Mercurial > repos > iuc > exonerate
view test-data/out.txt @ 0:f48ed38dfddf draft
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/exonerate commit e02d20338ee01ed58265d93e9cc5b0695a322d47
| author | iuc |
|---|---|
| date | Thu, 02 Aug 2018 09:11:30 -0400 |
| parents | |
| children |
line wrap: on
line source
C4 Alignment: ------------ Query: sample Target: sample Model: ungapped:dna2dna Raw score: 17680 Query range: 0 -> 3536 Target range: 0 -> 3536 1 : TGCATCGGTTATTTGCATTGGCTGGCATTTAATTTATGCACAAACACACACGCTGGAACACA : 62 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1 : TGCATCGGTTATTTGCATTGGCTGGCATTTAATTTATGCACAAACACACACGCTGGAACACA : 62 63 : TTAGTCATACGCAACGTTGCACAAATATTTATTAGCTATTGCAAGTCAGTGCGGGGCAAATA : 124 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 63 : TTAGTCATACGCAACGTTGCACAAATATTTATTAGCTATTGCAAGTCAGTGCGGGGCAAATA : 124 125 : GCACCGTGAAATGCAAACGAAAGCATTGAGTGTGCTGGCATCATCGATTTAGCAGCCATAAA : 186 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 125 : GCACCGTGAAATGCAAACGAAAGCATTGAGTGTGCTGGCATCATCGATTTAGCAGCCATAAA : 186 187 : TACTGCTCAACACTAAATCAATCATACGCAATGTGGTGCTAATTGATTGAGCAAACATTGCC : 248 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 187 : TACTGCTCAACACTAAATCAATCATACGCAATGTGGTGCTAATTGATTGAGCAAACATTGCC : 248 249 : AAGATGCAATTGCCATGATCAAGGGGCGAAGGTTTCTTTGGGCCAAACAGAAGAGTGGTTTC : 310 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 249 : AAGATGCAATTGCCATGATCAAGGGGCGAAGGTTTCTTTGGGCCAAACAGAAGAGTGGTTTC : 310 311 : GCCACTTAACTAGAGGTTAATTATTAGATTGTATTAGCCAGCTAGCTGCGTACGAGCATATT : 372 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 311 : GCCACTTAACTAGAGGTTAATTATTAGATTGTATTAGCCAGCTAGCTGCGTACGAGCATATT : 372 373 : GAGCTACTAATGATACCACAAGTTCGCAGTTATCGCCCCAGTGGAACCCTTGAGCTTAATCC : 434 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 373 : GAGCTACTAATGATACCACAAGTTCGCAGTTATCGCCCCAGTGGAACCCTTGAGCTTAATCC : 434 435 : CAGTGCCCCATTAAATACTTAAGCGCGGACCCTCCAGCGCTACTCCACTCGAGCGGTTCAAC : 496 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 435 : CAGTGCCCCATTAAATACTTAAGCGCGGACCCTCCAGCGCTACTCCACTCGAGCGGTTCAAC : 496 497 : GAACTGGCCAGCACTCGAAACTAAAGCCCTACCATGATTCAATATCAAGTTGGCAACTCGAA : 558 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 497 : GAACTGGCCAGCACTCGAAACTAAAGCCCTACCATGATTCAATATCAAGTTGGCAACTCGAA : 558 559 : ACCCACTTGGCATTAAGTATGACTGACCTGCAGGCGACTCAACCTCAACCTGAAGCTCAACC : 620 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 559 : ACCCACTTGGCATTAAGTATGACTGACCTGCAGGCGACTCAACCTCAACCTGAAGCTCAACC : 620 621 : TGAAGCTCAACCGGCGCATTCAGCTCCAGCGTTTTGCATTTAGCATTCAGCCGTGTCCAATG : 682 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 621 : TGAAGCTCAACCGGCGCATTCAGCTCCAGCGTTTTGCATTTAGCATTCAGCCGTGTCCAATG : 682 683 : CTAAGATCAATGCCACTCCACGCTGGCTGTGCCAACTTCCTGTTGCAGCAACCACTACTACC : 744 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 683 : CTAAGATCAATGCCACTCCACGCTGGCTGTGCCAACTTCCTGTTGCAGCAACCACTACTACC : 744 745 : CTATATGGACACAATGTGCCACGCCACGAGTATAGTGTATCGTACCTACACGAGTATCTGGC : 806 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 745 : CTATATGGACACAATGTGCCACGCCACGAGTATAGTGTATCGTACCTACACGAGTATCTGGC : 806 807 : CAGTCCGCAGTCCTAGTTCTTCCCTGCTCCTTTTTATTTAAACACTTCCTCATTTCGCTTTG : 868 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 807 : CAGTCCGCAGTCCTAGTTCTTCCCTGCTCCTTTTTATTTAAACACTTCCTCATTTCGCTTTG : 868 869 : TGCCCTGGCATTTGGCAGCTATTCTGTGTCAATTCCCGGTGAGTGTCATTCGAACTGGTGAA : 930 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 869 : TGCCCTGGCATTTGGCAGCTATTCTGTGTCAATTCCCGGTGAGTGTCATTCGAACTGGTGAA : 930 931 : CCGGAGAATGGAGCAGTCGCCAGCCGAGGATTCAGAGCCAGAACCCCAAACCCAGAACCCAG : 992 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 931 : CCGGAGAATGGAGCAGTCGCCAGCCGAGGATTCAGAGCCAGAACCCCAAACCCAGAACCCAG : 992 993 : AAGGCCAGGTGAATGGGATCGGGATTCACCCAGTCCTCGCTCGCCTGGCTGAGTGCCAAGTG : 1054 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 993 : AAGGCCAGGTGAATGGGATCGGGATTCACCCAGTCCTCGCTCGCCTGGCTGAGTGCCAAGTG : 1054 1055 : TAGTGCAATAAACTTGCCGTCCTGAATGGCTGGCAATCAAAGATCTGAATGCAAGATACGAT : 1116 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1055 : TAGTGCAATAAACTTGCCGTCCTGAATGGCTGGCAATCAAAGATCTGAATGCAAGATACGAT : 1116 1117 : GACATTTACTCGCACATTCAATTGCGCTTTTGATTTGAATATTTACATGCTTTCTGGTCGTA : 1178 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1117 : GACATTTACTCGCACATTCAATTGCGCTTTTGATTTGAATATTTACATGCTTTCTGGTCGTA : 1178 1179 : GTCCCAGTTCCGCAGACTCGAGTCCCTCGGGCTGCCATTCTTTCATGTCCTTTCGTTCTATT : 1240 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1179 : GTCCCAGTTCCGCAGACTCGAGTCCCTCGGGCTGCCATTCTTTCATGTCCTTTCGTTCTATT : 1240 1241 : GACATAGTCAAATTGGCTTTGCTGCACAGCGAGAAAATGTACTTAACTTCCACACAATCCTG : 1302 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1241 : GACATAGTCAAATTGGCTTTGCTGCACAGCGAGAAAATGTACTTAACTTCCACACAATCCTG : 1302 1303 : GCTATTTGCTGCTATGACTGTAAGCATAATTTATTTTAGGGTAAATGGGTGAGTGACCAAAA : 1364 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1303 : GCTATTTGCTGCTATGACTGTAAGCATAATTTATTTTAGGGTAAATGGGTGAGTGACCAAAA : 1364 1365 : GGCATGCCGTGCAGTTCATTTTATCAAAGCACCATGACTAACTGGTACAACCATTTTTTCTG : 1426 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1365 : GGCATGCCGTGCAGTTCATTTTATCAAAGCACCATGACTAACTGGTACAACCATTTTTTCTG : 1426 1427 : CGTGCCTTTCGGGTCAACCGAATCAGGCCCTAATTGATTTTCAAATGTTTCCACAGCGTCTT : 1488 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1427 : CGTGCCTTTCGGGTCAACCGAATCAGGCCCTAATTGATTTTCAAATGTTTCCACAGCGTCTT : 1488 1489 : AAAGTCCAGTCCTTATTTAAACAACTTACTAAGTATTGCAGAGCCTTGGCATACTTAGCTGC : 1550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1489 : AAAGTCCAGTCCTTATTTAAACAACTTACTAAGTATTGCAGAGCCTTGGCATACTTAGCTGC : 1550 1551 : AGTTATGCATTTCAAGCATAAACAACTAATTTGACTAATTGATAAGCCATGCAAAGGCAAAG : 1612 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1551 : AGTTATGCATTTCAAGCATAAACAACTAATTTGACTAATTGATAAGCCATGCAAAGGCAAAG : 1612 1613 : GCATCTCGAGATGTCTTGAGTCGACTTCACTGCACTTCTGGCCGGCTTGTCTCGGCCTGGTT : 1674 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1613 : GCATCTCGAGATGTCTTGAGTCGACTTCACTGCACTTCTGGCCGGCTTGTCTCGGCCTGGTT : 1674 1675 : GGTTGCGTTTCTGTATCTTTGGCTCCGGCTGTTTGCTTTGTCCATCAACATCTTTTGAGCGG : 1736 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1675 : GGTTGCGTTTCTGTATCTTTGGCTCCGGCTGTTTGCTTTGTCCATCAACATCTTTTGAGCGG : 1736 1737 : AGGCACTCAGGCGCAAACTGTTGCACTTCAGACCAGTCTGGAGAGCAGTGTTCACTAGGATA : 1798 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1737 : AGGCACTCAGGCGCAAACTGTTGCACTTCAGACCAGTCTGGAGAGCAGTGTTCACTAGGATA : 1798 1799 : CGAGTATATACATAGGCTCATGTGGAGCCGGGATCAAGCCACCCCAAACCCCAAACCCCATT : 1860 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1799 : CGAGTATATACATAGGCTCATGTGGAGCCGGGATCAAGCCACCCCAAACCCCAAACCCCATT : 1860 1861 : AATTGCAATCAATTTCGCTGTCAACACACACTCCAAATAACTGCGGGATATTTATTTATGGG : 1922 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1861 : AATTGCAATCAATTTCGCTGTCAACACACACTCCAAATAACTGCGGGATATTTATTTATGGG : 1922 1923 : CTGCGCTTCCCTTCAGCAACCTTTTGCAACTGAATAATTGCCTTATGACACATTATCATTAT : 1984 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1923 : CTGCGCTTCCCTTCAGCAACCTTTTGCAACTGAATAATTGCCTTATGACACATTATCATTAT : 1984 1985 : TATTAAGGCTGCCACGGGTCGGCAAAGTAATCATTACCTCCTGCCCATATCATCCTGCCCCT : 2046 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1985 : TATTAAGGCTGCCACGGGTCGGCAAAGTAATCATTACCTCCTGCCCATATCATCCTGCCCCT : 2046 2047 : GGGCCATGAACCTGGGAATTAGGGAGTCAGCATTGCAGTGCCCACAGCTCCTCTATGCTCAT : 2108 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2047 : GGGCCATGAACCTGGGAATTAGGGAGTCAGCATTGCAGTGCCCACAGCTCCTCTATGCTCAT : 2108 2109 : AAATATATTTCCAGCTGGCAACATTATATAATTATTTTGCCATGGATTGCATTGAACTTAGT : 2170 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2109 : AAATATATTTCCAGCTGGCAACATTATATAATTATTTTGCCATGGATTGCATTGAACTTAGT : 2170 2171 : CCGAGTGCGTCGATGTTGCTCGTTTGCTGTTTGCTGTTTGCTATTTCTGTTTGCACTTCTTG : 2232 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2171 : CCGAGTGCGTCGATGTTGCTCGTTTGCTGTTTGCTGTTTGCTATTTCTGTTTGCACTTCTTG : 2232 2233 : CCGCAGGCGCGCAACTCTTCATGTGGCTTCTTCTCGTTTTTAGGCCAGAATCCAGAAGGCAG : 2294 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2233 : CCGCAGGCGCGCAACTCTTCATGTGGCTTCTTCTCGTTTTTAGGCCAGAATCCAGAAGGCAG : 2294 2295 : CGTTCAGAACCCAGAATCCAGAATCCATGTGATGCCTTTGCGTGAATTTCATTTTAAAGTGC : 2356 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2295 : CGTTCAGAACCCAGAATCCAGAATCCATGTGATGCCTTTGCGTGAATTTCATTTTAAAGTGC : 2356 2357 : AAATATTTGCGGCCTGGCCCGGCCAGTTGCTTAAATGGAAAACTGGGCGAGAAAAAAGAATG : 2418 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2357 : AAATATTTGCGGCCTGGCCCGGCCAGTTGCTTAAATGGAAAACTGGGCGAGAAAAAAGAATG : 2418 2419 : CACTGGTAGCTCACAAACAGCCCACACAGAAACCAGTAATGAAATTGTGCGGCACTCGTCAT : 2480 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2419 : CACTGGTAGCTCACAAACAGCCCACACAGAAACCAGTAATGAAATTGTGCGGCACTCGTCAT : 2480 2481 : TGCGGCACTGGCCTTACATATAAATTATATAAAATATATACACATTTGTTTGGCATTGACCG : 2542 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2481 : TGCGGCACTGGCCTTACATATAAATTATATAAAATATATACACATTTGTTTGGCATTGACCG : 2542 2543 : GCCTACAAAGGAACTGCAGCCAGGGATGCAGCATGGGTATGATTTCCCTATAGTCGTGGCAA : 2604 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2543 : GCCTACAAAGGAACTGCAGCCAGGGATGCAGCATGGGTATGATTTCCCTATAGTCGTGGCAA : 2604 2605 : ATACCTTTAACACGAGTAAGTACAAGTAATGCCCAACTGAGGGCCTTCAAGTAATATTAAGA : 2666 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2605 : ATACCTTTAACACGAGTAAGTACAAGTAATGCCCAACTGAGGGCCTTCAAGTAATATTAAGA : 2666 2667 : GAAGATATTTTTAAACATCTATCTTTTTTAAGGACACACATTCTAACTTTATTTACGAGAGA : 2728 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2667 : GAAGATATTTTTAAACATCTATCTTTTTTAAGGACACACATTCTAACTTTATTTACGAGAGA : 2728 2729 : CACTGGCACCCTCATACAAAATTCTAGAAAGCTAGTCAGTAAACTAGAACTGCAGTTCTCCC : 2790 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2729 : CACTGGCACCCTCATACAAAATTCTAGAAAGCTAGTCAGTAAACTAGAACTGCAGTTCTCCC : 2790 2791 : CTGCTTATGACAATAACAGCAATTTGTATTTAAATTTAGGAATGACCAGGGCTCTTCCGCTC : 2852 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2791 : CTGCTTATGACAATAACAGCAATTTGTATTTAAATTTAGGAATGACCAGGGCTCTTCCGCTC : 2852 2853 : CACCCTGGCCAGTATAATTTGTGCATCTCTAGCCAATACAAACTTATTATATACTTGCAAAA : 2914 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2853 : CACCCTGGCCAGTATAATTTGTGCATCTCTAGCCAATACAAACTTATTATATACTTGCAAAA : 2914 2915 : GTTGTGCACTGTAAATATTTGCGGCGACCACCCGCACTTTCGCCATGACTACAAAATGGGTG : 2976 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2915 : GTTGTGCACTGTAAATATTTGCGGCGACCACCCGCACTTTCGCCATGACTACAAAATGGGTG : 2976 2977 : GCATGAAATGGGGGCTTTTGGGGGGCAACCGCAGAGAATGCTTGACTTTGGCCGGTAAAAAA : 3038 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2977 : GCATGAAATGGGGGCTTTTGGGGGGCAACCGCAGAGAATGCTTGACTTTGGCCGGTAAAAAA : 3038 3039 : CTACGCAGACCACCCACCACCCAACCCGGTTTTTCTCTCTTGGCCACGTTTATTGATGGCGG : 3100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 3039 : CTACGCAGACCACCCACCACCCAACCCGGTTTTTCTCTCTTGGCCACGTTTATTGATGGCGG : 3100 3101 : CGGGAAGTGCTTTAATGGAAATTTAAGTATCATCGTTTAAAATGAAGCAGAAAAGCGCAAGC : 3162 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 3101 : CGGGAAGTGCTTTAATGGAAATTTAAGTATCATCGTTTAAAATGAAGCAGAAAAGCGCAAGC : 3162 3163 : GAACGAAAGACCCTGGAAAATTGCGAGTTGCGACTGGTATTGCGACCCTTGAGCTTTGGTCA : 3224 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 3163 : GAACGAAAGACCCTGGAAAATTGCGAGTTGCGACTGGTATTGCGACCCTTGAGCTTTGGTCA : 3224 3225 : TTGCGTTGGCAACGCAAATTATTATTTTTATTATTATTGCAGGTTTTCGGTGCACATTTATT : 3286 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 3225 : TTGCGTTGGCAACGCAAATTATTATTTTTATTATTATTGCAGGTTTTCGGTGCACATTTATT : 3286 3287 : TCATGCAACTTTACAGCGCTGCACATAGAAATTATGTACAGGCCGCGTGGGCCATAATGCAG : 3348 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 3287 : TCATGCAACTTTACAGCGCTGCACATAGAAATTATGTACAGGCCGCGTGGGCCATAATGCAG : 3348 3349 : ATTGCCAACCCGAGAAGGGTAACTCGGAGTGAAATGGCGGGAATTAGGCAAGCAAACAGGCA : 3410 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 3349 : ATTGCCAACCCGAGAAGGGTAACTCGGAGTGAAATGGCGGGAATTAGGCAAGCAAACAGGCA : 3410 3411 : ACTAAAATATGCAACGCAGGCAGTGGGGAAATTTGATGGGCGCCAGAAAAGGCCGTGAAAAG : 3472 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 3411 : ACTAAAATATGCAACGCAGGCAGTGGGGAAATTTGATGGGCGCCAGAAAAGGCCGTGAAAAG : 3472 3473 : GCCGTAAAACTGGGCCAAGTAATGAGCTACGGCGGCCACACATTAAATATGCAACAATTAAA : 3534 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 3473 : GCCGTAAAACTGGGCCAAGTAATGAGCTACGGCGGCCACACATTAAATATGCAACAATTAAA : 3534 3535 : AG : 3536 || 3535 : AG : 3536 C4 Alignment: ------------ Query: sample Target: sample Model: ungapped:dna2dna Raw score: 108 Query range: 607 -> 634 Target range: 595 -> 622 608 : CTGAAGCTCAACCTGAAGCTCAACCGG : 634 || || ||||||||||||||||||| | 596 : CTCAACCTCAACCTGAAGCTCAACCTG : 622 C4 Alignment: ------------ Query: sample Target: sample Model: ungapped:dna2dna Raw score: 108 Query range: 595 -> 622 Target range: 607 -> 634 596 : CTCAACCTCAACCTGAAGCTCAACCTG : 622 || || ||||||||||||||||||| | 608 : CTGAAGCTCAACCTGAAGCTCAACCGG : 634 C4 Alignment: ------------ Query: sample Target: sample [revcomp] Model: ungapped:dna2dna Raw score: 102 Query range: 2741 -> 2819 Target range: 2819 -> 2741 2742 : ATACAAAATTCTAGAAAGCTAGTCAGTAAACTAGAACTGCAGTTCTCCCCTGCTTATGACAA : 2803 ||||||| | || | | | || | |||||||||||||| | || | | 2819 : ATACAAATTGCTGTTATTGTCATAAGCAGGGGAGAACTGCAGTTCTAGTTTACTGACTAGCT : 2758 2804 : TAACAGCAATTTGTAT : 2819 | || | ||||||| 2757 : TTCTAGAATTTTGTAT : 2742