Mercurial > repos > iuc > ena_upload
changeset 7:6f6537780379 draft
"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/ena_upload commit 9961f24acebb17f837238df6541e1af59df1163b"
| author | iuc |
|---|---|
| date | Thu, 24 Feb 2022 18:20:40 +0000 |
| parents | 4aab5ae907b6 |
| children | d147d6455873 |
| files | check_remote.py dump_yaml.py ena_upload.xml extract_tables.py mappings.py process_xlsx.py samples_macros.xml test-data/C026_exp5_clean.fastq test-data/C030_exp5_clean.fastq test-data/C053_exp5_clean.fastq test-data/C067_exp5_clean.fastq test-data/metadata_test_nonviral_1_run.xlsx test-data/metadata_test_viral.xlsx test-data/metadata_test_viral_optional_columns.xlsx test-data/sample_no_extension |
| diffstat | 15 files changed, 2220 insertions(+), 485 deletions(-) [+] |
line wrap: on
line diff
--- a/check_remote.py Mon Nov 15 11:47:13 2021 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,23 +0,0 @@ -import json - -import requests - -URL = "https://www.ebi.ac.uk/ena/portal/api/search" - - -def check_remote_entry(entry_type, query_dict, out_format='json'): - ''' - Checks if an entry with that alias exists in the ENA repos - entry_type = [study | sample | experiment | run] - ''' - assert entry_type in ['study', 'sample', 'experiment', 'run'] - params_dict = {} - query_str = ' AND '.join(['%s="%s"' % (key, value) for (key, value) in query_dict.items()]) - params_dict['query'] = query_str - params_dict['result'] = 'read_' + entry_type - params_dict['fields'] = entry_type + '_alias' - params_dict['format'] = out_format - response = requests.post(URL, data=params_dict) - if response.content != b'': - return json.loads(response.content) - return []
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/dump_yaml.py Thu Feb 24 18:20:40 2022 +0000 @@ -0,0 +1,40 @@ +import sys + +import yaml + + +def fetch_table_data(table_path): + data_dict = {} + with open(table_path) as table_to_load: + # load headers + headers = table_to_load.readline().strip('\n').split('\t') + row_id = 0 + for line in table_to_load.readlines(): + # print(line) + line_data = line.strip('\n').split('\t') + row_dict = {} + for col_num in range(len(headers)): + col_name = headers[col_num] + row_dict[col_name] = line_data[col_num] + data_dict[row_id] = row_dict + row_id += 1 + return data_dict + + +all_data_dict = {} +print('YAML -------------') +studies_table_path = sys.argv[1] +table_data = fetch_table_data(studies_table_path) +all_data_dict['ENA_study'] = table_data +samples_table_path = sys.argv[2] +table_data = fetch_table_data(samples_table_path) +all_data_dict['ENA_sample'] = table_data +experiments_table_path = sys.argv[3] +table_data = fetch_table_data(experiments_table_path) +all_data_dict['ENA_experiment'] = table_data +runs_table_path = sys.argv[4] +table_data = fetch_table_data(runs_table_path) +all_data_dict['ENA_run'] = table_data +# print(all_data_dict) +print(yaml.dump(all_data_dict)) +print('YAML -------------')
--- a/ena_upload.xml Mon Nov 15 11:47:13 2021 +0000 +++ b/ena_upload.xml Thu Feb 24 18:20:40 2022 +0000 @@ -1,11 +1,10 @@ <tool id="ena_upload" name="ENA Upload tool" version="@VERSION@" profile="20.01" license="MIT"> <macros> - <token name="@VERSION@">0.4.3</token> + <token name="@VERSION@">0.5.3</token> <import>samples_macros.xml</import> </macros> <requirements> <requirement type="package" version="@VERSION@">ena-upload-cli</requirement> - <requirement type="package" version="1.2.0">xlrd</requirement> </requirements> <stdio> <regex match="Oops" source="stderr" level="fatal"/> @@ -27,30 +26,27 @@ #if $action_options.input_format_conditional.input_format == "build_tables": python '$__tool_directory__/extract_tables.py' --action $action_options.action --out_dir ./submission_files --studies $studies_json; #end if + +credentials_path='test_fake_path'; +echo "username: test_user" > \$credentials_path; +echo "password: test_password" >> \$credentials_path; -#if $action_options.input_format_conditional.input_format == "excel_tables": - python '$__tool_directory__/process_xlsx.py' - #if $action_options.input_format_conditional.viral_submission == "true": - --vir - #end if - #if $action_options.test_submit_parameters.submit_dev == "true": - --dev - #end if - --action '$action_options.action' --form '$action_options.input_format_conditional.xlsx_file' --out_dir ./submission_files --verbose > '$output'; -#end if -#if $action_options.input_format_conditional.input_format != "user_generated_tables": +#if $action_options.input_format_conditional.input_format == "build_tables": cp $studies_table_path $studies_table_out && cp $samples_table_path $samples_table_out && cp $experiments_table_path $experiments_table_out && cp $runs_table_path $runs_table_out && -#else: +#end if +#if $action_options.input_format_conditional.input_format == "user_generated_tables": ln -s '$action_options.input_format_conditional.experiments_users_table' $experiments_table_path && ln -s '$action_options.input_format_conditional.studies_users_table' $studies_table_path && ln -s '$action_options.input_format_conditional.runs_users_table' $runs_table_path && ln -s '$action_options.input_format_conditional.samples_users_table' $samples_table_path && #end if - +#if $action_options.input_format_conditional.input_format == "excel_tables": + ln -s '$action_options.input_format_conditional.xlsx_file' ./xlsx_input.xlsx && +#end if #if $action_options.test_submit_parameters.dry_run == "false" and $action_options.test_submit == "False": webin_id=`grep 'username' $credentials`; if [ "\$webin_id" = "" ]; then @@ -73,9 +69,6 @@ fi; #end if -#if $action_options.test_submit == "True": - credentials_path='test_fake_path'; -#end if ## create the list of files to upload and make the symlinks #import re @@ -156,7 +149,7 @@ #if $file.is_of_type('fastq', 'fastqsanger'): ## always compress add the gz extension #if $action_options.input_format_conditional.run_input_format_conditional.add_extension == "true": - #set $safename_reads_file = $safename_reads_file + 'fastq.gz' + #set $safename_reads_file = $safename_reads_file + '.fastq.gz' #else #set $safename_reads_file = $safename_reads_file + '.gz' #end if @@ -164,9 +157,9 @@ #else #if $action_options.input_format_conditional.run_input_format_conditional.add_extension == "true": #if $file.is_of_type('fastq.gz', 'fastqsanger.gz'): - #set $extension = 'fastq.gz' + #set $extension = '.fastq.gz' #elif $file.is_of_type('fastqsanger.bz2', 'fastq.bz2'): - #set $extension = 'fastq.bz2' + #set $extension = '.fastq.bz2' #end if #set $safename_reads_file = $safename_reads_file + $extension #end if @@ -177,8 +170,6 @@ #end if #end if - -#if $action_options.test_submit_parameters.dry_run == "false": #if $action_options.action == "add": ena-upload-cli --tool 'ena-upload-cli v@VERSION@ @ Galaxy' @@ -189,24 +180,27 @@ #for $dataset in $files_to_upload: '$dataset' #end for +#if $action_options.test_submit_parameters.dry_run == "true": + --draft +#end if +#if $action_options.input_format_conditional.input_format != "excel_tables": + --experiment '$experiments_table_path' + --study '$studies_table_path' + --run '$runs_table_path' + --sample '$samples_table_path' +#else + --xlsx ./xlsx_input.xlsx +#end if --action add ---experiment '$experiments_table_path' ---study '$studies_table_path' ---run '$runs_table_path' ---sample '$samples_table_path' #if $action_options.input_format_conditional.input_format == "user_generated_tables": - #if "$action_options.input_format_conditional.viral_submission" == "true": - --checklist ERC000033 - #end if + --checklist $action_options.input_format_conditional.checklist_id #else: #if $action_options.input_format_conditional.input_format == "build_tables": #if $action_options.input_format_conditional.conditional_viral_metadata.viral_sample == "true": --checklist ERC000033 #end if #else: - #if $action_options.input_format_conditional.viral_submission == "true": - --checklist ERC000033 - #end if + --checklist $action_options.input_format_conditional.checklist_id #end if #end if @@ -216,6 +210,8 @@ >> '$output'; #end if + + #if $action_options.action == "modify": ena-upload-cli --tool 'ena-upload-cli v@VERSION@ @ Galaxy' @@ -226,40 +222,54 @@ #for $dataset in $files_to_upload: '$dataset' #end for +#if $action_options.test_submit_parameters.dry_run == "true": + --draft +#end if +#if $action_options.input_format_conditional.input_format != "excel_tables": + --experiment '$experiments_table_path' + --study '$studies_table_path' + --run '$runs_table_path' + --sample '$samples_table_path' +#else + --xlsx ./xlsx_input.xlsx + --auto_action +#end if --action 'modify' ---experiment '$experiments_table_path' ---study '$studies_table_path' ---run '$runs_table_path' ---sample '$samples_table_path' #if $action_options.input_format_conditional.input_format == "user_generated_tables": - #if "$action_options.input_format_conditional.viral_submission" == "true": - --checklist ERC000033 - #end if + --checklist $action_options.input_format_conditional.checklist_id #else: #if $action_options.input_format_conditional.input_format == "build_tables": #if $action_options.input_format_conditional.conditional_viral_metadata.viral_sample == "true": --checklist ERC000033 #end if #else: - #if $action_options.input_format_conditional.viral_submission == "true": - --checklist ERC000033 - #end if + --checklist $action_options.input_format_conditional.checklist_id #end if #end if >> '$output'; #end if + +#if $action_options.test_submit_parameters.dry_run == "false": echo -e 'center_name\t$action_options.center' >> '$output'; echo -e 'action_option\t$action_options.action' >> '$output'; - #if $action_options.input_format_conditional.input_format != "user_generated_tables": - cp $studies_table_path_updated $studies_table_out 2>/dev/null; - cp $samples_table_path_updated $samples_table_out 2>/dev/null; - cp $experiments_table_path_updated $experiments_table_out 2>/dev/null; - cp $runs_table_path_updated $runs_table_out 2>/dev/null; - #end if -#else: - exit 0; +#end if + +## copy updated files +#if $action_options.input_format_conditional.input_format == "excel_tables": + ## for the excel input case, copy the upload-cli generated tables to the output files + ## this applies for both draft and real submissions + cp './ENA_template_experiment_updated.tsv' $experiments_table_out; + cp './ENA_template_sample_updated.tsv' $samples_table_out; + cp './ENA_template_study_updated.tsv' $studies_table_out; + cp './ENA_template_run_updated.tsv' $runs_table_out; +#else + cp $studies_table_path_updated $studies_table_out 2>/dev/null; + cp $samples_table_path_updated $samples_table_out 2>/dev/null; + cp $experiments_table_path_updated $experiments_table_out 2>/dev/null; + cp $runs_table_path_updated $runs_table_out 2>/dev/null; #end if +python '$__tool_directory__/dump_yaml.py' $studies_table_out $samples_table_out $experiments_table_out $runs_table_out >> $output; ]]></command> <configfiles> <configfile name="credentials"><![CDATA[ @@ -341,7 +351,7 @@ </data> </outputs> <tests> - <!--Test 1: excel input of VIRAL samples --> + <!--Test 1: excel input of VIRAL samples --> <test> <conditional name="action_options"> <param name="action" value="add"/> @@ -351,12 +361,12 @@ </section> <conditional name="input_format_conditional"> <param name="input_format" value="excel_tables"/> - <param name="viral_submission" value="True"/> + <param name="checklist_id" value="ERC000033"/> <param name="xlsx_file" value="metadata_test_viral.xlsx"/> <conditional name="run_input_format_conditional"> - <param name="add_extension" value="true"/> + <param name="add_extension" value="false"/> <param name="run_input_format" value="multiple_selection_list"/> - <param name="data" value="sample.fq"/> + <param name="data" value="C030_exp5_clean.fastq,C053_exp5_clean.fastq,C026_exp5_clean.fastq,C067_exp5_clean.fastq"/> </conditional> </conditional> </conditional> @@ -365,16 +375,15 @@ <assert_contents> <has_n_lines n="5"/> <has_n_columns n="17"/> - <has_line_matching expression="alias\tstatus\taccession\ttitle\tstudy_alias\tsample_alias\tdesign_description\tlibrary_name\tlibrary_strategy\tlibrary_source\tlibrary_selection\tlibrary_layout\tinsert_size\tlibrary_construction_protocol\tplatform\tinstrument_model\tsubmission_date" /> - <has_line_matching expression="e_(.*)_026\tmodify\taccession_ena\tNanopore sequencing\tSARS-CoV-2_genomes_01\ts_(.*)"/> + <has_line_matching expression="alias\ttitle\tstudy_alias\tsample_alias\tdesign_description\tlibrary_name\tlibrary_strategy\tlibrary_source\tlibrary_selection\tlibrary_layout\tinsert_size\tlibrary_construction_protocol\tplatform\tinstrument_model\taccession\tsubmission_date\tstatus"/> + <has_line_matching expression="e_(.*)_026\tNanopore sequencing\tSARS-CoV-2_genomes_01\ts_(.*)"/> </assert_contents> </output> <output name="studies_table_out"> <assert_contents> <has_n_lines n="2"/> - <has_n_columns n="8"/> - <has_line_matching expression="alias\tstatus\taccession\ttitle\tstudy_type\tstudy_abstract\tpubmed_id\tsubmission_date"/> - <has_line_matching expression="SARS-CoV-2_genomes_01\tadd\tENA_accession\tWhole-genome sequencing of SARS-CoV-2 from Covid-19 patients\tWhole Genome Sequencing\tWhole-genome sequences of SARS-CoV-2 from oro-pharyngeal swabs obtained from Covid-19 patients(.*)"/> + <has_n_columns n="7"/> + <has_line_matching expression="SARS-CoV-2_genomes_01\tWhole-genome sequencing of SARS-CoV-2 from Covid-19 patients\tWhole Genome Sequencing\tWhole-genome sequences of SARS-CoV-2 from oro-pharyngeal swabs obtained from Covid-19 patients(.*)"/> </assert_contents> </output> <output name="samples_table_out"> @@ -387,8 +396,8 @@ <assert_contents> <has_n_lines n="5"/> <has_n_columns n="8"/> - <has_line_matching expression="alias\tstatus\taccession\texperiment_alias\tfile_name\tfile_format\tfile_checksum\tsubmission_date"/> - <has_line_matching expression="r_(.*)_026\tmodify\tena_run_accession\te_(.*)_026\tC026_exp5_clean.fastq.gz\tfastq\t\tsubmission_date_ENA"/> + <has_line_matching expression="alias\texperiment_alias\tfile_name\tfile_format\taccession\tsubmission_date\tstatus\tfile_checksum"/> + <has_line_matching expression="r_20201007_026\te_20201007_026\tC026_exp5_clean.fastq.gz\tFASTQ(.*)"/> </assert_contents> </output> </test> @@ -402,12 +411,12 @@ </section> <conditional name="input_format_conditional"> <param name="input_format" value="excel_tables"/> - <param name="viral_submission" value="True"/> + <param name="checklist_id" value="ERC000033"/> <param name="xlsx_file" value="metadata_test_viral_optional_columns.xlsx"/> <conditional name="run_input_format_conditional"> - <param name="add_extension" value="true"/> + <param name="add_extension" value="false"/> <param name="run_input_format" value="multiple_selection_list"/> - <param name="data" value="sample.fq"/> + <param name="data" value="C030_exp5_clean.fastq,C053_exp5_clean.fastq,C026_exp5_clean.fastq,C067_exp5_clean.fastq"/> </conditional> </conditional> </conditional> @@ -416,30 +425,39 @@ <assert_contents> <has_n_lines n="5"/> <has_n_columns n="17"/> - <has_line_matching expression="alias\tstatus\taccession\ttitle\tstudy_alias\tsample_alias\tdesign_description\tlibrary_name\tlibrary_strategy\tlibrary_source\tlibrary_selection\tlibrary_layout\tinsert_size\tlibrary_construction_protocol\tplatform\tinstrument_model\tsubmission_date" /> - <has_line_matching expression="e_(.*)_026\tmodify\taccession_ena\tNanopore sequencing\tSARS-CoV-2_genomes_01\ts_(.*)"/> + <has_line_matching expression="alias\ttitle\tstudy_alias\tsample_alias\tdesign_description\tlibrary_name\tlibrary_strategy\tlibrary_source\tlibrary_selection\tlibrary_layout\tinsert_size\tlibrary_construction_protocol\tplatform\tinstrument_model\taccession\tsubmission_date\tstatus"/> + <has_line_matching expression="e_(.*)_026\tNanopore sequencing\tSARS-CoV-2_genomes_01\ts_(.*)"/> </assert_contents> </output> <output name="studies_table_out"> <assert_contents> <has_n_lines n="2"/> - <has_n_columns n="8"/> - <has_line_matching expression="alias\tstatus\taccession\ttitle\tstudy_type\tstudy_abstract\tpubmed_id\tsubmission_date"/> - <has_line_matching expression="SARS-CoV-2_genomes_01\tadd\tENA_accession\tWhole-genome sequencing of SARS-CoV-2 from Covid-19 patients\tWhole Genome Sequencing\tWhole-genome sequences of SARS-CoV-2 from oro-pharyngeal swabs obtained from Covid-19 patients(.*)"/> + <has_n_columns n="7"/> + <has_line_matching expression="alias\ttitle\tstudy_type\tstudy_abstract\taccession\tsubmission_date\tstatus"/> + <has_line_matching expression="SARS-CoV-2_genomes_01\tWhole-genome sequencing of SARS-CoV-2 from Covid-19 patients\tWhole Genome Sequencing\tWhole-genome sequences of SARS-CoV-2 from oro-pharyngeal swabs obtained from Covid-19 patients(.*)"/> </assert_contents> </output> <output name="samples_table_out"> <assert_contents> <has_n_lines n="5"/> - <has_n_columns n="42"/> + <has_n_columns n="43"/> </assert_contents> </output> <output name="runs_table_out"> <assert_contents> <has_n_lines n="5"/> <has_n_columns n="8"/> - <has_line_matching expression="alias\tstatus\taccession\texperiment_alias\tfile_name\tfile_format\tfile_checksum\tsubmission_date"/> - <has_line_matching expression="r_(.*)_026\tmodify\tena_run_accession\te_(.*)_026\tC026_exp5_clean.fastq.gz\tfastq\t\tsubmission_date_ENA"/> + <has_line_matching expression="alias\texperiment_alias\tfile_name\tfile_format\taccession\tsubmission_date\tstatus\tfile_checksum"/> + <has_line_matching expression="r_20201007_026\te_20201007_026\tC026_exp5_clean.fastq.gz\tFASTQ(.*)"/> + </assert_contents> + </output> + <output name="output"> + <assert_contents> + <has_line_matching expression="YAML -------------"/> + <has_line_matching expression="ENA_experiment:"/> + <has_line_matching expression="ENA_sample:"/> + <has_line_matching expression="ENA_study:"/> + <has_line_matching expression="ENA_run:"/> </assert_contents> </output> </test> @@ -453,43 +471,43 @@ </section> <conditional name="input_format_conditional"> <param name="input_format" value="excel_tables"/> - <param name="viral_submission" value="False"/> - <param name="xlsx_file" value="metadata_test_nonviral.xlsx"/> + <param name="checklist_id" value="ERC000011"/> + <param name="xlsx_file" value="metadata_test_nonviral_1_run.xlsx"/> <conditional name="run_input_format_conditional"> <param name="add_extension" value="true"/> <param name="run_input_format" value="multiple_selection_list"/> - <param name="data" value="sample.fq"/> + <param name="data" value="sample_no_extension"/> </conditional> </conditional> </conditional> <param name="center" value="Some research center"/> <output name="experiments_table_out"> <assert_contents> - <has_n_lines n="5"/> + <has_n_lines n="2"/> <has_n_columns n="17"/> - <has_line_matching expression="alias\tstatus\taccession\ttitle\tstudy_alias\tsample_alias\tdesign_description\tlibrary_name\tlibrary_strategy\tlibrary_source\tlibrary_selection\tlibrary_layout\tinsert_size\tlibrary_construction_protocol\tplatform\tinstrument_model\tsubmission_date" /> + <has_line_matching expression="alias\ttitle\tstudy_alias\tsample_alias\tdesign_description\tlibrary_name\tlibrary_strategy\tlibrary_source\tlibrary_selection\tlibrary_layout\tinsert_size\tlibrary_construction_protocol\tplatform\tinstrument_model\taccession\tsubmission_date\tstatus"/> </assert_contents> </output> <output name="studies_table_out"> <assert_contents> <has_n_lines n="2"/> - <has_n_columns n="8"/> - <has_line_matching expression="alias\tstatus\taccession\ttitle\tstudy_type\tstudy_abstract\tpubmed_id\tsubmission_date"/> + <has_n_columns n="7"/> + <has_line_matching expression="alias\ttitle\tstudy_type\tstudy_abstract\taccession\tsubmission_date\tstatus"/> </assert_contents> </output> <output name="samples_table_out"> <assert_contents> - <has_n_lines n="5"/> + <has_n_lines n="2"/> <has_n_columns n="8"/> - <has_line_matching expression="alias\ttitle\tscientific_name\tsample_description\tstatus\taccession\ttaxon_id\tsubmission_date"/> + <has_line_matching expression="alias\ttitle\tscientific_name\tsample_description\taccession\tsubmission_date\tstatus\ttaxon_id"/> </assert_contents> </output> <output name="runs_table_out"> <assert_contents> - <has_n_lines n="5"/> + <has_n_lines n="2"/> <has_n_columns n="8"/> - <has_line_matching expression="alias\tstatus\taccession\texperiment_alias\tfile_name\tfile_format\tfile_checksum\tsubmission_date"/> - <has_line_matching expression="r_(.*)_026\tmodify\tena_run_accession\te_(.*)_026\tC026_exp5_clean.fastq.gz\tfastq\t\tsubmission_date_ENA"/> + <has_line_matching expression="alias\texperiment_alias\tfile_name\tfile_format\taccession\tsubmission_date\tstatus\tfile_checksum"/> + <has_line_matching expression="r_20201007_026\te_20201007_026\tsample_no_extension.fastq.gz\tFASTQ(.*)"/> </assert_contents> </output> </test> @@ -504,7 +522,7 @@ <conditional name="input_format_conditional"> <param name="add_extension" value="true"/> <param name="input_format" value="excel_tables"/> - <param name="viral_submission" value="False"/> + <param name="checklist_id" value="ERC000011"/> <param name="xlsx_file" value="metadata_test_nonviral.xlsx"/> <conditional name="run_input_format_conditional"> <param name="run_input_format" value="paired_list"/> @@ -538,7 +556,7 @@ </section> <conditional name="input_format_conditional"> <param name="input_format" value="build_tables"/> - <param name="add_extension" value="true"/> + <param name="add_extension" value="false"/> <conditional name="conditional_viral_metadata"> <param name="viral_sample" value="False"/> <repeat name="rep_study"> @@ -550,7 +568,7 @@ <param name="sample_title" value="Test Sample title"/> <param name="sample_description" value="Test Sample description"/> <param name="scientific_name" value="Test Sample scientific name"/> - <param name="tax_id" value="Test Sample tax_id"/> + <param name="tax_id" value="2697049"/> <repeat name="rep_experiment"> <param name="experiment_title" value="Test experiment title"/> <param name="experiment_design" value="Test experiment design description"/> @@ -563,7 +581,7 @@ <param name="platform" value="ILLUMINA"/> <param name="instrument_model" value="Illumina HiSeq 4000"/> <repeat name="rep_runs"> - <param name="upload_files" value="1.fastqsanger.gz,sample.fq" ftype="fastqsanger"/> + <param name="upload_files" value="1.fastqsanger.gz,sample.fq" ftype="fastqsanger.gz"/> </repeat> </repeat> </repeat> @@ -621,7 +639,7 @@ <param name="sample_title" value="Test Sample title"/> <param name="sample_description" value="Test Sample description"/> <param name="scientific_name" value="Test Sample scientific name"/> - <param name="tax_id" value="Test Sample tax_id"/> + <param name="tax_id" value="2697049"/> <repeat name="rep_experiment"> <param name="experiment_title" value="Test experiment title"/> <param name="experiment_design" value="Test experiment design description"/> @@ -649,16 +667,16 @@ </test> <!--Test 7: with submit_test to skip credentials checksRUN failing build tables from user input fields NON-VIRAL samples also tests compression of uncompressed inputs and adding the .gz suffix --> - <test expect_failure="true"> + <test expect_failure="false"> <conditional name="action_options"> <param name="action" value="add"/> <section name="test_submit_parameters"> <param name="submit_dev" value="true" /> - <param name="dry_run" value="false" /> + <param name="dry_run" value="true" /> </section> <param name="test_submit" value="True"/> <conditional name="input_format_conditional"> - <param name="add_extension" value="true"/> + <param name="add_extension" value="false"/> <param name="input_format" value="build_tables"/> <conditional name="conditional_viral_metadata"> <param name="viral_sample" value="false"/> @@ -671,7 +689,7 @@ <param name="sample_title" value="Test Sample title"/> <param name="sample_description" value="Test Sample description"/> <param name="scientific_name" value="Test Sample scientific name"/> - <param name="tax_id" value="Test Sample tax_id"/> + <param name="tax_id" value="2697049"/> <repeat name="rep_experiment"> <param name="experiment_title" value="Test experiment title"/> <param name="experiment_design" value="Test experiment design description"/> @@ -685,7 +703,7 @@ <param name="instrument_model" value="Illumina HiSeq 4000"/> <repeat name="rep_runs"> <param name="run_base_name" value="run_from_hospital_X"/> - <param name="upload_files" value="sample.fq,sample.fq" ftype="fastqsanger"/> + <param name="upload_files" value="1.fastqsanger.gz,2.fastqsanger.gz" ftype="fastqsanger.gz"/> </repeat> </repeat> </repeat> @@ -696,25 +714,22 @@ <param name="center" value="Some research center"/> <assert_command> <has_text_matching expression="ena-upload-cli"/> - <has_text_matching expression="--data 'sample.fq.fastq.gz' 'sample.fq.fastq.gz'"/> + <has_text_matching expression="--data '1.fastqsanger.gz' '2.fastqsanger.gz'"/> <has_text_matching expression="--action 'add' --center 'Some research center'"/> <not_has_text text="modify" /> </assert_command> - <assert_stderr> - <has_text_matching expression="Oops, the file test_fake_path does not exist"/> - </assert_stderr> </test> <!--Test 8: viral submission - User input metadata - Add extension = False--> - <test expect_failure="true"> + <test expect_failure="false"> <conditional name="action_options"> <param name="action" value="add"/> <section name="test_submit_parameters"> <param name="submit_dev" value="false" /> - <param name="dry_run" value="false" /> + <param name="dry_run" value="true" /> </section> <param name="test_submit" value="True"/> <conditional name="input_format_conditional"> - <param name="add_extension" value="False"/> + <param name="add_extension" value="false"/> <param name="input_format" value="build_tables"/> <conditional name="conditional_viral_metadata"> <param name="viral_sample" value="true"/> @@ -727,7 +742,7 @@ <param name="sample_title" value="Test Sample title"/> <param name="sample_description" value="Test Sample description"/> <param name="scientific_name" value="Test Sample scientific name"/> - <param name="tax_id" value="Test Sample tax_id"/> + <param name="tax_id" value="2697049"/> <param name="collection_date" value="2020"/> <param name="geo_location_country" value="Belgium"/> <param name="host_common_name" value="Human"/> @@ -766,21 +781,18 @@ <has_text_matching expression="--action 'add' --center 'Some research center'"/> <has_text_matching expression="--checklist ERC000033"/> </assert_command> - <assert_stderr> - <has_text_matching expression="Oops, the file test_fake_path does not exist"/> - </assert_stderr> </test> <!--Test 9: modify option and auto compression - viral submission - User input metadata--> - <test expect_failure="true"> + <test expect_failure="false"> <conditional name="action_options"> <param name="action" value="modify"/> <section name="test_submit_parameters"> <param name="submit_dev" value="false" /> - <param name="dry_run" value="false" /> + <param name="dry_run" value="true" /> </section> <param name="test_submit" value="True"/> <conditional name="input_format_conditional"> - <param name="add_extension" value="False"/> + <param name="add_extension" value="fasle"/> <param name="input_format" value="build_tables"/> <conditional name="conditional_viral_metadata"> <param name="viral_sample" value="True"/> @@ -793,7 +805,7 @@ <param name="sample_title" value="Test Sample title"/> <param name="sample_description" value="Test Sample description"/> <param name="scientific_name" value="Test Sample scientific name"/> - <param name="tax_id" value="Test Sample tax_id"/> + <param name="tax_id" value="2697049"/> <param name="collection_date" value="2020"/> <param name="geo_location_country" value="Belgium"/> <param name="host_common_name" value="Human"/> @@ -817,7 +829,7 @@ <param name="instrument_model" value="Illumina HiSeq 4000"/> <repeat name="rep_runs"> <param name="run_base_name" value="run_from_hospital_X"/> - <param name="upload_files" value="sample.fq" ftype="fastqsanger"/> + <param name="upload_files" value="1.fastqsanger.gz" ftype="fastqsanger.gz"/> </repeat> </repeat> </repeat> @@ -828,21 +840,17 @@ <param name="center" value="Some research center"/> <assert_command> <has_text_matching expression="ena-upload-cli"/> - <has_text_matching expression="--data 'sample.fq.gz'"/> + <has_text_matching expression="--data '1.fastqsanger.gz'"/> <has_text_matching expression="--action 'modify' --center 'Some research center'"/> <has_text_matching expression="--checklist ERC000033"/> <not_has_text text="add" /> </assert_command> - <assert_stderr> - <has_text_matching expression="Oops, the file test_fake_path does not exist"/> - </assert_stderr> </test> </tests> <help><![CDATA[ This is a wrapper for the ENA upload tool in https://github.com/usegalaxy-eu/ena-upload-cli The input metadata can be submitted following the tabular format of the templates in https://github.com/usegalaxy-eu/ena-upload-cli/tree/master/example_tables - It is also possible to submit an excel file by following the template in https://drive.google.com/file/d/1ncC22--tW2v-EI-te_r86sAZujIPAjlX/view?usp=sharing - For viral submissions a larger set of metadata is required, you can find the template in https://drive.google.com/file/d/1Gx78GKh58PmRjdmJ05DBbpObAL-3oUFX/view?usp=sharing + It is also possible to submit an excel file by following the template in https://github.com/ELIXIR-Belgium/ENA-metadata-templates ]]></help> <citations> </citations>
--- a/extract_tables.py Mon Nov 15 11:47:13 2021 +0000 +++ b/extract_tables.py Thu Feb 24 18:20:40 2022 +0000 @@ -44,10 +44,10 @@ 'ENA_submission_data'])) if "geo_location" in study['samples'][0].keys(): # sample belongs to a viral sample samples_table.write('\t'.join(['alias', 'status', 'accession', 'title', 'scientific_name', - 'taxon_id', 'sample_description', 'collection_date', - 'geographic_location', 'host_common_name', 'host_subject_id', - 'host_health_state', 'host_sex', 'host_scientific_name', - 'collector_name', 'collecting_institution', 'isolate', + 'taxon_id', 'sample_description', 'collection date', + 'geographic location (country and/or sea)', 'host common name', 'host subject id', + 'host health state', 'host sex', 'host scientific name', + 'collector name', 'collecting institution', 'isolate', 'submission_date']) + '\n') else: samples_table.write('\t'.join(['alias', 'status', 'accession', 'title', 'scientific_name',
--- a/mappings.py Mon Nov 15 11:47:13 2021 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,29 +0,0 @@ - -optional_samples_cols_mapping = { - "collection date": "collection_date", - "geographic location (latitude)": "geographic_location_latitude", - "geographic location (longitude)": "geographic_location_longitude", - "geographic location (region)": "geographic_location_region", - "sample capture status": "sample_capture_status", - "host disease outcome": "host_disease_outcome", - "host_age": "host_age", - "virus identifier": "virus_identifier", - "receipt date": "receipt_date", - "definition for seropositive sample": "definition_for_seropositive_sample", - "serotype (required for a seropositive sample)": "serotype", - "host habitat": "host_habitat", - "isolation source host-associated": "isolation_source_host_associated", - "host behaviour": "host_behaviour", - "isolation source non-host-associated": "isolation_source_non_host_associated", - "subject exposure": "subject_exposure", - "subject exposure duration": "subject_exposure_duration", - "type exposure": "type_exposure", - "personal protective equipment": "personal_protective_equipment", - "hospitalisation": "hospitalisation", - "illness duration": "illness_duration", - "illness symptoms": "illness_symptoms", - "sample storage conditions": "sample_storage_conditions", - "strain": "strain", - "host description": "host_description", - "gravidity": "gravidity" -}
--- a/process_xlsx.py Mon Nov 15 11:47:13 2021 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,307 +0,0 @@ -import argparse -import pathlib -import sys - -import xlrd -import yaml -from check_remote import check_remote_entry -from mappings import optional_samples_cols_mapping - -FILE_FORMAT = 'fastq' - - -def identify_action(entry_type, alias): - ''' define action ['add' | 'modify'] that needs to be perfomed for this entry ''' - query = {entry_type + '_alias': alias} - remote_accessions = check_remote_entry(entry_type, query) - if isinstance(remote_accessions, list) and len(remote_accessions) > 0: - print(f'Found: {entry_type} entry with alias {alias}') - return 'modify' - else: - print(f'No {entry_type} entry found with alias {alias}') - return 'add' - - -def extract_data(xl_sheet, expected_columns, optional_cols=None): - """ - 1. Check that the columns I expect are present in the sheet - (any order and mixed with others, it's just a verification that - the user filled the correct template) - 2. Fill a dictionary with the rows data indexed by first column in list""" - sheet_columns = {} - if optional_cols is None: - optional_cols = [] - optional_cols_loaded = [] - for sh_col in range(xl_sheet.ncols): - if (xl_sheet.cell(0, sh_col).value in expected_columns) \ - or (xl_sheet.cell(0, sh_col).value in optional_cols): - if xl_sheet.cell(0, sh_col).value in sheet_columns.keys(): - sys.exit("Duplicated columns found") - else: - sheet_columns[xl_sheet.cell(0, sh_col).value] = sh_col - if xl_sheet.cell(0, sh_col).value in optional_cols: - # store the list of optional cols available - optional_cols_loaded.append(xl_sheet.cell(0, sh_col).value) - provided_cols = expected_columns + optional_cols_loaded - - # check that the required columns are all present - # TODO: revise this for optional columns - for col in range(len(expected_columns)): - assert expected_columns[col] in sheet_columns.keys(), \ - "Expected column %s not found" % expected_columns[col] - - # fetch rows in a dict - data_dict = {} - # the first of the expected columns will be the index - index_col = sheet_columns[expected_columns[0]] - # skip first 2 rows: column names + comments rows - for row_id in range(2, xl_sheet.nrows): - row_dict = {} - for col in range(1, len(provided_cols)): - sheet_col_index = sheet_columns[provided_cols[col]] - row_dict[provided_cols[col]] = xl_sheet.cell(row_id, sheet_col_index).value - # should check for duplicate alias/ids? - if xl_sheet.cell(row_id, index_col).value in data_dict.keys(): - tmp = data_dict[xl_sheet.cell(row_id, index_col).value] - data_dict[xl_sheet.cell(row_id, index_col).value] = [tmp] - data_dict[xl_sheet.cell(row_id, index_col).value].append(row_dict) - else: - data_dict[xl_sheet.cell(row_id, index_col).value] = row_dict - return data_dict, optional_cols_loaded - - -def paste_xls2yaml(xlsx_path): - print('YAML -------------') - xls = xlrd.open_workbook(xlsx_path) - content_dict = {} - for sheet_name in xls.sheet_names(): - if sheet_name == 'controlled_vocabulary': - continue - xls_sheet = xls.sheet_by_name(sheet_name) - sheet_contents_dict = {} - colnames = [] - for col in range(xls_sheet.ncols): - colnames.append(xls_sheet.cell(0, col).value) - # skip first 2 rows (column names and suggestions) - for row_id in range(2, xls_sheet.nrows): - row_dict = {} - for col_id in range(0, xls_sheet.ncols): - row_dict[colnames[col_id]] = xls_sheet.cell(row_id, col_id).value - # should check for duplicate alias/ids? - sheet_contents_dict[row_id] = row_dict - content_dict[sheet_name] = sheet_contents_dict - yaml.dump(content_dict, sys.stdout) - print('YAML -------------') - - -parser = argparse.ArgumentParser() -parser.add_argument('--form', dest='xlsx_path', required=True) -parser.add_argument('--out_dir', dest='out_path', required=True) -parser.add_argument('--action', dest='action', required=True) -parser.add_argument('--vir', dest='viral_submission', required=False, action='store_true') -parser.add_argument('--dev', dest='dev_submission', required=False, action='store_true') -parser.add_argument('--verbose', dest='verbose', required=False, action='store_true') -args = parser.parse_args() - -xl_workbook = xlrd.open_workbook(args.xlsx_path) - -# PARSE STUDIES -################# -xl_sheet = xl_workbook.sheet_by_name('ENA_study') -if xl_sheet.nrows < 3: - raise ValueError('No entries found in studies sheet') -studies_dict = {} -studies_col = ['alias', 'title', 'study_type', 'study_abstract'] -studies_dict, _ = extract_data(xl_sheet, studies_col) - -# PARSE SAMPLES -################# -xl_sheet = xl_workbook.sheet_by_name('ENA_sample') -if xl_sheet.nrows < 3: - raise ValueError('No entries found in samples') - -samples_cols_excel = ['alias', 'title', 'scientific_name', 'sample_description'] -# optional_samples_cols_mapping = {} -if args.viral_submission: - # load columns names from the table - samples_cols_excel = samples_cols_excel + ['geographic location (country and/or sea)', - 'host common name', 'host health state', - 'host sex', 'host scientific name', 'collector name', - 'collecting institution', 'isolate'] - -samples_dict, samples_optional_cols_loaded = extract_data(xl_sheet, samples_cols_excel, - optional_samples_cols_mapping.keys()) -# PARSE EXPERIMENTS -################# -xl_sheet = xl_workbook.sheet_by_name('ENA_experiment') -if xl_sheet.nrows < 3: - raise ValueError('No experiments found in experiments sheet') -exp_columns = ['alias', 'title', 'study_alias', 'sample_alias', 'design_description', - 'library_name', 'library_strategy', 'library_source', 'library_selection', - 'library_layout', 'insert_size', 'library_construction_protocol', - 'platform', 'instrument_model'] - -experiments_dict, _ = extract_data(xl_sheet, exp_columns) - -# PARSE RUNS SHEET -################# -xl_sheet = xl_workbook.sheet_by_name('ENA_run') -if xl_sheet.nrows < 3: - raise ValueError('No entries found in runs sheet') -run_cols = ['alias', 'experiment_alias', 'file_name', 'file_format'] -runs_dict, _ = extract_data(xl_sheet, run_cols) - -# WRITE HEADERS TO TABLES -studies_table = open(pathlib.Path(args.out_path) / 'studies.tsv', 'w') -studies_table.write('\t'.join(['alias', 'status', 'accession', 'title', 'study_type', - 'study_abstract', 'pubmed_id', 'submission_date']) + '\n') -samples_table = open(pathlib.Path(args.out_path) / 'samples.tsv', 'w') - -samples_cols = ['alias', 'title', 'scientific_name', 'sample_description'] -# extend the samples_cols list to add the ones that are filled by the CLI -samples_cols = samples_cols + ['status', 'accession', 'taxon_id', 'submission_date'] -if args.viral_submission: - # extend the samples columns with the viral specific data - samples_cols = samples_cols + ['geographic location (country and/or sea)', 'host common name', - 'host subject id', 'host health state', 'host sex', - 'host scientific name', 'collector name', - 'collecting institution', 'isolate'] - if len(samples_optional_cols_loaded) > 0: - for optional_cols_excel in samples_optional_cols_loaded: - samples_cols.append(optional_samples_cols_mapping[optional_cols_excel]) -samples_table.write('\t'.join(samples_cols) + '\n') - -experiments_table = open(pathlib.Path(args.out_path) / 'experiments.tsv', 'w') -experiments_table.write('\t'.join(['alias', 'status', 'accession', 'title', 'study_alias', - 'sample_alias', 'design_description', 'library_name', - 'library_strategy', 'library_source', 'library_selection', - 'library_layout', 'insert_size', 'library_construction_protocol', - 'platform', 'instrument_model', 'submission_date']) + '\n') - -runs_table = open(pathlib.Path(args.out_path) / 'runs.tsv', 'w') -runs_table.write('\t'.join(['alias', 'status', 'accession', 'experiment_alias', 'file_name', - 'file_format', 'file_checksum', 'submission_date']) + '\n') -action = args.action -# actionable_items -# WRITE DICTIONARIES TO TABLE FILES - -# ADD A TIMESTAMP TO THE ALIAS? SEEMS LIKE ENA REQUIRES ALL ENTRIES FOR A WEBIN TO HAVE UNIQUE IDS? -# dt_oobj = datetime.now(tz=None) -# timestamp = dt_oobj.strftime("%Y%m%d_%H:%M:%S") -runs_included = [] -exp_included = [] -for study_alias, study in studies_dict.items(): - # study_alias = study_alias + '_' + timestamp - if args.dev_submission: - entry_action = args.action - else: - entry_action = identify_action('study', study_alias) - studies_table.write('\t'.join([study_alias, entry_action, 'ENA_accession', study['title'], - study['study_type'], study['study_abstract'], '', - 'ENA_submission_data']) + '\n') # assuming no pubmed_id -for sample_alias, sample in samples_dict.items(): - # sample_alias = sample_alias + '_' + timestamp - if args.dev_submission: - entry_action = args.action - else: - entry_action = identify_action('sample', sample_alias) - samples_row_values = [sample_alias, sample['title'], sample['scientific_name'], - sample['sample_description'], entry_action, 'ena_accession', - '', 'ENA_submission_date'] - if args.viral_submission: - # add the values that are unique for the viral samples - if sample['collector name'] == '': - sample['collector name'] = 'unknown' - samples_row_values = samples_row_values + \ - [sample['geographic location (country and/or sea)'], sample['host common name'], - 'host subject id', sample['host health state'], sample['host sex'], - sample['host scientific name'], sample['collector name'], - sample['collecting institution'], sample['isolate']] - # add the (possible) optional columns values - if len(samples_optional_cols_loaded) > 0: - for optional_col in samples_optional_cols_loaded: - # parse values stored as in excel date format (=float) - if optional_col in ('collection date', 'receipt date'): - # check if excel stored it as date - if isinstance(sample[optional_col], float): - year, month, day, hour, minute, second = xlrd.xldate_as_tuple( - sample[optional_col], xl_workbook.datemode) - month = "{:02d}".format(month) - day = "{:02d}".format(day) - hour = "{:02d}".format(hour) - minute = "{:02d}".format(minute) - second = "{:02d}".format(second) - if optional_col in ('collection date'): - # collection date uses the format 2008-01-23T19:23:10 - sample[optional_col] = str(year) + '-' + str(month) + '-' + str(day) + \ - 'T' + str(hour) + ':' + str(minute) + ':' + str(second) - if optional_col in ('receipt date'): - # receipt date uses forma: 2008-01-23 - sample[optional_col] = str(year) + '-' + str(month) + '-' + str(day) - # excel stores everything as float so I need to check if - # the value was actually an int and keep it as int - if isinstance(sample[optional_col], float): - if int(sample[optional_col]) == sample[optional_col]: - # it is not really a float but an int - sample[optional_col] = int(sample[optional_col]) - samples_row_values.append(str(sample[optional_col])) - samples_table.write('\t'.join(samples_row_values) + '\n') - - for exp_alias, exp in experiments_dict.items(): - # should I check here if any experiment has a study or sample alias that is incorrect? - # (not listed in the samples or study dict) - # process the experiments for this sample - if exp['sample_alias'] == sample_alias: - # check the remote status - if args.dev_submission: - entry_action = args.action - else: - entry_action = identify_action('experiment', exp_alias) - experiments_table.write('\t'.join([exp_alias, entry_action, 'accession_ena', exp['title'], - exp['study_alias'], sample_alias, - exp['design_description'], exp['library_name'], - exp['library_strategy'], exp['library_source'], - exp['library_selection'], - exp['library_layout'].lower(), - str(int(exp['insert_size'])), - exp['library_construction_protocol'], - exp['platform'], exp['instrument_model'], - 'submission_date_ENA']) + '\n') - exp_included.append(exp_alias) - for run_alias, run in runs_dict.items(): - # check that the experiments library_layout is set to paired - # when multiple entries are associated with the same run alias - if not isinstance(run, list): - runs_list = [run] - else: - runs_list = run - for run_entry in runs_list: - if run_entry['experiment_alias'] == exp_alias: - if args.dev_submission: - entry_action = args.action - else: - entry_action = identify_action('run', run_alias) - runs_table.write('\t'.join([run_alias, entry_action, 'ena_run_accession', - exp_alias, run_entry['file_name'], - FILE_FORMAT, '', - 'submission_date_ENA']) + '\n') - runs_included.append(run_alias) - -# check if any experiment or run was not associated with any sample -for run in runs_dict.keys(): - if run not in runs_included: - print(f'The run {run} is listed in the runs section but not associated with any \ - used experiment') - -for exp in experiments_dict.keys(): - if exp not in exp_included: - print(f'The experiment {exp} is listed in the experiments section but not associated \ - with any used sample') - -studies_table.close() -samples_table.close() -experiments_table.close() -runs_table.close() - -if args.verbose: - paste_xls2yaml(args.xlsx_path)
--- a/samples_macros.xml Mon Nov 15 11:47:13 2021 +0000 +++ b/samples_macros.xml Thu Feb 24 18:20:40 2022 +0000 @@ -1,4 +1,48 @@ <macros> + <xml name="checklist_input_macro"> + <param type="select" name="checklist_id" label="Select the metadata checklist" help="You can find metadata templates for each checklist at: https://github.com/ELIXIR-Belgium/ENA-metadata-templates"> + <option value="ERC000011">ENA default sample checklist (ERC000011)</option> + <option value="ERC000012">GSC MIxS air (ERC000012)</option> + <option value="ERC000013">GSC MIxS host associated (ERC000013)</option> + <option value="ERC000014">GSC MIxS human associated (ERC000014)</option> + <option value="ERC000015">GSC MIxS human gut (ERC000015)</option> + <option value="ERC000016">GSC MIxS human oral (ERC000016)</option> + <option value="ERC000017">GSC MIxS human skin (ERC000017)</option> + <option value="ERC000018">GSC MIxS human vaginal (ERC000018)</option> + <option value="ERC000019">GSC MIxS microbial mat biolfilm (ERC000019)</option> + <option value="ERC000020">GSC MIxS plant associated (ERC000020)</option> + <option value="ERC000021">GSC MIxS sediment (ERC000021)</option> + <option value="ERC000022">GSC MIxS soil (ERC000022)</option> + <option value="ERC000023">GSC MIxS wastewater sludge (ERC000023)</option> + <option value="ERC000024">GSC MIxS water (ERC000024)</option> + <option value="ERC000025">GSC MIxS miscellaneous natural or artificial environment (ERC000025)</option> + <option value="ERC000027">ENA Micro B3 (ERC000027)</option> + <option value="ERC000028">ENA prokaryotic pathogen minimal sample checklist (ERC000028)</option> + <option value="ERC000029">ENA Global Microbial Identifier reporting standard checklist GMI_MDM:1.1 (ERC000029)</option> + <option value="ERC000030">ENA Tara Oceans (ERC000030)</option> + <option value="ERC000031">GSC MIxS built environment (ERC000031)</option> + <option value="ERC000032">ENA Influenza virus reporting standard checklist (ERC000032)</option> + <option value="ERC000033">ENA virus pathogen reporting standard checklist (ERC000033)</option> + <option value="ERC000034">ENA mutagenesis by carcinogen treatment checklist (ERC000034)</option> + <option value="ERC000035">ENA Crop Plant sample enhanced annotation checklist (ERC000035)</option> + <option value="ERC000036">ENA sewage checklist (ERC000036)</option> + <option value="ERC000037">ENA Plant Sample Checklist (ERC000037)</option> + <option value="ERC000038">ENA Shellfish Checklist (ERC000038)</option> + <option value="ERC000039">ENA parasite sample checklist (ERC000039)</option> + <option value="ERC000040">ENA UniEuk_EukBank Checklist (ERC000040)</option> + <option value="ERC000041">ENA Global Microbial Identifier Proficiency Test (GMI PT) checklist (ERC000041)</option> + <option value="ERC000043">ENA Marine Microalgae Checklist (ERC000043)</option> + <option value="ERC000044">COMPARE-ECDC-EFSA pilot human-associated reporting standard (ERC000044)</option> + <option value="ERC000045">COMPARE-ECDC-EFSA pilot food-associated reporting standard (ERC000045)</option> + <option value="ERC000047">GSC MIMAGS (ERC000047)</option> + <option value="ERC000048">GSC MISAGS (ERC000048)</option> + <option value="ERC000049">GSC MIUVIGS (ERC000049)</option> + <option value="ERC000050">ENA binned metagenome (ERC000050)</option> + <option value="ERC000051">PDX Checklist (ERC000051)</option> + <option value="ERC000052">HoloFood Checklist (ERC000052)</option> + <option value="ERC000053">Tree of Life Checklist (ERC000053)</option> + </param> + </xml> <xml name="test_submit_section"> <section name="test_submit_parameters" expanded="true" title="Testing options"> <param name="submit_dev" type="boolean" truevalue="true" falsevalue="false" label="Submit to test ENA server?" help="By selecting yes the reads will be submitted to the ENA test server. Uploads to test platform will not be public and will be removed in 24hrs. Performing a preliminary test upload is advised to check for errors with metadata structure. You can find the uploads to the test platform at https://wwwdev.ebi.ac.uk/ena/" /> @@ -23,17 +67,19 @@ <xml name="table_inputs_macro"> <conditional name="input_format_conditional"> <param name="input_format" type="select" label="Would you like to submit pregenerated table files or interactively define the input structures?"> - <option value="excel_tables" selected="True">User generated metadata tables based on Excel templates</option> + <option value="excel_tables" selected="True">User generated metadata tables based on Excel template</option> <option value="build_tables" selected="False">Interactive generation of the study structure (recommended for small studies)</option> <option value="user_generated_tables" selected="False">User generated tabular files (studies - samples - experiments - runs) </option> </param> <when value="excel_tables"> - <param name="viral_submission" type="boolean" label="Does your submission data belong to a viral sample?" help="If you select yes then your data will be submitted using the ENA virus pathogen reporting standard checklist (see: https://ena-browser-docs.readthedocs.io/en/latest/help_and_guides/sars-cov-2-submissions.html)" /> - <param name="xlsx_file" type="data" format="xlsx" label="Select Excel (xlsx) file based on templates" /> + <!--<param name="viral_submission" type="boolean" label="Does your submission data belong to a viral sample?" help="If you select yes then your data will be submitted using the ENA virus pathogen reporting standard checklist (see: https://ena-browser-docs.readthedocs.io/en/latest/help_and_guides/sars-cov-2-submissions.html)" />--> + <expand macro="checklist_input_macro"/> + <param name="xlsx_file" type="data" format="xlsx" label="Select Excel (xlsx) file based on template" /> <expand macro="run_inputs_macro" /> </when> <when value="user_generated_tables"> - <param name="viral_submission" type="boolean" label="Does your submission data belong to a viral sample?" help="If you select yes then your data will be submitted using the ENA virus pathogen reporting standard checklist (see: https://ena-browser-docs.readthedocs.io/en/latest/help_and_guides/sars-cov-2-submissions.html)" /> + <!--<param name="viral_submission" type="boolean" label="Does your submission data belong to a viral sample?" help="If you select yes then your data will be submitted using the ENA virus pathogen reporting standard checklist (see: https://ena-browser-docs.readthedocs.io/en/latest/help_and_guides/sars-cov-2-submissions.html)" />--> + <expand macro="checklist_input_macro"/> <expand macro="run_inputs_macro" /> <param name="studies_users_table" type="data" format="tabular" multiple="false" label="Studies table" help="Studies metadata file"/> <param name="samples_users_table" type="data" format="tabular" multiple="false" label="Samples table" help="Samples metadata file"/> @@ -161,7 +207,7 @@ <param name="sample_title" type="text" label="Sample title"/> <param name="sample_description" type="text" help="e.g: liver cells" label="Describe the type of sample"/> <param name="scientific_name" type="text" label="Enter the species of the sample" help="e.g Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2"/> - <param name="tax_id" type="text" label="Enter the taxonomic ID corresponding to the sample species" /> + <param name="tax_id" type="integer" value="0" label="Enter the taxonomic ID corresponding to the sample species" /> <repeat name="rep_experiment" title="Sequencing experiments performed with this sample" min="1" > <param name="experiment_title" type="text" label="Specify an experiment title" /> <param name="experiment_design" type="text" label="Describe the experiment design" />
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/C026_exp5_clean.fastq Thu Feb 24 18:20:40 2022 +0000 @@ -0,0 +1,400 @@ +@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1101:6911:8255/1 +ATCTGGTTCCTACTTCAGGGCCATAAAACCTAAATAGCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTACGTTCAATATT ++ +BCCCCFFFFFFFGGGGGGGGGGGHHHHGHGHHHHHHHHHGGGGGGHHHHGHHHHHHHHHHGHHHHHHGGHGGHHHGHHHHFHHGHHHHHHHHHGHEHEFFGHHEGGCEFGGFHHHBGHHGHHHHGHFHHHGHGHGHGGCDFDDACGGGGGGGAAFFFFFFFFFBAFFFFFB;FFFFFFADDFFFFFFFFFFEFFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFFFFFEFFFFFFFFBFEFFFFEFE;DFFFDFBFF/9BFB +@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1101:14518:9998/1 +GTTATTATTATGTCCTACAAGCATTAATTAATTAACACACTTTAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGGGATAGACCTGTGATCCATCGTGAT ++ 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+CCCCDFFFFCCFGGGGGGGGFGHHHHHGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGBGHGGHGGHHHHHHHHHHGHGHGGGGGHHHHHHHHGHHHHHHHHHGGGGGHHHHFFGHHHGGGGGGHHHGFGGHHGGGGHHHHHHGGGGGGHGHHGGGGGGGHGGGGGGHHHHHHHHHHHHHFHGGGHHHHGGGGGG:FE;EGEGGGGG/;?FGGGGGGGFFFFGGFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFBFFFFFFEFFFFFEFFF +@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1101:5861:6452/1 +ATTATGTCCTACAAGCATTAATTAATTAACACACTTTAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCGTGATGTCTTT ++ +ABCCCFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHGHHHHGHHHHHHHHHHHGGGGHHHHHHHHFHHHHHHGGHGHGGHGGHHHHHHHGGHFHHHGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHHHEGGHHGGGGGGHHHGGGGHGGGGGHHHHHHGGGDCGHHHHGGGGGGGHEFGGGGHGHHHGHGGGFGGGGGGGEGGGGGGG?E0CEFGGGGGFEE9EEFFFFFBFFFFFFFBFFBD.AFFFFFFF0 +@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1102:10403:6021/1 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+ABBBBFFFFFFFGGGGGGGCGGGHHHHHGHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHGHHHHHGGGGGHGHHHHHHHHHHHHHBGFHHHHGHGHGGHGGGCGGGHHHGGGGGGGHHHGHGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGFFFFFFFFFFFFFFDFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFBFFFFFFFFFEDBDFFFFFFFEFFFE0F0FBFFFF0FFFFFFFFFFFFFFFFF: +@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1102:13809:1733/1 +ATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCGTGATGTCTTATTTAAGGGGAACGTGAGGGCTATTTAGGTTTTATGCTGTCTCTTATACACATCTCCG ++ +BCCBCFFFFFBFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHGHHGGGGGH3EHHHGHGHHHHHHHHHGGCEGGGHHHGGGFHGGGGGGHHGEAEFHHGGGGHHHHHHGGGGGGHHHHGGGGGGGHGGCFFGHHFGHHHGHHHHHHCHGFHHHHGGHGGG00EHGHHHGFHHGEHGHFFFHHGGFHHHGGGGGGGGGB;;CFFGGFGFFBFFDFED;E.:A?DFFFFFFFF:FFFFF0BFFBBBFFFFFBFF0BFBF9F. +@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1102:17584:10050/1 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+BBBCBFF@CCBBGGGGGGGGGGHHGHGGHHHGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHFHHHHGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGHGGHHHHHHGHBFGHHHHHHHHBGHHHHHHGHGGGHFGCGGFHHFHFFHHBHHHHFFHFHHHHGGDHGGBC?;@DFBFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFFFFF.B?FB.@;;DFFFFFFFFFFFEE-A./BBBFBFBFFF//BFB/BFF/ +@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1102:21788:11027/1 +GCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTACGTTCAATATTACAGGCGAACATACTTACTAAAGTGTGTTAATTCTG ++ +ABCCBCCBBFFFGGGGGGGGGGGHGHHHHHHGGHGGHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHFGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHGHGGFCGGCGGGHHHGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFDFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFEF9EFFFFFFFFFFFBFF0FFBBBBFBFBFFFF0 +@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1102:5728:8777/1 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