Mercurial > repos > iuc > pygenometracks
diff test-data/testpyGT.sh @ 9:2824d77cd8f8 draft
"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/pygenometracks commit d1b394c8e588a78d1b94e3e57922f7ce684ac835"
| author | iuc |
|---|---|
| date | Wed, 18 Nov 2020 21:33:46 +0000 |
| parents | 4ac4e7083b7e |
| children | 7dd841a32245 |
line wrap: on
line diff
--- a/test-data/testpyGT.sh Tue Jul 21 03:32:48 2020 -0400 +++ b/test-data/testpyGT.sh Wed Nov 18 21:33:46 2020 +0000 @@ -1,23 +1,24 @@ . <(planemo conda_env pyGenomeTracks.xml) -# pgt --tracks test-data/test1.ini --region chrX:3000000-3500000 -o test-data/master_TADs_plot.png -# pgt --tracks test-data/test2.ini --region chrX:3000000-3500000 -o test-data/bigwig_multiple.png -# pgt --tracks test-data/test3.ini --region chrX:3000000-3500000 -o test-data/master_TADs_BW_plot.png -# pgt --tracks test-data/test4.ini --region X:2700000-3100000 -o test-data/test_alpha.png -# pgt --tracks test-data/test5.ini --region X:3000000-3300000 -o test-data/test_gtf_bed4.png -# pgt --tracks test-data/test6.ini --region X:2760000-2802000 -o test-data/test_narrowPeak.png -# pgt --tracks test-data/test7.ini --region chrX:3300000-3500000 -o test-data/test_gtf_flybase_param.png -# pgt --tracks test-data/test8.ini --region chrX:3300000-3500000 -o test-data/test_ucsc_param.png -# pgt --tracks test-data/test9.ini --region X:3133000-3138000 -o test-data/test_arrowhead_zoom.png -# pgt --tracks test-data/test10.ini --region X:3340000-3380000 -o test-data/test_middle_triangle.png -# pgt --tracks test-data/test11.ini --region chrX:3250000-3400000 -o test-data/test_TADs_bdgm.png -# pgt --tracks test-data/test12.ini --region chrX:3000000-3300000 -o test-data/test_link.png -# pgt --tracks test-data/test13.ini --region chrX:3000000-3300000 -o test-data/test_link2.png -# pgt --tracks test-data/test14.ini --region chrX:3000000-3300000 --title "Scale bar" --trackLabelFraction 0.5 --trackLabelHAlign center -o test-data/test_scale_bar.png -# pgt --tracks test-data/test15.ini --region chrX:3300000-3500000 -o test-data/test_tssarrow.png -# pgt --tracks test-data/test4.ini --region chrX:2700000-3100000 --decreasingXAxis -o test-data/test_alpha_dec.png -# pgt --tracks test-data/test17.ini --region chr2:73,800,000-75,744,000 -o test-data/test_log.png -# pgt --tracks test-data/test18.ini --region chrX:2700000-3100000 -o test-data/test_operation.png -# pgt --tracks test-data/test19.ini --region chr2:73,800,000-75,744,000 -o test-data/test_log_grid.png -pgt --tracks test-data/test20.ini --region chrX:3000000-3300000 -o test-data/test_arcs_use_middle.png +pgt --tracks test-data/test1.ini --region chrX:3000000-3500000 --fontSize 12 -o test-data/master_TADs_plot.png +pgt --tracks test-data/test2.ini --region chrX:3000000-3500000 --fontSize 12 -o test-data/bigwig_multiple.png +pgt --tracks test-data/test3.ini --region chrX:3000000-3500000 --fontSize 12 -o test-data/master_TADs_BW_plot.png +pgt --tracks test-data/test4.ini --region X:2700000-3100000 --fontSize 12 -o test-data/test_alpha.png +pgt --tracks test-data/test5.ini --region X:3000000-3300000 --fontSize 12 -o test-data/test_gtf_bed4.png +pgt --tracks test-data/test6.ini --region X:2760000-2802000 --fontSize 12 -o test-data/test_narrowPeak.png +pgt --tracks test-data/test7.ini --region chrX:3300000-3500000 --fontSize 12 -o test-data/test_gtf_flybase_param.png +pgt --tracks test-data/test8.ini --region chrX:3300000-3500000 --fontSize 12 -o test-data/test_ucsc_param.png +pgt --tracks test-data/test9.ini --region X:3133000-3138000 --fontSize 12 -o test-data/test_arrowhead_zoom.png +pgt --tracks test-data/test10.ini --region X:3340000-3380000 --fontSize 12 -o test-data/test_middle_triangle.png +pgt --tracks test-data/test11.ini --region chrX:3250000-3400000 --fontSize 12 -o test-data/test_TADs_bdgm.png +pgt --tracks test-data/test12.ini --region chrX:3000000-3300000 --fontSize 12 -o test-data/test_link.png +pgt --tracks test-data/test13.ini --region chrX:3000000-3300000 --fontSize 12 -o test-data/test_link2.png +pgt --tracks test-data/test14.ini --region chrX:3000000-3300000 --fontSize 12 --title "Scale bar" --trackLabelFraction 0.5 --trackLabelHAlign center -o test-data/test_scale_bar.png +pgt --tracks test-data/test15.ini --region chrX:3300000-3500000 --fontSize 12 -o test-data/test_tssarrow.png +pgt --tracks test-data/test4.ini --region chrX:2700000-3100000 --fontSize 12 --decreasingXAxis -o test-data/test_alpha_dec.png +pgt --tracks test-data/test17.ini --region chr2:73,800,000-75,744,000 --fontSize 12 -o test-data/test_log.png +pgt --tracks test-data/test18.ini --region chrX:2700000-3100000 --fontSize 12 -o test-data/test_operation.png +pgt --tracks test-data/test19.ini --region chr2:73,800,000-75,744,000 --fontSize 12 -o test-data/test_log_grid.png +pgt --tracks test-data/test20.ini --region chrX:3000000-3300000 --fontSize 12 -o test-data/test_arcs_use_middle.png +pgt --tracks test-data/test21.ini --region X:3000000-3600000 --fontSize 12 --trackLabelFraction 0.3 --plotWidth 12 --dpi 20 -o test-data/master_scale_bar_startend.png conda_env_deactivate