--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/alignment_result1.fasta	Thu May 21 03:58:09 2015 -0400
@@ -0,0 +1,128 @@
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+
+ Query 1504nt >RF00177;SSU_rRNA_bacteria;CP001742.1/177780-176277   666510:Acidilobus saccharovorans 345-15
+Target 1497nt >RF01959;SSU_rRNA_archaea;CP001742.1/177775-176279   666510:Acidilobus saccharovorans 345-15
+
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+
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+           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+
+Qry  134 + GAUAACCCCGGGAAACUGGGGCUAAUCCCCGAUAGGCGAGGGGGCCUGGAAUGGUCCCUCGCCG 197
+           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+
+Qry  198 + AAAGGGACCCUGGGGGGUUAUCGCCUGGGGUCCGCCCGAGGAUGGGGCUGCGGCCCAUCAUGGU 261
+           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+
+Qry  262 + AGUUGGCGGGGUAAUGGCCCGCCAAGCCGACGACGGGUAGGGGCCGUGGGAGCGGGAGCCCCCA 325
+           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+
+Qry  326 + GAUGGGCCCUGAGACAAGGGCCCAGGCCCUACGGGGCGCACCAGGCGCGAAACCUCCGCAAUGC 389
+           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+
+Qry  390 + GGGAAACCGUGACGGGGUCACCCCGAGUGCUCCCGUAAGGGAGCUUUUCCCCGCUGCAAGGAGG 453
+           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+
+Qry  454 + CGGGGGAAUAAGCGGGGGGCAAGUCUGGUGUCAGCCGCCGCGGUAAUACCAGCCCCGCGAGUGG 517
+           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+Tgt  449 + CGGGGGAAUAAGCGGGGGGCAAGUCUGGUGUCAGCCGCCGCGGUAAUACCAGCCCCGCGAGUGG 512
+
+Qry  518 + UCGGGACGUCUACUGGGCCUAAAGCGCCCGUAGCCGGCCCCGUAAGUCCCUCCUGAAAGCCCUG 581
+           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+
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+           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+Tgt  577 + GGCUCAACCCAGGGAGUGGGGGGGAUACUGCGGGGCUAGGGGGCGGGAAAGGCCGGGGGUACCC 640
+
+Qry  646 + CAGGGGUAGGGGCGAAAUCCGAUAAUCCCUGGGGGACCACCAGUGGCGAAAGCGCCCGGCUGGA 709
+           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+Tgt  641 + CAGGGGUAGGGGCGAAAUCCGAUAAUCCCUGGGGGACCACCAGUGGCGAAAGCGCCCGGCUGGA 704
+
+Qry  710 + ACGCGCCCGACGGUGAGGGGCGAAAGCCGGGGGAGCGAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCC 773
+           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+
+Qry  774 + GGCUGUAAACGAUGCGGGCUAGGUGUCGGGCGGGCGUUAGAGCCCGCCCGGUGCCGCAGGGAAG 837
+           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+Tgt  769 + GGCUGUAAACGAUGCGGGCUAGGUGUCGGGCGGGCGUUAGAGCCCGCCCGGUGCCGCAGGGAAG 832
+
+Qry  838 + CCGUUAAGCCCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGCUGAAACUUUAAGGAAUUGGCGGGGGG 901
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+
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+           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+
+Qry  966 + AGCAGGAUGACGGCCAGGCUAACGACCUUGCCCGACGCGCUGAGGGGAGGUGCAUGGCCGUCGC 1029
+           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+
+Qry 1030 + CAGCUCGUGCUGUGAAGUGUCCUGUUAAGUCAGGCAACGAGCGAGACCCCCGCCCCUAGUUGCG 1093
+           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+
+Qry 1094 + ACCCGGCGGGAGACCGCUGGGGCACACUAGGGGGACUGCCGCCGCUAAGGCGGAGGAAGGAGGG 1157
+           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+
+Qry 1158 + GGCCACGGCAGGUCAGCAUGCCCCUAAACCCCCGGGCUGCACGCGGGCUACAAUGGCGGGGACA 1221
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+
+Qry 1222 + GCGGGAUCCGACCCCGAAAGGGGGAGGCAAUCCCUCAAACCCCGCCGUAGUCGGGAUUGGGGGC 1285
+           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+
+Qry 1286 + UGUAACUCGCCCCCAUGAACCUGGAAUCCCUAGUAACCGCGCGUCAACAUCGCGCGGUGAAUAC 1349
+           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+
+Qry 1350 + GUCCCUGCCCCUUGUACACACUGCCCGUCGCUCCACCUGAGAGAAGGAGGGGUGAGGCUUCCUC 1413
+           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+Tgt 1345 + GUCCCUGCCCCUUGUACACACUGCCCGUCGCUCCACCUGAGAGAAGGAGGGGUGAGGCUUCCUC 1408
+
+Qry 1414 + CUUCGGGAGGGAGUCGAACCCCUCCUUCUCGAGGGGGGAGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGG 1477
+           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+Tgt 1409 + CUUCGGGAGGGAGUCGAACCCCUCCUUCUCGAGGGGGGAGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGG 1472
+
+Qry 1478 + GGAACCUGCGGCUGGAUCACCUCUC 1502
+           |||||||||||||||||||||||||
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+
+1497 cols, 1497 ids (100.0%), 0 gaps (0.0%)
+
+Query >RF00423;SCARNA4;AAVX01260432.1/2253-2118   7868:Callorhinchus milii (ghost shark)
+ %Id   TLen  Target
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+
+ Query 136nt >RF00423;SCARNA4;AAVX01260432.1/2253-2118   7868:Callorhinchus milii (ghost shark)
+Target 134nt >RF00426;SCARNA15;AAVX01260432.1/2252-2119   7868:Callorhinchus milii (ghost shark)
+
+Qry   2 + UCGGAGGAAUAAGAAAGCACAGUCUCGAGAGUGUCCAUGACUUUGCUGAUACUCUCCUCCUAUA 65
+          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+Tgt   1 + UCGGAGGAAUAAGAAAGCACAGUCUCGAGAGUGUCCAUGACUUUGCUGAUACUCUCCUCCUAUA 64
+
+Qry  66 + GAAAAGUGGUGGAAGAACAGGUCUUCUCUUGUGGCUGUGGAGUUCUGACCUACUUAAUCCACUC 129
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+          ||||||
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