Mercurial > repos > lehmanju > rnaquast
changeset 5:3a150fca6d60 draft
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| author | lehmanju |
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<expand macro="element_matching_line" name="alignment_multiplicity" expression="unaligned=\d+ aligned=\d+ alignments=\d+\s*"/> - <expand macro="element_matching_line" name="alignments_per_isoform" expression="avg=[\d.]+\s*"/> - <expand macro="element_matching_line" name="basic_metrics" expression="\s*== BASIC TRANSCRIPTS METRICS \(calculated without reference genome and gene database\) ==\s*"/> - <expand macro="element_matching_line" name="block_length" expression="avg=[\d.]+\s*"/> - <expand macro="element_matching_line" name="blocks_per_alignment" expression="avg=[\d.]+\s+tot=\d+\s*"/> - <expand macro="element_matching_line" name="database_metrics" expression="\s*== GENE DATABASE METRICS ==\s*"/> - <expand macro="element_matching_line" name="misassemblies" expression="\s*== ALIGNMENT METRICS FOR MISASSEMBLED \(CHIMERIC\) TRANSCRIPTS \(calculated with reference genome or with gene database\) ==\s*"/> - <expand macro="element_matching_line" name="mismatch_rate" expression="avg=[\d.]+\s+tot=\d+\s*"/> - <expand macro="element_matching_line" name="sensitivity" expression="\s*== ASSEMBLY COMPLETENESS \(SENSITIVITY\) ==\s*"/> - <expand macro="element_matching_line" name="specificity" expression="\s*== ASSEMBLY SPECIFICITY ==\s*"/> - <expand macro="element_matching_line" name="transcript_length" expression="avg=[\d.]+\s*"/> - <expand macro="element_matching_line" name="x-aligned" expression="avg=[\d.]+\s*"/> - <expand macro="element_matching_line" name="x-assembled" expression="avg=[\d.]+\s*"/> - <expand macro="element_matching_line" name="x-assembled_exons" expression="avg=[\d.]+\s*"/> - <expand macro="element_matching_line" name="x-covered" expression="avg=[\d.]+\s*"/> - <expand macro="element_matching_line" name="x-covered_exons" expression="avg=[\d.]+\s*"/> - <expand macro="element_matching_line" name="x-matched" expression="avg=[\d.]+\s*"/> - <expand macro="element_matching_line" name="x-matched_blocks" expression="avg=[\d.]+\s*"/> - </element> - </xml> - - <xml name="txt_output_test" token_assembler=""> - 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#import re - #for $i in $in_fasta - ln -s '$i' '${re.sub('[^\w\-.]', '_', i.element_identifier)}' && - #end for - #if $r - #for $rf in $r - ln -s '$rf' '${re.sub('[^\w\-.]', '_', rf.element_identifier)}' && - #end for - #end if - #if $gene_coordinates.use_gtf == "true" - #for $g in $gene_coordinates.gtf - ln -s '$g' '${re.sub('[^\w\-.]', '_', g.element_identifier)}' && - #end for - #end if - mkdir outputdir && - rnaQUAST.py - --threads \${GALAXY_SLOTS:-1} - --transcripts - #for $i in $in_fasta - '${re.sub('[^\w\-.]', '_', i.element_identifier)}' - #end for - $strand_specific - #if $r - -r - #for $rf in $r - '${re.sub('[^\w\-.]', '_', rf.element_identifier)}' - #end for - #end if - #if $gene_coordinates.use_gtf == "true" - --gtf - #for $g in $gene_coordinates.gtf - '${re.sub('[^\w\-.]', '_', g.element_identifier)}' - #end for - $gene_coordinates.disable_infer_genes - $gene_coordinates.disable_infer_transcripts - #end if - $prokaryote - --min_alignment '$min_alignment' - #if "pdf" not in $out_sr and "plots" not in $out_add - --no_plots - #end if - $blat - $busco_lineage - ##GeneMarkS-T is not available in conda $gene_mark - $meta - --lower_threshold $lower_threshold - --upper_threshold $upper_threshold - -o outputdir - && mkdir details - ## move per outputs that are generated for each input (outputdir/ASSEMBLER_output) - ## to a joint dir (details) to make them discoverable - ## also remove "ASSEMBLER." prefixes from files (otherwise the test macros don't work) - #for $i in $in_fasta - #set basename = os.path.splitext(re.sub('[^\w\-.]', '_', $i.element_identifier))[0] - && - (for f in \$(find 'outputdir/'$basename'_output' -type f); - do - d=\$(dirname \$f | cut -d"/" -f2 | cut -d'_' -f1) && - mv \$f details/"\$d"_____"\$(basename \$f | sed 's/$basename\.//')"; - done) - #end for - ## rename .list files to .txt files to make them detectable (format detection by extension) - ## the final `true` seems needed since otherwise the `;` at the end is swallowed - && find details/ -name "*.list" -exec mv {} {}.txt \; - && true - ]]></command> - <inputs> - <param name="in_fasta" type="data" format="fasta" multiple="true" label="Chromosomes/scaffolds file"/> - <param name="strand_specific" argument="-ss" type="boolean" truevalue="-ss" falsevalue="" checked="false" label="Strand-specific"/> - <param name="r" optional="true" argument="-r" type="data" format="fasta" multiple="true" label="Reference genome" /> - <conditional name="gene_coordinates"> - <param name="use_gtf" type="select" label="Use file with gene coordinates in GTF/GFF format?" help="We recommend to use files downloaded from GENCODE or Ensembl."> - <option value="true" selected="true">Yes</option> - <option value="false">No</option> - </param> - <when value="true"> - <param name="gtf" argument="--gtf" type="data" format="gtf,gff,gff3" multiple="true" label="GTF/GFF file"/> - <param argument="--disable_infer_genes" type="boolean" truevalue="--disable_infer_genes" falsevalue="" checked="false" label=" GTF file contains genes records?"/> - <param argument="--disable_infer_transcripts" type="boolean" truevalue="--disable_infer_transcripts" falsevalue="" checked="false" label="GTF file contains transcripts records?"/> - 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Use this option to provide path to the BUSCO lineage data (Eukaryota, Metazoa, Arthropoda, Vertebrata or Fungi)."/> - <!-- GeneMarkS-T is not available in conda <param argument="\-\-gene_mark" type="boolean" truevalue="\-\-gene_mark" falsevalue="" checked="false" label="Run with GeneMarkS-T gene prediction tool?"/>--> - <param argument="--meta" type="boolean" truevalue="--meta" falsevalue="" checked="false" label="Meta Transcriptome" help="Run quality asessment for Meta Transcriptome"/> - <param argument="--lower_threshold" type="integer" value="50" label="Lower threshold for x_assembled/covered/matched metrics."/> - <param argument="--upper_threshold" type="integer" value="95" label="Upper threshold for x_assembled/covered/matched metrics."/> - <param name="out_sr" type="select" multiple="true" label="Short report formats"> - <option value="tsv" selected="true">tabular</option> - <option value="txt">txt</option> - <option value="tex">tex</option> - <option value="pdf" selected="true">pdf</option> - </param> - <param name="out_add" type="select" multiple="true" label="Additional outputs"> - <option value="logs">Logs</option> - <option value="plots" selected="true">Plots (only for n>1)</option> - <option value="comparison" selected="true">Comparison for Chromosomes/scaffolds files (only for n>1)</option> - <option value="details" selected="true">Details per Chromosomes/scaffolds file</option> - <option value="details_plots" selected="true">Details per Chromosomes/scaffolds file as plot</option> - </param> - </inputs> - - <outputs> - <data name="short_report_pdf" format="pdf" label="${tool.name} on ${on_string}: pdf report" from_work_dir="outputdir/short_report.pdf"> - <filter>"pdf" in out_sr</filter> - </data> - <data name="short_report_txt" format="txt" label="${tool.name} on ${on_string}: txt report" from_work_dir="outputdir/short_report.txt"> - <filter>"txt" in out_sr</filter> - </data> - <data name="short_report_tex" format="txt" label="${tool.name} on ${on_string}: tex report" from_work_dir="outputdir/short_report.tex"> - <filter>"tex" in out_sr</filter> - </data> - <data name="short_report_tsv" format="tabular" label="${tool.name} on ${on_string}: tsv report" from_work_dir="outputdir/short_report.tsv"> - <filter>"tsv" in out_sr</filter> - </data> - <collection name="list_logs" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: logs" > - <discover_datasets ext="txt" pattern="(?P<name>.+)\.log" directory="outputdir/logs/" visible="false" /> - <filter>"logs" in out_add</filter> - </collection> - <!-- note the output filter of the next two outputs checks if there is - more than 1 input for in_fasta (for 1 its a HDA, for more list or HDAs) --> - <collection name="comparison_png" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: comparison plots" > - <discover_datasets ext="png" pattern="(?P<name>.+)\.png" directory="outputdir/comparison_output/" visible="false" recurse="true"/> - <filter> isinstance(in_fasta, list) and "plots" in out_add</filter> - </collection> - <collection name="comparison" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: comparison" > - <discover_datasets ext="txt" pattern="(?P<name>.+)\.txt" directory="outputdir/comparison_output/" visible="false" recurse="true" /> - <filter> isinstance(in_fasta, list) and "comparison" in out_add</filter> - </collection> - <collection name="details" type="list:list" label="${tool.name} on ${on_string}: detailed output"> - <discover_datasets pattern="(?P<identifier_0>.+)_____(?P<identifier_1>.+)\.(?P<ext>txt)" directory="details/" visible="false"/> - <filter>"details" in out_add</filter> - </collection> - <collection name="details_png" type="list:list" label="${tool.name} on ${on_string}: detailed output plots"> - <discover_datasets pattern="(?P<identifier_0>.+)_____(?P<identifier_1>.+)\.(?P<ext>png)" directory="details/" visible="false"/> - <filter>"details_plots" in out_add</filter> - </collection> - </outputs> - <tests> - <test expect_num_outputs="7"> - <param name="in_fasta" value="idba.fasta,Trinity.fasta" ftype="fasta" /> - <param name="r" value="Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.75.dna.toplevel.fa" ftype="fasta" /> - <conditional name="gene_coordinates"> - <param name="use_gtf" value="true" /> - <param name="gtf" value="Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.75.gtf" ftype="gtf" /> - <param name="disable_infer_genes" value="true"/> - <param name="disable_infer_transcripts" value="true"/> - </conditional> - <param name="out_sr" value="txt,tex,tsv" /> - <param name="out_add" value="logs,comparison,plots,details" /> - <expand macro="txt_output_test"/> - <expand macro="tex_output_test"/> - <expand macro="tsv_output_test"/> - <output_collection name="comparison_png" type="list" count="15"/> - <output_collection name="comparison" type="list" count="19"/> - <output_collection name="list_logs" type="list" count="8"/> - <output_collection name="details" type="list:list" count="2"> - <expand macro="details_output_test" assembler="Trinity"/> - <expand macro="details_output_test" assembler="idba"/> - </output_collection> - </test> - <test expect_num_outputs="6"> - <param name="in_fasta" value="Trinity.fasta" ftype="fasta" /> - 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</tests> - <help><![CDATA[ -**What is rnaQUAST** -- a quality assessment tool for de novo transcriptome assemblies -- evaluating RNA-Seq assembly quality and benchmarking transcriptome assemblers using reference genome and gene database -- calculates various metrics that demonstrate completeness and correctness levels of the assembled transcripts -**Using rnaQuast without reference** you wont get: -- x-assembled (Exons) -- Alignments per Isoform -- x-covered (Exons) -- x-matched (Blocks) -- gmap build logs -**Using rnaQuast with reference** you will get: -- Reports -- Logs -- Alignement/Basic Metrics -- Misassemblies/ Specificity/ Sensitivity -- Alignment multiplicity -- Block/ Transcript Lentgh -- Blocks per alignment -- Mismatch rate -- x-aligned -- Nx -- Blocks per alignment -- gmap build logs -**Using rnaQuast without gene coordinates** you wont get: -- x-assembled (Exons) -- Alignments per Isoform -- x-covered (Exons) -- x-matched (Blocks) -- gmap build logs -- Database Metrics -- Alignment multiplicity -- Mismatch rate -- NAx -- x-aligned -**Using rnaQuast with gene coordinates** you will get: -- Reports -- Logs -- Alignement/Basic Metrics -- Misassemblies/Specificity/Sensitivity -- Alignment multiplicity -- Block/Transcript length -- Blocks per alignment -- Mismatch rate -- x-aligned -- Nx/NAx -- gmap build logs -- Database Metrics -- Alignment multiplicity -More informations, see citations. - ]]></help> - <citations> - <citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btw218 </citation> - </citations> -</tool>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/rnaquast/.shed.yml Fri Oct 16 06:23:34 2020 +0000 @@ -0,0 +1,7 @@ +categories: [Assembly,RNA] +description: rnaQuast (RNA Quality Assessment Tool) evaluates genome assemblies. +remote_repository_url: https://git.ufz.de/lehmanju/rnaquast +homepage_url: https://github.com/ablab/rnaquast +name: rnaquast +owner: lehmanju +long_description: rnaQUAST is a tool for evaluating RNA-Seq assemblies using reference genome and gene database. In addition, rnaQUAST is also capable of estimating gene database coverage by raw reads and de novo quality assessment using third-party software.
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$gene_coordinates.use_gtf == "true" + --gtf + #for $g in $gene_coordinates.gtf + '${re.sub('[^\w\-.]', '_', g.element_identifier)}' + #end for + $gene_coordinates.disable_infer_genes + $gene_coordinates.disable_infer_transcripts + #end if + $prokaryote + --min_alignment '$min_alignment' + #if "pdf" not in $out_sr and "plots" not in $out_add + --no_plots + #end if + $blat + $busco_lineage + ##GeneMarkS-T is not available in conda $gene_mark + $meta + --lower_threshold $lower_threshold + --upper_threshold $upper_threshold + -o outputdir + && mkdir details + ## move per outputs that are generated for each input (outputdir/ASSEMBLER_output) + ## to a joint dir (details) to make them discoverable + ## also remove "ASSEMBLER." prefixes from files (otherwise the test macros don't work) + #for $i in $in_fasta + #set basename = os.path.splitext(re.sub('[^\w\-.]', '_', $i.element_identifier))[0] + && + (for f in \$(find 'outputdir/'$basename'_output' -type f); + do + d=\$(dirname \$f | cut -d"/" -f2 | cut -d'_' -f1) && + mv \$f details/"\$d"_____"\$(basename \$f | sed 's/$basename\.//')"; + done) + #end for + ## rename .list files to .txt files to make them detectable (format detection by extension) + ## the final `true` seems needed since otherwise the `;` at the end is swallowed + && find details/ -name "*.list" -exec mv {} {}.txt \; + && true + ]]></command> + <inputs> + <param name="in_fasta" type="data" format="fasta" multiple="true" label="Chromosomes/scaffolds file"/> + <param name="strand_specific" argument="-ss" type="boolean" truevalue="-ss" falsevalue="" checked="false" label="Strand-specific"/> + <param name="r" optional="true" argument="-r" type="data" format="fasta" multiple="true" label="Reference genome" /> + <conditional name="gene_coordinates"> + <param name="use_gtf" type="select" label="Use file with gene coordinates in GTF/GFF format?" help="We recommend to use files downloaded from GENCODE or Ensembl."> + <option value="true" selected="true">Yes</option> + <option value="false">No</option> + </param> + <when value="true"> + <param name="gtf" argument="--gtf" type="data" format="gtf,gff,gff3" multiple="true" label="GTF/GFF file"/> + <param argument="--disable_infer_genes" type="boolean" truevalue="--disable_infer_genes" falsevalue="" checked="false" label=" GTF file contains genes records?"/> + <param argument="--disable_infer_transcripts" type="boolean" truevalue="--disable_infer_transcripts" falsevalue="" checked="false" label="GTF file contains transcripts records?"/> + </when> + <when value="false"> + </when> + </conditional> + <param argument="--prokaryote" type="boolean" truevalue="--prokaryote" falsevalue="" checked="false" label="Is genome prokararyotic?"/> + <param argument="--min_alignment" type="integer" value="50" label="Minimal alignment length to be used"/> + <param argument="--blat" type="boolean" truevalue="--blat" falsevalue="" checked="false" label="Run with BLAT alignment tool instead of GMAP?" /> + <param argument="--busco_lineage" type="boolean" truevalue="--busco_lineage" falsevalue="" checked="false" label="Run BUSCO tool?" help="The BUSCO tool detects core genes in the assembly. Use this option to provide path to the BUSCO lineage data (Eukaryota, Metazoa, Arthropoda, Vertebrata or Fungi)."/> + <!-- GeneMarkS-T is not available in conda <param argument="\-\-gene_mark" type="boolean" truevalue="\-\-gene_mark" falsevalue="" checked="false" label="Run with GeneMarkS-T gene prediction tool?"/>--> + <param argument="--meta" type="boolean" truevalue="--meta" falsevalue="" checked="false" label="Meta Transcriptome" help="Run quality asessment for Meta Transcriptome"/> + <param argument="--lower_threshold" type="integer" value="50" label="Lower threshold for x_assembled/covered/matched metrics."/> + <param argument="--upper_threshold" type="integer" value="95" label="Upper threshold for x_assembled/covered/matched metrics."/> + <param name="out_sr" type="select" multiple="true" label="Short report formats"> + <option value="tsv" selected="true">tabular</option> + <option value="txt">txt</option> + <option value="tex">tex</option> + <option value="pdf" selected="true">pdf</option> + </param> + <param name="out_add" type="select" multiple="true" label="Additional outputs"> + <option value="logs">Logs</option> + <option value="plots" selected="true">Plots (only for n>1)</option> + <option value="comparison" selected="true">Comparison for Chromosomes/scaffolds files (only for n>1)</option> + <option value="details" selected="true">Details per Chromosomes/scaffolds file</option> + <option value="details_plots" selected="true">Details per Chromosomes/scaffolds file as plot</option> + </param> + </inputs> + + <outputs> + <data name="short_report_pdf" format="pdf" label="${tool.name} on ${on_string}: pdf report" from_work_dir="outputdir/short_report.pdf"> + <filter>"pdf" in out_sr</filter> + </data> + <data name="short_report_txt" format="txt" label="${tool.name} on ${on_string}: txt report" from_work_dir="outputdir/short_report.txt"> + <filter>"txt" in out_sr</filter> + </data> + <data name="short_report_tex" format="txt" label="${tool.name} on ${on_string}: tex report" from_work_dir="outputdir/short_report.tex"> + <filter>"tex" in out_sr</filter> + </data> + <data name="short_report_tsv" format="tabular" label="${tool.name} on ${on_string}: tsv report" from_work_dir="outputdir/short_report.tsv"> + <filter>"tsv" in out_sr</filter> + </data> + <collection name="list_logs" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: logs" > + <discover_datasets ext="txt" pattern="(?P<name>.+)\.log" directory="outputdir/logs/" visible="false" /> + <filter>"logs" in out_add</filter> + </collection> + <!-- note the output filter of the next two outputs checks if there is + more than 1 input for in_fasta (for 1 its a HDA, for more list or HDAs) --> + <collection name="comparison_png" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: comparison plots" > + <discover_datasets ext="png" pattern="(?P<name>.+)\.png" directory="outputdir/comparison_output/" visible="false" recurse="true"/> + <filter> isinstance(in_fasta, list) and "plots" in out_add</filter> + </collection> + <collection name="comparison" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: comparison" > + <discover_datasets ext="txt" pattern="(?P<name>.+)\.txt" directory="outputdir/comparison_output/" visible="false" recurse="true" /> + <filter> isinstance(in_fasta, list) and "comparison" in out_add</filter> + </collection> + <collection name="details" type="list:list" label="${tool.name} on ${on_string}: detailed output"> + <discover_datasets pattern="(?P<identifier_0>.+)_____(?P<identifier_1>.+)\.(?P<ext>txt)" directory="details/" visible="false"/> + <filter>"details" in out_add</filter> + </collection> + <collection name="details_png" type="list:list" label="${tool.name} on ${on_string}: detailed output plots"> + <discover_datasets pattern="(?P<identifier_0>.+)_____(?P<identifier_1>.+)\.(?P<ext>png)" directory="details/" visible="false"/> + <filter>"details_plots" in out_add</filter> + </collection> + </outputs> + <tests> + <test expect_num_outputs="7"> + <param name="in_fasta" value="idba.fasta,Trinity.fasta" ftype="fasta" /> + <param name="r" value="Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.75.dna.toplevel.fa" ftype="fasta" /> + <conditional name="gene_coordinates"> + <param name="use_gtf" value="true" /> + <param name="gtf" value="Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.75.gtf" ftype="gtf" /> + <param name="disable_infer_genes" value="true"/> + <param name="disable_infer_transcripts" value="true"/> + </conditional> + <param name="out_sr" value="txt,tex,tsv" /> + <param name="out_add" value="logs,comparison,plots,details" /> + <expand macro="txt_output_test"/> + <expand macro="tex_output_test"/> + <expand macro="tsv_output_test"/> + <output_collection name="comparison_png" type="list" count="15"/> + <output_collection name="comparison" type="list" count="19"/> + <output_collection name="list_logs" type="list" count="8"/> + <output_collection name="details" type="list:list" count="2"> + <expand macro="details_output_test" assembler="Trinity"/> + <expand macro="details_output_test" assembler="idba"/> + </output_collection> + </test> + <test expect_num_outputs="6"> + <param name="in_fasta" value="Trinity.fasta" ftype="fasta" /> + <conditional name="gene_coordinates"> + <param name="use_gtf" value="false" /> + </conditional> + <param name="min_alignment" value="30" /> + <param name="lower_threshold" value="45" /> + <param name="upper_threshold" value="95"/> + <param name="out_sr" value="txt,tex,tsv,pdf" /> + <param name="out_add" value="logs,details_plots" /> + + <expand macro="pdf_output_test"/> + <expand macro="tex_output_test"/> + <expand macro="tsv_output_test"/> + <expand macro="txt_output_test"/> + <output_collection name="list_logs" type="list"> + <expand macro="element_has_text" name="Trinity.GeneMarkS_T.err" text=""/> + <expand macro="element_matching_line" name="rnaQUAST" expression="Thank you for using rnaQUAST!"/> + </output_collection> + <output_collection name="details_png" type="list:list" count="1"> + <element name="Trinity"> + <expand macro="element_has_text" name="Nx" text="PNG"/> + <expand macro="element_has_text" name="transcript_length" text="PNG"/> + </element> + </output_collection> + </test> + </tests> + <help><![CDATA[ +**What is rnaQUAST** +- a quality assessment tool for de novo transcriptome assemblies +- evaluating RNA-Seq assembly quality and benchmarking transcriptome assemblers using reference genome and gene database +- calculates various metrics that demonstrate completeness and correctness levels of the assembled transcripts +**Using rnaQuast without reference** you wont get: +- x-assembled (Exons) +- Alignments per Isoform +- x-covered (Exons) +- x-matched (Blocks) +- gmap build logs +**Using rnaQuast with reference** you will get: +- Reports +- Logs +- Alignement/Basic Metrics +- Misassemblies/ Specificity/ Sensitivity +- Alignment multiplicity +- Block/ Transcript Lentgh +- Blocks per alignment +- Mismatch rate +- x-aligned +- Nx +- Blocks per alignment +- gmap build logs +**Using rnaQuast without gene coordinates** you wont get: +- x-assembled (Exons) +- Alignments per Isoform +- x-covered (Exons) +- x-matched (Blocks) +- gmap build logs +- Database Metrics +- Alignment multiplicity +- Mismatch rate +- NAx +- x-aligned +**Using rnaQuast with gene coordinates** you will get: +- Reports +- Logs +- Alignement/Basic Metrics +- Misassemblies/Specificity/Sensitivity +- Alignment multiplicity +- Block/Transcript length +- Blocks per alignment +- Mismatch rate +- x-aligned +- Nx/NAx +- gmap build logs +- Database Metrics +- Alignment multiplicity +More informations, see citations. + ]]></help> + <citations> + <citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btw218 </citation> + </citations> +</tool>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/rnaquast/test-data/Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.75.dna.toplevel.fa Fri Oct 16 06:23:34 2020 +0000 @@ -0,0 +1,25534 @@ +>IV dna:chromosome chromosome:R64-1-1:IV:1:1531933:1 REF +ACACCACACCCACACCACACCCACACACACCACACCCACACACCACACCCACACCCACAC +ACCCACACCCACACACCACACACCACACCACACCACACCCACACCCACACCACACCCACA +CCCACACACCACACCCACACCCACACACCACACACTACCCCTAACACTACCCTATTCTAA +CCCTGATTTTACCTGTCTCCAAACCTACCCTCACATTACCCTACCTCCCCACTCGTTACC +CTGCCCCACTCAACCATCCACTCCCAACCACCATCCATCTCTCTACTTACCACTAACCAC +CGTCCACCATAACCGTTACCCTCCAATTACCCATATCCAACTCCACTACCACTTACCCTA +CTATTACCCTACCATCCACCATGTCCTACTCACTGTACTGTTGTTCTACCCTCCATATTG +AAACGTTAACAAATGATCGTAAATAATACATACATACTTACCCTACCACTCTATACCACC +ACTACCACCACCGCCACTTGCCACACTCACCTTCACTTCTACTGATATGTCATACGCACA +CGGATGCTACAGTATATACCATCTCAAACTTACCCTACTTTCATATTCCACACCATGGCC +CCATTCTCACTAAATCAGTACCAAATGCACTCACATCATTATTCACGGCACTTGCCTCAG +CGGTCTATACCCTGTGCCATTTACGCATAACTCCCACGATTATCCACATTTTATTACCTA +TATCTCATTCGGCGGCCCCAAATATTGTATAACTGCTCTTAATACATACGTTATACCACT +TTTACACCGTATACTAACCACTCAATTTATATACACTTATGCCAATATTACAAAAAAATC +ACCACTAAAATCACCTAAACATAAAAATATTCTATTCTTCAACCATAATACATAAACACA +CTTAATTGCGTCTTAATACTATCATGGTATCATTAACTTAAAGTTCCTTAATATCGTCAT +ACCACTATGCTCTATTCCATATATTGTAATATAACTGTACTCTATAGTCATACAGACGCT +TTTACTTCACCCCATCTTCTCATACTATTGTCATAGAATCTCACACTGACGCATGATTAA +AACGAATAATTTTTACTGTAAGGGCTGCCATCCGCGCTCTATCCTTTTGTTTGCAATATT +TATATACAGAATCTCAAAACAAGCGGGAGAAGTGCTAATTACCCAGAGGTCATGCATGAT +CTGAGTACCACCGTACCTCTAGGTTTTGCTTTGATCCGTTTTACAGTGACACCGAACATA +AGGGGAAGCTATTGACATGGTATCGAAAGGTTGTCCACATTGGGAAGTAACTTGGTTCTA +TGAATCTTCATGTCAGATACGTAGGACAGACTCTTTCCTGTGTAAATATTTGTGACAGCT +ACGTCTATTTTCTACTAGATGTTTACACAGTTTTGTCACAGGAAATCTACGCTTAAAATA +TGTATTTCATTCAAGCGGTAACCGCTGTACGAGCAGTGACATTGCTGGTCGCACCTTAAA +TGTAAACCAACGTTACGGCACACCGTGATGTACCCGCATTAAAGTTTTGTAAATTCGTTA +TTACGATTATTGAATTGGCTAGATAGAAAACAGGAAATGAAATGGATACCCTTTTCGAAT +AGCTGAGTTTCTTTGCCTAAAATAGCCCAACATTGTTGCCCTTTTTCTATCACGAGGTTA +CTGAGCCATTGCATGAACGCGCGCGCCTCGGCGGCTTTTTTTTCCTGCTGTATAAAAGCG +AAAAGCCAGAAGTTACTATCTCGAATAAAAAACCCCTCGAACTGCCATCTCACTACCGAA +AATGAAAGAGAATGAAGTCAAAGATGAGAAAAGCGTAGATGTGTTATCCTTCAAACAGCT +CGAATCCCAAAAGATTGTTCTACCTCAAGATCTTTTCAGAAGCAGCTTTACCTGGTTTTG +TTATGAAATTTACAAGTCCTTAGCGTTTCGCATCTGGATGCTATTATGGCTACCACTTAG +CGTCTGGTGGAAACTTTCCAACAATTGTATTTACCCACTTATAGTTTCACTTCTGGTCCT +GTTTCTGGGACCAATATTTGTCCTTGTTATTTGTGGACTTTCTCGTAAGCGTTCCTTATC +GAAACAACTCATTCAGTTTTGCAAAGAGATTACTGAAAACACACCAAGTTCTGATCCTCA +TGATTGGGAAGTCGTTGTAGCAAATCTAAATTCGTACTTATATGAAAATAAGGCTTGGAA +TACTAAGAATTTCTTTTTCAATGCTACGGATTGTGAGAAAATGTTCAGAACAACTGTTCT +TGAACCATTTTCTTTGAAAAAAGATAAAGCTGCCAAGGTTAAGTCATTTAAGGATTCTGT +CCCTTATATCGAAGAGGCTTTGCAAGTGTATGCTACAGGATTTGACAAACAGTGGAAGTT +GTTTATTACTGAAAAATCATGGAGCCCTGTTGGCCTGGAAGACGTTCAGCTTCCCAAGGA +TATTCATCGGTCCAAGCTTACTTGGTTTTTAAAGCGGATTTTCACTATTTACTCTCTACC +ATTATGGCTTGCTTTTTTGAACTGTATCTGCGTGTCACAGCATTTTTGCCTTGCATTTCG +TATCTTGTGTCCTGGATTGTTTTTCCTCATGATGGTGTGGCTTTTCCAAAATATGAGGAC +GACTGCTTTACTCGTGAAAATGGAACACAAGATGCAATTCTTGTTGACTATTATAAATGA +GCAAGAAAGTGGTGCGAATGGATGGGACGAAATTGCAAGGAAAATGAATAGGTACTTGTT +TGAGAAAAAAGCCTGGAAGAATGAAGAGTTTTTCTTCGACGGGATTGACTGTGAATGGTT +TTTTAGCCACTTCTTCTACCGCCTTCTATCTGCAAAGAAATCTATGTGGCTTTTACCATT +GAATGTGGAACTATGGCCATATATTAAAGAAGCGCAATTGTCCCGCAATGAAGAGTCTTT +AATGAAGAAATGAGAACGCCCTTCTGGACTTAAAAATTCATACTTTTGCATTCTGTTAGA +TATGAATACTACACTCTATTGAGTGACTTTAAAAGGCGAGTGGACACTTTTATCAAGCGA +TTTATCATGCAGTAATACTAATATTACTAATTAATCACTACTACCTCTCTTAAACAGGAA +ATATGCTATTCATCAGTAAGAAGCTGCACAAATGTTATATATCATACCAGGAATACACAT +AAGAGCAAAAATGCTATTCTACAATATCCTCATCTTACCAGCTCACTCACAAAATATTCT +TACTCCGAGTACGACCATAAAGCAATGCTAACGAATAGTCATACTAAAGTACTATAAAAT +CTTTCCGTGCGCTCAAACGGAGGCCATGCCATAAAGTTAAATGTGATAACTTAAAAGCAT +CATAAGAGTGATTTTCCAGTATTGTTTCAGTAATGTAAGGCCTAAAGAAGAACGCATATT +GGTAAACCTCCAACCTACTAGTAATTAAAAAGCTTTAGTTTAACCCGTAGTTCGGGATAC +ACTTCGGGCATAACGTACGTTTATTATAAATTTTTATATCTCTTGCGTACCATGTATATT +CCAGAACAGTGAATACACTTTTCTAGTTCATTTATGCTACTTTCATATCCTCCATTAAAG +CGGGAGCTACCGTTGAAAAGGCATAATAATTGAAGTTTCGAGTGGGTTAGTTACACTAGG +TGAAGGATCGTTTGCCTCCATATGGTCAAGCCATTCACGGACATTGATAATAGCTGGGAC +AATTCTGGTTTCATAAAAGGTTTCATTCATCCAGATTACAGATGCATTCAAATAATAGTC +GCCAAATACTGATACCTCATCAAAATGAAAATATGTTTCTAACGGAACTGTATTAGACCA +TGCGCTCAGTTAGCTGGAGTCGCGTTGGTTAACAAATTAGCTAAATTCACCATTACTTTA +CTTAAAGACCTATCACCACAAAGGAAATGGCGATTCTACAACAGGACCAGCTTCACTGTT +TTTACCGTTGATTTAAAGATCACCTTTTGACTATTTTATATGCCAATTCAGAAACCGTTA +TAATAGAAGTTTTCTACTACAAAATTTACAGGATGTTGTAGCTTGATTGCATAATATTTT +TTTAAAACGGATAACCACCAACCCTCGTCAGTGACTTCCCATTATGAAATTTTTCTCTTC +TTATCCTTTTTGGTACCCTTTTTCCTATCATGCGCCTCGAAACAACTTCCATAGTACGTG +CCTGCTACTGTGAGTAGTTTACTGCCGCAGTGAAACACTATACTGATTCAGCATCCATCA +GTAAGTGCGCGCTAAAACGACAACTTTTTCGTACCTTTACAAGTAAGGAGTGGTTAAGGT +GTATAGCTCATACTAGATATTAAACTTCGGAGAAAAGTCCCTGTTTCAATGACAAATATG +AGTTGCACAATAGAATTTTTATATCTATGATTACGCTTGGTAGGATGAAACTCTTAAATT +CCGTTATAAGTTTTATAAATCGCCGTAATTGCAAAAATACAGGGTGATGCGTATAAGTCT +CATAAAAATCAAATCATTCCCTCTATTGCAACCATATCAAATTTTGATGATGATTATTTT +ACAATTTTCATTGCCATGGATGAAAATAAACGCTGATATCTTTATAATTAACCCGGAATG +GAAATTGTGCACAGTACATCAATGGCGTTTCGAGTATTAAGACCTGTGATTTAGAGCCAA +TTAGCCAAGTAAAGCGACATTTCCTTTCTATGTTTGGCATCTTTTTTTTTTGGCCTTAAA +ACAGTGTTTCTGTAAAATTAAGGGCCAACTCTTACAATAGTAATGAGATTAATAAGGCCC +AAAGAATATTTTGGCCATTTCTTTTTCGTACAACCATATAGTTTTCTCAAGTAGCGACGA +AAGAGAGATAACTGAAACAAAATGTCATGGAAGAAGTGCTTATATTAAAAAATCTATGTC +GGAAATATTTCTATAGGGAAAAGTATACTAAAATCTTACTCGAGCTTTGAAATGAACAAG +CCTAAACCGCCCAATTCCAAGATCTTTAATATACTATAACTTGAAAGTCATACCTGTTAT +ATCACTCCAGAGGTTATTGTGGGAGCATATTTAATGCTTTGTGGGTAAGCTTGATAAACT +GTAGTTCTACCACTTTTCCCAGGATACTGATTATGGTAAAAGTTCTTATTTGTCTTACGA +CTTAGATTTAGCACTCACATTTGTCATCATATGTTGAAAAATCAAGCTGGAATTTATTGG +TGGATCTTTCATCTCCATTTATACTTTTTACTTGTTTTTCTCCAAGCAAAAAGATTTCAC +GTTGTTCGGGAGGTAAATATGAAGTAGAAGAGCAGTCAGGTAGAGTGGTTATCCCATCAG +CCAGAACCTGTCCGTAAACAGGTTGTGGACTACAGTATGTGTGTTTTTTTCTTTCTAGTT +ACTCAATATGGATATTTTGGTGACTATAAAGACCTCTCGTAAATTTCTGAAAATATGCTT +CGGTTCGAATCTGTGGTCTGCAGTGCAGCGTGTTGGTATTTTACCGACAGTTTTAGCGAA +ATATGTATAGATCTGTCACGCTTGCAACATCGCGACAGGTCGGTATACTAAAATTACAGC +ATGAATTTCTGATCTATAATCACACTGTTGCAGTTTCCAGAGAGTCAATCATATTAAGTC +CTCTGTTTGAATCAATGTTGGCTTTGTTCTTCTGGAGAGGAATCAGCTCGTTATATGTTT +GTCTTTTTCTCTGCTCGAGAGTCATCGCGACATTCCACACCCCGCGTTTTACGTGCACAG +AATCTTTCGTAGAAGGGAGCATTTGACATCCTGTCAGCCATATGCAATGAGTATGCCACA +AGTTCATGATAGTGTTGACTATAGAATATAAAAAAAAGGTGGGGTCATCTGTAATCGTTG +TTTGTAATTCTTAGAGGCCTGTTCTTGGAATTATTATGCAAAGATTACCATCACAAAATC +TAACACAAATAGAGATACAGGTCTTGTAAAGCCATTACCTAGCTATGAAAAACTTATCTT +TTCTCATAAACAGAAGAAAGGAAAATACAAGTGACTCGAATGTATACCCAGGAAAGGCTA +AGTCGCATGAACCCAGCTGGATAGAAATGGATGATCAAACTAAGAAGGACGGCTTAGATA +TTGTTCATGTTGAGTTCAGTCCGGATACAAGAGCGCCAAGCGATAGCAATAAAGTAATAA +CAGAGATATTTGACGCTACTGAGGATGCCAAGGAGGCAGACGAAAGTGAAAGAGGAATGC +CACTTGCGACAGCATTGAATACATATCCCAAGGCAGCAGCTTGGTCACTATTGGTCTCTA +CAACTTTAATCATGGAAGGGTACGACACAGCTATTCTTGGAGCTTTCTACGCCTTGCCTA +TTTTTCAGAGAAAGTTTGGCTCACAAAATGACAAAACTGGAGAATGGGAAATTTCAGCGT +CATGGCAAATCGGGCTGACCTTATGTTATATGGCAGGTGAAATTGTGGGGCTACAGCTAA +CGGGGCCCTCCGTGGATCTTGTTGGAAATCGTTACACATTGATTATTGCATTGTTTTTTT +TAGCTGCCTTCACTTTTATACTGTACTTTTGCAATAGTTTAGGCATGATTGCTGTGGGAC +AAGCATTGTGCGGGATGCCATGGGGTTGTTTTCAGTGTTTGACGGTGTCTTACGCTTCTG +AAATATGCCCATTGGCTCTGAGATATTACCTTACAACCTATTCAAACTTGTGCTGGTTAT +TTGGACAACTTTTTGCAGCTGGAATCATGAAAAATTCTCAAAAAAAATATGCGGATTCAG +AATTAGGATATAAACTACCATTTGCCCTACAGTGGATTTTGCCAGTTCCTTTAGCACTGG +GAATTTTTTTTGCACCTGAATCTCCATGGTGGCTAGTTAAAAAAGGAAGGTTTGATGAGG +CAAGGAGATCACTTAGAAGAACTTTAAGCGGCAAGGGACCTGAAAAAGAAATACTAGTAA +CTCTGGAGGTGGACAAAATAAAAGTGACTATAGATAAGGAAAAGAGACTCACAAGTAAAG +AAGGCTCCTATAGTGATTGTTTTGAAGACAAGATTAATCGAAGAAGAACGAGAATTACTT +GTCTCTGCTGGGCTGGTCAAGCCACTTGTGGTTCAATACTAATAGGTTATTCAACTTACT +TTTACGAAAAGGCTGGCGTTAGTACTGAAATGTCCTTCACTTTTAGTATTATTCAATACT +GTCTCGGTATTTGTGCTACATTTCTATCTTGGTGGGCGTCAAAGTATTTTGGTAGATATG +ACCTTTACGCTTTTGGACTAGCCTTCCAAACCATTGTTTTTTTCATTATTGGCGGTTTGG +GGTGCTCAAGTACGCACGGTTCCAAAATGGGAAGTGGTTCTCTTTTAATGGCTGTAGCAT +TTTTTTACAATTTAGGAATTGCCCCGGTCGTTTTTTGCCTAGTCTCTGAAATGCCATCTT +CAAGACTAAGAACGAAAACAATCATTCTAGCACGTAACACTTATAATGTGGTCAGTATCA +TATGTAGCGTTCTCATCTTATACCAACTGAACTCTAAGAAGTGGAACTGGGGCGCTAAGT +CAGGCTTTTTCTGGGGTGTCTTATGCTTTTGTACTTTAATCTGGGCTGTGGTTGACCTAC +CAGAAACTGCCGGAAAGACTTTCGTGGAAATAAATGAGTTATTTAAACTTGGAGTTTCTG +CAAGAAAGTTCAAATCGACGAAAGTAGATCCGTTTGTTGTCAAAACCCCCCTAAAGACGT +CTCTCATAACGACCCCAAGGGAGATATCGAAGCTTCCATTGCAGAGGAATAGCAATGTAT +CCCATCACCTATGAGCTAATGAACATTTATCGACACAGGTAAATAGGTAACTATGGTATT +TACTCTACATGTTACGGAGTATAATACACGTAGATTTGTTTCTTCCTCATATTCCCATGA +CATGTCTCAGTAATTGAACTCAAAGTAACATTTAGCTTTCTTCTTGATCATTGCGTTTGG +AAATGTATAGTTAGAGAAAAGATTCTTTCTCATCCGAGTATGGCGCGTGAAGAAAATGAA +GATGGAGTTGTCGAAACAAATGGTCATCGACATTAGTTTAATTGTCATAGTAACAGTCTG +GGCACTCACTTCGTACATCCCTTATACATTTAAGTGCAATTTTACCTATTCTAAAAATAG +AAAAAATCTCGAATGAGCAGTTCTGGCAGTACTGAAACTGAGTTAAAAATCTATCAACTG +GAAGTAATGCGGTAGTTTTATATATGAGCAATATATGCCGTCAAATTATATGTACAGTAG +CTACCAGAGCGGTTATTATATTGTTCTTAATCAATAATAAACAAATCAGAGTATATTTCA +TAATTTCCTCTTACATTTTTAAGAAAAAAGGGTAACATTTATTCCTCATTGATCCTATCT 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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/rnaquast/test-data/short_report.tex Fri Oct 16 06:23:34 2020 +0000 @@ -0,0 +1,13 @@ +\documentclass[12pt,a4paper]{article} +\usepackage{fancyhdr}\usepackage{graphicx}\usepackage{placeins}\usepackage{adjustbox} +\begin{document} +\pagestyle{fancy}\fancyhf{}\chead{Short summary report} +\begin{table}[t]\centering\caption {rnaQUAST metrics for assembled transcripts. In each row the best values are indicated with \textbf{bold}. For the transcript metrics (rows 2, 3) we highlighted the best \textbf{relative} values i.e. divided by the total number of transcripts in the corresponding assembly.}\begin{adjustbox}{width=1\textwidth}\small\begin{tabular}{|l*{2}{|r}|}\hline\textbf{METRICS/TRANSCRIPTS} & \textbf{spades.311} \\ \hline\hline +\multicolumn{2}{l}{\bf BASIC TRANSCRIPTS METRICS} \\ \hline +Transcripts & 3339 \\ +Transcripts $>$ 500 bp & \textbf{467} \\ +Transcripts $>$ 1000 bp & \textbf{36} \\ \hline +\end{tabular}\end{adjustbox}\end{table} +\FloatBarrier\clearpage\lfoot{generated by rnaQUAST} +\begin{figure}[t]\centering\includegraphics[width = \linewidth]{/tmp/tmp1jbzr0_g/job_working_directory/000/7/working/outputdir/spades.311_output/transcript_length.png}\caption{Plot showing cumulative transcript length distribution. Each point represents the number of transcripts in the assembly with the corresponding length or longer; black dashed line corresponds to the database isoforms; the plot is given in logarithmic scale.}\end{figure}\FloatBarrier\clearpage +\end{document} \ No newline at end of file
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/rnaquast/test-data/short_report.tsv Fri Oct 16 06:23:34 2020 +0000 @@ -0,0 +1,4 @@ +METRICS/TRANSCRIPTS spades.311 +Transcripts 3339 +Transcripts > 500 bp 467 +Transcripts > 1000 bp 36
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/rnaquast/test-data/short_report.txt Fri Oct 16 06:23:34 2020 +0000 @@ -0,0 +1,8 @@ +SHORT SUMMARY REPORT + +METRICS/TRANSCRIPTS spades.311 + + == BASIC TRANSCRIPTS METRICS == +Transcripts 3339 +Transcripts > 500 bp 467 +Transcripts > 1000 bp 36
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