Mercurial > repos > iuc > exonerate

view test-data/out.txt @ 3:a03dead1bede draft default tip

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/exonerate commit a141c63903d1a598569985e400125d4e7de42801"
author iuc
date Sun, 01 Mar 2020 04:48:34 -0500
parents f48ed38dfddf
children
line wrap: on
line source


C4 Alignment:
------------
         Query: sample
        Target: sample
         Model: ungapped:dna2dna
     Raw score: 17680
   Query range: 0 -> 3536
  Target range: 0 -> 3536

    1 : TGCATCGGTTATTTGCATTGGCTGGCATTTAATTTATGCACAAACACACACGCTGGAACACA :   62
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    1 : TGCATCGGTTATTTGCATTGGCTGGCATTTAATTTATGCACAAACACACACGCTGGAACACA :   62

   63 : TTAGTCATACGCAACGTTGCACAAATATTTATTAGCTATTGCAAGTCAGTGCGGGGCAAATA :  124
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   63 : TTAGTCATACGCAACGTTGCACAAATATTTATTAGCTATTGCAAGTCAGTGCGGGGCAAATA :  124

  125 : GCACCGTGAAATGCAAACGAAAGCATTGAGTGTGCTGGCATCATCGATTTAGCAGCCATAAA :  186
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  125 : GCACCGTGAAATGCAAACGAAAGCATTGAGTGTGCTGGCATCATCGATTTAGCAGCCATAAA :  186

  187 : TACTGCTCAACACTAAATCAATCATACGCAATGTGGTGCTAATTGATTGAGCAAACATTGCC :  248
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  187 : TACTGCTCAACACTAAATCAATCATACGCAATGTGGTGCTAATTGATTGAGCAAACATTGCC :  248

  249 : AAGATGCAATTGCCATGATCAAGGGGCGAAGGTTTCTTTGGGCCAAACAGAAGAGTGGTTTC :  310
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  249 : AAGATGCAATTGCCATGATCAAGGGGCGAAGGTTTCTTTGGGCCAAACAGAAGAGTGGTTTC :  310

  311 : GCCACTTAACTAGAGGTTAATTATTAGATTGTATTAGCCAGCTAGCTGCGTACGAGCATATT :  372
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  311 : GCCACTTAACTAGAGGTTAATTATTAGATTGTATTAGCCAGCTAGCTGCGTACGAGCATATT :  372

  373 : GAGCTACTAATGATACCACAAGTTCGCAGTTATCGCCCCAGTGGAACCCTTGAGCTTAATCC :  434
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  373 : GAGCTACTAATGATACCACAAGTTCGCAGTTATCGCCCCAGTGGAACCCTTGAGCTTAATCC :  434

  435 : CAGTGCCCCATTAAATACTTAAGCGCGGACCCTCCAGCGCTACTCCACTCGAGCGGTTCAAC :  496
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  435 : CAGTGCCCCATTAAATACTTAAGCGCGGACCCTCCAGCGCTACTCCACTCGAGCGGTTCAAC :  496

  497 : GAACTGGCCAGCACTCGAAACTAAAGCCCTACCATGATTCAATATCAAGTTGGCAACTCGAA :  558
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  497 : GAACTGGCCAGCACTCGAAACTAAAGCCCTACCATGATTCAATATCAAGTTGGCAACTCGAA :  558

  559 : ACCCACTTGGCATTAAGTATGACTGACCTGCAGGCGACTCAACCTCAACCTGAAGCTCAACC :  620
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  559 : ACCCACTTGGCATTAAGTATGACTGACCTGCAGGCGACTCAACCTCAACCTGAAGCTCAACC :  620

  621 : TGAAGCTCAACCGGCGCATTCAGCTCCAGCGTTTTGCATTTAGCATTCAGCCGTGTCCAATG :  682
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  621 : TGAAGCTCAACCGGCGCATTCAGCTCCAGCGTTTTGCATTTAGCATTCAGCCGTGTCCAATG :  682

  683 : CTAAGATCAATGCCACTCCACGCTGGCTGTGCCAACTTCCTGTTGCAGCAACCACTACTACC :  744
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  683 : CTAAGATCAATGCCACTCCACGCTGGCTGTGCCAACTTCCTGTTGCAGCAACCACTACTACC :  744

  745 : CTATATGGACACAATGTGCCACGCCACGAGTATAGTGTATCGTACCTACACGAGTATCTGGC :  806
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  745 : CTATATGGACACAATGTGCCACGCCACGAGTATAGTGTATCGTACCTACACGAGTATCTGGC :  806

  807 : CAGTCCGCAGTCCTAGTTCTTCCCTGCTCCTTTTTATTTAAACACTTCCTCATTTCGCTTTG :  868
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  807 : CAGTCCGCAGTCCTAGTTCTTCCCTGCTCCTTTTTATTTAAACACTTCCTCATTTCGCTTTG :  868

  869 : TGCCCTGGCATTTGGCAGCTATTCTGTGTCAATTCCCGGTGAGTGTCATTCGAACTGGTGAA :  930
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  869 : TGCCCTGGCATTTGGCAGCTATTCTGTGTCAATTCCCGGTGAGTGTCATTCGAACTGGTGAA :  930

  931 : CCGGAGAATGGAGCAGTCGCCAGCCGAGGATTCAGAGCCAGAACCCCAAACCCAGAACCCAG :  992
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  931 : CCGGAGAATGGAGCAGTCGCCAGCCGAGGATTCAGAGCCAGAACCCCAAACCCAGAACCCAG :  992

  993 : AAGGCCAGGTGAATGGGATCGGGATTCACCCAGTCCTCGCTCGCCTGGCTGAGTGCCAAGTG : 1054
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  993 : AAGGCCAGGTGAATGGGATCGGGATTCACCCAGTCCTCGCTCGCCTGGCTGAGTGCCAAGTG : 1054

 1055 : TAGTGCAATAAACTTGCCGTCCTGAATGGCTGGCAATCAAAGATCTGAATGCAAGATACGAT : 1116
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1055 : TAGTGCAATAAACTTGCCGTCCTGAATGGCTGGCAATCAAAGATCTGAATGCAAGATACGAT : 1116

 1117 : GACATTTACTCGCACATTCAATTGCGCTTTTGATTTGAATATTTACATGCTTTCTGGTCGTA : 1178
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1117 : GACATTTACTCGCACATTCAATTGCGCTTTTGATTTGAATATTTACATGCTTTCTGGTCGTA : 1178

 1179 : GTCCCAGTTCCGCAGACTCGAGTCCCTCGGGCTGCCATTCTTTCATGTCCTTTCGTTCTATT : 1240
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1179 : GTCCCAGTTCCGCAGACTCGAGTCCCTCGGGCTGCCATTCTTTCATGTCCTTTCGTTCTATT : 1240

 1241 : GACATAGTCAAATTGGCTTTGCTGCACAGCGAGAAAATGTACTTAACTTCCACACAATCCTG : 1302
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1241 : GACATAGTCAAATTGGCTTTGCTGCACAGCGAGAAAATGTACTTAACTTCCACACAATCCTG : 1302

 1303 : GCTATTTGCTGCTATGACTGTAAGCATAATTTATTTTAGGGTAAATGGGTGAGTGACCAAAA : 1364
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1303 : GCTATTTGCTGCTATGACTGTAAGCATAATTTATTTTAGGGTAAATGGGTGAGTGACCAAAA : 1364

 1365 : GGCATGCCGTGCAGTTCATTTTATCAAAGCACCATGACTAACTGGTACAACCATTTTTTCTG : 1426
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1365 : GGCATGCCGTGCAGTTCATTTTATCAAAGCACCATGACTAACTGGTACAACCATTTTTTCTG : 1426

 1427 : CGTGCCTTTCGGGTCAACCGAATCAGGCCCTAATTGATTTTCAAATGTTTCCACAGCGTCTT : 1488
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1427 : CGTGCCTTTCGGGTCAACCGAATCAGGCCCTAATTGATTTTCAAATGTTTCCACAGCGTCTT : 1488

 1489 : AAAGTCCAGTCCTTATTTAAACAACTTACTAAGTATTGCAGAGCCTTGGCATACTTAGCTGC : 1550
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1489 : AAAGTCCAGTCCTTATTTAAACAACTTACTAAGTATTGCAGAGCCTTGGCATACTTAGCTGC : 1550

 1551 : AGTTATGCATTTCAAGCATAAACAACTAATTTGACTAATTGATAAGCCATGCAAAGGCAAAG : 1612
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1551 : AGTTATGCATTTCAAGCATAAACAACTAATTTGACTAATTGATAAGCCATGCAAAGGCAAAG : 1612

 1613 : GCATCTCGAGATGTCTTGAGTCGACTTCACTGCACTTCTGGCCGGCTTGTCTCGGCCTGGTT : 1674
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1613 : GCATCTCGAGATGTCTTGAGTCGACTTCACTGCACTTCTGGCCGGCTTGTCTCGGCCTGGTT : 1674

 1675 : GGTTGCGTTTCTGTATCTTTGGCTCCGGCTGTTTGCTTTGTCCATCAACATCTTTTGAGCGG : 1736
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1675 : GGTTGCGTTTCTGTATCTTTGGCTCCGGCTGTTTGCTTTGTCCATCAACATCTTTTGAGCGG : 1736

 1737 : AGGCACTCAGGCGCAAACTGTTGCACTTCAGACCAGTCTGGAGAGCAGTGTTCACTAGGATA : 1798
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1737 : AGGCACTCAGGCGCAAACTGTTGCACTTCAGACCAGTCTGGAGAGCAGTGTTCACTAGGATA : 1798

 1799 : CGAGTATATACATAGGCTCATGTGGAGCCGGGATCAAGCCACCCCAAACCCCAAACCCCATT : 1860
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1799 : CGAGTATATACATAGGCTCATGTGGAGCCGGGATCAAGCCACCCCAAACCCCAAACCCCATT : 1860

 1861 : AATTGCAATCAATTTCGCTGTCAACACACACTCCAAATAACTGCGGGATATTTATTTATGGG : 1922
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1861 : AATTGCAATCAATTTCGCTGTCAACACACACTCCAAATAACTGCGGGATATTTATTTATGGG : 1922

 1923 : CTGCGCTTCCCTTCAGCAACCTTTTGCAACTGAATAATTGCCTTATGACACATTATCATTAT : 1984
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1923 : CTGCGCTTCCCTTCAGCAACCTTTTGCAACTGAATAATTGCCTTATGACACATTATCATTAT : 1984

 1985 : TATTAAGGCTGCCACGGGTCGGCAAAGTAATCATTACCTCCTGCCCATATCATCCTGCCCCT : 2046
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1985 : TATTAAGGCTGCCACGGGTCGGCAAAGTAATCATTACCTCCTGCCCATATCATCCTGCCCCT : 2046

 2047 : GGGCCATGAACCTGGGAATTAGGGAGTCAGCATTGCAGTGCCCACAGCTCCTCTATGCTCAT : 2108
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 2047 : GGGCCATGAACCTGGGAATTAGGGAGTCAGCATTGCAGTGCCCACAGCTCCTCTATGCTCAT : 2108

 2109 : AAATATATTTCCAGCTGGCAACATTATATAATTATTTTGCCATGGATTGCATTGAACTTAGT : 2170
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 2109 : AAATATATTTCCAGCTGGCAACATTATATAATTATTTTGCCATGGATTGCATTGAACTTAGT : 2170

 2171 : CCGAGTGCGTCGATGTTGCTCGTTTGCTGTTTGCTGTTTGCTATTTCTGTTTGCACTTCTTG : 2232
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 2171 : CCGAGTGCGTCGATGTTGCTCGTTTGCTGTTTGCTGTTTGCTATTTCTGTTTGCACTTCTTG : 2232

 2233 : CCGCAGGCGCGCAACTCTTCATGTGGCTTCTTCTCGTTTTTAGGCCAGAATCCAGAAGGCAG : 2294
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 2233 : CCGCAGGCGCGCAACTCTTCATGTGGCTTCTTCTCGTTTTTAGGCCAGAATCCAGAAGGCAG : 2294

 2295 : CGTTCAGAACCCAGAATCCAGAATCCATGTGATGCCTTTGCGTGAATTTCATTTTAAAGTGC : 2356
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 2295 : CGTTCAGAACCCAGAATCCAGAATCCATGTGATGCCTTTGCGTGAATTTCATTTTAAAGTGC : 2356

 2357 : AAATATTTGCGGCCTGGCCCGGCCAGTTGCTTAAATGGAAAACTGGGCGAGAAAAAAGAATG : 2418
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 2357 : AAATATTTGCGGCCTGGCCCGGCCAGTTGCTTAAATGGAAAACTGGGCGAGAAAAAAGAATG : 2418

 2419 : CACTGGTAGCTCACAAACAGCCCACACAGAAACCAGTAATGAAATTGTGCGGCACTCGTCAT : 2480
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 2419 : CACTGGTAGCTCACAAACAGCCCACACAGAAACCAGTAATGAAATTGTGCGGCACTCGTCAT : 2480

 2481 : TGCGGCACTGGCCTTACATATAAATTATATAAAATATATACACATTTGTTTGGCATTGACCG : 2542
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 2481 : TGCGGCACTGGCCTTACATATAAATTATATAAAATATATACACATTTGTTTGGCATTGACCG : 2542

 2543 : GCCTACAAAGGAACTGCAGCCAGGGATGCAGCATGGGTATGATTTCCCTATAGTCGTGGCAA : 2604
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 2543 : GCCTACAAAGGAACTGCAGCCAGGGATGCAGCATGGGTATGATTTCCCTATAGTCGTGGCAA : 2604

 2605 : ATACCTTTAACACGAGTAAGTACAAGTAATGCCCAACTGAGGGCCTTCAAGTAATATTAAGA : 2666
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 2605 : ATACCTTTAACACGAGTAAGTACAAGTAATGCCCAACTGAGGGCCTTCAAGTAATATTAAGA : 2666

 2667 : GAAGATATTTTTAAACATCTATCTTTTTTAAGGACACACATTCTAACTTTATTTACGAGAGA : 2728
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 2667 : GAAGATATTTTTAAACATCTATCTTTTTTAAGGACACACATTCTAACTTTATTTACGAGAGA : 2728

 2729 : CACTGGCACCCTCATACAAAATTCTAGAAAGCTAGTCAGTAAACTAGAACTGCAGTTCTCCC : 2790
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 2729 : CACTGGCACCCTCATACAAAATTCTAGAAAGCTAGTCAGTAAACTAGAACTGCAGTTCTCCC : 2790

 2791 : CTGCTTATGACAATAACAGCAATTTGTATTTAAATTTAGGAATGACCAGGGCTCTTCCGCTC : 2852
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 2791 : CTGCTTATGACAATAACAGCAATTTGTATTTAAATTTAGGAATGACCAGGGCTCTTCCGCTC : 2852

 2853 : CACCCTGGCCAGTATAATTTGTGCATCTCTAGCCAATACAAACTTATTATATACTTGCAAAA : 2914
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 2853 : CACCCTGGCCAGTATAATTTGTGCATCTCTAGCCAATACAAACTTATTATATACTTGCAAAA : 2914

 2915 : GTTGTGCACTGTAAATATTTGCGGCGACCACCCGCACTTTCGCCATGACTACAAAATGGGTG : 2976
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 2915 : GTTGTGCACTGTAAATATTTGCGGCGACCACCCGCACTTTCGCCATGACTACAAAATGGGTG : 2976

 2977 : GCATGAAATGGGGGCTTTTGGGGGGCAACCGCAGAGAATGCTTGACTTTGGCCGGTAAAAAA : 3038
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 2977 : GCATGAAATGGGGGCTTTTGGGGGGCAACCGCAGAGAATGCTTGACTTTGGCCGGTAAAAAA : 3038

 3039 : CTACGCAGACCACCCACCACCCAACCCGGTTTTTCTCTCTTGGCCACGTTTATTGATGGCGG : 3100
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 3039 : CTACGCAGACCACCCACCACCCAACCCGGTTTTTCTCTCTTGGCCACGTTTATTGATGGCGG : 3100

 3101 : CGGGAAGTGCTTTAATGGAAATTTAAGTATCATCGTTTAAAATGAAGCAGAAAAGCGCAAGC : 3162
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 3101 : CGGGAAGTGCTTTAATGGAAATTTAAGTATCATCGTTTAAAATGAAGCAGAAAAGCGCAAGC : 3162

 3163 : GAACGAAAGACCCTGGAAAATTGCGAGTTGCGACTGGTATTGCGACCCTTGAGCTTTGGTCA : 3224
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 3163 : GAACGAAAGACCCTGGAAAATTGCGAGTTGCGACTGGTATTGCGACCCTTGAGCTTTGGTCA : 3224

 3225 : TTGCGTTGGCAACGCAAATTATTATTTTTATTATTATTGCAGGTTTTCGGTGCACATTTATT : 3286
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 3225 : TTGCGTTGGCAACGCAAATTATTATTTTTATTATTATTGCAGGTTTTCGGTGCACATTTATT : 3286

 3287 : TCATGCAACTTTACAGCGCTGCACATAGAAATTATGTACAGGCCGCGTGGGCCATAATGCAG : 3348
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 3287 : TCATGCAACTTTACAGCGCTGCACATAGAAATTATGTACAGGCCGCGTGGGCCATAATGCAG : 3348

 3349 : ATTGCCAACCCGAGAAGGGTAACTCGGAGTGAAATGGCGGGAATTAGGCAAGCAAACAGGCA : 3410
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 3349 : ATTGCCAACCCGAGAAGGGTAACTCGGAGTGAAATGGCGGGAATTAGGCAAGCAAACAGGCA : 3410

 3411 : ACTAAAATATGCAACGCAGGCAGTGGGGAAATTTGATGGGCGCCAGAAAAGGCCGTGAAAAG : 3472
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 3411 : ACTAAAATATGCAACGCAGGCAGTGGGGAAATTTGATGGGCGCCAGAAAAGGCCGTGAAAAG : 3472

 3473 : GCCGTAAAACTGGGCCAAGTAATGAGCTACGGCGGCCACACATTAAATATGCAACAATTAAA : 3534
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 3473 : GCCGTAAAACTGGGCCAAGTAATGAGCTACGGCGGCCACACATTAAATATGCAACAATTAAA : 3534

 3535 : AG : 3536
        ||
 3535 : AG : 3536


C4 Alignment:
------------
         Query: sample
        Target: sample
         Model: ungapped:dna2dna
     Raw score: 108
   Query range: 607 -> 634
  Target range: 595 -> 622

 608 : CTGAAGCTCAACCTGAAGCTCAACCGG : 634
       || || ||||||||||||||||||| |
 596 : CTCAACCTCAACCTGAAGCTCAACCTG : 622


C4 Alignment:
------------
         Query: sample
        Target: sample
         Model: ungapped:dna2dna
     Raw score: 108
   Query range: 595 -> 622
  Target range: 607 -> 634

 596 : CTCAACCTCAACCTGAAGCTCAACCTG : 622
       || || ||||||||||||||||||| |
 608 : CTGAAGCTCAACCTGAAGCTCAACCGG : 634


C4 Alignment:
------------
         Query: sample
        Target: sample [revcomp]
         Model: ungapped:dna2dna
     Raw score: 102
   Query range: 2741 -> 2819
  Target range: 2819 -> 2741

 2742 : ATACAAAATTCTAGAAAGCTAGTCAGTAAACTAGAACTGCAGTTCTCCCCTGCTTATGACAA : 2803
        ||||||| | ||   |   |  | || |    ||||||||||||||    | || |  |   
 2819 : ATACAAATTGCTGTTATTGTCATAAGCAGGGGAGAACTGCAGTTCTAGTTTACTGACTAGCT : 2758

 2804 : TAACAGCAATTTGTAT : 2819
        |   || | |||||||
 2757 : TTCTAGAATTTTGTAT : 2742