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--- a/flash.xml Wed Oct 04 16:03:42 2017 -0400 +++ b/flash.xml Thu Oct 19 17:32:41 2017 -0400 @@ -1,12 +1,12 @@ <?xml version="1.0"?> -<tool id="flash" name="FLASH" version="@VERSION@.1"> +<tool id="flash" name="FLASH" version="@VERSION@.2"> <description>adjust length of short reads</description> + <macros> + <token name="@VERSION@">1.2.11</token> + </macros> <requirements> <requirement type="package" version="@VERSION@">flash</requirement> </requirements> - <macros> - <token name="@VERSION@">1.2.11</token> - </macros> <version_command>flash --version | head -n 1</version_command> <command detect_errors="aggressive"> <![CDATA[ @@ -17,23 +17,30 @@ $allow_outies #if $layout.select_layout == 'individual': '$layout.forward' '$layout.reverse' + #set $input = $layout.forward #else: '$layout.reads.forward' '$layout.reads.reverse' + #set $input = $layout.reads.forward + #end if + #if $input.dataset.extension == 'fastqsanger': + -p 33 + #else: + -p 64 #end if ]]> </command> <inputs> <conditional name="layout"> - 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--- a/test-data/flash_forward_in1.fastq Wed Oct 04 16:03:42 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,2000 +0,0 @@ -@chrM_460_919_3:0:0_1:0:0_0/1 -CGACTCATCTAGGCATTTTCAGTGCCTTGCTTTATATGTTTAAGCTACATTAACTGGGATGTGGGGCTAACGTAGACATGTAAAATGTTGATCGATAGGGACGAATTAGAGTCAGGTCGGTATATCTATAGATAACTGCGAACAGAGTTATGATTTAGTATTAGTAGCTAGTAATAATAGGGGATTGGTAAGCTTATAAG -+ -22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 -@chrM_7564_8021_3:0:0_2:0:0_1/1 -GAAATACGATTTCCTCAATGGGCTCTTTCCTCTCATTAACAGCAGACATGTTAATAGTTTTCATAGTGTGAGAAGCTTTCGCATCCAAGCTAGAAGTGGCCATAGTAGAACTAACCACAACTAATCTTGAATGATTGCATGGATGTCCTCCTCCGTACCACACATTTGAAGAGCCAACTTACGTACTATTAAAATAAGAA -+ 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