Mercurial > repos > iuc > exonerate

diff test-data/out.txt @ 0:f48ed38dfddf draft

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/exonerate commit e02d20338ee01ed58265d93e9cc5b0695a322d47
author iuc
date Thu, 02 Aug 2018 09:11:30 -0400
parents
children
line wrap: on
line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/out.txt	Thu Aug 02 09:11:30 2018 -0400
@@ -0,0 +1,288 @@
+
+C4 Alignment:
+------------
+         Query: sample
+        Target: sample
+         Model: ungapped:dna2dna
+     Raw score: 17680
+   Query range: 0 -> 3536
+  Target range: 0 -> 3536
+
+    1 : TGCATCGGTTATTTGCATTGGCTGGCATTTAATTTATGCACAAACACACACGCTGGAACACA :   62
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+    1 : TGCATCGGTTATTTGCATTGGCTGGCATTTAATTTATGCACAAACACACACGCTGGAACACA :   62
+
+   63 : TTAGTCATACGCAACGTTGCACAAATATTTATTAGCTATTGCAAGTCAGTGCGGGGCAAATA :  124
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+   63 : TTAGTCATACGCAACGTTGCACAAATATTTATTAGCTATTGCAAGTCAGTGCGGGGCAAATA :  124
+
+  125 : GCACCGTGAAATGCAAACGAAAGCATTGAGTGTGCTGGCATCATCGATTTAGCAGCCATAAA :  186
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+  125 : GCACCGTGAAATGCAAACGAAAGCATTGAGTGTGCTGGCATCATCGATTTAGCAGCCATAAA :  186
+
+  187 : TACTGCTCAACACTAAATCAATCATACGCAATGTGGTGCTAATTGATTGAGCAAACATTGCC :  248
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+  187 : TACTGCTCAACACTAAATCAATCATACGCAATGTGGTGCTAATTGATTGAGCAAACATTGCC :  248
+
+  249 : AAGATGCAATTGCCATGATCAAGGGGCGAAGGTTTCTTTGGGCCAAACAGAAGAGTGGTTTC :  310
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+  249 : AAGATGCAATTGCCATGATCAAGGGGCGAAGGTTTCTTTGGGCCAAACAGAAGAGTGGTTTC :  310
+
+  311 : GCCACTTAACTAGAGGTTAATTATTAGATTGTATTAGCCAGCTAGCTGCGTACGAGCATATT :  372
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+  311 : GCCACTTAACTAGAGGTTAATTATTAGATTGTATTAGCCAGCTAGCTGCGTACGAGCATATT :  372
+
+  373 : GAGCTACTAATGATACCACAAGTTCGCAGTTATCGCCCCAGTGGAACCCTTGAGCTTAATCC :  434
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+  373 : GAGCTACTAATGATACCACAAGTTCGCAGTTATCGCCCCAGTGGAACCCTTGAGCTTAATCC :  434
+
+  435 : CAGTGCCCCATTAAATACTTAAGCGCGGACCCTCCAGCGCTACTCCACTCGAGCGGTTCAAC :  496
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+  435 : CAGTGCCCCATTAAATACTTAAGCGCGGACCCTCCAGCGCTACTCCACTCGAGCGGTTCAAC :  496
+
+  497 : GAACTGGCCAGCACTCGAAACTAAAGCCCTACCATGATTCAATATCAAGTTGGCAACTCGAA :  558
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+  497 : GAACTGGCCAGCACTCGAAACTAAAGCCCTACCATGATTCAATATCAAGTTGGCAACTCGAA :  558
+
+  559 : ACCCACTTGGCATTAAGTATGACTGACCTGCAGGCGACTCAACCTCAACCTGAAGCTCAACC :  620
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+  559 : ACCCACTTGGCATTAAGTATGACTGACCTGCAGGCGACTCAACCTCAACCTGAAGCTCAACC :  620
+
+  621 : TGAAGCTCAACCGGCGCATTCAGCTCCAGCGTTTTGCATTTAGCATTCAGCCGTGTCCAATG :  682
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+  621 : TGAAGCTCAACCGGCGCATTCAGCTCCAGCGTTTTGCATTTAGCATTCAGCCGTGTCCAATG :  682
+
+  683 : CTAAGATCAATGCCACTCCACGCTGGCTGTGCCAACTTCCTGTTGCAGCAACCACTACTACC :  744
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+  683 : CTAAGATCAATGCCACTCCACGCTGGCTGTGCCAACTTCCTGTTGCAGCAACCACTACTACC :  744
+
+  745 : CTATATGGACACAATGTGCCACGCCACGAGTATAGTGTATCGTACCTACACGAGTATCTGGC :  806
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+  745 : CTATATGGACACAATGTGCCACGCCACGAGTATAGTGTATCGTACCTACACGAGTATCTGGC :  806
+
+  807 : CAGTCCGCAGTCCTAGTTCTTCCCTGCTCCTTTTTATTTAAACACTTCCTCATTTCGCTTTG :  868
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+  807 : CAGTCCGCAGTCCTAGTTCTTCCCTGCTCCTTTTTATTTAAACACTTCCTCATTTCGCTTTG :  868
+
+  869 : TGCCCTGGCATTTGGCAGCTATTCTGTGTCAATTCCCGGTGAGTGTCATTCGAACTGGTGAA :  930
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+  869 : TGCCCTGGCATTTGGCAGCTATTCTGTGTCAATTCCCGGTGAGTGTCATTCGAACTGGTGAA :  930
+
+  931 : CCGGAGAATGGAGCAGTCGCCAGCCGAGGATTCAGAGCCAGAACCCCAAACCCAGAACCCAG :  992
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+  931 : CCGGAGAATGGAGCAGTCGCCAGCCGAGGATTCAGAGCCAGAACCCCAAACCCAGAACCCAG :  992
+
+  993 : AAGGCCAGGTGAATGGGATCGGGATTCACCCAGTCCTCGCTCGCCTGGCTGAGTGCCAAGTG : 1054
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+  993 : AAGGCCAGGTGAATGGGATCGGGATTCACCCAGTCCTCGCTCGCCTGGCTGAGTGCCAAGTG : 1054
+
+ 1055 : TAGTGCAATAAACTTGCCGTCCTGAATGGCTGGCAATCAAAGATCTGAATGCAAGATACGAT : 1116
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 1055 : TAGTGCAATAAACTTGCCGTCCTGAATGGCTGGCAATCAAAGATCTGAATGCAAGATACGAT : 1116
+
+ 1117 : GACATTTACTCGCACATTCAATTGCGCTTTTGATTTGAATATTTACATGCTTTCTGGTCGTA : 1178
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 1117 : GACATTTACTCGCACATTCAATTGCGCTTTTGATTTGAATATTTACATGCTTTCTGGTCGTA : 1178
+
+ 1179 : GTCCCAGTTCCGCAGACTCGAGTCCCTCGGGCTGCCATTCTTTCATGTCCTTTCGTTCTATT : 1240
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 1179 : GTCCCAGTTCCGCAGACTCGAGTCCCTCGGGCTGCCATTCTTTCATGTCCTTTCGTTCTATT : 1240
+
+ 1241 : GACATAGTCAAATTGGCTTTGCTGCACAGCGAGAAAATGTACTTAACTTCCACACAATCCTG : 1302
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 1241 : GACATAGTCAAATTGGCTTTGCTGCACAGCGAGAAAATGTACTTAACTTCCACACAATCCTG : 1302
+
+ 1303 : GCTATTTGCTGCTATGACTGTAAGCATAATTTATTTTAGGGTAAATGGGTGAGTGACCAAAA : 1364
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 1303 : GCTATTTGCTGCTATGACTGTAAGCATAATTTATTTTAGGGTAAATGGGTGAGTGACCAAAA : 1364
+
+ 1365 : GGCATGCCGTGCAGTTCATTTTATCAAAGCACCATGACTAACTGGTACAACCATTTTTTCTG : 1426
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 1365 : GGCATGCCGTGCAGTTCATTTTATCAAAGCACCATGACTAACTGGTACAACCATTTTTTCTG : 1426
+
+ 1427 : CGTGCCTTTCGGGTCAACCGAATCAGGCCCTAATTGATTTTCAAATGTTTCCACAGCGTCTT : 1488
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 1427 : CGTGCCTTTCGGGTCAACCGAATCAGGCCCTAATTGATTTTCAAATGTTTCCACAGCGTCTT : 1488
+
+ 1489 : AAAGTCCAGTCCTTATTTAAACAACTTACTAAGTATTGCAGAGCCTTGGCATACTTAGCTGC : 1550
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 1489 : AAAGTCCAGTCCTTATTTAAACAACTTACTAAGTATTGCAGAGCCTTGGCATACTTAGCTGC : 1550
+
+ 1551 : AGTTATGCATTTCAAGCATAAACAACTAATTTGACTAATTGATAAGCCATGCAAAGGCAAAG : 1612
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 1551 : AGTTATGCATTTCAAGCATAAACAACTAATTTGACTAATTGATAAGCCATGCAAAGGCAAAG : 1612
+
+ 1613 : GCATCTCGAGATGTCTTGAGTCGACTTCACTGCACTTCTGGCCGGCTTGTCTCGGCCTGGTT : 1674
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 1613 : GCATCTCGAGATGTCTTGAGTCGACTTCACTGCACTTCTGGCCGGCTTGTCTCGGCCTGGTT : 1674
+
+ 1675 : GGTTGCGTTTCTGTATCTTTGGCTCCGGCTGTTTGCTTTGTCCATCAACATCTTTTGAGCGG : 1736
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 1675 : GGTTGCGTTTCTGTATCTTTGGCTCCGGCTGTTTGCTTTGTCCATCAACATCTTTTGAGCGG : 1736
+
+ 1737 : AGGCACTCAGGCGCAAACTGTTGCACTTCAGACCAGTCTGGAGAGCAGTGTTCACTAGGATA : 1798
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 1737 : AGGCACTCAGGCGCAAACTGTTGCACTTCAGACCAGTCTGGAGAGCAGTGTTCACTAGGATA : 1798
+
+ 1799 : CGAGTATATACATAGGCTCATGTGGAGCCGGGATCAAGCCACCCCAAACCCCAAACCCCATT : 1860
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 1799 : CGAGTATATACATAGGCTCATGTGGAGCCGGGATCAAGCCACCCCAAACCCCAAACCCCATT : 1860
+
+ 1861 : AATTGCAATCAATTTCGCTGTCAACACACACTCCAAATAACTGCGGGATATTTATTTATGGG : 1922
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 1861 : AATTGCAATCAATTTCGCTGTCAACACACACTCCAAATAACTGCGGGATATTTATTTATGGG : 1922
+
+ 1923 : CTGCGCTTCCCTTCAGCAACCTTTTGCAACTGAATAATTGCCTTATGACACATTATCATTAT : 1984
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 1923 : CTGCGCTTCCCTTCAGCAACCTTTTGCAACTGAATAATTGCCTTATGACACATTATCATTAT : 1984
+
+ 1985 : TATTAAGGCTGCCACGGGTCGGCAAAGTAATCATTACCTCCTGCCCATATCATCCTGCCCCT : 2046
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 1985 : TATTAAGGCTGCCACGGGTCGGCAAAGTAATCATTACCTCCTGCCCATATCATCCTGCCCCT : 2046
+
+ 2047 : GGGCCATGAACCTGGGAATTAGGGAGTCAGCATTGCAGTGCCCACAGCTCCTCTATGCTCAT : 2108
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 2047 : GGGCCATGAACCTGGGAATTAGGGAGTCAGCATTGCAGTGCCCACAGCTCCTCTATGCTCAT : 2108
+
+ 2109 : AAATATATTTCCAGCTGGCAACATTATATAATTATTTTGCCATGGATTGCATTGAACTTAGT : 2170
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 2109 : AAATATATTTCCAGCTGGCAACATTATATAATTATTTTGCCATGGATTGCATTGAACTTAGT : 2170
+
+ 2171 : CCGAGTGCGTCGATGTTGCTCGTTTGCTGTTTGCTGTTTGCTATTTCTGTTTGCACTTCTTG : 2232
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 2171 : CCGAGTGCGTCGATGTTGCTCGTTTGCTGTTTGCTGTTTGCTATTTCTGTTTGCACTTCTTG : 2232
+
+ 2233 : CCGCAGGCGCGCAACTCTTCATGTGGCTTCTTCTCGTTTTTAGGCCAGAATCCAGAAGGCAG : 2294
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 2233 : CCGCAGGCGCGCAACTCTTCATGTGGCTTCTTCTCGTTTTTAGGCCAGAATCCAGAAGGCAG : 2294
+
+ 2295 : CGTTCAGAACCCAGAATCCAGAATCCATGTGATGCCTTTGCGTGAATTTCATTTTAAAGTGC : 2356
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 2295 : CGTTCAGAACCCAGAATCCAGAATCCATGTGATGCCTTTGCGTGAATTTCATTTTAAAGTGC : 2356
+
+ 2357 : AAATATTTGCGGCCTGGCCCGGCCAGTTGCTTAAATGGAAAACTGGGCGAGAAAAAAGAATG : 2418
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 2357 : AAATATTTGCGGCCTGGCCCGGCCAGTTGCTTAAATGGAAAACTGGGCGAGAAAAAAGAATG : 2418
+
+ 2419 : CACTGGTAGCTCACAAACAGCCCACACAGAAACCAGTAATGAAATTGTGCGGCACTCGTCAT : 2480
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 2419 : CACTGGTAGCTCACAAACAGCCCACACAGAAACCAGTAATGAAATTGTGCGGCACTCGTCAT : 2480
+
+ 2481 : TGCGGCACTGGCCTTACATATAAATTATATAAAATATATACACATTTGTTTGGCATTGACCG : 2542
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 2481 : TGCGGCACTGGCCTTACATATAAATTATATAAAATATATACACATTTGTTTGGCATTGACCG : 2542
+
+ 2543 : GCCTACAAAGGAACTGCAGCCAGGGATGCAGCATGGGTATGATTTCCCTATAGTCGTGGCAA : 2604
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 2543 : GCCTACAAAGGAACTGCAGCCAGGGATGCAGCATGGGTATGATTTCCCTATAGTCGTGGCAA : 2604
+
+ 2605 : ATACCTTTAACACGAGTAAGTACAAGTAATGCCCAACTGAGGGCCTTCAAGTAATATTAAGA : 2666
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 2605 : ATACCTTTAACACGAGTAAGTACAAGTAATGCCCAACTGAGGGCCTTCAAGTAATATTAAGA : 2666
+
+ 2667 : GAAGATATTTTTAAACATCTATCTTTTTTAAGGACACACATTCTAACTTTATTTACGAGAGA : 2728
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 2667 : GAAGATATTTTTAAACATCTATCTTTTTTAAGGACACACATTCTAACTTTATTTACGAGAGA : 2728
+
+ 2729 : CACTGGCACCCTCATACAAAATTCTAGAAAGCTAGTCAGTAAACTAGAACTGCAGTTCTCCC : 2790
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 2729 : CACTGGCACCCTCATACAAAATTCTAGAAAGCTAGTCAGTAAACTAGAACTGCAGTTCTCCC : 2790
+
+ 2791 : CTGCTTATGACAATAACAGCAATTTGTATTTAAATTTAGGAATGACCAGGGCTCTTCCGCTC : 2852
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 2791 : CTGCTTATGACAATAACAGCAATTTGTATTTAAATTTAGGAATGACCAGGGCTCTTCCGCTC : 2852
+
+ 2853 : CACCCTGGCCAGTATAATTTGTGCATCTCTAGCCAATACAAACTTATTATATACTTGCAAAA : 2914
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 2853 : CACCCTGGCCAGTATAATTTGTGCATCTCTAGCCAATACAAACTTATTATATACTTGCAAAA : 2914
+
+ 2915 : GTTGTGCACTGTAAATATTTGCGGCGACCACCCGCACTTTCGCCATGACTACAAAATGGGTG : 2976
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 2915 : GTTGTGCACTGTAAATATTTGCGGCGACCACCCGCACTTTCGCCATGACTACAAAATGGGTG : 2976
+
+ 2977 : GCATGAAATGGGGGCTTTTGGGGGGCAACCGCAGAGAATGCTTGACTTTGGCCGGTAAAAAA : 3038
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 2977 : GCATGAAATGGGGGCTTTTGGGGGGCAACCGCAGAGAATGCTTGACTTTGGCCGGTAAAAAA : 3038
+
+ 3039 : CTACGCAGACCACCCACCACCCAACCCGGTTTTTCTCTCTTGGCCACGTTTATTGATGGCGG : 3100
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 3039 : CTACGCAGACCACCCACCACCCAACCCGGTTTTTCTCTCTTGGCCACGTTTATTGATGGCGG : 3100
+
+ 3101 : CGGGAAGTGCTTTAATGGAAATTTAAGTATCATCGTTTAAAATGAAGCAGAAAAGCGCAAGC : 3162
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 3101 : CGGGAAGTGCTTTAATGGAAATTTAAGTATCATCGTTTAAAATGAAGCAGAAAAGCGCAAGC : 3162
+
+ 3163 : GAACGAAAGACCCTGGAAAATTGCGAGTTGCGACTGGTATTGCGACCCTTGAGCTTTGGTCA : 3224
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 3163 : GAACGAAAGACCCTGGAAAATTGCGAGTTGCGACTGGTATTGCGACCCTTGAGCTTTGGTCA : 3224
+
+ 3225 : TTGCGTTGGCAACGCAAATTATTATTTTTATTATTATTGCAGGTTTTCGGTGCACATTTATT : 3286
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 3225 : TTGCGTTGGCAACGCAAATTATTATTTTTATTATTATTGCAGGTTTTCGGTGCACATTTATT : 3286
+
+ 3287 : TCATGCAACTTTACAGCGCTGCACATAGAAATTATGTACAGGCCGCGTGGGCCATAATGCAG : 3348
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 3287 : TCATGCAACTTTACAGCGCTGCACATAGAAATTATGTACAGGCCGCGTGGGCCATAATGCAG : 3348
+
+ 3349 : ATTGCCAACCCGAGAAGGGTAACTCGGAGTGAAATGGCGGGAATTAGGCAAGCAAACAGGCA : 3410
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 3349 : ATTGCCAACCCGAGAAGGGTAACTCGGAGTGAAATGGCGGGAATTAGGCAAGCAAACAGGCA : 3410
+
+ 3411 : ACTAAAATATGCAACGCAGGCAGTGGGGAAATTTGATGGGCGCCAGAAAAGGCCGTGAAAAG : 3472
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 3411 : ACTAAAATATGCAACGCAGGCAGTGGGGAAATTTGATGGGCGCCAGAAAAGGCCGTGAAAAG : 3472
+
+ 3473 : GCCGTAAAACTGGGCCAAGTAATGAGCTACGGCGGCCACACATTAAATATGCAACAATTAAA : 3534
+        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ 3473 : GCCGTAAAACTGGGCCAAGTAATGAGCTACGGCGGCCACACATTAAATATGCAACAATTAAA : 3534
+
+ 3535 : AG : 3536
+        ||
+ 3535 : AG : 3536
+
+
+C4 Alignment:
+------------
+         Query: sample
+        Target: sample
+         Model: ungapped:dna2dna
+     Raw score: 108
+   Query range: 607 -> 634
+  Target range: 595 -> 622
+
+ 608 : CTGAAGCTCAACCTGAAGCTCAACCGG : 634
+       || || ||||||||||||||||||| |
+ 596 : CTCAACCTCAACCTGAAGCTCAACCTG : 622
+
+
+C4 Alignment:
+------------
+         Query: sample
+        Target: sample
+         Model: ungapped:dna2dna
+     Raw score: 108
+   Query range: 595 -> 622
+  Target range: 607 -> 634
+
+ 596 : CTCAACCTCAACCTGAAGCTCAACCTG : 622
+       || || ||||||||||||||||||| |
+ 608 : CTGAAGCTCAACCTGAAGCTCAACCGG : 634
+
+
+C4 Alignment:
+------------
+         Query: sample
+        Target: sample [revcomp]
+         Model: ungapped:dna2dna
+     Raw score: 102
+   Query range: 2741 -> 2819
+  Target range: 2819 -> 2741
+
+ 2742 : ATACAAAATTCTAGAAAGCTAGTCAGTAAACTAGAACTGCAGTTCTCCCCTGCTTATGACAA : 2803
+        ||||||| | ||   |   |  | || |    ||||||||||||||    | || |  |   
+ 2819 : ATACAAATTGCTGTTATTGTCATAAGCAGGGGAGAACTGCAGTTCTAGTTTACTGACTAGCT : 2758
+
+ 2804 : TAACAGCAATTTGTAT : 2819
+        |   || | |||||||
+ 2757 : TTCTAGAATTTTGTAT : 2742
+