is distributed in the hope that it will be useful, +but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +GNU General Public License for more details. + +You should have received a copy of the GNU General Public License +along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. + +2020-01-13 ISS +In order to use the module within the EURL_WGS_Typer pipeline with a +different virulence database for E coli, mapping against the +typing_rules.tab was deactivated. +""" + +import argparse +import os +import time +import sys +from pkg_resources import resource_filename + +try: + from __init__ import __version__ + + import modules.utils as utils + import modules.run_rematch as run_rematch + import modules.typing as typing +except ImportError: + from pathotyping.__init__ import __version__ + + from pathotyping.modules import utils as utils + from pathotyping.modules import run_rematch as run_rematch + from pathotyping.modules import typing as typing + + +def set_reference(species, outdir, script_path, trueCoverage): + reference_file = None + trueCoverage_file = None + trueCoverage_sequences = None + trueCoverage_headers = None + trueCoverage_config = None + typing_file = None + typing_sequences = None + typing_headers = None + typing_rules = None + typing_config = None + + species_folder = os.path.join(os.path.dirname(script_path), 'modules', 'seq_conf', + '_'.join([s.lower() for s in species]), '') + + if os.path.isdir(species_folder): + typing_rules = os.path.join(species_folder, 'typing_rules.tab') + typing_file = os.path.join(species_folder, 'typing.fasta') + typing_sequences, ignore = utils.get_sequence_information(typing_file, 0) + typing_sequences, typing_headers = utils.clean_headers_sequences(typing_sequences) + typing_sequences = utils.simplify_sequence_dict(typing_sequences) + typing_config = os.path.join(species_folder, 'typing.config') + if trueCoverage: + if os.path.isfile(os.path.join(species_folder, 'trueCoverage.fasta')): + trueCoverage_file = os.path.join(species_folder, 'trueCoverage.fasta') + trueCoverage_sequences, ignore = utils.get_sequence_information(trueCoverage_file, 0) + trueCoverage_sequences, trueCoverage_headers = utils.clean_headers_sequences(trueCoverage_sequences) + trueCoverage_sequences = utils.simplify_sequence_dict(trueCoverage_sequences) + trueCoverage_config = os.path.join(species_folder, 'trueCoverage.config') + + trueCoverage_typing_sequences = trueCoverage_sequences.copy() + for header in typing_sequences: + if header not in trueCoverage_sequences: + trueCoverage_typing_sequences[header] = typing_sequences[header] + else: + print('Sequence {header} of typing.fasta already present in' + ' trueCoverage.fasta'.format(header=header)) + + reference_file = os.path.join(outdir, 'trueCoverage_typing.fasta') + write_sequeces(reference_file, trueCoverage_typing_sequences) + else: + reference_file = os.path.join(outdir, 'typing.fasta') + write_sequeces(reference_file, typing_sequences) + else: + species_present = [] + seq_conf_folder = os.path.join(os.path.dirname(script_path), 'modules', 'seq_conf', '') + species_folder = [d for d in os.listdir(seq_conf_folder) if + not d.startswith('.') and os.path.isdir(os.path.join(seq_conf_folder, d, ''))] + for species in species_folder: + species = species.split('_') + species[0] = species[0][0].upper() + species[0][1:] + species_present.append(' '.join(species)) + sys.exit('Only these species are available:' + '\n' + '\n'.join(species_present)) + + return reference_file, trueCoverage_file, trueCoverage_sequences, trueCoverage_headers, trueCoverage_config, \ + typing_file, typing_sequences, typing_headers, typing_rules, typing_config + + +def index_fasta_samtools(fasta, region_None, region_outfile_none, print_comand_True): + command = ['samtools', 'faidx', fasta, '', '', ''] + shell_true = False + if region_None is not None: + command[3] = region_None + if region_outfile_none is not None: + command[4] = '>' + command[5] = region_outfile_none + shell_true = True + run_successfully, stdout, stderr = utils.runCommandPopenCommunicate(command, shell_true, None, print_comand_True) + return run_successfully, stdout + + +def indexSequenceBowtie2(referenceFile, threads): + if os.path.isfile(str(referenceFile + '.1.bt2')): + run_successfully = True + else: + command = ['bowtie2-build', '--threads', str(threads), referenceFile, referenceFile] + run_successfully, stdout, stderr = utils.runCommandPopenCommunicate(command, False, None, True) + return run_successfully + + +def run_bowtie(fastq_files, referenceFile, threads, outdir, conserved_True, numMapLoc): + sam_file = os.path.join(outdir, str('alignment.sam')) + + run_successfully = indexSequenceBowtie2(referenceFile, threads) + if run_successfully: + command = ['bowtie2', '-k', str(numMapLoc), '-q', '', '--threads', str(threads), '-x', referenceFile, '', + '--no-unal', '-S', sam_file] + + if len(fastq_files) == 1: + command[9] = '-U ' + fastq_files[0] + elif len(fastq_files) == 2: + command[9] = '-1 ' + fastq_files[0] + ' -2 ' + fastq_files[1] + else: + return False, None + + if conserved_True: + command[4] = '--sensitive' + else: + command[4] = '--very-sensitive-local' + + run_successfully, stdout, stderr = utils.runCommandPopenCommunicate(command, False, None, True) + + if not run_successfully: + sam_file = None + + return run_successfully, sam_file + + +def sortAlignment(alignment_file, output_file, sortByName_True, threads): + outFormat_string = os.path.splitext(output_file)[1][1:].lower() + command = ['samtools', 'sort', '-o', output_file, '-O', outFormat_string, '', '-@', str(threads), alignment_file] + if sortByName_True: + command[6] = '-n' + run_successfully, stdout, stderr = utils.runCommandPopenCommunicate(command, False, None, True) + if not run_successfully: + output_file = None + return run_successfully, output_file + + +def indexAlignment(alignment_file): + command = ['samtools', 'index', alignment_file] + run_successfully, stdout, stderr = utils.runCommandPopenCommunicate(command, False, None, True) + return run_successfully + + +def mapping_reads(fastq_files, referenceFile, threads, outdir, conserved_True, numMapLoc): + print('\n' + 'Mapping the reads' + '\n') + run_successfully, sam_file = run_bowtie(fastq_files, referenceFile, threads, outdir, conserved_True, numMapLoc) + bam_file = None + if run_successfully: + run_successfully, bam_file = sortAlignment(sam_file, str(os.path.splitext(sam_file)[0] + '.bam'), False, + threads) + if run_successfully: + os.remove(sam_file) + run_successfully = indexAlignment(bam_file) + if run_successfully: + index_fasta_samtools(referenceFile, None, None, True) + return run_successfully, bam_file + + +def include_rematch_dependencies_path(): + original_rematch = None + command = ['which', 'rematch.py'] + run_successfully, stdout, stderr = utils.runCommandPopenCommunicate(command, False, None, False) + if run_successfully: + original_rematch = stdout.splitlines()[0] + + resource_rematch = None + try: + resource_rematch = resource_filename('ReMatCh', 'rematch.py') + except ModuleNotFoundError: + resource_rematch = original_rematch + else: + print('\n' + 'Using ReMatCh "{resource_rematch}" via "{original_rematch}"\n'.format(resource_rematch=resource_rematch, + original_rematch=original_rematch)) + + if resource_rematch is not None: + utils.setPATHvariable(False, resource_rematch) + else: + sys.exit('ReMatCh not found in the PATH') + + return resource_rematch + + +def split_bam(bam_file, list_sequences, outdir, threads): + new_bam = os.path.join(outdir, 'partial.bam') + command = ['samtools', 'view', '-b', '-u', '-h', '-o', new_bam, '-@', str(threads), bam_file, + ' '.join(list_sequences)] + run_successfully, stdout, stderr = utils.runCommandPopenCommunicate(command, False, None, True) + return run_successfully, new_bam + + +def parse_config(config_file): + config = {'reference_file': None, 'length_extra_seq': None, 'maximum_number_absent_genes': None, + 'maximum_number_genes_multiple_alleles': None, 'minimum_read_coverage': None, + 'minimum_depth_presence': None, 'minimum_depth_call': None, + 'minimum_depth_frequency_dominant_allele': None, 'minimum_gene_coverage': None, + 'minimum_gene_identity': None} + + with open(config_file, 'rt') as reader: + field = None + for line in reader: + line = line.splitlines()[0] + if len(line) > 0: + line = line.split(' ')[0] + if line.startswith('#'): + line = line[1:].split(' ')[0] + field = line + else: + if field is not None: + if field in ['length_extra_seq', 'maximum_number_absent_genes', + 'maximum_number_genes_multiple_alleles', 'minimum_read_coverage', + 'minimum_depth_presence', 'minimum_depth_call', 'minimum_gene_coverage', + 'minimum_gene_identity']: + line = int(line) + if field in ['minimum_gene_coverage', 'minimum_gene_identity']: + if line < 0 or line > 100: + sys.exit('minimum_gene_coverage in trueCoverage_rematch config file must be an' + ' integer between 0 and 100') + elif field == 'minimum_depth_frequency_dominant_allele': + line = float(line) + if line < 0 or line > 1: + sys.exit('minimum_depth_frequency_dominant_allele in trueCoverage_rematch config file' + ' must be a double between 0 and 1') + config[field] = line + field = None + + for field in config: + if config[field] is None: + sys.exit(field + ' in trueCoverage_rematch config file is missing') + + return config + + +def clean_pathotyping_folder(outdir, reference_file, debug_mode_true): + if not debug_mode_true: + files = [f for f in os.listdir(outdir) if not f.startswith('.') and os.path.isfile(os.path.join(outdir, f))] + for file_found in files: + if file_found.startswith(('alignment.', os.path.splitext(os.path.basename(reference_file))[0])): + file_found = os.path.join(outdir, file_found) + os.remove(file_found) + + +def write_sequeces(out_file, sequences_dict): + with open(out_file, 'wt') as writer: + for header in sequences_dict: + writer.write('>' + header + '\n') + writer.write('\n'.join(utils.chunkstring(sequences_dict[header]['sequence'], 80)) + '\n') + + +def main(): + parser = argparse.ArgumentParser(prog='patho_typing.py', + description='In silico pathogenic typing directly from raw Illumina reads', + formatter_class=argparse.ArgumentDefaultsHelpFormatter) + parser.add_argument('--version', help='Version information', action='version', + version='{prog} v{version}'.format(prog=parser.prog, version=__version__)) + + parser_required = parser.add_argument_group('Required options') + parser_required.add_argument('-f', '--fastq', nargs='+', action=utils.required_length((1, 2), '--fastq'), + type=argparse.FileType('r'), metavar=('/path/to/input/file.fq.gz'), + help='Path to single OR paired-end fastq files. If two files are passed, they will be' + ' assumed as being the paired fastq files', required=True) + parser_required.add_argument('-s', '--species', nargs=2, type=str, metavar=('Yersinia', 'enterocolitica'), + help='Species name', required=True) + + parser_optional_general = parser.add_argument_group('General facultative options') + parser_optional_general.add_argument('-o', '--outdir', type=str, metavar='/path/to/output/directory/', + help='Path to the directory where the information will be stored', + required=False, default='.') + parser_optional_general.add_argument('-j', '--threads', type=int, metavar='N', help='Number of threads to use', + required=False, default=1) + parser_optional_general.add_argument('--trueCoverage', action='store_true', + help='Assess true coverage before continue typing') + parser_optional_general.add_argument('--noCheckPoint', action='store_true', + help='Ignore the true coverage checking point') + parser_optional_general.add_argument('--minGeneCoverage', type=int, metavar='N', + help='Minimum typing percentage of target reference gene sequence covered to' + ' consider a gene to be present (value between [0, 100])', required=False) + parser_optional_general.add_argument('--minGeneIdentity', type=int, metavar='N', + help='Minimum typing percentage of identity of reference gene sequence covered' + ' to consider a gene to be present (value between [0, 100]). One INDEL' + ' will be considered as one difference', required=False) + parser_optional_general.add_argument('--minGeneDepth', type=int, metavar='N', + help='Minimum typing gene average coverage depth of present positions to' + ' consider a gene to be present (default is 1/3 of average sample' + ' coverage or 15x)', required=False) + parser_optional_general.add_argument('--doNotRemoveConsensus', action='store_true', + help='Do not remove ReMatCh consensus sequences') + parser_optional_general.add_argument('--debug', action='store_true', + help='DeBug Mode: do not remove temporary files') + + args = parser.parse_args() + + if args.minGeneCoverage is not None and (args.minGeneCoverage < 0 or args.minGeneCoverage > 100): + parser.error('--minGeneCoverage should be a value between [0, 100]') + if args.minGeneIdentity is not None and (args.minGeneIdentity < 0 or args.minGeneIdentity > 100): + parser.error('--minGeneIdentity should be a value between [0, 100]') + + start_time = time.time() + + args.outdir = os.path.abspath(args.outdir) + if not os.path.isdir(args.outdir): + os.makedirs(args.outdir) + + # Start logger + logfile, time_str = utils.start_logger(args.outdir) + + script_path = utils.general_information(logfile, __version__, args.outdir, time_str) + print('\n') + + rematch = include_rematch_dependencies_path() + + args.fastq = [fastq.name for fastq in args.fastq] + + reference_file, trueCoverage_file, trueCoverage_sequences, trueCoverage_headers, trueCoverage_config, typing_file, \ + typing_sequences, typing_headers, typing_rules, typing_config = \ + set_reference(args.species, args.outdir, script_path, args.trueCoverage) + original_reference_file = str(reference_file) + + run_successfully, bam_file = mapping_reads(args.fastq, reference_file, args.threads, args.outdir, False, 1) + if run_successfully: + rematch_dir = os.path.join(args.outdir, 'rematch', '') + if not os.path.isdir(rematch_dir): + os.makedirs(rematch_dir) + + if args.trueCoverage: + if trueCoverage_file is not None: + trueCoverage_dir = os.path.join(rematch_dir, 'trueCoverage', '') + if not os.path.isdir(trueCoverage_dir): + os.makedirs(trueCoverage_dir) + + print('\n') + run_successfully, trueCoverage_bam = split_bam(bam_file, trueCoverage_headers, trueCoverage_dir, + args.threads) + if run_successfully: + run_successfully = indexAlignment(trueCoverage_bam) + if run_successfully: + reference_file = os.path.join(trueCoverage_dir, 'reference.fasta') + write_sequeces(reference_file, trueCoverage_sequences) + index_fasta_samtools(reference_file, None, None, True) + config = parse_config(trueCoverage_config) + runtime, run_successfully, sample_data_general, data_by_gene = \ + run_rematch.run_rematch(rematch, trueCoverage_dir, reference_file, trueCoverage_bam, + args.threads, config['length_extra_seq'], + config['minimum_depth_presence'], config['minimum_depth_call'], + config['minimum_depth_frequency_dominant_allele'], + config['minimum_gene_coverage'], config['minimum_gene_identity'], + args.debug, args.doNotRemoveConsensus) + + if run_successfully and sample_data_general['mean_sample_coverage'] is not None and \ + sample_data_general['number_absent_genes'] is not None and \ + sample_data_general['number_genes_multiple_alleles'] is not None: + if args.minGeneDepth is None: + args.minGeneDepth = sample_data_general['mean_sample_coverage'] / 3 if \ + sample_data_general['mean_sample_coverage'] / 3 > 15 else \ + 15 + + exit_info = [] + if sample_data_general['mean_sample_coverage'] < config['minimum_read_coverage']: + exit_info.append('Sample coverage ({mean}) lower than the minimum' + ' required ({minimum})' + ''.format(mean=sample_data_general['mean_sample_coverage'], + minimum=config['minimum_read_coverage'])) + if sample_data_general['number_absent_genes'] > config['maximum_number_absent_genes']: + exit_info.append('Number of absent genes ({number}) higher than the' + ' maximum allowed ({maximum})' + ''.format(number=sample_data_general['number_absent_genes'], + maximum=config['maximum_number_absent_genes'])) + if sample_data_general['number_genes_multiple_alleles'] > \ + config['maximum_number_genes_multiple_alleles']: + exit_info.append('Number of genes with multiple alleles' + ' ({number}) higher than the maximum' + ' allowed ({maximum})' + ''.format(number=sample_data_general['number_genes_multiple_alleles'], + maximum=config['maximum_number_genes_multiple_alleles'])) + + if len(exit_info) > 0: + print('\n' + '\n'.join(exit_info) + '\n') + e = 'TrueCoverage requirements not fulfilled' + print('\n' + e + '\n') + if not args.noCheckPoint: + clean_pathotyping_folder(args.outdir, original_reference_file, args.debug) + _ = utils.runTime(start_time) + sys.exit(e) + else: + e = 'TrueCoverage module did not run successfully' + print('\n' + e + '\n') + if not args.noCheckPoint: + clean_pathotyping_folder(args.outdir, original_reference_file, args.debug) + _ = utils.runTime(start_time) + sys.exit(e) + + print('\n') + typing_dir = os.path.join(rematch_dir, 'typing', '') + if not os.path.isdir(typing_dir): + os.makedirs(typing_dir) + run_successfully, bam_file = split_bam(bam_file, typing_headers, typing_dir, args.threads) + if run_successfully: + run_successfully = indexAlignment(bam_file) + if run_successfully: + reference_file = os.path.join(typing_dir, 'reference.fasta') + write_sequeces(reference_file, typing_sequences) + index_fasta_samtools(reference_file, None, None, True) + rematch_dir = str(typing_dir) + if not run_successfully: + if args.noCheckPoint: + clean_pathotyping_folder(args.outdir, original_reference_file, args.debug) + _ = utils.runTime(start_time) + sys.exit('Something in the required TrueCoverage analysis went wrong') + else: + print('\n' + 'WARNING: it was not found trueCoverage target files. trueCoverage will not run.' + '\n') + + if run_successfully: + config = parse_config(typing_config) + if args.minGeneCoverage is not None: + config['minimum_gene_coverage'] = args.minGeneCoverage + if args.minGeneIdentity is not None: + config['minimum_gene_identity'] = args.minGeneIdentity + + runtime, run_successfully, sample_data_general, data_by_gene = \ + run_rematch.run_rematch(rematch, rematch_dir, reference_file, bam_file, args.threads, + config['length_extra_seq'], config['minimum_depth_presence'], + config['minimum_depth_call'], config['minimum_depth_frequency_dominant_allele'], + config['minimum_gene_coverage'], config['minimum_gene_identity'], + args.debug, args.doNotRemoveConsensus) + if run_successfully and data_by_gene is not None: + if args.minGeneDepth is None: + args.minGeneDepth = sample_data_general['mean_sample_coverage'] / 3 if \ + sample_data_general['mean_sample_coverage'] / 3 > 15 else \ + 15 + else: + clean_pathotyping_folder(args.outdir, original_reference_file, args.debug) + _ = utils.runTime(start_time) + sys.exit('ReMatCh run for pathotyping did not run successfully') + else: + clean_pathotyping_folder(args.outdir, original_reference_file, args.debug) + _ = utils.runTime(start_time) + sys.exit('Something did not run successfully') + + clean_pathotyping_folder(args.outdir, original_reference_file, args.debug) + + print('\n') + _ = utils.runTime(start_time) + + +if __name__ == "__main__": + main()
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/rgFastQC.py Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,162 @@ +""" +Rewrite of rgFastQC.py for Version 0.11.2 of FastQC. + +Changes implemented from tmcgowan at +https://testtoolshed.g2.bx.psu.edu/view/tmcgowan/fastqc +and iuc at https://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/iuc/fastqc +with minor changes and bug fixes + +SYNOPSIS + + rgFastQC.py -i input_file -j input_file.name -o output_html_file [-d output_directory] + [-f fastq|bam|sam] [-n job_name] [-c contaminant_file] [-e fastqc_executable] + +EXAMPLE (generated by Galaxy) + + rgFastQC.py -i path/dataset_1.dat -j 1000gsample.fastq -o path/dataset_3.dat -d path/job_working_directory/subfolder + -f fastq -n FastQC -c path/dataset_2.dat -e fastqc + +""" + +import re +import os +import shutil +import subprocess +import optparse +import tempfile +import glob +import gzip +import bz2 +import zipfile + +class FastQCRunner(object): + + def __init__(self,opts=None): + ''' + Initializes an object to run FastQC in Galaxy. To start the process, use the function run_fastqc() + ''' + + # Check whether the options are specified and saves them into the object + assert opts != None + self.opts = opts + + def prepare_command_line(self): + ''' + Develops the Commandline to run FastQC in Galaxy + ''' + + # Check whether a given file compression format is valid + # This prevents uncompression of already uncompressed files + infname = self.opts.inputfilename + linf = infname.lower() + trimext = False + # decompression at upload currently does NOT remove this now bogus ending - fastqc will barf + # patched may 29 2013 until this is fixed properly + if ( linf.endswith('.gz') or linf.endswith('.gzip') ): + f = gzip.open(self.opts.input) + try: + f.readline() + except: + trimext = True + f.close() + elif linf.endswith('bz2'): + f = bz2.open(self.opts.input,'rb') + try: + f.readline() + except: + trimext = True + f.close() + elif linf.endswith('.zip'): + if not zipfile.is_zipfile(self.opts.input): + trimext = True + if trimext: + f = open(self.opts.input) + try: + f.readline() + except: + raise Exception("Input file corruption, could not identify the filetype") + infname = os.path.splitext(infname)[0] + + # Replace unwanted or problematic charaters in the input file name + self.fastqinfilename = re.sub(r'[^a-zA-Z0-9_\-\.]', '_', os.path.basename(infname)) + # check that the symbolic link gets a proper ending, fastqc seems to ignore the given format otherwise + if 'fastq' in opts.informat: + # with fastq the .ext is ignored, but when a format is actually passed it must comply with fastqc's + # accepted formats.. + opts.informat = 'fastq' + elif not self.fastqinfilename.endswith(opts.informat): + self.fastqinfilename += '.%s' % opts.informat + + # Build the Commandline from the given parameters + command_line = [opts.executable, '--outdir %s' % opts.outputdir] + if opts.contaminants != None: + command_line.append('--contaminants %s' % opts.contaminants) + if opts.limits != None: + command_line.append('--limits %s' % opts.limits) + command_line.append('--quiet') + command_line.append('--extract') # to access the output text file + command_line.append(self.fastqinfilename) + command_line.append('-f %s' % opts.informat) + self.command_line = ' '.join(command_line) + + def copy_output_file_to_dataset(self): + ''' + Retrieves the output html and text files from the output directory and copies them to the Galaxy output files + ''' + + # retrieve html file + result_file = glob.glob(opts.outputdir + '/*html') + with open(result_file[0], 'rb') as fsrc: + with open(self.opts.htmloutput, 'wb') as fdest: + shutil.copyfileobj(fsrc, fdest) + + # retrieve text file + text_file = glob.glob(opts.outputdir + '/*/fastqc_data.txt') + with open(text_file[0], 'rb') as fsrc: + with open(self.opts.textoutput, 'wb') as fdest: + shutil.copyfileobj(fsrc, fdest) + + def run_fastqc(self): + ''' + Executes FastQC. Make sure the mandatory import parameters input, inputfilename, outputdir and htmloutput have been specified in the options (opts) + ''' + + # Create a log file + dummy,tlog = tempfile.mkstemp(prefix='rgFastQC',suffix=".log",dir=self.opts.outputdir) + sout = open(tlog, 'w') + + self.prepare_command_line() + sout.write(self.command_line) + sout.write('\n') + sout.write("Creating symlink\n") # between the input (.dat) file and the given input file name + os.symlink(self.opts.input, self.fastqinfilename) + sout.write("check_call\n") + subprocess.check_call(self.command_line, shell=True) + sout.write("Copying working %s file to %s \n" % (self.fastqinfilename, self.opts.htmloutput)) + self.copy_output_file_to_dataset() + sout.write("Finished") + sout.close() + +if __name__ == '__main__': + op = optparse.OptionParser() + op.add_option('-i', '--input', default=None) + op.add_option('-j', '--inputfilename', default=None) + op.add_option('-o', '--htmloutput', default=None) + op.add_option('-t', '--textoutput', default=None) + op.add_option('-d', '--outputdir', default="/tmp/shortread") + op.add_option('-f', '--informat', default='fastq') + op.add_option('-n', '--namejob', default='rgFastQC') + op.add_option('-c', '--contaminants', default=None) + op.add_option('-l', '--limits', default=None) + op.add_option('-e', '--executable', default='fastqc') + opts, args = op.parse_args() + + assert opts.input != None + assert opts.inputfilename != None + assert opts.htmloutput != None + #assert os.path.isfile(opts.executable),'##rgFastQC.py error - cannot find executable %s' % opts.executable + if not os.path.exists(opts.outputdir): + os.makedirs(opts.outputdir) + + fastqc_runner = FastQCRunner(opts) + fastqc_runner.run_fastqc()
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/serotype.sh Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,67 @@ +tooldir="$1"; +paired="$2"; +fastqfile1="$3"; +fastqfile2="$4"; +fastafile="$5"; + +ln -s $fastqfile1 fastqfile1; +ln -s $fastqfile2 fastqfile2; +# FILTER + ASSEMBLE + BLAST FASTQ +chmod u+x $tooldir/scripts/duk +if [ $paired = "y" ] +then + $tooldir/scripts/duk -m filteredO1.fq -k 23 $tooldir/data/O_type.fsa $fastqfile1; + $tooldir/scripts/duk -m filteredH1.fq -k 23 $tooldir/data/H_type.fsa $fastqfile1; + cat filteredO1.fq > filteredOH1.fq; + cat filteredH1.fq >> filteredOH1.fq; + $tooldir/scripts/duk -m filteredO2.fq -k 23 $tooldir/data/O_type.fsa $fastqfile2; + $tooldir/scripts/duk -m filteredH2.fq -k 23 $tooldir/data/H_type.fsa $fastqfile2; + cat filteredO2.fq > filteredOH2.fq; + cat filteredH2.fq >> filteredOH2.fq; + $tooldir/scripts/fastq_pair filteredOH1.fq filteredOH2.fq; + $tooldir/scripts/fastq_pair filteredOH1.fq.single.fq fastqfile2; + $tooldir/scripts/fastq_pair filteredOH2.fq.single.fq fastqfile1; + cat filteredOH1.fq.paired.fq > filteredOH1_paired.fq; + cat filteredOH1.fq.single.fq.paired.fq >> filteredOH1_paired.fq; + cat fastqfile1.paired.fq >> filteredOH1_paired.fq; + cat filteredOH2.fq.paired.fq > filteredOH2_paired.fq; + cat fastqfile2.paired.fq >> filteredOH2_paired.fq; + cat filteredOH2.fq.single.fq.paired.fq >> filteredOH2_paired.fq; + dukst1filesize=$(wc -c "filteredOH1_paired.fq" | awk '{print $1}'); + dukst2filesize=$(wc -c "filteredOH2_paired.fq" | awk '{print $1}'); + if [ $dukst1filesize -gt 0 ] && [ $dukst2filesize -gt 0 ] + then + perl $tooldir/scripts/spades.pl duk_spades.fasta duk_spades_contig_stats duk_spades_scaffolds duk_spades_scaffold_stats duk_spades_log NODE spades.py --disable-gzip-output --isolate -t \${GALAXY_SLOTS:-16} --pe1-ff --pe1-1 fastq:filteredOH1_paired.fq --pe1-2 fastq:filteredOH2_paired.fq + rm -r output_dir; + blastn -query duk_spades.fasta -db $tooldir/data/O_type -task blastn -evalue 0.001 -out duk_O_seqs -outfmt '6 std sallseqid score nident positive gaps ppos qframe sframe qseq sseq qlen slen salltitles' -num_threads 8 -strand both -dust yes -max_target_seqs 10 -perc_identity 95.0; + blastn -query duk_spades.fasta -db $tooldir/data/H_type -task blastn -evalue 0.001 -out duk_H_seqs -outfmt '6 std sallseqid score nident positive gaps ppos qframe sframe qseq sseq qlen slen salltitles' -num_threads 8 -strand both -dust yes -max_target_seqs 10 -perc_identity 95.0; + else + touch duk_O_seqs; + touch duk_H_seqs; + fi +else + $tooldir/scripts/duk -m filteredO1.fq -k 23 $tooldir/data/O_type.fsa $fastqfile1; + $tooldir/scripts/duk -m filteredH1.fq -k 23 $tooldir/data/H_type.fsa $fastqfile1; + cat filteredO1.fq > filteredOH1.fq; + cat filteredH1.fq >> filteredOH1.fq; + dukstx1filesize=$(wc -c "filteredOH1.fq" | awk '{print $1}'); + if [ $dukstx1filesize -gt 0 ] + then + perl $tooldir/scripts/spades.pl duk_spades.fasta duk_spades_contig_stats duk_spades_scaffolds duk_spades_scaffold_stats duk_spades_log NODE spades.py --disable-gzip-output --isolate -t \${GALAXY_SLOTS:-16} --iontorrent -s fastq:filteredOH1.fq; + rm -r output_dir; + blastn -query duk_spades.fasta -db $tooldir/data/O_type -task blastn -evalue 0.001 -out duk_O_seqs -outfmt '6 std sallseqid score nident positive gaps ppos qframe sframe qseq sseq qlen slen salltitles' -num_threads 8 -strand both -dust yes -max_target_seqs 10 -perc_identity 95.0; + blastn -query duk_spades.fasta -db $tooldir/data/H_type -task blastn -evalue 0.001 -out duk_H_seqs -outfmt '6 std sallseqid score nident positive gaps ppos qframe sframe qseq sseq qlen slen salltitles' -num_threads 8 -strand both -dust yes -max_target_seqs 10 -perc_identity 95.0; + else + touch duk_O_seqs; + touch duk_H_seqs; + fi +fi +# BLAST FASTA +blastn -query $fastafile -db $tooldir/data/O_type -task blastn -evalue 0.001 -out fasta_O_seqs -outfmt '6 std sallseqid score nident positive gaps ppos qframe sframe qseq sseq qlen slen salltitles' -num_threads 8 -strand both -dust yes -max_target_seqs 10 -perc_identity 95.0; +blastn -query $fastafile -db $tooldir/data/H_type -task blastn -evalue 0.001 -out fasta_H_seqs -outfmt '6 std sallseqid score nident positive gaps ppos qframe sframe qseq sseq qlen slen salltitles' -num_threads 8 -strand both -dust yes -max_target_seqs 10 -perc_identity 95.0; + +# COMBINE +cat duk_O_seqs > serogroup_O; +cat fasta_O_seqs >> serogroup_O; +cat duk_H_seqs > serogroup_H; +cat fasta_H_seqs >> serogroup_H;
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/spades.pl Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,133 @@ +#!/usr/bin/env perl +## A wrapper script to call spades.py and collect its output +use strict; +use warnings; +use File::Temp qw/ tempfile tempdir /; +use File::Copy; +use Getopt::Long; + +# Parse arguments +my ($out_contigs_file, + $out_contigs_stats, + $out_scaffolds_file, + $out_scaffolds_stats, + $out_log_file, + $new_name, + @sysargs) = @ARGV; + +## GetOptions not compatible with parsing the rest of the arguments in an array. +## Keeping the not-so-nice parse-in-one-go method, without named arguments. +# GetOptions( +# 'contigs-file=s' => \$out_contigs_file, +# 'contigs-stats=s' => \$out_contigs_stats, +# 'scaffolds-file=s' => \$out_scaffolds_file, +# 'scaffolds-stats=s' => \$out_scaffolds_stats, +# 'out_log_file=s' => \$out_log_file, +# ); + +# my @sysargs = @ARGV; + +# Create temporary folder to store files, delete after use +#my $output_dir = tempdir( CLEANUP => 0 ); +my $output_dir = 'output_dir'; +# Link "dat" files as fastq, otherwise spades complains about file format + +# Create log handle +open my $log, '>', $out_log_file or die "Cannot write to $out_log_file: $?\n"; + +# Run program +# To do: record time +runSpades(@sysargs); +collectOutput($new_name); +extractCoverageLength($out_contigs_file, $out_contigs_stats); +extractCoverageLength($out_scaffolds_file, $out_scaffolds_stats); +print $log "Done\n"; +close $log; +exit 0; + +# Run spades +sub runSpades { + my $cmd = join(" ", @_) . " -o $output_dir"; + my $return_code = system($cmd); + if ($return_code) { + print $log "Failed with code $return_code\nCommand $cmd\nMessage: $?\n"; + die "Failed with code $return_code\nCommand $cmd\nMessage: $?\n"; + } + return 0; +} + +# Collect output +sub collectOutput{ + my ($new_name) = @_; + + # Collects output + #if a new name is given for the contigs and scaffolds, change them before moving them + if ( $new_name ne 'NODE') { + renameContigs($new_name); + } + else { + if ( -e "$output_dir/contigs.fasta") { + move "$output_dir/contigs.fasta", $out_contigs_file; + } + if ( -e "$output_dir/scaffolds.fasta") { + move "$output_dir/scaffolds.fasta", $out_scaffolds_file; + } + } + + open LOG, '<', "$output_dir/spades.log" + or die "Cannot open log file $output_dir/spades.log: $?"; + print $log $_ while (<LOG>); + return 0; +} + +#Change name in contig and scaffolds file +sub renameContigs{ + my ($name) = @_; + + open my $in, '<',"$output_dir/contigs.fasta" or die $!; + open my $out,'>', $out_contigs_file; + + while ( my $line = <$in>) { + #remove the NODE_ so we can rebuilt the display_id with our contig name with the contig number. + #also move the remainder of the length + if ( $line =~ />NODE_(\d+)_(.+)/) { + $line = ">$name" . "_$1 $2\n"; + } + print $out $line; + } + close $in; + close $out; + + + open $in, '<',"$output_dir/scaffolds.fasta" or die $!; + open $out,'>', $out_scaffolds_file; + + while ( my $line = <$in>) { + #remove the NODE_ so we can rebuilt the display_id with our contig name with the contig number. + #also move the remainder of the length + if ( $line =~ />NODE_(\d+)_(.+)/) { + $line = ">$name" . "_$1 $2\n"; + } + print $out $line; + } + close $in; + close $out; + +} + + +# Extract +sub extractCoverageLength{ + my ($in, $out) = @_; + open FASTA, '<', $in or die $!; + open TAB, '>', $out or die $!; + print TAB "#name\tlength\tcoverage\n"; + while (<FASTA>){ + next unless /^>/; + chomp; + die "Not all elements found in $_\n" if (! m/^>(NODE|\S+)_(\d+)(?:_|\s)length_(\d+)_cov_(\d+\.*\d*)/); + my ($name,$n, $l, $cov) = ($1,$2, $3, $4); + print TAB "$name" . "_$n\t$l\t$cov\n"; + } + close TAB; +}
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/stx_subtype_fa.sh Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,7 @@ +tooldir="$1"; +fastafile="$2"; + +# SEQUENCE SEARCH +blastn -query $fastafile -db $tooldir/data/stx -task blastn -evalue 0.001 -out shigatoxin -outfmt '6 std sallseqid score nident positive gaps ppos qframe sframe qseq sseq qlen slen salltitles' -num_threads 8 -strand both -dust yes -max_target_seqs 1 -perc_identity 95.0; +# SHIGATOXINTYPER: FILTER, CUT AND CONCATENATE SEQUENCE SEARCH OUTPUT +awk -F '\t' '($3>95 && $4>1200) { print $2 FS $3 FS $4 FS $16 }' shigatoxin > shigatoxin_fc; \ No newline at end of file
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/stx_subtype_pe.sh Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,81 @@ +tooldir="$1"; +fastqfile1="$2"; +fastqfile2="$3"; +fastafile="$4"; + +# ASSEMBLY +mkdir stxdir; +skesa --fastq $fastqfile1 $fastqfile2 --contigs_out stxdir/skesa.fasta; +cp $fastafile stxdir/spades.fasta; +rm -r output_dir; + +# FILTER + ASSEMBLY +chmod u+x $tooldir/scripts/duk +$tooldir/scripts/duk -m stxdir/filtered1STX.fq -k 23 $tooldir/data/stx.fa $fastqfile1; +$tooldir/scripts/duk -m stxdir/filtered2STX.fq -k 23 $tooldir/data/stx.fa $fastqfile2; +$tooldir/scripts/fastq_pair stxdir/filtered1STX.fq stxdir/filtered2STX.fq; +$tooldir/scripts/fastq_pair stxdir/filtered1STX.fq.single.fq $fastqfile2; +$tooldir/scripts/fastq_pair stxdir/filtered2STX.fq.single.fq $fastqfile1; +cat stxdir/filtered1STX.fq.paired.fq > stxdir/filtered1STX_paired.fq; +cat stxdir/filtered1STX.fq.single.fq.paired.fq >> stxdir/filtered1STX_paired.fq; +cat $fastqfile1.paired.fq >> stxdir/filtered1STX_paired.fq; +cat stxdir/filtered2STX.fq.paired.fq > stxdir/filtered2STX_paired.fq; +cat $fastqfile2.paired.fq >> stxdir/filtered2STX_paired.fq; +cat stxdir/filtered2STX.fq.single.fq.paired.fq >> stxdir/filtered2STX_paired.fq; +dukstx1filesize=$(wc -c "stxdir/filtered1STX_paired.fq" | awk '{print $1}'); +dukstx2filesize=$(wc -c "stxdir/filtered2STX_paired.fq" | awk '{print $1}'); +if [ $dukstx1filesize -gt 0 ] && [ $dukstx2filesize -gt 0 ] +then + skesa --fastq stxdir/filtered1STX_paired.fq stxdir/filtered2STX_paired.fq --contigs_out stxdir/duk_skesa.fasta; + perl $tooldir/scripts/spades.pl duk_spades_contigs duk_spades_contig_stats duk_spades_scaffolds duk_spades_scaffold_stats duk_spades_log NODE spades.py --disable-gzip-output --isolate -t 8 --pe1-ff --pe1-1 fastq:stxdir/filtered1STX_paired.fq --pe1-2 fastq:stxdir/filtered2STX_paired.fq + mv duk_spades_contigs stxdir/duk_spades.fasta; + rm -r output_dir; + blastn -query stxdir/duk_skesa.fasta -db $tooldir/data/stx -task blastn -evalue 0.001 -out stxdir/duk_skesa_seqs -outfmt '6 qseqid sseqid sframe qseq' -num_threads 8 -strand both -dust yes -max_target_seqs 1 -perc_identity 95.0; + blastn -query stxdir/duk_spades.fasta -db $tooldir/data/stx -task blastn -evalue 0.001 -out stxdir/duk_spades_seqs -outfmt '6 qseqid sseqid sframe qseq' -num_threads 8 -strand both -dust yes -max_target_seqs 1 -perc_identity 95.0; +else + touch stxdir/duk_skesa_seqs; + touch stxdir/duk_spades_seqs; +fi + +# SEQUENCE SEARCH +blastn -query stxdir/skesa.fasta -db $tooldir/data/stx -task blastn -evalue 0.001 -out stxdir/skesa_seqs -outfmt '6 qseqid sseqid sframe qseq' -num_threads 8 -strand both -dust yes -max_target_seqs 1 -perc_identity 95.0; +blastn -query stxdir/spades.fasta -db $tooldir/data/stx -task blastn -evalue 0.001 -out stxdir/spades_seqs -outfmt '6 qseqid sseqid sframe qseq' -num_threads 8 -strand both -dust yes -max_target_seqs 1 -perc_identity 95.0; +# DIVIDE STX1 FROM STX2 +awk 'BEGIN { OFS="\t" }!seen[$1]++ {if (substr($2,1,4)=="stx1") print $1,$3,$4}' stxdir/skesa_seqs > stxdir/stx1_skesa_seqs; +awk 'BEGIN { OFS="\t" }!seen[$1]++ {if (substr($2,1,4)=="stx2") print $1,$3,$4}' stxdir/skesa_seqs > stxdir/stx2_skesa_seqs; +awk 'BEGIN { OFS="\t" }!seen[$1]++ {if (substr($2,1,4)=="stx1") print $1,$3,$4}' stxdir/duk_skesa_seqs > stxdir/dukstx1_skesa_seqs; +awk 'BEGIN { OFS="\t" }!seen[$1]++ {if (substr($2,1,4)=="stx2") print $1,$3,$4}' stxdir/duk_skesa_seqs > stxdir/dukstx2_skesa_seqs; +awk 'BEGIN { OFS="\t" }!seen[$1]++ {if (substr($2,1,4)=="stx1") print $1,$3,$4}' stxdir/spades_seqs > stxdir/stx1_spades_seqs; +awk 'BEGIN { OFS="\t" }!seen[$1]++ {if (substr($2,1,4)=="stx2") print $1,$3,$4}' stxdir/spades_seqs > stxdir/stx2_spades_seqs; +awk 'BEGIN { OFS="\t" }!seen[$1]++ {if (substr($2,1,4)=="stx1") print $1,$3,$4}' stxdir/duk_spades_seqs > stxdir/dukstx1_spades_seqs; +awk 'BEGIN { OFS="\t" }!seen[$1]++ {if (substr($2,1,4)=="stx2") print $1,$3,$4}' stxdir/duk_spades_seqs > stxdir/dukstx2_spades_seqs; +# CREATE COMBINED MULTIFASTA FROM SEQUENCES +perl $tooldir/scripts/MultifastaFromBlast.pl "stxdir/stx1_skesa_seqs,stxdir/dukstx1_skesa_seqs,stxdir/stx1_spades_seqs,stxdir/dukstx1_spades_seqs" "stxdir/multiassembly_stx1.fasta"; +perl $tooldir/scripts/MultifastaFromBlast.pl "stxdir/stx2_skesa_seqs,stxdir/dukstx2_skesa_seqs,stxdir/stx2_spades_seqs,stxdir/dukstx2_spades_seqs" "stxdir/multiassembly_stx2.fasta"; + +# ALIGN AND GET CONSENSUS +stx1filesize=$(wc -c "stxdir/multiassembly_stx1.fasta" | awk '{print $1}'); +if [ $stx1filesize -eq 0 ] +then + touch stxdir/multiassembly_stx1_consensus.fasta; +else + cat $tooldir/data/stx1.fa >> stxdir/multiassembly_stx1.fasta; + muscle -in stxdir/multiassembly_stx1.fasta -out stxdir/multiassembly_stx1_aligned.fasta; + awk 'BEGIN {RS=">" ; ORS=""} substr($1,1,4)!="stx1" {print ">"$0}' stxdir/multiassembly_stx1_aligned.fasta > stxdir/multiassembly_stx1_aligned_clean.fasta; + awk '/^>/ {printf("%s%s\n",(N>0?"\n":""),$0);N++;next;} {printf("%s",$0);} END {printf("\n");}' stxdir/multiassembly_stx1_aligned_clean.fasta > stxdir/multiassembly_stx1_aligned_linear.fasta; + python $tooldir/scripts/GetConsensus.py -i stxdir/multiassembly_stx1_aligned_linear.fasta -o stxdir/multiassembly_stx1_consensus.fasta; +fi + +stx2filesize=$(wc -c "stxdir/multiassembly_stx2.fasta" | awk '{print $1}'); +if [ $stx2filesize -eq 0 ] +then + touch stxdir/multiassembly_stx2_consensus.fasta; +else + cat $tooldir/data/stx2.fa >> stxdir/multiassembly_stx2.fasta; + muscle -in stxdir/multiassembly_stx2.fasta -out stxdir/multiassembly_stx2_aligned.fasta; + awk 'BEGIN {RS=">" ; ORS=""} substr($1,1,4)!="stx2" {print ">"$0}' stxdir/multiassembly_stx2_aligned.fasta > stxdir/multiassembly_stx2_aligned_clean.fasta; + awk '/^>/ {printf("%s%s\n",(N>0?"\n":""),$0);N++;next;} {printf("%s",$0);} END {printf("\n");}' stxdir/multiassembly_stx2_aligned_clean.fasta > stxdir/multiassembly_stx2_aligned_linear.fasta; + python $tooldir/scripts/GetConsensus.py -i stxdir/multiassembly_stx2_aligned_linear.fasta -o stxdir/multiassembly_stx2_consensus.fasta; +fi +cat stxdir/multiassembly_stx1_consensus.fasta > stx.fasta; +cat stxdir/multiassembly_stx2_consensus.fasta >> stx.fasta;
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/scripts/stx_subtype_se.sh Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,69 @@ +tooldir="$1"; +fastqfile="$2"; +fastafile="$3"; + +# ASSEMBLY +mkdir stxdir; +skesa --fastq $fastqfile --contigs_out stxdir/skesa.fasta; +cp $fastafile stxdir/spades.fasta; +rm -r output_dir; + +# FILTER + ASSEMBLY +chmod u+x $tooldir/scripts/duk +$tooldir/scripts/duk -m stxdir/duk.fq -k 23 $tooldir/data/stx.fa $fastqfile; +dukfilesize=$(wc -c "stxdir/duk.fq" | awk '{print $1}'); +if [ $dukfilesize -gt 0 ] +then + skesa --fastq stxdir/duk.fq --contigs_out stxdir/duk_skesa.fasta; + perl $tooldir/scripts/spades.pl duk_spades_contigs duk_spades_contig_stats duk_spades_scaffolds duk_spades_scaffold_stats duk_spades_log NODE spades.py --disable-gzip-output --isolate -t 8 --iontorrent -s fastq:stxdir/duk.fq; + mv duk_spades_contigs stxdir/duk_spades.fasta; + rm -r output_dir; + blastn -query stxdir/duk_skesa.fasta -db $tooldir/data/stx -task blastn -evalue 0.001 -out stxdir/duk_skesa_seqs -outfmt '6 qseqid sseqid sframe qseq' -num_threads 8 -strand both -dust yes -max_target_seqs 1 -perc_identity 95.0; + blastn -query stxdir/duk_spades.fasta -db $tooldir/data/stx -task blastn -evalue 0.001 -out stxdir/duk_spades_seqs -outfmt '6 qseqid sseqid sframe qseq' -num_threads 8 -strand both -dust yes -max_target_seqs 1 -perc_identity 95.0; +else + touch stxdir/duk_skesa_seqs; + touch stxdir/duk_spades_seqs; +fi + +# SEQUENCE SEARCH +blastn -query stxdir/skesa.fasta -db $tooldir/data/stx -task blastn -evalue 0.001 -out stxdir/skesa_seqs -outfmt '6 qseqid sseqid sframe qseq' -num_threads 8 -strand both -dust yes -max_target_seqs 1 -perc_identity 95.0; +blastn -query stxdir/spades.fasta -db $tooldir/data/stx -task blastn -evalue 0.001 -out stxdir/spades_seqs -outfmt '6 qseqid sseqid sframe qseq' -num_threads 8 -strand both -dust yes -max_target_seqs 1 -perc_identity 95.0; +# DIVIDE STX1 FROM STX2 +awk 'BEGIN { OFS="\t" }!seen[$1]++ {if (substr($2,1,4)=="stx1") print $1,$3,$4}' stxdir/skesa_seqs > stxdir/stx1_skesa_seqs; +awk 'BEGIN { OFS="\t" }!seen[$1]++ {if (substr($2,1,4)=="stx2") print $1,$3,$4}' stxdir/skesa_seqs > stxdir/stx2_skesa_seqs; +awk 'BEGIN { OFS="\t" }!seen[$1]++ {if (substr($2,1,4)=="stx1") print $1,$3,$4}' stxdir/duk_skesa_seqs > stxdir/dukstx1_skesa_seqs; +awk 'BEGIN { OFS="\t" }!seen[$1]++ {if (substr($2,1,4)=="stx2") print $1,$3,$4}' stxdir/duk_skesa_seqs > stxdir/dukstx2_skesa_seqs; +awk 'BEGIN { OFS="\t" }!seen[$1]++ {if (substr($2,1,4)=="stx1") print $1,$3,$4}' stxdir/spades_seqs > stxdir/stx1_spades_seqs; +awk 'BEGIN { OFS="\t" }!seen[$1]++ {if (substr($2,1,4)=="stx2") print $1,$3,$4}' stxdir/spades_seqs > stxdir/stx2_spades_seqs; +awk 'BEGIN { OFS="\t" }!seen[$1]++ {if (substr($2,1,4)=="stx1") print $1,$3,$4}' stxdir/duk_spades_seqs > stxdir/dukstx1_spades_seqs; +awk 'BEGIN { OFS="\t" }!seen[$1]++ {if (substr($2,1,4)=="stx2") print $1,$3,$4}' stxdir/duk_spades_seqs > stxdir/dukstx2_spades_seqs; +# CREATE COMBINED MULTIFASTA FROM SEQUENCES +perl $tooldir/scripts/MultifastaFromBlast.pl "stxdir/stx1_skesa_seqs,stxdir/dukstx1_skesa_seqs,stxdir/stx1_spades_seqs,stxdir/dukstx1_spades_seqs" "stxdir/multiassembly_stx1.fasta"; +perl $tooldir/scripts/MultifastaFromBlast.pl "stxdir/stx2_skesa_seqs,stxdir/dukstx2_skesa_seqs,stxdir/stx2_spades_seqs,stxdir/dukstx2_spades_seqs" "stxdir/multiassembly_stx2.fasta"; + +# ALIGN AND GET CONSENSUS +stx1filesize=$(wc -c "stxdir/multiassembly_stx1.fasta" | awk '{print $1}'); +if [ $stx1filesize -eq 0 ] +then + touch stxdir/multiassembly_stx1_consensus.fasta; +else + cat $tooldir/data/stx1.fa >> stxdir/multiassembly_stx1.fasta; + muscle -in stxdir/multiassembly_stx1.fasta -out stxdir/multiassembly_stx1_aligned.fasta; + awk 'BEGIN {RS=">" ; ORS=""} substr($1,1,4)!="stx1" {print ">"$0}' stxdir/multiassembly_stx1_aligned.fasta > stxdir/multiassembly_stx1_aligned_clean.fasta; + awk '/^>/ {printf("%s%s\n",(N>0?"\n":""),$0);N++;next;} {printf("%s",$0);} END {printf("\n");}' stxdir/multiassembly_stx1_aligned_clean.fasta > stxdir/multiassembly_stx1_aligned_linear.fasta; + python $tooldir/scripts/GetConsensus.py -i stxdir/multiassembly_stx1_aligned_linear.fasta -o stxdir/multiassembly_stx1_consensus.fasta; +fi + +stx2filesize=$(wc -c "stxdir/multiassembly_stx2.fasta" | awk '{print $1}'); +if [ $stx2filesize -eq 0 ] +then + touch stxdir/multiassembly_stx2_consensus.fasta; +else + cat $tooldir/data/stx2.fa >> stxdir/multiassembly_stx2.fasta; + muscle -in stxdir/multiassembly_stx2.fasta -out stxdir/multiassembly_stx2_aligned.fasta; + awk 'BEGIN {RS=">" ; ORS=""} substr($1,1,4)!="stx2" {print ">"$0}' stxdir/multiassembly_stx2_aligned.fasta > stxdir/multiassembly_stx2_aligned_clean.fasta; + awk '/^>/ {printf("%s%s\n",(N>0?"\n":""),$0);N++;next;} {printf("%s",$0);} END {printf("\n");}' stxdir/multiassembly_stx2_aligned_clean.fasta > stxdir/multiassembly_stx2_aligned_linear.fasta; + python $tooldir/scripts/GetConsensus.py -i stxdir/multiassembly_stx2_aligned_linear.fasta -o stxdir/multiassembly_stx2_consensus.fasta; +fi +cat stxdir/multiassembly_stx1_consensus.fasta > stx.fasta; +cat stxdir/multiassembly_stx2_consensus.fasta >> stx.fasta;
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/blastn_H Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,6 @@ +NODE_9_length_113741_cov_22.962397 fliC_269_AY337465_H11 99.93 1459 1 0 84783 86241 1459 1 0.0 2664 fliC_269_AY337465_H11 2913 1458 1458 0 99.93 1 1 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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/report_out.html Mon Mar 21 15:23:09 2022 +0000 @@ -0,0 +1,160 @@ +<!DOCTYPE html><html><head><title>EURL VTEC Typer summary report</title> + <style type="text/css"> + body {font-family:"sans-serif","lucida Sans Unicode","Lucida Grande","Segoe UI";font-size:13px;} + h1 {font-weight:normal;font-size:2em;margin-top:0.3em;margin-bottom:0.3em;} + h4 {font-size:1.17em;margin-top:0;margin-bottom:0;} + .table-head td {border:1px solid #73ad21;border-radius:6px;} + .table-rep {border-collapse:collapse;font-size:13px;margin:auto;} + .table-rep th, .table-rep td {padding:5px 5px;} + .table-rep .title {caption-side:top;margin-top:12px;margin-bottom:6px;font-size:24px;text-align:left;} + .table-rep tbody td:last-child {border:0;} + .table-rep thead th:last-child {border:0; border-bottom: 1px solid #d7e1da;} + .table-rep thead th {border-right:1px solid #d7e1da;border-bottom:1px solid #d7e1da;} + .table-rep tbody td 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src='https://aries.iss.it/static/images/isseurlvtec.png' alt='ISS-EURL VTEC' style='float:left;width:30%'></td> +<td><h1>EURL VTEC Typer</h1><h2>Report for Strain_1_L2.fastq</h2>2018-05-17 11:16 UTC</td><td style='width: 25%; padding-left: 0.2cm; text-align: left;'><h4>Istituto Superiore di Sanità</h4> +Department of Food Safety, Nutrition and Veterinary Public Health<br/>European Union Reference Laboratory for <i>E. coli</i></td></tr></table> +<h3>Summary</h3> +O26:H11<br/>ST21<br/><p>eae, ehxa, stx1a, stx1b +</p> +<br/><hr/><h3>Raw data quality check</h3> +<p>FASTQC result: <a href='https://galaxy.iss.it/datasets/4b25789cdf945d7e/display/?preview=True'>Webpage</a></p> +<br/><hr/><h3>Trimming analysis</h3> +<table cellpadding="4" class="table table-rep"> +<tr><td>Maximum length trimming</td><td>360</td></tr> +<tr><td>Left-side trimming</td><td>10</td></tr> +<tr><td>Right-side trimming</td><td>0</td></tr> +<tr><td>Minimum Phred quality score for right-side trimming</td><td>25</td></tr> +<tr><td>Average Phred quality score for right-side trimming</td><td>27</td></tr> +<tr><td>Minimum length filtering</td><td>50</td></tr> +</table><br/><hr/><h3>Assembly statistics</h3> +<table cellpadding="4" class="table table-rep"> +<tr><td>Estimated genome size:</td><td>5000000 bp +</td></tr> +<tr><td>Assembled nucleotides:</td><td>5493390 bp +</td></tr> +<tr><td>Estimated coverage:</td><td>1.1 x +</td></tr> +<tr><td>N. contigs:</td><td>315 +</td></tr> +<tr><td>Average contig length:</td><td>17439 +</td></tr> +<tr><td>Median contig length:</td><td>4504 +</td></tr> +<tr><td>Maximum contig length:</td><td>164788 +</td></tr> +<tr><td>N. contigs >= 200 bp:</td><td>315 (100.0 %) +</td></tr> +<tr><td>N. contigs >= 2,000 bp:</td><td>224 (71.1 %) +</td></tr> +<tr><td>N50:</td><td>52450 +</td></tr> +<tr><td>NG50:</td><td>59152 +</td></tr> +</table><br/><hr/><h3>Serotyping</h3> +<table cellpadding="4" class="table table-rep"> +<tr><th>sseqid</th><th>pident</th><th>length</th><th>positive +</th></tr> +<tr><td>wzx_208_AF529080_O26</td><td>100.00</td><td>1263</td><td>1263 +</td></tr> +<tr><td>wzy_192_AF529080_O26</td><td>100.00</td><td>1023</td><td>1023 +</td></tr> +<tr><td>fliC_269_AY337465_H11</td><td>99.93</td><td>1459</td><td>1458 +</td></tr> +<tr><td>fliC_276_AY337472_H11</td><td>99.79</td><td>1459</td><td>1456 +</td></tr> +</table><br/><hr/><h3>Multi Locus Sequence Typing</h3> +<table cellpadding="4" class="table table-rep"> +<tr><th>Sample</th><th>ST</th><th>adk</th><th>fumC</th><th>gyrB</th><th>icd</th><th>mdh</th><th>purA</th><th>recA</th><th>mismatches</th><th>uncertainty</th><th>depth</th><th>maxMAF +</th></tr> +<tr><td>dataset_10081</td><td>21</td><td>16</td><td>4</td><td>12</td><td>16</td><td>9</td><td>7</td><td>7</td><td>0</td><td>-</td><td>31.5927142857</td><td>0.333333333333 +</td></tr> +</table><br/><hr/><h3>Virulotyping</h3> +<p>This table is filtered for results with >90% gene coverage, unfiltered results can be found <a href='https://galaxy.iss.it/datasets/977c7565c45fc8c2/display/?preview=True'>here</a></p> +<table cellpadding="4" class="table table-cross"> +<tr><th>#gene</th><th>percentage gene coverage</th><th>gene mean read coverage</th><th>percentage gene identity +</th></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/hm138194'>ehxa_7_hm138194</a></td><td>100.0</td><td>22.75</td><td>100.0 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ae005174'>nlea_8_ae005174</a></td><td>99.92</td><td>27.36</td><td>99.85 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/af540491'>celb_8_af540491</a></td><td>100.0</td><td>254.92</td><td>98.61 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/cu928160'>iss_13_cu928160</a></td><td>100.0</td><td>28.49</td><td>99.71 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/cp001164'>nlea_7_cp001164</a></td><td>99.92</td><td>17.8</td><td>99.85 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ap010960'>nlea_13_ap010960</a></td><td>93.95</td><td>14.56</td><td>99.92 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ab011549'>katp_1_ab011549</a></td><td>100.0</td><td>108.79</td><td>100.0 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/af054421'>espb_13_af054421</a></td><td>93.12</td><td>10.91</td><td>99.89 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ab456530'>toxb_3_ab456530</a></td><td>100.0</td><td>27.15</td><td>99.98 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/am230663'>stx1b_14_am230663_a</a></td><td>100.0</td><td>18.51</td><td>100.0 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/x06119'>celb_9_x06119</a></td><td>100.0</td><td>177.13</td><td>99.31 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ap010953'>iha_5_ap010953</a></td><td>100.0</td><td>38.17</td><td>100.0 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/gq259888'>espp_3_gq259888</a></td><td>100.0</td><td>41.34</td><td>100.0 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/af461168'>stx1a_15_af461168_a</a></td><td>99.89</td><td>20.92</td><td>99.79 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/aj225018'>espa_23_aj225018</a></td><td>100.0</td><td>9.57</td><td>100.0 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ap010960'>nlec_6_ap010960</a></td><td>100.0</td><td>18.57</td><td>99.8 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ap010953'>lpfa_3_ap010953</a></td><td>100.0</td><td>15.77</td><td>100.0 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/af453441'>nleb_11_af453441</a></td><td>97.58</td><td>12.94</td><td>99.9 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/fj386569'>toxb_4_fj386569</a></td><td>100.0</td><td>25.5</td><td>99.97 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ae014075'>iss_11_ae014075</a></td><td>100.0</td><td>15.83</td><td>97.66 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/x94129'>ehxa_4_x94129</a></td><td>93.56</td><td>16.28</td><td>99.71 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/fm201463'>espa_22_fm201463</a></td><td>100.0</td><td>18.99</td><td>100.0 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/am422003'>nlea_12_am422003</a></td><td>100.0</td><td>21.17</td><td>100.0 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ab071620'>stx1b_11_ab071620_c</a></td><td>100.0</td><td>11.84</td><td>99.63 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ecu59503'>eae_45_ecu59503</a></td><td>92.62</td><td>28.63</td><td>99.85 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ab011549'>espp_4_ab011549</a></td><td>95.62</td><td>29.83</td><td>99.87 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/hm138194'>espp_1_hm138194</a></td><td>99.03</td><td>37.41</td><td>99.97 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ay128535'>cif_2_ay128535</a></td><td>99.88</td><td>19.24</td><td>99.88 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ay128537'>cif_1_ay128537</a></td><td>99.88</td><td>18.14</td><td>99.88 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ab303060'>espj_1_ab303060</a></td><td>100.0</td><td>63.45</td><td>100.0 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/fm201463'>nleb_12_fm201463</a></td><td>93.54</td><td>16.32</td><td>99.57 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ap010953'>nlec_3_ap010953</a></td><td>94.53</td><td>20.93</td><td>99.46 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/fj386569'>ehxa_5_fj386569</a></td><td>99.63</td><td>23.12</td><td>99.97 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/cu928158'>iss_12_cu928158</a></td><td>100.0</td><td>23.77</td><td>99.42 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/d00021'>celb_10_d00021</a></td><td>100.0</td><td>150.01</td><td>98.61 +</td></tr> +<tr><td><a href='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/gq259888'>toxb_2_gq259888</a></td><td>99.29</td><td>24.57</td><td>99.98 +</td></tr> +</table><br/></div></body></html> +