Mercurial > repos > mvdbeek > bam_readtagger
changeset 40:4b1ebfcd0f46 draft
planemo upload for repository https://github.com/bardin-lab/readtagger/tree/master/galaxy commit 2e991a52c828b0234020e89748eafe1028e44a7d
line wrap: on
line diff
--- a/add_matesequence.xml Thu Mar 15 07:20:58 2018 -0400 +++ b/add_matesequence.xml Sun Apr 01 03:53:15 2018 -0400 @@ -1,7 +1,7 @@ -<tool id="add_matesequence" name="Add matesequence" version="0.4.9"> +<tool id="add_matesequence" name="Add matesequence" version="0.4.10"> <description>into tag field</description> <requirements> - <requirement type="package" version="0.4.9">readtagger</requirement> + <requirement type="package" version="0.4.10">readtagger</requirement> </requirements> <version_command>add_matesequence --version</version_command> <command detect_errors="aggressive"><![CDATA[
--- a/allow_dovetailing.xml Thu Mar 15 07:20:58 2018 -0400 +++ b/allow_dovetailing.xml Sun Apr 01 03:53:15 2018 -0400 @@ -1,7 +1,7 @@ -<tool id="allow_dovetailing" name="Allow dovetailing" version="0.4.9"> +<tool id="allow_dovetailing" name="Allow dovetailing" version="0.4.10"> <description>modifies proper_pair flag in bam files</description> <requirements> - <requirement type="package" version="0.4.9">readtagger</requirement> + <requirement type="package" version="0.4.10">readtagger</requirement> </requirements> <command detect_errors="aggressive"><![CDATA[ allow_dovetailing -i '$input' -o '$output'
--- a/bam_readtagger.xml Thu Mar 15 07:20:58 2018 -0400 +++ b/bam_readtagger.xml Sun Apr 01 03:53:15 2018 -0400 @@ -1,10 +1,10 @@ -<tool id="bam_readtagger" name="Tag alignment files" version="0.4.9"> +<tool id="bam_readtagger" name="Tag alignment files" version="0.4.10"> <description>from multiple bam files</description> <macros> <import>macros.xml</import> </macros> <requirements> - <requirement type="package" version="0.4.9">readtagger</requirement> + <requirement type="package" version="0.4.10">readtagger</requirement> </requirements> <command detect_errors="aggressive"><![CDATA[ readtagger -t '$tag_file' -s
--- a/filter_insertions.xml Thu Mar 15 07:20:58 2018 -0400 +++ b/filter_insertions.xml Sun Apr 01 03:53:15 2018 -0400 @@ -1,7 +1,7 @@ -<tool id="confirm_insertions" name="Confirm or discard insertions" version="0.4.9"> +<tool id="confirm_insertions" name="Confirm or discard insertions" version="0.4.10"> <description>based on softclips in control files</description> <requirements> - <requirement type="package" version="0.4.9">readtagger</requirement> + <requirement type="package" version="0.4.10">readtagger</requirement> </requirements> <version_command>confirm_insertions --version</version_command> <command detect_errors="aggressive"><![CDATA[
--- a/findcluster.xml Thu Mar 15 07:20:58 2018 -0400 +++ b/findcluster.xml Sun Apr 01 03:53:15 2018 -0400 @@ -1,10 +1,10 @@ -<tool id="findcluster" name="Find clusters of reads" version="0.4.9"> +<tool id="findcluster" name="Find clusters of reads" version="0.4.10"> <description>in bam files</description> <macros> <import>macros.xml</import> </macros> <requirements> - <requirement type="package" version="0.4.9">readtagger</requirement> + <requirement type="package" version="0.4.10">readtagger</requirement> </requirements> <version_command>findcluster --version</version_command> <command detect_errors="aggressive"><![CDATA[ @@ -28,33 +28,57 @@ --genome_bwa_index '$genome_source.ref_file.fields.path' #end if #end if - --output_bam '$output_bam' - --output_gff '$output_gff' - --output_fasta '$output_fasta' + #if str($make_bam) == 'True': + --output_bam '$output_bam' + #end if + #if str($make_vcf) == 'True' + --output_vcf '$output_vcf' + #end if + #if str($make_gff) == 'True' + --output_gff '$output_gff' + #end if + #if str($make_fasta) == 'True' + --output_fasta '$output_fasta' + #end if --sample_name '$sample_name' --threads "\${GALAXY_SLOTS:-2}" ]]></command> <inputs> <param name="input" argument="--input_path" type="data" format="bam"/> - + <param name="make_bam" type="boolean" truevalue="True" checked="true" label="Produce an alignment file containing evidence for insertions."/> + <param name="make_vcf" type="boolean" truevalue="True" checked="true" label="Produce a VCF file describing the insertion that have been found."/> + <param name="make_gff" type="boolean" truevalue="True" checked="false" label="produce a GFF file describing the insertions that have been found."/> + <param name="make_fasta" type="boolean" checked="True" truevalue="True" label="Produce a fasta file containing assembled contigs."/> <expand macro="reference_source_conditional" reference_type="transposon"/> <expand macro="reference_source_conditional" reference_type="genome"/> </inputs> <outputs> - <data name="output_bam" format="bam" label="findcluster BAM on $on_string"/> - <data name="output_fasta" format="fasta" label="findcluster contigs on $on_string"/> - <data name="output_gff" format="gff3" label="findcluster GFF on $on_string"/> + <data name="output_bam" format="bam" label="findcluster BAM on $on_string"> + <filter>make_bam</filter> + </data> + <data name="output_fasta" format="fasta" label="findcluster contigs on $on_string"> + <filter>make_fasta</filter> + </data> + <data name="output_vcf" format="vcf" label="findcluster VCF on $on_string"> + <filter>make_vcf</filter> + </data> + <data name="output_gff" format="gff3" label="findcluster GFF on $on_string"> + <filter>make_gff</filter> + </data> </outputs> <tests> <test> <param name="input" value="extended_and_annotated_roi.bam" ftype="bam"/> + <param name="make_gff" value="true"/> <output name="output_bam" file="three_cluster_out.bam" ftype="bam" lines_diff="2"/> - <output name="output_gff" file="three_cluster_out.gff" ftype="gff3" lines_diff="0" sort="True"/> + <output name="output_gff" file="three_cluster_out.gff" ftype="gff3" compare="sim_size"/> + <output name="output_vcf" file="three_cluster_out.vcf" ftype="vcf" compare="sim_size"/> </test> <test> <param name="input" value="extended_and_annotated_roi.bam" ftype="bam"/> <param name="transposon_source|reference_source_selector" value="history"/> <param name="transposon_source|ref_file" value="reference.fasta" ftype="fasta"/> + <param name="make_gff" value="true"/> <output name="output_bam" file="three_cluster_out.bam" ftype="bam" lines_diff="2"/> <output name="output_gff"> <assert_contents>
--- a/plot_coverage.xml Thu Mar 15 07:20:58 2018 -0400 +++ b/plot_coverage.xml Sun Apr 01 03:53:15 2018 -0400 @@ -1,7 +1,7 @@ -<tool id="plot_coverage" name="Plot coverage" version="0.4.9"> +<tool id="plot_coverage" name="Plot coverage" version="0.4.10"> <description>as area plot between BAM files</description> <requirements> - <requirement type="package" version="0.4.9">readtagger</requirement> + <requirement type="package" version="0.4.10">readtagger</requirement> </requirements> <command detect_errors="aggressive"><![CDATA[ #import re
--- a/test-data/all_control_insertions.gff Thu Mar 15 07:20:58 2018 -0400 +++ b/test-data/all_control_insertions.gff Sun Apr 01 03:53:15 2018 -0400 @@ -1,2 +1,3 @@ -X find_softclip 5p_clip 16727068 16727067 3 + . ID=R38_2472;consensus=ACTTAATA;max_mapq=25 -X find_softclip 3p_clip 16727112 16727111 4 + . ID=R38_2473;consensus=TTTAATAAAATTAAAGGACAACTAAACGGAAGGAAAATATCGTGAGCAG;max_mapq=28 +TEST find_softclip 5p_clip 16727068 16727111 6 + . ID=softclip_test2;consensus=TTTTTTT +X find_softclip 5p_clip 16727068 16727067 3 + . ID=softclip_0;consensus=ACTTAATA;max_mapq=25 +X find_softclip 3p_clip 16727112 16727111 4 + . ID=softclip_1;consensus=TTTAATAAAATTAAAGGACAACTAAACGGAAGGAAAATATCGTGAGCAG;max_mapq=28
--- a/test-data/all_treatment_insertions.gff Thu Mar 15 07:20:58 2018 -0400 +++ b/test-data/all_treatment_insertions.gff Sun Apr 01 03:53:15 2018 -0400 @@ -1,12 +1,13 @@ +TEST find_softclip 5p_clip 16727068 16727111 6 + . ID=softclip_test1;consensus=AAAAAA X feature predicted_insertion 10766937 10766942 . + . Parent=R37_49;contig_support=2;fraction_full_length=0.03132530120481928;sbjct=RR48388_transposable_element_rover_Gypsy;sbjct_end=7308;sbjct_start=7074;type=predicted_insertion -X findcluster transposable_element_rover 10766937 10766942 24 + . ID=R37_49;genotype=heterozygous;genotype_likelihoods=6.86863481923e-26,0.999999994797,5.2033283093e-09;insert_reference_name=transposable_element_rover;left_inserts=0,GGGGTGCATATATAGCGCACATATGTACATATTTGTACATATATAGTAACATAATATGCTTCTCATATTACGTTTACATACTTACACTAATTGTACATACAATCTTGCACATGCA,1,CAACAATGTATTATCCTACCGACTGCGCCACTTACGTATTTTACTATTCGAGTCGAACAAATGATCCGTCGTTTGACTAAGATCAACGCCTTTAAAGAAGTTTCAGAATCAACACGAGGTATTTTTTTAGTTTGGA;left_mate_count=4;max_mapq=60;nref=12;right_inserts=0,GGCGTTGATCTTAGTCAAACGACGGATCATTTGTTCGACTCGAATAGTAAAATACGTAAGTATATACATATGCATATGCAGTCCGAATCAAAATCGAAAACAAGAACTGCACTTTTCGCTGCGATTGGGGCACCTTCAGC,1,GTTTACATACTTACACTAATTGTACATACAATCTTGCACATGCATAAACACATCAAACCAGCTTACATTTTTACTTACACTTAAGCGCATGATTTGTTGTGCATCCATACCGTTATTTTTCCGTTCTTTTTTTGTACACATATACTGATTAGACATTCCCGTTTAT,2,CACATATACTGATTAGACATTCCCGTTTATCGCGACTCACTTCGAGCCGATCAAAAACTCTGTACAGTCAGTCTTAAGCCGACAACGAAGAAATAAAGATCCAAACTAAAAAAATACCTCGTGTTGATTCTGAAACTTCTTTAAAGGCGTTGATCTTAGTCAAACGACGGATCATTTGTT;right_mate_count=14;total_left_count=6;total_right_count=18;valid_TSD=True -X find_softclip 5p_clip 10766937 10766936 6 + . ID=R37_2667;consensus=GGCGTTGATCTTAGTCAAACGACGGATCATTTGTTCGACTCGAATAGTAAAATACGTAAG;max_mapq=60 -X find_softclip 3p_clip 10766943 10766942 3 + . ID=R37_2668;consensus=GTAACATAATATGCTTCTCATATTACGTTTACATACTTACACTAATTGTACATACAATCTTGCACATGCA;max_mapq=60 +X findcluster transposable_element_rover 10766937 10766942 24 + . ID=R37_49;genotype=heterozygous;genotype_likelihoods=6.86863481923e-26,0.999999994797,5.2033283093e-09;insert_reference_name=transposable_element_rover;left_inserts=0,GGGGTGCATATATAGCGCACATATGTACATATTTGTACATATATAGTAACATAATATGCTTCTCATATTACGTTTACATACTTACACTAATTGTACATACAATCTTGCACATGCA,1,CAACAATGTATTATCCTACCGACTGCGCCACTTACGTATTTTACTATTCGAGTCGAACAAATGATCCGTCGTTTGACTAAGATCAACGCCTTTAAAGAAGTTTCAGAATCAACACGAGGTATTTTTTTAGTTTGGA;left_mate_count=4;max_mapq=60;nref=12;right_inserts=0,GGCGTTGATCTTAGTCAAACGACGGATCATTTGTTCGACTCGAATAGTAAAATACGTAAGTATATACATATGCATATGCAGTCCGAATCAAAATCGAAAACAAGAACTGCACTTTTCGCTGCGATTGGGGCACCTTCAGC,1,GTTTACATACTTACACTAATTGTACATACAATCTTGCACATGCATAAACACATCAAACCAGCTTACATTTTTACTTACACTTAAGCGCATGATTTGTTGTGCATCCATACCGTTATTTTTCCGTTCTTTTTTTGTACACATATACTGATTAGACATTCCCGTTTAT,2,CACATATACTGATTAGACATTCCCGTTTATCGCGACTCACTTCGAGCCGATCAAAAACTCTGTACAGTCAGTCTTAAGCCGACAACGAAGAAATAAAGATCCAAACTAAAAAAATACCTCGTGTTGATTCTGAAACTTCTTTAAAGGCGTTGATCTTAGTCAAACGACGGATCATTTGTT;right_mate_count=14;softclip_clusters=;total_left_count=6;total_right_count=18;valid_TSD=True +X find_softclip 5p_clip 10766937 10766936 6 + . ID=softclip_0;consensus=GGCGTTGATCTTAGTCAAACGACGGATCATTTGTTCGACTCGAATAGTAAAATACGTAAG;max_mapq=60 +X find_softclip 3p_clip 10766943 10766942 3 + . ID=softclip_1;consensus=GTAACATAATATGCTTCTCATATTACGTTTACATACTTACACTAATTGTACATACAATCTTGCACATGCA;max_mapq=60 X feature left_insert 16726713 16727261 . + . Parent=R37_26;fraction_full_length=0.003280519299225239;read_support=1;sbjct=FBti0059747_gtwin_Gypsy;sbjct_end=2536;sbjct_start=2489;type=left_insert -X findcluster gtwin 16726713 16727261 1 + . ID=R37_26;genotype=reference;genotype_likelihoods=1.0,1.93425522512e-14,6.88207144991e-72;insert_reference_name=gtwin;left_inserts=;left_mate_count=0;max_mapq=60;nref=47;right_inserts=;right_mate_count=1;total_left_count=0;total_right_count=1;valid_TSD=False +X findcluster gtwin 16726713 16727261 1 + . ID=R37_26;genotype=reference;genotype_likelihoods=1.0,1.93425522512e-14,6.88207144991e-72;insert_reference_name=gtwin;left_inserts=;left_mate_count=0;max_mapq=60;nref=47;right_inserts=;right_mate_count=1;softclip_clusters=;total_left_count=0;total_right_count=1;valid_TSD=False X feature left_insert 16727068 16727111 . + . Parent=R37_27;fraction_full_length=0.6875;read_support=1;sbjct=FBti0062261_jockey2_Jockey;sbjct_end=63;sbjct_start=19;type=left_insert X feature right_insert 16727068 16727111 . + . Parent=R37_27;fraction_full_length=0.0017704870646047116;read_support=1;sbjct=FBti0062666_HMS-Beagle_Gypsy;sbjct_end=10537;sbjct_start=10488;type=right_insert -X findcluster jockey2 16727068 16727111 6 + . ID=R37_27;genotype=heterozygous;genotype_likelihoods=8.55882087985e-05,0.999914411654,1.37666001367e-10;insert_reference_name=jockey2;left_inserts=;left_mate_count=0;max_mapq=25;nref=9;right_inserts=0,GATATGGACTTAATTGGAAATTAATTAATGCAATAATCCAATTAAGAATTTAATATTTAAAAAGGTGGACTGAATACTTAATACAAGAAGGATAATAGTACGCTAGTCAATTAAATAAAATAATTTCTTTAATAAAATTAAAGGAC;right_mate_count=2;total_left_count=3;total_right_count=4;valid_TSD=True -X find_softclip 3p_clip 16727068 16727111 6 + . Parent=R37_27;consensus=TTTAATAAAATTAAAGGAC;max_mapq=34 -X find_softclip 5p_clip 16727068 16727111 5 + . Parent=R37_27;consensus=GAATTTAATATTTAAAAAGGTGGACTGAATACTTAATA;max_mapq=34 -X find_softclip 3p_clip 16727110 16727109 1 + . ID=R37_2929;consensus=CCTTTAATAAAATTAAAGGACAACTAAACGGAAGGAAAATATCGTGAGCAGAAAATAATATTAAGTCTTTAAAAG;max_mapq=34 +X findcluster jockey2 16727068 16727111 6 + . ID=R37_27;genotype=heterozygous;genotype_likelihoods=8.55882087985e-05,0.999914411654,1.37666001367e-10;insert_reference_name=jockey2;left_inserts=;left_mate_count=0;max_mapq=25;nref=9;right_inserts=0,GATATGGACTTAATTGGAAATTAATTAATGCAATAATCCAATTAAGAATTTAATATTTAAAAAGGTGGACTGAATACTTAATACAAGAAGGATAATAGTACGCTAGTCAATTAAATAAAATAATTTCTTTAATAAAATTAAAGGAC;right_mate_count=2;softclip_clusters=softclip_2,softclip_3;total_left_count=3;total_right_count=4;valid_TSD=True +X find_softclip 3p_clip 16727068 16727111 6 + . ID=softclip_2;consensus=TTTAATAAAATTAAAGGAC;max_mapq=34 +X find_softclip 5p_clip 16727068 16727111 5 + . ID=softclip_3;consensus=GAATTTAATATTTAAAAAGGTGGACTGAATACTTAATA;max_mapq=34 +X find_softclip 3p_clip 16727110 16727109 1 + . ID=softclip_4;consensus=CCTTTAATAAAATTAAAGGACAACTAAACGGAAGGAAAATATCGTGAGCAGAAAATAATATTAAGTCTTTAAAAG;max_mapq=34
--- a/test-data/confirmed_insertions.gff Thu Mar 15 07:20:58 2018 -0400 +++ b/test-data/confirmed_insertions.gff Sun Apr 01 03:53:15 2018 -0400 @@ -1,3 +1,4 @@ -TEST findcluster jockey2 16727068 16727111 6 + . ID=R37_27;genotype=heterozygous;genotype_likelihoods=8.55882087985e-05,0.999914411654,1.37666001367e-10;insert_reference_name=jockey2;left_inserts=;left_mate_count=0;max_mapq=25;nref=9;right_inserts=0,GATATGGACTTAATTGGAAATTAATTAATGCAATAATCCAATTAAGAATTTAATATTTAAAAAGGTGGACTGAATACTTAATACAAGAAGGATAATAGTACGCTAGTCAATTAAATAAAATAATTTCTTTAATAAAATTAAAGGAC;right_mate_count=2;total_left_count=3;total_right_count=4;valid_TSD=True +2R findcluster jockey2 16727068 16727111 6 + . ID=R37_27;softclip_clusters=softclip_test1 +TEST findcluster jockey2 16727068 16727111 6 + . ID=R37_27;softclip_clusters=softclip_test1 X findcluster transposable_element_rover 10766937 10766942 24 + . ID=R37_49;genotype=heterozygous;genotype_likelihoods=6.86863481923e-26,0.999999994797,5.2033283093e-09;insert_reference_name=transposable_element_rover;left_inserts=0,GGGGTGCATATATAGCGCACATATGTACATATTTGTACATATATAGTAACATAATATGCTTCTCATATTACGTTTACATACTTACACTAATTGTACATACAATCTTGCACATGCA,1,CAACAATGTATTATCCTACCGACTGCGCCACTTACGTATTTTACTATTCGAGTCGAACAAATGATCCGTCGTTTGACTAAGATCAACGCCTTTAAAGAAGTTTCAGAATCAACACGAGGTATTTTTTTAGTTTGGA;left_mate_count=4;max_mapq=60;nref=12;right_inserts=0,GGCGTTGATCTTAGTCAAACGACGGATCATTTGTTCGACTCGAATAGTAAAATACGTAAGTATATACATATGCATATGCAGTCCGAATCAAAATCGAAAACAAGAACTGCACTTTTCGCTGCGATTGGGGCACCTTCAGC,1,GTTTACATACTTACACTAATTGTACATACAATCTTGCACATGCATAAACACATCAAACCAGCTTACATTTTTACTTACACTTAAGCGCATGATTTGTTGTGCATCCATACCGTTATTTTTCCGTTCTTTTTTTGTACACATATACTGATTAGACATTCCCGTTTAT,2,CACATATACTGATTAGACATTCCCGTTTATCGCGACTCACTTCGAGCCGATCAAAAACTCTGTACAGTCAGTCTTAAGCCGACAACGAAGAAATAAAGATCCAAACTAAAAAAATACCTCGTGTTGATTCTGAAACTTCTTTAAAGGCGTTGATCTTAGTCAAACGACGGATCATTTGTT;right_mate_count=14;total_left_count=6;total_right_count=18;valid_TSD=True -X findcluster jockey2 16727068 16727111 6 + . ID=R37_27;genotype=heterozygous;genotype_likelihoods=8.55882087985e-05,0.999914411654,1.37666001367e-10;insert_reference_name=jockey2;left_inserts=;left_mate_count=0;max_mapq=25;nref=9;right_inserts=0,GATATGGACTTAATTGGAAATTAATTAATGCAATAATCCAATTAAGAATTTAATATTTAAAAAGGTGGACTGAATACTTAATACAAGAAGGATAATAGTACGCTAGTCAATTAAATAAAATAATTTCTTTAATAAAATTAAAGGAC;right_mate_count=2;total_left_count=3;total_right_count=4;valid_TSD=True;FAIL=clip_seq_in_control +X findcluster jockey2 16727068 16727111 6 + . ID=R37_27;genotype=heterozygous;genotype_likelihoods=8.55882087985e-05,0.999914411654,1.37666001367e-10;insert_reference_name=jockey2;left_inserts=;left_mate_count=0;max_mapq=25;nref=9;right_inserts=0,GATATGGACTTAATTGGAAATTAATTAATGCAATAATCCAATTAAGAATTTAATATTTAAAAAGGTGGACTGAATACTTAATACAAGAAGGATAATAGTACGCTAGTCAATTAAATAAAATAATTTCTTTAATAAAATTAAAGGAC;right_mate_count=2;softclip_clusters=softclip_2,softclip_3;total_left_count=3;total_right_count=4;valid_TSD=True;FAIL=clip_seq_in_control
--- a/test-data/putative_insertions.gff Thu Mar 15 07:20:58 2018 -0400 +++ b/test-data/putative_insertions.gff Sun Apr 01 03:53:15 2018 -0400 @@ -1,3 +1,4 @@ -TEST findcluster jockey2 16727068 16727111 6 + . ID=R37_27;genotype=heterozygous;genotype_likelihoods=8.55882087985e-05,0.999914411654,1.37666001367e-10;insert_reference_name=jockey2;left_inserts=;left_mate_count=0;max_mapq=25;nref=9;right_inserts=0,GATATGGACTTAATTGGAAATTAATTAATGCAATAATCCAATTAAGAATTTAATATTTAAAAAGGTGGACTGAATACTTAATACAAGAAGGATAATAGTACGCTAGTCAATTAAATAAAATAATTTCTTTAATAAAATTAAAGGAC;right_mate_count=2;total_left_count=3;total_right_count=4;valid_TSD=True +2R findcluster jockey2 16727068 16727111 6 + . ID=R37_27;softclip_clusters=softclip_test1 +TEST findcluster jockey2 16727068 16727111 6 + . ID=R37_27;softclip_clusters=softclip_test1 X findcluster transposable_element_rover 10766937 10766942 24 + . ID=R37_49;genotype=heterozygous;genotype_likelihoods=6.86863481923e-26,0.999999994797,5.2033283093e-09;insert_reference_name=transposable_element_rover;left_inserts=0,GGGGTGCATATATAGCGCACATATGTACATATTTGTACATATATAGTAACATAATATGCTTCTCATATTACGTTTACATACTTACACTAATTGTACATACAATCTTGCACATGCA,1,CAACAATGTATTATCCTACCGACTGCGCCACTTACGTATTTTACTATTCGAGTCGAACAAATGATCCGTCGTTTGACTAAGATCAACGCCTTTAAAGAAGTTTCAGAATCAACACGAGGTATTTTTTTAGTTTGGA;left_mate_count=4;max_mapq=60;nref=12;right_inserts=0,GGCGTTGATCTTAGTCAAACGACGGATCATTTGTTCGACTCGAATAGTAAAATACGTAAGTATATACATATGCATATGCAGTCCGAATCAAAATCGAAAACAAGAACTGCACTTTTCGCTGCGATTGGGGCACCTTCAGC,1,GTTTACATACTTACACTAATTGTACATACAATCTTGCACATGCATAAACACATCAAACCAGCTTACATTTTTACTTACACTTAAGCGCATGATTTGTTGTGCATCCATACCGTTATTTTTCCGTTCTTTTTTTGTACACATATACTGATTAGACATTCCCGTTTAT,2,CACATATACTGATTAGACATTCCCGTTTATCGCGACTCACTTCGAGCCGATCAAAAACTCTGTACAGTCAGTCTTAAGCCGACAACGAAGAAATAAAGATCCAAACTAAAAAAATACCTCGTGTTGATTCTGAAACTTCTTTAAAGGCGTTGATCTTAGTCAAACGACGGATCATTTGTT;right_mate_count=14;total_left_count=6;total_right_count=18;valid_TSD=True -X findcluster jockey2 16727068 16727111 6 + . ID=R37_27;genotype=heterozygous;genotype_likelihoods=8.55882087985e-05,0.999914411654,1.37666001367e-10;insert_reference_name=jockey2;left_inserts=;left_mate_count=0;max_mapq=25;nref=9;right_inserts=0,GATATGGACTTAATTGGAAATTAATTAATGCAATAATCCAATTAAGAATTTAATATTTAAAAAGGTGGACTGAATACTTAATACAAGAAGGATAATAGTACGCTAGTCAATTAAATAAAATAATTTCTTTAATAAAATTAAAGGAC;right_mate_count=2;total_left_count=3;total_right_count=4;valid_TSD=True +X findcluster jockey2 16727068 16727111 6 + . ID=R37_27;genotype=heterozygous;genotype_likelihoods=8.55882087985e-05,0.999914411654,1.37666001367e-10;insert_reference_name=jockey2;left_inserts=;left_mate_count=0;max_mapq=25;nref=9;right_inserts=0,GATATGGACTTAATTGGAAATTAATTAATGCAATAATCCAATTAAGAATTTAATATTTAAAAAGGTGGACTGAATACTTAATACAAGAAGGATAATAGTACGCTAGTCAATTAAATAAAATAATTTCTTTAATAAAATTAAAGGAC;right_mate_count=2;softclip_clusters=softclip_2,softclip_3;total_left_count=3;total_right_count=4;valid_TSD=True
--- a/test-data/three_cluster_out.gff Thu Mar 15 07:20:58 2018 -0400 +++ b/test-data/three_cluster_out.gff Sun Apr 01 03:53:15 2018 -0400 @@ -1,8 +1,8 @@ ##gff-version 3 -3R findcluster TE 13373206 13373206 2 + . ID=extended_and_annotated_roi.bam_0;genotype=homozygous;genotype_likelihoods=0.010684606252473286,0.32977179791584216,0.6595435958316843;insert_reference_name=None;left_inserts=;left_mate_count=2;max_mapq=60;nref=0;right_inserts=;right_mate_count=0;total_left_count=2;total_right_count=0;valid_TSD=False -3R find_softclip 3p_clip 13373515 13373524 7 + . Parent=extended_and_annotated_roi.bam_1;consensus=ACATATAGTAACATAATATGCTTCTCATATTACGTTTACATACTTACACTAATTGTAC;max_mapq=60 -3R find_softclip 5p_clip 13373515 13373524 6 + . Parent=extended_and_annotated_roi.bam_1;consensus=CTTAGTCAAACGACGGATCATTTGTTCGACTCGAATAGTAAAATACGTAAGT;max_mapq=60 -3R findcluster TE 13373515 13373524 20 + . ID=extended_and_annotated_roi.bam_1;genotype=homozygous;genotype_likelihoods=6.2761999508986e-30,1.9073449948406318e-06,0.9999980926550052;insert_reference_name=None;left_inserts=0,GGAAAAATAACGGTATGGATGCACAACAAATCATGCGCTTAAGTGTAAGTAAAAATGTAAGCTGGTTTGATGTGTTTATGCATGTGCAAGATTGTATGTACAATTAGTGTAAGTATGTAAACGTAATATGAGAAGCATATTATGTTACTATATGTATATGTCCATATGTCCATATGCATACGAATTGGCGCACTTGCTTATATTTGATATGAGTTTGTTAGTTAGATACATTCCGAG;left_mate_count=6;max_mapq=60;nref=0;right_inserts=0,GACAACGAAGAAATAAAGATCCAAACTAAAAAAATACCTCGTGTTGATTCTGAAACTTCTTTAAAGGCGTTGATCTTAGTCAAACGACGGATCATTTGTTCGACTCGAATAGTAAAATACGTAAGTATATAGATAGTCTATATTAATTTTAAAAGCTCAAAGGGGCGCAAGTCTCTCTCATCAGTTGTGTCTTTAGTTTTTTTGATTTGGTTTGGTG;right_mate_count=6;total_left_count=9;total_right_count=11;valid_TSD=False -3R findcluster TE 13374539 13374676 1 + . ID=extended_and_annotated_roi.bam_2;genotype=homozygous;genotype_likelihoods=0.21259842519685054,0.3937007874015747;insert_reference_name=None;left_inserts=;left_mate_count=0;max_mapq=60;nref=0;right_inserts=;right_mate_count=1;total_left_count=0;total_right_count=1;valid_TSD=False -3R findcluster TE 13374595 13374709 2 + . ID=extended_and_annotated_roi.bam_3;genotype=homozygous;genotype_likelihoods=0.010684606252473286,0.32977179791584216,0.6595435958316843;insert_reference_name=None;left_inserts=0,GTTCACCCGCGTCCGAGTTCCTGCTCCACTACTCCCTGGCTGCTGACTCACTGTTGTTATAGGGGTGGCTTCCCCTCTGTTCTTCCTGGGGGAATGCTGCATCTTCCCCAGCTCCAAAATGGCGG;left_mate_count=2;max_mapq=60;nref=0;right_inserts=;right_mate_count=0;total_left_count=2;total_right_count=0;valid_TSD=False -3R find_softclip 5p_clip 13374677 13374676 1 + . ID=extended_and_annotated_roi.bam_4;consensus=TGGCAAAACATATGCAAAGTGCA;max_mapq=60 +3R findcluster TE 13373206 13373206 2 + . ID=extended_and_annotated_roi.bam_0;genotype=homozygous;genotype_likelihoods=0.010684606252473286,0.32977179791584216,0.6595435958316843;insert_reference_name=None;left_inserts=;left_mate_count=2;max_mapq=60;nref=0;right_inserts=;right_mate_count=0;softclip_clusters=;total_left_count=2;total_right_count=0;valid_TSD=False +3R find_softclip 3p_clip 13373515 13373514 7 + . ID=SOFTCLIP_8392192716115976782;consensus=ACATATAGTAACATAATATGCTTCTCATATTACGTTTACATACTTACACTAATTGTAC;max_mapq=60 +3R findcluster TE 13373515 13373524 20 + . ID=extended_and_annotated_roi.bam_1;genotype=homozygous;genotype_likelihoods=6.2761999508986e-30,1.9073449948406318e-06,0.9999980926550052;insert_reference_name=None;left_inserts=GGAAAAATAACGGTATGGATGCACAACAAATCATGCGCTTAAGTGTAAGTAAAAATGTAAGCTGGTTTGATGTGTTTATGCATGTGCAAGATTGTATGTACAATTAGTGTAAGTATGTAAACGTAATATGAGAAGCATATTATGTTACTATATGTATATGTCCATATGTCCATATGCATACGAATTGGCGCACTTGCTTATATTTGATATGAGTTTGTTAGTTAGATACATTCCGAG;left_mate_count=6;max_mapq=60;nref=0;right_inserts=GACAACGAAGAAATAAAGATCCAAACTAAAAAAATACCTCGTGTTGATTCTGAAACTTCTTTAAAGGCGTTGATCTTAGTCAAACGACGGATCATTTGTTCGACTCGAATAGTAAAATACGTAAGTATATAGATAGTCTATATTAATTTTAAAAGCTCAAAGGGGCGCAAGTCTCTCTCATCAGTTGTGTCTTTAGTTTTTTTGATTTGGTTTGGTG;right_mate_count=6;softclip_clusters=SOFTCLIP_8392192716115976782,SOFTCLIP_3495167510329773485;total_left_count=9;total_right_count=11;valid_TSD=False +3R find_softclip 5p_clip 13373525 13373524 6 + . ID=SOFTCLIP_3495167510329773485;consensus=CTTAGTCAAACGACGGATCATTTGTTCGACTCGAATAGTAAAATACGTAAGT;max_mapq=60 +3R findcluster TE 13374539 13374676 1 + . ID=extended_and_annotated_roi.bam_2;genotype=homozygous;genotype_likelihoods=0.21259842519685054,0.3937007874015747;insert_reference_name=None;left_inserts=;left_mate_count=0;max_mapq=60;nref=0;right_inserts=;right_mate_count=1;softclip_clusters=;total_left_count=0;total_right_count=1;valid_TSD=False +3R findcluster TE 13374595 13374709 2 + . ID=extended_and_annotated_roi.bam_3;genotype=homozygous;genotype_likelihoods=0.010684606252473286,0.32977179791584216,0.6595435958316843;insert_reference_name=None;left_inserts=GTTCACCCGCGTCCGAGTTCCTGCTCCACTACTCCCTGGCTGCTGACTCACTGTTGTTATAGGGGTGGCTTCCCCTCTGTTCTTCCTGGGGGAATGCTGCATCTTCCCCAGCTCCAAAATGGCGG;left_mate_count=2;max_mapq=60;nref=0;right_inserts=;right_mate_count=0;softclip_clusters=;total_left_count=2;total_right_count=0;valid_TSD=False +3R find_softclip 5p_clip 13374677 13374676 1 + . ID=SOFTCLIP_2520711244791099460;consensus=TGGCAAAACATATGCAAAGTGCA;max_mapq=60
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/three_cluster_out.vcf Sun Apr 01 03:53:15 2018 -0400 @@ -0,0 +1,1916 @@ +##fileformat=VCFv4.1 +##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed"> +##fileDate=2018-03-30 15:24:43.667621 +##source=readtagger-v1.2.3 +##contig=<ID=2L,length=23513712> +##contig=<ID=2R,length=25286936> +##contig=<ID=3L,length=28110227> +##contig=<ID=3R,length=32079331> +##contig=<ID=4,length=1348131> +##contig=<ID=X,length=23542271> +##contig=<ID=Y,length=3667352> +##contig=<ID=2Cen_mapped_Scaffold_10_D1684,length=19956> +##contig=<ID=2Cen_mapped_Scaffold_43_D1668,length=44411> +##contig=<ID=2R2_mapped_Scaffold_56_D1828,length=13157> +##contig=<ID=3Cen_mapped_Scaffold_1_D1896_D1895,length=76224> +##contig=<ID=3Cen_mapped_Scaffold_27_D1777,length=11983> +##contig=<ID=3Cen_mapped_Scaffold_31_D1643_D1653_D1791,length=87365> +##contig=<ID=3Cen_mapped_Scaffold_36_D1605,length=36913> +##contig=<ID=3Cen_mapped_Scaffold_41_D1641,length=22604> +##contig=<ID=3Cen_mapped_Scaffold_50_D1686,length=23238> +##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_4_D1555_D1692,length=86267> +##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_8_D1580_D1567,length=88768> +##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_11_D1754,length=36482> +##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_13_D1782,length=25537> +##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_17_D1756_D1775,length=62570> +##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_22_D1753,length=45120> +##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_24_D1707,length=22882> +##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_28_D1723,length=46986> +##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_29_D1705,length=37106> +##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_32_D1773,length=16157> +##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_35_D1599,length=57785> +##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_37_D1608,length=20763> +##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_38_D1625,length=28305> +##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_44_D1670,length=25698> +##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_45_D1673,length=29583> +##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_46_D1675,length=25560> +##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_48_D1678,length=26115> +##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_51_D1697,length=13455> +##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_52_D1739,length=43383> +##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_54_D1776,length=12632> +##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_58_D1862,length=10091> +##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_60_D1601,length=24503> +##contig=<ID=211000022278279,length=12714> +##contig=<ID=X3X4_mapped_Scaffold_6_D1712,length=33320> +##contig=<ID=X3X4_mapped_Scaffold_14_D1732,length=27447> +##contig=<ID=XY_mapped_Scaffold_42_D1648,length=47411> +##contig=<ID=Y_mapped_Scaffold_5_D1748_D1610,length=73091> +##contig=<ID=Y_mapped_Scaffold_9_D1573,length=66731> +##contig=<ID=Y_mapped_Scaffold_12_D1771,length=66439> +##contig=<ID=Y_mapped_Scaffold_15_D1727,length=33316> +##contig=<ID=Y_mapped_Scaffold_18_D1698,length=34521> +##contig=<ID=Y_mapped_Scaffold_20_D1762_D1719,length=39041> +##contig=<ID=Y_mapped_Scaffold_21_D1683_D1693,length=34359> +##contig=<ID=Y_mapped_Scaffold_23_D1638,length=31460> +##contig=<ID=Y_mapped_Scaffold_26_D1717,length=21921> +##contig=<ID=Y_mapped_Scaffold_30_D1720,length=25805> +##contig=<ID=Y_mapped_Scaffold_34_D1584,length=24380> +##contig=<ID=Y_mapped_Scaffold_53_D1765,length=44104> +##contig=<ID=211000022279762,length=11498> +##contig=<ID=rDNA,length=76973> +##contig=<ID=211000022278033,length=1143> +##contig=<ID=211000022278089,length=4222> +##contig=<ID=211000022278170,length=1160> +##contig=<ID=211000022278224,length=1650> +##contig=<ID=211000022278269,length=11430> +##contig=<ID=211000022278354,length=21074> +##contig=<ID=211000022278391,length=1152> +##contig=<ID=211000022278415,length=25840> +##contig=<ID=211000022278678,length=1966> +##contig=<ID=211000022278894,length=1303> +##contig=<ID=211000022278978,length=12424> +##contig=<ID=211000022279018,length=6860> +##contig=<ID=211000022279130,length=1990> +##contig=<ID=211000022279169,length=3120> +##contig=<ID=211000022279344,length=4573> +##contig=<ID=211000022279387,length=1044> +##contig=<ID=211000022279450,length=1719> +##contig=<ID=211000022279594,length=12148> +##contig=<ID=211000022279735,length=7722> +##contig=<ID=211000022280087,length=4986> +##contig=<ID=211000022280171,length=2784> +##contig=<ID=211000022280577,length=3013> +##contig=<ID=211000022280583,length=5026> +##contig=<ID=211000022280626,length=2419> +##contig=<ID=211000022280652,length=4581> +##contig=<ID=211000022278095,length=1008> +##contig=<ID=211000022278096,length=1148> +##contig=<ID=211000022278164,length=3073> +##contig=<ID=211000022278171,length=1193> +##contig=<ID=211000022278205,length=2176> +##contig=<ID=211000022278493,length=2442> +##contig=<ID=211000022278521,length=1549> +##contig=<ID=211000022278535,length=1045> +##contig=<ID=211000022278581,length=3010> +##contig=<ID=211000022278611,length=3648> +##contig=<ID=211000022278672,length=2221> +##contig=<ID=211000022278673,length=1165> +##contig=<ID=211000022278676,length=1378> +##contig=<ID=211000022278711,length=2084> +##contig=<ID=211000022278712,length=5060> +##contig=<ID=211000022278765,length=4400> +##contig=<ID=211000022278858,length=2435> +##contig=<ID=211000022278859,length=1081> +##contig=<ID=211000022278860,length=2253> +##contig=<ID=211000022278888,length=2200> +##contig=<ID=211000022278889,length=1262> +##contig=<ID=211000022278926,length=4465> +##contig=<ID=211000022279011,length=2291> +##contig=<ID=211000022279095,length=1189> +##contig=<ID=211000022279096,length=2060> +##contig=<ID=211000022279097,length=1832> +##contig=<ID=211000022279116,length=2529> +##contig=<ID=211000022279117,length=1029> +##contig=<ID=211000022279118,length=2198> +##contig=<ID=211000022279139,length=1849> +##contig=<ID=211000022279147,length=5891> +##contig=<ID=211000022279148,length=1146> +##contig=<ID=211000022279155,length=1076> +##contig=<ID=211000022279156,length=1227> +##contig=<ID=211000022279157,length=2670> +##contig=<ID=211000022279158,length=1900> +##contig=<ID=211000022279159,length=1747> +##contig=<ID=211000022279191,length=2549> +##contig=<ID=211000022279265,length=3197> +##contig=<ID=211000022279308,length=1019> +##contig=<ID=211000022279309,length=1156> +##contig=<ID=211000022279310,length=2103> +##contig=<ID=211000022279370,length=3622> +##contig=<ID=211000022279371,length=1375> +##contig=<ID=211000022279372,length=3913> +##contig=<ID=211000022279373,length=2536> +##contig=<ID=211000022279376,length=2046> +##contig=<ID=211000022279389,length=4436> +##contig=<ID=211000022279463,length=4381> +##contig=<ID=211000022279480,length=1208> +##contig=<ID=211000022279517,length=2060> +##contig=<ID=211000022279521,length=2795> +##contig=<ID=211000022279522,length=1445> +##contig=<ID=211000022279538,length=1863> +##contig=<ID=211000022279539,length=6237> +##contig=<ID=211000022279540,length=1487> +##contig=<ID=211000022279575,length=1696> +##contig=<ID=211000022279576,length=1117> +##contig=<ID=211000022279578,length=1083> +##contig=<ID=211000022279613,length=3503> +##contig=<ID=211000022279634,length=5281> +##contig=<ID=211000022279645,length=1227> +##contig=<ID=211000022279647,length=1219> +##contig=<ID=211000022279691,length=1577> +##contig=<ID=211000022279692,length=1286> +##contig=<ID=211000022279693,length=1014> +##contig=<ID=211000022279694,length=1391> +##contig=<ID=211000022279695,length=8007> +##contig=<ID=211000022279699,length=1294> +##contig=<ID=211000022279700,length=3157> +##contig=<ID=211000022279711,length=2438> +##contig=<ID=211000022279743,length=3806> +##contig=<ID=211000022279744,length=1133> +##contig=<ID=211000022279745,length=1806> +##contig=<ID=211000022279746,length=2793> +##contig=<ID=211000022279849,length=2510> +##contig=<ID=211000022279850,length=2431> +##contig=<ID=211000022279858,length=1776> +##contig=<ID=211000022279866,length=2470> +##contig=<ID=211000022279868,length=3156> +##contig=<ID=211000022279869,length=9341> +##contig=<ID=211000022279872,length=1218> +##contig=<ID=211000022279898,length=2516> +##contig=<ID=211000022279948,length=2796> +##contig=<ID=211000022279953,length=3227> +##contig=<ID=211000022279964,length=2822> +##contig=<ID=211000022280008,length=3209> +##contig=<ID=211000022280015,length=4820> +##contig=<ID=211000022280037,length=2928> +##contig=<ID=211000022280046,length=6062> +##contig=<ID=211000022280051,length=1086> +##contig=<ID=211000022280058,length=2325> +##contig=<ID=211000022280070,length=2108> +##contig=<ID=211000022280080,length=3044> +##contig=<ID=211000022280081,length=1219> +##contig=<ID=211000022280093,length=3009> +##contig=<ID=211000022280098,length=4081> +##contig=<ID=211000022280105,length=3277> +##contig=<ID=211000022280126,length=1225> +##contig=<ID=211000022280127,length=3553> +##contig=<ID=211000022280128,length=4378> +##contig=<ID=211000022280131,length=1586> +##contig=<ID=211000022280137,length=2611> +##contig=<ID=211000022280149,length=1048> +##contig=<ID=211000022280202,length=4273> +##contig=<ID=211000022280214,length=2794> +##contig=<ID=211000022280227,length=2860> +##contig=<ID=211000022280251,length=2914> +##contig=<ID=211000022280284,length=2644> +##contig=<ID=211000022280314,length=1209> +##contig=<ID=211000022280446,length=3970> +##contig=<ID=211000022280462,length=5772> +##contig=<ID=211000022280473,length=4289> +##contig=<ID=211000022280490,length=7314> +##contig=<ID=211000022280498,length=3818> +##contig=<ID=211000022280503,length=4701> +##contig=<ID=211000022280508,length=4182> +##contig=<ID=211000022280520,length=2577> +##contig=<ID=211000022280524,length=3268> +##contig=<ID=211000022280533,length=3402> +##contig=<ID=211000022280551,length=3737> +##contig=<ID=211000022280560,length=4135> +##contig=<ID=211000022280564,length=3302> +##contig=<ID=211000022280589,length=4933> +##contig=<ID=211000022280621,length=2216> +##contig=<ID=211000022280643,length=2425> +##contig=<ID=211000022280653,length=4150> +##contig=<ID=211000022280654,length=3574> +##contig=<ID=211000022280655,length=5952> +##contig=<ID=211000022280688,length=1153> +##contig=<ID=211000022280772,length=15417> +##contig=<ID=211000022280659,length=14503> +##contig=<ID=211000022279579,length=13416> +##contig=<ID=211000022280596,length=13501> +##contig=<ID=211000022279719,length=13455> +##contig=<ID=211000022279098,length=12368> +##contig=<ID=211000022280761,length=18299> +##contig=<ID=211000022280328,length=14098> +##contig=<ID=211000022278031,length=1021> +##contig=<ID=211000022278032,length=6936> +##contig=<ID=211000022278038,length=1395> +##contig=<ID=211000022278047,length=2020> +##contig=<ID=211000022278049,length=27456> +##contig=<ID=211000022278072,length=1127> +##contig=<ID=211000022278074,length=1003> +##contig=<ID=211000022278090,length=1097> +##contig=<ID=211000022278091,length=1185> +##contig=<ID=211000022278098,length=2820> +##contig=<ID=211000022278100,length=3924> +##contig=<ID=211000022278106,length=1058> +##contig=<ID=211000022278114,length=2665> +##contig=<ID=211000022278119,length=1163> +##contig=<ID=211000022278120,length=2008> +##contig=<ID=211000022278123,length=1126> +##contig=<ID=211000022278127,length=1343> +##contig=<ID=211000022278132,length=1714> +##contig=<ID=211000022278134,length=1152> +##contig=<ID=211000022278136,length=1232> +##contig=<ID=211000022278137,length=1004> +##contig=<ID=211000022278138,length=2088> +##contig=<ID=211000022278139,length=1432> +##contig=<ID=211000022278140,length=1132> +##contig=<ID=211000022278143,length=1140> +##contig=<ID=211000022278144,length=1330> +##contig=<ID=211000022278145,length=1123> +##contig=<ID=211000022278151,length=1334> +##contig=<ID=211000022278152,length=1006> +##contig=<ID=211000022278157,length=1346> +##contig=<ID=211000022278158,length=1036> +##contig=<ID=211000022278166,length=1178> +##contig=<ID=211000022278167,length=1404> +##contig=<ID=211000022278174,length=1153> +##contig=<ID=211000022278176,length=1571> +##contig=<ID=211000022278178,length=2266> +##contig=<ID=211000022278179,length=1001> +##contig=<ID=211000022278182,length=1504> +##contig=<ID=211000022278184,length=1160> +##contig=<ID=211000022278185,length=12681> +##contig=<ID=211000022278191,length=1148> +##contig=<ID=211000022278194,length=1315> +##contig=<ID=211000022278195,length=3806> +##contig=<ID=211000022278196,length=1214> +##contig=<ID=211000022278197,length=1099> +##contig=<ID=211000022278199,length=1052> +##contig=<ID=211000022278200,length=1112> +##contig=<ID=211000022278202,length=1184> +##contig=<ID=211000022278203,length=3463> +##contig=<ID=211000022278204,length=1310> +##contig=<ID=211000022278206,length=2090> +##contig=<ID=211000022278207,length=1025> +##contig=<ID=211000022278210,length=1508> +##contig=<ID=211000022278211,length=1956> +##contig=<ID=211000022278212,length=1337> +##contig=<ID=211000022278215,length=8346> +##contig=<ID=211000022278216,length=2076> +##contig=<ID=211000022278217,length=14687> +##contig=<ID=211000022278219,length=3162> +##contig=<ID=211000022278220,length=2330> +##contig=<ID=211000022278221,length=1135> +##contig=<ID=211000022278223,length=1086> +##contig=<ID=211000022278240,length=1045> +##contig=<ID=211000022278244,length=1540> +##contig=<ID=211000022278247,length=1013> +##contig=<ID=211000022278248,length=1114> +##contig=<ID=211000022278253,length=1063> +##contig=<ID=211000022278254,length=2006> +##contig=<ID=211000022278256,length=1380> +##contig=<ID=211000022278257,length=1115> +##contig=<ID=211000022278258,length=1013> +##contig=<ID=211000022278260,length=1061> +##contig=<ID=211000022278262,length=1436> +##contig=<ID=211000022278263,length=1144> +##contig=<ID=211000022278265,length=1178> +##contig=<ID=211000022278267,length=1163> +##contig=<ID=211000022278271,length=1974> +##contig=<ID=211000022278272,length=1010> +##contig=<ID=211000022278273,length=12027> +##contig=<ID=211000022278274,length=1893> +##contig=<ID=211000022278276,length=1063> +##contig=<ID=211000022278280,length=3089> +##contig=<ID=211000022278281,length=1259> +##contig=<ID=211000022278282,length=2511> +##contig=<ID=211000022278283,length=1155> +##contig=<ID=211000022278284,length=2017> +##contig=<ID=211000022278285,length=1107> +##contig=<ID=211000022278286,length=1446> +##contig=<ID=211000022278287,length=1020> +##contig=<ID=211000022278290,length=1195> +##contig=<ID=211000022278291,length=1038> +##contig=<ID=211000022278294,length=1138> +##contig=<ID=211000022278295,length=1154> +##contig=<ID=211000022278296,length=1163> +##contig=<ID=211000022278301,length=1078> +##contig=<ID=211000022278302,length=1262> +##contig=<ID=211000022278304,length=1928> +##contig=<ID=211000022278305,length=1040> +##contig=<ID=211000022278306,length=1710> +##contig=<ID=211000022278311,length=1071> +##contig=<ID=211000022278312,length=3458> +##contig=<ID=211000022278313,length=1162> +##contig=<ID=211000022278327,length=2576> +##contig=<ID=211000022278328,length=1123> +##contig=<ID=211000022278333,length=1136> +##contig=<ID=211000022278334,length=1552> +##contig=<ID=211000022278335,length=2390> +##contig=<ID=211000022278345,length=1105> +##contig=<ID=211000022278348,length=1277> +##contig=<ID=211000022278349,length=1088> +##contig=<ID=211000022278351,length=4183> +##contig=<ID=211000022278356,length=1272> +##contig=<ID=211000022278357,length=1051> +##contig=<ID=211000022278362,length=1998> +##contig=<ID=211000022278366,length=1416> +##contig=<ID=211000022278369,length=1234> +##contig=<ID=211000022278370,length=1189> +##contig=<ID=211000022278371,length=1078> +##contig=<ID=211000022278372,length=4163> +##contig=<ID=211000022278376,length=1594> +##contig=<ID=211000022278377,length=1025> +##contig=<ID=211000022278378,length=2905> +##contig=<ID=211000022278384,length=1001> +##contig=<ID=211000022278385,length=1062> +##contig=<ID=211000022278386,length=1029> +##contig=<ID=211000022278387,length=2354> +##contig=<ID=211000022278388,length=1732> +##contig=<ID=211000022278390,length=11985> +##contig=<ID=211000022278392,length=3650> +##contig=<ID=211000022278395,length=2999> +##contig=<ID=211000022278396,length=3553> +##contig=<ID=211000022278398,length=3100> +##contig=<ID=211000022278399,length=11951> +##contig=<ID=211000022278401,length=1147> +##contig=<ID=211000022278403,length=1159> +##contig=<ID=211000022278404,length=2849> +##contig=<ID=211000022278406,length=1926> +##contig=<ID=211000022278407,length=1190> +##contig=<ID=211000022278409,length=1206> +##contig=<ID=211000022278410,length=1050> +##contig=<ID=211000022278412,length=1126> +##contig=<ID=211000022278413,length=1366> +##contig=<ID=211000022278416,length=1157> +##contig=<ID=211000022278419,length=1051> +##contig=<ID=211000022278420,length=1416> +##contig=<ID=211000022278421,length=2697> +##contig=<ID=211000022278423,length=1165> +##contig=<ID=211000022278424,length=1014> +##contig=<ID=211000022278426,length=2636> +##contig=<ID=211000022278427,length=1044> +##contig=<ID=211000022278429,length=1181> +##contig=<ID=211000022278430,length=1200> +##contig=<ID=211000022278432,length=1171> +##contig=<ID=211000022278435,length=1900> +##contig=<ID=211000022278438,length=3159> +##contig=<ID=211000022278439,length=2043> +##contig=<ID=211000022278440,length=2744> +##contig=<ID=211000022278441,length=1070> +##contig=<ID=211000022278445,length=1130> +##contig=<ID=211000022278446,length=1945> +##contig=<ID=211000022278451,length=1533> +##contig=<ID=211000022278452,length=2575> +##contig=<ID=211000022278456,length=1475> +##contig=<ID=211000022278497,length=1175> +##contig=<ID=211000022278503,length=1199> +##contig=<ID=211000022278506,length=2059> +##contig=<ID=211000022278507,length=2390> +##contig=<ID=211000022278511,length=1123> +##contig=<ID=211000022278514,length=1118> +##contig=<ID=211000022278515,length=1986> +##contig=<ID=211000022278517,length=1038> +##contig=<ID=211000022278520,length=1162> +##contig=<ID=211000022278525,length=1586> +##contig=<ID=211000022278526,length=1067> +##contig=<ID=211000022278528,length=1962> +##contig=<ID=211000022278530,length=1052> +##contig=<ID=211000022278533,length=1114> +##contig=<ID=211000022278536,length=2304> +##contig=<ID=211000022278537,length=1090> +##contig=<ID=211000022278539,length=1005> +##contig=<ID=211000022278540,length=1062> +##contig=<ID=211000022278541,length=1033> +##contig=<ID=211000022278546,length=2668> +##contig=<ID=211000022278547,length=1195> +##contig=<ID=211000022278548,length=1415> +##contig=<ID=211000022278549,length=11743> +##contig=<ID=211000022278550,length=1466> +##contig=<ID=211000022278556,length=5323> +##contig=<ID=211000022278558,length=1416> +##contig=<ID=211000022278559,length=1719> +##contig=<ID=211000022278562,length=1035> +##contig=<ID=211000022278568,length=1432> +##contig=<ID=211000022278569,length=1198> +##contig=<ID=211000022278571,length=1054> +##contig=<ID=211000022278573,length=1082> +##contig=<ID=211000022278574,length=1297> +##contig=<ID=211000022278575,length=1374> +##contig=<ID=211000022278576,length=1001> +##contig=<ID=211000022278580,length=1270> +##contig=<ID=211000022278582,length=1229> +##contig=<ID=211000022278585,length=1020> +##contig=<ID=211000022278588,length=1030> +##contig=<ID=211000022278589,length=2005> +##contig=<ID=211000022278592,length=1081> +##contig=<ID=211000022278593,length=1391> +##contig=<ID=211000022278594,length=1502> +##contig=<ID=211000022278597,length=1567> +##contig=<ID=211000022278599,length=1042> +##contig=<ID=211000022278600,length=1072> +##contig=<ID=211000022278602,length=3681> +##contig=<ID=211000022278604,length=1280> +##contig=<ID=211000022278641,length=1047> +##contig=<ID=211000022278650,length=1007> +##contig=<ID=211000022278651,length=1222> +##contig=<ID=211000022278652,length=2185> +##contig=<ID=211000022278653,length=14006> +##contig=<ID=211000022278668,length=1190> +##contig=<ID=211000022278675,length=3950> +##contig=<ID=211000022278680,length=1030> +##contig=<ID=211000022278686,length=11126> +##contig=<ID=211000022278688,length=1173> +##contig=<ID=211000022278689,length=1373> +##contig=<ID=211000022278697,length=3708> +##contig=<ID=211000022278699,length=1063> +##contig=<ID=211000022278702,length=1179> +##contig=<ID=211000022278707,length=2027> +##contig=<ID=211000022278708,length=1161> +##contig=<ID=211000022278714,length=1308> +##contig=<ID=211000022278716,length=2383> +##contig=<ID=211000022278717,length=1247> +##contig=<ID=211000022278718,length=1006> +##contig=<ID=211000022278720,length=1059> +##contig=<ID=211000022278721,length=1490> +##contig=<ID=211000022278723,length=4295> +##contig=<ID=211000022278727,length=1231> +##contig=<ID=211000022278729,length=1205> +##contig=<ID=211000022278730,length=1074> +##contig=<ID=211000022278732,length=2617> +##contig=<ID=211000022278733,length=1518> +##contig=<ID=211000022278735,length=1294> +##contig=<ID=211000022278738,length=2570> +##contig=<ID=211000022278740,length=2491> +##contig=<ID=211000022278744,length=2991> +##contig=<ID=211000022278745,length=1140> +##contig=<ID=211000022278747,length=1120> +##contig=<ID=211000022278748,length=1208> +##contig=<ID=211000022278750,length=1134> +##contig=<ID=211000022278751,length=1124> +##contig=<ID=211000022278754,length=1610> +##contig=<ID=211000022278755,length=1225> +##contig=<ID=211000022278757,length=1347> +##contig=<ID=211000022278758,length=1223> +##contig=<ID=211000022278759,length=1018> +##contig=<ID=211000022278761,length=1084> +##contig=<ID=211000022278768,length=3477> +##contig=<ID=211000022278769,length=1194> +##contig=<ID=211000022278773,length=1263> +##contig=<ID=211000022278776,length=1076> +##contig=<ID=211000022278777,length=12354> +##contig=<ID=211000022278780,length=2033> +##contig=<ID=211000022278781,length=1167> +##contig=<ID=211000022278785,length=3080> +##contig=<ID=211000022278786,length=1504> +##contig=<ID=211000022278788,length=1130> +##contig=<ID=211000022278790,length=2733> +##contig=<ID=211000022278793,length=1344> +##contig=<ID=211000022278794,length=2783> +##contig=<ID=211000022278804,length=1047> +##contig=<ID=211000022278807,length=1139> +##contig=<ID=211000022278808,length=1240> +##contig=<ID=211000022278848,length=1251> +##contig=<ID=211000022278849,length=11569> +##contig=<ID=211000022278862,length=1103> +##contig=<ID=211000022278865,length=1328> +##contig=<ID=211000022278870,length=1150> +##contig=<ID=211000022278875,length=13906> +##contig=<ID=211000022278883,length=2984> +##contig=<ID=211000022278884,length=1027> +##contig=<ID=211000022278887,length=1258> +##contig=<ID=211000022278890,length=1926> +##contig=<ID=211000022278891,length=1550> +##contig=<ID=211000022278898,length=1025> +##contig=<ID=211000022278899,length=1304> +##contig=<ID=211000022278901,length=1160> +##contig=<ID=211000022278903,length=1075> +##contig=<ID=211000022278915,length=1302> +##contig=<ID=211000022278916,length=12399> +##contig=<ID=211000022278917,length=1075> +##contig=<ID=211000022278919,length=2081> +##contig=<ID=211000022278922,length=2033> +##contig=<ID=211000022278923,length=2791> +##contig=<ID=211000022278927,length=2521> +##contig=<ID=211000022278928,length=1139> +##contig=<ID=211000022278929,length=1905> +##contig=<ID=211000022278932,length=1262> +##contig=<ID=211000022278934,length=2344> +##contig=<ID=211000022278937,length=2626> +##contig=<ID=211000022278940,length=1168> +##contig=<ID=211000022278943,length=1241> +##contig=<ID=211000022278944,length=1117> +##contig=<ID=211000022278945,length=3864> +##contig=<ID=211000022278946,length=1158> +##contig=<ID=211000022278947,length=1521> +##contig=<ID=211000022278948,length=1029> +##contig=<ID=211000022278949,length=1412> +##contig=<ID=211000022278952,length=2903> +##contig=<ID=211000022278953,length=2227> +##contig=<ID=211000022278958,length=1133> +##contig=<ID=211000022278960,length=5182> +##contig=<ID=211000022278962,length=1293> +##contig=<ID=211000022278963,length=2541> +##contig=<ID=211000022278966,length=4225> +##contig=<ID=211000022278968,length=2105> +##contig=<ID=211000022278969,length=1608> +##contig=<ID=211000022278970,length=1035> +##contig=<ID=211000022278972,length=1025> +##contig=<ID=211000022278973,length=1264> +##contig=<ID=211000022278974,length=14199> +##contig=<ID=211000022278977,length=1131> +##contig=<ID=211000022278979,length=1611> +##contig=<ID=211000022278980,length=1278> +##contig=<ID=211000022278982,length=1976> +##contig=<ID=211000022278983,length=1041> +##contig=<ID=211000022278988,length=1872> +##contig=<ID=211000022278989,length=1056> +##contig=<ID=211000022278992,length=1728> +##contig=<ID=211000022278993,length=1263> +##contig=<ID=211000022278996,length=1043> +##contig=<ID=211000022279000,length=2394> +##contig=<ID=211000022279001,length=12002> +##contig=<ID=211000022279002,length=1826> +##contig=<ID=211000022279003,length=2588> +##contig=<ID=211000022279013,length=1076> +##contig=<ID=211000022279014,length=1109> +##contig=<ID=211000022279015,length=1263> +##contig=<ID=211000022279016,length=1001> +##contig=<ID=211000022279017,length=1219> +##contig=<ID=211000022279021,length=2881> +##contig=<ID=211000022279022,length=12632> +##contig=<ID=211000022279023,length=1374> +##contig=<ID=211000022279029,length=1882> +##contig=<ID=211000022279039,length=2190> +##contig=<ID=211000022279040,length=1581> +##contig=<ID=211000022279042,length=1117> +##contig=<ID=211000022279044,length=2092> +##contig=<ID=211000022279048,length=1299> +##contig=<ID=211000022279049,length=1754> +##contig=<ID=211000022279050,length=1035> +##contig=<ID=211000022279051,length=1097> +##contig=<ID=211000022279052,length=4188> +##contig=<ID=211000022279053,length=1035> +##contig=<ID=211000022279056,length=2547> +##contig=<ID=211000022279057,length=1098> +##contig=<ID=211000022279058,length=2352> +##contig=<ID=211000022279061,length=2884> +##contig=<ID=211000022279069,length=1157> +##contig=<ID=211000022279070,length=2447> +##contig=<ID=211000022279087,length=1289> +##contig=<ID=211000022279088,length=1132> +##contig=<ID=211000022279089,length=544> +##contig=<ID=211000022279091,length=4377> +##contig=<ID=211000022279094,length=13317> +##contig=<ID=211000022279100,length=1352> +##contig=<ID=211000022279102,length=1110> +##contig=<ID=211000022279114,length=14983> +##contig=<ID=211000022279115,length=1135> +##contig=<ID=211000022279120,length=1026> +##contig=<ID=211000022279121,length=1785> +##contig=<ID=211000022279124,length=1236> +##contig=<ID=211000022279125,length=1132> +##contig=<ID=211000022279126,length=2487> +##contig=<ID=211000022279127,length=1200> +##contig=<ID=211000022279128,length=1225> +##contig=<ID=211000022279132,length=1005> +##contig=<ID=211000022279135,length=1159> +##contig=<ID=211000022279141,length=1076> +##contig=<ID=211000022279143,length=1304> +##contig=<ID=211000022279144,length=1231> +##contig=<ID=211000022279146,length=12856> +##contig=<ID=211000022279149,length=1064> +##contig=<ID=211000022279151,length=1090> +##contig=<ID=211000022279152,length=1468> +##contig=<ID=211000022279154,length=1079> +##contig=<ID=211000022279160,length=1103> +##contig=<ID=211000022279162,length=1998> +##contig=<ID=211000022279168,length=1045> +##contig=<ID=211000022279172,length=1253> +##contig=<ID=211000022279175,length=1144> +##contig=<ID=211000022279177,length=6076> +##contig=<ID=211000022279178,length=2438> +##contig=<ID=211000022279179,length=3073> +##contig=<ID=211000022279180,length=1011> +##contig=<ID=211000022279182,length=1277> +##contig=<ID=211000022279183,length=1231> +##contig=<ID=211000022279185,length=1210> +##contig=<ID=211000022279189,length=11958> +##contig=<ID=211000022279192,length=1843> +##contig=<ID=211000022279193,length=2462> +##contig=<ID=211000022279195,length=1022> +##contig=<ID=211000022279197,length=2369> +##contig=<ID=211000022279198,length=2030> +##contig=<ID=211000022279199,length=1872> +##contig=<ID=211000022279200,length=1008> +##contig=<ID=211000022279203,length=1116> +##contig=<ID=211000022279207,length=1484> +##contig=<ID=211000022279208,length=1761> +##contig=<ID=211000022279212,length=1126> +##contig=<ID=211000022279214,length=2555> +##contig=<ID=211000022279215,length=1012> +##contig=<ID=211000022279217,length=1966> +##contig=<ID=211000022279218,length=1246> +##contig=<ID=211000022279221,length=1119> +##contig=<ID=211000022279228,length=1933> +##contig=<ID=211000022279229,length=3490> +##contig=<ID=211000022279230,length=1775> +##contig=<ID=211000022279232,length=1148> +##contig=<ID=211000022279233,length=2647> +##contig=<ID=211000022279237,length=2010> +##contig=<ID=211000022279239,length=2937> +##contig=<ID=211000022279240,length=1119> +##contig=<ID=211000022279242,length=1062> +##contig=<ID=211000022279243,length=3807> +##contig=<ID=211000022279246,length=1538> +##contig=<ID=211000022279247,length=2382> +##contig=<ID=211000022279252,length=1077> +##contig=<ID=211000022279257,length=5360> +##contig=<ID=211000022279258,length=1048> +##contig=<ID=211000022279259,length=2379> +##contig=<ID=211000022279262,length=1022> +##contig=<ID=211000022279267,length=1234> +##contig=<ID=211000022279274,length=1333> +##contig=<ID=211000022279276,length=15522> +##contig=<ID=211000022279282,length=1975> +##contig=<ID=211000022279284,length=3196> +##contig=<ID=211000022279285,length=1903> +##contig=<ID=211000022279288,length=2858> +##contig=<ID=211000022279289,length=1022> +##contig=<ID=211000022279311,length=2790> +##contig=<ID=211000022279317,length=1178> +##contig=<ID=211000022279318,length=1287> +##contig=<ID=211000022279324,length=1369> +##contig=<ID=211000022279325,length=1114> +##contig=<ID=211000022279329,length=1041> +##contig=<ID=211000022279336,length=1094> +##contig=<ID=211000022279337,length=1734> +##contig=<ID=211000022279343,length=1315> +##contig=<ID=211000022279345,length=12459> +##contig=<ID=211000022279351,length=1026> +##contig=<ID=211000022279353,length=1006> +##contig=<ID=211000022279354,length=1304> +##contig=<ID=211000022279355,length=1105> +##contig=<ID=211000022279356,length=1031> +##contig=<ID=211000022279358,length=1185> +##contig=<ID=211000022279359,length=1105> +##contig=<ID=211000022279360,length=1173> +##contig=<ID=211000022279361,length=1142> +##contig=<ID=211000022279362,length=1311> +##contig=<ID=211000022279365,length=1356> +##contig=<ID=211000022279366,length=1924> +##contig=<ID=211000022279369,length=1080> +##contig=<ID=211000022279374,length=1088> +##contig=<ID=211000022279375,length=1179> +##contig=<ID=211000022279378,length=1271> +##contig=<ID=211000022279380,length=5465> +##contig=<ID=211000022279384,length=1005> +##contig=<ID=211000022279393,length=1377> +##contig=<ID=211000022279394,length=3201> +##contig=<ID=211000022279396,length=4370> +##contig=<ID=211000022279400,length=1118> +##contig=<ID=211000022279405,length=1066> +##contig=<ID=211000022279406,length=1186> +##contig=<ID=211000022279407,length=1125> +##contig=<ID=211000022279409,length=1004> +##contig=<ID=211000022279411,length=1278> +##contig=<ID=211000022279412,length=1235> +##contig=<ID=211000022279413,length=1202> +##contig=<ID=211000022279414,length=1108> +##contig=<ID=211000022279415,length=1347> +##contig=<ID=211000022279416,length=2795> +##contig=<ID=211000022279417,length=1233> +##contig=<ID=211000022279418,length=1139> +##contig=<ID=211000022279420,length=12654> +##contig=<ID=211000022279421,length=1339> +##contig=<ID=211000022279422,length=1139> +##contig=<ID=211000022279423,length=11220> +##contig=<ID=211000022279424,length=1049> +##contig=<ID=211000022279425,length=1203> +##contig=<ID=211000022279430,length=1070> +##contig=<ID=211000022279431,length=3434> +##contig=<ID=211000022279432,length=1249> +##contig=<ID=211000022279433,length=1377> +##contig=<ID=211000022279436,length=2421> +##contig=<ID=211000022279441,length=1266> +##contig=<ID=211000022279442,length=2922> +##contig=<ID=211000022279443,length=1039> +##contig=<ID=211000022279444,length=1193> +##contig=<ID=211000022279445,length=1203> +##contig=<ID=211000022279448,length=1156> +##contig=<ID=211000022279449,length=4815> +##contig=<ID=211000022279453,length=4888> +##contig=<ID=211000022279454,length=1408> +##contig=<ID=211000022279456,length=12095> +##contig=<ID=211000022279462,length=1197> +##contig=<ID=211000022279464,length=1411> +##contig=<ID=211000022279465,length=1045> +##contig=<ID=211000022279469,length=1154> +##contig=<ID=211000022279470,length=2105> +##contig=<ID=211000022279473,length=1901> +##contig=<ID=211000022279474,length=1154> +##contig=<ID=211000022279476,length=2187> +##contig=<ID=211000022279477,length=3716> +##contig=<ID=211000022279479,length=2248> +##contig=<ID=211000022279481,length=1770> +##contig=<ID=211000022279483,length=2574> +##contig=<ID=211000022279487,length=1151> +##contig=<ID=211000022279488,length=2911> +##contig=<ID=211000022279490,length=1685> +##contig=<ID=211000022279493,length=1118> +##contig=<ID=211000022279498,length=1192> +##contig=<ID=211000022279503,length=12536> +##contig=<ID=211000022279506,length=1053> +##contig=<ID=211000022279507,length=1422> +##contig=<ID=211000022279508,length=1188> +##contig=<ID=211000022279509,length=1461> +##contig=<ID=211000022279510,length=1107> +##contig=<ID=211000022279513,length=2556> +##contig=<ID=211000022279516,length=1323> +##contig=<ID=211000022279523,length=11807> +##contig=<ID=211000022279526,length=1023> +##contig=<ID=211000022279527,length=2787> +##contig=<ID=211000022279533,length=1088> +##contig=<ID=211000022279549,length=1166> +##contig=<ID=211000022279551,length=1087> +##contig=<ID=211000022279554,length=1212> +##contig=<ID=211000022279556,length=13256> +##contig=<ID=211000022279559,length=5189> +##contig=<ID=211000022279562,length=2736> +##contig=<ID=211000022279564,length=1126> +##contig=<ID=211000022279569,length=1083> +##contig=<ID=211000022279572,length=1053> +##contig=<ID=211000022279573,length=2520> +##contig=<ID=211000022279574,length=1854> +##contig=<ID=211000022279580,length=1285> +##contig=<ID=211000022279584,length=1063> +##contig=<ID=211000022279590,length=1224> +##contig=<ID=211000022279591,length=1205> +##contig=<ID=211000022279592,length=1069> +##contig=<ID=211000022279593,length=1379> +##contig=<ID=211000022279599,length=1032> +##contig=<ID=211000022279603,length=1140> +##contig=<ID=211000022279606,length=3284> +##contig=<ID=211000022279609,length=1015> +##contig=<ID=211000022279612,length=2328> +##contig=<ID=211000022279615,length=1260> +##contig=<ID=211000022279618,length=1116> +##contig=<ID=211000022279619,length=1492> +##contig=<ID=211000022279622,length=1179> +##contig=<ID=211000022279623,length=2788> +##contig=<ID=211000022279624,length=1070> +##contig=<ID=211000022279626,length=1016> +##contig=<ID=211000022279627,length=1929> +##contig=<ID=211000022279628,length=1961> +##contig=<ID=211000022279631,length=1185> +##contig=<ID=211000022279632,length=1117> +##contig=<ID=211000022279633,length=1800> +##contig=<ID=211000022279635,length=2385> +##contig=<ID=211000022279637,length=12142> +##contig=<ID=211000022279641,length=2064> +##contig=<ID=211000022279644,length=1018> +##contig=<ID=211000022279648,length=1209> +##contig=<ID=211000022279651,length=2434> +##contig=<ID=211000022279652,length=1124> +##contig=<ID=211000022279653,length=2688> +##contig=<ID=211000022279654,length=1995> +##contig=<ID=211000022279655,length=1163> +##contig=<ID=211000022279656,length=1274> +##contig=<ID=211000022279657,length=1917> +##contig=<ID=211000022279659,length=1103> +##contig=<ID=211000022279660,length=1186> +##contig=<ID=211000022279663,length=2124> +##contig=<ID=211000022279664,length=1462> +##contig=<ID=211000022279666,length=1115> +##contig=<ID=211000022279668,length=1169> +##contig=<ID=211000022279671,length=1532> +##contig=<ID=211000022279672,length=1089> +##contig=<ID=211000022279675,length=3858> +##contig=<ID=211000022279682,length=1224> +##contig=<ID=211000022279684,length=1129> +##contig=<ID=211000022279685,length=1332> +##contig=<ID=211000022279696,length=1464> +##contig=<ID=211000022279710,length=2517> +##contig=<ID=211000022279712,length=1988> +##contig=<ID=211000022279722,length=1148> +##contig=<ID=211000022279723,length=1290> +##contig=<ID=211000022279724,length=1270> +##contig=<ID=211000022279726,length=1154> +##contig=<ID=211000022279727,length=1064> +##contig=<ID=211000022279728,length=1234> +##contig=<ID=211000022279729,length=1208> +##contig=<ID=211000022279733,length=2050> +##contig=<ID=211000022279736,length=1016> +##contig=<ID=211000022279737,length=1384> +##contig=<ID=211000022279738,length=1189> +##contig=<ID=211000022279740,length=1042> +##contig=<ID=211000022279741,length=1016> +##contig=<ID=211000022279742,length=1069> +##contig=<ID=211000022279747,length=1134> +##contig=<ID=211000022279748,length=1430> +##contig=<ID=211000022279749,length=1424> +##contig=<ID=211000022279750,length=3871> +##contig=<ID=211000022279754,length=12827> +##contig=<ID=211000022279756,length=2117> +##contig=<ID=211000022279758,length=1193> +##contig=<ID=211000022279761,length=2957> +##contig=<ID=211000022279769,length=1117> +##contig=<ID=211000022279770,length=1280> +##contig=<ID=211000022279771,length=1043> +##contig=<ID=211000022279777,length=3123> +##contig=<ID=211000022279778,length=1226> +##contig=<ID=211000022279780,length=2428> +##contig=<ID=211000022279781,length=1083> +##contig=<ID=211000022279782,length=1058> +##contig=<ID=211000022279784,length=3058> +##contig=<ID=211000022279785,length=1019> +##contig=<ID=211000022279787,length=2308> +##contig=<ID=211000022279788,length=1667> +##contig=<ID=211000022279789,length=1191> +##contig=<ID=211000022279792,length=1014> +##contig=<ID=211000022279793,length=1451> +##contig=<ID=211000022279804,length=2087> +##contig=<ID=211000022279805,length=1275> +##contig=<ID=211000022279807,length=2102> +##contig=<ID=211000022279809,length=1021> +##contig=<ID=211000022279811,length=1174> +##contig=<ID=211000022279812,length=3466> +##contig=<ID=211000022279814,length=1055> +##contig=<ID=211000022279819,length=1207> +##contig=<ID=211000022279820,length=1990> +##contig=<ID=211000022279824,length=1080> +##contig=<ID=211000022279829,length=12424> +##contig=<ID=211000022279837,length=2971> +##contig=<ID=211000022279839,length=1610> +##contig=<ID=211000022279842,length=1543> +##contig=<ID=211000022279844,length=3649> +##contig=<ID=211000022279845,length=1116> +##contig=<ID=211000022279851,length=1976> +##contig=<ID=211000022279853,length=1205> +##contig=<ID=211000022279855,length=4272> +##contig=<ID=211000022279856,length=1261> +##contig=<ID=211000022279867,length=2860> +##contig=<ID=211000022279871,length=1337> +##contig=<ID=211000022279874,length=1114> +##contig=<ID=211000022279875,length=1446> +##contig=<ID=211000022279877,length=3373> +##contig=<ID=211000022279879,length=6396> +##contig=<ID=211000022279880,length=1091> +##contig=<ID=211000022279884,length=5915> +##contig=<ID=211000022279885,length=1053> +##contig=<ID=211000022279887,length=4310> +##contig=<ID=211000022279889,length=1966> +##contig=<ID=211000022279890,length=1381> +##contig=<ID=211000022279892,length=13553> +##contig=<ID=211000022279893,length=12034> +##contig=<ID=211000022279896,length=1703> +##contig=<ID=211000022279899,length=1129> +##contig=<ID=211000022279900,length=1947> +##contig=<ID=211000022279904,length=1467> +##contig=<ID=211000022279906,length=1033> +##contig=<ID=211000022279909,length=2429> +##contig=<ID=211000022279911,length=2703> +##contig=<ID=211000022279913,length=4939> +##contig=<ID=211000022279921,length=1869> +##contig=<ID=211000022279923,length=1106> +##contig=<ID=211000022279926,length=1279> +##contig=<ID=211000022279927,length=1060> +##contig=<ID=211000022279928,length=4967> +##contig=<ID=211000022279929,length=2207> +##contig=<ID=211000022279931,length=1724> +##contig=<ID=211000022279933,length=1108> +##contig=<ID=211000022279934,length=1643> +##contig=<ID=211000022279940,length=4361> +##contig=<ID=211000022279942,length=2079> +##contig=<ID=211000022279943,length=1089> +##contig=<ID=211000022279946,length=1011> +##contig=<ID=211000022279949,length=2232> +##contig=<ID=211000022279952,length=1059> +##contig=<ID=211000022279954,length=1021> +##contig=<ID=211000022279956,length=1171> +##contig=<ID=211000022279959,length=1074> +##contig=<ID=211000022279960,length=2400> +##contig=<ID=211000022279961,length=3557> +##contig=<ID=211000022279966,length=2326> +##contig=<ID=211000022279969,length=1907> +##contig=<ID=211000022279970,length=1675> +##contig=<ID=211000022279971,length=1819> +##contig=<ID=211000022279973,length=2669> +##contig=<ID=211000022279979,length=1226> +##contig=<ID=211000022279980,length=2476> +##contig=<ID=211000022279982,length=3218> +##contig=<ID=211000022279985,length=1117> +##contig=<ID=211000022279987,length=1141> +##contig=<ID=211000022279990,length=1248> +##contig=<ID=211000022280000,length=1109> +##contig=<ID=211000022280002,length=4231> +##contig=<ID=211000022280009,length=1424> +##contig=<ID=211000022280010,length=2889> +##contig=<ID=211000022280011,length=1029> +##contig=<ID=211000022280012,length=2882> +##contig=<ID=211000022280014,length=1031> +##contig=<ID=211000022280018,length=1142> +##contig=<ID=211000022280020,length=1251> +##contig=<ID=211000022280025,length=1039> +##contig=<ID=211000022280026,length=3622> +##contig=<ID=211000022280028,length=1943> +##contig=<ID=211000022280030,length=1368> +##contig=<ID=211000022280031,length=1473> +##contig=<ID=211000022280032,length=3932> +##contig=<ID=211000022280033,length=2479> +##contig=<ID=211000022280035,length=2943> +##contig=<ID=211000022280043,length=1050> +##contig=<ID=211000022280045,length=1251> +##contig=<ID=211000022280050,length=4608> +##contig=<ID=211000022280053,length=1240> +##contig=<ID=211000022280054,length=1074> +##contig=<ID=211000022280056,length=1152> +##contig=<ID=211000022280064,length=11148> +##contig=<ID=211000022280065,length=1087> +##contig=<ID=211000022280068,length=4256> +##contig=<ID=211000022280069,length=1048> +##contig=<ID=211000022280071,length=1377> +##contig=<ID=211000022280074,length=1641> +##contig=<ID=211000022280075,length=1090> +##contig=<ID=211000022280076,length=1193> +##contig=<ID=211000022280079,length=1101> +##contig=<ID=211000022280083,length=1191> +##contig=<ID=211000022280084,length=1079> +##contig=<ID=211000022280085,length=1225> +##contig=<ID=211000022280086,length=2982> +##contig=<ID=211000022280089,length=2628> +##contig=<ID=211000022280097,length=1105> +##contig=<ID=211000022280102,length=1494> +##contig=<ID=211000022280106,length=1150> +##contig=<ID=211000022280108,length=2664> +##contig=<ID=211000022280110,length=4030> +##contig=<ID=211000022280112,length=2603> +##contig=<ID=211000022280114,length=3080> +##contig=<ID=211000022280115,length=3234> +##contig=<ID=211000022280117,length=1040> +##contig=<ID=211000022280120,length=1201> +##contig=<ID=211000022280121,length=1199> +##contig=<ID=211000022280123,length=1105> +##contig=<ID=211000022280124,length=1148> +##contig=<ID=211000022280130,length=1147> +##contig=<ID=211000022280133,length=2161> +##contig=<ID=211000022280135,length=2124> +##contig=<ID=211000022280139,length=1225> +##contig=<ID=211000022280140,length=1333> +##contig=<ID=211000022280141,length=2584> +##contig=<ID=211000022280143,length=2062> +##contig=<ID=211000022280144,length=2385> +##contig=<ID=211000022280150,length=1102> +##contig=<ID=211000022280151,length=2014> +##contig=<ID=211000022280152,length=1276> +##contig=<ID=211000022280153,length=2198> +##contig=<ID=211000022280154,length=1203> +##contig=<ID=211000022280156,length=3519> +##contig=<ID=211000022280159,length=1533> +##contig=<ID=211000022280160,length=1716> +##contig=<ID=211000022280161,length=1797> +##contig=<ID=211000022280162,length=1340> +##contig=<ID=211000022280164,length=1166> +##contig=<ID=211000022280165,length=1005> +##contig=<ID=211000022280168,length=1042> +##contig=<ID=211000022280174,length=1271> +##contig=<ID=211000022280176,length=2129> +##contig=<ID=211000022280177,length=1246> +##contig=<ID=211000022280178,length=1032> +##contig=<ID=211000022280179,length=1229> +##contig=<ID=211000022280180,length=1144> +##contig=<ID=211000022280181,length=1377> +##contig=<ID=211000022280183,length=1177> +##contig=<ID=211000022280191,length=1291> +##contig=<ID=211000022280192,length=2006> +##contig=<ID=211000022280193,length=1102> +##contig=<ID=211000022280194,length=1182> +##contig=<ID=211000022280195,length=1961> +##contig=<ID=211000022280196,length=1555> +##contig=<ID=211000022280198,length=2612> +##contig=<ID=211000022280205,length=2882> +##contig=<ID=211000022280206,length=1339> +##contig=<ID=211000022280208,length=2368> +##contig=<ID=211000022280210,length=1231> +##contig=<ID=211000022280211,length=3144> +##contig=<ID=211000022280212,length=3025> +##contig=<ID=211000022280218,length=2541> +##contig=<ID=211000022280220,length=1832> +##contig=<ID=211000022280221,length=1520> +##contig=<ID=211000022280223,length=2173> +##contig=<ID=211000022280224,length=1261> +##contig=<ID=211000022280225,length=1178> +##contig=<ID=211000022280226,length=1625> +##contig=<ID=211000022280228,length=2342> +##contig=<ID=211000022280230,length=1220> +##contig=<ID=211000022280232,length=1137> +##contig=<ID=211000022280233,length=4865> +##contig=<ID=211000022280235,length=1471> +##contig=<ID=211000022280236,length=6294> +##contig=<ID=211000022280237,length=15068> +##contig=<ID=211000022280240,length=1084> +##contig=<ID=211000022280247,length=1715> +##contig=<ID=211000022280255,length=3299> +##contig=<ID=211000022280256,length=1096> +##contig=<ID=211000022280257,length=1167> +##contig=<ID=211000022280259,length=13935> +##contig=<ID=211000022280260,length=2982> +##contig=<ID=211000022280261,length=3043> +##contig=<ID=211000022280262,length=1274> +##contig=<ID=211000022280266,length=1028> +##contig=<ID=211000022280268,length=1123> +##contig=<ID=211000022280269,length=1962> +##contig=<ID=211000022280272,length=2893> +##contig=<ID=211000022280283,length=4305> +##contig=<ID=211000022280289,length=2375> +##contig=<ID=211000022280290,length=1014> +##contig=<ID=211000022280291,length=1090> +##contig=<ID=211000022280292,length=1560> +##contig=<ID=211000022280293,length=1890> +##contig=<ID=211000022280294,length=2063> +##contig=<ID=211000022280295,length=3348> +##contig=<ID=211000022280296,length=3252> +##contig=<ID=211000022280297,length=1597> +##contig=<ID=211000022280298,length=1738> +##contig=<ID=211000022280301,length=1931> +##contig=<ID=211000022280302,length=2385> +##contig=<ID=211000022280303,length=1225> +##contig=<ID=211000022280304,length=1239> +##contig=<ID=211000022280305,length=3964> +##contig=<ID=211000022280308,length=1223> +##contig=<ID=211000022280311,length=2882> +##contig=<ID=211000022280312,length=1116> +##contig=<ID=211000022280315,length=1629> +##contig=<ID=211000022280316,length=2926> +##contig=<ID=211000022280318,length=1227> +##contig=<ID=211000022280319,length=1190> +##contig=<ID=211000022280320,length=1802> +##contig=<ID=211000022280322,length=1394> +##contig=<ID=211000022280325,length=1527> +##contig=<ID=211000022280326,length=1801> +##contig=<ID=211000022280327,length=1351> +##contig=<ID=211000022280331,length=1110> +##contig=<ID=211000022280333,length=2855> +##contig=<ID=211000022280335,length=3396> +##contig=<ID=211000022280336,length=1406> +##contig=<ID=211000022280338,length=1487> +##contig=<ID=211000022280340,length=2804> +##contig=<ID=211000022280341,length=1371> +##contig=<ID=211000022280343,length=1340> +##contig=<ID=211000022280344,length=1851> +##contig=<ID=211000022280345,length=1197> +##contig=<ID=211000022280346,length=1386> +##contig=<ID=211000022280347,length=1870> +##contig=<ID=211000022280350,length=1067> +##contig=<ID=211000022280427,length=564> +##contig=<ID=211000022280437,length=5968> +##contig=<ID=211000022280440,length=3262> +##contig=<ID=211000022280443,length=2575> +##contig=<ID=211000022280445,length=4903> +##contig=<ID=211000022280447,length=6698> +##contig=<ID=211000022280448,length=4006> +##contig=<ID=211000022280455,length=3717> +##contig=<ID=211000022280456,length=3171> +##contig=<ID=211000022280457,length=4471> +##contig=<ID=211000022280459,length=5098> +##contig=<ID=211000022280461,length=4996> +##contig=<ID=211000022280463,length=3638> +##contig=<ID=211000022280465,length=7123> +##contig=<ID=211000022280469,length=2811> +##contig=<ID=211000022280471,length=3755> +##contig=<ID=211000022280472,length=5698> +##contig=<ID=211000022280474,length=2927> +##contig=<ID=211000022280476,length=6900> +##contig=<ID=211000022280480,length=3259> +##contig=<ID=211000022280485,length=2529> +##contig=<ID=211000022280497,length=2745> +##contig=<ID=211000022280501,length=2828> +##contig=<ID=211000022280511,length=3085> +##contig=<ID=211000022280516,length=4336> +##contig=<ID=211000022280518,length=6041> +##contig=<ID=211000022280519,length=6193> +##contig=<ID=211000022280522,length=3603> +##contig=<ID=211000022280525,length=3554> +##contig=<ID=211000022280535,length=2583> +##contig=<ID=211000022280536,length=2924> +##contig=<ID=211000022280541,length=14028> +##contig=<ID=211000022280544,length=2919> +##contig=<ID=211000022280545,length=6000> +##contig=<ID=211000022280548,length=2618> +##contig=<ID=211000022280553,length=2561> +##contig=<ID=211000022280554,length=3365> +##contig=<ID=211000022280555,length=3174> +##contig=<ID=211000022280556,length=3386> +##contig=<ID=211000022280557,length=3190> +##contig=<ID=211000022280558,length=4994> +##contig=<ID=211000022280561,length=2417> +##contig=<ID=211000022280562,length=3593> +##contig=<ID=211000022280565,length=3646> +##contig=<ID=211000022280566,length=3389> +##contig=<ID=211000022280568,length=2234> +##contig=<ID=211000022280570,length=3313> +##contig=<ID=211000022280588,length=3223> +##contig=<ID=211000022280595,length=3308> +##contig=<ID=211000022280598,length=2511> +##contig=<ID=211000022280599,length=2205> +##contig=<ID=211000022280605,length=1936> +##contig=<ID=211000022280606,length=3660> +##contig=<ID=211000022280607,length=4785> +##contig=<ID=211000022280610,length=2876> +##contig=<ID=211000022280615,length=5000> +##contig=<ID=211000022280617,length=2112> +##contig=<ID=211000022280618,length=4705> +##contig=<ID=211000022280623,length=3991> +##contig=<ID=211000022280631,length=2119> +##contig=<ID=211000022280637,length=5316> +##contig=<ID=211000022280640,length=6546> +##contig=<ID=211000022280644,length=1391> +##contig=<ID=211000022280656,length=5324> +##contig=<ID=211000022280671,length=4310> +##contig=<ID=211000022280676,length=1385> +##contig=<ID=211000022280678,length=1242> +##contig=<ID=211000022280679,length=2421> +##contig=<ID=211000022280681,length=1019> +##contig=<ID=211000022280684,length=3960> +##contig=<ID=211000022280685,length=1099> +##contig=<ID=211000022280687,length=3259> +##contig=<ID=211000022280689,length=1189> +##contig=<ID=211000022280691,length=1213> +##contig=<ID=211000022280692,length=3527> +##contig=<ID=211000022280694,length=1553> +##contig=<ID=211000022280696,length=2577> +##contig=<ID=211000022280698,length=2270> +##contig=<ID=211000022280699,length=6825> +##contig=<ID=211000022280700,length=1733> +##contig=<ID=211000022280702,length=1112> +##contig=<ID=211000022280703,length=3906> +##contig=<ID=211000022280704,length=1143> +##contig=<ID=211000022280706,length=1410> +##contig=<ID=211000022280707,length=2708> +##contig=<ID=211000022280720,length=5061> +##contig=<ID=211000022280727,length=5383> +##contig=<ID=211000022280734,length=7003> +##contig=<ID=211000022280735,length=6860> +##contig=<ID=211000022280743,length=4452> +##contig=<ID=211000022280747,length=2378> +##contig=<ID=211000022280750,length=9865> +##contig=<ID=211000022280762,length=4202> +##contig=<ID=XY_mapped_Scaffold_7_D1574,length=50625> +##contig=<ID=211000022278161,length=1250> +##contig=<ID=211000022278241,length=1077> +##contig=<ID=211000022278242,length=1226> +##contig=<ID=211000022278298,length=1614> +##contig=<ID=211000022278307,length=1525> +##contig=<ID=211000022278309,length=1110> +##contig=<ID=211000022278338,length=1278> +##contig=<ID=211000022278339,length=1047> +##contig=<ID=211000022278408,length=1301> +##contig=<ID=211000022278453,length=1033> +##contig=<ID=211000022278501,length=1049> +##contig=<ID=211000022278522,length=2086> +##contig=<ID=211000022278554,length=2916> +##contig=<ID=211000022278603,length=1105> +##contig=<ID=211000022278660,length=1084> +##contig=<ID=211000022278663,length=1146> +##contig=<ID=211000022278664,length=2451> +##contig=<ID=211000022278866,length=1566> +##contig=<ID=211000022278869,length=2381> +##contig=<ID=211000022278874,length=2094> +##contig=<ID=211000022278877,length=1125> +##contig=<ID=211000022278878,length=1080> +##contig=<ID=211000022278881,length=1060> +##contig=<ID=211000022278886,length=1114> +##contig=<ID=211000022278897,length=1167> +##contig=<ID=211000022278920,length=1127> +##contig=<ID=211000022278942,length=2384> +##contig=<ID=211000022278951,length=1192> +##contig=<ID=211000022278975,length=2793> +##contig=<ID=211000022278985,length=1044> +##contig=<ID=211000022279055,length=1123> +##contig=<ID=211000022279101,length=2217> +##contig=<ID=211000022279103,length=1004> +##contig=<ID=211000022279106,length=1316> +##contig=<ID=211000022279122,length=2383> +##contig=<ID=211000022279134,length=1012> +##contig=<ID=211000022279190,length=2575> +##contig=<ID=211000022279204,length=1458> +##contig=<ID=211000022279222,length=1136> +##contig=<ID=211000022279271,length=1040> +##contig=<ID=211000022279286,length=1048> +##contig=<ID=211000022279342,length=1011> +##contig=<ID=211000022279399,length=1114> +##contig=<ID=211000022279529,length=1407> +##contig=<ID=211000022279555,length=1198> +##contig=<ID=211000022279571,length=1962> +##contig=<ID=211000022279600,length=1429> +##contig=<ID=211000022279602,length=2629> +##contig=<ID=211000022279667,length=4222> +##contig=<ID=211000022279701,length=4553> +##contig=<ID=211000022279708,length=1275> +##contig=<ID=211000022279810,length=2381> +##contig=<ID=211000022279945,length=3527> +##contig=<ID=211000022279965,length=1101> +##contig=<ID=211000022279975,length=1096> +##contig=<ID=211000022279991,length=1211> +##contig=<ID=211000022280091,length=1260> +##contig=<ID=211000022280142,length=1062> +##contig=<ID=211000022280436,length=2848> +##contig=<ID=211000022280467,length=3129> +##contig=<ID=211000022280492,length=2438> +##contig=<ID=211000022280500,length=2157> +##contig=<ID=211000022280517,length=5463> +##contig=<ID=211000022280580,length=2295> +##contig=<ID=211000022278099,length=1625> +##contig=<ID=211000022278122,length=1311> +##contig=<ID=211000022278125,length=1709> +##contig=<ID=211000022278165,length=1713> +##contig=<ID=211000022278172,length=2464> +##contig=<ID=211000022278187,length=1258> +##contig=<ID=211000022278208,length=2956> +##contig=<ID=211000022278209,length=2781> +##contig=<ID=211000022278225,length=2432> +##contig=<ID=211000022278226,length=2078> +##contig=<ID=211000022278227,length=1516> +##contig=<ID=211000022278228,length=1793> +##contig=<ID=211000022278229,length=1956> +##contig=<ID=211000022278230,length=1004> +##contig=<ID=211000022278231,length=1195> +##contig=<ID=211000022278232,length=1541> +##contig=<ID=211000022278233,length=1978> +##contig=<ID=211000022278235,length=2999> +##contig=<ID=211000022278236,length=1092> +##contig=<ID=211000022278237,length=1049> +##contig=<ID=211000022278249,length=2259> +##contig=<ID=211000022278252,length=1453> +##contig=<ID=211000022278268,length=1312> +##contig=<ID=211000022278277,length=1869> +##contig=<ID=211000022278297,length=1220> +##contig=<ID=211000022278299,length=2591> +##contig=<ID=211000022278314,length=1737> +##contig=<ID=211000022278315,length=1560> +##contig=<ID=211000022278316,length=2639> +##contig=<ID=211000022278317,length=1970> +##contig=<ID=211000022278318,length=1870> +##contig=<ID=211000022278319,length=1947> +##contig=<ID=211000022278320,length=2113> +##contig=<ID=211000022278321,length=1964> +##contig=<ID=211000022278322,length=1424> +##contig=<ID=211000022278323,length=1575> +##contig=<ID=211000022278324,length=1283> +##contig=<ID=211000022278325,length=1843> +##contig=<ID=211000022278326,length=1097> +##contig=<ID=211000022278340,length=1441> +##contig=<ID=211000022278341,length=2286> +##contig=<ID=211000022278342,length=1412> +##contig=<ID=211000022278343,length=2113> +##contig=<ID=211000022278346,length=1899> +##contig=<ID=211000022278350,length=1018> +##contig=<ID=211000022278352,length=1869> +##contig=<ID=211000022278353,length=2114> +##contig=<ID=211000022278355,length=1186> +##contig=<ID=211000022278359,length=2192> +##contig=<ID=211000022278360,length=1121> +##contig=<ID=211000022278361,length=3254> +##contig=<ID=211000022278365,length=1920> +##contig=<ID=211000022278382,length=1258> +##contig=<ID=211000022278411,length=1888> +##contig=<ID=211000022278414,length=1461> +##contig=<ID=211000022278417,length=1056> +##contig=<ID=211000022278431,length=2089> +##contig=<ID=211000022278458,length=1012> +##contig=<ID=211000022278459,length=1055> +##contig=<ID=211000022278460,length=1944> +##contig=<ID=211000022278461,length=2209> +##contig=<ID=211000022278462,length=1902> +##contig=<ID=211000022278463,length=2841> +##contig=<ID=211000022278464,length=2087> +##contig=<ID=211000022278465,length=1813> +##contig=<ID=211000022278466,length=1195> +##contig=<ID=211000022278467,length=2189> +##contig=<ID=211000022278468,length=1906> +##contig=<ID=211000022278469,length=1678> +##contig=<ID=211000022278470,length=1327> +##contig=<ID=211000022278471,length=1683> +##contig=<ID=211000022278472,length=1643> +##contig=<ID=211000022278473,length=1743> +##contig=<ID=211000022278474,length=1022> +##contig=<ID=211000022278475,length=1818> +##contig=<ID=211000022278476,length=1355> +##contig=<ID=211000022278477,length=1159> +##contig=<ID=211000022278478,length=1244> +##contig=<ID=211000022278479,length=1189> +##contig=<ID=211000022278480,length=1927> +##contig=<ID=211000022278481,length=1843> +##contig=<ID=211000022278482,length=1998> +##contig=<ID=211000022278483,length=1011> +##contig=<ID=211000022278484,length=1657> +##contig=<ID=211000022278485,length=1130> +##contig=<ID=211000022278486,length=1084> +##contig=<ID=211000022278487,length=1295> +##contig=<ID=211000022278488,length=1007> +##contig=<ID=211000022278489,length=2557> +##contig=<ID=211000022278490,length=2113> +##contig=<ID=211000022278491,length=1703> +##contig=<ID=211000022278492,length=1315> +##contig=<ID=211000022278498,length=13940> +##contig=<ID=211000022278502,length=1841> +##contig=<ID=211000022278504,length=1047> +##contig=<ID=211000022278505,length=1240> +##contig=<ID=211000022278512,length=1478> +##contig=<ID=211000022278513,length=2228> +##contig=<ID=211000022278516,length=1133> +##contig=<ID=211000022278524,length=1078> +##contig=<ID=211000022278534,length=1063> +##contig=<ID=211000022278544,length=3206> +##contig=<ID=211000022278555,length=2189> +##contig=<ID=211000022278557,length=2293> +##contig=<ID=211000022278578,length=2412> +##contig=<ID=211000022278584,length=1577> +##contig=<ID=211000022278596,length=1036> +##contig=<ID=211000022278607,length=1296> +##contig=<ID=211000022278608,length=2201> +##contig=<ID=211000022278609,length=1355> +##contig=<ID=211000022278610,length=1174> +##contig=<ID=211000022278612,length=2273> +##contig=<ID=211000022278613,length=1785> +##contig=<ID=211000022278614,length=1829> +##contig=<ID=211000022278615,length=2637> +##contig=<ID=211000022278616,length=2161> +##contig=<ID=211000022278617,length=1037> +##contig=<ID=211000022278618,length=1452> +##contig=<ID=211000022278619,length=1986> +##contig=<ID=211000022278620,length=1637> +##contig=<ID=211000022278621,length=1704> +##contig=<ID=211000022278622,length=2500> +##contig=<ID=211000022278623,length=1082> +##contig=<ID=211000022278624,length=1223> +##contig=<ID=211000022278625,length=1818> +##contig=<ID=211000022278626,length=1018> +##contig=<ID=211000022278627,length=1928> +##contig=<ID=211000022278628,length=2196> +##contig=<ID=211000022278629,length=2259> +##contig=<ID=211000022278630,length=2641> +##contig=<ID=211000022278631,length=1241> +##contig=<ID=211000022278632,length=1228> +##contig=<ID=211000022278633,length=1787> +##contig=<ID=211000022278634,length=1786> +##contig=<ID=211000022278635,length=1067> +##contig=<ID=211000022278636,length=1865> +##contig=<ID=211000022278637,length=1221> +##contig=<ID=211000022278638,length=1019> +##contig=<ID=211000022278639,length=2269> +##contig=<ID=211000022278640,length=1238> +##contig=<ID=211000022278643,length=1935> +##contig=<ID=211000022278644,length=1381> +##contig=<ID=211000022278645,length=2689> +##contig=<ID=211000022278646,length=1408> +##contig=<ID=211000022278647,length=1051> +##contig=<ID=211000022278648,length=2605> +##contig=<ID=211000022278649,length=2335> +##contig=<ID=211000022278654,length=1233> +##contig=<ID=211000022278655,length=1550> +##contig=<ID=211000022278669,length=1023> +##contig=<ID=211000022278670,length=1622> +##contig=<ID=211000022278671,length=1546> +##contig=<ID=211000022278677,length=1716> +##contig=<ID=211000022278690,length=1452> +##contig=<ID=211000022278691,length=1252> +##contig=<ID=211000022278692,length=1525> +##contig=<ID=211000022278693,length=1519> +##contig=<ID=211000022278694,length=1891> +##contig=<ID=211000022278695,length=2035> +##contig=<ID=211000022278704,length=1074> +##contig=<ID=211000022278705,length=1048> +##contig=<ID=211000022278715,length=1040> +##contig=<ID=211000022278724,length=2904> +##contig=<ID=211000022278725,length=1107> +##contig=<ID=211000022278726,length=1645> +##contig=<ID=211000022278774,length=1842> +##contig=<ID=211000022278775,length=2177> +##contig=<ID=211000022278810,length=2307> +##contig=<ID=211000022278811,length=1005> +##contig=<ID=211000022278812,length=1916> +##contig=<ID=211000022278813,length=1075> +##contig=<ID=211000022278814,length=1238> +##contig=<ID=211000022278815,length=1895> +##contig=<ID=211000022278816,length=1741> +##contig=<ID=211000022278817,length=2021> +##contig=<ID=211000022278818,length=1037> +##contig=<ID=211000022278819,length=1775> +##contig=<ID=211000022278820,length=1993> +##contig=<ID=211000022278821,length=2823> +##contig=<ID=211000022278822,length=1386> +##contig=<ID=211000022278823,length=2283> +##contig=<ID=211000022278824,length=1038> +##contig=<ID=211000022278825,length=2147> +##contig=<ID=211000022278826,length=1895> +##contig=<ID=211000022278827,length=1482> +##contig=<ID=211000022278828,length=2425> +##contig=<ID=211000022278829,length=1488> +##contig=<ID=211000022278830,length=1323> +##contig=<ID=211000022278831,length=2520> +##contig=<ID=211000022278832,length=1336> +##contig=<ID=211000022278833,length=1091> +##contig=<ID=211000022278834,length=1028> +##contig=<ID=211000022278835,length=1052> +##contig=<ID=211000022278836,length=1380> +##contig=<ID=211000022278837,length=1419> +##contig=<ID=211000022278838,length=1423> +##contig=<ID=211000022278839,length=1630> +##contig=<ID=211000022278840,length=2096> +##contig=<ID=211000022278841,length=1055> +##contig=<ID=211000022278842,length=1747> +##contig=<ID=211000022278843,length=1251> +##contig=<ID=211000022278844,length=2363> +##contig=<ID=211000022278845,length=2079> +##contig=<ID=211000022278846,length=2877> +##contig=<ID=211000022278850,length=1544> +##contig=<ID=211000022278851,length=1476> +##contig=<ID=211000022278852,length=1062> +##contig=<ID=211000022278853,length=2166> +##contig=<ID=211000022278854,length=1856> +##contig=<ID=211000022278855,length=1376> +##contig=<ID=211000022278856,length=1271> +##contig=<ID=211000022278857,length=1558> +##contig=<ID=211000022278861,length=1509> +##contig=<ID=211000022278868,length=2871> +##contig=<ID=211000022278876,length=1813> +##contig=<ID=211000022278879,length=1963> +##contig=<ID=211000022278880,length=1100> +##contig=<ID=211000022278882,length=1238> +##contig=<ID=211000022278892,length=1155> +##contig=<ID=211000022278896,length=3523> +##contig=<ID=211000022278905,length=1829> +##contig=<ID=211000022278906,length=1131> +##contig=<ID=211000022278907,length=1724> +##contig=<ID=211000022278908,length=2389> +##contig=<ID=211000022278909,length=1088> +##contig=<ID=211000022278910,length=1184> +##contig=<ID=211000022278911,length=1843> +##contig=<ID=211000022278921,length=2698> +##contig=<ID=211000022278925,length=1189> +##contig=<ID=211000022278933,length=1129> +##contig=<ID=211000022278938,length=1679> +##contig=<ID=211000022278950,length=1164> +##contig=<ID=211000022278971,length=1238> +##contig=<ID=211000022278976,length=1980> +##contig=<ID=211000022279006,length=1163> +##contig=<ID=211000022279008,length=12848> +##contig=<ID=211000022279009,length=13549> +##contig=<ID=211000022279010,length=1013> +##contig=<ID=211000022279012,length=1178> +##contig=<ID=211000022279045,length=1268> +##contig=<ID=211000022279062,length=2505> +##contig=<ID=211000022279063,length=2094> +##contig=<ID=211000022279064,length=1637> +##contig=<ID=211000022279065,length=1687> +##contig=<ID=211000022279066,length=1489> +##contig=<ID=211000022279067,length=1093> +##contig=<ID=211000022279068,length=1421> +##contig=<ID=211000022279071,length=1253> +##contig=<ID=211000022279072,length=1904> +##contig=<ID=211000022279073,length=1340> +##contig=<ID=211000022279074,length=1492> +##contig=<ID=211000022279075,length=1939> +##contig=<ID=211000022279076,length=1573> +##contig=<ID=211000022279077,length=1680> +##contig=<ID=211000022279078,length=1800> +##contig=<ID=211000022279079,length=1326> +##contig=<ID=211000022279080,length=1841> +##contig=<ID=211000022279081,length=3002> +##contig=<ID=211000022279082,length=2822> +##contig=<ID=211000022279083,length=1042> +##contig=<ID=211000022279084,length=2132> +##contig=<ID=211000022279085,length=2287> +##contig=<ID=211000022279086,length=1049> +##contig=<ID=211000022279092,length=2322> +##contig=<ID=211000022279093,length=1792> +##contig=<ID=211000022279108,length=1115> +##contig=<ID=211000022279109,length=3076> +##contig=<ID=211000022279111,length=1027> +##contig=<ID=211000022279112,length=1425> +##contig=<ID=211000022279113,length=1015> +##contig=<ID=211000022279188,length=3347> +##contig=<ID=211000022279227,length=1098> +##contig=<ID=211000022279244,length=1556> +##contig=<ID=211000022279245,length=1933> +##contig=<ID=211000022279277,length=2945> +##contig=<ID=211000022279287,length=2751> +##contig=<ID=211000022279290,length=1185> +##contig=<ID=211000022279291,length=1051> +##contig=<ID=211000022279295,length=1529> +##contig=<ID=211000022279296,length=1747> +##contig=<ID=211000022279297,length=1708> +##contig=<ID=211000022279298,length=2765> +##contig=<ID=211000022279299,length=2237> +##contig=<ID=211000022279300,length=1211> +##contig=<ID=211000022279301,length=1830> +##contig=<ID=211000022279302,length=1209> +##contig=<ID=211000022279303,length=1871> +##contig=<ID=211000022279304,length=1161> +##contig=<ID=211000022279305,length=2109> +##contig=<ID=211000022279306,length=1063> +##contig=<ID=211000022279307,length=2126> +##contig=<ID=211000022279315,length=1031> +##contig=<ID=211000022279316,length=1623> +##contig=<ID=211000022279322,length=1769> +##contig=<ID=211000022279327,length=1057> +##contig=<ID=211000022279328,length=1284> +##contig=<ID=211000022279332,length=2044> +##contig=<ID=211000022279339,length=1184> +##contig=<ID=211000022279340,length=2366> +##contig=<ID=211000022279388,length=1309> +##contig=<ID=211000022279408,length=2825> +##contig=<ID=211000022279437,length=1432> +##contig=<ID=211000022279438,length=1046> +##contig=<ID=211000022279446,length=13234> +##contig=<ID=211000022279460,length=3024> +##contig=<ID=211000022279467,length=1078> +##contig=<ID=211000022279497,length=3275> +##contig=<ID=211000022279499,length=3478> +##contig=<ID=211000022279501,length=1175> +##contig=<ID=211000022279502,length=2814> +##contig=<ID=211000022279504,length=2317> +##contig=<ID=211000022279505,length=1178> +##contig=<ID=211000022279514,length=2220> +##contig=<ID=211000022279515,length=1510> +##contig=<ID=211000022279518,length=1037> +##contig=<ID=211000022279528,length=1260> +##contig=<ID=211000022279530,length=2372> +##contig=<ID=211000022279531,length=1200> +##contig=<ID=211000022279536,length=1186> +##contig=<ID=211000022279537,length=2420> +##contig=<ID=211000022279542,length=1595> +##contig=<ID=211000022279543,length=1135> +##contig=<ID=211000022279552,length=2834> +##contig=<ID=211000022279553,length=2284> +##contig=<ID=211000022279563,length=5832> +##contig=<ID=211000022279570,length=1235> +##contig=<ID=211000022279601,length=2068> +##contig=<ID=211000022279604,length=1102> +##contig=<ID=211000022279605,length=1086> +##contig=<ID=211000022279608,length=2937> +##contig=<ID=211000022279610,length=1257> +##contig=<ID=211000022279673,length=3926> +##contig=<ID=211000022279674,length=1315> +##contig=<ID=211000022279676,length=12187> +##contig=<ID=211000022279686,length=1534> +##contig=<ID=211000022279689,length=2289> +##contig=<ID=211000022279690,length=1145> +##contig=<ID=211000022279698,length=2844> +##contig=<ID=211000022279703,length=2833> +##contig=<ID=211000022279704,length=2355> +##contig=<ID=211000022279705,length=4515> +##contig=<ID=211000022279715,length=2060> +##contig=<ID=211000022279720,length=1008> +##contig=<ID=211000022279721,length=1265> +##contig=<ID=211000022279730,length=3553> +##contig=<ID=211000022279731,length=3984> +##contig=<ID=211000022279732,length=2282> +##contig=<ID=211000022279764,length=1269> +##contig=<ID=211000022279767,length=1306> +##contig=<ID=211000022279772,length=3290> +##contig=<ID=211000022279773,length=1158> +##contig=<ID=211000022279774,length=2318> +##contig=<ID=211000022279803,length=1173> +##contig=<ID=211000022279830,length=1184> +##contig=<ID=211000022279832,length=1100> +##contig=<ID=211000022279833,length=1161> +##contig=<ID=211000022279834,length=2139> +##contig=<ID=211000022279836,length=11522> +##contig=<ID=211000022279846,length=1798> +##contig=<ID=211000022279857,length=1159> +##contig=<ID=211000022279859,length=1109> +##contig=<ID=211000022279860,length=1212> +##contig=<ID=211000022279861,length=1053> +##contig=<ID=211000022279862,length=1208> +##contig=<ID=211000022279881,length=1153> +##contig=<ID=211000022279882,length=1071> +##contig=<ID=211000022279883,length=5057> +##contig=<ID=211000022279888,length=1402> +##contig=<ID=211000022279902,length=2475> +##contig=<ID=211000022279917,length=2635> +##contig=<ID=211000022279944,length=1310> +##contig=<ID=211000022279955,length=5555> +##contig=<ID=211000022279957,length=1586> +##contig=<ID=211000022279967,length=2413> +##contig=<ID=211000022279968,length=2846> +##contig=<ID=211000022279978,length=1271> +##contig=<ID=211000022279984,length=1301> +##contig=<ID=211000022279994,length=2463> +##contig=<ID=211000022279998,length=1281> +##contig=<ID=211000022280007,length=1294> +##contig=<ID=211000022280016,length=4072> +##contig=<ID=211000022280017,length=1134> +##contig=<ID=211000022280019,length=1084> +##contig=<ID=211000022280022,length=1361> +##contig=<ID=211000022280023,length=1112> +##contig=<ID=211000022280029,length=1556> +##contig=<ID=211000022280034,length=1326> +##contig=<ID=211000022280042,length=13394> +##contig=<ID=211000022280060,length=1803> +##contig=<ID=211000022280061,length=1636> +##contig=<ID=211000022280062,length=2603> +##contig=<ID=211000022280077,length=1181> +##contig=<ID=211000022280088,length=2223> +##contig=<ID=211000022280095,length=2671> +##contig=<ID=211000022280125,length=1058> +##contig=<ID=211000022280148,length=2686> +##contig=<ID=211000022280173,length=1112> +##contig=<ID=211000022280241,length=5387> +##contig=<ID=211000022280243,length=1710> +##contig=<ID=211000022280270,length=13108> +##contig=<ID=211000022280330,length=2247> +##contig=<ID=211000022280439,length=3921> +##contig=<ID=211000022280442,length=2210> +##contig=<ID=211000022280453,length=2379> +##contig=<ID=211000022280466,length=5232> +##contig=<ID=211000022280470,length=3582> +##contig=<ID=211000022280479,length=4085> +##contig=<ID=211000022280495,length=3730> +##contig=<ID=211000022280507,length=2357> +##contig=<ID=211000022280526,length=9368> +##contig=<ID=211000022280529,length=4013> +##contig=<ID=211000022280532,length=3059> +##contig=<ID=211000022280534,length=2353> +##contig=<ID=211000022280537,length=2819> +##contig=<ID=211000022280538,length=3100> +##contig=<ID=211000022280539,length=4012> +##contig=<ID=211000022280542,length=2996> +##contig=<ID=211000022280578,length=3602> +##contig=<ID=211000022280584,length=2964> +##contig=<ID=211000022280585,length=1868> +##contig=<ID=211000022280586,length=2439> +##contig=<ID=211000022280587,length=3123> +##contig=<ID=211000022280592,length=2829> +##contig=<ID=211000022280593,length=3913> +##contig=<ID=211000022280594,length=2009> +##contig=<ID=211000022280597,length=3473> +##contig=<ID=211000022280603,length=3941> +##contig=<ID=211000022280612,length=1936> +##contig=<ID=211000022280620,length=3603> +##contig=<ID=211000022280622,length=1916> +##contig=<ID=211000022280624,length=4395> +##contig=<ID=211000022280625,length=3745> +##contig=<ID=211000022280628,length=1903> +##contig=<ID=211000022280629,length=3775> +##contig=<ID=211000022280632,length=2750> +##contig=<ID=211000022280633,length=2328> +##contig=<ID=211000022280639,length=2910> +##contig=<ID=211000022280641,length=3065> +##contig=<ID=211000022280642,length=2830> +##contig=<ID=211000022280645,length=4879> +##contig=<ID=211000022280649,length=4917> +##contig=<ID=211000022280657,length=1903> +##contig=<ID=211000022280668,length=3498> +##contig=<ID=211000022280669,length=3201> +##contig=<ID=211000022278135,length=1237> +##contig=<ID=211000022278142,length=1186> +##contig=<ID=211000022278153,length=1297> +##contig=<ID=211000022278201,length=1101> +##contig=<ID=211000022278214,length=1459> +##contig=<ID=211000022278218,length=3213> +##contig=<ID=211000022278278,length=2688> +##contig=<ID=211000022278405,length=1284> +##contig=<ID=211000022278418,length=1282> +##contig=<ID=211000022278436,length=2815> +##contig=<ID=211000022278449,length=1947> +##contig=<ID=211000022278450,length=1134> +##contig=<ID=211000022278495,length=1001> +##contig=<ID=211000022278499,length=1155> +##contig=<ID=211000022278509,length=2565> +##contig=<ID=211000022278510,length=2473> +##contig=<ID=211000022278538,length=1035> +##contig=<ID=211000022278565,length=1751> +##contig=<ID=211000022278577,length=2303> +##contig=<ID=211000022278586,length=2799> +##contig=<ID=211000022278601,length=3537> +##contig=<ID=211000022278682,length=1049> +##contig=<ID=211000022278683,length=2508> +##contig=<ID=211000022278684,length=5984> +##contig=<ID=211000022278709,length=1683> +##contig=<ID=211000022278710,length=1020> +##contig=<ID=211000022278722,length=1303> +##contig=<ID=211000022278734,length=2762> +##contig=<ID=211000022278736,length=1116> +##contig=<ID=211000022278743,length=2521> +##contig=<ID=211000022278756,length=1260> +##contig=<ID=211000022278760,length=1144> +##contig=<ID=211000022278772,length=1033> +##contig=<ID=211000022278787,length=1063> +##contig=<ID=211000022278791,length=1268> +##contig=<ID=211000022278795,length=3375> +##contig=<ID=211000022278798,length=1224> +##contig=<ID=211000022278802,length=2477> +##contig=<ID=211000022278803,length=1086> +##contig=<ID=211000022278872,length=1485> +##contig=<ID=211000022278873,length=1109> +##contig=<ID=211000022278895,length=3077> +##contig=<ID=211000022278935,length=1222> +##contig=<ID=211000022278936,length=1142> +##contig=<ID=211000022278939,length=1029> +##contig=<ID=211000022278941,length=1775> +##contig=<ID=211000022278956,length=1041> +##contig=<ID=211000022278959,length=1126> +##contig=<ID=211000022278965,length=1032> +##contig=<ID=211000022278984,length=2005> +##contig=<ID=211000022278987,length=1129> +##contig=<ID=211000022278990,length=1192> +##contig=<ID=211000022278995,length=1152> +##contig=<ID=211000022278997,length=1443> +##contig=<ID=211000022279005,length=1106> +##contig=<ID=211000022279007,length=1073> +##contig=<ID=211000022279025,length=1690> +##contig=<ID=211000022279026,length=1712> +##contig=<ID=211000022279030,length=3502> +##contig=<ID=211000022279031,length=1060> +##contig=<ID=211000022279034,length=1059> +##contig=<ID=211000022279046,length=2642> +##contig=<ID=211000022279047,length=1224> +##contig=<ID=211000022279090,length=1619> +##contig=<ID=211000022279104,length=1890> +##contig=<ID=211000022279123,length=1766> +##contig=<ID=211000022279137,length=1064> +##contig=<ID=211000022279153,length=1155> +##contig=<ID=211000022279164,length=1159> +##contig=<ID=211000022279165,length=1118> +##contig=<ID=211000022279174,length=1195> +##contig=<ID=211000022279181,length=1148> +##contig=<ID=211000022279186,length=3102> +##contig=<ID=211000022279211,length=1056> +##contig=<ID=211000022279224,length=3173> +##contig=<ID=211000022279235,length=1010> +##contig=<ID=211000022279236,length=1110> +##contig=<ID=211000022279261,length=2522> +##contig=<ID=211000022279264,length=1019> +##contig=<ID=211000022279266,length=1166> +##contig=<ID=211000022279268,length=1961> +##contig=<ID=211000022279269,length=1271> +##contig=<ID=211000022279272,length=1027> +##contig=<ID=211000022279279,length=1393> +##contig=<ID=211000022279280,length=1162> +##contig=<ID=211000022279314,length=1054> +##contig=<ID=211000022279319,length=1297> +##contig=<ID=211000022279333,length=1166> +##contig=<ID=211000022279334,length=2342> +##contig=<ID=211000022279335,length=1218> +##contig=<ID=211000022279352,length=1147> +##contig=<ID=211000022279377,length=1056> +##contig=<ID=211000022279382,length=2836> +##contig=<ID=211000022279385,length=1063> +##contig=<ID=211000022279391,length=1136> +##contig=<ID=211000022279392,length=1356> +##contig=<ID=211000022279403,length=1087> +##contig=<ID=211000022279404,length=1322> +##contig=<ID=211000022279410,length=1169> +##contig=<ID=211000022279452,length=1176> +##contig=<ID=211000022279458,length=1139> +##contig=<ID=211000022279459,length=1075> +##contig=<ID=211000022279468,length=3499> +##contig=<ID=211000022279484,length=1360> +##contig=<ID=211000022279485,length=1330> +##contig=<ID=211000022279486,length=1068> +##contig=<ID=211000022279491,length=1241> +##contig=<ID=211000022279492,length=1042> +##contig=<ID=211000022279494,length=1863> +##contig=<ID=211000022279496,length=1270> +##contig=<ID=211000022279511,length=1158> +##contig=<ID=211000022279532,length=2899> +##contig=<ID=211000022279546,length=1116> +##contig=<ID=211000022279550,length=1333> +##contig=<ID=211000022279560,length=1304> +##contig=<ID=211000022279582,length=1683> +##contig=<ID=211000022279583,length=2096> +##contig=<ID=211000022279586,length=1098> +##contig=<ID=211000022279589,length=1012> +##contig=<ID=211000022279639,length=1010> +##contig=<ID=211000022279642,length=3046> +##contig=<ID=211000022279646,length=1010> +##contig=<ID=211000022279649,length=3154> +##contig=<ID=211000022279661,length=1090> +##contig=<ID=211000022279669,length=1170> +##contig=<ID=211000022279670,length=1012> +##contig=<ID=211000022279677,length=1053> +##contig=<ID=211000022279678,length=1230> +##contig=<ID=211000022279679,length=1171> +##contig=<ID=211000022279680,length=1637> +##contig=<ID=211000022279681,length=11763> +##contig=<ID=211000022279688,length=5520> +##contig=<ID=211000022279709,length=2728> +##contig=<ID=211000022279725,length=1243> +##contig=<ID=211000022279755,length=2694> +##contig=<ID=211000022279791,length=1029> +##contig=<ID=211000022279795,length=1946> +##contig=<ID=211000022279799,length=1132> +##contig=<ID=211000022279800,length=1131> +##contig=<ID=211000022279801,length=1058> +##contig=<ID=211000022279802,length=1029> +##contig=<ID=211000022279813,length=1111> +##contig=<ID=211000022279831,length=1181> +##contig=<ID=211000022279835,length=1283> +##contig=<ID=211000022279870,length=1525> +##contig=<ID=211000022279876,length=1440> +##contig=<ID=211000022279901,length=1144> +##contig=<ID=211000022279907,length=1382> +##contig=<ID=211000022279908,length=1037> +##contig=<ID=211000022279910,length=1122> +##contig=<ID=211000022279918,length=1227> +##contig=<ID=211000022279932,length=2206> +##contig=<ID=211000022279935,length=1146> +##contig=<ID=211000022279936,length=1690> +##contig=<ID=211000022279937,length=2063> +##contig=<ID=211000022279938,length=1140> +##contig=<ID=211000022279941,length=1136> +##contig=<ID=211000022279950,length=1429> +##contig=<ID=211000022279951,length=3374> +##contig=<ID=211000022279963,length=1456> +##contig=<ID=211000022279972,length=1014> +##contig=<ID=211000022279974,length=1182> +##contig=<ID=211000022279986,length=1163> +##contig=<ID=211000022279988,length=1072> +##contig=<ID=211000022279989,length=1756> +##contig=<ID=211000022279995,length=1141> +##contig=<ID=211000022279999,length=1171> +##contig=<ID=211000022280024,length=2232> +##contig=<ID=211000022280040,length=1051> +##contig=<ID=211000022280044,length=1341> +##contig=<ID=211000022280057,length=1030> +##contig=<ID=211000022280072,length=1039> +##contig=<ID=211000022280090,length=1202> +##contig=<ID=211000022280116,length=1383> +##contig=<ID=211000022280138,length=2709> +##contig=<ID=211000022280157,length=1277> +##contig=<ID=211000022280187,length=13079> +##contig=<ID=211000022280481,length=3713> +##contig=<ID=211000022280483,length=3341> +##contig=<ID=211000022280494,length=4197> +##contig=<ID=211000022280504,length=4059> +##contig=<ID=211000022280619,length=3195> +##contig=<ID=211000022280686,length=2922> +##contig=<ID=211000022280742,length=12513> +##contig=<ID=211000022280748,length=5564> +##contig=<ID=211000022280763,length=12001> +##contig=<ID=mitochondrion_genome,length=19524> +##INFO=<ID=SVTYPE,Number=1,Type=String,Description="Type of structural variant"> +##INFO=<ID=SVLEN,Number=.,Type=Integer,Description="Difference in length between REF and ALT alleles"> +##INFO=<ID=END,Number=1,Type=Integer,Description="End position of the variant described in this record"> +##INFO=<ID=EVENT,Number=1,Type=String,Description="ID of event associated to breakend"> +##INFO=<ID=MATEID,Number=.,Type=String,Description="ID of mate breakends"> +##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Integer,Description="Maximum MAPQ of evidence supporting the variant"> +##ALT=<ID=DEL,Description="Deletion"> +##ALT=<ID=DEL:ME,Description="Deletion of mobile element present in reference"> +##ALT=<ID=INS,Description="Insertion of novel sequence"> +##ALT=<ID=INS:ME,Description="Insertion of mobile element"> +##ALT=<ID=SOFTCLIP,Description="Softclipped alignments"> +##ALT=<ID=SOFTCLIP:5P,Description="Softclipped alignments where softclipping removes the 5p side"> +##ALT=<ID=SOFTCLIP:3P,Description="Softclipped alignments where softclipping removes the 3p side"> +##FORMAT=<ID=MENAME,Number=1,Type=String,Description="Mobile element name"> +##FORMAT=<ID=MESTART,Number=1,Type=Integer,Description="Mobile element reference start"> +##FORMAT=<ID=MEEND,Number=1,Type=Integer,Description="Mobile element reference end"> +##FORMAT=<ID=MEASSEMBLY5,Number=.,Type=String,Description="Sequences assembled at 5p breakpoint of mobile element insertion"> +##FORMAT=<ID=MEASSEMBLY3,Number=.,Type=String,Description="Sequences assembled at 3p breakpoint of mobile element insertion"> +##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype"> +##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood, log10-scaled likelihoods of the data given the called genotype for each possible genotype generated from the reference and alternate alleles given the sample ploidy"> +##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality"> +##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed"> +##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Approximate read depth (reads with MQ=255 or with bad mates are filtered)"> +##FORMAT=<ID=SU,Number=1,Type=Integer,Description="Number of pieces of evidence supporting the variant"> +##FORMAT=<ID=SU5,Number=1,Type=Integer,Description="Number of pieces of evidence supporting the variant from the 5p side"> +##FORMAT=<ID=SU3,Number=1,Type=Integer,Description="Number of pieces of evidence supporting the variant form the 3p side"> +##FORMAT=<ID=PE,Number=1,Type=Integer,Description="Number of paired-end reads supporting the variant"> +##FORMAT=<ID=PE5,Number=1,Type=Integer,Description="Number of paired-end reads supporting the variant from the 5p side"> +##FORMAT=<ID=PE3,Number=1,Type=Integer,Description="Number of paired-end reads supporting the variant from the 3p side"> +##FORMAT=<ID=SR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of split reads supporting the variant"> +##FORMAT=<ID=SR5,Number=1,Type=Integer,Description="Number of split reads supporting the variant from the 5p side"> +##FORMAT=<ID=SR3,Number=1,Type=Integer,Description="Number of split reads supporting the variant from the 3p side"> +##FORMAT=<ID=MSP,Number=1,Type=Integer,Description="Number of fragments supporting insertion with both mates. Indicates short insertions."> +##FORMAT=<ID=CLIP_CONSENSUS,Number=1,Type=String,Description="Consensus sequence for SOFTCLIP event. The consensus is listed in the 5p to 3p direction relative to the alignment."> +#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT extended_and_annotated_roi.bam +3R 13373206 INS_2444456283915041025 N <INS:ME> . . END=13373207;SVTYPE=INS:ME;SVLEN=.;MQ=60;EVENT=INS_2444456283915041025;MATEID GT:GL:AD:DP:SU:SU5:SU3:SR:SR5:SR3:MSP:MENAME:MESTART:MEEND:MEASSEMBLY5:MEASSEMBLY3 1/1:0.0106846,0.329772,0.659544:0,2:2:2:2:0:0:0:0:0::.:.:: +3R 13373515 INS_630831370416389201 N <INS:ME> . . END=13373525;SVTYPE=INS:ME;SVLEN=.;MQ=60;EVENT=INS_630831370416389201;MATEID=SOFTCLIP_8392192716115976782,SOFTCLIP_3495167510329773485,SOFTCLIP_8392192716115976782,SOFTCLIP_3495167510329773485 GT:GL:AD:DP:SU:SU5:SU3:SR:SR5:SR3:MSP:MENAME:MESTART:MEEND:MEASSEMBLY5:MEASSEMBLY3 1/1:6.2762e-30,1.90734e-06,0.999998:0,20:20:20:9:11:8:3:5:0::.:.:GGAAAAATAACGGTATGGATGCACAACAAATCATGCGCTTAAGTGTAAGTAAAAATGTAAGCTGGTTTGATGTGTTTATGCATGTGCAAGATTGTATGTACAATTAGTGTAAGTATGTAAACGTAATATGAGAAGCATATTATGTTACTATATGTATATGTCCATATGTCCATATGCATACGAATTGGCGCACTTGCTTATATTTGATATGAGTTTGTTAGTTAGATACATTCCGAG:GACAACGAAGAAATAAAGATCCAAACTAAAAAAATACCTCGTGTTGATTCTGAAACTTCTTTAAAGGCGTTGATCTTAGTCAAACGACGGATCATTTGTTCGACTCGAATAGTAAAATACGTAAGTATATAGATAGTCTATATTAATTTTAAAAGCTCAAAGGGGCGCAAGTCTCTCTCATCAGTTGTGTCTTTAGTTTTTTTGATTTGGTTTGGTG +3R 13373515 SOFTCLIP_8392192716115976782 N <SOFTCLIP:3P> . . END=13373514;SVTYPE=<SOFTCLIP:3P>;MQ=60;EVENT=INS_630831370416389201;MATEID=INS_630831370416389201 CLIP_CONSENSUS:AD:SU ACATATAGTAACATAATATGCTTCTCATATTACGTTTACATACTTACACTAATTGTAC:0,7:7 +3R 13373525 SOFTCLIP_3495167510329773485 N <SOFTCLIP:5P> . . END=13373524;SVTYPE=<SOFTCLIP:5P>;MQ=60;EVENT=INS_630831370416389201;MATEID=INS_630831370416389201 CLIP_CONSENSUS:AD:SU CTTAGTCAAACGACGGATCATTTGTTCGACTCGAATAGTAAAATACGTAAGT:0,6:6 +3R 13374539 INS_2520711244791099460 N <INS:ME> . . END=13374677;SVTYPE=INS:ME;SVLEN=.;MQ=60;EVENT=INS_2520711244791099460;MATEID GT:GL:AD:DP:SU:SU5:SU3:SR:SR5:SR3:MSP:MENAME:MESTART:MEEND:MEASSEMBLY5:MEASSEMBLY3 1/1:0.212598,0.393701,0.393701:0,1:1:1:0:1:0:0:0:0::.:.:: +3R 13374595 INS_7083183827793206730 N <INS:ME> . . END=13374710;SVTYPE=INS:ME;SVLEN=.;MQ=60;EVENT=INS_7083183827793206730;MATEID GT:GL:AD:DP:SU:SU5:SU3:SR:SR5:SR3:MSP:MENAME:MESTART:MEEND:MEASSEMBLY5:MEASSEMBLY3 1/1:0.0106846,0.329772,0.659544:0,2:2:2:2:0:0:0:0:0::.:.:GTTCACCCGCGTCCGAGTTCCTGCTCCACTACTCCCTGGCTGCTGACTCACTGTTGTTATAGGGGTGGCTTCCCCTCTGTTCTTCCTGGGGGAATGCTGCATCTTCCCCAGCTCCAAAATGGCGG: +3R 13374677 SOFTCLIP_2520711244791099460 N <SOFTCLIP:5P> . . END=13374676;SVTYPE=<SOFTCLIP:5P>;MQ=60;EVENT;MATEID CLIP_CONSENSUS:AD:SU TGGCAAAACATATGCAAAGTGCA:0,1:1
--- a/update_mapq.xml Thu Mar 15 07:20:58 2018 -0400 +++ b/update_mapq.xml Sun Apr 01 03:53:15 2018 -0400 @@ -1,7 +1,7 @@ -<tool id="update_mapq" name="Update MAPQ score" version="0.4.9"> +<tool id="update_mapq" name="Update MAPQ score" version="0.4.10"> <description>of supplementary alignments</description> <requirements> - <requirement type="package" version="0.4.9">readtagger</requirement> + <requirement type="package" version="0.4.10">readtagger</requirement> </requirements> <version_command>update_mapq --version</version_command> <command detect_errors="aggressive"><![CDATA[
--- a/write_supplementary_fastq.xml Thu Mar 15 07:20:58 2018 -0400 +++ b/write_supplementary_fastq.xml Sun Apr 01 03:53:15 2018 -0400 @@ -1,7 +1,7 @@ -<tool id="write_supplementary_fastq" name="Extract supplementary alignments" version="0.4.9"> +<tool id="write_supplementary_fastq" name="Extract supplementary alignments" version="0.4.10"> <description>from SAM/BAM alignment files as FASTQ</description> <requirements> - <requirement type="package" version="0.4.9">readtagger</requirement> + <requirement type="package" version="0.4.10">readtagger</requirement> </requirements> <version_command>write_supplementary_fastq --version</version_command> <command detect_errors="aggressive"><![CDATA[