Mercurial > repos > tduigou > molecule_signature_enumerate
changeset 1:2ed696bb6a6b draft
planemo upload for repository https://github.com/brsynth/molecule-signature commit 23ed4c204be0ab50a03cbde02f1e1e2b83531965
author | tduigou |
---|---|
date | Fri, 07 Feb 2025 12:16:19 +0000 |
parents | 3244fa368e7c |
children | 35c07741031b |
files | enumerate.xml macros.xml test-data/signature.tsv |
diffstat | 3 files changed, 9 insertions(+), 4 deletions(-) [+] |
line wrap: on
line diff
--- a/enumerate.xml Fri Feb 07 10:33:51 2025 +0000 +++ b/enumerate.xml Fri Feb 07 12:16:19 2025 +0000 @@ -12,7 +12,12 @@ --output '$output_enumerate_tsv' ]]></command> <inputs> - <param name="input_smiles_str" type="text" label="SMILES of the molecule" /> + <param name="input_smiles_str" type="text" label="SMILES of the molecule"> + <validator type="empty_field" message="You must provide the InChI string" /> + <validator type="length" max="999" message="Length of SMILES is comprised between [1-999]" /> + <validator type="regex" negate="true" message="Wildcards are not allowed">^(?:\*)$</validator> + <sanitizer sanitize="false" /> + </param> <param name="input_alphabet_npz" type="data" format="npz" label="Alphabet file" /> </inputs> <outputs> @@ -20,7 +25,7 @@ </outputs> <tests> <test> - <param name="input_smiles_str" value="CCO" /> + <param name="input_smiles_str" value="C=C1CC[C@H]2[C@]3(C)CC[C@H]4C(C)(C)CCC[C@]4(C)[C@H]3CC[C@]2(C)[C@H]1CO" /> <param name="input_alphabet_npz" value="alphabet.npz" /> <output name="output_enumerate_tsv" value="enumerate.tsv" ftype="tabular" compare="diff" /> </test>
--- a/macros.xml Fri Feb 07 10:33:51 2025 +0000 +++ b/macros.xml Fri Feb 07 12:16:19 2025 +0000 @@ -1,6 +1,6 @@ <macros> <token name="@TOOL_VERSION@">2.1.0</token> - <token name="@VERSION_SUFFIX@">0</token> + <token name="@VERSION_SUFFIX@">1</token> <xml name="requirements"> <requirements> <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">molecule-signature</requirement>
--- a/test-data/signature.tsv Fri Feb 07 10:33:51 2025 +0000 +++ b/test-data/signature.tsv Fri Feb 07 12:16:19 2025 +0000 @@ -1,2 +1,2 @@ SMILES signature -CCO 80-1410 ## [C;H3;h3;D1;X4]-[C;H2;h2;D2;X4:1]-[O;H1;h1;D1;X2] .. 807-222 ## [C;H3;h3;D1;X4]-[C;H2;h2;D2;X4]-[O;H1;h1;D1;X2:1] .. 1057-294 ## [O;H1;h1;D1;X2]-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H3;h3;D1;X4:1] +C=C1CC[C@H]2[C@]3(C)CC[C@H]4C(C)(C)CCC[C@]4(C)[C@H]3CC[C@]2(C)[C@H]1CO 80-1516-1032 ## [C;H0;h0;D3;X3]-[C;H1;h1;D3;X4](-[C;H0;h0;D4;X4])-[C;H2;h2;D2;X4:1]-[O;H1;h1;D1;X2] .. 807-222 ## [C;H1;h1;D3;X4]-[C;H2;h2;D2;X4]-[O;H1;h1;D1;X2:1] .. 926-1028-2028 ## [C;H0;h0;D4;X4]-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4:1]-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H0;h0;D4;X4] .. 926-1162-1096 ## [C;H1;h1;D3;X4]-[C;H0;h0;D4;X4](-[C;H3;h3;D1;X4])(-[C;H3;h3;D1;X4])-[C;H2;h2;D2;X4:1]-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4] .. 926-1162-1656 ## [C;H1;h1;D3;X4]-[C;H0;h0;D4;X4](-[C;H1;h1;D3;X4])(-[C;H3;h3;D1;X4])-[C;H2;h2;D2;X4:1]-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4] .. 926-1162-1951 ## [C;H1;h1;D3;X4]-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4:1]-[C;H0;h0;D4;X4](-[C;H1;h1;D3;X4])(-[C;H1;h1;D3;X4])-[C;H3;h3;D1;X4] .. 926-1162-1951 ## [C;H1;h1;D3;X4]-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4:1]-[C;H0;h0;D4;X4](-[C;H1;h1;D3;X4])(-[C;H1;h1;D3;X4])-[C;H3;h3;D1;X4] .. 926-1325-104 ## [C;H0;h0;D3;X3]-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4:1]-[C;H1;h1;D3;X4](-[C;H0;h0;D4;X4])-[C;H0;h0;D4;X4] .. 926-1325-267 ## [C;H0;h0;D4;X4]-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4:1]-[C;H1;h1;D3;X4](-[C;H0;h0;D4;X4])-[C;H0;h0;D4;X4] .. 926-1325-267 ## [C;H0;h0;D4;X4]-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4:1]-[C;H1;h1;D3;X4](-[C;H0;h0;D4;X4])-[C;H0;h0;D4;X4] .. 926-1738-483 ## [C;H1;h1;D3;X4]-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4:1]-[C;H0;h0;D3;X3](-[C;H1;h1;D3;X4])=[C;H2;h2;D1;X3] .. 1019-127-1363 ## [C;H1;h1;D3;X4]-[C;H0;h0;D4;X4](-[C;H2;h2;D2;X4])(-[C;H3;h3;D1;X4])-[C;H1;h1;D3;X4:1](-[C;H2;h2;D2;X4]-[O;H1;h1;D1;X2])-[C;H0;h0;D3;X3](=[C;H2;h2;D1;X3])-[C;H2;h2;D2;X4] .. 1019-478-1054 ## [C;H1;h1;D3;X4]-[C;H0;h0;D4;X4](-[C;H2;h2;D2;X4])(-[C;H3;h3;D1;X4])-[C;H1;h1;D3;X4:1](-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4])-[C;H0;h0;D4;X4](-[C;H2;h2;D2;X4])(-[C;H3;h3;D1;X4])-[C;H3;h3;D1;X4] .. 1019-478-1290 ## [C;H1;h1;D3;X4]-[C;H0;h0;D4;X4](-[C;H2;h2;D2;X4])(-[C;H3;h3;D1;X4])-[C;H1;h1;D3;X4:1](-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4])-[C;H0;h0;D4;X4](-[C;H1;h1;D3;X4])(-[C;H2;h2;D2;X4])-[C;H3;h3;D1;X4] .. 1019-478-1290 ## [C;H1;h1;D3;X4]-[C;H0;h0;D4;X4](-[C;H2;h2;D2;X4])(-[C;H3;h3;D1;X4])-[C;H1;h1;D3;X4:1](-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4])-[C;H0;h0;D4;X4](-[C;H1;h1;D3;X4])(-[C;H2;h2;D2;X4])-[C;H3;h3;D1;X4] .. 1057-1274 ## [C;H1;h1;D3;X4]-[C;H0;h0;D4;X4](-[C;H1;h1;D3;X4])(-[C;H2;h2;D2;X4])-[C;H3;h3;D1;X4:1] .. 1057-1274 ## [C;H1;h1;D3;X4]-[C;H0;h0;D4;X4](-[C;H1;h1;D3;X4])(-[C;H2;h2;D2;X4])-[C;H3;h3;D1;X4:1] .. 1057-1274 ## [C;H1;h1;D3;X4]-[C;H0;h0;D4;X4](-[C;H1;h1;D3;X4])(-[C;H2;h2;D2;X4])-[C;H3;h3;D1;X4:1] .. 1057-1274 ## [C;H1;h1;D3;X4]-[C;H0;h0;D4;X4](-[C;H2;h2;D2;X4])(-[C;H3;h3;D1;X4])-[C;H3;h3;D1;X4:1] .. 1057-1274 ## [C;H1;h1;D3;X4]-[C;H0;h0;D4;X4](-[C;H2;h2;D2;X4])(-[C;H3;h3;D1;X4])-[C;H3;h3;D1;X4:1] .. 1060-1232-1531 ## [C;H0;h0;D4;X4]-[C;H1;h1;D3;X4](-[C;H2;h2;D2;X4])-[C;H0;h0;D4;X4:1](-[C;H3;h3;D1;X4])(-[C;H3;h3;D1;X4])-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4] .. 1060-1477-756 ## [C;H0;h0;D3;X3]-[C;H1;h1;D3;X4](-[C;H2;h2;D2;X4])-[C;H0;h0;D4;X4:1](-[C;H3;h3;D1;X4])(-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4])-[C;H1;h1;D3;X4](-[C;H0;h0;D4;X4])-[C;H2;h2;D2;X4] .. 1060-1477-889 ## [C;H0;h0;D4;X4]-[C;H1;h1;D3;X4](-[C;H2;h2;D2;X4])-[C;H0;h0;D4;X4:1](-[C;H3;h3;D1;X4])(-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4])-[C;H1;h1;D3;X4](-[C;H0;h0;D4;X4])-[C;H2;h2;D2;X4] .. 1060-1477-889 ## [C;H0;h0;D4;X4]-[C;H1;h1;D3;X4](-[C;H2;h2;D2;X4])-[C;H0;h0;D4;X4:1](-[C;H3;h3;D1;X4])(-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4])-[C;H1;h1;D3;X4](-[C;H0;h0;D4;X4])-[C;H2;h2;D2;X4] .. 1366-35 ## [C;H1;h1;D3;X4]-[C;H0;h0;D3;X3](-[C;H2;h2;D2;X4])=[C;H2;h2;D1;X3:1] .. 1380-574-232 ## [C;H0;h0;D4;X4]-[C;H1;h1;D3;X4](-[C;H2;h2;D2;X4])-[C;H0;h0;D3;X3:1](=[C;H2;h2;D1;X3])-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4]